4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli k12
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1KFYA 4Z2TA 4YTMA 4JN9A 4USQA 4U8PA 1M64A 3NLCA 4A7AA 3GWFA 5BULA 4YKFA 2JBVA 2XVIA 2YM1A 3FPZA 3V76A 4APNA 3ATRA 2TPRA 1PBFA 1BZLA 3VRAA 1BGNA 3AEFA 1CJ4A 1GREA 2EQ7A 2UZZA 4Z44A 5KWFA 1DXLA 1L9DA 2GVCA 2WOIA 3KLJA 2GAGB 5JCKA 1N4WA 3AB1A 3WE0A 4K5RA 3GRSA 2XVJA 1ZMCA 4UDQA 2JB3A 1N4UA 4Y4LA 1TDOA 3IHMA 4U2SA 3NHOX 1Y56A 4IV9A 2APGA 4OCGA 5HYMA 5U25A 2BK4A 2WPCA 3AWIA 3ZDNA 4H4YA 1E1NA 1K4QA 1RYIA 2GEWA 3K30A 2Q6UA 4U8MA 2B7RA 3LB8A 3NTDA 1P2HA 4EMJA 2X50A 4JY3A 2V3AA 1CJCA 4XWZA 1QJDA 1F3PA 2V6OA 4M52A 1ZP0A 2DKIA 4AP1A 1Y56B 3UTFA 2VRMA 4GUVA 1LVLA 1EL8A 3CPJG 3B6DA 2FJEA 2BA9A 2C3DA 2Q7VA 2B9XA 3OC4A 5U1OA 3ITJA 5J60A 3AE8A 2FJDA 2Z5YA 1CC6A 1YQ3A 2YQUA 1H84A 4KX6A 3DK8A 4EM3A 3CNPA 3IHGA 1CJ2A 5FS8A 3SQPA 1F8RA 1KF6A 2W0HA 4TLZA 4K22A 4BK1A 1GTEA 2C7GA 3REDA 2WOWA 1H6VA 4IVOB 4B67A 3LOVA 4AP3A 1OJ9A 1DJQA 1S3EA 2EQ9A 4J34A 3G5SA 3ZYXA 3CPIG 3ICSA 4OPCA 2RGHA 1V59A 3SGLA 3UOVA 1RP0A 3R9UA 1COYA 1S3BA 3DK4A 4H4TA 1NEKA 4GDEA 1D4EA 3KPFA 2RGJA 4GCMA 3C4AA 2XVEA 3DMEA 1OJAA 4CY6A 3GYJA 3CN8A 3CNTA 3LJPA 1FCDA 1CHUA 1P2EA 4TM1A 2TMDA 4YSHA 1PS9A 2V60A 2WESA 1NPXA 3SM8A 2YG4A 3AYIA 1GTHA 3UP5A 4U8IA 3HZLA 4MJWA 5KXJA 4JNAA 1GRTA 1XPQA 3ALMA 1FECA 1DOCA 2YG5A 3G5RA 1BF3A 1E1KA 2RABA 3NYEA 3EAOA 1XANA 2PHHA 4IVMB 2FJAA 3UTEA 5KOWA 4DSHA 1VDCA 4X9NA 1S2YA 3ICRA 4X4JA 1BKWA 2XLRA 3GD3A 4E0VA 1JU2A 1NG4A 3EF6A 3M12A 3AE9A 2C3CA 3LZWA 5BRTA 1TDFA 2YVJA 2XYOA 4FX9A 4H2PA 1E7PA 1GEUA 4EQSA 1LJ1A 2C64A 2H88A 1ONFA 4NZHA 1EL7A 2V3BA 3IC9A 3P1WA 2WU5A 1Q1RA 1MOKA 1YY5A 2OA1A 1D4CA 2X99A 3CGEA 2WETA 5FS9A 3NGCX 4OPLA 4B64A 5JCMA 1K0LA 1FEBA 3CNDA 2VRLA 3DA1A 2B9WA 3S61A 1PBBA 4WX1A 3NRNA 2WHDA 4K2XA 