4Z2RA

Crystal strucutre of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase from pseudomonas azelaica
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
581
structure length
566
Chain Sequence
AETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGQMGIGDSGSINIEFSADLSSLCEHRKGDMYWMFGVAALRMIRPWNKWICVWGYPEITKEEAKKIIHEIIGTDEIPVEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGTAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Oxidoreductase
source organism Pseudomonas nitroreducens hbp1
publication title A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
total genus 187
structure length 566
sequence length 581
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4z2rA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4z2rA01
2X50A 1TDEA 5JCLA 2EQ7A 3K7QX 4YKFA 3QFBA 2GR0A 1L0VA 4H4XA 1GESA 3AE1A 2GAGB 1CF3A 2WU5A 3P4QA 4LU6A 4C5OA 2BACA 2YLXA 1NPXA 3KVEA 3KA7A 2YLSA 3CN8A 3AYLA 1H7XA 2BA9A 3AEAA 1H6VA 1GRBA 1TRBA 1E1KA 3RP6A 4APNA 1DXLA 3GYIA 4IA6A 1CJ4A 3BI4A 4A65A 4BJYA 4BJZA 3NN6X 2B76A 5FS9A 2WBAA 3CNJA 4UDQA 4FX9A 4Z26A 1D4DA 3E1TA 1PXAA 1Z6LA 2WOWA 1GPEA 5HY5A 4REKA 3CTYA 3C96A 2JB1A 2YG6A 2H89A 1PDHA 1PBBA 2B9YA 1MXTA 4J33A 3UOYA 2XVIA 4O5QA 2A8XA 3JSKA 1ZMDA 2AR8A 2YVJA 4J2WA 2J3NA 2BCPA 3CPJG 3K7MX 2EQ6A 2NVKX 2YR4A 3DJGX 3UKQA 4Z25A 3SGLA 2GQWA 2BS4A 2WQYA 1ZKQA 1NDAA 2WOIA 1NG4A 4FK1C 2XFOA 1H81A 2XVHA 1NHPA 2RGOA 3B3RA 1M64A 2GQFA 2R9ZA 5IPYA 3H8LA 4UDRA 4J56A 2CDUA 4USQA 1H82A 4P9SA 3RP8A 1IUWA 1GETA 3ADAB 3EANA 2C72A 3QSMA 4NZHA 1GRTA 4Y4LA 1GTEA 2WS3A 3AE3A 2WEUA 2HQMA 4Z2RA 1N4WA 3UP5A 3AB1A 2V3AA 4C3XA 4Z44A 3NHOX 4B64A 4K22A 4ECHA 1F3PA 4KX6A 3CNDA 3DJJA 4JNAA 3AE8A 4U2SA 1TDOA 4B68A 3AEBA 1JRZA 4A99A 4EIQA 1PXBA 1Q1RA 3ATQA 3UKFA 5GSNA 1FOHA 2IIDA 3KLJA 3NNEA 1DOBA 1LQUA 1IJHA 2X8GA 4EQRA 1ZOYA 1KSUA 2FJAA 1XANA 4O5UA 4D03A 2Z5YA 4UP3A 3NK2X 1YQ4A 4PAAA 3NKSA 2ARDA 4BV6A 1JOAA 5DBJA 1NG3A 2GMHA 2XFUA 4K2XA 1LTXR 2NPXA 1OJ9A 4PABA 1IUVA 1L9CA 