4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
3P9UA 1TYPA 1JRZA 1O95A 3G5QA 4B69A 2BS2A 1FEAA 1JNRA 1PBCA 3M0OA 4LU6A 1Y56A 3GYJA 3LOVA 1DOCA 3ZDNA 4K22A 5IPYA 1CBOA 1CJCA 2WESA 1DNCA 1K0LA 2WS3A 4N9XA 1ZOVA 2XLPA 3FPZA 1OJAA 2WDRA 4APNA 4JNQA 1FECA 3BNMA 4HA6A 4H50A 1PJ7A 1FCDA 4J56A 4C74A 4ECHA 4JN9A 1NHQA 4BK3A 2ZZ0A 4H4PA 2EQ8A 4YKFA 2XVHA 3FBSA 3H8IA 3V76A 1XPQA 4C5OA 4EQWA 1OJ9A 1K0JA 1PBFA 2Q0LA 2X50A 1S2QA 2YM2A 4U8NA 1F8WA 1GOSA 4X4JA 3CGEA 1BWCA 2GVCA 4MJWA 1GRGA 5JCNA 3LXDA 1NAAA 2XYOA 1NHPA 4OPGA 4Z44A 1ZX9A 2YQUA 3CPJG 2XLRA 1F3PA 2JB3A 4D04A 4FK1A 2GAHB 2WDQA 4WCTA 1F8SA 2WPFA 4RSLA 3DH9A 4YSHA 4RG3A 1BGNA 3AD7B 1EL5A 5FS7A 4KX6A 1KNPA 1E1MA 2XFOA 3JSKA 3CGBA 3NN0X 3O0HA 3ADAB 3NTDA 3IHMA 3IWAA 3CGCA 4EIPA 1YKJA 5FS9A 4OPCA 2X99A 4PABA 3NNEA 3V3OA 3QVRA 3EANA 4CY8A 4EQXA 5C3JA 4U8OA 3AE6A 1CJ4A 4A79A 2WP6A 1KSSA 2BYBA 2YLSA 4H2PA 3AYJA 3NK2X 3P4SA 4B68A 1Y56B 2R0CA 2VQ7A 3AE5A 3NYEA 5FS8A 2CVJA 3C4NA 2GEWA 3BI2A 3RHAA 3AEFA 4H4XA 2XFUA 1RSGA 1GRAA 1NHRA 5BUKA 1IUVA 1VG9A 4NTCA 1GSNA 3CTYA 1JOAA 4OPDA 4TM3A 3NK1X 4ICYA 1H6VA 2JKCA 2Q7VA 5IQ1A 3Q9TA 2FJBA 4CCRA 1EL7A 3GWDA 4MNNA 3CN8A 1BF3A 4K7ZA 4XXGA 4YSYA 5HY5A 4YSZA 3EPTA 3UKLA 3GD4A 4J36A 2YG6A 3NYFA 2JB2A 3FIMB 3NYCA 4U2TA 4USQA 3DMEA 4O5UA 1RYIA 3NLCA 1X31B 5ER0A 2BS4A 1ZYPA 3GDPA 1GESA 5U25A 5KOWA 2GV8A 4B63A 4J57A 2VOUA 2B9XA 3K30A 4ZCCA 4YWOA 4C3XA 2H88A 2YG3A 4B65A 3CIRA 4U2SA 5C2TA 1BGJA 2BC0A 1E1KA 3D8XA 2C3DA 2EQ7A 2R45A 4K8DA 4U8JA 4JQ9A 3ATQA 1PBEA 3UOZA 4TM4A 4B67A 2EQ9A 4CRTA 1YQZA 1B8SA 1YY5A 5IQ4A 4LA1A 1H86A 5GRTA 1GRBA 1LVLA 2OALA 1YQ4A 1QJDA 4Z2UA 4JDRA 3PVCA 1DOEA 1M6IA 2CDUA 2E5VA 2YLRA 4B64A 1QO8A 3DJDA 1UKVG 3SM8A 5GSNA 5U1OA 3AEDA 1RP0A 2YLXA 3UKQA 4TLZA 3B6DA 3AE4A 3DJGX 3CNSA 2IIDA 1TDFA 