2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
molecule tags Oxidoreductase
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
1FECA 2UZZA 2YVJA 2C75A 4J31A 4Z25A 3P4QA 2CULA 3ATRA 3LZWA 3B3RA 4AOXA 1B8SA 4IVMB 2R4JA 4J2WA 5KOXA 4GDPA 1BWCA 2YLRA 5KVIA 4BJYA 1RP0A 2WDRA 2VRMA 3LXDA 2XFQA 2AQJA 4J56A 3CNDA 1MO9A 1JRXA 2OA1A 4JY2A 3BHFA 1DOEA 1X31B 3ADAB 2GAHB 1GPEA 2ZBWA 3FMWA 2XVEA 3RP7A 4DSGA 3CNTA 4Z44A 1E1MA 1D4CA 2VRLA 4JY3A 1D7YA 3NHOX 2E1MA 1GREA 4ZCDA 5CKUA 1YKJA 2YG3A 4OPLA 3KPFA 2GR3A 4MJWA 2YAUA 2XLTA 5IQ4A 3GD4A 3CPIG 1E1NA 1E7PA 1EBDA 4H4PA 4ICYA 5U63A 4C5OA 1YQZA 1PS9A 4TLXA 2YG5A 2WESA 3DJDA 3ZYXA 1NEKA 5KVHA 4NTDA 2APGA 4HA6A 4A7AA 3PVCA 4ECHA 4YT0A 1E1LA 1P2HA 4H4ZA 4H4YA 3UP4A 3HZLA 4PAAA 3KA7A 4OPCA 4EM4A 2C3CA 2WHDA 2BK5A 1DNCA 3ICTA 2BYBA 2Y6RA 3LZXA 3QFAA 3UKKA 2A87A 2X50A 2BC1A 1BF3A 2X8GA 3AYIA 4U2SA 4C3YA 3AEEA 4IA5A 2GEWA 2GF3A 2B7RA 3NIXA 2GMJA 3DK4A 1M64A 1GTHA 1Y56B 4CCRA 5BRTA 4UDPA 5EOWA 1GXFA 3RP6A 4K5SA 3SFDA 3NTDA 4ADWA 1FCDA 2E5VA 2BS3A 2QCUA 5HXIA 3KKJA 2C66A 4LIIA 3NN6X 3NK2X 2XDOA 4OPIA 4AP3A 4APNA 4JNQA 2WBAA 2XYOA 1CF3A 4NTCA 5IPYA 4A6NB 4H4WA 4D04A 4EIPA 2DKIA 4J57A 3SGLA 1TDOA 2B76A 2GH5A 2NVKX 1MXTA 4N9XA 4D03A 1LQTA 2WPFA 4U8PA 4IV9A 4U8LA 2Z5XA 2B9XA 1F6MA 3DK8A 4Y4LA 2XLPA 1RYIA 4NEVA 4YWOA 2R4EA 1GERA 2BS2A 3BI2A 1PBCA 3B6DA 3ALJA 4UP3A 4BK1A 2Q0LA 2X8HA 3G5QA 5KOWA 1S2QA 2EQ9A 4K7ZA 3GMCA 2YR6A 1REOA 3K7MX 4H2NA 1GOSA 1CBOA 4ZCCA 1E1KA 4A9WA 2GQWA 3E1TA 5EBKA 3CPJG 2BXRA 3PO7A 4X9MA 1H83A 3NNEA 4TM3A 2YLTA 2YVGA 4USRA 4REKA 1LV0A 4U8OA 4H2QA 1F8RA 2VOUA 3GWFA 3UKQA 1BKWA 2B7SA 4YSZA 1ZY8A 3EANA 2WP9A 2OAMA 3BNMA 1D7LA 4GF7A 1UKVG 1NPXA 4U2LA 1DXLA 2WPCA 2HQMA 1Z6LA 4H2PA 3ALLA 2EQ8A 2OLOA 3D1CA 2OALA 2XVIA 2YR4A 2B9WA 2WOWA 1FL2A 3AEFA 1GEUA 1CC4A 1H6VA 1XDIA 1H86A 2JB2A 4LU6A 2DKHA 1H84A 3IWAA 3UOXA 3NKSA 3GMBA 1P2EA 