The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
199
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sequence length |
568
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structure length |
568
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Chain Sequence |
ADNLAEFHVQNQECDSCHTPDGELSNDSLTYENTQCVSCHGTLAEVAETTKHEHYNAHASHFPGEVACTSCHSAHEKSMVYCDSCHSFDFNMPYAKKWLRDEPTIAELAKDKSERQAALASAPHDTVDVVVVGSGGAGFSAAISATDSGAKVILIEKEPVIGGNAKLAAGGMNAAWTDQQKAKKITDSPELMFEDTMKGGQNINDPALVKVLSSHSKDSVDWMTAMGADLTDVGMMGGASVNRAHRPTGGAGVGAHVVQVLYDNAVKRNIDLRMNTRGIEVLKDDKGTVKGILVKGMYKGYYWVKADAVILATGGFAKNNERVAKLDPSLKGFISTNQPGAVGDGLDVAENAGGALKDMQYIQAHPTLSVKGGVMVTEAVRGNGAILVNREGKRFVNEITTKDKASAAILAQTGKSAYLIFDDSVRKSLSKIDKYIGLGVAPTADSLVKLGKMEGIDGKALTETVARYNSLVSSGKDTDFERPNLPRALNEGNYYAIEVTPGVHHTMGGVMIDTKAEVMNAKKQVIPGLYGAGEVTGGVHGANRLGGNAISDIITFGRLAGEEAAKYS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
FLAVOCYTOCHROME C
|
| publication title |
Kinetic and crystallographic analysis of the key active site acid/base arginine in a soluble fumarate reductase.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Shewanella frigidimarina
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
199
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| structure length |
568
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| sequence length |
568
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
1.3.5.4: Fumarate reductase (quinol). |
| pdb deposition date | 2001-08-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00890 | FAD_binding_2 | FAD binding domain |
| A | PF14537 | Cytochrom_c3_2 | Cytochrome c3 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 | Flavocytochrome C3; Chain A | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 | Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RHA A; 2DKH A; 2WPF A; 4FK1 A; 1NG3 A; 1NHQ A; 3AEG A; 2OAL A; 3G5S A; 4JY2 A; 1CJ2 A; 3AYI A; 3DK9 A; 3NK0 X; 3BHK A; 4CBQ A; 1Q9I A; 3LG1 A; 2X8H A; 4JNA A; 