4O5UA

Crystal structure of alkylhydroperoxide reductase subunit f from e. coli at 2.65 ang resolution
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
total genus 155
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5uA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA03
4OPUA 1IUTA 4WCTA 4NTCA 3UCLA 4U8PA 3VRAA 2H88A 2VVMA 3KVEA 3P4QA 1L9DA 4BJZA 5GSNA 4DSHA 4AT0A 3NYEA 3VRDB 2YR5A 1IJHA 3ICTA 4BK1A 2YR4A 3O0HA 5KVHA 1BZLA 3AEFA 2EQ7A 2CVJA 2YVJA 3ISHA 3R9UA 1CC6A 4OPDA 4EIPA 3NTDA 4Z2RA 3FIMB 1KSSA 1CF3A 1OJAA 2A87A 2OA1A 3H8LA 4JY3A 1E39A 4NTDA 4BJYA 2WOIA 2BYBA 2CFYA 1FEBA 3CGEA 2VRMA 2YLWA 3DA1A 3DK9A 1Y56B 1NG4A 1TYTA 1KNPA 3D1CA 3G5QA 4CBQA 3ICSA 1ZYNA 1Q9IA 2JB1A 1JEHA 3COXA 2NVKX 3AYIA 2APGA 4GRTA 3C96A 3EF6A 4Z26A 1NDAA 3GRSA 1TDKA 3K30A 2QAEA 2YWLA 3GWDA 2YM1A 3NK2X 1GRFA 4JNQA 1K0LA 2FJAA 1CJ4A 3VR8A 2OLOA 4XXGA 1H82A 4J31A 2GAGB 2VOUA 2EQ9A 2A89A 3NIXA 4EMWA 3QSEA 2BABA 4A79A 4O5UA 3UKKA 5JCIA 4JNAA 1SEZA 2YG7A 4XWRA 1BGNA 3FBSA 3T37A 2FBWA 1TDNA 3B3RA 4CRTA 2WPFA 3GSIA 4HA6A 4REKA 3AE4A 5BVAA 4TM1A 2RGHA 3RP8A 1EL8A 4EM4A 4X9MA 1FECA 2XFPA 1DODA 2B9WA 1YQ4A 2BS4A 5J7XA 2XYOA 4H2RA 4B66A 4CNJA 4DSGA 3UTEA 1MOKA 1DJQA 2PHHA 4U8NA 1DNCA 1VQWA 4BV6A 2IVEA 4EMJA 1K4QA 1PS9A 1Z6LA 4D03A 5CQFA 2WOVA 4TM3A 2FJEA 1O5WA 3QFBA 1VG9A 5ER0A 2RABA 1IUWA 5KVIA 4K5RA 3QSMA 3UKFA 3NNEA 3AXBA 2CULA 3AE1A 4Y4LA 5U25A 4YXDA 4PAAA 5FS6A 3IC9A 4H4UA 4H4YA 5BRTA 1UKVG 3EPTA 5C3JA 2DKIA 1H83A 3UKPA 4H4PA 3AEDA 4P9SA 2GRTA 1K0JA 4A5LA 2JB3A 4EQSA 1LQTA 3DJDA 4OPIA 4EM3A 1PXBA 1F3PA 3NK1X 1FOHA 2GQWA 1REOA 4RG3A 2NPXA 1S3BA 3SGLA 1GNDA 3RP7A 4A65A 1ZP0A 1B4VA 2R4EA 3NH3X 2GVCA 2WQYA 4TM0A 3UP4A 3KA7A 1GTHA 3LZXA 3Q9TA 4X4JA 1GRAA 1ONFA 2B9YA 3GDPA 1H7XA 1IUXA 2XLSA 4USRA 3H8IA 4H4TA 1D7LA 1DOCA 2C66A 3AEEA 1CC4A 2WPCA 4BURA 3LB8A 2AR8A 2AAQA 1PHHA 3AE7A 4YKGA 2H89A 3KU9A 3SFEA 2JAEA 1X31B 4WX1A 3IHMA 2I0ZA 1GESA 2EQ8A 1O95A 5BULA 1NHRA 1L9CA 3FG2P 1MO9A 3F8PA 2V6OA 2XLTA 1E1NA 5FS8A 3IF9A 2Z5XA 4OVIA 2X8GA 1CJ3A 3JSKA 1PBBA 1PDHA 1TDOA 2C3DA 2C64A 2IVDA 1FEAA 3LZWA 3NYFA 2OAMA 4B63A 4C3YA 5HHFA 1YQZA 