The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
247
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sequence length |
642
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structure length |
642
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Chain Sequence |
VYYPKKYELYKADEVPTEVVETDILIIGGGFSGCGAAYEAAYWAKLGGLKVTLVEKAAVERSGAVAQGLSAINTYIDLTGRSERQNTLEDYVRYVTLDMMGLAREDLVADYARHVDGTVHLFEKWGLPIWKTPDGKYVREGQWQIMIHGESYKPIIAEAAKMAVGEENIYERVFIFELLKDNNDPNAVAGAVGFSVREPKFYVFKAKAVILATGGATLLFRPRSTGEAAGRTWYAIFDTGSGYYMGLKAGAMLTQFEHRFIPFRFKDGYGPVGAWFLFFKCKAKNAYGEEYIKTRAAELEKYKPYGAAQPIPTPLRNHQVMLEIMDGNQPIYMHTEEALAELAGGDKKKLKHIYEEAFEDFLDMTVSQALLWACQNIDPQEQPSEAAPAEPYIMGSHSGEAGFWVCGPEDLMPEEYAKLFPLKYNRMTTVKGLFAIGDCAGANPHKFSSGSFTEGRIAAKAAVRFILEQKPNPEIDDAVVEELKKKAYAPMERFMQYKDLSTADDVNPEYILPWQGLVRLQKIMDEYAAGIATIYKTNEKMLQRALELLAFLKEDLEKLAARDLHELMRAWELVHRVWTAEAHVRHMLFRKETRWPGYYYRTDYPELNDEEWKCFVCSKYDAEKDEWTFEKVPYVQVIEWSF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
adenylylsulfate reductase
|
| publication title |
Structure of adenylylsulfate reductase from the hyperthermophilic Archaeoglobus fulgidus at 1.6-A resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
247
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| structure length |
642
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| sequence length |
642
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature |
ec
1.8.99.2: Adenylyl-sulfate reductase. |
| pdb deposition date | 2001-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00890 | FAD_binding_2 | FAD binding domain |
| A | PF02910 | Succ_DH_flav_C | Fumarate reductase flavoprotein C-term |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 | Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MO9 A; 4OPG A; 1KNR A; 4YXD A; 1FEA A; 2WP5 A; 2H88 A; 2R0P A; 3F8R A; 1GEU A; 4YT0 A; 4NTD A; 4O5Q A; 1F8W A; 1DJQ A; 2YM2 A; 1VRQ B; 2BAB A; 2R4E A; 3FMW A; 4CNJ A; 3GYI A; 2B7R A; 2YM1 A; 3UKH A; 1VG9 A; 2JAE A; 3UKP A; 4H4W A; 1CL0 A; 3KKJ A; 1LQT A; 2R45 A; 4NZH A; 2XLP A; 2VVL G; 5C3J A; 1KDG A; 3P4S A; 1V59 A; 1GRB A; 2GMJ A; 4IA6 A; 4LA1 A; 4TM0 A; 4U8N A; 1FEB A; 1KFY A; 4A7A A; 4A5L A; 2YVJ A; 2WU2 A; 3ICS A; 5U1O A; 