4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1N4WA 5U63A 1OJDA 2C75A 2YG4A 3F8RA 1KDGA 4ZCCA 1JRYA 1YKJA 3AE7A 2B9WA 1H82A 4ZN0A 4Z25A 2O9ZA 2CFYA 3UKHA 3SFEA 1MOKA 1ZMDA 4Y4LA 4A79A 2GRTA 3RHAA 4A6NA 1F3PA 3Q9TA 3CTYA 3VR9A 4A9WA 1NHQA 2Y6RA 3NRNA 4H4UA 1E1MA 4AT2A 3AD8B 2RABA 2B76A 3DK4A 2GR0A 3KD9A 5IQ4A 1QJDA 2DKHA 4NTCA 4BK1A 2C64A 2JKCA 3EAOA 4TM0A 3AWIA 3G5QA 2B7RA 1JRZA 2VZ2A 2XLTA 3NKSA 3ISHA 2WETA 3KPFA 4EMWA 1KF6A 2JB1A 2A87A 4J56A 5BUKA 1O95A 1D4CA 4BK3A 4H2QA 4UDQA 2C65A 4J33A 4PAAA 3NTAA 2YLTA 3UOYA 5JCKA 1PJ5A 2H88A 4C3XA 2YR4A 3AE8A 3L1RA 4EQWA 4B67A 1KSSA 4B64A 1OJTA 1K0IA 2ZZBA 3GWDA 1K0JA 2VQ7A 3GDNA 2GB0A 3I3LA 1RSGA 1GSNA 1NHRA 3ICTA 5GSNA 3BI2A 4J2WA 2OLNA 3VRAA 3CGDA 4K5SA 2PYXA 1ZK7A 1IUVA 4H4RA 4U8PA 5KWFA 4Y4NA 1ELIA 5EOWA 3UTHA 2C72A 3P4PA 3RNMA 3ITJA 4UP3A 1M64A 1JOAA 1LJ1A 4U2LA 1LVLA 3T37A 2YG6A 1BF3A 2Q0LA 2B7SA 2BCGG 3NK0X 2WDVA 3COXA 2GAHB 3JSKA 2C67A 3GWFA 3V3OA 3V3NA 4K2XA 3E1TA 2TPRA 3P4RA 2GMHA 3AE5A 5J60A 2YAUA 2E4GA 3AYJA 3GMCA 1S2QA 2C76A 5KVIA 3UKFA 1YQ3A 2H89A 2WDRA 1YY5A 1Z6LA 1GREA 4LIIA 2NPXA 1FECA 4TLZA 1Y0PA 4XWZA 3CNDA 5HYMA 1FCDA 1JNRA 3R9UA 2YLXA 2XLUA 5KVHA 3ALJA 4USRA 3NT6A 2NVKX 4JDRA 4YSXA 3K7TA 4EQSA 1ZYPA 4GR1A 4DSHA 1GERA 1TYTA 1H84A 3CGBA 1HYUA 4RG3A 4CY6A 1IJHA 1VG0A 4AOXA 1JRXA 3M12A 1NHPA 1P2HA 3DGHA 2YVGA 3NYCA 2VQBA 2PHHA 4YKFA 1IUUA 2V60A 3CGCA 4AT0A 5BRTA 4OPLA 4OPUA 2R9ZA 3CNJA 4UDRA 2BA9A 3NYEA 3VRBA 1N4VA 5KXJA 3ICSA 4NTDA 4U8JA 4HB9A 4YTPA 3NN6X 1OJCA 4JN9A 4ECHA 3IF9A 4Z43A 1M6IA 1ZDLA 4JQ9A 4H2RA 4GCMA 4DNAA 3NLCA 4JNAA 1GRBA 2R46A 4Y4MA 4H4TA 2ZZCA 4BK2A 1CHUA 1D4EA 1BWCA 4MNNA 5J7XA 2BS3A 1REOA 5JCIA 4BJZA 2XLRA 1LQTA 3B6DA 1CJ3A 1EL5A 3BNMA 2RGOA 3RP7A 1CJ2A 3NH3X 4H4VA 1LPFA 1GOSA 2VVMA 4A99A 2GH5A 1F8SA 2WP9A 3AEBA 3NGCX 1VQWA 1TDOA 3FIMB 4Z2TA 5LV9A 3DMEA 4HA6A 3ABVA 5FS7A 1DJNA 5FS8A 2WEUA 2WPFA 2XDOA 3CN8A 4BURA 4I59A 1H83A 2A89A 1TDFA 3AD7B 4H7UA 1S2YA 3KA7A 3AXBA 1TDNA 1YQZA 3V76A 2BABA 1RYIA 2W0HA 2YVJA 2XVIA 2Y6QA 4H4WA 4OPIA 2JB2A 3GSIA 1GEUA 