3IHGA

Crystal structure of a ternary complex of aklavinone-11 hydroxylase with fad and aklavinone
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
535
structure length
535
Chain Sequence
MNDHEVDVLVVGAGLGGLSTAMFLARQGVRVLVVERRPGLSPYPRAAGQNPRTMELLRIGGVADEVVRADDIRGTQGDFVIRLAESVRGEILRTVSESFDDMVAATEPCTPAGWAMLSQDKLEPILLAQARKHGGAIRFGTRLLSFRQHDDDAGAGVTARLAGPDGEYDLRAGYLVGADGNRSLVRESLGIGRYGHGTLTHMVGVIFDADLSGIMEPGTTGWYYLHHPEFKGTFGPTDRPDRHTLFVEYDPDEGERPEDFTPQRCVELIGLALDAPEVKPELVDIQGWEMAARIAERWREGRVFLAGDAAKVTPPTGGMSGNAAVADGFDLAWKLAAVLQGQAGAGLLDTYEDERKVAAELVVAEALAIYAQRMAPHMAEVWDKSVGYPETLLGFRYRSSAVLATDDDPARVENPLTPSGRPGFRGPHVLVSRHGERLSTVDLFGDGWTLLAGELGADWVAAAEAVSAELGVPVRAYRVGAGLTDPESAVSERYGIGKAGASLVRPDGIVAWRTDEAAADAAQTLEGVLRRVLDR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate recognition and specificity in aklavinone-11-hydroxylase from rhodomycin biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RdmE
molecule tags Flavoprotein, oxidoreductase
source organism Streptomyces purpurascens
total genus 164
structure length 535
sequence length 535
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.14.13.180: Aklavinone 12-hydroxylase.
pdb deposition date 2009-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 3ihgA02
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3ihgA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 3ihgA01
2XVEA 1F8WA 4D03A 2WHDA 4J56A 1TYTA 2BXSA 3WE0A 3IWAA 2OLOA 1KNPA 1F3PA 1KSSA 5FS6A 4B66A 3M13A 4EM4A 1FOHA 1RP0A 5EB4A 3IC9A 1LVLA 3K7MX 3GWFA 4H2NA 3P4RA 1ZOVA 3RP6A 3LADA 1EL9A 3SM8A 2FJDA 4JNAA 4O5QA 5M0ZA 2I0ZA 3QFAA 3EF6A 1GOSA 2NVKX 2PYXA 2IIDA 2Y6QA 1KDGA 4YT0A 3KLJA 1L0VA 2BACA 3UOXA 1NHRA 2XLPA 1BGJA 3GD4A 4U8JA 2WP6A 3DJEA 2R0CA 2AQJA 3ADAB 1CHUA 2X8CA 3DJJA 4Z26A 1FEAA 1GRAA 1JRZA 5KOWA 1S2QA 2BCPA 3GSIA 5KVIA 1KF6A 2B76A 5M10A 4EQWA 4RSLA 1TDFA 2Y6RA 