1XHC A; 2J3N A; 3KPF A; 4ZCC A; 2C7G A; 2YQU A; 1PDH A; 3NK0 X; 4TM4 A; 4YKG A; 2BC0 A; 1GTH A; 1NHP A; 1QO8 A; 2Z5X A; 1H6V A; 2RGH A; 1PS9 A; 1JNZ A; 2APG A; 4X9M A; 2V3A A; 3ICT A; 1XAN A; 2QA1 A; 2YG7 A; 2YVF A; 3DJJ A; 3DK8 A; 4B68 A; 3IHG A; 1BGN A; 1N1P A; 1F6M A; 1L9C A; 4TM3 A; 4H4R A; 5KVI A; 4TLX A; 1CJ2 A; 4GUV A; 4H2Q A; 3AYL A; 3NT6 A; 3WE0 A; 3LJP A; 4ADW A; 5GSN A; 2GR1 A; 2X8H A; 4CCQ A; 1OJT A; 3CGD A; 3KU9 A; 4U8P A; 3UTE A; 4YSY A; 2R4J A; 3NLC A; 4UP3 A; 3NTD A; 3DGH A; 2IVE A; 2VQB A; 2LFC A; 2V3B A; 3C4A A; 4H50 A; 3B3R A; 4YKF A; 3NYF A; 4H4Q A; 1CC6 A; 2YR4 A; 3VRB A; 3SGL A; 1IUS A; 3AD7 B; 4WCT A; 3QSE A; 4Z24 A; 4OPL A; 2IVD A; 1OJD A; 4PAA A; 3BNU A; 3B6D A; 3P9U A; 4U8I A; 2YLW A; 5KOW A; 5KRQ A; 1Q9I A; 2FJE A; 3IF9 A; 1K0I A; 3ABV A; 2Q6U A; 1H81 A; 3KLJ A; 4J57 A; 3CPH G; 2ZZ0 A; 4U8J A; 1E1N A; 4HB9 A; 3ISH A; 3RP7 A; 2FJD A; 4H4Y A; 3UP4 A; 4ECH A; 4XXG A; 2DKH A; 1IUT A; 1BGJ A; 2XFQ A; 2WPE A; 3AYJ A; 4H4S A; 1YQ4 A; 4J31 A; 3VQR A; 2JB3 A; 3GRT A; 4E0V A; 4GDP A; 4GRT A; 1TRB A; 3UKF A; 1P2H A; 3AE7 A; 2YG3 A; 3AE8 A; 1TDF A; 5FMH A; 4BV6 A; 2GV8 A; 4C3Y A; 4C74 A; 1O5W A; 4U2L A; 3NG7 X; 4K2X A; 2W0H A; 2GRT A; 2EQ9 A; 1H83 A; 1DOB A; 2C3C A; 3P4R A; 4I58 A; 2AQJ A; 3OC4 A; 2JB1 A; 4J56 A; 3V76 A; 4OPI A; 5KWF A; 3I3L A; 4H7U A; 3K7M X; 1BWC A; 3BHF A; 4EQW A; 1E39 A; 3JSK A; 1GRH A; 4NEW A; 4TLZ A; 4JY2 A; 4EQX A; 2WPC A; 3EF6 A; 3ALJ A; 3CNT A; 2OLO A; 5BVA A; 1CC4 A; 2C75 A; 1ZMD A; 1PXB A; 5HXI A; 4CY6 A; 1CC2 A; 4LII A; 3DME A; 3S61 A; 3FPZ A; 1Q1W A; 2YG4 A; 4U8L A; 3CTY A; 3NN0 X; 3QVR A; 1E6E A; 5BUK A; 3UTH A; 1NHR A; 4USQ A; 2YAU A; 1PHH A; 1HYU A; 1LVL A; 1PBC A; 1ZY8 A; 2EQ8 A; 1PN0 A; 1GXF A; 2BXS A; 3D8X A; 3GD3 A; 4I59 A; 1N4U A; 5HY5 A; 2X8G A; 2GR3 A; 3BI4 A; 2FJA A; 3G5S A; 2WOV A; 3AWI A; 4UDQ A; 4FDC B; 2C72 A; 5EBK A; 1KF6 A; 4CBQ A; 2WU5 A; 2NVK X; 2R0G A; 1IUW A; 3EPT A; 4KX6 A; 3COX A; 3P4P A; 2WEU A; 4H4P A; 4RG4 A; 1D7Y A; 4NTC A; 4A79 A; 1E1L A; 1F8S A; 4GF7 A; 2Q0K A; 1DOE A; 3ITJ A; 3CIR A; 4FK1 C; 4C3X A; 3AEG A; 2C70 A; 1S3E A; 4OCG A; 4JQ9 A; 4OPT A; 2WDV A; 5KVH A; 1H84 A; 3G5R A; 2C3D A; 2V6O A; 1K0L A; 1BKW A; 3GYJ A; 3DJE A; 1NG4 A; 1CBO A; 5GRT A; 5M10 A; 2YLR A; 4D04 A; 1JRY