5U1O A; 1GTE A; 3EAN A; 3IF9 A; 1DXL A; 1YQ4 A; 1ZOY A; 1ZP0 A; 3DGZ A; 4BK1 A; 3RP7 A; 4Z2U A; 3NG7 X; 2V3B A; 4K5R A; 2VR0 A; 1TDE A; 3UKA A; 2JKC A; 4GRT A; 4D03 A; 1S2Q A; 2YQU A; 3IHG A; 3DME A; 4UDQ A; 3B3R A; 4HA6 A; 5KVI A; 1PJ7 A; 3E1T A; 2B9W A; 1OJA A; 1LPF A; 1K0I A; 1QLB A; 2GR0 A; 1LQT A; 3Q9T A; 1CJ4 A; 2X3N A; 3ALL A; 2YG4 A; 1NHS A; 3UP4 A; 4C3Y A; 1ZDL A; 2BAB A; 4DSH A; 4YSZ A; 4GDE A; 2JB2 A; 3CPH G; 4Z44 A; 4FX9 A; 3NNE A; 4YTM A; 3L1T A; 1D4D A; 4K2X A; 4A5L A; 2YR6 A; 1F8S A; 2VRM A; 1N4W A; 3MMO A; 4EIP A; 1FT6 A; 2EQ9 A; 1FOH A; 3GM6 A; 2BC0 A; 4YKF A; 2PYX A; 4PAB A; 5HXI A; 2XLR A; 3LZW A; 3AD7 B; 4XWZ A; 5TR3 A; 4K5S A; 2XFO A; 2YLX A; 2A87 A; 2YVG A; 4J34 A; 4X9M A; 3S5W A; 5HYM A; 3H8I A; 4B64 A; 2C66 A; 2FJB A; 5ER0 A; 2WET A; 5HHF A; 1FS7 A; 1F8W A; 1L9C A; 4K7Z A; 2AR8 A; 3GRS A; 1H84 A; 1D7Y A; 1D5T A; 2OAM A; 2BA9 A; 1M1P A; 1B8S A; 1ZMC A; 3DH9 A; 3P4Q A; 3VR9 A; 2GRT A; 5FS8 A; 1E1L A; 2YVJ A; 4Q0T A; 1JNR A; 3KLJ A; 4RSL A; 3UCL A; 4AOS A; 4ADW A; 4CCQ A; 3G5R A; 5IQ4 A; 1PN0 A; 3B6D A; 3CPJ G; 5CQF A; 2AQJ A; 1IUW A; 1VRQ B; 3IWA A; 1TDF A; 3VRA A; 2WQY A; 3NN6 X; 1DJN A; 1XAN A; 3GMC A; 2VOU A; 2WU5 A; 1M64 A; 2XLU A; 3UKH A; 3GRT A; 4CNK A; 3II4 A; 5IQ1 A; 1FEB A; 2O9Z A; 4PAA A; 1V59 A; 3F8P A; 4WCT A; 2R4E A; 4A6N A; 4EQX A; 4EIQ A; 1K0J A; 1N4U A; 3GD4 A; 1L0V A; 4C77 A; 3KD9 A; 1FEC A; 4AP1 A; 1M1R A; 4GF7 A; 4A9W A; 4BUR A; 2V3A A; 3DJD A; 5EB5 A; 1DNC A; 2C7G A; 4U8O A; 3NT6 A; 5GSN A; 2IVD A; 4Q4U A; 1H86 A; 3K7T A; 3UTE A; 1NEK A; 2V61 A; 3PVC A; 2ZO5 A; 3AXB A; 4ICY A; 3K7M X; 3L8K A; 2J3N A; 1X31 B; 3LZX A; 3ALM A; 4TLZ A; 2WOI A; 3UTG A; 1E1N A; 3UTF A; 2LFC A; 2C72 A; 1GRB A; 2BXS A; 4KPR A; 4X4J A; 1CHU A; 3ITJ A; 3UBR A; 1PBD A; 2YWL A; 5LV9 A; 3RNM A; 1N4V A; 2YG6 A; 3D1I A; 4JN9 A; 3FIM B; 1H6V A; 2GQW A; 1D4E A; 4B65 A; 3P4S A; 2AAQ A; 2Q7V A; 3AE4 A; 3BNU A; 3AE2 A; 4Z26 A; 4HB9 A; 5KXJ A; 5M0Z A; 4E0V A; 4L3X A; 1CBO A; 2CUL A; 3P9U A; 4KX6 A; 1GND A; 2HQM A; 1JRY A; 4OVI A; 3CNS