2J3NA 1LV0A 1VRQB 3PS9A 1PN0A 1CL0A 2Z5XA 1LQUA 4H4YA 1TDEA 4TLXA 2E5VA 2EQ9A 1OJ9A 2YG3A 2R0PA 2YWLA 3EANA 3C4NA 3REDA 1D7YA 2GEWA 4AOSA 1ZOYA 3ATQA 1GRFA 1BZLA 1H81A 1H7XA 5L46A 2ZZ0A 2ARDA 1L9DA 1O5WA 2JBVA 2YQUA 3CPJG 5M0ZA 3D1CA 1PDHA 2R4JA 3GYIA 4C77A 4JY3A 4O5UA 1XANA 4K7ZA 3DJGX 3QVRA 4C5OA 2WU5A 1COYA 1P2EA 4IA5A 1EL7A 4O5QA 2VRMA 2YG7A 1XHCA 5HHFA 2OLOA 4X4JA 1ZY8A 2X99A 2XFQA 1VDCA 5KRQA 3FG2P 4RSLA 1IUSA 4KX6A 5EBKA 2YM2A 3ZYXA 2WP6A 4BJYA 4NEWA 2YLSA 2GMJA 1XPQA 2BK4A 1CF3A 1PBEA 1B5QA 3NG7X 3PO7A 1ZKQA 4B65A 3CGEA 4GUVA 4K8DA 4J34A 4REKA 1ZMCA 2A8XA 2BS4A 4YTMA 4FK1A 4B1BA 1BGJA 1GNDA 2Z5YA 3BI5A 1QO8A 3UTFA 4C74A 3ALMA 5IPYA 5BULA 4MJWA 3CIRA 4CCQA 1CJ4A 3OC4A 1KFYA 3FBSA 3UKAA 4B69A 3Q6JA 3DGZA 3SM8A 1S3EA 1GTHA 1JNZA 2ZBWA 2WOVA 3DK8A 4H4ZA 1GV4A 2JK6A 4XXGA 5DBJA 4A7AA 3SFDA 5HY5A 5M10A 4OPDA 3AE9A 4H4XA 1GT8A 4U8MA 4NZHA 4B63A 1K4QA 5C2TA 4U8IA 1GETA 3UP4A 2V61A 1TRBA 2IVDA 3H8IA 2BXSA 2GVCA 1GESA 2WHDA 2C70A 3EF6A 3GRTA 3IHMA 2VRLA 5BVAA 2GQWA 5U1OA 2WP5A 3AE6A 2XLSA 3H4KA 2BCPA 3AB1A 1EL8A 4H2PA 4D03A 1DOBA 2WU2A 5FMHA 2R4EA 5C3JA 2Q6UA 1GRHA 2WS3A 4CRTA 2IIDA 3NK2X 4CY8A 2B9YA 1JU2A 4BV6A 2EQ7A 4ICYA 1PBBA 3DA1A 2XYOA 2GQFA 2IVEA 1CC4A 1IUWA 1PS9A 3AE4A 2AR8A 3DJJA 3UCLA 3CNPA 5TR3A 1ZOVA 3UKLA 1K0LA 2QA1A 1GRGA 3QSEA 3UKPA 2BK5A 2WQYA 2BXRA 3AEAA 3EPTA 3GYJA 3LOVA 1XDIA 1E1KA 4JNQA 1E39A 3G5SA 4H2NA 2WPEA 2XCGA 3QFAA 1H7WA 1BKWA 3NTDA 5U25A 3URHA 3AECA 1NHSA 3UKKA 3KKJA 2GAGB 3ATRA 1D7LA 1DNCA 3CPHG 3OZ2A 2GF3A 2X3NA 3AEGA 4B68A 1L9CA 4EQRA 4WCTA 3G5RA 4U8NA 3WE0A 1DODA 3IWAA 2WOIA 1Y56A 4YT0A 3K30A 1N1PA 1H6VA 3DH9A 4YSZA 3KLJA 2WOWA 3VQRA 1CJCA 2X8HA 4OPTA 3C96A 1FOHA 1JEHA 2C73A 1OJAA 3AD9B 3QJ4A 3M0OA 2TMDA 3CPIG 2YM1A 2WPCA 5HXIA 3F8DA 4FDCB 4E0VA 4Z2UA 4IVMB 2QA2A 2AAQA 2BYBA 2XFUA 2GV8A 2WESA 4JY2A 2C7GA 4U2SA 3AEDA 1IUXA 4GF7A 1E6EA 3S61A 1NEKA 1BGNA 4X9NA 2RGHA 1NDAA 2Q7VA 4ADWA 1Y56B 3NK1X 4WX1A 1PJ7A 1F8RA 1D5TA 3BHKA 1NAAA 1PBFA 3AE3A 4FK1C 2XFNA 4IVOB 4CNKA 1ZX9A 1Q9IA 4RG4A 2F5ZA 1MO9A 4EIPA 