The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
218
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sequence length |
613
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structure length |
613
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Chain Sequence |
STQYPVVDHEFDAVVVGAGGAGLRAAFGLSEAGFNTACVTKLFPTRSHTVAAQGGINAALGNMEDDNWRWHFYDTVKGSDWLGDQDAIHYMTEQAPAAVIELENYGMPFSRTEEGKIYQRAFGGQSLQFGKGGQAHRCCCVADRTGHSLLHTLYGRSLRYDTSYFVEYFALDLLMENGECRGVIALCIEDGTIHRFRAKNTVIATGGYGRTYFSCTSAHTSTGDGTAMVTRAGLPCQDLEFVQFHPTGIYGAGCLITEGCRGEGGILINSQGERFMERYAPVAKDLASRDVVSRSMTIEIREGRGCGPEKDHVYLQLHHLPPQQLATRLPGISETAMIFAGVDVTKEPIPVLPTVHYNMGGIPTNYKGQVITHVNGEDKVVPGLYACGEAASASVHGANRLGANSLLDLVVFGRACALTIAETCKPGEPVPSIKPNAGEESVANLDKLRFADGTIRTSEARLNMQKTMQSHAAVFRTGSILQEGCEKLSQIYRDLAHLKTFDRGIVWNTDLVETLELQNLMLCALQTIYGAEARKESRGAHAREDYKLRIDEFDYSKPLQGQQKRPFEEHWRKHTLSYVDVKSGKVTLKYRPVIDRTLNEEDCSSVPPAIRSY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic studies of the binding of ligands to the dicarboxylate site of Complex II, and the identity of the ligand in the
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SUCCINATE DEHYDROGENASE FLAVOPROTEIN SUBUNIT
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
218
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| structure length |
613
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| sequence length |
613
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| ec nomenclature |
ec
1.3.5.1: Succinate dehydrogenase (quinone). |
| pdb deposition date | 2006-06-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00890 | FAD_binding_2 | FAD binding domain |
| A | PF02910 | Succ_DH_flav_C | Fumarate reductase flavoprotein C-term |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 | Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Rhinovirus 14, subunit 4 | succinate dehydrogenase protein domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1L9C A; 2XLT A; 1LJ1 A; 2VVL G; 4ICY A; 1JNZ A; 4YSH A; 1P2E A; 1KF6 A; 5C2T A; 1YKJ A; 1XPQ A; 2BK5 A; 2GQF A; 1JOA A; 5IPY A; 1PS9 A; 2R4J A; 3QSS A; 4GRT A; 1VG0 A; 1JRX A; 2ZZC A; 3F8R A; 3HZL A; 2PYX A; 2C72 A; 1EL5 A; 1LQT A; 3I3L A; 3OZ2 A; 2FJB A; 3O0H A; 3KD9 A; 3D8X A; 1V59 A; 3CIR A; 2JB3 A; 1PBE