4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1PJ6A 5KOWA 4B1BA 4BK2A 3NRNA 2JK6A 5IPYA 1NAAA 4A7AA 2GRTA 4ZN0A 3AD9B 4DNAA 1S3EA 1B4VA 1VDCA 1L9CA 2E1MA 4TLZA 3VR9A 1KSSA 3VRAA 3RP7A 4NTDA 1D4CA 2EQ7A 3LB8A 3CN8A 1IJHA 4CRTA 1M6IA 2B9WA 4H4YA 1CC2A 4H4SA 4WCTA 3QSSA 4Z44A 2GH5A 1K0IA 4USRA 3DH9A 5KWFA 2QA2A 2C64A 3AE6A 2WU5A 1X31B 4Z26A 2OLNA 3H8IA 1OJ9A 2C76A 4I58A 4CY8A 4ZCDA 2OLOA 2YWLA 1LV0A 1YQ3A 3UOVA 3ABVA 3ITJA 2VQBA 3ZYXA 2XFQA 1IUXA 4AOXA 4H2PA 2R4JA 4AP1A 5U63A 4EMWA 1MXTA 5KVHA 2XFNA 1FEBA 4H4WA 1Q1RA 2R0PA 3GRSA 3CNJA 1O5WA 1GRHA 4NTEA 2WESA 2A89A 3QVPA 5IQ1A 4YSXA 2BYBA 1L9DA 1GTEA 1F3PA 2X3NA 3CNSA 2GR1A 1ZP0A 4BK1A 3VR8A 3AD7B 4OPDA 3AE4A 1IUSA 3NT6A 1N4UA 4NTCA 1DODA 2ZZ0A 3CIRA 3KLJA 1GOSA 3QFAA 5JCLA 1D7LA 1EBDA 4CNKA 2C72A 3ATQA 3QSMA 2DKIA 4U8MA 2WPCA 4EM3A 4GDEA 4O5QA 4RSLA 4AT2A 1PXAA 2Y6QA 3IHMA 2YVJA 1FL2A 2XVEA 1N1PA 1GNDA 1P2HA 1Q9IA 3CGDA 2YAUA 2PHHA 4K5RA 5J7XA 3C96A 2JBVA 3CGCA 2E4GA 1BWCA 3UCLA 2Q0LA 1H6VA 1NHQA 1N4VA 2B7RA 5FS8A 2YG3A 4YWOA 4H4UA 1CC6A 2YLRA 2AR8A 1PJ5A 2XVFA 3EANA 2VZ2A 4BURA 1BF3A 2B9YA 4J57A 1VG0A 4GCMA 2WPFA 1KF6A 2C75A 3FBSA 2WP6A 5GSNA 2YR4A 2NPXA 2TPRA 4OPUA 4JNAA 4J31A 5HY5A 1JU2A 1ZDLA 1P2EA 2VVLG 2H88A 2WP5A 2YG5A 4BJYA 1M64A 5HYMA 1FECA 3NH3X 3ICTA 2V6OA 3KA7A 1Y56A 2GQFA 1BZLA 2NVKX 3LOVA 4U8LA 2XLRA 2GR0A 4J56A 3C4AA 5FS9A 4U8PA 4H4VA 2B76A 1E1MA 4OVIA 3OZ2A 1QO8A 1ZKQA 3EAOA 3QVRA 3RNMA 3UTHA 1GEUA 2YG6A 3CGEA 1LVLA 4D04A 2WDRA 1ELIA 3AEFA 2BABA 3AE3A 4JN9A 1GESA 3UKHA 4FDCB 3UKFA 3Q6JA 3QFBA 1PBEA 4GRTA 2R4EA 4MJWA 1FEAA 2BC0A 4EMJA 1H86A 1PN0A 1EL5A 4H4ZA 1KNRA 4B67A 1DOBA 1GRTA 2VVMA 3VRDB 1KDGA 3NK0X 2BS4A 4X9NA 2RGJA 4PAAA 3EPTA 3M13A 3AEBA 3NKSA 1GRAA 2Q0KA 3M12A 4Y4NA 1BGJA 1YY5A 1OJCA 3QSEA 4C5OA 3L8KA 4U8IA 