2WDVA 4FDCB 1N1PA 1NG3A 1CC6A 3AYJA 5ER0A 2A89A 3M0OA 1ZDLA 4O5QA 2VVLG 3GYJA 4CRTA 4H4VA 4EQWA 1V59A 1JOAA 1NHRA 1TYPA 4H4TA 3V76A 1L9DA 3VQRA 4C3XA 4CBQA 2JAEA 1S2YA 5HYMA 3QFBA 1PBEA 2H88A 4AT0A 1ZP0A 1ZOYA 1LPFA 3UKHA 1GRBA 2VQ7A 4YSXA 1TRBA 2FJBA 3NGCX 2ZZCA 4FK1C 1GSNA 2GRTA 3L1RA 3NLCA 1PHHA 5M0ZA 1Q1WA 3QJ4A 3FIMB 2GR2A 3FPZA 4IA6A 4B67A 3CPHG 3G5SA 1BGJA 4BURA 2VQBA 3AE3A 4BK3A 2YR5A 3F8DA 3FG2P 3IHMA 5JCNA 4H2RA 1CJ2A 3DJJA 3NYCA 4EQSA 4Z24A 1MOKA 2WOIA 3UP5A 4UDRA 2C72A 3UKAA 2V6OA 2XFNA 1K0JA 3BI4A 4IVOB 1PJ7A 5EB5A 3H4KA 2B9YA 3O0HA 4B66A 5U1OA 4EQXA 4I58A 2BC0A 1N4UA 4NZHA 1M6IA 1B4VA 4H7UA 3AE4A 2BK3A 1ELIA 5KXJA 1OJCA 3AE8A 3CNSA 3IC9A 2Y6QA 3KU9A 1VG0A 4GUVA 2IVEA 1YQ4A 2TPRA 3C4AA 3UTGA 2YQUA 3AE7A 4USQA 2EQ6A 3H8LA 2ARDA 4A5LA 2Z5YA 2CVJA 1JEHA 3UTFA 3QVPA 2V3AA 3AE6A 4K2XA 1KFYA 1RSGA 1QO8A 4CY8A 4O5UA 2R0CA 2XVFA 2XLUA 3DGHA 3T37A 2E4GA 3V3NA 1SEZA 4A65A 4B68A 3LJPA 4RG3A 3IF9A 2OLNA 1LTXR 2A8XA 3JSKA 5HY5A 3P4SA 1JNRA 2XVHA 2X99A 1E39A 3BHKA 2V60A 2RABA 3GDNA 3F8RA 3PS9A 2VZ2A 3RP8A 4JDRA 5M10A 4YTNA 4NTEA 1XPQA 3AEBA 3UCLA 3GWDA 3LB8A 3AEGA 2C67A 2BS4A 3M13A 3Q9TA 1GT8A 3GDPA 4PABA 2GAGB 2WP6A 3SM8A 3L8KA 4OVIA 2FBWA 1ZOVA 2R0GA 3DGZA 4X9NA 2JKCA 2YVFA 3ITJA 4OCGA 3KVEA 3S5WA 3GD3A 1IUXA 4Y4MA 3SQPA 3I6DA 1B5QA 1O94A 3I3LA 3ICRA 1TYTA 1VQWA 4BV6A 1NG4A 1O5WA 4KPRA 1NAAA 2V3BA 3URHA 2O9ZA 1GTEA 2WPEA 3ZDNA 5FS6A 1H81A 1YY5A 2BXSA 4OPDA 3AEAA 1BZLA 2IIDA 3REDA 5BULA 1IUSA 3ATQA 5CQFA 2YM1A 2YLZA 2RGHA 3EAOA 3AD8B 3II4A 1W4XA 2BACA 1CHUA 1PN0A 4B1BA 1ZKQA 4CCQA 1TDFA 3DK9A 1HYUA 3V3OA 2I0ZA 2YG7A 4H4XA 4J34A 3AD7B 1OJAA 3DJEA 2X3NA 1CC2A 3F8PA 3QSEA 4OPGA 4P9SA 1B37A 4DSHA 1Y0PA 4WX1A 4JN9A 2CFYA 2Q7VA 3AEDA 3GSIA 2IVDA 1GETA 4Y4NA 5JCKA 3S61A 3NYFA 5BVAA 3AE9A 4RSLA 2Q0KA 2YWLA 4YKFA 2H89A 3WE0A 1N4WA 3EF6A 1DJQA 2QA2A 3KD9A 3NYEA 4BK2A 1TDKA 1LVLA 3NTAA 