4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1L0VA 2GR1A 3LOVA 3C4NA 4KPRA 1ZOVA 4H4TA 4GDPA 1O94A 4TM0A 5M0ZA 1PBDA 1YQ3A 3DK8A 2GV8A 4OVIA 1H86A 3AEGA 2GMHA 4TLZA 1YY5A 2NVKX 3P4QA 1GEUA 3C96A 3FPZA 1Y0PA 2YM2A 3AE8A 1CJ2A 2WPFA 2I0ZA 2W0HA 4OCGA 4DSHA 2ARDA 2YVFA 3EF6A 4OPLA 1BKWA 1VRQB 4U8PA 3L1RA 4X9NA 4NEWA 1FECA 1CJ3A 1KFYA 1MXTA 3R9UA 1ZOYA 3EPTA 4UDRA 4EMJA 3CNJA 5J7XA 4EQXA 2C72A 4X9MA 4IVMB 2VVLA 4C3YA 3AE4A 1L9DA 2X8HA 3AE7A 4BV6A 1NG3A 2R4EA 1TRBA 4XWRA 3IHGA 4YT0A 3NGCX 3NYFA 3CNTA 3UKLA 4CRTA 2C70A 3L8KA 2BS2A 4EIPA 3UOVA 1PBEA 4NTEA 2CVJA 2GEWA 3GSIA 3VR8A 3AD9B 1JU2A 2V5ZA 4HA6A 5JCMA 3EANA 3VR9A 2VZ2A 1BGJA 2R9ZA 5FS7A 1XANA 2GR2A 2XFUA 4ZCDA 4DGKA 4H4PA 5KXJA 2C66A 1EL7A 2EQ7A 3RHAA 2ZZBA 1GRGA 4ADWA 1BZLA 1ONFA 1EL5A 1PJ6A 3KKJA 3LZWA 4EIQA 1KSSA 3NH3X 3LZXA 3CPIG 4YXDA 1GT8A 2GAHB 1VG0A 4PAAA 1TDKA 1N4WA 1DOEA 1V59A 2V6OA 1JNZA 4X4JA 1LV0A 1MO9A 3ICRA 4FX9A 1Y56B 1N4UA 2RABA 4JY3A 3COXA 2B76A 2DKHA 4ZCCA 3QSSA 4U8NA 1GPEA 1JNRA 1L9CA 2YLRA 3BHFA 3NN0X 3NYCA 4OPGA 2WU5A 4Y4LA 2FJEA 2GF3A 3OC4A 4U8JA 5HXIA 3NLCA 3CIRA 2WOIA 2R0GA 1DNCA 1D4EA 1E6EA 4USRA 4CNKA 4H4WA 4LA1A 2WOWA 1CC4A 3NK2X 3UOXA 1LQTA 2X8CA 3V76A 4ZN0A 1E7PA 4A6NB 2OA1A 3F8PA 1YQ4A 2H88A 3H8IA 3VQRA 2XLSA 2E1MA 2PHHA 1GTHA 3DH9A 1D7LA 1CF3A 3B3RA 3UTGA 4ICYA 5FS8A 2Q0LA 4YKGA 2WP9A 2WS3A 2XLPA 1EL9A 2A89A 2WP5A 4UDPA 1M6IA 4EM4A 1TDOA 1PN0A 1K0JA 2DKIA 3UKPA 3RP6A 2XFQA 3NNEA 4BK2A 2C65A 4I58A 1GESA 5BULA 2BCPA 1FCDA 2XVFA 4LU6A 5U63A 2QAEA 2R0CA 3RNMA 3CPHG 4UP3A 1JRYA 2Y6RA 3AECA 2YLSA 3PS9A 1N1PA 3UP5A 2XVJA 3ALMA 3O0HA 2IIDA 4TM1A 4APNA 1S3EA 3SGLA 1K0LA 2VVMA 3AEAA 3REDA 2RGJA 3ATRA 3AWIA 4AP1A 2TPRA 3QSMA 2B9XA 4E0VA 1PBFA 4Y4NA 4HB9A 4EMIA 2GAGB 1FOHA 4JY2A 1E1MA 2XLTA 2EQ8A 1H83A 2YM1A 3K30A 4NTCA 2OALA 4B1BA 1UKVG 2R45A 3JSKA 2O9ZA 2EQ9A 3AYJA 2BK3A 4B63A 1E1KA 1LPFA 1TDEA 2XFPA 1CL0A 3IF9A 3QJ4A 4CCRA 2XVHA 2YLTA 2C3DA 1SEZA 2YR5A 1H82A 2RGHA 4UDQA 4C3XA 4YSXA 2WESA 2CULA 3CNPA 1LQUA 2YLXA 3F8DA 4H2RA 5C2TA 1W4XA 2R0PA 2XYOA 4YSHA 1GV4A 3GWFA 