4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
2VRLA 2WOWA 2PHHA 3DJDA 2VZ2A 3RHAA 2DKIA 2ARDA 1DOCA 1KNPA 2A89A 2GQWA 4LA1A 4RG4A 2ACZA 2IVEA 4TM3A 4Z44A 1VG0A 2V6OA 1JRYA 5JCIA 3DJGX 2XFPA 3FIMB 4J34A 2IIDA 4IVOB 2B9YA 3S5WA 1ONFA 3G5QA 1P2HA 4CCQA 1GEUA 2R0PA 3GRSA 3JSKA 1KF6A 2BC0A 4MNNA 3GYIA 4TM0A 4EIPA 1IUTA 3AB1A 1OJAA 2WESA 3CNDA 1FEAA 3ICTA 5BVAA 2R9ZA 3UP5A 3GMBA 4K7ZA 5EB4A 1B4VA 3GDNA 4IA5A 2F5ZA 3DA1A 1LV0A 4JQ9A 4CBQA 4Z2RA 4EIQA 3BHFA 2XVJA 2JB2A 4KX6A 2E1MA 3LOVA 4AT0A 3NG7X 4H4ZA 3BI5A 2XFNA 4CNJA 1D4EA 3M13A 4U2TA 4U8OA 1IUUA 2GR0A 1GSNA 3GDPA 2R45A 5M10A 1GNDA 2J3NA 3EAOA 4HA6A 3WE0A 2EQ9A 4EQSA 3AYLA 4TM4A 2YVFA 2VOUA 5FS9A 3SFEA 3T37A 3AEEA 2BYBA 4GCMA 3KU9A 1OJDA 2B9WA 4Z26A 2I0ZA 1QJDA 1PDHA 2H88A 2FJDA 4NZHA 5KVIA 3F8RA 4JY3A 3AE3A 3I6DA 4XXGA 2BCGG 2WOVA 5FMHA 4A6NA 1H81A 1B8SA 4U8LA 2AAQA 2IVDA 2X8CA 2YG7A 3UTFA 5HYMA 1MXTA 5CKUA 5C2TA 1D7LA 4AOXA 3GSIA 4H4PA 1LJ1A 5BRTA 3V3OA 2B76A 1GTHA 3UOYA 2XLPA 3QFBA 4OPLA 4YXDA 3AYJA 4YSXA 3OC4A 3Q9TA 4Z43A 2PYXA 2YR4A 3C4AA 2OALA 3GWFA 3UKQA 4YKFA 3D1CA 3CNJA 4ZN0A 2WP9A 3LZXA 4BK3A 4YTMA 3P4PA 5L46A 1IJHA 1PBDA 1NAAA 2R0GA 4I59A 2NVKX 2WS3A 2YVJA 2R0CA 4IV9A 1L0VA 4BK1A 4USQA 1BKWA 5KXJA 1D4CA 3SM8A 2C73A 2X8GA 4DNAA 3UOZA 4EM3A 2YM2A 1MO9A 2WOIA 3AE8A 3FBSA 1E1MA 3UOXA 4AP1A 3VRAA 1OJCA 2RGJA 1F8SA 4BJZA 2FBWA 4A9WA 4MJWA 4A7AA 3BNUA 3R9UA 4K8DA 4PABA 1PJ7A 1NENA 2QA2A 3CIRA 3CNSA 1GRBA 2FJAA 1ZKQA 4J36A 1RSGA 3ZYXA 1YQZA 1N1PA 1B37A 3P1WA 4J56A 4B64A 2BS2A 2WPEA 2GF3A 4ICYA 3VR9A 2XVIA 3K7QX 2CDUA 3CN8A 2C67A 2WU2A 2Q6UA 1NG3A 3ISHA 2OLOA 1TDEA 3AEAA 4EMJA 2QAEA 3KVEA 2XVEA 1BWCA 3S61A 2Y6RA 3GD4A 2GEWA 3LZWA 1TDOA 4K5RA 2QCUA 2WETA 4U8MA 1NEKA 1AOGA 3FMWA 1M6IA 4YKGA 1GRTA 2BK3A 1ZYPA 4H2RA 4AT2A 1GETA 1TYTA 