4O5UA

Crystal structure of alkylhydroperoxide reductase subunit f from e. coli at 2.65 ang resolution
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags Oxidoreductase
total genus 155
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5uA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA03
1PBEA 3UKHA 2QA1A 1YQZA 1HYUA 2VQBA 3RNMA 3BNMA 1F6MA 4OPTA 1D4DA 2C67A 4Z44A 5BRTA 1GETA 2Q7VA 3DGZA 1TDKA 3AXBA 5FS7A 1FOHA 4AOXA 3ICTA 2V61A 3AYLA 4GDEA 1L0VA 2FJAA 1S2YA 2YQUA 4LU6A 4YSXA 2XVJA 3AEFA 2BXRA 4YWOA 1XANA 2VQ7A 3NG7X 2UZZA 3NIXA 1OJDA 4X9MA 2OLOA 5JCNA 2BS4A 3FMWA 3VR9A 1IUXA 1GEUA 2YLSA 1N4UA 2Q0LA 3ATQA 4NZHA 4Z25A 5U63A 1PXCA 1B4VA 1CL0A 1E7PA 2BK3A 1BF3A 2XLSA 1BGNA 3FBSA 1GTHA 1SEZA 4AT0A 1CC4A 2B9XA 4OCGA 3EF6A 2ZZ0A 3AE7A 4DSGA 2TPRA 4EQSA 3P4PA 4EMIA 2BC1A 4OPIA 4CY6A 5J60A 2GAGB 3ICSA 3QSSA 3UKLA 4B64A 4CBQA 4H4TA 4CY8A 2R45A 3BNUA 4MNNA 3G5RA 3CIRA 3DK9A 1VDCA 1VG0A 1L9DA 1YQ4A 2C3DA 1B5QA 1N4WA 3CNDA 1KDGA 1QO8A 2GR1A 4XWZA 1PBBA 2C3CA 4U8IA 2YM2A 1BWCA 2XFPA 5IQ4A 2V3BA 2R0CA 5FS8A 1FCDA 4EMJA 3GWDA 4Z2TA 3ISHA 4J34A 4J31A 1F8WA 4DSHA 3NK2X 4CCQA 1NENA 4AOSA 5GRTA 1V59A 2BC0A 2NPXA 4YSZA 3DK4A 1D7YA 1DJQA 4H4YA 2GB0A 1LPFA 3AD9B 4DGKA 4FK1C 4Y4MA 3NYCA 3I3LA 4OPGA 3I6DA 5U1OA 3CGEA 4Y4NA 4OVIA 1CC6A 2RGHA 1E1MA 3UTFA 1EL5A 2OA1A 1H7WA 3AEGA 4Y4LA 2R4EA 3IWAA 3UTEA 5JCMA 1ZK7A 4AT2A 1JNZA 1GRGA 2WOWA 3M0OA 4M52A 3LXDA 2C65A 3NK1X 4TM4A 3RP6A 1TDNA 2WPEA 1ZOYA 1D4EA 3K7QX 2H89A 1OJ9A 1KNPA 5EB5A 1Q1WA 1BGJA 2B76A 5JCIA 4P9SA 5KOWA 4UDRA 1EBDA 1GRHA 3P4RA 5TR3A 3V3OA 1XDIA 4EM3A 2X8GA 4YTPA 4GF7A 3UOXA 3VRDB 3QVRA 3UCLA 5IQ1A 4N9XA 1KSUA 1KSSA 1MXTA 2WEUA 1PS9A 1TYTA 1Y56A 2WETA 2XLTA 4NEWA 2WDVA 2VVLG 4X4JA 2APGA 3V3NA 4C3XA 2BCPA 1B8SA 1NEKA 3GRTA 4JNQA 4I58A 3SM8A 2GMHA 3AE3A 2WPCA 5EBKA 1ZDLA 1RP0A 2W0HA 2BK5A 3CGCA 