2YG7A 3ALLA 3BHKA 1F6MA 1FL2A 1GT8A 1KFYA 2XLSA 1NPXA 1NDAA 3F8PA 3NTAA 3S5WA 4EQRA 2ZZCA 2ZBWA 1Y0PA 3ICSA 5JCKA 3P4PA 4IVMB 3COXA 4EQSA 1Q1RA 1K4QA 1KF6A 2BA9A 1IJHA 2AR8A 3AD8B 3NN6X 4BV6A 4ZN0A 3F8DA 2OA1A 1B37A 3UKFA 4CCQA 1OJDA 3AEAA 2FJAA 1LJ1A 4FX9A 1CC2A 3D1CA 4AOXA 3QSEA 2YM1A 1TDOA 4Z24A 2CFYA 4KPRA 4U8MA 1DJNA 1L9CA 3AECA 3H8LA 4OPUA 4WX1A 1ZK7A 5CQFA 4A65A 1MO9A 2WBAA 4E0VA 3WE0A 4EM3A 3SQPA 4YTPA 1BZLA 4GDPA 3BI5A 3L1RA 4UDQA 3HZLA 1CC4A 3ITJA 1D7LA 4H4RA 5J60A 4AP3A 1ZY8A 4EIQA 1B5QA 4JY2A 2QA2A 4AT2A 4CY6A 2W0HA 3G5SA 1LQUA 4YTMA 1OJCA 4C77A 2YVJA 1SEZA 1EL9A 3R9UA 1YQ3A 3DGHA 1E1NA 1CJ3A 1E6EA 1NG4A 3CPIG 2IVDA 1ZYNA 1LQTA 3QSMA 4CNKA 3M12A 4H4ZA 4XWRA 3URHA 3AD9B 3VRDB 1E7PA 4ADWA 3LZXA 3C4AA 1NENA 1H84A 3RP6A 1IUXA 3DK9A 3V3NA 2RABA 4USRA 2BABA 2B76A 1KSUA 1F8RA 3NKSA 4Z2TA 2YAUA 4Z2RA 1N4UA 3DA1A 2BACA 3ISHA 3KPFA 5KVHA 4BK1A 1CF3A 2Z5XA 4GF7A 3K7QX 1MOKA 3AWIA 1NHSA 2YR6A 4YTNA 3RP8A 4EMIA 3GMCA 2VRMA 2WP5A 1EBDA 2I0ZA 5FS6A 1CL0A 2XLTA 2UZZA 3CNPA 2GQWA 4TM1A 3OZ2A 2B9WA 1VQWA 2C72A 2V3AA 2XVJA 4UDRA 4BK2A 1GTEA 3ZYXA 2GMHA 3GWFA 2GQFA 2H89A 3EAOA 1Z6LA 5HYMA 3REDA 3UKAA 4AT0A 4YSXA 2R0PA 3AB1A 2YG5A 2XLUA 3AXBA 4UP3A 1W4XA 4Z43A 2XVIA 3QJ4A 3NG7X 2C75A 1H83A 4OPIA 4Z25A 3P4QA 1CHUA 3P4RA 4H4SA 1P2HA 3UKPA 3GDNA 2XDOA 1L9EA 1VDCA 3LJPA 3DK4A 5EB4A 1TYTA 3UP5A 2AAQA 3B3RA 4C3YA 4Y4LA 1IUTA 3GMBA 4GCMA 1GV4A 1LTXR 2NPXA 4H4TA 2YLZA 5KXJA 2JBVA 2WOIA 1L0VA 2A89A 1XANA 3ABVA 3KVEA 2X3NA 4UDPA 1N4VA 1S3BA 3SGLA 2A87A 4U8LA 2JAEA 2X8CA 1S3EA 3GRSA 4OPLA 4JY3A 3QVPA 3AEEA 2GH5A 3ALMA 1ELIA 2XFNA 4YXDA 1PJ5A 2NVKX 1V59A 3DJEA 4K2XA 3KLJA 3AE7A 2JK6A 4AP1A 4DSGA 1N4WA 4IV9A 4TM0A 1H7WA 2FBWA 5JCIA 4H2RA 4Z26A 2BCGG 4A99A 3I3LA 1OJTA 2BCPA 3S61A 4OCGA 2OLOA 3AE9A 4M52A 