4C5OA 1KNPA 3ALLA 1EBDA 3UKAA 3KD9A 3D8XA 4J36A 1PXBA 5FMHA 1H84A 1RSGA 4H7UA 2A8XA 2BYBA 4GDEA 1RP0A 5L46A 2QA2A 2WETA 4IA6A 2VQ7A 3ATQA 4U8IA 4A5LA 1QLBA 3AEDA 4AT0A 4YSZA 2Z5YA 1VDCA 3CNDA 4H4SA 1NEKA 3Q6JA 3GRSA 3HZLA 4TM3A 1ZYPA 1B4VA 3ISHA 1JRXA 1BGNA 3AEBA 4MJWA 1GRFA 3ADAB 2WBAA 3K7QX 1D4DA 1N4VA 4Y4MA 3LJPA 3UKQA 2XLUA 1BWCA 3AE5A 3LXDA 1NG4A 2FJAA 2WQYA 1QO8A 2IVDA 4A9WA 1GRAA 2VVLG 1OJAA 2Y6QA 2VOUA 4J33A 5CKUA 1PHHA 2V3AA 1GRTA 1PBBA 2BABA 4OPTA 4K5RA 4A99A 4CY6A 4OPDA 4B69A 3DK9A 3ICSA 1JRZA 4RG4A 3CPJG 5EB4A 5C3JA 1PDHA 4H4XA 3CN8A 5M10A 5KWFA 2YG3A 4OPUA 1GERA 1NAAA 5FS9A 2WHDA 3WE0A 3I3LA 1BF3A 1GOSA 4U8OA 1L9EA 1P2EA 2Q6UA 1XHCA 2WPEA 4NTDA 1K4QA 2YG6A 2H89A 4K7ZA 1IUXA 2VQBA 2UZZA 3SM8A 1D7YA 2BXSA 5IPYA 2C7GA 4Z2TA 3DJDA 1CJCA 1X31B 3P9UA 4AOSA 3NKSA 5IQ1A 2YVGA 3BHKA 1OJ9A 2BC1A 1H81A 1KDGA 3NTDA 3QFBA 4U2SA 2AR8A 5HY5A 1YKJA 4BJYA 4PABA 4Z25A 1NHPA 2OAMA 3DGHA 3RP7A 5BUKA 1H6VA 2JKCA 1PS9A 2WOVA 2BS3A 3VRAA 2B7SA 1PXAA 2JK6A 2XFNA 3AE3A 5JCNA 1GRHA 4U8MA 3DJGX 1F8RA 3AB1A 4Z26A 3VRBA 3KVEA 3GYJA 2TMDA 2XDOA 4H4RA 2A87A 2XCGA 3V3OA 1TDNA 4B64A 1PJ5A 3D1CA 3FMWA 4JDRA 3BI2A 4J31A 5GRTA 3AE2A 4O5UA 3IC9A 5BVAA 1AOGA 3K7TA 3NK0X 4ECHA 4WX1A 4U2TA 5KRQA 2FJDA 3RP8A 1GREA 3CNSA 2YVJA 1KSUA 1M64A 1NHSA 4Z24A 4A79A 5EB5A 1IUVA 3II4A 1ZYNA 3GWDA 4J57A 5HYMA 4H4VA 1REOA 1TYPA 2X50A 4CBQA 1S2QA 1JEHA 1HYUA 4J34A 2C67A 3AXBA 1E1NA 2GQFA 1ZKQA 4K8DA 1K0IA 1Q9IA 1ELIA 1CC6A 4U8KA 2GH5A 4YKFA 1D4CA 1E39A 2JB2A 1S2YA 2ZZ0A 3GYIA 3SFEA 1GRBA 3FIMB 4YTMA 5JCIA 1D5TA 4TLXA 4M52A 4H4YA 3ALJA 3AE1A 2V3BA 2GR3A 3QFAA 1ZX9A 1E1LA 3LB8A 3FG2P 1GETA 5HHFA 4JQ9A 4C74A 2BC0A 3NRNA 2BA9A 3S5WA 3M12A 1LTXR 4H2QA 5TR3A 2E5VA 1OJDA 3NTAA 4H2NA 3UP4A 2C3CA 2YR4A 3DJEA 4JN9A 2OLNA 3M13A 2E4GA 2FJBA 3DK4A 5J60A 2GR0A 4GCMA 2BXRA 1NHRA 3FBSA 4JNQA 5EBKA 3C4AA 2YLWA 2J3NA 4B66A 4BK1A 4Z2RA 2CFYA 4JNAA 2V60A 1XDIA 3DMEA 3ABVA 1H7WA 3CGEA 3DA1A 2XLRA 3BI5A 4AT2A 3AEFA 1H7XA 2IVEA 2C73A 1IUTA 1KNRA 1ZMCA 3P4PA 3DGZA 1JOAA 2HQMA 1FEBA 3NYEA 3KPFA 3V3NA 4BJZA 