2BS4A 4XWZA 4GDPA 4CBQA 1GRFA 3URHA 1D7LA 1N4VA 3AE9A 1P2EA 2A8XA 1RSGA 2WPEA 1RYIA 2GH5A 4CNKA 4JNQA 4YWOA 3QSSA 1NDAA 3D1CA 3KVEA 2EQ7A 3OC4A 2QA1A 4J36A 1VQWA 5FS7A 2ARDA 1B5QA 3UTHA 2YG6A 1AOGA 3NKSA 3UKKA 1NEKA 1ZOYA 4U2LA 3SFDA 3DK9A 1PXBA 1LPFA 2UZZA 4BK2A 1IUTA 3UKAA 4H4SA 5HY5A 3AYIA 5EBKA 4Z25A 3ATQA 3NTAA 4J34A 4K8DA 4U8MA 3ISHA 2X8HA 2YLRA 4UP3A 4YTMA 5U63A 1VG9A 1H7XA 1CJ4A 2YWLA 4ZN0A 1E7PA 5JCMA 1NPXA 3C4AA 3BHKA 3FMWA 3Q6JA 2B7RA 2J3NA 3PS9A 4H7UA 2YG3A 1PXAA 1VDCA 3AEAA 4PAAA 4B67A 2GAHB 1H84A 1O95A 3AE4A 3OZ2A 3AEEA 2C76A 5FMHA 3NYEA 4YKGA 1CJCA 2FJEA 4OPIA 3REDA 5BVAA 3P4QA 3T37A 2R0PA 2VZ2A 2XVJA 3UP5A 1B4VA 2VVMA 1N4UA 2OAMA 3RP8A 3P4SA 2C66A 4GF7A 3UKQA 2RABA 3G5RA 3UOYA 3H4KA 4AP3A 4C74A 4EQSA 4CY6A 2WQYA 3AEBA 4YSZA 3B3RA 3K30A 4FK1C 2GEWA 3IHGA 2WESA 2Q6UA 4C3YA 1S3EA 2YR6A 2JBVA 2YLTA 4H4QA 5JCNA 3CPJG 1EL8A 2GV8A 5TR3A 4NEWA 3LZWA 3NN6X 1DJNA 1H86A 4JN9A 4B65A 4RG3A 3GDNA 5U1OA 1K0IA 1OJCA 2BS2A 2EQ9A 5J60A 4UDPA 3ZYXA 3BNMA 1SEZA 2VQ7A 3VQRA 1CC2A 1H7WA 3G5QA 1F8RA 2EQ8A 3E1TA 3AYLA 1GXFA 3GMBA 3AYJA 4A65A 3VR8A 3GWDA 4ZCDA 1IUSA 1FCDA 1GRGA 2GQFA 3AEDA 4EMWA 4YTNA 3FG2P 3GDPA 4XWRA 4YKFA 3AD7B 1KSUA 4USQA 1TDEA 2X99A 2YVJA 4TM4A 3VRAA 4IA5A 5KVHA 1H81A 2F5ZA 2WP9A 3GYIA 3K7QX 4GDEA 4K2XA 3GRSA 3COXA 3AE3A 1H6VA 2IVEA 3RNMA 1DOBA 4KPRA 1COYA 4OCGA 1P2HA 1OJTA 1E1NA 2BK3A 2YAUA 2C7GA 3DH9A 4GCMA 4B1BA 3P1WA 1LV0A 3ALMA 1QJDA 2FJBA 2QAEA 1GV4A 1Q1WA 2R4EA 3NTDA 1OJDA 3KKJA 3NRNA 4C5OA 4YTPA 5FS8A 5IQ4A 4B63A 4Z43A 2YVGA 4IA6A 5IQ1A 3AE8A 2V60A 1GPEA 3B6DA 3NN0X 4REKA 4CY8A 2FJAA 4FK1A 4YSHA 3EANA 3AXBA 3NYFA 3PO7A 1E1MA 4YSYA 4OPGA 2R0GA 1D4DA 1FL2A 1GESA 2VRMA 2JB1A 4OPCA 3ICTA 1K0LA 4J31A 1BGNA 1LTXR 3CGCA 3ICRA 4PABA 5KOXA 3VR9A 2YVFA 2VOUA 4A5LA 4GUVA 1UKVG 4H2RA 1DOCA 2E5VA 3QSEA 4U8PA 2WETA 3DGHA 5J7XA 5KWFA 4WX1A 3CNSA 4H4PA 2DKIA 2HQMA 2X50A 4AP1A 1MXTA 2B9XA 2OALA 