4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Oxidoreductase
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
3NK1X 2QA2A 1LTXR 3R9UA 4YT0A 2PHHA 1CJ3A 1GEUA 3GD4A 3LXDA 5HXIA 4EMWA 2QAEA 2R9ZA 4B63A 1PBBA 3CNTA 1NHSA 2BK3A 2XFPA 3FBSA 4REKA 4RSLA 5KRQA 3NH3X 2XFNA 1AOGA 2A87A 1E1LA 3UKLA 2DKIA 4OPLA 1S3EA 3UTFA 3RHAA 1Y56B 1X31B 3JSKA 3V76A 1YKJA 5KOXA 2V3BA 3CNPA 3NG7X 4TM0A 3V3OA 3F8PA 2B9YA 3ALMA 1BGNA 2WU2A 4J2WA 2XVIA 4IV9A 3UKPA 3CGBA 3AEFA 4C5OA 2YR4A 1F8RA 2VQBA 2GAHB 2X50A 4EIQA 2GR0A 3BHFA 3UKQA 1JNRA 2ACZA 3QSMA 4CRTA 1TYTA 2H89A 3AE3A 1JU2A 3IF9A 4LIIA 4ADWA 5HY5A 1H7WA 3AE5A 3AE2A 2XLUA 2C75A 1TYPA 3FIMB 4OPUA 3AWIA 4GRTA 3AE1A 4CNJA 1D4DA 1JOAA 2BXSA 1JNZA 2GF3A 5KVHA 3GDNA 3GRSA 1EL9A 2DKHA 1DOBA 1ZOYA 4BJYA 1BWCA 2VRMA 3WE0A 2APGA 3P4PA 5JCKA 3UP4A 2RABA 2YLXA 4JY3A 2XVJA 3G5QA 1LPFA 1QJDA 1TDEA 1ONFA 1OJCA 3NIXA 3UKAA 2ZZCA 3I6DA 2ZZBA 3LZXA 1BF3A 1B4VA 2B7SA 4A65A 2A8XA 3P9UA 3UKHA 3UKKA 2XFQA 3KPFA 5C2TA 2R46A 1K0IA 3GYJA 1FOHA 2YG4A 1N4VA 4A6NB 3UOYA 2HQMA 1L0VA 2E5VA 1NG3A 3Q6JA 4HA6A 1ZYNA 1E1KA 1E39A 2YLSA 3VQRA 3AE4A 1S2QA 2FJAA 2GAGB 2YG3A 3T37A 1QLBA 1XDIA 1GTHA 3CIRA 3SM8A 4AP1A 1NG4A 2B9WA 4ECHA 2ARDA 1DJNA 3UTGA 2EQ9A 2JB1A 3NYFA 3BI5A 1E7PA 3GWDA 4CCQA 4U8LA 1VG0A 1F3PA 2XLPA 2YR5A 3AYLA 3COXA 3NYCA 4XWZA 3AXBA 4YSXA 1ZY8A 4CNKA 1O5WA 1GERA 3ADAB 3RP8A 4Y4MA 1Y0PA 4YTMA 1H84A 3VRDB 3PO7A 1CC6A 1CJ4A 4DNAA 3NK2X 1GRAA 1PHHA 2BXRA 4DSGA 4K5SA 1B8SA 4IVOB 3G5SA 4H4SA 2RGHA 2XVHA 3AYIA 3I3LA 3V3NA 2Q0KA 4JQ9A 4BK1A 1FCDA 2C3CA 1PBFA 1XPQA 2WPFA 3QFBA 4C77A 5J7XA 3S5WA 1N4UA 1K0JA 3FG2P 4FDCB 3LB8A 2Z5XA 1CBOA 4GR1A 1DOCA 4U8PA 4BK3A 2J3NA 3GWFA 4Z25A 2BABA 1F8SA 2WP6A 3RP6A 2GB0A 3FPZA 5JCNA 5FS9A 3QVRA 5U63A 1KDGA 3AEGA 3NYEA 3RP7A 5IPYA 2XLTA 4BJZA 4UDQA 4WCTA 1E1MA 2GV8A 1HYUA 2WETA 3EANA 1IJHA 1VG9A 2C7GA 3DJEA 1Q1WA 3NRNA 4H2RA 2VVLG 5IQ4A 3GSIA 1GRTA 2V5ZA 1PBEA 2C67A 3IHGA 3HZLA 2AQJA 4IA5A 4Z2RA 3PS9A 2XCGA 4XWRA 3DK8A 4PABA 2UZZA 1CC4A 4YKGA 1NHRA 2WOWA 5CKUA 3GDPA 4J31A 5CQFA 2GH5A 3DK9A 3AD9B 5EB4A 