The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
99
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sequence length |
398
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structure length |
371
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Chain Sequence |
MQSFDVVIAGGGMVGLALACGLQGSGLRIAVLEKQGKGHALRVSAINAASECLLRHIGVWENLVAQRVSPYNDMQVWDKDSFGKISFSGEEFGFSHLGHIIENPVIQQVLWQRASQLSDITLLSPTSLKQVAWGENEAFITLQDDSMLTARLVVGADGADYGHHALVANIRTEHPHQSVARQAFHGDGILAFLPLDDPHLCSIVWSLSPEQALVMQSLPVEEFNRQVAMAFDMRLGLCELESERQTFPLMGRYARSFAAHRLVLVGDAAHTIHPLAGQGVNLGFMDVAELIAELKRKDIGQHLYLRRYERRRKHSAAVMLASMQGFRELFDGDNPAKKLLRDVGLVLADKLPGIKPTLVRQAMGLHDLPDW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the OCTAPRENYL-METHYL-METHOXY-BENZQ MOLECULE from Erwina carotovora subsp. atroseptica strain SCRI 1043 / ATCC BAA-672, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target EwR161
rcsb |
| molecule keywords |
Putative monooxygenase
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| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Pectobacterium atrosepticum
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| total genus |
99
|
| structure length |
371
|
| sequence length |
398
|
| ec nomenclature |
ec
1.-.-.-: |
| pdb deposition date | 2013-10-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01494 | FAD_binding_3 | FAD binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XFO A; 1RSG A; 2WS3 A; 4AT0 A; 4O5U A; 3P4S A; 4ADW A; 1CBO A; 4TLX A; 1YY5 A; 1OJ9 A; 5GRT A; 1KSU A; 4K5R A; 3P4P A; 3UP5 A; 4REK A; 3KA7 A; 5JCK A; 3H8L A; 1OJD A; 4NEV A; 1D4C A; 3C4A A; 1PS9 A; 3JSK A; 1O94 A; 1ZMC A; 1P2E A; 2XLU A; 3ADA B; 4H4V A; 4H4Q A; 4TLZ A; 2V60 A; 5KOW A; 1IUU A; 4H4R A; 4H4P A; 3OZ2 A; 1Q1R A; 1JRZ A; 3AYL A; 1N4U A; 3CGB A; 4NTD A; 4YT0 A; 3SQP A; 3DH9 A; 1RYI A; 2BAC A; 2E5V A; 3NH3 X; 3F8D A; 4E0V A; 2FBW A; 2YG3 A; 3AWI A; 2EQ8 A; 2BK4 A; 2YR4 