4Z2UA 1GETA 1M64A 1NHPA 1GEUA 2XLUA 5GRTA 4DNAA 3R9UA 2GF3A 4APNA 1F8SA 4Y4NA 3L8KA 2WOVA 4GR1A 1GREA 1M6IA 4Z2TA 4TM3A 4AT0A 2W0HA 1E39A 1CJ2A 3NG7X 4HB9A 2VQBA 1LQUA 3I3LA 4AOSA 3EPTA 1REOA 4JY3A 2VVLA 3AE5A 1Y56A 3NLCA 5JCKA 2XFNA 2ZZCA 4A9WA 3AD9B 3L1RA 4JDRA 1Y56B 3NGCX 4RG4A 2GRTA 5L46A 1QLBA 2A89A 2C3CA 4IVOB 2FBWA 3C4NA 1PBBA 2ACZA 2VVLG 1VG0A 5ER0A 4NEVA 1JRXA 1Q9IA 2BABA 4U8IA 3BI4A 3ITJA 3QVPA 5JCLA 3UKLA 2WPFA 3LOVA 5HHFA 4JY2A 1ZX9A 3ATRA 3BHFA 3NIXA 1CBOA 1PBDA 2BCGG 2XCGA 1ZMDA 3DMEA 3AD8B 1MOKA 1EL5A 2Q7VA 3AWIA 2WEUA 2YG7A 4H2QA 3CGDA 2R9ZA 3CIRA 3NYCA 2R4JA 1F6MA 2NPXA 1O5WA 2XFPA 1GRTA 1PXCA 2AR8A 4I58A 3LXDA 2YM1A 1IJHA 2XVFA 3CPIG 4H4YA 4BJZA 4BV6A 2V61A 1CF3A 4EM3A 2YLSA 4O5UA 4GRTA 1TDKA 2BK5A 2JKCA 1LQTA 3C96A 3ZDNA 3AE7A 3FIMB 2WBAA 3VRBA 4TM1A 1KFYA 3SFEA 2WOWA 4OPLA 5EOWA 2GR3A 3ALLA 2WP5A 3S61A 4BJYA 4ECHA 2A87A 4A99A 1X31B 1PJ7A 1GSNA 2H88A 1ZP0A 2E4GA 5DBJA 2B9WA 2CVJA 4ZCCA 5HYMA 2R45A 4LU6A 4TM0A 4P9SA 2ZZ0A 2XYOA 5KRQA 1DJQA 4N9XA 1IUVA 4Y4LA 5BULA 1PBEA 3DK8A 4M52A 1H83A 1K0JA 2C72A 2Q0LA 2QCUA 2GR1A 2EQ6A 3CNDA 2O9ZA 4EMJA 4X9NA 3CGBA 1PHHA 1ZKQA 4A6NA 1NHQA 1ZMCA 4MJWA 2Z5YA 1ZDLA 1D7YA 1E1KA 1B8SA 2TPRA 2XDOA 1IUXA 2B9YA 3SQPA 3QVRA 1DOEA 1E1LA 1NHSA 4A6NB 4IVMB 2WS3A 3UTFA 1EL7A 3BI5A 1NAAA 2XFQA 1JNZA 1N4WA 2C73A 3P4PA 4EIQA 3FBSA 4J57A 4YXDA 1HYUA 5KXJA 2VRLA 2GQWA 2GB0A 3F8PA 1ZY8A 1YKJA 4AT2A 1Q1RA 1N1PA 1GNDA 1PN0A 1XANA 1BKWA 2B7SA 2C3DA 3GRTA 3F8RA 3H8LA 3NK2X 4H4TA 3V3OA 3KD9A 1TRBA 2E1MA 3LZXA 4Z44A 3UP4A 5C2TA 4K5SA 1XDIA 2WDVA 1B37A 1PS9A 2XLSA 2BXRA 3D8XA 3ICSA 1JEHA 4DSHA 3IHMA 4FDCB 2WOIA 2AAQA 3G5SA 1GRBA 2CULA 2RGOA 2XLRA 3M0OA 3RP7A 1GTEA 3QJ4A 2WDRA 4D04A 1NG4A 2CDUA 3UKPA 1YY5A 3CGEA 3CNTA 3EAOA 4BK1A 4EQXA 2GR0A 4CCQA 1DNCA 2GMHA 4H4RA 2C75A 3DGZA 1S3BA 1O94A 2YQUA 3NH3X 1PJ5A 3DJDA 4NTCA 5CKUA 1IUUA 3M12A 4BURA 4K22A 4ICYA 3AB1A 4LIIA 1TDNA 