1N4VA 3SFEA 4H4SA 2VRLA 1B4VA 1JU2A 4BK3A 3CNTA 2QA1A 1JNZA 2WP9A 2YR6A 2QAEA 3M0OA 3GMCA 2XYOA 2VVLA 1F8RA 2C76A 3NH3X 1REOA 2DKIA 4Z24A 3ISHA 3F8PA 2GH5A 2B7SA 2O9ZA 3RNMA 5JCKA 1KNRA 1KDGA 2OALA 3NYEA 4U2LA 3ZDNA 3ICRA 1KF6A 4XWRA 4AT0A 1ZK7A 4J36A 4TM3A 1E1MA 2X99A 2GAHB 3K30A 4U8NA 4A6NA 5JCMA 1F8WA 3NK1X 2Q7VA 2C66A 1PJ7A 5CKUA 1DJQA 4HB9A 5KOXA 4J34A 1JNRA 2YVFA 4EMIA 1DOEA 5CQFA 5KRQA 2GR2A 1OJAA 4IVOB 1RSGA 4H4PA 4NTDA 3G5RA 4CRTA 4CNKA 1TYTA 4EMJA 3Q6JA 2YR5A 4OPIA 2APGA 2XLPA 1N1PA 1IUTA 3DGZA 4I58A 2B9XA 4DNAA 3LADA 4CNJA 1COYA 3H4KA 1GSNA 3GD4A 3H8IA 3BHKA 1OJTA 2YVGA 1PJ6A 2VOUA 1FL2A 3UTEA 1BGNA 2JAEA 2YG5A 4NTEA 2R45A 2BK5A 4H7UA 1ZX9A 3F8DA 3UKAA 5KVHA 2RGHA 4H4QA 4CCQA 2VVLG 3NG7X 2CFYA 2JK6A 5J7XA 5JCNA 3Q9TA 5FS8A 4BK1A 3L8KA 4U2TA 2GMJA 1B5QA 1PBCA 3DJDA 1PBFA 3P4RA 3B6DA 2FBWA 4U8IA 3UKLA 1OJCA 3URHA 4LIIA 5KWFA 2TPRA 2TMDA 1Y56A 2GR1A 4YXDA 4U8OA 1XHCA 1OJDA 2E4GA 2JBVA 1CBOA 1YQZA 1GV4A 1BZLA 2GVCA 2V3BA 4NEWA 1BWCA 1YY5A 2X8HA 1KNPA 1LPFA 3PS9A 4Z2UA 4A5LA 5FS7A 1GRGA 1HYUA 1LVLA 1Y56B 3VRAA 4N9XA 2BC1A 4U8MA 3QVPA 3CNSA 3ICSA 1K0JA 1ELIA 2WP6A 3IF9A 5EOWA 4YSZA 5HYMA 1ZY8A 4A9WA 2C65A 2R0GA 1IUSA 4WCTA 5C3JA 3GRTA 1GREA 1O95A 2AQJA 3AD7B 2YQUA 2H88A 4YT0A 2XCGA 4HA6A 3KU9A 2GB0A 2V5ZA 3NTDA 3UP4A 3R9UA 1K0LA 3AE2A 5IQ1A 2I0ZA 4AOSA 4GDEA 2ACZA 1PBEA 1L9DA 4Z2TA 2WDQA 2YLZA 3CGBA 4FDCB 2BCGG 1FEBA 3AEEA 3KKJA 2B9WA 2ZZBA 3PO7A 2WESA 4B69A 1RP0A 3AYIA 2BS2A 2VQBA 4OPDA 1BGJA 3BNUA 4EQXA 2QCUA 3IHMA 2A87A 1CC6A 1XDIA 3GYJA 3NIXA 2UZZA 4H4UA 3UOZA 2BABA 3AEFA 3I3LA 1E39A 2R46A 2VVMA 1VG0A 3IC9A 1NHRA 3ALJA 1ZDLA 4B67A 3AWIA 4OCGA 2OAMA 1PBDA 2C75A 4YSXA 3VRBA 1N4UA 4RG3A 3NTAA 3CGDA 3GWFA 3NN0X 3RP7A 3P4PA 1GT8A 5KVIA 3S61A 4OPCA 1E1LA 1F8SA 4X9MA 4X9NA 2VRMA 2XVJA 2XLSA 1ZMCA 3UCLA 4EM4A 1H7WA 1CHUA 3AECA 3FBSA 3QVRA 2EQ8A 2R4EA 4U8KA 3UKPA 1CJ3A 3LZWA 4C3YA 1GRHA 3RHAA 3BHFA 3AE9A 1PJ5A 4H2QA 3DK8A 2A89A 3GSIA 4ZCDA 4GCMA 2FJBA 2RGJA 2YM2A 3O0HA 5L46A 2YLWA 5LV9A 