4XWZA 3DK8A 2VQBA 4GR1A 1K0IA 3E1TA 5BRTA 1ZP0A 1CJ2A 2XVFA 1LV0A 4FK1C 4J33A 3NIXA 3AYLA 5L46A 3SFDA 3K7TA 1JEHA 3UOYA 1GALA 3NH3X 3Q6JA 4H4YA 3KU9A 2FJDA 1E1LA 1VRQB 1D4EA 2WETA 4U2LA 5M0ZA 3K7MX 3NRNA 2V3BA 2APGA 1LPFA 4J34A 3CGDA 2A8XA 4OVIA 1H7XA 1H81A 2GR2A 5JCLA 3LADA 2YLWA 4RG4A 2Y6RA 4H4QA 2WPEA 4H4VA 2ACZA 3NHOX 4CNJA 4Y4MA 4H4WA 4X9MA 3VRBA 3QSSA 4Y4NA 1GRTA 2VZ2A 5DBJA 1FEBA 2WU5A 2Y6QA 1GERA 5EOWA 4B66A 1B4VA 5CKUA 1D7YA 2GR1A 2GR3A 1VG0A 1GRFA 2HQMA 1N1PA 3LZWA 4U8IA 5LV9A 5HHFA 5BVAA 3IF9A 3AYIA 4EM4A 3RNMA 1IUUA 1QLBA 5TR3A 4A7AA 1IUSA 4DNAA 4BJZA 2YLTA 1JRYA 2RGJA 2RGHA 2B7RA 3CNJA 2XFPA 3L8KA 3NT6A 1KNRA 4U8PA 5JCMA 4J31A 1S2YA 1PXBA 4BURA 1D4CA 4NTEA 3UOVA 2C65A 2C7GA 4NTDA 2BC1A 4DSHA 1BKWA 2RGOA 2C76A 3NGCX 2Q6UA 4GUVA 2QCUA 4D03A 1XHCA 3GD3A 2R4JA 4I59A 1PS9A 2O9ZA 4LIIA 4REKA 3M13A 1JNZA 4YKGA 3ALJA 2E4GA 3DJJA 2Z5YA 2PHHA 1P2EA 3ICTA 2QAEA 4PAAA 1M64A 1H82A 2X8HA 3QFBA 4BJYA 2C64A 3CNTA 2VVLA 4NEWA 3KKJA 3T37A 1EL8A 2JB1A 2YR5A 2YR4A 1FOHA 3EF6A 3RP7A 3UP4A 3BHFA 1JRXA 2DKHA 4I58A 3IHGA 2C70A 2V61A 3UTGA 2BXSA 5KVIA 4IVOB 4JNAA 1GREA 3C96A 3AE2A 3GYIA 3GRTA 1D4DA 3H4KA 2R46A 1PXAA 2WEUA 2XCGA 4ZCDA 2WU2A 5J7XA 1PBDA 2WPCA 5BULA 2V60A 2WP9A 1O5WA 2YVFA 3AE3A 5U63A 4B1BA 3FG2P 1DOBA 3UTHA 2IVEA 4TLXA 4H2QA 4H2NA 2WOVA 1PJ6A 3DGZA 1TDEA 4IA5A 3UKHA 1DJQA 2BS3A 3GSIA 1TDKA 2YWLA 2R9ZA 2WOWA 5EB5A 5M10A 2V6OA 5EBKA 2CULA 4GRTA 4IA6A 1NG3A 1Q1WA 2GR0A 4J2WA 3SFEA 1IUWA 3LB8A 2BK5A 2GAGB 4EMJA 3KA7A 2TMDA 4H7UA 4K5RA 1CC6A 3II4A 1O94A 5HXIA 2J3NA 4A5LA 2B9YA 3BI4A 1TDNA 3QFAA 3BNUA 4EMWA 3ATRA 1GNDA 1PBBA 4NZHA 3VR8A 4A6NB 1TRBA 2C3CA 1ZMDA 4H4UA 1GETA 5KWFA 3ICRA 3OC4A 1NEKA 1REOA 2FJEA 4OPTA 3VQRA 1D5TA 4HB9A 2VRLA 2C67A 1DXLA 1ZOYA 4NEVA 2BK3A 2VVLG 2ZZBA 1HYUA 3F8RA 