A; 5DBJ A; 5KVH A; 2YR5 A; 3GWD A; 3JSK A; 3P4R A; 3SQP A; 3GYJ A; 4YSH A; 1YQZ A; 2WBA A; 3LOV A; 2FJE A; 2WES A; 4WX1 A; 4BK2 A; 2C3D A; 3BI4 A; 4JY3 A; 2DKI A; 4M52 A; 4U8J A; 3FG2 P; 1RP0 A; 3SGL A; 1NAA A; 1H81 A; 2XVH A; 3OWM A; 1EL5 A; 2GQF A; 3VR8 A; 5BUL A; 1HYU A; 4TM1 A; 1FT5 A; 1FS8 A; 1PXC A; 2ZZB A; 1BKW A; 2GH5 A; 4IA5 A; 4AOX A; 3BI2 A; 3AEB A; 2BK3 A; 3ABV A; 2UZZ A; 1OJ9 A; 2I0Z A; 2YR4 A; 1PJ5 A; 1ZY8 A; 1TYP A; 2RAB A; 3C4A A; 4H4X A; 2C67 A; 3AD8 B; 3KA7 A; 4OPD A; 4BK3 A; 5JCK A; 3UOY A; 4LII A; 3NH3 X; 5U25 A; 3NKS A; 2R0C A; 2XLP A; 2H88 A; 4CNJ A; 1QDB A; 3QFA A; 4H4Y A; 3T37 A; 1K0L A; 4BJZ A; 2Q6U A; 3UOZ A; 3K30 A; 3NRN A; 3VRB A; 5EB4 A; 3AE3 A; 4Q1O A; 4U2T A; 4UDP A; 1NHR A; 1DOB A; 4OPI A; 1SP3 A; 5JCL A; 3BI5 A; 3NK1 X; 2NPX A; 1NG4 A; 4J36 A; 1EL8 A; 3RP8 A; 1DOC A; 5BVA A; 4U8N A; 3AWI A; 1D4C A; 1JNI A; 4UP3 A; 2XDO A; 4NTC A; 3LXD A; 1F8R A; 1S3B A; 2Q0K A; 3NTD A; 4O5U A; 3CNP A; 4BJY A; 1S2Y A; 4JQ9 A; 2Z5Y A; 4CCR A; 3UKP A; 2OLO A; 2A89 A; 2YG7 A; 2OA1 A; 3NIX A; 1TDK A; 4B68 A; 2C73 A; 2JB3 A; 1UKV G; 2XFQ A; 2WOW A; 3V3O A; 1LVL A; 1GXF A; 5CKU A; 2BAC A; 2Q0L A; 4J31 A; 4EMJ A; 1F6M A; 4Y4L A; 2X50 A; 1VG9 A; 1CJC A; 1FCD A; 3PO7 A; 3AE8 A; 4IVO B; 1OJC A; 4B63 A; 3ICT A; 5JCI A; 3CIR A; 1KDG A; 3EPT A; 3AD9 B; 2NVK X; 4IA6 A; 4DGK A; 2BS4 A; 2GF3 A; 3COX A; 3BNG A; 3DJE A; 4GUV A; 3O0H A; 1ZKQ A; 3PS9 A; 2WS3 A; 1KNP A; 1CC2 A; 3AEA A; 3QVR A; 4JDR A; 5JCN A; 1N1P A; 1BGN A; 3KU9 A; 2JB1 A; 3ISH A; 4H4S A; 1EBD A; 1GTH A; 3UKL A; 5KRQ A; 4H2P A; 3UKQ A; 3LJP A; 4K8D A; 3UOV A; 2J7A A; 1XDI A; 1PXA A; 2WP9 A; 4RG3 A; 2X8C A; 2WPE A; 3V76 A; 1PBE A; 3GMB A; 2QA1 A; 4H4Z A; 2E1M A; 2YM2 A; 3RP6 A; 1B4V A; 4YWO A; 4U8M A; 1GT8 A; 4A65 A; 3OC4 A; 1IUT A; 2BK5 A; 3DK4 A; 3UU9 A; 4L3Y A; 2OT4 A; 2F5Z A; 1SEZ A; 4FK1 C; 4DNA A; 1ELI A; 4ECH A; 5J60 A; 1CJ3 A; 1D7L A; 2PHH A; 4YSY A; 4ZN0 A; 1F3P A; 2TPR A; 2XVF A; 4ZCC A; 2B9X A; 2R0P A; 4J2W A; 4B1B A; 4YXD A; 1GRG A; 5FS7 A; 2JK6 A; 2WDQ A; 4OPG A; 