4TM0A 2C3CA 2BK3A 2E5VA 2XLTA 2WS3A 3AE9A 2C65A 1TDNA 5IQ4A 2GAGB 2GB0A 2YR5A 4OPLA 4EQWA 2BC1A 1CJ3A 1COYA 2R45A 1ZOYA 4J34A 3UKPA 1ZMDA 1QLBA 4Z2UA 1F6MA 5JCMA 4YKGA 5LV9A 1PXBA 3K7MX 3GDNA 2JAEA 4YSHA 1GPEA 3F8PA 4YKFA 3P9UA 1DOEA 5HXIA 1DJNA 1S2QA 2ARDA 4REKA 4C3YA 2R9ZA 3JSKA 4DGKA 2BS3A 4BJZA 1NENA 2ZZBA 1NEKA 3GD3A 1REOA 4UDRA 3ICSA 1GTHA 2C7GA 2WP9A 3G5RA 4JY2A 5L46A 3SFEA 2EQ9A 4KX6A 3RP6A 3T37A 1VQWA 1BGNA 1DXLA 3UTGA 2X8CA 3LZXA 4K7ZA 3UOYA 3DK4A 4A99A 1D4EA 3H8LA 5KRQA 3G5SA 4UDPA 4XWRA 2XFOA 3UOXA 3VRBA 4AOSA 1H81A 4FK1C 3WE0A 1YQ4A 1MOKA 1NG4A 2XVJA 3AECA 4B63A 4RG4A 4K22A 1K0LA 4OPTA 4AT0A 1PBFA 4GF7A 2B7SA 3F8RA 3LADA 4U8NA 3P4QA 3DK9A 5M10A 1EL8A 3S61A 4EQSA 2WDVA 1DOCA 4J36A 4IVOB 1EL9A 4DSGA 1GALA 1NDAA 1ZYNA 4LA1A 5U25A 1ONFA 1F8RA 2YLTA 1D4DA 3CNPA 4NZHA 3LXDA 4OPIA 5JCKA 1NG3A 1H83A 1ZOVA 1LQTA 4H4TA 4A5LA 3PO7A 4A9WA 1ZX9A 2CDUA 1GETA 2GMHA 2JB3A 1S2YA 2R0CA 3K7QX 3GSIA 4Z25A 4LIIA 3V3NA 3BI2A 1OJDA 2OA1A 1VRQB 3E1TA 3P4RA 1B5QA 1FOHA 3DJEA 4N9XA 3AB1A 3CPHG 2RGOA 4H4RA 1RP0A 4EMIA 1OJTA 4Y4LA 2XYOA 1GSNA 3KPFA 4H4XA 1F8WA 2CFYA 2DKHA 1LTXR 4Z2RA 4CBQA 5BVAA 2QAEA 3BI5A 3SM8A 4H4QA 2W0HA 1B37A 3UKKA 2YQUA 5C2TA 2C73A 1DJQA 3CNTA 1W4XA 2BXRA 2GEWA 2V3AA 4H2NA 5ER0A 3DJJA 4KPRA 2YLXA 2FJEA 4YXDA 4U2SA 3NK2X 5BUKA 2YVGA 4UP3A 1CBOA 3NYEA 3REDA 4NEVA 4UDQA 4RG3A 1CF3A 4K5SA 2WU2A 2OAMA 2Y6RA 4HA6A 1D5TA 1PBBA 1BKWA 1HYUA 4TLXA 2FJDA 2XLPA 1NHPA 2GQWA 2XDOA 4IVMB 2A87A 2XLSA 3V76A 1H82A 1PBDA 1JRXA 1K0JA 1GT8A 4DSHA 3NGCX 1PJ7A 2XCGA 3NTAA 4U8JA 4TM4A 3ALMA 4YTPA 2WETA 2B9XA 4YSZA 1N4WA 2FJBA 4U8OA 4JDRA 2ZBWA 4H2QA 2C67A 3D8XA 3GMCA 2VRLA 5J60A 2BK4A 3D1CA 4LU6A 2AAQA 3NTDA 5BRTA 5JCNA 4IV9A 1JEHA 3BHFA 4BV6A 1LJ1A 3VQRA 3KKJA 1GXFA 2O9ZA 4X4JA 5CQFA 3COXA 4I59A 