1PJ6A 1Q1WA 5DBJA 2HQMA 4YWOA 3GMBA 1S2QA 1E1MA 2XVFA 1OJCA 3DGHA 1NHQA 3QSSA 4C3XA 1E39A 1Z6LA 3AD7B 3K7TA 4DGKA 4J56A 2QAEA 3SFDA 2ZBWA 2BABA 4UDRA 2YVGA 4GDPA 2XFPA 1ZOYA 4GF7A 4HB9A 3Q6JA 2Q0LA 2CVJA 5KVIA 3BI5A 1F8SA 2VVLA 2R4EA 1Y0PA 4USRA 1FEAA 2F5ZA 2R46A 2CULA 2XFUA 3UTGA 4A79A 4K8DA 4HA6A 1H86A 1DODA 4CRTA 1O5WA 4UDPA 1DNCA 3K7QX 4CY8A 1GV4A 4LU6A 1TDEA 1W4XA 1DOBA 1PBDA 1NAAA 3CIRA 2VZ2A 3QVRA 5GSNA 4EQRA 4YSXA 2GR0A 1PBCA 3PO7A 1GSNA 3GD4A 2Y6RA 2XLSA 4Z26A 1X31B 1ZMDA 2ZZBA 3PS9A 4IA6A 3UKLA 4BK3A 4N9XA 3V3OA 4ZCDA 3AEAA 1QLBA 2WPFA 3ADAB 1ZOVA 1CC4A 3D1CA 2X3NA 1KSSA 2X8GA 1MXTA 1YKJA 1D7YA 2XLTA 4Z2RA 1L9CA 1DOEA 1TYPA 2NVKX 4H2RA 1LQUA 1PBEA 3SFEA 2BXRA 1GALA 3COXA 3KU9A 4JQ9A 4YKGA 3AEEA 5C2TA 4EQWA 4CCRA 2B7SA 3CGBA 1PXBA 1UKVG 3T37A 5JCIA 1N1PA 2GR2A 2YAUA 3NK1X 3NYFA 4NEVA 4EMIA 2WDRA 4U8NA 1H81A 5J7XA 3CNSA 3NIXA 2BK3A 3QSEA 5HXIA 3BHKA 3JSKA 4XWRA 1IUWA 2A8XA 2XFNA 2GR3A 4RG4A 3QFBA 2C72A 4O5QA 2C76A 2C66A 3GWDA 1OJTA 1MO9A 2GAHB 1GRGA 2Y6QA 1KNRA 4UP3A 4BJZA 1F6MA 1RSGA 1KDGA 3M13A 4BURA 2QA1A 4U8JA 1IUTA 3B3RA 3NG7X 4YSZA 3AE5A 5M0ZA 2X8HA 2YM2A 1DJNA 2RGOA 1IJHA 3UP4A 2WBAA 1GRBA 3RP6A 1H7XA 4LIIA 2GF3A 3CGCA 4H4SA 2IVDA 3UKHA 4D03A 2V61A 3FMWA 3OZ2A 1LV0A 3AYLA 3NT6A 3AEBA 3KA7A 4I59A 1JNZA 4DSGA 1IUUA 1XHCA 3NK0X 4FDCB 4Y4NA 4EM4A 3AD8B 4YSYA 4FK1C 4OPGA 1AOGA 1ZY8A 1GPEA 1CF3A 3BI4A 4U2LA 4U8KA 4H4QA 5IQ1A 3FBSA 2A89A 3AE6A 1FOHA 2IVEA 5L46A 4YXDA 2WS3A 3D8XA 3S5WA 4NEWA 2WP6A 2YVFA 4XXGA 4NTEA 2YLXA 3IWAA 3ALLA 1ZX9A 1TDNA 2GQWA 2BS4A 5ER0A 2IIDA 4CBQA 1LPFA 2BACA 1F8WA 3I3LA 3F8PA 3RHAA 2YR6A 2QCUA 1EBDA 5EBKA 2A87A 1NHRA 1VRQB 4OVIA 4OPTA 1GRAA 5GRTA 2I0ZA 4B63A 1PN0A 3ISHA 4BV6A 1ZDLA 4ADWA 2YWLA 4REKA 4B66A 1YQZA 2R0PA 2CDUA 1E1LA 2GH5A 2GR1A 2JK6A 3GMCA 3KKJA 2OLOA 