1DOBA 3F8PA 4BURA 2YG4A 3DMEA 4GDPA 4C5OA 1F8WA 4WX1A 1OJTA 1XPQA 1CJCA 1NHSA 3UKPA 3DK4A 3KKJA 3AE6A 1DJQA 2GB0A 1IUSA 4CNKA 1CJ3A 3ATRA 4EMWA 2Q0KA 1KFYA 3EPTA 4TLZA 3NN6X 1EBDA 3NNEA 1GESA 4X9NA 4OPDA 2O9ZA 4OPGA 2WDVA 4RSLA 4UDRA 2AR8A 2Y6QA 3AE2A 4KPRA 2GAGB 2B9XA 3I3LA 1P2EA 3PS9A 2XLRA 4HB9A 1REOA 1GRHA 2C7GA 4H4VA 2BS3A 3AEFA 4H4QA 1H82A 5C3JA 3OZ2A 1QLBA 1NG4A 3IF9A 1H7XA 2WEUA 4CRTA 2X99A 3AYIA 4BK2A 1Q9IA 1JOAA 1E1LA 3NN0X 4B65A 3F8DA 1L9EA 2BXSA 1LQTA 5IQ1A 4H2QA 4OPCA 3IC9A 4EQRA 2GV8A 3NKSA 1ELIA 5KVHA 5GSNA 3CTYA 4OCGA 4EQWA 1Q1RA 2JKCA 2BS4A 1H86A 5ER0A 2ZZCA 5JCLA 2OLNA 1YQ3A 3IWAA 5GRTA 4I58A 4XWZA 5FS7A 4B66A 1PBBA 1RP0A 1DXLA 5BUKA 1XANA 3LJPA 1W4XA 4U2SA 1PXBA 1TDKA 4H4SA 4YSHA 2TMDA 2GMHA 2OAMA 4NTDA 2WP5A 1CC4A 4WCTA 2GH5A 3L8KA 3UKKA 3II4A 3FG2P 2XVHA 2WU5A 1DNCA 2V60A 2BC1A 4D03A 2GQFA 1GERA 4CY6A 2ZBWA 4GRTA 3QSMA 2B7RA 2YLTA 3NRNA 4C74A 1E39A 3DK9A 4RG3A 1F3PA 2BA9A 4U8KA 1TDFA 3QFAA 3IHGA 5EOWA 3C4NA 3NYFA 3ADAB 1B5QA 1JRZA 2WHDA 1YQ4A 5FS8A 1XDIA 4ZCCA 3NHOX 1GTEA 1FOHA 3C96A 4D04A 2YLRA 4USRA 4UDQA 4YT0A 2GAHB 4YTNA 1DJNA 2ZZBA 3P9UA 1BZLA 1LQUA 2EQ6A 3UKFA 3AD7B 3DGZA 3UP4A 1KSSA 1ZOVA 3NTDA 4LU6A 3AE5A 3AD9B 2CVJA 1H84A 3UKLA 1ZOYA 1JEHA 4K2XA 4Z25A 3AXBA 2XFUA 4NEWA 4YTPA 3NGCX 4YSZA 3SGLA 3HZLA 1E1NA 1LTXR 1FECA 1PS9A 2JB3A 3AE4A 3Q6JA 3SQPA 3VQRA 4H4WA 4Z2TA 2XLUA 3IHMA 3CPHG 1D5TA 2E5VA 2WBAA 5LV9A 2WP6A 2WQYA 4U8JA 4GF7A 3UKAA 4J33A 1N4WA 2XCGA 3BI2A 1LPFA 3P4RA 4X9MA 1F8RA 1GRFA 1GOSA 1RYIA 4H50A 1TDNA 2WDQA 4Y4LA 2BK4A 4JY2A 1DOEA 1EL7A 1QO8A 2XYOA 4M52A 1IUVA 5IPYA 2YG3A 3AE1A 1F6MA 2XFOA 3UOVA 4J2WA 5DBJA 1PXAA 4LIIA 2UZZA 1YKJA 2C72A 1O5WA 3EANA 5U63A 4REKA 3VRDB 4CCRA 4CY8A 4NTEA 3K7MX 3AEBA 1DODA 2VVLA 3ZDNA 3D8XA 1GRAA 3KLJA 1ZYNA 1GV4A 