3S5WA 1EL9A 4K7ZA 2WP5A 4CCRA 4KX6A 4EQWA 4C3YA 3AE8A 3GMCA 2RABA 4KPRA 4J56A 3LADA 2GH5A 1N1PA 3B3RA 3NTDA 3QFBA 4H4QA 1GESA 3R9UA 1F3PA 3NH3X 1D4CA 2X50A 3LJPA 3LZXA 2YWLA 1COYA 3C4AA 1OJTA 3AEBA 2E5VA 2RGOA 3RP7A 5C3JA 1VG9A 1W4XA 1KF6A 4CRTA 1GRTA 5ER0A 5FS6A 2VVLA 4Z24A 2WDQA 3GMBA 3AE9A 4H2QA 2V60A 3P4QA 4IA5A 4NTEA 4UP3A 1MOKA 3ALMA 3P1WA 1Y56B 4IV9A 1M6IA 5JCLA 3OC4A 3EAOA 1E1LA 1PJ5A 3KVEA 4EMWA 3VRAA 4H4SA 4AP1A 2BXSA 3NN0X 4GCMA 1JNRA 2Q6UA 2BACA 3LB8A 4E0VA 2X8CA 3FG2P 3AEAA 2HQMA 4WX1A 2X8HA 3VQRA 2DKHA 2WQYA 2YAUA 1F8SA 2BCGG 3GSIA 4BURA 4H4PA 2XFOA 4YTNA 1NHPA 1Z6LA 1H86A 3BI2A 2GQWA 2YLZA 3AD7B 3NYEA 4J33A 1NPXA 3UP5A 2WU5A 5EOWA 5KXJA 3AB1A 4J36A 1PBCA 1ZOVA 1MO9A 2C64A 4EIQA 1GXFA 1ELIA 3ADAB 3DA1A 3K7MX 4GRTA 5FS9A 4O5UA 2C73A 1IUWA 3DJJA 1FL2A 3KU9A 2XYOA 1GOSA 4H4VA 1O5WA 2XCGA 3AYIA 1CJCA 4ZCDA 2B7SA 4EM4A 4TM1A 4H50A 1BKWA 3V76A 1X31B 1DOBA 3C96A 1B37A 1S3BA 1GTEA 3VRBA 1H81A 4JY2A 4U2SA 2XVEA 4C77A 1OJCA 2JB3A 1H84A 3H8IA 2YVJA 4YKFA 2WHDA 2YR4A 4ADWA 2WESA 4D04A 2YG5A 3DK8A 4PABA 1PDHA 3UOVA 1BZLA 2C72A 2WP9A 3FIMB 4IA6A 2YR5A 4U8JA 3NLCA 1PBDA 3KA7A 2WDRA 3CGDA 3AECA 4BJYA 5HY5A 3VR8A 4XXGA 2YG3A 4ZCCA 4Z2UA 4Z2RA 3DJGX 3RHAA 2XVHA 1CJ2A 2XLRA 3T37A 3DMEA 1Q1RA 3UKPA 4A79A 3D1CA 2ZZCA 4Z26A 3UKKA 3G5SA 1LVLA 2JB2A 2BA9A 1GALA 2XLPA 2VRLA 5KWFA 1JOAA 2AR8A 3L1RA 1D7LA 1LQTA 2X3NA 3SFEA 3H4KA 5HYMA 2B9WA 3FPZA 2YLTA 2JK6A 2JBVA 1GRAA 4K5SA 4H4UA 4HB9A 2BABA 1JRYA 3K7TA 2BS2A 2JB1A 2B9YA 2A89A 2YG4A 2E4GA 5KVHA 4GUVA 3SGLA 3SFDA 3CNSA 4TM0A 2GF3A 3COXA 4RG3A 2BS3A 2TMDA 2YG7A 4TLZA 2WOVA 4YKGA 2A8XA 1Q9IA 5EB4A 3ATRA 3GWFA 3NT6A 2JKCA 2RGJA 2ZZBA 1QLBA 4A9WA 4FX9A 2ARDA 3JSKA 2WBAA 3K30A 4NTCA 4U8MA 1UKVG 4EQXA 1TDFA 2I0ZA 5KVIA 5BUKA 2OALA 5IPYA 1H6VA 1KNRA 1E39A 4YXDA 3UKFA 4YT0A 1EL8A 1NAAA 2XFUA 2IVDA 1ZYNA 1JU2A 1VQWA 