4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Oxidoreductase
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1ZX9A 3NYEA 2YG3A 2GRTA 1H86A 4JN9A 1TYTA 3VQRA 1RYIA 3CGEA 2BS3A 4H2PA 3CNJA 3UTHA 3P4PA 4U2LA 2A89A 1NENA 4U8JA 3IF9A 4A6NB 2BACA 1XANA 5FS8A 1XHCA 1EL8A 2YG7A 2R46A 3UTGA 3NTAA 4FK1A 2WOIA 4USRA 3GYJA 2XFQA 3COXA 3CN8A 3ICSA 4BJZA 2V61A 4IVMB 4MJWA 4OPDA 5JCMA 4H4ZA 4YSHA 2C3CA 4WX1A 2B7SA 1W4XA 2BXRA 4D04A 2WDVA 3R9UA 3AE1A 2YR5A 2GB0A 2GQWA 2YLTA 5KWFA 3SFDA 1NHSA 3GDNA 4CCQA 2YLRA 4Z2UA 5KVHA 1QO8A 5EB5A 2JB1A 2VOUA 2YG4A 3VRDB 2YWLA 1GESA 2BCGG 2F5ZA 3CPHG 4C74A 2R9ZA 4K2XA 4EQSA 4K5RA 2XFOA 4RSLA 2R45A 2BCPA 2C67A 4OCGA 4TM4A 1PBBA 2EQ7A 3II4A 4Y4LA 3SFEA 3VRAA 2WPFA 4C77A 4NTDA 1E39A 4TM1A 4GUVA 1XDIA 2C70A 3GYIA 2C72A 3NRNA 1E1LA 1VQWA 3URHA 3RP8A 2XLPA 1ZMCA 3G5QA 1PHHA 4CNKA 4USQA 3FPZA 4K7ZA 3EANA 1GRBA 1VRQB 3FBSA 3UP4A 1LJ1A 2AQJA 4ICYA 4CBQA 1PBFA 4AOSA 2WETA 3CGBA 3AYLA 1SEZA 1K4QA 3AE2A 4C3YA 4B65A 1LTXR 1EL5A 2WU5A 4BURA 4YTNA 3D1CA 3AE4A 2CULA 3BHFA 3O0HA 1GRFA 4H4YA 1PBEA 3M12A 1NEKA 4RG3A 2YM1A 1S3EA 2APGA 2YR6A 2RGOA 4LA1A 3RP7A 1KSSA 1GXFA 3ABVA 4IA6A 1O94A 1ZYPA 4H2RA 1ZYNA 2RGJA 2JBVA 3M0OA 3I6DA 2BK4A 3AE6A 3GWFA 5U25A 2YLZA 1H84A 3H8LA 4K8DA 4ZN0A 3SQPA 3RNMA 3NT6A 2VRMA 1KDGA 3F8PA 1LQTA 2WP6A 4B64A 3ADAB 3G5SA 2WDQA 3REDA 3NN0X 4IVOB 3LZWA 3B3RA 4EM4A 1ZOYA 4BK3A 1GNDA 1M6IA 5KOXA 5IPYA 4EMJA 3NK1X 2R0CA 5HYMA 4FK1C 2Q6UA 3CGCA 3GWDA 4JQ9A 2YAUA 1GV4A 1CJCA 5EOWA 1NHRA 3T37A 3UKLA 1N4UA 4H50A 2OLNA 3DGHA 1Y0PA 3LB8A 3GD3A 1OJDA 3LOVA 1N4VA 2WOWA 2ZZCA 2TPRA 2C75A 4OPLA 4NEWA 3PS9A 1D4DA 2I0ZA 3AEFA 3S61A 1TDEA 3QVRA 1JNZA 3K7QX 3NN6X 5M0ZA 3RP6A 3UCLA 3KPFA 4B67A 4UDPA 2JB2A 5HHFA 2EQ8A 1EL7A 2H89A 3LXDA 1F8SA 2WOVA 1BF3A 5BVAA 5C2TA 2IIDA 1JRYA 1AOGA 