A; 4EQX A; 2JB2 A; 3GDN A; 2IVE A; 3G5Q A; 1S2Y A; 1ZY8 A; 3UCL A; 2QA2 A; 4TM4 A; 2WP9 A; 2QAE A; 2OAL A; 1CHU A; 3NTA A; 1KFY A; 1H7X A; 1VG9 A; 3V3O A; 5FS9 A; 3S61 A; 4AT0 A; 1UKV G; 4H4Y A; 3LZX A; 4H4R A; 2YM2 A; 3AYL A; 2BXR A; 4AT2 A; 4H4S A; 3QSM A; 4CY8 A; 3AYJ A; 4REK A; 1GRT A; 1L9D A; 4ECH A; 1IUW A; 4CBQ A; 3AB1 A; 4GF7 A; 3KVE A; 2AR8 A; 5JCK A; 1K0L A; 1L9E A; 2XLS A; 4K5R A; 4B69 A; 3AYI A; 3URH A; 1F8S A; 2WEU A; 2H89 A; 1O5W A; 3CN8 A; 2GEW A; 4J2W A; 3PO7 A; 2ACZ A; 2V60 A; 3GYI A; 4U8M A; 2WDR A; 1GND A; 4LA1 A; 3L8K A; 1Y56 B; 1Q9I A; 4GUV A; 2VVL A; 2BC0 A; 1NEK A; 3E1T A; 1PJ7 A; 2R46 A; 1YQ3 A; 1DOB A; 1H82 A; 1DOE A; 3NKS A; 1Z6L A; 4H2N A; 4U8J A; 4YWO A; 4ZCD A; 1ZOV A; 2GR2 A; 3AE1 A; 1F6M A; 3LJP A; 3QJ4 A; 4OPT A; 1XHC A; 4B1B A; 2ARD A; 2GR3 A; 3P1W A; 2BA9 A; 1KSU A; 3UTG A; 1FL2 A; 2GMH A; 4BK1 A; 3RP8 A; 2XVH A; 3NHO X; 1VQW A; 3ATR A; 4D03 A; 3BHF A; 1JNR A; 4EMI A; 4H2P A; 2EQ7 A; 2C7G A; 3CPI G; 5BRT A; 5J60 A; 3AWI A; 4A65 A; 4C77 A; 3NIX A; 5M10 A; 2GR0 A; 1GER A; 3SFD A; 1CJ2 A; 3T37 A; 3GWD A; 4XWZ A; 4AP3 A; 4U8K A; 3DH9 A; 4BUR A; 3RP6 A; 1OJT A; 2EQ9 A; 3L1R A; 1KDG A; 2WP5 A; 3EAN A; 3NYC A; 3NK0 X; 1PHH A; 1JU2 A; 1M6I A; 1O95 A; 2WU5 A; 4H4Z A; 1XDI A; 3FIM B; 3GRS A; 5FS8 A; 5IQ4 A; 1ZP0 A; 4YSY A; 3RHA A; 4UDR A; 3RNM A; 2GQW A; 1RSG A; 4GR1 A; 2PHH A; 4U8L A; 4B67 A; 5CQF A; 1JEH A; 3ALL A; 3IC9 A; 3WE0 A; 2LFC A; 4H50 A; 2VRL A; 4IA6 A; 2R0P A; 2BCG G; 2ZZB A; 4C3Y A; 4EMJ A; 4BV6 A; 5KXJ A; 2GAH B; 2X8G A; 3DGH A; 3GD4 A; 1GOS A; 3FBS A; 4B64 A; 4U8N A; 2BYB A; 4RSL A; 4TM1 A; 4U2S A; 5LV9 A; 3V3N A; 1PJ6 A; 1CC6 A; 1ONF A; 2EQ8 A; 3G5S A; 3C4A A; 4BK3 A; 2C3D A; 3BI4 A; 1ZKQ A; 3PVC A; 2V61 A; 4OVI A; 1MXT A; 3GMC A; 2JB1 A; 1YY5 A; 2VQ7 A; 4FX9 A; 5KVH A; 3UKP A; 2XFQ A; 1S3E A; 3ICS A; 2YG4 A; 3GRT A; 4IV9 A; 5HHF A; 4CCR A; 1CC2 A; 3NK1 X; 5C3J A; 4J31 A; 1GRG A; 1EL7 A; 2XFU A; 3IHM A; 1IUV A; 2VRM A; 1LV0 A; 2Q0L A; 4K7Z A; 1LPF A; 1MO9 A; 2W0H A; 1Y56 A; 1D5T A; 1CL0 A; 1OJD A; 4XWR A; 2A89 A; 3NNE A; 4A9W A; 1W4X A; 4CY6 A; 2J3N A; 2X99 A; 5U1O A; 1TDE A; 2WPE A; 3EPT A; 4X9N A; 4IA5 A; 4I58 A; 1PJ5 A; 2VVM A; 5FS6 A; 4U8P A; 3RP7 A; 3M12 A; 4CRT A; 3UTH A; 3VRB A; 3C4N A; 3H8I A; 4LU6 A; 1NHP A; 2YR5 A; 4CCQ A; 1TRB A; 3ALM A; 