1CJ4A 3H4KA 1VG9A 4AOXA 1RYIA 2RGOA 4BURA 4H4UA 5LV9A 4BK3A 4OPCA 3NK1X 2X99A 2JBVA 3GD4A 3S61A 1LJ1A 1B5QA 1XPQA 2B9WA 5FS6A 1O5WA 3KLJA 3F8RA 4H2PA 1IJHA 1O95A 2YG5A 4YSYA 1FL2A 4B65A 4U8LA 3AE6A 5U25A 3UKHA 1FEAA 1YQZA 2B9YA 4FDCB 2GRTA 1ZP0A 3H8LA 2AQJA 5KVHA 2WPCA 1EL8A 1F8SA 1NENA 1ZY8A 4CCQA 1DOBA 2BK4A 2GB0A 1PBCA 2VRLA 2BCGG 3T37A 2B7RA 1NDAA 4O5QA 2F5ZA 2QCUA 5GSNA 4RSLA 2YR6A 3GRTA 2R46A 5ER0A 3QVPA 4GF7A 3GMBA 1NPXA 2CDUA 2VRMA 2XVIA 5EOWA 3IHMA 3GDPA 3AE9A 3NG7X 4FK1C 4XWZA 4LIIA 4IVOB 5U1OA 2XVEA 4U2LA 1ZDLA 2ZZCA 1DODA 3K7MX 4P9SA 2C75A 5KOXA 1KF6A 1CBOA 2AAQA 3G5QA 4YTPA 4K2XA 2Q7VA 1Z6LA 2YWLA 4H4QA 2Q0KA 3NIXA 5DBJA 1DJQA 1ZMDA 4REKA 4WCTA 2GQWA 2X3NA 2ZBWA 4EQRA 4XXGA 4B67A 2QA1A 4EM3A 4K22A 4FK1A 3P4RA 3UKFA 3EAOA 3CGDA 2X8GA 4J2WA 4DNAA 4NEVA 4EQSA 1GALA 1NHQA 3G5SA 3LADA 1F8WA 3KU9A 3NHOX 4IV9A 1OJCA 1GNDA 3CGBA 3OZ2A 3GD3A 4OPIA 4CY8A 3BI4A 1PXCA 1CC2A 5IQ4A 5JCKA 2C64A 4AP3A 4IA5A 2WP6A 4TM4A 3UOZA 3M0OA 1B8SA 3PO7A 2BACA 3Q9TA 1B37A 4Z2UA 5JCLA 2C76A 5KOWA 2BK5A 4Z43A 3UTEA 1TYTA 2V61A 3BNUA 5CQFA 4MNNA 3ICTA 3AYIA 3P4SA 3ITJA 4H4ZA 3ZDNA 1Y56A 4N9XA 3E1TA 2Z5XA 3VRDB 1PJ7A 1DOCA 1OJTA 3I6DA 3KA7A 4H50A 4GUVA 3AYLA 2YQUA 1IUSA 4Z44A 5BRTA 1IUUA 3UOYA 2WDVA 4K5SA 3UTHA 2YG4A 3QSEA 4KX6A 3QVRA 2APGA 2BS4A 2PYXA 3IWAA 1IUWA 3GDNA 4A6NA 2JB1A 4GR1A 2WEUA 1GTEA 2JB3A 1CHUA 3PVCA 2EQ6A 3AD8B 3UCLA 3CGCA 3UKKA 1LVLA 3NN6X 4YTNA 3CTYA 2OLOA 4USQA 2GMJA 2JAEA 3URHA 4A7AA 4RG3A 4J56A 2YG7A 1DJNA 5KVIA 2YLZA 4EMWA 3P1WA 1ZK7A 3SFDA 3SQPA 1S3BA 4EQWA 3AD7B 1P2HA 3GMCA 2WU2A 4YWOA 3DJJA 1GSNA 1COYA 2WDQA 4A65A 1F6MA 4NZHA 1DXLA 2R4JA 3B6DA 3G5RA 1Q1RA 1QJDA 4D04A 3UTFA 2NPXA 3NT6A 3ZYXA 4C77A 4GRTA 4D03A 2XFOA 4DSGA 1F3PA 1VQWA 2WDRA 4CNJA 1Q1WA 2GVCA 4I59A 1TDFA 1GXFA 2YAUA 2ACZA 2FBWA 1MOKA 4B68A 3AEEA 3BNMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SL2B 2GR1A 3LOVA 1O7UA 3C4NA 5M0ZA 1YQ3A 1VF1A 5L71A 3C96A 1QMVA 2TRCP 4KCAA 4OCGA 2YVFA 1I5GA 1MD4A 3EF6A 4OPLA 1BKWA 3T0KA 4MLYA 2FGXA 2PU9C 1MXTA 3R9UA 2C3QA 1U88A 3EPTA 4P3YB 