2XLT A; 5FS6 A; 4D04 A; 2V5Z A; 2RGJ A; 4P9S A; 2APG A; 1DOE A; 1Q1R A; 4H4Q A; 4N9X A; 3S61 A; 4ZCD A; 3H4K A; 3BNM A; 2XLS A; 1H7W A; 3AED A; 1Y56 A; 3NTA A; 4H2N A; 1ZX9 A; 1B5Q A; 1KF6 A; 1EL7 A; 1PJ6 A; 2GEW A; 4U8L A; 2BC1 A; 4GR1 A; 4OPT A; 3F29 A; 1GPE A; 1GSN A; 1CF3 A; 2BCG G; 1XPQ A; 3AYJ A; 3AE1 A; 3FPZ A; 1AOG A; 2BS2 A; 2V60 A; 4WJY A; 3QJ4 A; 1MXT A; 4IV9 A; 4K22 A; 1MOK A; 2YLT A; 3CGB A; 3LB8 A; 2V6O A; 2B76 A; 4NZH A; 3LGQ A; 1GOS A; 1E1K A; 1JRZ A; 2A8X A; 1VG0 A; 2C65 A; 2BS3 A; 3FO3 A; 3M12 A; 2E81 A; 2VVM A; 5BUK A; 4H4V A; 3GWF A; 2XVJ A; 1CC6 A; 3M0O A; 1NEN A; 1LJ1 A; 1GAL A; 1PDH A; 2JAE A; 4H4W A; 3GYI A; 3V3N A; 2ZZ0 A; 4C74 A; 2CVJ A; 3AEF A; 2FJD A; 4USQ A; 2B7R A; 4XWR A; 2WPC A; 2WHD A; 4YTN A; 3SCE A; 3AE7 A; 2VVL A; 4H50 A; 1JNZ A; 4Q5C A; 3AEC A; 3F8R A; 4C3X A; 5HY5 A; 1PBB A; 2YLW A; 4TM4 A; 4A6N B; 4Z2T A; 1Z6L A; 3D1C A; 2WP6 A; 3IHM A; 1COY A; 1TRB A; 3NGC X; 4I58 A; 3GSI A; 4EM3 A; 2R46 A; 2XVI A; 1NPX A; 1FEA A; 4EMI A; 2GR3 A; 4Z2R A; 2VQB A; 3OZ2 A; 1S3E A; 4TLX A; 3GD3 A; 3NHO X; 4TM3 A; 4EQR A; 2C64 A; 1RYI A; 1XHC A; 1OAH A; 3L1R A; 1IUS A; 2WDR A; 5JCM A; 1VQW A; 3NK2 X; 1PBC A; 1OJT A; 2OLN A; 2B7S A; 2E80 A; 3RED A; 1H82 A; 4OPU A; 1LQU A; 3ICR A; 2XCG A; 3DJJ A; 4FDC B; 3C4N A; 3CGC A; 2Y6R A; 2B9Y A; 1TDN A; 2ZBW A; 1L9E A; 1O94 A; 2C3C A; 2WOV A; 1IUV A; 1BWC A; 2BK4 A; 5KOW A; 1M1Q A; 3CND A; 2R4J A; 2BYB A; 1PXB A; 1YY5 A; 3CNT A; 2Y6Q A; 2YM1 A; 2VZ2 A; 2X99 A; 3BHF A; 4NEV A; 4EMW A; 3DGH A; 3SXQ A; 3I6D A; 2C70 A; 3ALJ A; 4USR A; 1IUU A; 1QJD A; 1EL9 A; 4H4P A; 3FMW A; 4H7U A; 4JNQ A; 3ZYX A; 1H7X A; 2GB0 A; 2K3V A; 2GAH B; 2QA2 A; 1OJD A; 4U8I A; 2GAG B; 3AB1 A; 4EM4 A; 4B69 A; 2YLZ A; 3BNJ A; 4BV6 A; 3CGE A; 4H4T A; 1ZK7 A; 2Z5X A; 4Q17 A; 1O5W A; 4U2L A; 2ACZ A; 4A79 A; 1E39 A; 1GEU A; 5U63 A; 3VQR A; 5KOX A; 1RSG A; 4A99 A; 3URH A; 4AT2 A; 2TMD A; 4H4U A; 3S7W A; 2GMH A; 2C76 A; 3H8L A; 4U8P A; 2XYO A; 4CRT A; 1GRF A; 2EQ7 A; 3CN8 A; 3AE5 A; 4CY8 A; 1GET A; 1KFY A; 1JRX A; 2GR2 