A; 3AEA A; 1E6E A; 4DGK A; 2EQ7 A; 2F5Z A; 1TYT A; 3LJP A; 3UTE A; 2WPE A; 2YG6 A; 4YSY A; 1D5T A; 2GR2 A; 3P4R A; 4Z2T A; 4AOS A; 3RP7 A; 1N1P A; 4IA5 A; 2JB2 A; 3GD3 A; 3CGE A; 3I3L A; 4IVO B; 4FK1 C; 2C73 A; 4EM4 A; 3P1W A; 3CPJ G; 3EAO A; 4H4W A; 4CNJ A; 1DJQ A; 1XPQ A; 2VRM A; 2X8G A; 1QO8 A; 3G5R A; 4GF7 A; 4YTM A; 4H2N A; 2APG A; 1S3B A; 2V3B A; 3QSS A; 2GQF A; 2IVE A; 3M13 A; 4J57 A; 2GVC A; 4UDP A; 3UKH A; 3F8R A; 2YR6 A; 3KLJ A; 1YQ3 A; 3P4Q A; 2C7G A; 4A6N A; 2GR0 A; 1E1K A; 1B4V A; 1CJC A; 1FCD A; 2H89 A; 4BK2 A; 4Z25 A; 2C70 A; 4WCT A; 2VVL A; 2XVH A; 4JQ9 A; 4AT2 A; 1PJ6 A; 1S2Q A; 4Y4N A; 1TDN A; 4UDR A; 4BJY A; 3ATQ A; 4FDC B; 3FBS A; 1LTX R; 3II4 A; 1DNC A; 2YG7 A; 4EIQ A; 4O5Q A; 4UP3 A; 4EMI A; 5JCM A; 4BK1 A; 2GMH A; 3K7Q X; 3NN0 X; 1Z6L A; 3LZX A; 1M6I A; 1GES A; 4PAA A; 4B63 A; 1EL9 A; 3QVR A; 4B64 A; 4K22 A; 2ZZC A; 4C74 A; 2WES A; 2CVJ A; 3BI4 A; 2X3N A; 3QFB A; 3UKK A; 4OCG A; 3V76 A; 3AEB A; 2XLS A; 4GRT A; 3NIX A; 3F8P A; 3QJ4 A; 2BCP A; 2B76 A; 1ZX9 A; 3ALJ A; 1GSN A; 3GWF A; 2C64 A; 2H88 A; 2VZ2 A; 2WHD A; 3IWA A; 1GT8 A; 1L9D A; 4JY3 A; 1DOB A; 4EIP A; 5HXI A; 3AB1 A; 2C76 A; 2FJA A; 1L9E A; 4U8J A; 2YLR A; 1HYU A; 2R9Z A; 5BRT A; 2JK6 A; 3T37 A; 1IJH A; 1L0V A; 1NDA A; 3CNJ A; 1LQU A; 3KKJ A; 3BNM A; 2XLP A; 3FMW A; 1MXT A; 4M52 A; 2X8C A; 1Y56 B; 3UTF A; 4D04 A; 5JCN A; 3VRB A; 5EBK A; 4A9W A; 1LJ1 A; 3NNE A; 1D4D A; 4A5L A; 1NEK A; 1FEC A; 2BXS A; 3M0O A; 4HA6 A; 5KVI A; 1NHR A; 3ABV A; 1PBF A; 3C96 A; 2Y6R A; 2ACZ A; 4K2X A; 3PS9 A; 1DOC A; 3D1C A; 1GRH A; 5U63 A; 1PBB A; 3D8X A; 4UDQ A; 4RSL A; 2YLZ A; 1GAL A; 4A7A A; 2R45 A; 1K0J A; 3AEE A; 4ICY A; 4U8K A; 2YR5 A; 2YQU A; 3QVP A; 1D4E A; 1B8S A; 4K8D A; 2ZZ0 A; 2B7R A; 4CCR A; 3HZL A; 4FK1 A; 2VQ7 A; 3H4K A; 4U8P A; 2YVJ A; 3BHF A; 3VQR A; 2R0P A; 2XCG A; 3DME A; 2C67 A; 2IID A; 3PVC A; 5HHF A; 1ZP0 A; 5BUK A; 2C72 A; 1VG9 A; 3UKP A; 1GOS A; 3DK4 A; 5L46 A; 3FG2 P; 1KNR A; 