2VQB A; 1N4U A; 2WOV A; 2X8C A; 3CNP A; 4RG4 A; 3QFB A; 1GTH A; 2B7S A; 3AE9 A; 3KA7 A; 4H7U A; 1H6V A; 3NT6 A; 4OPU A; 2V3A A; 4YT0 A; 2QA1 A; 1GRF A; 2YAU A; 2YLX A; 3NG7 X; 4H4Q A; 4YKF A; 5J7X A; 2YVG A; 3UTF A; 2GR1 A; 2FJE A; 4B66 A; 1F8W A; 3UKL A; 3AEB A; 5ER0 A; 4USQ A; 2YR6 A; 1PDH A; 1K0I A; 1NHQ A; 2A87 A; 3I6D A; 1FEA A; 3QSE A; 2X3N A; 1NPX A; 3AE8 A; 2C75 A; 4FK1 C; 3AEE A; 2YLW A; 3AXB A; 1ZMD A; 2GB0 A; 2ZZ0 A; 4J57 A; 3ICR A; 4CNK A; 3AED A; 2CDU A; 1M64 A; 1BZL A; 4JN9 A; 4M52 A; 4TM3 A; 3UKQ A; 1H86 A; 2BS4 A; 2C70 A; 3UOX A; 2CVJ A; 1PXC A; 3DK4 A; 1F8R A; 3KPF A; 4H4X A; 5BUK A; 1RP0 A; 4OPG A; 3P4S A; 4U8I A; 2YLZ A; 2R0G A; 2RGH A; 4Z24 A; 5M0Z A; 3CPJ G; 1GET A; 3DK9 A; 3B6D A; 2C67 A; 2BK3 A; 3AEC A; 2XYO A; 1B37 A; 4IVM B; 1GPE A; 2YG3 A; 2YG7 A; 2WBA A; 1GSN A; 3UTE A; 1CJC A; 3UKH A; 5EBK A; 2YLS A; 3KLJ A; 4TLZ A; 3BI2 A; 3COX A; 1GEU A; 2GAG B; 4U8O A; 2QCU A; 2H88 A; 4Z2R A; 4K22 A; 1ZMC A; 3K7M X; 3ZDN A; 4DNA A; 5KOX A; 1BF3 A; 2Y6Q A; 1NG3 A; 4DSH A; 5JCM A; 4EM3 A; 2X50 A; 2XFN A; 3BHK A; 4OPL A; 2IVD A; 3CTY A; 3UOY A; 4H4U A; 3P9U A; 1CJ4 A; 2WOI A; 2XDO A; 2WQY A; 4X9M A; 3LOV A; 4A79 A; 5BUL A; 4EQW A; 3AE6 A; 4A5L A; 4NZH A; 1CC4 A; 4D04 A; 2F5Z A; 1D7Y A; 2XCG A; 4J36 A; 3CGC A; 4Z2U A; 3M13 A; 1N1P A; 4YXD A; 5FS7 A; 2O9Z A; 5EB4 A; 2RGO A; 2XVF A; 2E1M A; 2C3C A; 3VRD B; 3KU9 A; 2ZBW A; 1L0V A; 1OJC A; 2CUL A; 4JQ9 A; 1NEN A; 3UOZ A; 1VDC A; 2GF3 A; 3UKA A; 3SM8 A; 4YTM A; 4H4T A; 2FJA A; 1GXF A; 1GV4 A; 1PXB A; 4C74 A; 4WX1 A; 1RYI A; 3VR9 A; 5JCI A; 1E1M A; 1TDN A; 5FMH A; 4H4V A; 1D4D A; 2R9Z A; 3SFE A; 3P4Q A; 2E5V A; 5EOW A; 2WDQ A; 5HY5 A; 4ADW A; 4XXG A; 2BS3 A; 1NG4 A; 2BAB A; 4NTD A; 4C5O A; 3CND A; 1LVL A; 1TDO A; 2YG5 A; 3CNS A; 1OJA A; 5KVI A; 3GWF A; 1BGN A; 5JCN A; 3NRN A; 2V5Z A; 2B7R A; 2BAC A; 2C66 A; 1D4C A; 2OAM A; 2FJD A; 4RG3 A; 3GQH A; 3AE2 A; 3Q9T A; 2BS2 A; 3ZYX A; 4AP1 A; 1KNP A; 1IUX A; 1GES A; 3S5W A; 4Z43 A; 3F8D A; 3IF9 A; 3II4 A; 3NGC X; 4K8D A; 4Z25 A; 2R45 A; 1K4Q A; 4X4J A; 3EF6 A; 4J33 A; 1N4W A; 2WPC A; 1B5Q A; 3UOV A; 2BK4 A; 1S3B A; 3GDP A; 3NK2 X; 1EL9 A; 3G5R A; 4C3X A; 4EM4 A; 1KNR A; 4JDR A; 3NLC A; 3AEA A; 4LII A; 3VR8 A; 2BXS A; 1F3P A; 3AEG A; 2BCP A; 3FPZ A; 3JSK A; 3NYF A; 2JKC A; 4H2Q A; 4YKG A; 4KX6 A; 