2AAQA 3NG7X 4EIPA 3ATQA 4B69A 2GR3A 4BV6A 4LIIA 2IVDA 4BK2A 1CC2A 3VRBA 3CPIG 1KNPA 2BS2A 4Y4MA 4Z26A 1DOBA 5KRQA 1S2QA 3K7TA 4YKFA 1L0VA 4CRTA 1JNRA 2Z5XA 1DXLA 4UDQA 4YWOA 1PJ7A 2E1MA 1Q1RA 3FG2P 1HYUA 3BI5A 3KVEA 5J60A 3AE7A 2WHDA 3GRSA 2NVKX 3GRTA 4XXGA 1QJDA 1GERA 4X9MA 3DK8A 4J33A 4YKGA 2R0PA 4J57A 1GRGA 1K0IA 4YXDA 1PBCA 2H88A 2XVHA 3NLCA 5KOWA 2GMHA 3DH9A 3VR9A 2PYXA 2IVEA 2GEWA 2XFUA 4HB9A 2BK5A 2YG5A 3NKSA 4YTMA 3BNUA 1LQUA 4J56A 3ZYXA 4FDCB 4A7AA 1H6VA 3GDPA 2GR0A 4GR1A 4U8PA 1REOA 1Q1WA 3L8KA 1QLBA 3I3LA 2XCGA 2Q7VA 5L46A 2GH5A 5CKUA 3AD7B 2VVLA 1EBDA 1IUTA 4TM3A 4H4VA 5U1OA 3AE8A 3M13A 4FX9A 2OLOA 1GT8A 1E1MA 1E6EA 2GAHB 3C4NA 1COYA 2BABA 3F8DA 3SM8A 2ZBWA 1GEUA 1D7LA 1YQZA 2O9ZA 4REKA 2GMJA 1Z6LA 2X8CA 3CNDA 3UOXA 1Y56A 3DA1A 4PAAA 5ER0A 3AYIA 2TMDA 4U8IA 5GRTA 1O95A 3G5RA 1TDFA 4CY8A 4KX6A 4OPTA 1PXCA 2JAEA 3H8IA 5U63A 1FCDA 1L9DA 4CCRA 1GTEA 4EQXA 4Y4NA 1MXTA 3EPTA 4I59A 2YVFA 5JCIA 5FMHA 1B37A 4Z44A 3AE5A 4CY6A 1LVLA 3UKFA 3EAOA 4OPUA 3C4AA 1ZKQA 4YTPA 2QA1A 3LADA 3KU9A 4H4WA 3CNSA 2GR2A 2OALA 4I58A 1CC4A 4AP3A 1IUUA 3DGZA 1H83A 1DNCA 2Q0KA 2FJBA 4O5UA 5CQFA 2V6OA 3DJEA 3V76A 1JEHA 2X8GA 1N4WA 5EBKA 1GETA 1F8WA 1V59A 2C65A 4H2NA 3AD8B 4YSYA 3UOZA 4C3XA 2XLTA 2FJDA 3UTEA 1DOEA 3UKKA 2WPEA 2VZ2A 3DK9A 3PO7A 1ELIA 1KF6A 3AEEA 1YY5A 1P2HA 1FL2A 2R4EA 2ZZBA 2XLSA 2EQ9A 4GF7A 4Z25A 1D5TA 1BGNA 5EB4A 1MO9A 2XDOA 3SGLA 2XVEA 3DJDA 4DNAA 3KLJA 5KVIA 1CC6A 3OZ2A 4U2TA 5GSNA 1L9EA 1N1PA 2FBWA 3RHAA 3CNTA 1GRTA 1VDCA 2XYOA 1UKVG 3NHOX 1S2YA 1CJ2A 1H82A 2XVFA 1IUVA 1F6MA 1H7XA 2OA1A 2W0HA 3ICRA 4PABA 3NYCA 2WPCA 1CJ4A 3GSIA 3IC9A 4Z2RA 2YLXA 3AEAA 1PJ5A 3AEBA 3V3NA 3IHMA 4B66A 2DKHA 2V3BA 1F3PA 4U8MA 1IUWA 2Y6RA 1KFYA 4D03A 2WEUA 1B8SA 1NHPA 4ZCDA 2VQBA 2X99A 3AEDA 1D4CA 1YQ4A 1FEBA 2FJAA 2GVCA 1BGJA 