1L9CA 4YKGA 1AOGA 3CGEA 4GCMA 3UTEA 2Q6UA 3EPTA 3M12A 4ZN0A 5KRQA 4Z2TA 3NK0X 1ZMDA 4E0VA 3DA1A 5FS7A 3AB1A 3GRTA 2GB0A 2YLWA 5HHFA 3UOZA 4H4RA 2JK6A 2YLXA 4EM3A 3NT6A 4K5RA 1OJDA 1ZMCA 4TLZA 1VG9A 3FBSA 1S3BA 4RG4A 1GRHA 3NH3X 2ACZA 2GR1A 2GVCA 4LA1A 3CN8A 3NK1X 1NDAA 4NEWA 4CNJA 2GQFA 3AYLA 4K8DA 4DNAA 1ZK7A 3C4NA 2GMHA 3AWIA 3QSMA 3UKLA 5DBJA 4JQ9A 1L0VA 1NHPA 2NPXA 1EL7A 2YLSA 3AE5A 4H50A 3VR8A 2RGJA 4C77A 4M52A 2AAQA 1LQUA 2V5ZA 5BUKA 1GALA 3UOVA 2YG4A 5GSNA 2YG6A 2XFPA 4TM0A 4U8MA 1PXCA 2GR0A 2YM2A 3AECA 3NRNA 3UOYA 1IJHA 4B69A 1EL8A 1PXBA 4YTMA 2R46A 2CDUA 2XVJA 3K7QX 5JCLA 3ALMA 1PJ6A 3KLJA 4C74A 5EB4A 2AR8A 1XANA 2XLSA 4J36A 4U2TA 1L9EA 4EMWA 3NG7X 1GRTA 3BI5A 1PXAA 4J33A 4X4JA 1E6EA 3DMEA 2C76A 4B65A 3VRAA 3AE2A 2GV8A 1FEBA 4TM4A 3VR9A 4A99A 4Z2UA 4XXGA 2JB1A 4YSYA 5C2TA 1GRAA 1F8WA 3QSSA 2WEUA 3AXBA 1K0LA 3SFEA 5C3JA 4I59A 5FS9A 2X8CA 2RGOA 1EL5A 4UDQA 1DOCA 4AOSA 4EIQA 5J7XA 1GNDA 3BNUA 4XWRA 4EQRA 1ONFA 2XFOA 3OZ2A 3IHGA 4KX6A 3VRBA 2VVLA 4H4QA 1F3PA 3UKPA 4BJZA 1YQ3A 3LOVA 1D5TA 1NHQA 3H8IA 4XWZA 4U8KA 4DGKA 4OPTA 1JU2A 2QAEA 1CL0A 5JCIA 2BA9A 4U8JA 1COYA 1XHCA 2XCGA 5FS8A 1FEAA 2C7GA 5TR3A 1LJ1A 3K30A 1Q9IA 1KDGA 3G5RA 4JNAA 5FMHA 1TDEA 4HB9A 1Q1RA 3CGCA 3UKFA 1PBBA 5L46A 1QLBA 2C70A 4A79A 1H7XA 2R45A 3OC4A 1KNRA 1EL9A 1OJ9A 4H4UA 3P1WA 3ICSA 4CNKA 1CJCA 2PHHA 3AE1A 4CY6A 3LADA 1Y56A 2VVMA 2C73A 2R0PA 1JRYA 1DOBA 2BCGG 3K7TA 2W0HA 2R9ZA 4AT2A 2ZZ0A 3CGDA 3ABVA 4GR1A 2JBVA 1IUTA 2WS3A 3CGBA 1NENA 3DH9A 4B63A 3P4PA 4YSHA 2BK4A 4A6NA 3QVRA 1OJTA 1PDHA 2BCPA 4B64A 3UTHA 3DJGX 4U8NA 3CTYA 5LV9A 1QJDA 1BGNA 1H82A 1IUUA 2C64A 2FJDA 2WQYA 1O95A 3P4RA 5J60A 4H4SA 1GRGA 1D4DA 1TDNA 1CJ3A 4WCTA 2ZZBA 4TM1A 3R9UA 5JCMA 1F8SA 1KSUA 2WETA 1KNPA 3D8XA 3AD9B 5U25A 2PYXA 4EMJA 3CIRA 1GRFA 1PBFA 2FJEA 3P9UA 1ZX9A 4EMIA 2J3NA 1S3EA 4Z26A 4Z2RA 2WU2A 4AP1A 4YTPA 1KSSA 1JRZA 