4O5UA

Crystal structure of alkylhydroperoxide reductase subunit f from e. coli at 2.65 ang resolution
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
b'MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
total genus 155
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5uA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA03
2WEUA 1L9DA 4AOXA 4YTNA 4C74A 2V6OA 4OPUA 4E0VA 2C65A 4BJZA 3LZWA 3NK0X 1BF3A 2Y6QA 2VZ2A 2FJDA 3UTHA 2YQUA 3CN8A 2C75A 1JRZA 1LQTA 2WETA 1KSSA 3G5QA 1ONFA 1P2EA 2X8GA 4WX1A 1ZY8A 1DOBA 2WPEA 3Q6JA 3ALJA 3F8RA 4BK2A 2QA1A 3UCLA 1GRGA 3AWIA 1VDCA 1KDGA 4LIIA 3IC9A 5TR3A 4EM4A 2X3NA 4DSHA 1OJCA 4A65A 2QA2A 2YLSA 3F8DA 4H4VA 3ABVA 4J36A 3C4NA 5BULA 2YG4A 4OPGA 4UDPA 3AD8B 5KVIA 1F8RA 3BNUA 3D8XA 4RG4A 1H83A 4GDPA 2GAGB 1DJNA 3ALMA 4TLXA 4U2LA 5C3JA 3KU9A 1GESA 4RSLA 3P9UA 4D03A 3ZYXA 2BXSA 2ZZCA 3GYJA 3P4RA 1JRYA 2BYBA 5EOWA 4CNJA 1NENA 3CNJA 4H4YA 3UOVA 3QFAA 3UKLA 4H7UA 3QVPA 3GD3A 1QO8A 1VG9A 3AEBA 3KVEA 2WP5A 4CY6A 1GTHA 3DJDA 2WPFA 2WPCA 1KSUA 2AAQA 2XFUA 1PBEA 3AYJA 4GUVA 4CCRA 5KXJA 1H86A 2GMJA 3AYLA 4OPDA 3DJEA 3RP7A 3EANA 3Q9TA 4GR1A 5EB4A 1CJ4A 1NHQA 3G5SA 3QVRA 4CNKA 1PXCA 5FS8A 2C66A 2YLRA 4EM3A 2R9ZA 2YR5A 3DMEA 4K8DA 2BCGG 4Y4LA 1JNRA 2FJEA 2OA1A 2CDUA 2BS4A 1QJDA 2WDVA 3AE1A 4YXDA 2YR4A 2GAHB 1FOHA 1N4VA 2B9XA 2DKHA 3FMWA 4MJWA 3P1WA 3LADA 3NTAA 1EL7A 1UKVG 3FG2P 3LOVA 2BACA 4EQSA 2WDRA 3VQRA 4GRTA 4OPIA 4EQWA 2YM2A 1ZK7A 1DOCA 1OJAA 5BVAA 5C2TA 5JCIA 1MOKA 2WESA 1ZP0A 3AEAA 3BHKA 1YKJA 3VRDB 2QAEA 4N9XA 4DGKA 1M64A 4X9MA 3URHA 2WOWA 1X31B 2XFOA 2YLWA 4TLZA 3CGEA 1GOSA 4XWRA 4A79A 2IVEA 4HB9A 1ZDLA 2WDQA 1FECA 2YG5A 3R9UA 1NG3A 4J34A 2B9WA 3AE9A 1F8WA 4GCMA 4FK1A 2J3NA 2YVJA 3FPZA 2JK6A 2YVFA 3D1CA 3S5WA 4Z2RA 4K7ZA 5JCLA 1D7LA 1XANA 4Z43A 1D4CA 1TDOA 2XLSA 1XDIA 4U2TA 2V3AA 4H4PA 4A9WA 3NKSA 4GF7A 5KRQA 1CF3A 2JBVA 1RSGA 2A87A 2JAEA 2DKIA 5M10A 4I58A 4ZN0A 5J7XA 