2RGJA 1GTHA 1VRQB 3AE2A 4Y4MA 1DODA 3AECA 4UDQA 2YLXA 2C67A 2TMDA 2X8GA 3V76A 2V6OA 4OPTA 2V3AA 4B68A 1D4EA 4CNJA 2JK6A 1L9EA 3QFBA 3FPZA 3BNUA 5JCIA 2WPCA 3NK1X 1OJ9A 3K7TA 2YG5A 3V3NA 4DSGA 2GVCA 1NG3A 4USRA 4XXGA 2R46A 1CC6A 1LJ1A 2XVHA 4U2SA 1ZK7A 2JB3A 5BUKA 3IF9A 1BZLA 1L9DA 1ELIA 4OVIA 5HXIA 3LB8A 1D5TA 2XFUA 1KNRA 4H4VA 3CN8A 3CNPA 4CRTA 5FS9A 2Q0KA 3II4A 4C77A 5EB5A 1BWCA 1GERA 2YLZA 4NZHA 3UTEA 1W4XA 1JRYA 2RGHA 3O0HA 2BK4A 4EQRA 2C64A 3UOVA 3I6DA 2GR2A 1YQ3A 2YM2A 3DK4A 3AE6A 3GYJA 4BK3A 1CL0A 1PDHA 4H4UA 1IUWA 3H8IA 1E6EA 4UDRA 3Q9TA 3UCLA 4H2PA 1TDOA 3AEGA 4I59A 2PHHA 4LA1A 2JB2A 4EIPA 4AOXA 3ALJA 3UKHA 4CCRA 2CFYA 1Y0PA 5U25A 2BC0A 4OPDA 4U8NA 3SGLA 2WDQA 2OA1A 4U2TA 3DJGX 1FEBA 3P9UA 2JAEA 5LV9A 2DKHA 2WU2A 3BI2A 3GD3A 4HA6A 4Z24A 1GRHA 3CNJA 2YLWA 4K7ZA 4J2WA 3ABVA 4J33A 1JU2A 4YSXA 3KU9A 2YR4A 4KX6A 4IV9A 4A79A 3NT6A 4U8KA 4K5RA 4JQ9A 1YQZA 1BF3A 3PVCA 4U8OA 1JOAA 4A7AA 4ADWA 1S2YA 2V5ZA 3HZLA 1TYPA 2OLNA 2C65A 2WU5A 2ZZBA 1D4CA 4FX9A 4B69A 2V3BA 2QA2A 3F8DA 5GSNA 4TLZA 2XVIA 1XHCA 3RHAA 1MO9A 4NTEA 1V59A 4C3XA 1H82A 1PJ6A 1Z6LA 3GMCA 3NNEA 4H50A 2XLTA 4U8LA 2X3NA 4OPUA 2IVDA 1PBFA 4TLXA 4X9MA 4NTDA 5C3JA 4X4JA 4WCTA 1DXLA 2C70A 3NK0X 1CC4A 4H4XA 3CTYA 1L9CA 1FECA 2BYBA 1XPQA 4B64A 4Z2RA 1CJ3A 1K4QA 1NENA 3JSKA 4H4WA 1EBDA 3AE1A 1YQ4A 4H4ZA 5CQFA 4E0VA 4EMIA 1PBCA 2APGA 3AEFA 3QSMA 3CPHG 2BA9A 5BRTA 2GAGB 2GMJA 3KA7A 1JNRA 1QO8A 2Z5XA 2ZBWA 3KPFA 2BC1A 3S5WA 3DA1A 1GALA 3UKFA 3VRDB 2YG4A 3LJPA 2BS3A 2XFOA 3UTGA 2H89A 3NHOX 4DGKA 5IPYA 2YR5A 1ONFA 3UOZA 1GT8A 1OJAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HYVA 1BG5A 3APOA 3IWAA 2OLOA 1OC8A 1FOHA 5EB4A 2RLIA 6GSUA 5F07A 3LADA 3C1SA 5M0ZA 1GOSA 2PYXA 2LV3A 4YT0A 5DJMA 3UOXA 3SZFA 4JZQA 1SK0A 2WFCA 2OJLA 3DJEA 1SK1A 3IV4A 2X8CA 4BVXB 3UJ1A 4HOJA 1JRZA 1GRAA 5KMSA 3QAVA 2B76A 1SD9A 1YJ6A 1TDFA 2CZ3A 5JCUA 1N4VA 3ZL5A 2A8XA 1RSGA 