4E0VA 2OA1A 4B67A 2H89A 1ZMDA 2YG6A 5IQ4A 2BK5A 1CL0A 2R4JA 2R46A 3UTHA 1GALA 3H4KA 2C70A 3BNMA 4AP3A 1Y56A 5JCMA 3RP7A 4FK1C 1GREA 4H4UA 3CGBA 3NH3X 1FCDA 3LB8A 1CC6A 2XLSA 3DH9A 3KA7A 2CULA 1NHQA 3H8IA 1OJ9A 3NK0X 2GMJA 1XHCA 4U8NA 3VR8A 1SEZA 5JCNA 2V5ZA 2VQ7A 4YWOA 1K0LA 4A6NB 3NLCA 1CJ4A 3GRTA 2V3BA 4ADWA 2C76A 3P4SA 1PXCA 2DKHA 1GT8A 1K4QA 1KDGA 1S2YA 4GDEA 4BJYA 4ECHA 1TYPA 3LADA 4K22A 4A99A 2FJBA 3DK8A 3KPFA 1V59A 2B7SA 3G5SA 2E4GA 4X4JA 4C3YA 2XFQA 1YY5A 1ZP0A 2BCPA 3ABVA 4J31A 3AEDA 1CHUA 1VDCA 1JRXA 2JBVA 2BXRA 1CBOA 3RNMA 4A65A 5EBKA 3P4QA 5HXIA 4A5LA 4IVMB 2YLZA 4FK1A 4Z2UA 4Z24A 1D4DA 1NHPA 3QVRA 3DJEA 3V76A 2GR2A 3AECA 5FS6A 5U1OA 2NPXA 1CJ2A 2VQBA 1NPXA 1ZX9A 2VRMA 4A79A 1PBFA 5JCKA 1O95A 1PBEA 2GR3A 3B3RA 3V3NA 4YSYA 2C66A 2BABA 4UP3A 2C65A 1NDAA 4IA6A 4UDPA 3UKHA 1H7WA 4H2NA 4H2PA 1ZMCA 1IUXA 5TR3A 2FJEA 1K0JA 4GR1A 2RGOA 4P9SA 4GUVA 1Y0PA 3CGDA 4TLXA 3H8LA 3UCLA 3URHA 3UTEA 2YR5A 3K7TA 1D7YA 2A8XA 1BGNA 2W0HA 5BULA 1FL2A 5CQFA 1COYA 2YAUA 4FX9A 1ZDLA 1GRGA 1K0IA 4B69A 4U2LA 1HYUA 2YQUA 3LXDA 3NK1X 3REDA 1CF3A 2RGHA 3GMCA 4H4TA 1JU2A 5KWFA 4JNAA 3ICSA 3B6DA 3CGCA 2C3DA 3FPZA 5J7XA 5EB5A 3EF6A 3L1RA 3M0OA 3UTGA 1IUWA 3QJ4A 2RABA 1Y56B 4Y4NA 1X31B 2WPFA 1PBCA 2AQJA 1KSUA 1PJ6A 2GR1A 2YLWA 4J57A 3QVPA 2JAEA 1LVLA 4H4RA 4EQXA 3SFDA 1PHHA 2YWLA 1VG9A 1GPEA 2VVLG 1PN0A 1N4VA 2C64A 3NK2X 2V3AA 1JNRA 3NIXA 3CNTA 4EM4A 4B63A 2WPCA 1E1KA 2XDOA 4DGKA 1NHRA 3GWDA 2HQMA 2C75A 3ALMA 1VQWA 1PJ5A 3AEGA 4B1BA 2WDRA 5KRQA 1JNZA 4PAAA 1L9CA 3G5RA 2CFYA 3ITJA 4H7UA 1H83A 4K5SA 5U25A 3CPJG 4OPUA 1EL8A 2EQ8A 2TPRA 4U8PA 4H4YA 4B68A 2C3CA 2EQ7A 2Z5YA 5M0ZA 3E1TA 4N9XA 1E6EA 1BGJA 1ZY8A 4OPIA 5J60A 2JK6A 4OVIA 2YR6A 1TRBA 3AD8B 3NTAA 2XLTA 5KOXA 1KNRA 2XVFA 4O5UA 4FDCB 2APGA 1ZK7A 4JNQA 4JDRA 