5ABRA 4UDRA 4ZBDA 4EMJA 5J7XA 5CRDA 3IK9A 4C3YA 3AE7A 2H66A 3TDGA 1XXUA 5JWRB 3CNTA 3WGDA 3IC8A 1DE2A 4RI6A 3UOVA 4NTEA 3EU4A 2KLXA 2CX4A 4DVCA 5JCMA 2VL9A 1M3JA 1BGJA 1XANA 2XFUA 4Q5NA 5KXJA 4NHZA 5G1LA 5D93A 5J41A 3RHAA 2ZZBA 1R26A 1GRGA 2K6VA 1EL5A 3FZ4A 2VIMA 2VCZA 2A4VA 3NH3X 3ZVJD 3CPIG 4YXDA 1YDKA 1BQ7A 2GAHB 5B8AA 1GLQA 1VG0A 4PAAA 5ECOB 1JNZA 1LV0A 1MO9A 3BCKA 4JY3A 5EL8A 2ON7A 1XWGA 2DKHA 4ZCCA 3QSSA 4XTSA 1SJ6A 3HYPA 5IMCA 3E9JB 4ILFA 2GF3A 2XBIA 2WOIA 3WD6A 3BOAA 1E6EA 3LYKA 1AQWA 2WOWA 1CC4A 3KMOA 3VPTA 1LQTA 3V76A 4ZN0A 2DJ2A 2YJHA 4OD7A 2K9FA 3H8IA 3VQRA 2DMMA 3TJJA 4BIKA 3DH9A 1CF3A 5FS8A 2OE3A 4MMMA 3PINA 3TJFA 2A89A 2WP5A 5J3RA 4EM4A 1TDOA 1FG4A 3UKPA 3RP6A 2OKAA 4K8MA 4I58A 1GESA 3WGEA 1Y6EA 3CQFA 4E8HA 2OE1A 3H79A 3IXRA 5BULA 4CW9A 2H6XA 2M46A 3CPHG 4UP3A 4MK3A 3EC3A 1B4PA 3SGLA 2LUSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SL2 B;  2GR1 A;  3LOV A;  1O7U A;  3C4N A;  5M0Z A;  1YQ3 A;  1VF1 A;  5L71 A;  3C96 A;  1QMV A;  2TRC P;  4KCA A;  4OCG A;  2YVF A;  1I5G A;  1MD4 A;  3EF6 A;  4OPL A;  1BKW A;  3T0K A;  4MLY A;  2FGX A;  2PU9 C;  1MXT A;  3R9U A;  2C3Q A;  1U88 A;  3EPT A;  4P3Y B;  5ABR A;  4UDR A;  4ZBD A;  4EMJ A;  5J7X A;  5CRD A;  3IK9 A;  4C3Y A;  3AE7 A;  2H66 A;  3TDG A;  1XXU A;  5JWR B;  3CNT A;  3WGD A;  3IC8 A;  1DE2 A;  4RI6 A;  3UOV A;  4NTE A;  3EU4 A;  2KLX A;  2CX4 A;  4DVC A;  5JCM A;  2VL9 A;  1M3J A;  1BGJ A;  1XAN A;  2XFU A;  4Q5N A;  5KXJ A;  4NHZ A;  5G1L A;  5D93 A;  5J41 A;  3RHA A;  2ZZB A;  1R26 A;  1GRG A;  2K6V A;  1EL5 A;  3FZ4 A;  2VIM A;  2VCZ A;  2A4V A;  3NH3 X;  3ZVJ D;  3CPI G;  4YXD A;  1YDK A;  1BQ7 A;  2GAH B;  5B8A A;  1GLQ A;  1VG0 A;  4PAA A;  5ECO B;  1JNZ A;  1LV0 A;  1MO9 A;  3BCK A;  4JY3 A;  5EL8 A;  2ON7 A;  1XWG A;  2DKH A;  4ZCC A;  3QSS A;  4XTS A;  1SJ6 A;  3HYP A;  5IMC A;  3E9J B;  4ILF A;  2GF3 A;  2XBI A;  2WOI A;  3WD6 A;  3BOA A;  1E6E A;  3LYK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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