1GRA A; 3FPZ A; 4Z2R A; 3AE9 A; 1F8W A; 2YVG A; 4X9N A; 2YLS A; 4Z44 A; 3EF6 A; 4JN9 A; 3EPT A; 4BJZ A; 4YWO A; 2BYB A; 3NYE A; 1JNZ A; 2XFU A; 3AE1 A; 1BGJ A; 1IUT A; 1FL2 A; 3VR8 A; 2EQ6 A; 5HY5 A; 4GDP A; 2BC1 A; 1EL7 A; 4JY2 A; 1PBC A; 1NPX A; 2YLX A; 3CNS A; 4OPI A; 4OPC A; 3ZYX A; 4Z43 A; 2BS4 A; 5CQF A; 1VQW A; 1CJ4 A; 2BA9 A; 4EM3 A; 3GDP A; 4IA6 A; 2OLN A; 2R46 A; 1PJ5 A; 3FIM B; 1ELI A; 4WX1 A; 5HYM A; 2YM1 A; 3URH A; 1CF3 A; 1EL8 A; 2C3C A; 1PJ7 A; 3DK9 A; 3V3N A; 4C3X A; 2R4J A; 2RAB A; 4C77 A; 3ATR A; 1JRY A; 4EQR A; 2I0Z A; 1PXB A; 4TM3 A; 1JU2 A; 4I58 A; 1RP0 A; 1GXF A; 5ER0 A; 1COY A; 2C66 A; 3BI2 A; 4XXG A; 2XFN A; 3UKL A; 2NVK X; 2WQY A; 3NGC X; 1NAA A; 3NKS A; 5U1O A; 4H2P A; 5KXJ A; 1PXA A; 4DNA A; 3GD4 A; 4OVI A; 4J56 A; 4OPU A; 4C5O A; 1EL5 A; 4YTN A; 4CNK A; 3BHK A; 1YQ4 A; 2WPF A; 5EB4 A; 2WU5 A; 3KPF A; 2YWL A; 2OAL A; 4B69 A; 4Z26 A; 2E4G A; 3IF9 A; 4EMW A; 1F3P A; 4X4J A; 1JNR A; 2B9X A; 4J33 A; 4YSH A; 2TPR A; 3L8K A; 3NK2 X; 3QSE A; 1IUW A; 2JB1 A; 1K0L A; 1GPE A; 2WDR A; 3E1T A; 2XLR A; 1E1L A; 1ZOY A; 5KOX A; 2V6O A; 1L9C A; 2GAG B; 1GRB A; 4D03 A; 1F6M A; 3AXB A; 4JDR A; 3CPI G; 3BNU A; 4J2W A; 2X8H A; 4A6N B; 2WP6 A; 3G5Q A; 4YXD A; 3GWD A; 4OPD A; 3AD9 B; 3DJE A; 2WDV A; 1XDI A; 4H4S A; 1EBD A; 2V5Z A; 3ALM A; 3M12 A; 4XWZ A; 4NTE A; 4B66 A; 1XAN A; 1NEN A; 3NTA A; 4J34 A; 2WOW A; 2YVF A; 4YTP A; 3AE5 A; 3S61 A; 4BK3 A; 3WE0 A; 4RG4 A; 3ALL A; 4B65 A; 5IQ4 A; 1PN0 A; 1BF3 A; 3B3R A; 3ZDN A; 4DSG A; 1NHS A; 1JOA A; 1NHQ A; 3NT6 A; 1TDE A; 4K5S A; 3KD9 A; 1YQZ A; 2BK5 A; 2DKI A; 4OPT A; 1X31 B; 4H2Q A; 4TM0 A; 3DJD A; 1O5W A; 3UP4 A; 1YKJ A; 4JNQ A; 4KPR A; 1PDH A; 2C75 A; 2C65 A; 4RG3 A; 2WPC A; 1MO9 A; 3ICS A; 3Q9T A; 1OJC A; 4APN A; 1BGN A; 2OA1 A; 2QAE A; 1CC6 A; 4B67 A; 5FS9 A; 1LPF A; 2R0C A; 2XFP A; 1GTE A; 1P2H A; 4A79 A; 3P9U A; 1H82 A; 5DBJ A; 1NHP A; 5KVH A; 3K7T A; 2GV8 A; 1NG3 A; 3AE2 A; 3UKF A; 4GCM A; 1ZDL A; 1H86 