1H7WA 1BKWA 1VDCA 2YR6A 3KLJA 4CY6A 2V3BA 2F5ZA 2YLRA 1L0VA 2XDOA 1L9EA 5BUKA 4YTPA 1LTXR 5FMHA 2XFQA 2WP5A 5CKUA 4CCRA 3KPFA 3GDNA 3P1WA 4EQWA 1COYA 3S61A 1AOGA 3I6DA 3LOVA 2QA1A 3V3NA 2XLPA 4IV9A 2C65A 2X3NA 3CGDA 4JQ9A 3AE5A 4USQA 1TDFA 1KF6A 1F8SA 1IUVA 1D5TA 1LVLA 3SQPA 4AP1A 4MNNA 1Q1RA 1KDGA 1PJ5A 3C4AA 4H4XA 4EQRA 2VQ7A 2WP6A 2BCGG 2WEUA 2W0HA 4C77A 1EL7A 1ZYPA 4H7UA 2BA9A 3DH9A 5U63A 1GOSA 1LV0A 4ZN0A 2R45A 3M12A 3DJGX 2WDVA 4Z25A 3GWFA 3DMEA 4Z43A 4KPRA 2QCUA 3GRTA 3B6DA 2GF3A 1M6IA 2R9ZA 5KOXA 1XHCA 3ATRA 4PABA 4GR1A 1H81A 4UDRA 2JK6A 3RP6A 4IVOB 1KSUA 2XCGA 1ELIA 5IQ4A 2E4GA 1GSNA 4H4WA 2FJDA 2C72A 1ZMDA 1NPXA 5EBKA 2ACZA 2YG6A 3DGHA 3LJPA 4YTNA 4ECHA 1GPEA 3AE8A 1EBDA 4NZHA 1E6EA 2Q0KA 3URHA 4B65A 3CNTA 3NN6X 4J36A 3UTGA 4EQXA 1RSGA 5KRQA 1O94A 3UKLA 3D8XA 1NHQA 1OJCA 1ZKQA 2BS3A 2JB2A 4FK1C 1PXAA 2RGOA 1OJDA 2YLXA 4H2NA 4EIQA 4OCGA 2VQBA 4UDPA 1GRTA 1FCDA 2TMDA 3UP5A 1E7PA 2XLRA 4B1BA 3AD9B 4IA5A 4CNKA 3CPJG 5U1OA 4ICYA 2C7GA 3VRBA 2ZZ0A 5HYMA 2B7SA 2GMHA 4K7ZA 4OPLA 1OJ9A 3GYJA 3NLCA 5J60A 2A8XA 4E0VA 4NEVA 3BNUA 4H4SA 5JCNA 2GAHB 1PBCA 2BK5A 2C3CA 4K8DA 4TM4A 3NK0X 3VQRA 2EQ6A 2BC1A 4C5OA 1RYIA 3NN0X 1OJTA 1GT8A 4TLXA 1GRBA 5EB5A 1ZK7A 2OALA 1VG0A 2YAUA 4H4ZA 2C70A 5C2TA 4YSZA 4NEWA 2C67A 2Z5YA 3UOXA 1HYUA 1NHPA 1GTEA 2WESA 5EOWA 4YWOA 4H2QA 4AP3A 2E5VA 2GH5A 3UKAA 2R0GA 2V5ZA 1DXLA 1D4DA 1S3EA 2GB0A 2XFOA 4NTEA 4ZCCA 2WDRA 2XFNA 1CJ2A 1W4XA 2E1MA 3AWIA 2GR3A 4DNAA 2J3NA 3G5SA 3WE0A 4UP3A 4K2XA 2WOWA 1KNRA 2XVEA 5IQ1A 3BNMA 1NG3A 3SM8A 4U8IA 1H6VA 2WP9A 4DGKA 2XFUA 2YVFA 3II4A 2GEWA 3QJ4A 2BK4A 3IHGA 4LIIA 3G5RA 1F6MA 1EL9A 2O9ZA 3UOYA 1JNZA 3AYLA 1S2QA 3AYJA 3P4SA 4FX9A 3F8DA 1CHUA 3H4KA 4GUVA 3NG7X 3ZYXA 3E1TA 2YG3A 1MXTA 2GR2A 2DKHA 2WU5A 1ZOYA 1B37A 1PJ7A 2XVFA 3VR9A 2B7RA 2WDQA 2XVIA 4OPTA 1E1KA 1YY5A 4GDEA 1PBFA 4MJWA 3BHKA 4J33A 2WU2A 3DJJA 5FS9A 1LPFA 3BI5A 4FDCB 1VRQB 1CBOA 1GALA 2Y6QA 3V3OA 2JKCA 3CGBA 2HQMA 3FPZA 1E1LA 4A6NA 4I58A 1ZX9A 2BXSA 1TRBA 2VRLA 4Z2TA 1YKJA 3OZ2A 4ZCDA 3PS9A 3IWAA 4U8JA 1JOAA 2C76A 5L46A 3UKHA 1EL5A 1NAAA 4B68A 4YTMA 3AE9A 4CCQA 1BGJA 3ITJA 3GD3A 