The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
166
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sequence length |
509
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structure length |
509
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Chain Sequence |
NCDIVIVGGGSAGSLLAARLSEDPDSRVLLIEAGEEPTDPDIWNPAAWPALQGRSYDWDYRTEAQAGTAGRAHHWARGRLIGGSSCLHAMGYMRGHPSDFQAWVDASGDRRWGWDELLPVFQAIEDHPLGGDGIHGKGGPLPIHLPADEVSPLARAFIEAGASLGLPRLEGHNSGEMIGVTPNSLNIRDGRRVTAADAWLTKAVRGRKNLTILTGSRVRRLKLEGNQVRSLEVVGRQGSAEVFADQIVLCAGALESPALLMRSGIGPHDVLDAAGVGCLIDMPDIGRNLQDHLLGAGNLYAARKPVPPSRLQHSESMAYMRADSFTAAGQPEIVVGCGVAPIVSESFPAPAAGSAYSLLFGITHPTSRGSVRISGPELGDRLIIDPAYLQTGRDRERFRRALEASRTIGHRDELAGWRERELLPGTPNSAAEMDDFIARSVITHHHPCGTCRMGKDPDAVVDANLRLKALDNLFVVDASIMPNLTAGPIHAAVLAIAETFARQYHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure biology and crystallization communication
rcsb |
| source organism |
Mesorhizobium loti
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| molecule keywords |
Probable dehydrogenase
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| total genus |
166
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| structure length |
509
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| sequence length |
509
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| ec nomenclature |
ec
1.1.3.12: Pyridoxine 4-oxidase. |
| pdb deposition date | 2011-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00732 | GMC_oxred_N | GMC oxidoreductase |
| A | PF05199 | GMC_oxred_C | GMC oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Glucose Oxidase; domain 3 | Glucose Oxidase, domain 3 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2NPX A; 1IUS A; 2GV8 A; 5JCI A; 1K4Q A; 2WHD A; 1L0V A; 3BI2 A; 1E7P A; 1PXB A; 5M0Z A; 4EM3 A; 2V3A A; 3UOV A; 1VG9 A; 2XFN A; 3GWD A; 4Z2T A; 1TRB A; 2YG5 A; 3GDN A; 4WX1 A; 1LTX R; 3LZX A; 3RHA A; 4H4R A; 2YLR A; 3CND A; 5BVA A; 3F8R A; 4OPC A; 5FS7 A; 3ZDN