1Q1WA 4B66A 1FEBA 4GRTA 4U8OA 2V3BA 1TYPA 4GDEA 3PVCA 3QSSA 2CVJA 2CDUA 1S3BA 3M13A 3QSMA 2YLWA 4LU6A 3UP5A 3UKQA 4U8KA 5CKUA 4ZCDA 1DJQA 4OVIA 3UOXA 4IV9A 3HZLA 3CNTA 2DKIA 3H8LA 3FPZA 4H4SA 2X50A 2BC0A 2EQ8A 4EMIA 1DXLA 4K22A 1EBDA 2GR2A 5JCNA 2QCUA 1ONFA 1GPEA 3I6DA 5CQFA 4YKGA 2ACZA 4TM1A 3CNSA 3O0HA 1B37A 1GRAA 1PXBA 4J57A 2R0GA 4PABA 4KPRA 4H50A 4YSYA 2FJBA 1E1NA 3VRDB 1PBCA 5GRTA 4Z26A 3ZDNA 4CCRA 1NPXA 2V6OA 3D8XA 2VOUA 1GXFA 3UTGA 5JCMA 1KNPA 4CNJA 2GR1A 4Z24A 4EQXA 2XVEA 3GRSA 4D04A 4A6NB 3LXDA 4EMJA 3NHOX 1O94A 1SEZA 3GDPA 3QVPA 3B3RA 2XVJA 4U2TA 2C3CA 4EIQA 2UZZA 2XFOA 1W4XA 2YVFA 2APGA 1LTXR 3LADA 5FS9A 1DOEA 1PXCA 2RGJA 3BI4A 4UDPA 1KSUA 1PHHA 3DJDA 2BK3A 1FEAA 3LB8A 3RP6A 3SQPA 1PJ6A 5EB4A 2XVHA 4OCGA 4DSGA 5EB5A 3QFBA 2GR3A 4P9SA 3LJPA 4NEVA 3L8KA 4J36A 4C3YA 1H86A 3NN0X 1N4UA 1CC6A 2Q0KA 1FL2A 4XWRA 4H4QA 2OA1A 2XVFA 4A65A 4AP1A 1MXTA 3DK9A 4YWOA 4EM4A 1GRTA 4N9XA 2V5ZA 1CC2A 1CBOA 2YR5A 2I0ZA 4CBQA 4APNA 1VG9A 3II4A 1E7PA 2FJEA 2BS2A 2B9XA 1NENA 4FX9A 4I58A 1ZYNA 1YQ4A 2FJDA 3BNUA 2YLZA 2CULA 1KNRA 3DJEA 3LZWA 3NYFA 1IUTA 4TM3A 3P1WA 1F8WA 1TDKA 4Z2RA 3RP8A 2WBAA 2X8CA 4Z44A 4A5LA 2JAEA 2YG5A 3AEEA 2XFPA 3AYIA 1RP0A 4M52A 5KOWA 4LA1A 2OAMA 3P4QA 1QLBA 3AYLA 3IHGA 2E1MA 2HQMA 4YSHA 1D4DA 3IC9A 2C3DA 3BHFA 2R45A 3UOZA 2FJAA 2BC1A 3ALLA 2AQJA 1GTEA 3ICRA 3ADAB 2WDQA 3LZXA 4YTNA 4OPGA 1X31B 4H4PA 2YLRA 1B4VA 1V59A 3C4AA 3S5WA 1DOCA 1E1LA 1ZP0A 2XLPA 1PBDA 3AEFA 2V3AA 4OPCA 4DGKA 3P4SA 4GDPA 1PXAA 2VVLA 3P9UA 2BACA 2YR6A 4J31A 3VR8A 1L9EA 1Q1RA 1NG3A 1AOGA 2JB3A 3K7MX 4IA6A 3AE2A 5JCLA 1EL9A 3F8PA 3NIXA 4TM4A 1L0VA 3NNEA 1UKVG 3KU9A 3KVEA 4YXDA 3AE1A 5KOXA 4X9MA 4AP3A 4USQA 3K7QX 3SGLA 1NG4A 4EM3A 2R0CA 3GMBA 2EQ6A 2X8GA 3GD4A 2QAEA 3UOVA 2VVLG 1GALA 5IQ1A 3GD3A 3FMWA 2FBWA 4NTEA 2C66A 4U8LA 4K5RA 1B8SA 5ER0A 2OALA 3UTEA 5FS6A 1F6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LQQA 2C75A 1LJRA 1HD2A 4ZCCA 1FVKA 2C0DA 2ES7A 4MPGA 1YKJA 1H82A 2LEGA 1ZMDA 4Y4LA 4A79A 4A6NA 1F3PA 5INYA 3VR9A 2MMNA 1GTAA 3M9KA 5BMUA 3L9VA 