4YKGA 1B8SA 1B37A 2BK5A 1COYA 3GSIA 2TMDA 3KKJA 2B7RA 1NHRA 4A99A 1VRQB 2B7SA 3E1TA 3UOZA 1SEZA 3SGLA 3DJGX 1GNDA 1XHCA 2B9YA 2VRLA 5EB5A 1Y0PA 4BURA 4XWZA 3AB1A 3AD9B 5KVHA 3S61A 2E4GA 1CL0A 1GALA 4H50A 2XFQA 3AE8A 4J57A 5U63A 3CNSA 1PJ6A 4C3YA 4NZHA 2BK4A 3AEDA 3IHGA 3PVCA 5IQ1A 1GRBA 1PBDA 1H81A 1ZX9A 3GDPA 5BRTA 3QSSA 2NPXA 4NTEA 2GQFA 2Q0KA 1H6VA 1GTEA 4Y4NA 1VG0A 1N1PA 3CNPA 1Q1RA 3EAOA 3VR9A 4EIPA 1Q1WA 1D7YA 4U8KA 1ZOVA 4DNAA 1NEKA 3K7MX 1Z6LA 5JCKA 2OLNA 4D04A 4FX9A 4M52A 3BI5A 2GR1A 3L1RA 3BI4A 4B64A 1GSNA 2IVDA 4A6NB 4IV9A 3M13A 3P4QA 4NEVA 4A5LA 2GR2A 1IUVA 1K0LA 1NHSA 4H4TA 4OPLA 2ARDA 1N4UA 1YQ4A 1Q9IA 2XFNA 3CPJG 2C7GA 3VR8A 3UTEA 4YWOA 4U8NA 4BK3A 4MNNA 2RGJA 2VVMA 1PBBA 2GF3A 2I0ZA 2YAUA 1NDAA 1GREA 2JB3A 3CGBA 1KNPA 1QLBA 4BJYA 1NPXA 2WP9A 3EPTA 3SFEA 2BS2A 4P9SA 2VQBA 4ZCDA 1S2QA 5LV9A 2ACZA 4A7AA 2X8CA 4ICYA 1OJDA 3B6DA 2XYOA 2YM1A 4REKA 2X8HA 4DSGA 1F3PA 1GRHA 1ELIA 1F6MA 3QSMA 4J31A 3DK4A 1EL9A 1ZOYA 4U2SA 3OC4A 4EIQA 1H7WA 2JKCA 3AEEA 2XFPA 3H8IA 1PHHA 1E6EA 1FEBA 2C67A 1CJ3A 1PN0A 1EL5A 2BC1A 4Z25A 2GR0A 3UKKA 2H89A 2BABA 3UOYA 1S3BA 2YWLA 1DODA 3UTGA 2XVEA 2C73A 3CGCA 3CNTA 3NNEA 2C70A 5U1OA 1GRTA 1CJ2A 2XVHA 4H4UA 3CIRA 3NGCX 3HZLA 1L9CA 2YG7A 2R45A 2YR6A 3F8PA 4OPCA 1CC2A 4LA1A 1B4VA 2W0HA 1PBCA 3PS9A 3QSEA 4FK1C 4I59A 3RHAA 5FMHA 5IPYA 1GV4A 1OJTA 1N4WA 1RP0A 3M0OA 3NK1X 1Y56B 5BUKA 2C64A 2H88A 2Q6UA 1GRAA 4B63A 1GXFA 3AYIA 2RABA 4J56A 3REDA 2XVFA 1CHUA 2BCPA 4EMJA 1PJ5A 3AECA 2A8XA 2YLTA 3NK2X 1PJ7A 2BC0A 1H84A 3NTDA 3DK9A 4B66A 2EQ6A 5DBJA 2V61A 1ZYNA 4AP3A 3K30A 1IUXA 1GERA 1O95A 4WCTA 4A6NA 3SFDA 5HXIA 2PYXA 1D5TA 4U8OA 1TDEA 1DJQA 1DOEA 2C72A 2GVCA 4IA5A 3VRBA 4OCGA 4USRA 5J60A 4Z2UA 1O5WA 1E1KA 4EQRA 4H2NA 4YTPA 5IQ4A 2XLTA 2GQWA 2GEWA 1K4QA 4C77A 2V5ZA 4J33A 4JQ9A 5CQFA 4CBQA 1BGJA 1VQWA 3L8KA 1IUWA 4YSHA 3H8LA 4H4WA 2R0GA 4ADWA 1P2HA 2BS3A 1H7XA 1LV0A 3CGDA 4U8JA 2Z5YA 2EQ7A 