2QAEA 4OPIA 4U2SA 1BWCA 3GMBA 1IUXA 1Y56B 2B76A 3ALLA 3QSMA 4JY3A 4EM3A 3QFBA 2C73A 1ONFA 4NTCA 4OPGA 4XWRA 4AT0A 2C7GA 5HY5A 3UKHA 4J31A 2X3NA 2WESA 2BK3A 4RG4A 1Q9IA 2XLUA 2XFNA 1DODA 3K7MX 2EQ6A 3CNPA 4GCMA 2WP9A 4APNA 3PVCA 4EQWA 2R0GA 3P4RA 3AB1A 5BRTA 4OVIA 3KKJA 4JNAA 1GREA 3BI4A 2WBAA 1D7YA 2C64A 3H4KA 4NZHA 4Z24A 3Q6JA 3AWIA 2WP5A 1ZY8A 2YLSA 3IHGA 3NK2X 4H2QA 3DJJA 4JDRA 4H4RA 2VRLA 2YR4A 4BJYA 1JOAA 3HZLA 1TDNA 1JU2A 3KA7A 2QA2A 2R4JA 3L1RA 4DSHA 3EF6A 2HQMA 3P4QA 1OJ9A 1CL0A 2GF3A 2PHHA 4YSZA 2J3NA 2YM2A 3AD9B 1DOCA 2CVJA 4A65A 3NGCX 2BXSA 3UP5A 4H4TA 2VVLG 2WU2A 2RABA 5KXJA 4CNJA 4DSGA 5BUKA 4B68A 5LV9A 3UKAA 5TR3A 2C76A 2WQYA 4U8LA 2CDUA 1D4EA 2BC1A 3UTFA 5IQ1A 5JCKA 3D8XA 1PDHA 2GV8A 3CPJG 3UKQA 1VG9A 2FJEA 2RGHA 2B7RA 3NYFA 1K0LA 3AXBA 4Z43A 1O5WA 2XFPA 2E4GA 2YQUA 2WDRA 3ALJA 2V3AA 3VR8A 3BHKA 3S5WA 4E0VA 3P4SA 3V3OA 1NG3A 4B1BA 1TDOA 4H7UA 3ICTA 4A79A 3AYJA 3Q9TA 4H4PA 3ALMA 3F8RA 2GR1A 4XWZA 5DBJA 4K22A 1X31B 2ACZA 4BK1A 2YVGA 1OJTA 1NPXA 1FEAA 4X9NA 4TLZA 3QJ4A 2X8HA 1E7PA 1ZP0A 3ISHA 1M64A 2OAMA 5JCNA 1PS9A 3C96A 3GD4A 3ITJA 1PN0A 3NH3X 4X4JA 4YT0A 1TDKA 1IJHA 1XPQA 3NK0X 4U8NA 4A6NA 4NEVA 4J34A 4H4QA 4A5LA 2BYBA 4OPCA 1PXAA 3QFAA 3DJGX 3E1TA 1PJ6A 1B4VA 1GRHA 3CTYA 3NNEA 1L9CA 3KD9A 2Q0LA 4ZCCA 3UOYA 1DJQA 4MNNA 4NTEA 3AEGA 4IA5A 5M10A 1BKWA 2JK6A 4GDPA 1TYPA 2GQFA 2VVMA 2ZZ0A 1BZLA 1LV0A 1RP0A 4EIQA 5HXIA 4J2WA 4H4XA 3DMEA 1S3BA 4UP3A 4HA6A 3DK4A 3P1WA 2Z5YA 1H7WA 3FMWA 1RSGA 4K5SA 2B9WA 4JNQA 4IV9A 4EMIA 1KNRA 4GDEA 5FS9A 4YSXA 2V5ZA 1GALA 3QSSA 3UOVA 2C3DA 2DKIA 4KPRA 4A9WA 1FECA 2VQ7A 2GAGB 3QVPA 2A87A 1ZDLA 1ZOVA 1NG4A 1PBDA 4H4SA 4EMWA 4O5QA 1CHUA 1GTHA 2NPXA 3QSEA 1IUSA 1GOSA 1DJNA 1TRBA 2XVJA 4B63A 1LPFA 1B5QA 1OJAA 1NHQA 3NIXA 2JB3A 4C5OA 5FS6A 5BULA 3NTDA 2X50A 1ZK7A 