3NN6X 3AEDA 1K0JA 1N4VA 2YLRA 4OPUA 2AAQA 5CQFA 4K5RA 3GD3A 3O0HA 1S2QA 1NG4A 1GSNA 1PXBA 2FJEA 3SQPA 3BI4A 3CPJG 4USQA 1IUUA 3UKQA 5CKUA 1RSGA 3WE0A 1DXLA 3EANA 1PXAA 1M64A 4H2RA 3HZLA 1LTXR 2EQ8A 2WPFA 5GSNA 3GRSA 3QJ4A 4J2WA 4K8DA 1ZKQA 2C70A 1H7XA 3ALJA 3UOZA 1IJHA 2GR2A 3GYIA 4IVOB 1FECA 4MJWA 4K2XA 2YG6A 3F8DA 4C5OA 4XWRA 2C66A 2R9ZA 2GR3A 4RSLA 4A7AA 3OZ2A 2XFQA 1OJAA 2F5ZA 4H2PA 1JRXA 2XVIA 5M10A 1L9CA 2EQ9A 2J3NA 2GR0A 2A87A 5M0ZA 2GVCA 1IUSA 3ITJA 1FEBA 2WU2A 2FJDA 3NRNA 4BV6A 3GYJA 2YM1A 3S61A 1NHSA 2PYXA 3ICRA 2GQFA 2YVGA 1DOEA 1K0LA 4LA1A 3E1TA 1PHHA 5BVAA 4FDCB 4H2NA 1QJDA 2Y6RA 3KD9A 3Q6JA 1PBFA 5LV9A 3CNPA 3AE4A 3NK0X 1NG3A 1TYPA 1VRQB 3NHOX 4A65A 5KOXA 4O5QA 1XPQA 3Q9TA 4WCTA 4NEVA 1S3EA 3AE5A 4YSHA 2Z5XA 4BK2A 2V6OA 2R46A 1CJ3A 1F8RA 1E1KA 2V3AA 5DBJA 4U2LA 3QSEA 1CC2A 2GAHB 1NDAA 3AE2A 2BYBA 1CF3A 1LJ1A 3L8KA 3UTHA 4X9NA 3CTYA 2C7GA 3KLJA 2B7RA 4OPCA 4HA6A 1K4QA 4OPLA 4A99A 4BK3A 3G5QA 4U2TA 1H83A 1O94A 3GD4A 1GREA 4U8NA 3UP4A 3NTAA 4A5LA 3EPTA 3C4NA 2XFNA 4B1BA 1YY5A 2Y6QA 4I59A 2IIDA 3QVPA 4U8OA 1YKJA 3CPIG 4H4RA 2VZ2A 3QFAA 2QAEA 2XDOA 2O9ZA 3NYFA 4USRA 1NHRA 3LOVA 2GRTA 4GDPA 5KRQA 4U8PA 3ZYXA 3DJEA 2FJBA 2QCUA 2AQJA 5HHFA 2R0PA 4JDRA 3II4A 4B69A 3DH9A 4A6NA 4BK1A 1TDEA 3NNEA 4J57A 3CN8A 1REOA 4APNA 2OAMA 3AWIA 1IUTA 4NTDA 2X99A 1Y0PA 4TM3A 4C74A 2JAEA 1FEAA 2C76A 2WOIA 4YTMA 4CNKA 3KPFA 1XHCA 3ABVA 1GV4A 3AYJA 2CULA 4OPDA 4FK1A 1P2HA 1GRBA 2NVKX 1TDOA 1PN0A 4AP3A 3F8PA 2WP6A 3B6DA 2R4JA 1GNDA 4LIIA 1RYIA 3AE1A 4JN9A 3CNJA 3AEEA 2YR6A 4H4ZA 5J7XA 4EIPA 1PJ7A 2BK4A 3AE6A 4BJZA 1CJ4A 3UKAA 3GDPA 1PJ6A 1ZYPA 1ZMDA 3DGHA 3IHMA 5JCKA 3H8LA 1GT8A 1TRBA 1GPEA 1AOGA 1DJNA 4JY3A 1CHUA 2XLUA 2XVFA 2FBWA 3UTGA 4H7UA 3D8XA 3CNTA 3KKJA 2VRMA 4A6NB 2OLNA 1DOCA 3IC9A 1YQ3A 4PAAA 4REKA 2WS3A 4U8KA 2V5ZA 4B66A 4B68A 1ZY8A 3BI5A 1GERA 1JEHA 1K0IA 