4H4ZA 4IVOB 2B76A 2X99A 1D4EA 4JN9A 3ITJA 1D4DA 3BI2A 2RGHA 4TM0A 2AR8A 3I6DA 1LPFA 2XLPA 2ZZBA 1JNZA 4KX6A 4UDRA 4ZCCA 3C4AA 2V3BA 3H4KA 2IIDA 3WE0A 1S2YA 5KOWA 2Q7VA 2FBWA 4U8MA 3AE6A 3UP5A 3SQPA 2WOVA 4AT0A 1REOA 2C76A 2BA9A 1FCDA 3OZ2A 4O5QA 4AOSA 3GRSA 3GD4A 1ZKQA 3NYFA 3IWAA 4IVMB 4NTCA 5GSNA 3VRAA 3ALLA 4YSYA 1E1NA 4USQA 1E7PA 4NEWA 3UTFA 1FL2A 2R4EA 1YQ3A 3DH9A 1ZMCA 2GB0A 2OLOA 5JCNA 5U25A 3KLJA 4H2PA 1GPEA 1OJ9A 1BZLA 3UKAA 4JNQA 1YY5A 3AE2A 3AE3A 3GDNA 1Y56A 4JY3A 1JU2A 2CVJA 5CKUA 1RYIA 4H4QA 2VQ7A 1FEAA 2ZBWA 5HYMA 2XLUA 3KD9A 1NG4A 4TM1A 4UDQA 4CCQA 1LTXR 3UOXA 2X50A 4B67A 4OPTA 4K5RA 4B69A 1JEHA 1CC4A 3GYIA 4XXGA 4YT0A 4JDRA 2HQMA 3CPIG 2R0PA 2FJBA 2BXRA 1TYPA 1GETA 1BKWA 2AQJA 3UKPA 3NIXA 1NHPA 4AT2A 1H82A 3COXA 5FS7A 1M6IA 4JNAA 4H4RA 2VVLA 1TDKA 2E1MA 3NN6X 2GRTA 3ADAB 3P4SA 2R46A 4C3XA 4LU6A 4J2WA 1K0IA 4YSXA 2VVLG 1GEUA 2Q0LA 2OALA 2YG3A 2R4JA 2YG6A 3ISHA 2E5VA 1EL8A 4PAAA 3NN0X 4C5OA 2PHHA 3NG7X 3ICSA 3LXDA 4GDEA 3LJPA 1BGNA 1TRBA 3DA1A 5EBKA 4BK1A 3FIMB 3RNMA 3AE5A 3K7QX 5KWFA 2VOUA 3KPFA 2V60A 4Z24A 2FJAA 1JOAA 1KNRA 2CFYA 3K7TA 4K22A 4U8LA 4CRTA 3II4A 1IUUA 4X9NA 3M12A 4JY2A 1TYTA 2UZZA 1B5QA 5HY5A 5L46A 1EBDA 3UKQA 3V76A 4EMWA 2EQ9A 3DK8A 4CY8A 2C3CA 2Z5XA 2ZZ0A 2QCUA 3AE7A 1CC6A 4B1BA 3AD7B 1E1MA 4FDCB 4KPRA 4Z44A 1PXAA 1F8SA 3GWFA 2WU5A 2R0CA 2WQYA 5KOXA 4NTDA 2XLRA 1MXTA 1BWCA 2EQ8A 3NYCA 4AP1A 3ATQA 3T37A 3AEFA 1TDFA 1HYUA 4BV6A 4K5SA 3QFBA 3CTYA 1DXLA 1V59A 3ICTA 1LJ1A 4ECHA 2O9ZA 4TM4A 3UKFA 1L0VA 4APNA 2JB2A 1CJCA 3CPHG 4X4JA 1S3EA 4U8PA 1TDNA 2YLXA 2GV8A 4H2RA 1CBOA 4Y4MA 2APGA 4PABA 1L9EA 3GMBA 4EMIA 3AXBA 3G5RA 1KFYA 3RP8A 2WBAA 1E39A 2WP6A 1ZYPA 4RG3A 2A89A 3ATRA 3LB8A 3EF6A 3QJ4A 5ER0A 1DNCA 3NLCA 3NHOX 4K2XA 2TPRA 3UP4A 1XPQA 3NYEA 5GRTA 2Y6RA 2F5ZA 1PS9A 1IUTA 5JCMA 2RGOA 1K0JA 1PBFA 4HA6A 1GT8A 3IHMA 3NRNA 3O0HA 3PO7A 4IA6A 4TM3A 5HHFA 3RP6A 1LVLA 1KF6A 3SM8A 4O5UA 