5KRQ A; 1AOG A; 1GRB A; 3IHG A; 4UDQ A; 3BNU A; 3NN0 X; 1PBC A; 1E39 A; 3LAD A; 3NH3 X; 1E1K A; 3DA1 A; 3AE5 A; 2B9W A; 1D4E A; 4TLX A; 3ADA B; 3UP5 A; 4GDP A; 3CPH G; 3ALJ A; 1YQ4 A; 1MOK A; 4PAA A; 3AD8 B; 3AE4 A; 1DJQ A; 2TPR A; 4I59 A; 4Y4M A; 5IQ1 A; 1TYT A; 1DOC A; 1LTX R; 3DJE A; 3GYJ A; 1GRH A; 1PBD A; 2C73 A; 3NN6 X; 1DXL A; 1IJH A; 2YG6 A; 4OPC A; 1PN0 A; 4JNQ A; 4ZN0 A; 1OJ9 A; 3GSI A; 4H4W A; 4E0V A; 1S2Q A; 4N9X A; 5EB5 A; 4DGK A; 4Z2T A; 3IWA A; 2C76 A; 5HXI A; 4YTP A; 1ZK7 A; 2C65 A; 5U25 A; 4FDC B; 3BI5 A; 3P4P A; 3F8P A; 4ZCC A; 3LZW A; 4CNJ A; 1TDK A; 4P9S A; 3D1C A; 2YLR A; 4KPR A; 2XVJ A; 4GDE A; 4K2X A; 2NPX A; 2R4E A; 2XVE A; 3ATQ A; 3LXD A; 3QVP A; 3AE7 A; 3QVR A; 4B63 A; 1ELI A; 2WHD A; 5TR3 A; 1LQU A; 3CGD A; 2AAQ A; 1NAA A; 3DJJ A; 4A99 A; 4YSX A; 2UZZ A; 2XLP A; 1COY A; 3SQP A; 2TMD A; 4UDP A; 5DBJ A; 3CNJ A; 3UKK A; 2APG A; 2WOW A; 3DJG X; 1D7L A; 4NTE A; 3NYE A; 2R0C A; 2RAB A; 1GT8 A; 3CGE A; 2YQU A; 5HYM A; 5L46 A; 3GQK A; 3AE3 A; 3Q6J A; 2VZ2 A; 1QO8 A; 2JBV A; 5KOW A; 1IUU A; 1YQZ A; 2YVF A; 4EMW A; 1B8S A; 1GTE A; 3OC4 A; 2JAE A; 2XLU A; 3CNT A; 4APN A; 3ITJ A; 2DKH A; 1H83 A; 2GRT A; 2JK6 A; 3ISH A; 2FBW A; 2NVK X; 4PAB A; 3R9U A; 4BJY A; 1E1L A; 2GVC A; 1PBF A; 1GAL A; 2V6O A; 1REO A; 2Q7V A; 3NTD A; 3VQR A; 4K5S A; 3GMB A; 3AEF A; 2AQJ A; 3H4K A; 4A6N B; 2C64 A; 2GH5 A; 3FG2 P; 1PBB A; 3SGL A; 3QFA A; 1DOD A; 3C96 A; 5BVA A; 2WET A; 1NHR A; 1VRQ B; 4Z44 A; 4OPI A; 1NDA A; 3GD3 A; 4YSZ A; 1E6E A; 1NHS A; 2V3B A; 2XFP A; 2WS3 A; 3ICT A; 2B9X A; 3KKJ A; 3BNM A; 2Q0K A; 1CBO A; 1E1N A; 4U2T A; 1FOH A; 2Y6R A; 4BK2 A; 3DK8 A; 3UP4 A; 1FCD A; 1IUT A; 4USR A; 4EQR A; 2WPF A; 4OCG A; 1XAN A; 4UP3 A; 2A8X A; 1Q1R A; 3DGZ A; 1ZX9 A; 1EBD A; 2XLR A; 5KWF A; 4AOS A; 4NEV A; 3AD9 B; 1SEZ A; 2E4G A; 3DJD A; 3EAO A; 4WCT A; 1BGJ A; 1H81 A; 2GMJ A; 2HQM A; 3K7T A; 4A7A A; 2XFO A; 3CGB A; 4BJZ A; 3SUC A; 1ZDL A; 2B9Y A; 4AOX A; 3P4R A; 4EIQ A; 2Z5Y A; 1Q1W A; 2WP6 A; 1H84 A; 3AD7 B; 4HA6 A; 3FMW A; 2I0Z A; 4TM0 A; 4J56 A; 4JY3 A; 2OLN A; 3LB8 A; 4DSG A; 5U63 A; 3V76 A; 2WES A; 1GRE A; 2YLT A; 1TYP A; 2CFY A; 2DKI A; 1TDF A; 2VOU A; 3DME A; 3M0O A; 4Z26 A; 1HYU A; 1FEC A; 2B76 A; 1FEB A; 2YR4 A; 2BC1 A; 2RGJ A; 1ZOY A; 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