4YTPA 1AOGA 3COXA 4U8PA 1FECA 2GEWA 1E6EA 4GR1A 4C74A 4B1BA 3AEDA 4YSYA 3CNPA 3REDA 1P2EA 4K5SA 2CULA 3DGHA 3BI2A 1EL9A 1DOCA 2C3DA 4OPTA 4H4WA 4TLXA 2BK3A 4J31A 3UKKA 4B65A 3CPHG 4H4VA 2GRTA 1S3EA 4CY6A 2E1MA 4TM4A 2WDVA 1Q9IA 2W0HA 1DNCA 4ZN0A 3CGEA 2XVFA 2BS3A 2C7GA 4A79A 2C64A 2YAUA 1NHQA 1CJ2A 5U1OA 3T37A 4KPRA 3P1WA 1MO9A 3NT6A 1SEZA 1F6MA 4TLZA 3VR9A 1GNDA 3ALLA 4TM0A 3C4AA 2QA2A 3NRNA 5C2TA 4LA1A 1YKJA 1S2YA 4ICYA 1XPQA 1NAAA 1LV0A 1FEAA 2C70A 3V76A 3SFDA 4A6NB 3QJ4A 3IHGA 1JEHA 3V3NA 5M0ZA 2YLRA 1D7YA 3DK9A 3DK4A 3QFAA 1O5WA 1QJDA 1NEKA 2OA1A 1BF3A 3EAOA 3EF6A 4AOXA 4JY3A 4B66A 3SQPA 4YKGA 5JCIA 1W4XA 2VZ2A 2RABA 3ALMA 3UOVA 2X8CA 2V6OA 2ZBWA 1PXCA 2WP5A 2XLRA 3OZ2A 2E5VA 2ZZ0A 3QSEA 1B37A 2GV8A 3ITJA 5BRTA 4X4JA 4NEVA 3II4A 2BK4A 3AD9B 4DSHA 3AD8B 1O94A 1TDNA 1FCDA 2VQ7A 4EMWA 1PHHA 4GF7A 3PVCA 2PYXA 2V61A 3DA1A 1VG9A 2C73A 3KPFA 3L1RA 1DODA 4XWZA 1V59A 3GWDA 1TYPA 2JB3A 4JDRA 3CPIG 3FMWA 2Q0KA 3CGCA 4MJWA 5U63A 3C4NA 2IVEA 3NYCA 4CCRA 3AXBA 4GUVA 2YM1A 4OPGA 1GTHA 4ZCCA 3ABVA 2FJEA 3IWAA 4YTNA 4D04A 1M6IA 5EBKA 5FMHA 4J57A 3LB8A 4E0VA 5ER0A 3M13A 1DJNA 3WE0A 4CY8A 3P4SA 1JRXA 5FS6A 4H4TA 1TDFA 4B63A 4Y4MA 2YWLA 3ZYXA 2Y6QA 1GXFA 3UOXA 1E7PA 4YWOA 4AP1A 3G5QA 4M52A 1QLBA 4GDPA 3EPTA 4H2PA 3VR8A 4H4YA 1PS9A 4C77A 1Y0PA 3D8XA 4Z43A 5BULA 5GRTA 3DH9A 2DKHA 3GRSA 2BC0A 4UDPA 4OPUA 3LOVA 4JN9A 4DSGA 4OPLA 2CVJA 2B7RA 4BK2A 3HZLA 1CC4A 1H86A 3BI5A 4CBQA 3GDNA 3P9UA 2Y6RA 1KFYA 1NHSA 4EM3A 5IQ4A 2C67A 3G5SA 1P2HA 3V3OA 2EQ9A 3NYFA 4Y4NA 1X31B 2YG3A 3KD9A 3I6DA 3F8RA 3FG2P 4IVMB 1GEUA 2JKCA 2BYBA 4IA5A 1E1NA 1KSSA 3NLCA 4JNQA 3AE4A 4H2NA 1D4CA 1GOSA 2OLOA 5HHFA 1ZP0A 5M10A 1D7LA 1EL7A 2X3NA 2XFPA 1ONFA 2WPFA 5HXIA 2Q0LA 2R4JA 1GERA 1IUUA 1QO8A 4USRA 1NENA 4H50A 1ZOVA 2FJDA 3K7TA 4I59A 5EB4A 5J60A 1EL8A 5EB5A 1JRYA 4GRTA 2JB2A 3FIMB 2IVDA 3DMEA 1K4QA 4JQ9A 2WU2A 4U8LA 3GDPA 2ZZCA 1D5TA 1CL0A 2XLTA 1GALA 4H2RA 2Z5XA 1EBDA 4YSHA 4A7AA 3DJEA 3UKHA 2AAQA 3ATRA 4OVIA 2XFQA 2R0CA 3AE6A 3BNMA 