3UKHA 3KA7A 4H4XA 4UP3A 1NAAA 4OVIA 2WOIA 3P4PA 1MO9A 2XDOA 4YTMA 1LQUA 2YLZA 3V3NA 2WS3A 4B65A 2NVKX 3FBSA 4H4SA 5FS9A 1O94A 3I3LA 4H2QA 3GWDA 2WU2A 3CNDA 2XCGA 1JRXA 3DGHA 2XVJA 1IJHA 3AEGA 2GMHA 3AE4A 3B3RA 5FS6A 4EQXA 4Z26A 2BK3A 3V3OA 2CULA 2C3DA 3IF9A 2OAMA 1W4XA 3C96A 1IUSA 3DGZA 3BHFA 4Z2TA 2JB1A 3JSKA 3GRTA 2VRMA 3NT6A 3LZXA 4B68A 1ZMDA 4YSZA 1PDHA 1E1LA 3BNMA 3ICRA 3NH3X 4YKFA 2YVGA 1YQZA 2WHDA 2GR3A 2GH5A 3DJJA 3GMCA 1PXBA 1AOGA 4U8IA 5M0ZA 3ZDNA 1GRFA 2XVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L9DA 2V6OA 1EEMA 2C65A 2CVDA 4HEA2 3ZVJD 3NK0X 2FJDA 4IJ3A 1K3LA 1LQTA 4WX1A 1HD2A 2WULA 4MZCA 1ONFA 12GSA 4V2MA 5F06A 1ZY8A 1M2DA 4EVMA 5HQPA 2YJHA 5ID2A 16GSA 3QFAC 1R7HA 4E8EA 4LIIA 3EYTA 4EM4A 4DSHA 1JLWA 2C0EA 2HRFA 3F8DA 1ZOFA 3C4NA 4UDPA 5KVIA 4U2LA 3BCIA 1H83A 2HXKA 6GSWA 4K2DA 1XXUA 1GESA 4D03A 1N8JA 4O7HA 3ZYXA 3HDCA 3IHQA 1JRYA 3CNJA 3TRPA 4K7IA 1M2AA 3RBTA 5CREA 3VWVA 3AEBA 1GTHA 4G6GA 1FB6A 3DJDA 2WPCA 1QUWA 2XFUA 1PL2A 2IN3A 4XRAA 5KXJA 4NHZA 1H86A 5IMZA 3RP7A 3CTGA 2FGXA 3EANA 3Q9TA 5EB4A 3TOTA 1NHQA 1ERUA 5AGYA 2YLRA 4EM3A 2L6CA 2FJEA 1QJDA 2WDVA 4KUNA 4YXDA 2YR4A 2GAHB 1FOHA 1EWXA 2VL2A 2PERA 3LADA 3NTAA 4OWYA 4EQSA 4GRTA 2DIYA 2R37A 2GT6A 4K1FA 4JZQA 3VWUA 3TJKA 1DOCA 9GSSA 1ZP0A 4IKHA 4BL7A 1OE7A 4EDZA 3ZREA 3N9JA 3GMFA 1FW1A 3PH9A 2QAEA 4DGKA 1RW1A 1FVJA 2OE1A 2YLWA 3CGEA 3I69A 2IVEA 1ABAA 3US3A 3TJFA 1FECA 2B9WA 4WEYA 3AE9A 2NVLA 3KP8A 2JK6A 1SL2B 2YVFA 1D7LA 1XANA 3F9UA 1XDIA 2J23A 5ECKB 6GSYA 1XW9A 4H4PA 4A9WA 4H86A 3LORA 3ERFA 2JAEA 3SZFA 4WR5A 2DKIA 3CMMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L9D A;  2V6O A;  1EEM A;  2C65 A;  2CVD A;  4HEA 2;  3ZVJ D;  3NK0 X;  2FJD A;  4IJ3 A;  1K3L A;  1LQT A;  4WX1 A;  1HD2 A;  2WUL A;  4MZC A;  1ONF A;  12GS A;  4V2M A;  5F06 A;  1ZY8 A;  1M2D A;  4EVM A;  5HQP A;  2YJH A;  5ID2 A;  16GS A;  3QFA C;  1R7H A;  4E8E A;  4LII