A; 3NK1 X; 5JCL A; 1KFY A; 1ZKQ A; 4LII A; 4MJW A; 5M0Z A; 3UOZ A; 1H83 A; 4JNA A; 2GQW A; 2XVI A; 4U2L A; 3AEC A; 4YSX A; 2VRL A; 1E39 A; 5KRQ A; 3AE3 A; 1REO A; 1ZOV A; 1CJ3 A; 1H7X A; 2V3A A; 3QFA A; 5KWF A; 2A8X A; 5J7X A; 2JKC A; 4BV6 A; 1DOD A; 1BWC A; 5FS8 A; 1W4X A; 2Z5X A; 1ZK7 A; 4J31 A; 1VRQ B; 2JBV A; 3ISH A; 4LU6 A; 3UTH A; 1GRG A; 1CL0 A; 5FS7 A; 3LZW A; 2GH5 A; 3CNT A; 3KVE A; 2XVE A; 4AP3 A; 1B5Q A; 3IHG A; 1D7Y A; 4CY8 A; 1FEB A; 2AAQ A; 1VG0 A; 2BAB A; 3CGC A; 3DJG X; 3LXD A; 4K7Z A; 4ZCD A; 2V61 A; 2XYO A; 3UCL A; 3I6D A; 2OAM A; 4GUV A; 3VRA A; 2CUL A; 3RP8 A; 1E1M A; 2YAU A; 1PBE A; 5U25 A; 1GV4 A; 1KNP A; 1DXL A; 4B1B A; 2Q0K A; 3GSI A; 3LB8 A; 4USR A; 3GMB A; 1F8S A; 1S3E A; 2ZBW A; 1DJN A; 1N4V A; 2WEU A; 4H4X A; 1FOH A; 3IC9 A; 2R0G A; 4H4U A; 1GRF A; 4U2T A; 1FEA A; 5JCI A; 4YKF A; 4H50 A; 4ECH A; 1Q9I A; 2WOV A; 2YLT A; 2WP5 A; 2EQ9 A; 3CN8 A; 3LOV A; 2Q0L A; 1GRE A; 1ONF A; 3K30 A; 3KU9 A; 1N4W A; 3NG7 X; 4U8M A; 1H84 A; 1Y0P A; 2YG5 A; 4FX9 A; 1XHC A; 2QA1 A; 4CY6 A; 2XVJ A; 2J3N A; 5BVA A; 3CGD A; 3GRS A; 1GRT A; 4Y4L A; 4U2S A; 4I59 A; 1CJ2 A; 1OJA A; 2NPX A; 2O9Z A; 1JRX A; 3AE4 A; 1CC2 A; 1TDO A; 1IUV A; 2XVF A; 3EAN A; 2ARD A; 2BXR A; 4TM1 A; 2JAE A; 3RP6 A; 2AR8 A; 2JB3 A; 2B9Y A; 1K4Q A; 3AE8 A; 3GMC A; 1CC4 A; 1JEH A; 1TDK A; 2VVL G; 1KSS A; 2Y6Q A; 3NK0 X; 4H4T A; 1H81 A; 1IUX A; 1IUS A; 1BZL A; 1KF6 A; 2BCG G; 3NLC A; 3LAD A; 3DGH A; 1LQT A; 1TDF A; 1ZY8 A; 3UOV A; 5EB5 A; 1PXC A; 2A87 A; 3AYJ A; 3SFE A; 3VRD B; 4P9S A; 4Z2U A; 1F8R A; 2PYX A; 3OC4 A; 4A65 A; 5M10 A; 2GEW A; 1H7W A; 4IV9 A; 1O95 A; 3SGL A; 1KDG A; 4OPG A; 4B68 A; 2E1M A; 1GER A; 4H4Y A; 4TM4 A; 2BS2 A; 3AYI A; 3CPH G; 1S2Y A; 4LA1 A; 3DGZ A; 4PAB A; 2QCU A; 4HB9 A; 3K7M X; 4GDE A; 5CKU A; 2UZZ A; 3AE7 A; 3L1R A; 3CNP A; 5TR3 A; 2AQJ A; 2WP9 A; 3BI5 A; 3UOX A; 3GRT A; 4USQ A; 4OPL A; 1QLB A; 2GR1 A; 3ITJ A; 1H6V A; 2R4E A; 2WDQ A; 1D7L A; 4KX6 A; 3V3O A; 