A; 2RGO A; 2GQF A; 1B5Q A; 4A6N A; 2F5Z A; 2XYO A; 5BRT A; 1O94 A; 3URH A; 4B65 A; 4JDR A; 4Z2U A; 2JB2 A; 1YQZ A; 3QJ4 A; 4REK A; 2XCG A; 1PBF A; 2XFN A; 3SM8 A; 1GSN A; 1ZOV A; 1GRE A; 2BK4 A; 3LOV A; 4TM1 A; 4U2T A; 4OPD A; 1ZMC A; 3DJG X; 1FEC A; 1YY5 A; 5FS8 A; 3AE3 A; 1XPQ A; 1COY A; 4K5R A; 4EIQ A; 1ELI A; 1F3P A; 3GWF A; 2BCG G; 3QSS A; 3AE5 A; 4K7Z A; 2BS4 A; 2PHH A; 1S3B A; 3NGC X; 1E1K A; 3UCL A; 4ZCD A; 1DXL A; 2ZBW A; 3AXB A; 1P2E A; 1N4W A; 1BF3 A; 3UOV A; 4C77 A; 4YSX A; 3OZ2 A; 1D5T A; 2GR0 A; 4BJY A; 2H89 A; 1NDA A; 1CHU A; 1IJH A; 3AEE A; 1VQW A; 4J36 A; 1VG0 A; 2GB0 A; 4MJW A; 2XVJ A; 3LZW A; 4A6N B; 4APN A; 4Z2R A; 1PJ6 A; 1BZL A; 1PJ7 A; 1VDC A; 3PO7 A; 1O95 A; 4U8O A; 4XWZ A; 4IVM B; 4DGK A; 4A9W A; 4K5S A; 5IQ4 A; 2GMH A; 1H86 A; 5EB4 A; 3AEB A; 3D1C A; 4EMW A; 1B4V A; 3KD9 A; 4USR A; 3RHA A; 3M0O A; 2B9W A; 3EAO A; 3G5Q A; 3ALL A; 1E1M A; 3BHK A; 1DOD A; 3CPI G; 2C76 A; 2C67 A; 4B63 A; 2XLS A; 1OJA A; 1L9E A; 1H82 A; 2VVM A; 3NYC A; 5KOX A; 3CNJ A; 4N9X A; 2R46 A; 2GQW A; 1ZKQ A; 2XVE A; 3CGB A; 4H4Z A; 1OJC A; 4Z44 A; 2VZ2 A; 2TMD A; 3CGC A; 3UP5 A; 1PBB A; 2V5Z A; 1LPF A; 2GVC A; 1REO A; 4JY3 A; 3CGE A; 3NIX A; 5HHF A; 4JNQ A; 1PBD A; 2C66 A; 3VRA A; 2BYB A; 4HA6 A; 4FK1 A; 2XDO A; 2HQM A; 3KA7 A; 3AEA A; 4B64 A; 5JCI A; 3O0H A; 1JOA A; 4YSH A; 2VQ7 A; 1XDI A; 1GES A; 3GWD A; 2R0C A; 5BUL A; 3QFB A; 2BA9 A; 3VR9 A; 3NTA A; 3UOY A; 1CF3 A; 4EMJ A; 1JRZ A; 4J33 A; 4ICY A; 4AP1 A; 4Z25 A; 2WQY A; 4B1B A; 2NPX A; 2PYX A; 1B37 A; 1TDO A; 2WP9 A; 4YTM A; 2XVI A; 2EQ6 A; 2ZZC A; 3DJD A; 3K7Q X; 5J60 A; 2OAL A; 4GDE A; 1D4E A; 3PS9 A; 2X3N A; 3ICR A; 3AD9 B; 3GMC A; 3IC9 A; 3ALM A; 1TYP A; 2BXR A; 3I6D A; 3IHM A; 5FS7 A; 1SEZ A; 3P1W A; 3UKK A; 1ZDL A; 2XFU A; 1GV4 A; 1JEH A; 4NTE A; 2WHD A; 3K30 A; 4OVI A; 3UTG A; 3DGZ A; 1RYI A; 4Z43 A; 4C5O A; 1H7X A; 1ZOY A; 4CY8 A; 1M6I A; 3GSI A; 1TDN A; 2BC1 A; 4IV9 A; 4UDR A; 4YSZ A; 2E1M A; 3BI5 A; 1IUU A; 4EM3 A; 2WOI A; 1CJC A; 2C65 A; 2CFY A; 2OLN A; 1ONF A; 4X9N A; 2VRL A; 5JCN A; 3LB8 A; 4H2N A; 3UTF A; 4ZN0 A; 3AD8 B; 3L8K A; 3NHO X; 1N4V A; 1PBE A; 1JU2 A; 3C96 A; 2JK6 A; 5U25 A; 4D03 A; 2X50 A; 3CND A; 5IPY A; 3DK9 A; 3P4Q A; 4AOX A; 2WES A; 1ZX9 A; 5DBJ A; 2C64 A; 1TDK A; 2YLX A; 