A; 3VR8 A; 3AXB A; 5HXI A; 3GD3 A; 2V5Z A; 3UKA A; 4HA6 A; 4YXD A; 3LXD A; 4A99 A; 2X8C A; 5EB4 A; 4EQX A; 4EIQ A; 2TMD A; 4NTE A; 2VVL A; 3UKH A; 3CGB A; 3NK0 X; 4AT0 A; 3IWA A; 1JEH A; 3H8L A; 1KSS A; 5FMH A; 5CKU A; 1W4X A; 4H4Y A; 1GRG A; 2Q7V A; 2GEW A; 4WCT A; 4C74 A; 1L9E A; 4I58 A; 4YTN A; 3K7T A; 4Y4N A; 4YSH A; 3K7M X; 3VQR A; 3UKF A; 3CPI G; 3UOY A; 3KA7 A; 1LQU A; 4GCM A; 2WPE A; 2APG A; 1NHQ A; 2UZZ A; 1ZMD A; 3RNM A; 3M0O A; 4B69 A; 4H2N A; 1NEN A; 4J2W A; 1NG4 A; 4BV6 A; 4YTM A; 2R0G A; 3M13 A; 4GDP A; 1SEZ A; 4ADW A; 4AP3 A; 3GDP A; 1XDI A; 2JK6 A; 4Z25 A; 2X50 A; 1K0L A; 3UP5 A; 3ADA B; 1CC6 A; 3PVC A; 1LQT A; 1TDO A; 2WDV A; 1GXF A; 5DBJ A; 4I59 A; 1O94 A; 1ZK7 A; 1JRX A; 2GR1 A; 2XLR A; 4RSL A; 1H6V A; 3PO7 A; 1ZX9 A; 1H7X A; 4U2T A; 4E0V A; 4EQR A; 1YQZ A; 1LPF A; 2BC1 A; 4U8I A; 1N4W A; 3OZ2 A; 2X3N A; 2YLT A; 3QVR A; 1TYP A; 2GMH A; 3KU9 A; 5KWF A; 3T37 A; 2OAL A; 3NH3 X; 2ZZ0 A; 4BK3 A; 3DH9 A; 1EL5 A; 2AAQ A; 4H50 A; 5ER0 A; 3AB1 A; 1JU2 A; 3EAO A; 2GAG B; 1EBD A; 4H4S A; 3KD9 A; 2DKH A; 2YM1 A; 4K7Z A; 1GV4 A; 4UDR A; 2E1M A; 3AE1 A; 3UP4 A; 1YQ4 A; 3AEF A; 2XLU A; 4X9N A; 1Y56 B; 4UDP A; 3IHM A; 2Z5Y A; 1BGJ A; 1PHH A; 1P2E A; 4JY2 A; 1KDG A; 2F5Z A; 4LII A; 4BUR A; 4OPL A; 2XFU A; 3NTA A; 2ARD A; 2XLS A; 2YWL A; 3NG7 X; 1PBF A; 4BJY A; 1EL8 A; 5FS9 A; 1S3B A; 5C2T A; 2OA1 A; 2X8G A; 4X9M A; 4IA5 A; 1O95 A; 1PJ6 A; 4PAA A; 3UOZ A; 3NN6 X; 4H2Q A; 4U8P A; 4NZH A; 1Y56 A; 4C5O A; 2JB1 A; 2NVK X; 3S61 A; 4C77 A; 4Z44 A; 3C4N A; 2GF3 A; 3AEG A; 3GSI A; 1S2Y A; 1D5T A; 1DOC A; 2QA1 A; 2TPR A; 3BI4 A; 3V3O A; 2YLZ A; 4B66 A; 1NG3 A; 1GND A; 5IQ4 A; 3AD7 B; 5C3J A; 3AWI A; 5CQF A; 5U1O A; 4EM4 A; 4A5L A; 2Q6U A; 4GR1 A; 1CC4 A; 3UTG A; 1E1K A; 2XDO A; 3S5W A; 1QO8 A; 1E1N A; 2GRT A; 3FBS A; 4U2L A; 5HYM A; 3CNT A; 4FK1 A; 4GRT A; 2YR6 A; 4OPI A; 4KX6 A; 1MO9 A; 2ZBW A; 1FCD A; 3VR9 A; 3KLJ A; 2BXR A; 4H4T A; 1D7L A; 4X4J A; 2XLT A; 5JCM A; 1GES A; 1JOA A; 2RGO A; 1TDK A; 2GQF A; 2XLP A; 2V6O A; 