5TR3A 1GRFA 2PHHA 4YTMA 3LZXA 2GR3A 2V60A 2XLUA 2WDRA 3AYJA 4EIPA 3UTFA 4ADWA 4NTCA 1PN0A 2WETA 4K7ZA 1IUXA 4K8DA 3QSSA 3VRDB 1UKVG 3AE7A 4EQSA 1LQTA 1K0IA 1BKWA 2YG4A 1H84A 4AT2A 1D4EA 4H4ZA 4U8JA 2BXRA 1LJ1A 3SM8A 3UTHA 1MOKA 3FPZA 3AE5A 4H4RA 4EQWA 1RYIA 2WPCA 1GRAA 1TDKA 2WHDA 3CIRA 4XXGA 5BVAA 4TM1A 2XFNA 1CJCA 4RG4A 4RSLA 2Q6UA 1B8SA 2XVEA 3AEGA 3UTGA 2YG7A 4BURA 4K5RA 1VQWA 1L9EA 1H83A 3NGCX 3M12A 3VQRA 1VRQB 5BUKA 4JY2A 3LXDA 4AP3A 1Q1WA 2XDOA 3OC4A 3S5WA 1VDCA 3GD3A 4WX1A 2BXSA 5U25A 2WPEA 2F5ZA 3ICTA 5KOWA 2C3CA 3NK0X 3GMBA 3D1CA 2GF3A 1S2QA 4FK1A 3LJPA 4DGKA 5KXJA 1EL5A 4IV9A 1CC2A 2WOVA 1YQ3A 2R0PA 2OLNA 2YLTA 1S3BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HZ4A 4ULXA 1HNCA 3DIEA 1TDEA 2EQ7A 4F9ZA 3T0KA 2GSTA 4YKFA 5FHIA 3QFBA 1GNWA 3ZFBA 4H4XA 1GESA 4LU6A 1M3IA 5ECKB 2BACA 2YLXA 1NPXA 3KVEA 2EIRA 3CN8A 1U87A 5HR2A 3GYXA 4BL7A 3BI4A 2NBSA 3EWLA 5DCGA 3CNJA 4UDQA 2GGTA 2LQQA 4NHZA 1VF3A 1PXAA 1Z6LA 2WOWA 5HY5A 4REKA 3D21A 5CYYA 2YCDA 1M0UA 1M9AA 1R5PA 3VPQA 2FY6A 2H89A 2H6XA 1MXTA 2XPDA 4PNFA 3GKMA 5CRHA 3JSKA 1ZMDA 4TR1A 1V2AA 4ACSA 2BCPA 3UKQA 2KLXA 3SGLA 3CSJA 1R4WA 4Q5RA 1ZKQA 2MZCA 2JZTA 1PN9A 2A2RA 3TJKA 3LWAA 3GX0A 1K0CA 2XVHA 5CRWA 3B3RA 1M64A 3TOTA 3FZAA 4HUAA 3H8LA 1GWCA 4USQA 1HQOA 2YWNA 4P9SA 3ADAB 1PKWA 2YP6A 5KN3A 3EE2A 3ED3A 1OE8A 3UP5A 2V3AA 1GTAA 1ERUA 4B64A 1RK4A 3DJJA 3FZ4A 2IPAA 3A3TA 1KEBA 4U2SA 3GKKA 3AEBA 4A99A 6GSYA 3ATQA 1PXBA 5GSNA 3KLJA 1FG4A 4PNGA 3M0FA 4JZQA 4ML6A 4LL4B 4KH7A 2FJAA 1XANA 1NHOA 2Z5YA 4UP3A 4GXZA 4PTSA 4OCFA 2YOIA 1SYXA 1XVWA 4V1Ag 1JOAA 4JE1A 2YWIA 5ECHB 3KMOA 1NG3A 2AAWA 4HDEA 3SZFA 4PABA 3SFEA 2OKAA 4H4SA 3TRQA 1JU2A 3ZL5A 4IN0A 1USBA 2G0FA 2C76A 2DKIA 3GX8A 3ISHA 3F8PA 1KNRA 1BG5A 3ZDNA 3ICRA 1KF6A 4K6XA 4BIKA 4TM3A 1DE1A 4HS1A 3LYKA 1UVZA 3F4SA 4GAVA 4PURA 1F8WA 2HXKA 3QAWA 2IJYA 1SD8A 3MSZA 1PJ7A 3VURA 1VF1A 5KOXA 4EMIA 3UJ1A 1DOEA 4GQCA 4Z7XA 5KRQA 3GUSA 4F0CA 4IVOB 3NOFA 1ZL9A 3D22A 4NTDA 3D4TA 2IWTA 5JCUA 2YR5A 