1VDCA 1NHSA 2XFUA 1VRQB 2WP5A 2XLRA 4FK1A 4Z43A 4YXDA 1K0IA 3CNPA 4GDEA 1DJNA 4K22A 1IUVA 1GESA 1N4VA 1PJ5A 1FOHA 2V61A 2WU5A 3GRSA 3ISHA 2FJAA 2JB3A 3COXA 2F5ZA 1H7WA 3NN0X 4FX9A 4GRTA 2BABA 3RHAA 1CJ4A 2TMDA 1GV4A 3CNJA 4U8IA 4OPUA 1D4EA 3VRDB 1IUWA 1PBDA 3RNMA 2C65A 2WDQA 3Q6JA 5GRTA 2C3DA 2QA1A 1DODA 5KWFA 2EQ7A 3GYIA 1KF6A 1K4QA 3C96A 1JNZA 2WOVA 5IQ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SXIA 2LJKA 3P4QA 3ATRA 3LZWA 2ON5A 2QC7A 3B3RA 1B8SA 3TGZA 3D4MA 4EO3A 4G73A 4NPBA 5D9XA 1RP0A 2WDRA 3EMXA 5AN1A 2OA1A 2YWMA 2GAHB 1SJ6A 4N0ZA 3EYTA 4DSGA 4Z44A 4EC0A 4JY3A 5COHA 1D7YA 3NHOX 1GSEA 2ES7A 2QGVA 2CZ2A 4ZCDA 1Y25A 1JZOA 4OPLA 2C3NA 2GR3A 2LJAA 1A8YA 3IV4A 4H4PA 1IYIA 4C5OA 4EF0A 4N0VA 1TI1A 1NEKA 3ZYXA 1Z6NA 6GSSA 4HA6A 4A7AA 1E1LA 1F37A 4K9ZA 2WHDA 2OJLA 5IO2A 2BK5A 1DNCA 2IMEA 2Y6RA 2CQ9A 2X8GA 2BC1A 3IK7A 4C3YA 1MDJA 2H1DA 3GTUB 2L57A 2GF3A 2H19A 2GMJA 3DK4A 5IMVA 1QXHA 2PERA 5BRTA 1GTHA 4CCRA 4UDPA 5EOWA 1GXFA 4IJ3A 2F8AA 4G19A 5HXIA 2C66A 1V2AA 4OPIA 1YJ6A 1PKWA 4JNQA 5IPYA 4HOJA 5IPHA 4D04A 2NDOA 3TJFA 1EP7A 4J57A 3SGLA 4L5LA 1TDOA 1MXTA 3DRNA 4G9HA 4U8PA 2HI7A 4IV9A 3PH9A 2Z5XA 2B9XA 2REMA 3T2YA 2J23A 1RYIA 2R4EA 2FLSA 3RPPA 1PBCA 1S3CA 3ALJA 2X8HA 3CQFA 5KOWA 1S2QA 2EQ9A 4K7ZA 1C72A 2YZUA 1REOA 2CA8A 1CBOA 3IR4A 5DQYA 4MJCA 4X9MA 2BXRA 1XPVA 4PGTA 3PO7A 2YVGA 4USRA 4HSCX 2YV9A 1TU8A 2L4QA 4FQUA 1BKWA 2DBCA 3EANA 1K0MA 1TP9A 3SWLA 2OAMA 3FZ5A 1D7LA 5KMPA 2CAQA 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4NHZA 3UCLA 4OCFA 4OFNA 2C67A 3Q9TA 1A23A 3APOA 4ILFA 4PABA 3GDPA 2WP6A 2YWNA 3ZREA 1VE9A 2HT9A 3QFAC 3LORA 2C0FA 2WZ9A 4XS6A 2YVFA 3EU3A 2V2GA 3GX0A 3KTBA 3I6DA 1PFOA 2YJHA 5JWQB 1SYRA 1Z6MA 1NG4A 1BEDA 3URHA 1NAAA 5D9VA 1RQMA 4Q5FA 2WPEA 3ZDNA 5FS6A 1YY5A 4XS4A 1HQOA 4TR3A 3UOMA 2WFCA 3HHVA 1IUSA 3R3EA 3Q6OA 2RGHA 1CHUA 4PUAA 1F9MA 2R3XA 4HUAA 