3LADA 4AT0A 3P4QA 3RNMA 2E5VA 4B68A 4C5OA 4B69A 4Z43A 2AR8A 4X9MA 3VR9A 2YR4A 3H4KA 3VR8A 3DGZA 3AE4A 3ATQA 3IF9A 4OPDA 4BJYA 3GDNA 4EIPA 4NTCA 2FBWA 1QO8A 2VVLG 3UCLA 5JCNA 2YG7A 4RG3A 3NN0X 3RP8A 1GOSA 4P9SA 2JB2A 4IA5A 4J33A 3PVCA 3FIMB 3QFAA 1B37A 2JB1A 2WPEA 3GSIA 3H8IA 4GRTA 1VG0A 3AE3A 4D04A 4A5LA 4GR1A 4J2WA 1OJDA 4CNKA 3AECA 3UKKA 1O94A 3Q9TA 2VVMA 3M0OA 5CKUA 3UOYA 4EQXA 1ZKQA 5KRQA 2C73A 1B5QA 2BS3A 2C67A 2J3NA 3UKQA 4I58A 3UKPA 1JRYA 2GB0A 3DJEA 3UKAA 2E4GA 2ACZA 2O9ZA 2VQ7A 1H83A 3ABVA 3LZXA 2YLSA 4BK2A 3DK9A 4TM0A 2ARDA 2V5ZA 4H50A 2YLWA 5EB5A 5HHFA 5CQFA 4MNNA 2Z5XA 1ZK7A 3AEDA 2XCGA 3P4PA 4H4ZA 4JNQA 3VQRA 1JOAA 4H4VA 4H4UA 2AAQA 3ALJA 1JRXA 1PJ5A 4JY2A 4A6NA 4PABA 2WDVA 5BUKA 2R45A 3AE7A 4JDRA 4K7ZA 2WDQA 3P9UA 5FS6A 1NDAA 3P4SA 3I6DA 1PXAA 3BHFA 3DJGX 2YG6A 2GMHA 4YT0A 5FMHA 4TM4A 4C77A 3GYIA 3DH9A 1TYTA 3FG2P 3AE2A 2BC1A 2YLTA 4FK1A 3G5QA 2WQYA 1BWCA 3URHA 2CFYA 3H8LA 2XFQA 3DJJA 2XLUA 1LQTA 2JKCA 3KD9A 1LTXR 1VQWA 3UKFA 3QJ4A 4B1BA 1K0IA 3NK2X 3F8DA 2AQJA 2YG3A 1YQ4A 2E1MA 4H2QA 2C75A 4OPUA 4AOXA 5BVAA 3F8RA 2WEUA 3ICTA 2YLZA 4U2TA 3EPTA 2R4JA 5EB4A 4TLXA 3RP7A 4O5UA 3UOZA 1L9EA 2DKHA 3UTHA 2VOUA 4H4WA 5M10A 4B65A 3E1TA 1N4VA 2ZZ0A 3CGDA 3II4A 4ZCCA 5EOWA 4A65A 1EL5A 1GXFA 2BC0A 1ELIA 2C65A 2ZZCA 3UOXA 1GNDA 2WP9A 2XDOA 2XVHA 2YR5A 3AEGA 2R0GA 2XLPA 1KNPA 3VRBA 4A6NB 4EIQA 2GV8A 2OAMA 1PXCA 3C4NA 1GESA 2BCPA 4H4XA 4ECHA 1NENA 3BNMA 1K0JA 5C3JA 4H4PA 4A99A 3CTYA 4AOSA 1NG3A 1NHPA 4NTDA 3GDPA 4J31A 4AT2A 2PYXA 4C74A 4CNJA 3QSMA 1HYUA 4Z24A 2B9YA 1B8SA 1E6EA 2NPXA 3AXBA 3BI2A 1IUXA 1CL0A 2WP5A 1IUSA 2GRTA 3K7MX 3LXDA 4WCTA 1VG9A 1PHHA 4YTNA 2JAEA 4U8OA 4J57A 2BXSA 1PJ7A 4H4RA 5KOXA 2B76A 5FS7A 3NKSA 3P4RA 2Q0KA 5HY5A 3O0HA 2EQ6A 4Z2UA 1BGJA 4ICYA 1SEZA 3EANA 2X8CA 1TRBA 3C96A 4RSLA 