5U1OA 5DBJA 1ZYPA 2V61A 4M52A 4YTNA 2WOWA 4FX9A 1IUWA 3P4SA 4ADWA 2WQYA 4MNNA 2GF3A 3GWFA 1TRBA 4D03A 2OALA 1KNPA 3NLCA 3P4PA 4EQRA 4Y4MA 2IIDA 5FS6A 2BCPA 3FG2P 3O0HA 4OPGA 4C3XA 1E7PA 3DMEA 3DK8A 4K2XA 5JCIA 1E1KA 4YSYA 1E1LA 3SFDA 1XDIA 1CJ4A 2JB1A 3GMBA 1KFYA 3I6DA 3NHOX 2VOUA 3UTFA 2EQ8A 3LJPA 3DJGX 2YVFA 4PABA 4FK1A 2CVJA 3F8DA 2XFPA 1E39A 4AP3A 4B66A 3II4A 1CHUA 2Q6UA 4ZCCA 3UTEA 2JB2A 2BXSA 3AE2A 1OJAA 2XVHA 4USQA 5EB5A 1JNZA 3NN6X 2X8GA 3NN0X 1LQUA 3ALJA 1NHRA 5TR3A 2PYXA 1GV4A 3QJ4A 4GUVA 2WDQA 2BACA 5FS7A 3UKQA 1VG9A 3NG7X 3UKLA 4CCQA 5KVIA 2X99A 3URHA 1O94A 4CCRA 1TDOA 1E1NA 3BHKA 2WHDA 2UZZA 3AYLA 1L9EA 2WPEA 2IVEA 3GYJA 2CULA 3GYIA 1O95A 3UOZA 2RGHA 1EL7A 3AEAA 3AEEA 4JNQA 4U2TA 1TYTA 2HQMA 3RP8A 4CY6A 3RHAA 1H7XA 1JRYA 4B68A 4C77A 3UP5A 1RYIA 3KD9A 4CNJA 2V3BA 4Z43A 3AEGA 4J2WA 1H84A 2F5ZA 3L1RA 2H89A 1GRFA 3GWDA 3ISHA 4H4PA 3P1WA 1E6EA 2C70A 3AEDA 1PXCA 4IA6A 4NEWA 4B65A 3C4NA 2QCUA 3OC4A 3Q9TA 4EIQA 3CPJG 4TM3A 2VQ7A 3DA1A 4HB9A 5KXJA 2EQ6A 2YM1A 3CTYA 2YLSA 1TYPA 1ZMCA 3FIMB 3NK1X 4U2LA 4BK3A 3CGBA 5CKUA 2WBAA 2R0GA 1IUVA 3NNEA 5EOWA 3AXBA 3ALLA 4B64A 3HZLA 1L0VA 1F8SA 3GDPA 4WX1A 5C3JA 1GERA 1RSGA 3CNDA 3V3OA 3B3RA 3PS9A 2GVCA 3M0OA 3AWIA 3BNMA 4H50A 1UKVG 2J3NA 1PBCA 2C3DA 2Z5XA 3K30A 2RABA 3B6DA 3LZWA 3FMWA 3R9UA 2WOIA 1XANA 2YLWA 4TM1A 1JOAA 2WOVA 3IWAA 5M0ZA 3IC9A 3ICRA 4A6NA 1NPXA 2YM2A 5GRTA 1DNCA 3S5WA 3H4KA 2YR6A 2XLUA 3AYJA 2AQJA 3EF6A 4GDPA 4P9SA 4EM4A 2JKCA 3BI4A 2FJAA 4K8DA 4XXGA 1S3BA 1B8SA 4H7UA 3KVEA 2GAHB 1IUUA 4EIPA 4U8KA 1K4QA 4XWZA 1NHSA 4X9MA 2XFUA 3UP4A 4GR1A 2APGA 2FBWA 2R46A 4H2RA 3NYCA 4O5UA 1GRGA 2A8XA 1YQZA 1JRZA 2QA1A 1IUTA 3ADAB 2BA9A 3AE8A 1TDEA 4YTMA 5BULA 1XPQA 1GREA 3KU9A 2X8HA 2V60A 4YT0A 4A6NB 1JNRA 2V5ZA 1TDKA 2Z5YA 1CJ2A 4C74A 5KOXA 