A; 3BNF A; 2EQ8 A; 4J57 A; 4NTD A; 4RG4 A; 3SFD A; 2FJA A; 2GV8 A; 3Q6J A; 3QSM A; 4C5O A; 4YT0 A; 1E6E A; 2GR1 A; 1BZL A; 2XFU A; 3ATQ A; 1O95 A; 2BCP A; 3CTY A; 4U8K A; 1YQ3 A; 4X9N A; 4A7A A; 4DSG A; 1GU6 A; 4MJW A; 4OPL A; 1PS9 A; 1GRA A; 4O5Q A; 1CL0 A; 1IJH A; 1MO9 A; 5KWF A; 2H89 A; 1KSS A; 3TTB A; 3IC9 A; 4AT0 A; 2XFP A; 3I3L A; 2E4G A; 3AE9 A; 1GER A; 2QAE A; 1GRT A; 3KKJ A; 2VVL G; 5J7X A; 3DJG X; 1VDC A; 3QVP A; 4U2S A; 3K7Q X; 4EQW A; 4YSX A; 1NHP A; 3UOX A; 1TDO A; 2YVF A; 1QO8 A; 1TYT A; 4Q5B A; 3EAO A; 3G5Q A; 3EF6 A; 4H4R A; 3BNH A; 2XFN A; 1CC4 A; 1ONF A; 2WDV A; 3DA1 A; 3M13 A; 1ZOV A; 5GRT A; 2VQ7 A; 3P1W A; 4Z25 A; 2E5V A; 2YG5 A; 4AP3 A; 2CFY A; 3GYX A; 1PBF A; 1DJQ A; 4Y4N A; 4OPC A; 3CGD A; 2IID A; 4NTE A; 1B37 A; 3AYL A; 3UTH A; 2RGO A; 4YKG A; 1KNR A; 2ZZC A; 1JEH A; 1E7P A; 3UKF A; 2WU2 A; 3P4P A; 3WE0 A; 3CNJ A; 2WP5 A; 2RGH A; 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1LV0 A; 4B67 A; 5EOW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RHA A; 2DKH A; 2WPF A; 4FK1 A; 1NG3 A; 1NHQ A; 3AEG A; 2OAL A; 3G5S A; 4JY2 A; 1CJ2 A; 3AYI A; 3DK9 A; 3NK0 X; 3BHK A; 4CBQ A; 1Q9I A; 3LG1 A; 2X8H A; 4JNA A; 5U1O A; 1GTE A; 3EAN A; 3IF9 A; 1DXL A; 1YQ4 A; 1ZOY A; 1ZP0 A; 3DGZ A; 4BK1 A; 3RP7 A; 4Z2U A; 3NG7 X; 2V3B A; 4K5R A; 2VR0 A; 1TDE A; 3UKA A; 2JKC A; 4GRT A; 4D03 A; 1S2Q A; 2YQU A; 3IHG A; 3DME A; 4UDQ A; 3B3R A; 4HA6 A; 5KVI A; 1PJ7 A; 3E1T A; 3SZW A; 2B9W A; 1OJA A; 1LPF A; 1K0I A; 1QLB A; 2GR0 A; 1LQT A; 3Q9T A; 1CJ4 A; 2X3N A; 3ALL A; 2YG4 A; 1NHS A; 3UP4 A; 4C3Y A; 1ZDL A; 2BAB A; 4DSH A; 4YSZ A; 4GDE A; 2JB2 A; 3CPH G; 4Z44 A; 4FX9 A; 3NNE A; 4YTM A; 3L1T A; 1D4D A; 4K2X A; 3SYI A; 4A5L A; 2YR6 A; 1F8S A; 2VRM A; 1N4W A; 3MMO A; 4EIP A; 1FT6 A; 2EQ9 A; 1FOH A; 3GM6 A; 2BC0 A; 4YKF A; 2PYX A; 4PAB A; 5HXI A; 2XLR A; 3LZW A; 3AD7 B; 4XWZ A; 5TR3 A; 4K5S A; 2XFO A; 2YLX A; 2A87 A; 2YVG A; 4J34 A; 4X9M A; 3S5W A; 5HYM A; 2BRA A; 3H8I A; 4B64 A; 2C66 A; 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