1ZP0A 3NKSA 3PVCA 2QA2A 2E1MA 4U8LA 2GV8A 3QSMA 2ACZA 4UDPA 2CDUA 1D5TA 1E6EA 2H88A 2GMJA 2EQ6A 3URHA 3GDNA 2GEWA 3M12A 3ALLA 4RG4A 4B67A 2ZBWA 1P2EA 1ZMCA 4D03A 3CGBA 1O95A 3PS9A 3IF9A 3P9UA 5FMHA 4B65A 2EQ7A 1H82A 5U25A 1ONFA 2IVEA 5HXIA 3M13A 2PHHA 2Q0KA 3BHKA 3AD8B 3CPHG 5L46A 2CVJA 2DKIA 1DNCA 4UDQA 1E1NA 1NHQA 3P4SA 4ZN0A 4H4WA 5C2TA 1IUVA 4H4XA 4TLXA 3ZDNA 3DJDA 4GR1A 2C75A 1LV0A 4YSYA 3IHGA 1KFYA 4DNAA 5BULA 4JNAA 4IVMB 3REDA 4K22A 1GRFA 3RP8A 4CNJA 2VVMA 1LQUA 2Z5YA 4B63A 1ZX9A 3UOYA 2YLWA 4Z43A 2YLXA 1L9EA 2CFYA 3PO7A 3NGCX 4JQ9A 2VOUA 2YVFA 1DODA 4EQRA 4ECHA 2R0GA 1CBOA 4ICYA 1JRZA 3F8RA 1EL7A 3LZWA 3BHFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GL5A 3LJRA 4ZBBA 1HYUA 1YQZA 5HFKA 3RNMA 1YEXA 4OPTA 4DVCA 2C67A 4Z44A 4GDEA 4OFMA 3SY4A 1K3YA 4EE0A 3T2KA 4K6XA 3AEFA 2BXRA 1AIUA 3NG7X 3GTUA 11GSA 3SWLA 1XIYA 2OKAA 2VL2A 3D22A 1FVKA 1HNCA 4I2TA 2Q0LA 2PVOC 1S3AA 1AQVA 4G0KA 1B4VA 3GH6A 5AIXA 1GTHA 2ZZ0A 4HQZA 3KGKA 1EV9A 4WR5A 5J60A 2GAGB 3UKLA 4CBQA 4ZB9A 1GSSA 3G5RA 3GH9A 3RHCA 1N4WA 3UVHA 4K7NA 4G2EA 4AJ7A 1KDGA 1PBBA 1E6BA 2GQLA 1BWCA 4MP4A 3HYXA 2K18A 2R0CA 5FS8A 4V1Ag 4HDEA 3ISHA 1A2LA 4J34A 1ZYQB 2IN3A 4J31A 4X1UA 4AOSA 4CCQA 2MMZA 5DJLA 2LRNA 4PURA 2NPXA 2CV4A 1PX6A 1D7YA 3WGDA 4PUAA 2N5AA 3I3LA 4OPGA 2PGTA 3I6DA 5IM9A 2FWHA 1PMTA 3NZNA 3UTFA 1EL5A 4Y4LA 3MSZA 1XFLA 2WOWA 4M52A 2DBCA 3FRCA 4EDZA 4TM4A 2WPEA 2H89A 1OJ9A 1KNPA 2PBJA 3I6AA 3HVVA 1BGJA 1EBDA 1T7PB 1GRHA 2CVKA 4G6GA 2AB6A 1KSSA 4NEWA 3T14A 4IQAA 2X64A 4TR3A 2XLTA 2GQMA 1B8SA 1NEKA 1LBKA 4JNQA 2R37A 2GMHA 3FK8A 2WPCA 1RP0A 5KN3A 3FEUA 2NDOA 4KPRA 1OC8A 2NTOA 3QFBA 1GESA 3R9UA 1B8XA 5D9VA 5EPFA 2E5VA 1PL1A 3CBUA 5AISA 4DEJA 2RGOA 1W4XA 4CRTA 3P7XA 5FS6A 3IPZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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