3G5RA 3UTEA 4FDCB 4O5QA 1L9DA 2C66A 4X9NA 5FMHA 3AE1A 2BK4A 1PHHA 3FMWA 2AQJA 2F5ZA 3KD9A 2XVEA 2GB0A 5KRQA 1ONFA 1GTHA 1GXFA 3CNDA 2WQYA 1AOGA 3I6DA 4A6NA 2ARDA 2B7SA 1COYA 2PYXA 2QA1A 2GF3A 3VRAA 2YG4A 2WDVA 3AE8A 3AEGA 4AOSA 1XDIA 2OLNA 1E39A 1PN0A 1ZKQA 1MXTA 2YVGA 1Q9IA 2Q0KA 3P1WA 2E1MA 3PO7A 1ZDLA 4YT0A 4DGKA 2EQ6A 2VVMA 3UKKA 3UTFA 2X8GA 5KOXA 2OAMA 1PDHA 1JU2A 2V5ZA 3UOXA 4CBQA 1GEUA 4K5SA 4P9SA 2R4EA 2WHDA 1DODA 3CPHG 1PXCA 2GRTA 3IC9A 4GDEA 3UCLA 4A9WA 1ZMCA 2GMJA 3VR9A 2DKIA 3PS9A 2C73A 1GPEA 2XFQA 3AEBA 2R0GA 1GRHA 1KDGA 2BXRA 3NK0X 4U8KA 2TPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2L5OA 4B69A 2GZYA 1FEAA 3LOVA 2HRAA 1CBOA 4YQUA 3DXBA 4PURA 1ZOVA 2XLPA 1T8EB 1OJAA 4DEJA 4HA6A 1DBYA 4H50A 1PJ7A 4F9ZA 1FCDA 4J56A 1ERUA 1TDIA 5IQYA 1O81A 3FBSA 1TI3A 1J0FA 3ZYWA 1S2QA 2K8SA 3H93A 4X4JA 1GRGA 4Z44A 5F06A 1ZX9A 2LEGA 3CPJG 2J23A 1F3PA 2JB3A 4D04A 1GTAA 2WPFA 1R7HA 4WEYA 2WULA 3T14A 1KNPA 1E1MA 3G9BA 3CGBA 1YEPA 1GL8A 2MBTA 3O6TA 1UN2A 4EIPA 5FS9A 3M8NA 4EL1A 2XPDA 2DC5A 4F2IA 4PABA 3V3OA 1URMA 4CY8A 4EQXA 2O87A 3C1SA 5C3JA 4GSNA 1KSSA 2BYBA 4ZL8A 3NK2X 2AUVA 2GLRA 2HRKA 1Y56B 3CQFA 4KGIA 1MDIA 2RM6A 3PR8A 4I5QA 14GSA 3AEFA 3F3RA 3HYPA 3Q18A 3TOTA 5A5KA 3DWVA 1O6JA 4JRRA 2VUPA 1H6VA 3F4SA 2JKCA 3Q9TA 3UL3A 3IPZA 1BF3A 2G0FA 1AXDA 3D4TA 3QCPA 5HY5A 2QSIA 4J36A 3TJJA 3LEFA 6GSYA 3FIMB 1WOUA 1IYHA 1Y6EA 1EOHA 1X31B 1GESA 2GSSA 2GV8A 4J57A 2P31A 1QQ2A 4YWOA 3F4RA 2CX4A 3CIRA 1BGJA 2BC0A 1GULA 3SZFA 3HZ4A 3DIEA 5IO2A 4B67A 1YQZA 5IQ4A 1OKTA 1H86A 1GRBA 1ON4A 1QJDA 5HFGA 3UVHA 1M6IA 1K0DA 1DUGA 4B64A 1QO8A 5EY6A 1UKVG 3L4NA 1MDKA 4ECJA 5D93A 1LU4A 1YQ1A 3C1RA 2H74A 3Q19A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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