4GF7A 2GMJA 2BK3A 3KD9A 5FS7A 3NGCX 3ADAB 3PVCA 1JRYA 2X8HA 4RSLA 2V3AA 1GV4A 3L8KA 4U8OA 3LXDA 5HY5A 2Q6UA 4Z44A 3DK8A 2XVHA 5GRTA 2C73A 5KOWA 4LU6A 1QLBA 5DBJA 4A7AA 2TPRA 1D4CA 3ALJA 4U2TA 4AT2A 1XDIA 3AEAA 2V60A 2YVGA 3AEBA 5LV9A 1GXFA 3M13A 5M10A 4IVMB 3ALMA 1GRHA 1NENA 2BS2A 1ZDLA 2X50A 2B9XA 3GMCA 2ARDA 2ZBWA 4CY8A 4IA6A 3CNJA 4B64A 4Y4MA 1ZOVA 3DJEA 4YSYA 4KX6A 2YG5A 3UTFA 2RGJA 4O5QA 4EMIA 3REDA 1JRXA 1PBEA 4JY2A 4HB9A 4OPCA 4H4RA 2YLTA 2BXRA 3M0OA 3ATQA 2VVLA 2VVLG 4UDQA 3UOZA 2IIDA 4BK2A 4B69A 4RG4A 3CNPA 2Q0LA 2BC0A 3DK4A 3AD8B 4ADWA 4LA1A 1F8RA 4Y4NA 1RP0A 1QJDA 2R0PA 1JNRA 2R0CA 3HZLA 4YSXA 1GETA 3EAOA 1M64A 4C74A 4YKFA 4GDPA 1GREA 1N4VA 2YM2A 3P4PA 4FK1A 5JCKA 4U8MA 1CJCA 5IPYA 1DOBA 1H86A 2C75A 2GR0A 1XANA 3UKQA 1Q1WA 1LQUA 3L1RA 1KFYA 2WPEA 4YSHA 1BWCA 1CL0A 1B8SA 1DOEA 3RNMA 1IUSA 3BI2A 3QSSA 1E1MA 3AD7B 2B76A 1BF3A 4N9XA 1PJ6A 2ZZCA 1JRZA 4APNA 1GERA 3CPHG 3V76A 3UOVA 2YLSA 3CN8A 4M52A 2FJBA 2R4JA 1XPQA 3AB1A 3CIRA 3QVPA 3GYIA 1JU2A 3CPIG 3F8RA 4A6NB 4AOSA 4BK3A 1F8WA 1GEUA 2GR1A 3AECA 3NYCA 2CDUA 1N4WA 3CTYA 1N4UA 1D4EA 1K0IA 1Y56A 3OC4A 3I3LA 1GRGA 2UZZA 3SFDA 2GQFA 3BI4A 1TDEA 2Y6RA 4U2LA 5JCLA 1FL2A 4U8LA 4U2SA 5JCMA 4AOXA 1B5QA 2Q7VA 2BCPA 3NT6A 1PBDA 4Z2UA 3UTHA 3K7MX 5EB4A 4A99A 1S2YA 3AE2A 3ABVA 4J34A 3BHFA 2YG4A 4YT0A 2WBAA 2WETA 1P2EA 4JN9A 4K22A 1PN0A 1V59A 3QFAA 3AE6A 4C3XA 1DJNA 4B67A 3Q6JA 1NEKA 1ZMCA 3ZDNA 4X9NA 3P9UA 1D7YA 4J56A 1PXCA 1IUUA 3NHOX 2VZ2A 2V61A 2ZZBA 2XLUA 3K7TA 2WS3A 2X8CA 3CNDA 3DGZA 4U8KA 3KKJA 3PO7A 3C4NA 4H2PA 4A9WA 4J57A 4H4QA 4H4VA 3AEGA 2YQUA 3P4RA 2WHDA 4I59A 3CNSA 2AQJA 3K7QX 4GCMA 5KXJA 1CC2A 5HXIA 2OLNA 3LADA 4XWZA 5KWFA 4H50A 3NRNA 1QO8A 2PYXA 2QA2A 4OPGA 2XVJA 3NTAA 3GD4A 2R46A 1H84A 1LJ1A 3EANA 4Z24A 2JBVA 1ZY8A 1P2HA 3AE3A 3QVRA 4JDRA 4TLZA 4D04A 3ALLA 2YLZA 2BACA 3ICRA 3NKSA 1Y0PA 1TYPA 2X99A 4K5SA 4J2WA 5M0ZA 3RHAA 1N1PA 3S5WA 2GV8A 3CGCA 5TR3A 3GMBA 3FMWA 1NHSA 1YQ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OPUA 4WCTA 1ZMAA 2H88A 3KVEA 4BJZA 2JADA 3VRDB 1NHYA 2BJXA 3ICTA 2YR4A 3W8SA 3J7Yb 1NM3A 5KVHA 3UAPA 3AEFA 2R5GA 4Z2RA 