2L4CA 2WPEA 3GURA 2DJJA 4YWOA 3D1CA 3VI7A 3OC4A 5F06A 4J36A 1T4YA 5FS7A 4HSCX 2HI7A 3NKSA 3IAS2 3DK9A 13GSA 2UZZA 2HZFA 2P5QA 3M3MA 3FR3A 4H4SA 4BIKA 1YEPA 3KP8A 3GX0A 3IXRA 3IAM2 3N9JA 4IELA 1VG9A 4ZBAA 5JCMA 2P0GA 1NPXA 3FMWA 3Q6JA 3IK7A 1UA5A 4FYCA 3AEAA 2C3QA 1ERVA 1WE0A 3PH9A 4OPIA 1F3AA 1NHOA 1LU4A 2P31A 1TRWA 2VVMA 1PRXA 2K18A 3RP8A 2DJ1A 5D93A 3P4SA 4GF7A 3UKQA 3G5RA 3UOYA 3H4KA 3ZMKA 2WQYA 4I6XA 4YSZA 9GSSA 5DAKB 1TXXA 2YZUA 2QC7A 2QGVA 1S3EA 2VAFA 3HA9A 2JBVA 2HLSA 3ZRDA 2HZEA 5TR3A 3UVHA 4NEWA 1DJNA 1WWJA 4B65A 5HR2A 4XRDA 4BWQA 2OACA 3BNMA 3VQRA 3VLNA 4YQVA 2PU9C 4ECIA 1GXFA 1K0OA 4HU7A 4A65A 5GZZB 1PMTA 4KDXA 1FOVA 2H66A 4MK3A 3VRAA 4KB3A 4TM4A 3GYIA 2WP9A 2IMKA 5ENUA 4GDEA 2EC4A 4MZBA 3AE3A 1V2AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3BHF A;  3D4M A;  5F05 A;  3M8N A;  1EEJ A;  1MOK A;  1EL5 A;  2OE3 A;  4WF5 A;  1E6B A;  4HJ2 A;  5IMC A;  1BQ7 A;  2YG7 A;  5COH A;  3CGD A;  4TXO B;  2R9Z A;  4Q5F A;  2NPX A;  4PQI A;  2GTU A;  1GRT A;  2XVF A;  4H4Y A;  5JWQ B;  1DBY A;  1IYH A;  2HE3 A;  4O5U A;  4IHU A;  1EV4 A;  3C96 A;  1A8L A;  17GS A;  1KNG A;  3GMF A;  6GSV A;  4OPL A;  4NPB A;  2WP5 A;  4BJY A;  4F9Z A;  3BCK A;  3TJG A;  1XIY A;  3F6D A;  3AY8 A;  1W4V A;  5DBJ A;  4V2M A;  2CVJ A;  3DVW A;  4LU6 A;  2ZZ0 A;  4N9X A;  2DLX A;  4K1F A;  1SKR B;  3DK8 A;  3C8E A;  2QKE A;  3HVN A;  4IS0 A;  3FY7 A;  4P3Y B;  2EQ6 A;  1PL2 A;  2O9Z A;  2C0G A;  4EMJ A;  2AAW A;  3DXB A;  4EL1 A;  2Z5Y A;  1ZDL A;  3S9F A;  3SQP A;  1IUX A;  3R3E A;  2R2J A;  5FT3 A;  3KEB A;  4IVM B;  5IMD A;  3UTF A;  1XW9 A;  1EL7 A;  2XFQ A;  1JNZ A;  6GST A;  2E48 A;  4AJ7 A;  3NIV A;  5KXJ A;  2MMN A;  4AT2 A;  1N1P A;  3M9K A;  5IOX A;  1G6W A;  2JL4 A;  4Z44 A;  1OE8 A;  3SWL A;  3GX8 A;  2F51 A;  3ICS A;  1AQW A;  2LNS A;  5DAL A;  2WOI A; 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