5LV9 A; 4DSH A; 2X99 A; 2C3D A; 1TRB A; 2WET A; 1DOE A; 4NEW A; 2B7S A; 4BUR A; 2A89 A; 4Z24 A; 2XLT A; 4NZH A; 3G5S A; 3R9U A; 2FJB A; 3PO7 A; 4U8O A; 2PHH A; 2VOU A; 5BUL A; 2RGO A; 1SEZ A; 1UKV G; 2FJD A; 4U8I A; 3UTG A; 2X50 A; 3C4N A; 2GF3 A; 3SFD A; 5FS6 A; 5GSN A; 2WU2 A; 4J36 A; 4X9M A; 1B37 A; 3RNM A; 2FJE A; 4IVM B; 4AOX A; 2QA2 A; 2GB0 A; 1ZMD A; 4EQW A; 1PBD A; 3DK8 A; 3IHM A; 2XFQ A; 2VVM A; 3CND A; 2YG4 A; 4EMJ A; 1OJT A; 1CHU A; 1GEU A; 2Z5Y A; 3NRN A; 1GET A; 2DKH A; 1M64 A; 3AE6 A; 3AED A; 4H7U A; 3AEG A; 3NYC A; 4CRT A; 1TYP A; 5IQ1 A; 1V59 A; 4NTC A; 1K0I A; 3B6D A; 4XWR A; 3RED A; 4YKG A; 3ICT A; 3NYF A; 2GMJ A; 3AD7 B; 2GR3 A; 5C2T A; 2RGJ A; 3RHA A; 2TMD A; 2YM2 A; 1MOK A; 4H4Z A; 3GDN A; 3ICR A; 4A99 A; 1PHH A; 4ZN0 A; 2XDO A; 5EOW A; 1Q1W A; 3AEF A; 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4NTD A; 4YT0 A; 3SQP A; 5KMP A; 3DH9 A; 1RYI A; 2BAC A; 2E5V A; 3NH3 X; 3F8D A; 4E0V A; 2FBW A; 2YG3 A; 3AWI A; 2EQ8 A; 2BK4 A; 2YR4 A; 3AEA A; 1E6E A; 4DGK A; 2EQ7 A; 2F5Z A; 1TYT A; 3LJP A; 5KMR A; 3UTE A; 2WPE A; 2YG6 A; 4YSY A; 1D5T A; 2GR2 A; 3P4R A; 4Z2T A; 4AOS A; 3RP7 A; 1N1P A; 4IA5 A; 2JB2 A; 3GD3 A; 3CGE A; 3I3L A; 4IVO B; 4FK1 C; 2C73 A; 4EM4 A; 3P1W A; 3CPJ G; 3EAO A; 4H4W A; 4CNJ A; 1DJQ A; 1XPQ A; 2VRM A; 2X8G A; 1QO8 A; 3G5R A; 4GF7 A; 4YTM A; 4H2N A; 2APG A; 1S3B A; 2V3B A; 3QSS A; 2GQF A; 2IVE A; 3M13 A; 4J57 A; 2GVC A; 4UDP A; 3UKH A; 3F8R A; 2YR6 A; 3KLJ A; 1YQ3 A; 3P4Q A; 2C7G A; 3SX6 A; 4A6N A; 2GR0 A; 1E1K A; 1B4V A; 1CJC A; 1FCD A; 2H89 A; 4BK2 A; 4Z25 A; 2C70 A; 4II3 A; 4WCT A; 2VVL A; 2XVH A; 4JQ9 A; 4AT2 A; 1PJ6 A; 1S2Q A; 4Y4N A; 3SY4 A; 1TDN A; 4UDR A; 4BJY A; 3ATQ A; 4FDC B; 3FBS A; 1LTX R; 3II4 A; 1DNC A; 2YG7 A; 4EIQ A; 4O5Q A; 4UP3 A; 4EMI A; 5JCM A; 4BK1 A; 2GMH A; 3K7Q X; 3T0K A; 3NN0 X; 1Z6L A; 3LZX A; 1M6I A; 1GES A; 4PAA A; 4B63 A; 1EL9 A; 3QVR A; 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