1IYIA 5A5KA 2F3MA 1N1PA 1ZMAA 1COYA 4A5PA 3GD4A 3H8IA 1AAZA 2YG5A 5A4VA 4NTEA 1PD21 4GSSA 5KVHA 2C8UA 4CCQA 2VVLG 4MF7A 5J7XA 3A2VA 3VI7A 5C04A 3KTBA 4EUYA 1OYJA 4NMUA 2FBWA 4U8IA 1XXUA 2DJJA 1GLPA 2TPRA 5D8IA 1PX7A 2NPBA 2OBIA 2MMAA 2PPTA 4YXDA 2JBVA 4G0KA 1YQZA 1GV4A 2GVCA 4IW9A 2V3BA 4NEWA 4D73B 2X64A 4X0XA 3FZ9A 1LPFA 1ERVA 2DMMA 5FS7A 2LJAA 3HZ8A 4N0VA 3IR4A 20GSA 3VRAA 6GSUA 4N9XA 1SJ6A 3ICSA 2DSAA 1QK8A 2R0GA 1IUSA 3GL3A 4WCTA 5C3JA 2ON5A 2H88A 2YZUA 3UP4A 3AE2A 5IQ1A 4AOSA 2H01A 4YQVA 4GLTA 4P3YB 2BCGG 1ST9A 3APSA 2YJ7A 3H79A 4K2DA 4X43A 1TKDB 3AYIA 2DJ3A 2BS2A 4OPDA 4MJBA 3RAZA 2QCUA 3TRXA 2A87A 1TU7A 3UAPA 1V9WA 4H4UA 2UZZA 4YSHA 2BABA 2CX3A 1E39A 2R46A 3GYKA 5ECOB 5ECLB 2FA8A 5B6MA 4PQ1A 3GL5A 2OAMA 5H5RA 3G7JA 1PBDA 4MPFA 3VWWA 1Z6NA 4IGJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HZ4 A;  4ULX A;  1HNC A;  3DIE A;  1TDE A;  2EQ7 A;  4F9Z A;  3T0K A;  2GST A;  4YKF A;  5FHI A;  3QFB A;  1GNW A;  3ZFB A;  4H4X A;  1GES A;  4LU6 A;  1M3I A;  5ECK B;  2BAC A;  2YLX A;  1NPX A;  3KVE A;  2EIR A;  3CN8 A;  1U87 A;  5HR2 A;  3GYX A;  4BL7 A;  3BI4 A;  2NBS A;  3EWL A;  5DCG A;  3CNJ A;  4UDQ A;  2GGT A;  2LQQ A;  4NHZ A;  1VF3 A;  1PXA A;  1Z6L A;  2WOW A;  5HY5 A;  4REK A;  3D21 A;  5CYY A;  2YCD A;  1M0U A;  1M9A A;  1R5P A;  3VPQ A;  2FY6 A;  2H89 A;  2H6X A;  1MXT A;  2XPD A;  4PNF A;  3GKM A;  5CRH A;  3JSK A;  1ZMD A;  4TR1 A;  1V2A A;  4ACS A;  2BCP A;  3UKQ A;  2KLX A;  3SGL A;  3CSJ A;  1R4W A;  4Q5R A;  1ZKQ A;  2MZC A;  2JZT A;  1PN9 A;  2A2R A;  3TJK A;  3LWA A;  3GX0 A;  1K0C A;  2XVH A;  5CRW A;  3B3R A;  1M64 A;  3TOT A;  3FZA A;  4HUA A;  3H8L A;  1GWC A;  4USQ A;  1HQO A;  2YWN A;  4P9S A;  3ADA B;  1PKW A;  2YP6 A;  5KN3 A;  3EE2 A;  3ED3 A;  1OE8 A;  3UP5 A;  2V3A A;  1GTA A;  1ERU A;  4B64 A;  1RK4 A;  3DJJ A;  3FZ4 A;  2IPA A;  3A3T A;  1KEB A;  4U2S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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