1Q1WA 2Q7VA 1AOGA 4IA5A 2GMJA 3DGZA 2XVIA 1SEZA 3AD8B 2BK5A 1KSUA 3NYFA 1CC4A 4B69A 2WEUA 1ZY8A 2X50A 1ZK7A 3CPIG 5EBKA 3UKAA 1XHCA 4ICYA 2IVDA 3AE1A 2I0ZA 3ZDNA 2GR2A 1CJCA 3FPZA 4A79A 3BNUA 2GV8A 1FCDA 5EB4A 4ECHA 2BS2A 4JQ9A 2ACZA 3NIXA 4Z24A 1MO9A 2YLZA 3G5QA 2C66A 1LPFA 3DGHA 3SQPA 2GR3A 2VVLA 3I3LA 1GRBA 4OCGA 1Y0PA 3AYIA 5HHFA 4OPCA 1YKJA 2YG4A 1D7YA 3ATRA 3DJDA 1PHHA 3IHGA 4E0VA 4EQXA 3IF9A 2VRMA 4Z2TA 1CL0A 1PDHA 1V59A 2ZZCA 1Y56B 4J33A 1H7WA 3PVCA 5FMHA 3GRTA 1PS9A 3SGLA 3GD4A 2TMDA 3AE5A 2YG7A 3K7TA 3AE7A 4A65A 4APNA 2BCGG 1TDFA 1QJDA 1Z6LA 4JY3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PJ6A 5KOWA 3R3EA 4BK2A 3NRNA 2JK6A 2GQMA 2MMOA 4MH2A 1AQXA 3HJOA 3GKXA 4NHZA 2F8AA 4X1UA 2HZFA 1XOBA 4YAVA 2E1MA 2BRAA 3VR9A 3CN8A 1IJHA 1GRXA 3L9UA 4H4YA 3PPUA 1CC2A 4Z44A 5CRDA 1K0IA 2GH5A 3SYIA 2IL3A 1HQOA 2C0GA 2OLNA 3H8IA 2XBQA 3IDVA 4CY8A 1OJ9A 2GSSA 2BTOT 1Z5YE 2OLOA 2H0IA 3TJBA 16GSA 4WXTA 1V40A 2PWJA 3GX0A 4G19A 1FEBA 4H4WA 3WGEA 3CNJA 2WESA 2A89A 1YJ6A 1YF0A 1L9DA 4AJ6A 1HD2A 1MDKA 3LG6A 2GR1A 4BK1A 1OKDA 2H75A 3AE4A 3NT6A 3C1RA 4BWQA 3CIRA 3CRTA 3KM6A 5JCLA 1D7LA 1EBDA 1GUKA 2PU9C 3A5WA 4O5QA 4RSLA 4AT2A 3JCML 3DGQA 4Z7XA 2YOIA 1GNDA 1P2HA 4KAEA 3M8NA 3UIWA 1FO5A 5J7XA 1ST9A 3LEFA 1BWCA 2LSTA 1JLWA 1DUGA 2YG3A 2DMMA 4H4UA 2YLRA 4WBRD 3EANA 3A2VA 4BURA 1J9BA 4FIWA 2B9YA 2WPFA 5ENUA 1GSYA 1KF6A 2C75A 2VD1A 3DMLA 3FBSA 2REMA 4ECCA 4J31A 5HY5A 1JU2A 1RQMA 4II3A 2OBKA 4NWYA 4BJYA 2IFQB 1M64A 1FECA 3NH3X 1EOGA 4Q5FA 2GSQA 2DJ2A 3IBHA 1BZLA 1GUHA 1YEPA 5FS9A 1ERTA 1SKSB 4OVIA 4YQUA 3UTHA 1A24A 3CGEA 4D04A 5F8BA 4G10A 2M46A 2BABA 3GX8A 3Q6JA 3GL5A 3EURA 4PXOA 3VURA 2IMKA 1TKDB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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