2Z9SA 5ECLB 1SJZA 2HNLA 3KM6A 3TUEA 1RW1A 1QJDA 2DKHA 4NTCA 4BK1A 2XBIA 3G5QA 1EGOA 4AJ7A 2C0FA 3ISHA 4ZL8A 1KF6A 3DVWA 1I9DA 3FYGA 3KIJA 1BX9A 3E3EA 3MYDA 2G0FA 4YH2A 5LD0A 3KPKA 3FK8A 4CHSA 3NTAA 4PAAA 3UOYA 2H88A 4PXOA 3L1RA 4EQWA 2P0GA 1OJTA 2GSQA 3SZFA 2RLIA 3P90A 2ZZBA 2A4HA 1K0JA 2GB0A 3I3LA 1GSNA 2HFDA 3KMOA 3UOMA 1NHRA 3ICTA 2HXKA 5CYYA 3M8NA 2RUEA 4K5SA 1IUVA 4H4RA 3VPQA 4AGSA 4Y4NA 2C80A 5EVOA 3WGDA 3ITJA 3KTLA 2A2PA 3ZVJA 2B7SA 2HYXA 1PFOA 4K9ZA 3SYIA 3JSKA 3V3OA 3A2VA 3VPTA 4BL7B 4OD7A 2JSYA 3IDVA 5KN0A 2YPMA 3Q19A 4MF5A 5G1LA 3A2WA 2YJHA 3DYRA 1V40A 2E4GA 2GQLA 4F82A 2DJ3A 5LCZA 3TJJA 5KVIA 1XWAA 1TI3A 1Z6LA 1GREA 2L4CA 4I97A 1Z5YE 4PX1A 4I5QA 3CNDA 1T1VA 3G7JA 1JNRA 2YLXA 4HEA2 4II2A 4JDRA 4EQSA 1GSUA 3Q6OA 4IS0A 3CGBA 2VO4A 2EC4A 4CY6A 3KP8A 3G9BA 1VG0A 3NYCA 1NHPA 3TKSA 4OCFA 3CGCA 1IUUA 4XS1A 4IVFA 5HR2A 1ERWA 1XPVA 2H1DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2LQQ A;  2C75 A;  1LJR A;  1HD2 A;  4ZCC A;  1FVK A;  2C0D A;  2ES7 A;  4MPG A;  1YKJ A;  1H82 A;  2LEG A;  1ZMD A;  4Y4L A;  4A79 A;  4A6N A;  1F3P A;  5INY A;  3VR9 A;  2MMN A;  1GTA A;  3M9K A;  5BMU A;  3L9V A;  2Z9S A;  5ECL B;  1SJZ A;  2HNL A;  3KM6 A;  3TUE A;  1RW1 A;  1QJD A;  2DKH A;  4NTC A;  4BK1 A;  2XBI A;  3G5Q A;  1EGO A;  4AJ7 A;  2C0F A;  3ISH A;  4ZL8 A;  1KF6 A;  3DVW A;  1I9D A;  3FYG A;  3KIJ A;  1BX9 A;  3E3E A;  3MYD A;  2G0F A;  4YH2 A;  5LD0 A;  3KPK A;  3FK8 A;  4CHS A;  3NTA A;  4PAA A;  3UOY A;  2H88 A;  4PXO A;  3L1R A;  4EQW A;  2P0G A;  1OJT A;  2GSQ A;  3SZF A;  2RLI A;  3P90 A;  2ZZB A;  2A4H A;  1K0J A;  2GB0 A;  3I3L A;  1GSN A;  2HFD A;  3KMO A;  3UOM A;  1NHR A;  3ICT A;  2HXK A;  5CYY A;  3M8N A;  2RUE A;  4K5S A;  1IUV A;  4H4R A;  3VPQ A;  4AGS A;  4Y4N A;  2C80 A;  5EVO A;  3WGD A;  3ITJ A;  3KTL A;  2A2P A;  3ZVJ A;  2B7S A;  2HYX A;  3SYI A;  4K9Z A;  3JSK A;  3V3O A;  3A2V A;  3VPT A;  4BL7 B;  4OD7 A;  2JSY A;  3IDV A;  5KN0 A;  2YPM A;  3Q19 A; 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