4CW9A 3GV1A 1HYUA 1CQGA 2YG7A 4GQCA 2HRNA 1F6MC 3DJEA 3ZRDA 1B37A 4XRDA 2YCDA 4JN9A 2CFYA 4PURA 2Q7VA 2FGXA 3TJKA 2LEGA 3GSIA 3M1GA 1VF2A 2H6XA 3M3MA 1KBNA 3ISOA 4RSLA 3LYKA 5G5FA 2H89A 3WE0A 4MJBA 3EF6A 5ECNB 1CQHA 1LVLA 4YKGA 2RUEA 1DSBA 1PQNA 3UTEA 5KRQA 4IHUA 2LNTA 3DA1A 3DVWA 3VWXA 3AB1A 2GB0A 1T1VA 5AISA 2YLWA 3UOZA 1SKWB 2OE3A 4H4RA 1HNAA 2AYTA 1TK8B 4K5RA 4TLZA 1YZXA 4RG4A 1GRHA 1O6JA 2GR1A 4LA1A 2GVCA 2E2MA 3NK1X 1NDAA 4NEWA 4HU7A 4CNJA 3ME7A 2JADA 3AYLA 1PX7A 3QSMA 2XC2A 3UKLA 4KA0A 4JQ9A 1ERWA 2OKAA 1NHPA 1EL7A 4C77A 4BWQA 2RGJA 4MH3A 2P5QA 1SK0A 3EWLA 4ECIA 2YG4A 2QSIA 1PMTA 3QFBC 2YG6A 3AECA 1IJHA 1TTZA 2H0HA 3HDCA 2R46A 4L8EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SXI A;  2LJK A;  3P4Q A;  3ATR A;  3LZW A;  2ON5 A;  2QC7 A;  3B3R A;  1B8S A;  3TGZ A;  3D4M A;  4EO3 A;  4G73 A;  4NPB A;  5D9X A;  1RP0 A;  2WDR A;  3EMX A;  5AN1 A;  2OA1 A;  2YWM A;  2GAH B;  1SJ6 A;  4N0Z A;  3EYT A;  4DSG A;  4Z44 A;  4EC0 A;  4JY3 A;  5COH A;  1D7Y A;  3NHO X;  1GSE A;  2ES7 A;  2QGV A;  2CZ2 A;  4ZCD A;  1Y25 A;  1JZO A;  4OPL A;  2C3N A;  2GR3 A;  2LJA A;  1A8Y A;  3IV4 A;  4H4P A;  1IYI A;  4C5O A;  4EF0 A;  4N0V A;  1TI1 A;  1NEK A;  3ZYX A;  1Z6N A;  6GSS A;  4HA6 A;  4A7A A;  1E1L A;  1F37 A;  4K9Z A;  2WHD A;  2OJL A;  5IO2 A;  2BK5 A;  1DNC A;  2IME A;  2Y6R A;  2CQ9 A;  2X8G A;  2BC1 A;  3IK7 A;  4C3Y A;  1MDJ A;  2H1D A;  3GTU B;  2L57 A;  2GF3 A;  2H19 A;  2GMJ A;  3DK4 A;  5IMV A;  1QXH A;  2PER A;  5BRT A;  1GTH A;  4CCR A;  4UDP A;  5EOW A;  1GXF A;  4IJ3 A;  2F8A A;  4G19 A;  5HXI A;  2C66 A;  1V2A A;  4OPI A;  1YJ6 A;  1PKW A;  4JNQ A;  5IPY A;  4HOJ A;  5IPH A;  4D04 A;  2NDO A;  3TJF A;  1EP7 A;  4J57 A;  3SGL A;  4L5L A;  1TDO A;  1MXT A;  3DRN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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