2ZZB A; 2XVJ A; 1JRZ A; 1YY5 A; 3CN8 A; 3DK8 A; 1E6E A; 1H83 A; 2YVG A; 4J36 A; 1CHU A; 1PBC A; 3FG2 P; 4J34 A; 2R45 A; 1TDF A; 3M12 A; 4U8K A; 4CNK A; 5M10 A; 3K30 A; 4H2R A; 3B6D A; 3DJJ A; 3AE9 A; 1PBB A; 4CCQ A; 3ICS A; 2E4G A; 2GB0 A; 2YM2 A; 3CGD A; 3PS9 A; 1KSU A; 3UCL A; 3G5S A; 4ZN0 A; 4NEV A; 1H84 A; 1NHP A; 2A8X A; 1RSG A; 2YAU A; 3ATR A; 3G5R A; 2YG6 A; 3BNU A; 1DOB A; 1X31 B; 1Q1W A; 1CBO A; 4U8L A; 2BYB A; 2XVH A; 3DJG X; 5GRT A; 3EF6 A; 1L9C A; 4B67 A; 2OLO A; 4CBQ A; 1REO A; 2WQY A; 1L9D A; 3FMW A; 1QJD A; 3I6D A; 2EQ7 A; 2QA2 A; 1PBE A; 3RP8 A; 4KPR A; 3NLC A; 2BAB A; 2YR5 A; 2EQ9 A; 1B4V A; 4XXG A; 4JNA A; 1Y0P A; 2GR0 A; 1KF6 A; 2BCP A; 1LJ1 A; 2WBA A; 3AE2 A; 1GAL A; 2R4E A; 3AEC A; 5KRQ A; 2RGJ A; 1S2Q A; 1D4D A; 3GWF A; 1GEU A; 3F8P A; 3L1R A; 4DGK A; 3RED A; 2XYO A; 4HB9 A; 4A6N B; 3ZYX A; 2H88 A; 3CNJ A; 1ZKQ A; 3Q6J A; 2WP6 A; 3GRS A; 3FIM B; 3NT6 A; 1ZOY A; 2YG4 A; 5J7X A; 2V3B A; 4IV9 A; 4GUV A; 4A79 A; 1H82 A; 1OJD A; 2PHH A; 1PXC A; 3LB8 A; 1GRF A; 4B65 A; 4Z26 A; 3EPT A; 1IUU A; 3UKP A; 1VG0 A; 4J31 A; 2IID A; 3E1T A; 4JNQ A; 1TYT A; 1DJN A; 2VZ2 A; 5HY5 A; 3AYL A; 4AP1 A; 3V76 A; 2W0H A; 3DA1 A; 4AOX A; 5IPY A; 1BZL A; 2GH5 A; 2WP9 A; 2VVM A; 1OJC A; 4YKG A; 1GER A; 3DJD A; 4DSG A; 3L8K A; 3UTF A; 1D7Y A; 4Y4M A; 5FS8 A; 1S3E A; 4JN9 A; 2QCU A; 4EMW A; 4TLX A; 4XWR A; 4EQS A; 3C96 A; 5GSN A; 1Q9I A; 2B7R A; 2AQJ A; 2R46 A; 1NHR A; 1E39 A; 1Q1R A; 2BAC A; 1F3P A; 3II4 A; 3NYC A; 4FX9 A; 4YT0 A; 2VQB A; 1IUX A; 2BK5 A; 3QSE A; 3GYI A; 5L46 A; 2HQM A; 4UDQ A; 2YG7 A; 2XVE A; 3LZW A; 1GOS A; 2A87 A; 4K22 A; 2GQW A; 1FEC A; 2GR2 A; 2EQ8 A; 3NN0 X; 4Z2U A; 5BUL A; 4TM0 A; 2GAH B; 3AEB A; 1FEA A; 1RYI A; 3BHK A; 4OPG A; 2WS3 A; 3JSK A; 1OJ9 A; 3SFD A; 1XPQ A; 4K5S A; 2XVI A; 4YTP A; 3UTE A; 2C3C A; 2C3D A; 1PN0 A; 3C4A A; 3GD4 A; 3UKQ A; 2JBV A; 2WEU A; 2V61 A; 2B9X A; 3CPJ G; 4GF7 A; 4H4W A; 2YVF A; 4NTC A; 1DOD A; 3IF9 A; 3CTY A; 4Y4L A; 4OCG A; 1NHS A; 1K0J A; 3R9U A; 5HHF A; 2WOV A; 1D4C