3H4K A; 5KXJ A; 3M12 A; 5LV9 A; 3UKL A; 1AOG A; 4CCR A; 2QA2 A; 5JCM A; 2YR6 A; 1JNR A; 1FCD A; 1GPE A; 2X8C A; 3AEC A; 2YLT A; 2RAB A; 2BS3 A; 1D7L A; 1TDE A; 3GRS A; 5U63 A; 1D4D A; 2GEW A; 3PVC A; 2Z5Y A; 4B67 A; 2XLU A; 1GRF A; 2BAC A; 4YTP A; 1DOC A; 4JNA A; 2I0Z A; 1CJ3 A; 3NN6 X; 2WDQ A; 3AE1 A; 3QFA A; 1B8S A; 3GD4 A; 3L1R A; 4U8M A; 1GAL A; 2WBA A; 3AB1 A; 4IA5 A; 1M64 A; 2A8X A; 3NKS A; 4Y4L A; 4BK3 A; 1IUV A; 2E4G A; 1FL2 A; 1KNP A; 3ATR A; 3F8D A; 1FOH A; 2DKI A; 4DSG A; 4OPC A; 2BK3 A; 4X4J A; 1PJ5 A; 3SFE A; 1D4C A; 1LTX R; 4H4X A; 1GRG A; 4DSH A; 4EM4 A; 5FS9 A; 2GR2 A; 4AT0 A; 4FX9 A; 1DNC A; 4JN9 A; 1CJ4 A; 1KSU A; 1OJ9 A; 2ACZ A; 2UZZ A; 2Q7V A; 3UKQ A; 3CPJ G; 1E7P A; 1YQ3 A; 2GH5 A; 3BI2 A; 1JRX A; 3Q6J A; 4H4U A; 3UKA A; 1EBD A; 4AOS A; 2R9Z A; 2O9Z A; 3E1T A; 2JKC A; 3LZX A; 2VRM A; 3RED A; 2WPF A; 2XLT A; 3R9U A; 4H2P A; 2YWL A; 5EB5 A; 4O5U A; 1EL9 A; 3CNS A; 2BK5 A; 3KVE A; 2YVG A; 1Y56 A; 4BK2 A; 2WET A; 3SQP A; 4U2S A; 4KPR A; 1EL5 A; 2VVL A; 4H2R A; 2EQ7 A; 2BCP A; 3H8L A; 4GR1 A; 1PXA A; 2YR5 A; 1GET A; 2GAH B; 3NRN A; 5IQ1 A; 1K0J A; 2CDU A; 2V61 A; 4BJZ A; 1X31 B; 1L9D A; 3NK1 X; 1LQU A; 4EMI A; 2XVH A; 3ZYX A; 4Z2T A; 1LV0 A; 1MXT A; 2WOW A; 4H4T A; 1RSG A; 3RP6 A; 3GDP A; 4Y4N A; 3AED A; 3AE9 A; 1S2Y A; 5ER0 A; 2XLR A; 3CN8 A; 4B66 A; 2VOU A; 3NK2 X; 1EL8 A; 4B69 A; 3C4N A; 1TYT A; 3F8P A; 3FBS A; 3UOX A; 1PXC A; 1S2Q A; 4AT2 A; 3NNE A; 3ATQ A; 2C73 A; 3UOZ A; 4EQR A; 2YLS A; 1K4Q A; 4K8D A; 1NAA A; 2GF3 A; 1Z6L A; 4J2W A; 1Q1R A; 4UDP A; 2OAM A; 1Y56 B; 4U8K A; 3T37 A; 2X99 A; 3GDN A; 1NEN A; 4EQS A; 3AEF A; 3Q9T A; 1ZP0 A; 4Y4M A; 3AE4 A; 2XVF A; 3NH3 X; 2QAE A; 1QLB A; 1Y0P A; 1NEK A; 2BS2 A; 5C2T A; 3M13 A; 3V3O A; 3ZDN A; 3II4 A; 2GAG B; 4OPU A; 3LAD A; 5L46 A; 2XFO A; 3NYE A; 4PAB A; 3SFD A; 4WX1 A; 2WP6 A; 2JBV A; 3FIM B; 5EOW A; 3FG2 P; 3LXD A; 5J7X A; 1W4X A; 1GND A; 2AAQ A; 1GER A; 1GOS A; 1NHQ A; 1NG3 A; 2IID A; 2FBW A; 2RGJ A; 2YG5 A; 4BK1 A; 3QVP A; 1MOK A; 2FJB A; 4A65 A; 2B76 A; 2B9X A; 2TPR A; 5CQF A; 3DH9 A; 3RP8 A; 5HYM A; 1YKJ A; 3EAN A; 5JCK A; 4J34 A; 1GTE A; 3VRD B; 3AE6 A; 1F8R A; 2V60 A; 3CNP A; 4GCM A; 4YWO A; 2WS3 A; 2YLZ A; 4NEV A; 1KSS A; 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