4NV5A 3WGXA 1F2EA 2YZHA 4MF6A 2C8UA 2WOIA 1FEBA 2VLUA 3DK9A 4NV2A 2GTUA 3LW9A 1GNWA 3ZTLA 1W4VA 1TYTA 1KNPA 4JBBA 2H6YA 5DVBA 3COXA 1QMVA 3C96A 3EF6A 3K30A 1GP1A 4BVYB 4K9ZA 1K0LA 5IMDA 4G9KA 4ML1A 4I5QA 2PBJA 1AUCA 1A2MA 2BABA 5CO3A 4O5UA 1SEZA 4XWRA 1XG8A 2FBWA 1U3AA 4TR4A 3B3RA 4REKA 4TM1A 2RGHA 3RP8A 2YJ7A 4X9MA 1QUWA 2XFPA 1DODA 1YQ4A 1XVWA 2BS4A 4B66A 4MJEA 2AHEA 3LSZA 4DSGA 4EUYA 1DNCA 3TB2A 5E4WA 3RHCA 4NMUA 1MDKA 2L6CA 2WJUA 1K4QA 1PS9A 5CQFA 1KNGA 5ER0A 2V2GA 5A4VA 1VG9A 1ERVA 5KVIA 3MIXA 3UKFA 4KA0A 2CULA 1G0TA 4PNFA 1T7PB 4PAAA 4H4YA 1SJ6A 3HJOA 2H30A 1A2LA 3AEDA 1UVZA 2VO4A 4A5LA 4EQSA 5J5NA 1M3JA 1LQTA 3WGEA 1F3PA 1V9WA 2YV7A 2GQWA 2WDUA 4RG3A 1SL0B 1H4OA 1N2AA 3RP7A 1ZP0A 1SYXA 1B4VA 4MP4A 4PX1A 4ZILA 2R4EA 1PMTA 1TK8B 2WQYA 4TM0A 3UP4A 2YP6A 1GTHA 4KX4A 3Q9TA 1AC1A 1ONFA 2B9YA 5D93A 8GSSA 4OCEA 3H8IA 4USRA 1DOCA 1TU7A 2E2MA 3FR6A 2H19A 2AR8A 3T0KA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OPU A;  4WCT A;  1ZMA A;  2H88 A;  3KVE A;  4BJZ A;  2JAD A;  3VRD B;  1NHY A;  2BJX A;  3ICT A;  2YR4 A;  3W8S A;  3J7Y b;  1NM3 A;  5KVH A;  3UAP A;  3AEF A;  2R5G A;  4Z2R A;  4NV5 A;  3WGX A;  1F2E A;  2YZH A;  4MF6 A;  2C8U A;  2WOI A;  1FEB A;  2VLU A;  3DK9 A;  4NV2 A;  2GTU A;  3LW9 A;  1GNW A;  3ZTL A;  1W4V A;  1TYT A;  1KNP A;  4JBB A;  2H6Y A;  5DVB A;  3COX A;  1QMV A;  3C96 A;  3EF6 A;  3K30 A;  1GP1 A;  4BVY B;  4K9Z A;  1K0L A;  5IMD A;  4G9K A;  4ML1 A;  4I5Q A;  2PBJ A;  1AUC A;  1A2M A;  2BAB A;  5CO3 A;  4O5U A;  1SEZ A;  4XWR A;  1XG8 A;  2FBW A;  1U3A A;  4TR4 A;  3B3R A;  4REK A;  4TM1 A;  2RGH A;  3RP8 A;  2YJ7 A;  4X9M A;  1QUW A;  2XFP A;  1DOD A;  1YQ4 A;  1XVW A;  2BS4 A;  4B66 A;  4MJE A;  2AHE A;  3LSZ A;  4DSG A;  4EUY A;  1DNC A;  3TB2 A;  5E4W A;  3RHC A;  4NMU A;  1MDK A;  2L6C A;  2WJU A;  1K4Q A;  1PS9 A;  5CQF A;  1KNG A;  5ER0 A;  2V2G A;  5A4V A;  1VG9 A;  1ERV A;  5KVI A;  3MIX A;  3UKF A;  4KA0 A;  2CUL A;  1G0T A;  4PNF A;  1T7P B;  4PAA A;  4H4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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