1N4UA 3BHKA 1S3EA 2Q0LA 4C3XA 4U8IA 3GD3A 3COXA 2A87A 4C77A 2ZZ0A 3ATQA 2YVGA 2X8HA 3DGHA 3KD9A 3QSSA 3ALJA 4NTCA 4BV6A 1BF3A 2VVMA 2R4EA 3ICRA 3M12A 3DJJA 3VRBA 3CGEA 3O0HA 2YLXA 4APNA 1L9DA 1H6VA 2GVCA 1EL9A 2JB1A 1FEBA 3PO7A 5KOWA 3RP6A 1Q1WA 1S2QA 4EMIA 3CPIG 1O94A 2YM1A 3NYCA 5HHFA 4AOSA 3QSEA 1VRQB 1Z6LA 3BI4A 3RP8A 2Z5XA 4XWRA 4O5QA 2V61A 3AE9A 5HY5A 4OPTA 2BACA 3NYEA 1CC2A 4NEVA 2GRTA 2X50A 1M64A 1GXFA 1UKVG 3CNPA 4DSGA 2QA1A 4ZCDA 2YLSA 4JN9A 1E7PA 4TM1A 4DSHA 1EL5A 3PVCA 3ALLA 3GYJA 4Y4MA 1MOKA 3AE7A 2X3NA 2YG5A 3AWIA 4H4XA 1S3BA 3NT6A 2Q7VA 3K30A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V41A 2BMXA 4KDYA 4ZBBA 3DJDA 2VZ2A 3RHAA 3Q6OA 3KCMA 2A89A 2GQWA 3HHVA 5DCGA 1PSQA 4TM3A 1MTCA 2DBCA 3F9UA 2V6OA 2BRYA 3KTLA 5JCIA 3EURA 4IVOB 2IMEA 2IN3A 3S5WA 2NDOA 1P2HA 2R0PA 5DALA 5B8BA 4MNNA 2MMNA 2ZCTA 1IUTA 1Y6EA 1OJAA 3CNDA 5BVAA 1PA3A 3L9VA 5COHA 4HUAA 4TOPA 4JQ9A 1Z6NA 4KX6A 5CRDA 1M3JA 4AT0A 3NG7X 3FR3A 4IHUA 3BI5A 4N0VA 1IUUA 1ERVA 4II3A 1XWCA 4IBPA 1AQWA 1GNDA 2OKAA 4HA6A 3WE0A 2EQ9A 2E2GA 3R3EA 3H8QA 1ZOFA 2K6VA 3T37A 1S3DA 3WGXA 2GT6A 3I6AA 4F2IA 1QJDA 1VRSD 3KMNA 3F8RA 4GRFA 3UMAA 3I6DA 3EWLA 4U8LA 1GL8A 5A5KA 2X8CA 2YG7A 5ECMB 1MXTA 6GSTA 3IK7A 3DVXA 2ZNMA 3GSIA 1LJ1A 4H4PA 4LL1B 4YSXA 3A2VA 2C4CA 3OC4A 2OE0A 2OALA 4N10A 5L46A 1SKRB 3SZFA 5G30A 1NAAA 2GZYA 5J9BA 2NVKX 2WS3A 2YVJA 2R0CA 2NBSA 4G6HA 4PGTA 1BKWA 3DEXA 4DNAA 2X8GA 2C3QA 4EM3A 2RGJA 3QOUA 1F8SA 3WGDA 1VF1A 2PWJA 2L4QA 3CIRA 2IJYA 1GRBA 1A8YA 3ZYWA 1N1PA 2H74A 4JEDA 3P1WA 1XIYA 4ZB9A 2YNXA 4K6XA 1J0FA 2C67A 1LJRA 2Q6UA 2LKUA 1NG3A 2OLOA 4EMJA 3ERFA 2O89A 1JLWA 4HS1A 3GIXA 2FNOA 3MYDA 1BWCA 3GD4A 4EE0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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