1D4DA 1REOA 5IQ4A 1D5TA 2XFOA 5JCLA 1GERA 3V3NA 2C70A 4Z25A 1IUVA 1D7LA 1KSUA 4H7UA 2QA2A 3AE1A 3KVEA 1GT8A 3L8KA 1O95A 5U63A 4EMWA 1GETA 2BCGG 3GRTA 3DJDA 3AYJA 2OLNA 3CNJA 4K5SA 4PAAA 3AD9B 5TR3A 1JEHA 2WU2A 3NN6X 4C3YA 4DNAA 3BNUA 1GRFA 1B4VA 2OALA 2EQ8A 4CCQA 5KVHA 5LV9A 2WOVA 4ZN0A 2FJBA 2H89A 1CBOA 1FL2A 1L0VA 2BS2A 1EL9A 1H82A 2R9ZA 2BK5A 4U8LA 4YTPA 1ZYPA 1CC2A 1GRHA 3NNEA 1XDIA 2GQFA 3CPHG 1M6IA 4Y4MA 3NYCA 1CJ3A 4KPRA 1Q9IA 1TDKA 2VQBA 1PDHA 2GMJA 4TM3A 1H7WA 4A9WA 3NTAA 3NH3X 4OPIA 2R0CA 1ZYNA 3QVPA 2YLRA 4H2NA 3VRDB 4LA1A 1JRZA 3L1RA 5IPYA 1NHSA 2BYBA 1JNRA 4J36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ECIB 1OC9A 4Z2TA 4JN9A 1OKDA 3UOMA 4IS0A 1XVQA 2H1GA 3GWFA 5BULA 3V76A 2XVIA 4APNA 4ILFA 5DDLA 4DSRA 3DIEA 3VRAA 2HLSA 3AEFA 3APSA 5HR0A 1GULA 2GVCA 3F9UA 3FR9A 2GAGB 5JCKA 1N4WA 3AB1A 3WE0A 3GRSA 3N5OA 4UDQA 2WRTA 1N4UA 2AAWA 1USBA 5B6MA 4U2SA 3NHOX 1Y56A 4OCGA 4Y4LA 2WZ9A 5HYMA 4J57E 2CVKA 2BK4A 3HYVA 1E1NA 2GEWA 3FKFA 2Q6UA 20GSA 2OADA 1A24A 3NTDA 2X50A 5D9TA 1QJDA 3HJMA 1A0FA 1SJ6A 3UTFA 2VRMA 3ERWA 5HFGA 5J9BA 3F4TA 2P0GA 1B9YC 3P2AA 3J7Yk 3MYDA 3ZLPA 2WDUA 4EM3A 5DAKA 4JR4A 3UBLA 2W0HA 2B1KA 4K22A 4Q5QA 2RM6A 4IVOB 5ECMB 2EQ9A 1DJQA 3HVNA 5CYYA 1XOAA 4KAEA 2KLXA 4GAVA 3SGLA 2YV7A 4G74A 4P3YB 3QFAC 3R9UA 1COYA 1S3BA 4H4TA 1NEKA 4O7HA 2LQQA 2MBTA 3KPFA 1GUMA 3C4AA 1WOUA 10GSA 4KGIA 3UAPA 3M8NA 4MK3A 2R37A 4AF2A 3H8QA 3HA9A 2B7KA 2MZCA 11GSA 3ALMA 1FECA 5KMRA 4PX1A 4POBA 1XANA 4ZL8A 2JZSA 4TOPA 4GLTA 4X4JA 4LL4B 1BKWA 2XLRA 1JU2A 3T31A 5BRTA 3FZ9A 3GL5A 4EQSA 3BCIA 2H88A 2H66A 5D96A 1YY5A 5FS9A 1D4CA 2WETA 4OPLA 1K0LA 2B9WA 6GSVA 4K2XA 2VCZA 3NRNA 3IXRA 3VURA 1Q1WA 2DIZA 1ERUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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