A;  3EYT A;  4EM4 A;  4DSH A;  1JLW A;  2C0E A;  2HRF A;  3F8D A;  1ZOF A;  3C4N A;  4UDP A;  5KVI A;  4U2L A;  3BCI A;  1H83 A;  2HXK A;  6GSW A;  4K2D A;  1XXU A;  1GES A;  4D03 A;  1N8J A;  4O7H A;  3ZYX A;  3HDC A;  3IHQ A;  1JRY A;  3CNJ A;  3TRP A;  4K7I A;  1M2A A;  3RBT A;  5CRE A;  3VWV A;  3AEB A;  1GTH A;  4G6G A;  1FB6 A;  3DJD A;  2WPC A;  1QUW A;  2XFU A;  1PL2 A;  2IN3 A;  4XRA A;  5KXJ A;  4NHZ A;  1H86 A;  5IMZ A;  3RP7 A;  3CTG A;  2FGX A;  3EAN A;  3Q9T A;  5EB4 A;  3TOT A;  1NHQ A;  1ERU A;  5AGY A;  2YLR A;  4EM3 A;  2L6C A;  2FJE A;  1QJD A;  2WDV A;  4KUN A;  4YXD A;  2YR4 A;  2GAH B;  1FOH A;  1EWX A;  2VL2 A;  2PER A;  3LAD A;  3NTA A;  4OWY A;  4EQS A;  4GRT A;  2DIY A;  2R37 A;  2GT6 A;  4K1F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1L9D A;  2V6O A;  1EEM A;  2C65 A;  2CVD A;  4HEA 2;  3ZVJ D;  3NK0 X;  2FJD A;  4IJ3 A;  1K3L A;  1LQT A;  4WX1 A;  1HD2 A;  2WUL A;  4MZC A;  1ONF A;  12GS A;  4V2M A;  5F06 A;  1ZY8 A;  1M2D A;  4EVM A;  5HQP A;  2YJH A;  5ID2 A;  16GS A;  3QFA C;  1R7H A;  4E8E A;  4LII A;  3EYT A;  4EM4 A;  4DSH A;  1JLW A;  2C0E A;  2HRF A;  3F8D A;  1ZOF A;  3C4N A;  4UDP A;  5KVI A;  4U2L A;  3BCI A;  1H83 A;  2HXK A;  6GSW A;  4K2D A;  1XXU A;  1GES A;  4D03 A;  1N8J A;  4O7H A;  3ZYX A;  3HDC A;  3IHQ A;  1JRY A;  3CNJ A;  3TRP A;  4K7I A;  1M2A A;  3RBT A;  5CRE A;  3VWV A;  3AEB A;  1GTH A;  4G6G A;  1FB6 A;  3DJD A;  2WPC A;  1QUW A;  2XFU A;  1PL2 A;  2IN3 A;  4XRA A;  5KXJ A;  4NHZ A;  1H86 A;  5IMZ A;  3RP7 A;  3CTG A;  2FGX A;  3EAN A;  3Q9T A;  5EB4 A;  3TOT A;  1NHQ A;  1ERU A;  5AGY A;  2YLR A;  4EM3 A;  2L6C A;  2FJE A;  1QJD A;  2WDV A;  4KUN A;  4YXD A;  2YR4 A;  2GAH B;  1FOH A;  1EWX A;  2VL2 A;  2PER A;  3LAD A;  3NTA A;  4OWY A;  4EQS A;  4GRT A;  2DIY A;  2R37 A;  2GT6 A;  4K1F A; 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