A; 4AOS A; 3IC9 A; 4IVO B; 4EQW A; 3GRT A; 4TM1 A; 3NRN A; 1IUT A; 4RG4 A; 4Z43 A; 1V59 A; 4H4P A; 2FJD A; 2BS3 A; 4B1B A; 2VRM A; 3P4P A; 4A65 A; 5JCN A; 2XCG A; 2IVE A; 3UOX A; 1E1M A; 5EBK A; 2Q0L A; 1EL9 A; 4TLZ A; 4OPT A; 4U2S A; 4A9W A; 4B64 A; 2XFP A; 4H4X A; 4YSZ A; 3QSS A; 3NHO X; 4USQ A; 2CUL A; 3RP7 A; 4D03 A; 4B68 A; 2YLW A; 4IA6 A; 3P1W A; 5KXJ A; 1JNR A; 4UP3 A; 2C7G A; 2BXS A; 2B9Y A; 2ACZ A; 4M52 A; 4J33 A; 3AEA A; 3GMB A; 5IQ1 A; 1UKV G; 1YKJ A; 2XFQ A; 2AR8 A; 3LJP A; 1PJ7 A; 3P4Q A; 1OJA A; 1ZOV A; 1PBD A; 3KKJ A; 4USR A; 4H7U A; 3SGL A; 5EB5 A; 4LA1 A; 3D8X A; 4XWZ A; 2YR4 A; 2WES A; 1CJ2 A; 4REK A; 3VRD B; 2BS2 A; 1CF3 A; 1N1P A; 1CJ4 A; 1DXL A; 2C65 A; 4U8M A; 1H81 A; 4K8D A; 2C70 A; 2R9Z A; 1Z6L A; 3O0H A; 1CC2 A; 3QFB A; 4RG3 A; 2C66 A; 2IVD A; 1AOG A; 4OVI A; 4DNA A; 1LV0 A; 5BUK A; 3VRB A; 3AE7 A; 3NYF A; 2BC0 A; 1LVL A; 1XAN A; 4JDR A; 2YVJ A; 3CGC A; 1FEB A; 3OC4 A; 1GRB A; 1QLB A; 2FJB A; 2X8H A; 2FBW A; 2WU2 A; 2R0P A; 4PAB A; 4K5R A; 1E1L A; 1BF3 A; 1F6M A; 2C76 A; 2EQ6 A; 2ZZC A; 2YQU A; 3QSM A; 1RP0 A; 4OPU A; 2JAE A; 3ICT A; 1N4U A; 1CL0 A; 4OPD A; 1VRQ B; 4U8N A; 2Z5X A; 2WDQ A; 4EMI A; 1D4E A; 3ALM A; 3B3R A; 4MJW A; 2BK3 A; 2WU5 A; 2CDU A; 3ITJ A; 4O5Q A; 1GRE A; 3AYI A; 3NK1 X; 4DSH A; 4U8O A; 2DKI A; 5JCL A; 1K0I A; 3V3N A; 1NEK A; 3DGH A; 3URH A; 2BK4 A; 4C3X A; 3GMC A; 1NPX A; 5BRT A; 2I0Z A; 4O5U A; 1GRT A; 2V60 A; 1CJ3 A; 3UTH A; 2VQ7 A; 4FK1 C; 3Q9T A; 2O9Z A; 4IVM B; 3ISH A; 3KPF A; 2Y6Q A; 2OAM A; 2OLN A; 3ALJ A; 4H4V A; 1PJ5 A; 5TR3 A; 2B7S A; 4AT2 A; 5LV9 A; 3CPH G; 4NEW A; 3DME A; 1DJQ A; 2C72 A; 3VRA A; 3UKL A; 4B63 A; 1GET A; 1P2H A; 1B5Q A; 4APN A; 3CIR A; 4JQ9 A; 4YSY A; 2XVF A; 2FJA A; 2VRL A; 2Y6R A; 3AED A; 3H8I A; 4P9S A; 3NNE A; 5KVI A; 4BK1 A; 2GVC A; 2BCG G; 4H4Z A; 2GR3 A; 3QVP A; 1VDC A; 2YLS A; 1PXA A; 5J60 A; 5KOX A; 3NTD A; 3GYJ A; 1F8W A; 2VVL G; 4NTD A; 3BI5 A; 4CY6 A; 2PYX A; 4U8J A; 2BA9 A; 1N4V A; 3P4R A; 1PS9 A; 1EL7 A; 3DK4 A; 4Z24 A; 2C67 