1NAAA 2C66A 4A99A 3UKPA 2XVIA 2JKCA 3ZDNA 1ZMDA 4P9SA 4N9XA 1VG0A 3ATRA 2Y6QA 2YG6A 5J7XA 5JCLA 2QCUA 4WCTA 1K0JA 2BA9A 1H81A 1CBOA 3BI2A 4GRTA 2BS4A 4H4UA 4M52A 4EQRA 3GMCA 5FS7A 2WS3A 3BNMA 3FIMB 2YLWA 3WE0A 2V60A 4J36A 2CFYA 1KSUA 4UDRA 4Z2TA 1JRZA 2BC0A 1NDAA 4ADWA 4ECHA 1EL9A 4AT2A 1FOHA 1GSNA 2UZZA 1GRAA 4DGKA 2XLRA 1E1NA 3P9UA 4U8KA 4U8OA 2B9XA 4TLXA 3CIRA 1CF3A 4JY2A 1E1KA 1F8RA 2A8XA 2YVJA 3JSKA 4TM0A 3AE3A 3IWAA 1JRXA 1CJ3A 1OJCA 2AR8A 3K30A 5IQ4A 3AECA 1YKJA 1MOKA 4LU6A 2E5VA 3LZXA 3B6DA 3LJPA 2ARDA 2B9YA 1YQ3A 3AE9A 3OC4A 1P2EA 4AP1A 4AOXA 5C3JA 1GPEA 3CGDA 1PXBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N10A 2HYXA 2GRTA 2WCIA 3CGEA 2FLSA 3P4PA 1EWXA 1JLWA 1NENA 4U8JA 3IF9A 2BACA 1SYXA 3SXIA 1GNWA 2AAWA 4FK1A 1FB6A 4USRA 3LXTA 5IMVA 3GYJA 3COXA 2PBJA 2V61A 4OPDA 2H66A 2BXRA 1K0DA 1N8JA 4NXIA 1SYRA 5JCWA 3KH7A 1PX6A 1J08A 3VK9A 5DQSA 5F8BA 4CCQA 4Z2UA 2YJHA 5KVHA 5EB5A 3ME8A 1PKZA 2PWJA 4L5OA 4ZBAA 3F4TA 1GESA 3CPHG 3APQA 4K2XA 4I6XA 2R9ZA 4K5RA 4EUYA 4ZXGA 1TK5B 5CRDA 5E4WA 3KCMA 2EQ7A 3II4A 4C77A 2FUG2 2WPFA 2H0IA 5C04A 4NTDA 4KH7A 5GSSA 2B5XA 2HZFA 4ISDA 1UN2A 4TM1A 4GUVA 2FHEA 1XDIA 3A2WA 4MK3A 2LJAA 2OJLA 3LG6A 1VQWA 3RP8A 1A8YA 1ZMCA 3LWAA 2OADA 3G5QA 3NIVA 4IGJA 3HJPA 4I5QA 4KW6A 3EANA 1VRQB 3FBSA 1AC1A 1LJ1A 2NPBA 1GRXA 2AQJA 1XOAA 3GIXA 3AE2A 1K4QA 4G0IA 3CSHA 3CYNA 3KP9A 3GUSA 2OKAA 1SJ6A 4BURA 4YTNA 3O0HA 2CULA 4GAPA 2DLXA 4IHUA 1NEKA 1S3EA 2APGA 1EZKA 2YR6A 4AGSA 2CV4A 3GL5A 3ERFA 3LXZA 3FRCA 1OYJA 3DVWA 3KPKA 1ZYNA 5ECKB 2RIIA 4OO5A 4ZN0A 5D8IA 3RNMA 2YNXA 4MPGA 1KDGA 3F8PA 3H8QA 2WP6A 2HFDA 3ADAB 3G5SA 4LLRA 1JHBA 2M72A 1ZOYA 1GNDA 4TN8A 2H76A 3NK1X 4F0CA 3UAPA 3ZFLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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