4NTCA 2C73A 1IUWA 1F6MA 4GF7A 5L46A 1ZX9A 1BGJA 1NHPA 4ICYA 3UTEA 4EQSA 3AE7A 1ELIA 2R0PA 3DK4A 2WP5A 1B5QA 5HYMA 4AT0A 2RGOA 1DJQA 2V6OA 1H82A 2JKCA 4B1BA 1PJ6A 2V60A 1COYA 4JDRA 3ZDNA 2FJDA 1GOSA 1YQZA 2XLSA 4NEWA 4WX1A 5U25A 2JB2A 1BKWA 1ZMCA 4FK1C 3VR9A 1OJTA 3NGCX 4K2XA 3M13A 1NENA 3G5RA 4EMJA 4Z44A 5EB5A 2IVEA 3F8RA 1VQWA 2WOIA 3EAOA 2BS2A 2C3DA 3AEBA 3DA1A 2BCGG 3KKJA 4I58A 1IUXA 1TDFA 2GMHA 3DH9A 3REDA 4Z2UA 2GR1A 1XANA 4J56A 3LADA 4YKFA 3DJJA 1DNCA 3K7MX 2E4GA 3NN6X 1NEKA 4OCGA 3VRBA 3NTDA 4A7AA 4YXDA 5LV9A 3ALJA 2BACA 1P2EA 3VRAA 1GESA 1KF6A 2VVMA 2WDRA 3B6DA 3FMWA 4KPRA 4B64A 1EL5A 2GRTA 4H4XA 3GMBA 4Z24A 2WESA 1KFYA 3UCLA 2Y6RA 3IWAA 1F8WA 2GR2A 1OJDA 1H86A 4MJWA 4TLZA 4P9SA 5KVIA 2EQ8A 3AD8B 2YLRA 1MOKA 2Z5YA 4EQWA 2R4EA 2WDQA 4YSHA 2GQFA 3K30A 1LVLA 1GREA 4APNA 3EPTA 2XLRA 4NZHA 1TDKA 2YR6A 1KNPA 4H4UA 4E0VA 2GVCA 4Z2TA 1GRFA 4O5QA 2XFOA 4A9WA 2B9XA 1D5TA 2EQ6A 4DSHA 1GNDA 4U8OA 1NAAA 2H88A 3GMCA 3P4RA 1CJ2A 3DJDA 4H2PA 1KSUA 3AE8A 2XFUA 4OPDA 3CPHG 1PBCA 2OLOA 4H4RA 3H4KA 1GRBA 1ZP0A 1CJCA 2BYBA 4H4QA 4OPCA 1FEBA 3CPJG 5U1OA 1ZYPA 3PVCA 3KLJA 1GRHA 3URHA 3OZ2A 3SGLA 2VVLA 4A79A 3AEDA 2FJBA 4C74A 4YSZA 5GSNA 2I0ZA 4PAAA 4GDPA 4M52A 3ISHA 2TMDA 4H4PA 1IUUA 2YVGA 4BV6A 4RG4A 3QSSA 1UKVG 2Y6QA 5FS6A 4C3XA 1M64A 5IQ1A 3C4NA 4B66A 4EMIA 1Z6LA 5KOWA 3CN8A 4N9XA 1IUVA 2B76A 1B37A 1CF3A 3CNJA 3NHOX 2GEWA 1PS9A 4J57A 1D4EA 4U8JA 5GRTA 1Q1RA 4FK1A 2ZZ0A 1GPEA 2IIDA 4B67A 4U8IA 3H8LA 1NHQA 4KX6A 2YQUA 1D7YA 4Z43A 1K0LA 1ZKQA 4ZCCA 1JEHA 3ZYXA 4A99A 4YTNA 2X99A 2PYXA 4OPTA 1D7LA 4HB9A 4JY2A 2BK4A 1M6IA 3RNMA 1V59A 4TLXA 1ZMDA 1K4QA 4BK2A 3IC9A 3BHKA 5J60A 1GXFA 1H83A 1TDNA 3NK0X 2C66A 1H81A 1L9EA 2C65A 3DGHA 3GRTA 1N1PA 3CGDA 3O0HA 1FECA 4DGKA 4GUVA 3ICRA 3NNEA 3QJ4A 4U8KA 3AE6A 4BURA 3K7TA 3CPIG 3M12A 1GRGA 1RP0A 2W0HA 2WOVA 4C3YA 4YTPA 2CFYA 4H4WA 2WDVA 4B69A 1OJ9A 2AAQA 2JAEA 4H2NA 2GMJA 3AEEA 4AP3A 4EQRA 4AOXA 4EQXA 1L9DA 3L1RA 1IUSA 3UP5A 2CVJA 4ZN0A 4K5RA 3F8DA 2WPEA 2Q0LA 1JRYA 2VZ2A 5JCLA 2FJEA 1EL7A 5KXJA 2TPRA 4EM4A 2A89A 4TM4A 2BA9A 3UKFA 