A; 2CVJ A; 1KNR A; 4ICY A; 2X99 A; 1ZP0 A; 3F8D A; 1GT8 A; 2H89 A; 1GSN A; 3SFE A; 4JY3 A; 5EOW A; 3SM8 A; 3ALL A; 3P9U A; 4CRT A; 3AEE A; 5KVH A; 3NGC X; 3ATQ A; 2B76 A; 3SQP A; 4YSX A; 4Z2R A; 2JB2 A; 1M6I A; 2WOW A; 4ZCC A; 4CNJ A; 5U63 A; 4H4U A; 3NIX A; 1B37 A; 4TM3 A; 3NKS A; 3P4S A; 4YKF A; 2RAB A; 3CNP A; 1YQ3 A; 3AE8 A; 1DOE A; 2WPC A; 3ABV A; 3AD9 B; 1BKW A; 1COY A; 1F8R A; 1JNZ A; 1GRA A; 1ZY8 A; 2A89 A; 1H86 A; 1JRY A; 1MOK A; 2QAE A; 2WDR A; 3AE6 A; 3AE5 A; 3AE4 A; 4CCR A; 3AE3 A; 2YLX A; 3I3L A; 1O5W A; 1KFY A; 4K2X A; 1IUW A; 3H4K A; 2BS4 A; 3DK9 A; 3HZL A; 1M64 A; 1NDA A; 3BHF A; 4A6N A; 4CY8 A; 2WET A; 1IJH A; 4GDE A; 3AD8 B; 3K7Q X; 4H4Q A; 1FL2 A; 1FOH A; 5FS6 A; 1KNP A; 4H2P A; 1GTE A; 4EMJ A; 2JKC A; 1TDE A; 3NYE A; 3QFA A; 2Q0K A; 2R4J A; 2C75 A; 3NK2 X; 3COX A; 1GPE A; 1VQW A; 1IUV A; 3WE0 A; 4YWO A; 4BK2 A; 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2TMD A; 4NTE A; 2VVL A; 3UKH A; 3CGB A; 3NK0 X; 4AT0 A; 3IWA A; 1JEH A; 3H8L A; 1KSS A; 5FMH A; 5CKU A; 1W4X A; 4H4Y A; 1GRG A; 2Q7V A; 2GEW A; 4WCT A; 4C74 A; 1L9E A; 4I58 A; 3SX6 A; 4YTN A; 3K7T A; 4Y4N A; 4G74 A; 4YSH A; 3K7M X; 3VQR A; 3UKF A; 3CPI G; 3UOY A; 3KA7 A; 1LQU A; 4GCM A; 2WPE A; 2APG A; 1NHQ A; 2UZZ A; 1ZMD A; 3RNM A; 3M0O A; 4NNJ A; 4B69 A; 4H2N A; 1NEN A; 4J2W A; 1NG4 A; 4BV6 A; 4YTM A; 2R0G A; 3M13 A; 4GDP A; 1SEZ A; 4ADW A; 4AP3 A; 3GDP A; 1XDI A; 2JK6 A; 4Z25 A; 2X50 A; 3HYV A; 3CMM A; 1K0L A; 3UP5 A; 3ADA B; 1CC6 A; 3PVC A; 1LQT A; 1TDO A; 2WDV A; 1GXF A; 5DBJ A; 4I59 A; 1O94 A; 1ZK7 A; 1JRX A; 2GR1 A; 2XLR A; 4RSL A; 1H6V A; 3PO7 A; 1ZX9 A; 1H7X A; 4U2T A; 4E0V A; 4EQR A; 1YQZ A; 1LPF A; 2BC1 A; 4U8I A; 1N4W A; 3OZ2 A; 2X3N A; 2YLT A; 3QVR A; 1TYP A; 2GMH A; 3KU9 A; 5KWF A; 3T37 A; 2OAL A; 3NH3 X; 2ZZ0 A; 4BK3 A; 3DH9 A; 1EL5 A; 2AAQ A; 4H50 A; 5ER0 A; 3AB1 A; 1JU2 A; 3EAO A; 2GAG B; 1EBD A; 4H4S A; 3KD9 A; 2DKH A; 2YM1 A; 4K7Z A; 1GV4 A; 4UDR A; 2E1M A; 3AE1 A; 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