3CGCA 3Q9TA 1IUTA 4Z26A 2YLTA 3KVEA 2JK6A 1O94A 3M0OA 2YG6A 1CHUA 1Q9IA 1ZK7A 2AR8A 2R0GA 2RGJA 4B68A 2BK5A 3DGZA 3DMEA 2WU5A 3P4QA 4A5LA 3D8XA 2JBVA 1BZLA 4K8DA 1QO8A 5TR3A 4MNNA 3AYJA 2O9ZA 3CNDA 2X8CA 1GETA 3C96A 1LQUA 3UOVA 1E6EA 3L8KA 3ITJA 4UDRA 2YM1A 1EBDA 3LOVA 5FS8A 3UOXA 2QA1A 4ZCDA 2OA1A 1FEAA 4JNQA 1YY5A 2WBAA 4FX9A 1XHCA 2EQ7A 3OC4A 1ZDLA 4X9NA 5M10A 1DXLA 3QSEA 2BC1A 1PDHA 1YQ3A 2C72A 1ZOVA 4D04A 2WPCA 2WHDA 1DOEA 4TM3A 1RYIA 4U2SA 2VRLA 4OPIA 1GALA 2BC0A 4D03A 2IVDA 1NPXA 5EOWA 3AD7B 3AE9A 5HHFA 1S2YA 3BNUA 1TDOA 3NKSA 5EBKA 4XXGA 4O5UA 4AOSA 5BUKA 3B3RA 2VQ7A 2C70A 3D1CA 1KSSA 2C64A 4CY6A 2WS3A 2R45A 1VRQB 2OAMA 2WP9A 2YG5A 2YVFA 4H4TA 4K22A 1D4CA 2WEUA 4Y4LA 5JCMA 2YLZA 2BS4A 4NEVA 1Y56A 2ZBWA 1PJ7A 3SFDA 4CCRA 3AECA 1REOA 1E1NA 3K7QX 1LQTA 1O95A 1VDCA 2NPXA 2BCPA 2X8HA 3CTYA 4CY8A 4IVMB 3KU9A 2YAUA 1OJAA 3BI2A 4I59A 5BULA 1S3BA 1W4XA 3S61A 1P2HA 1PN0A 2YWLA 2XDOA 3QVPA 5FMHA 4YWOA 4EM3A 5ER0A 3KD9A 3CGEA 4B65A 3BNMA 2X3NA 3KA7A 4OVIA 2V61A 5C3JA 4USRA 1GV4A 2FBWA 2WQYA 3NTAA 4J34A 3IHMA 3ATRA 4LU6A 1L9CA 1PXBA 3SFEA 3EF6A 2OALA 2V3AA 1LV0A 2YVJA 3GYIA 3VR8A 2XVEA 2CULA 1PJ5A 3ICTA 2YM2A 3ICSA 4RG3A 4UP3A 3P4SA 4NTDA 4UDPA 5KWFA 4USQA 2GQWA 2X8GA 2B7RA 3AB1A 1PBDA 4H2QA 4Y4NA 4IA6A 3P1WA 4J33A 1CC2A 1N4WA 2C76A 2BS3A 4NTEA 1PXCA 2R0CA 1GT8A 1MXTA 1H6VA 3H8IA 3C4AA 3QFAA 1PXAA 4H4ZA 4U8MA 3LZWA 4X4JA 3BI4A 5JCIA 1GTEA 1YQ4A 4H7UA 4JNAA 2YLWA 3AEAA 3UOZA 1TRBA 2R4JA 4TM1A 4JN9A 1DODA 1KNRA 4J36A 1JRXA 3E1TA 2NVKX 2OLNA 1GSNA 5BVAA 3GD3A 1H7XA 1JRZA 2JB3A 4H50A 4U2TA 1CL0A 2F5ZA 3DJGX 2VOUA 4GDEA 1MO9A 2Q6UA 5FS7A 4LA1A 4EIPA 4YSYA 4OPGA 2QCUA 2XYOA 2GR3A 1EL8A 4GCMA 3NN0X 4U8NA 3ATQA 3SQPA 1LJ1A 4CBQA 4A6NA 3ABVA 4H4YA 2YG7A 3UTHA 3NT6A 2CDUA 4AT2A 2E1MA 2XVFA 2Q7VA 3II4A 4U2LA 5DBJA 1SEZA 4X9MA 4H4VA 1FL2A 3CNSA 3NLCA 5BRTA 4K7ZA 1RSGA 1NDAA 5M0ZA 3ALLA 3LJPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NK1X 10GSA 1K0OA 1TK0B 1SKRB 4YT0A 2PHHA 1CJ3A 4PNFA 4E8EA 2HE3A 2LUSA 5HXIA 3EU3A 1FB0A 2QAEA 2GS3A 4B63A 3HD5A 3CNTA 3LSZA 2YP6A 4RSLA 5ECLB 2DKIA 3FZ9A 1YDKA 3UTFA 2KP1A 3IA1A 3IRAA 1SYRA 3JSKA 3GHAA 4AGSA 3QPMA 1YKJA 2V3BA 4TM0A 1O85A 3V3OA 3H93A 1BJXA 2WU2A 1XG8A 2E2MA 2XVIA 1B8XA 5DALB 5KN1A 4TRXA 2IL3A 4MCUA 3AY8A 5DQSA 3UKQA 2XPEA 3IDVA 3SZWA 3QAVA 2ACZA 4CRTA 5ECSA 2GTUA 3FK8A 4ADWA 4AJ7A 3D5JA 1N8JA 4JRRA 2XLUA 4KGIA 2DC5A 1EP7A 3FEUA 1TYPA 3AWIA 1B48A 3AE1A 4DSSA 2GF3A 1JNZA 4MK3A 1GWCA 3KEBA 3GRSA 2H72A 1O7UA 1ACVA 2GSSA 2VRMA 4XS4A 4WKWA 3UP4A 4IGJA 2H75A 2YLXA 3A2WA 2IN3A 3G5QA 2QSIA 3HA9A 3IR4A 1GP1A 2I1UA 3GH9A 3ZZXA 1EV9A 1UVZA 2LKUA 4X0XA 2A8XA 3TKSE 3UKHA 4HZ4A 3KPFA 1XPVA 3TRXA 2R46A 4A6NB 3KCMA 2MMOA 2HQMA 1NG3A 5IOXA 3LYPA 3AE4A 3L9VA 2OKAA 1NHYA 3G7IA 2LQQA 1GTHA 3ERGA 4Q5RA 5GAND 2FCHA 1ERUA 2EQ9A 2HI7A 4RQRA 3GWDA 2A4HA 2H76A 3LG6A 2YR5A 1F3PA 4XWZA 4N10A 4POBA 3QDNA 4QL7A 1Y0PA 3HCZA 3PO7A 1CC6A 1GRAA 7GSSA 3TKPA 4DSGA 2NPBA 4K5SA 4G6HA 4IVOB 5G2ZA 1X9SB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3NK1 X;  10GS A;  1K0O A;  1TK0 B;  1SKR B;  4YT0 A;  2PHH A;  1CJ3 A;  4PNF A;  4E8E A;  2HE3 A;  2LUS A;  5HXI A;  3EU3 A;  1FB0 A;  2QAE A;  2GS3 A;  4B63 A;  3HD5 A;  3CNT A;  3LSZ A;  2YP6 A;  4RSL A;  5ECL B;  2DKI A;  3FZ9 A;  1YDK A;  3UTF A;  2KP1 A;  3IA1 A;  3IRA A;  1SYR A;  3JSK A;  3GHA A;  4AGS A;  3QPM A;  1YKJ A;  2V3B A;  4TM0 A;  1O85 A;  3V3O A;  3H93 A;  1BJX A;  2WU2 A;  2XVI A;  2E2M A;  1B8X A;  5DAL B;  5KN1 A;  4TRX A;  2IL3 A;  4MCU A;  3AY8 A;  5DQS A;  3UKQ A;  2XPE A;  3IDV A;  3SZW A;  3QAV A;  2ACZ A;  4CRT A;  5ECS A;  2GTU A;  3FK8 A;  4ADW A;  4AJ7 A;  3D5J A;  1N8J A;  4JRR A;  2XLU A;  4KGI A;  2DC5 A;  1EP7 A;  3FEU A;  1TYP A;  3AWI A;  1B48 A;  3AE1 A;  4DSS A;  2GF3 A;  1JNZ A;  4MK3 A;  1GWC A;  3KEB A;  3GRS A;  2H72 A;  1O7U A;  1ACV A;  2GSS A;  2VRM A;  4XS4 A;  4WKW A;  3UP4 A;  4IGJ A;  2H75 A;  2YLX A;  3A2W A;  2IN3 A;  3G5Q A;  2QSI A;  3HA9 A;  3IR4 A;  1GP1 A;  2I1U A;  3GH9 A;  3ZZX A;  1EV9 A;  1UVZ A;  2LKU A;  4X0X A;  2A8X A;  3TKS E; 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