2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
molecule tags Oxidoreductase
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
5FS8A 4YKGA 1IUUA 4EMJA 2WDRA 4Z2RA 2B7RA 1PBDA 4EM4A 1DJQA 1YQ3A 2BACA 2V61A 3VR8A 5BUKA 2VVMA 3M12A 3SM8A 4ICYA 1ONFA 3GYIA 3QJ4A 1B5QA 3VR9A 1H82A 2X8HA 1YY5A 1OJ9A 1JRYA 3CN8A 4B1BA 4DSHA 1QO8A 2XLUA 4X9MA 1GRBA 4PAAA 1TRBA 2ARDA 4REKA 4OPDA 3F8DA 5LV9A 2YVGA 1UKVG 1ZDLA 4HA6A 1S3EA 1S2QA 5KVHA 1NDAA 2RGJA 1OJAA 4YTMA 1IUVA 3LXDA 3NYFA 2YR6A 4CNJA 3ALMA 4M52A 1Q1RA 1SEZA 1VRQB 1REOA 1D7LA 3URHA 1PXAA 3QSEA 2XFOA 3ICTA 5FS6A 2JKCA 3DJDA 1K0JA 4GDPA 4CNKA 5KOXA 1ZOYA 2QAEA 2XLPA 3UP5A 2PHHA 3KVEA 4A79A 1F3PA 2QA1A 3ABVA 1Y56A 2VRMA 3AEBA 3K7QX 3NHOX 2AQJA 3P4RA 2YLWA 4EQRA 3IF9A 4EM3A 1GNDA 2GRTA 3C96A 4IVOB 1JRZA 1IUWA 4GCMA 2YVFA 4GR1A 2HQMA 4BK3A 4JY3A 1N4WA 1BGNA 3G5QA 3HZLA 2FJEA 3BI5A 2WOIA 4DSGA 3CNSA 1PBFA 3AE1A 1PJ7A 1Y56B 2EQ7A 3AEDA 3CTYA 1GEUA 2NVKX 3GYJA 1CL0A 3IC9A 3DK9A 4DNAA 3EAOA 1GSNA 4B65A 4CRTA 5ER0A 4B68A 3CNJA 1EL5A 1GTEA 4BK1A 1L0VA 4CY6A 2VQ7A 3KLJA 1DOEA 3IHMA 1HYUA 1L9CA 3AE5A 4U8IA 3WE0A 1NG3A 4TM0A 2R0GA 4AOSA 4BV6A 4YWOA 3KD9A 3KA7A 4KPRA 4H50A 1LQUA 3CNPA 3LZWA 3B6DA 4GF7A 4J33A 2WOWA 3ICSA 1CBOA 3PO7A 2R45A 2XLTA 3KPFA 4TM3A 4D03A 4NEVA 1PN0A 2H88A 3UKHA 5KXJA 2V3BA 1D5TA 4OPTA 1LTXR 1TDOA 5U25A 2GMJA 2V5ZA 3AE8A 1H83A 2TMDA 5JCKA 2YM1A 1D4CA 2Z5YA 5KVIA 3REDA 3CNTA 3CGBA 2GH5A 5BULA 2BK5A 2BXRA 1DODA 1CJ4A 2C7GA 3NTAA 2X3NA 2YR5A 4APNA 2X99A 1MXTA 4I58A 2YG5A 4Y4MA 4OPIA 3JSKA 3DGHA 2X50A 3QFBA 4LU6A 2WU2A 1ZKQA 2A8XA 3K30A 3H4KA 2EQ8A 3S5WA 3UOYA 4U2LA 3QFAA 5JCNA 4B69A 3P4QA 4EMWA 2BK4A 5C2TA 1KSSA 1S3BA 1RP0A 2IIDA 3QVRA 4U8KA 3AE3A 2BCGG 4OPGA 2R46A 2Q7VA 2X8CA 3KKJA 1V59A 5GSNA 1PXCA 1BGJA 1DOBA 3NRNA 3DJGX 4C77A 1N1PA 2YVJA 4H4TA 2GAGB 3II4A 4K5SA 1Z6LA 3AEFA 4YKFA 4CCQA 1ELIA 2GR2A 3C4NA 4H7UA 4Z2TA 1CJ3A 2BC0A 3QVPA 4Z43A 1P2EA 2Q0KA 4LIIA 3RP8A 1CJ2A 4UDPA 5HYMA 4KX6A 5EB4A 2B9XA 2BCPA 3UKPA 2E5VA 3FIMB 1H7XA 1IUXA 3BNUA 3GD3A 3IWAA 4GUVA 3I6DA 2YM2A 3NN0X 4K8DA 3V76A 4C74A 2JB1A 2WP5A 2XVIA 4C3YA 5KOWA 1EL9A 3L8KA 4A6NA 2XCGA 3L1RA 3VRBA 2BS3A 1DJNA 1GETA 1PBBA 2OLOA 2WESA 3FMWA 4Z2UA 2C76A 1COYA 3FPZA 3RP6A 2Y6RA 4N9XA 2JBVA 2JB2A 3QSSA 4JNQA 3UKLA 2RGOA 2Y6QA 4BURA 2WEUA 3P1WA 4Y4NA 3RP7A 4A6NB 3NT6A 4FK1C 4Y4LA 5FS7A 3P4PA 2XLSA 2YQUA 2GF3A 1GESA 1MO9A 1O94A 5JCLA 3AE7A 4XWRA 3V3NA 1MOKA 4ZN0A 3AB1A 1NHSA 2WETA 2I0ZA 2WDQA 5GRTA 2IVDA 4NEWA 1EBDA 1JRXA 3UTFA 3UKQA 4JN9A 4OPLA 3PVCA 3VQRA 1NAAA 2H89A 3H8LA 1D4DA 3ADAB 3AYLA 3DH9A 3F8PA 1NHRA 2AAQA 3IHGA 2BXSA 3CIRA 2GQFA 3K7TA 1XDIA 2TPRA 3DJJA 2XVHA 4HB9A 2CULA 1ZX9A 1GERA 1PHHA 1ZY8A 3ATQA 3NH3X 3UP4A 3CPJG 2GAHB 5HXIA 2E4GA 4P9SA 4H4UA 2WS3A 2BABA 3EF6A 3F8RA 3BHKA 3GDPA 3SQPA 3CNDA 5FMHA 1RSGA 3LJPA 4CBQA 4H2QA 3BI4A 4FDCB 4U2TA 1TYPA 3ALJA 1K4QA 2YG7A 2OLNA 2X8GA 3DGZA 3D1CA 3ITJA 4AP3A 2OA1A 4J36A 3V3OA 2W0HA 1Q1WA 5EB5A 4DGKA 4CY8A 5J60A 3NYEA 4IVMB 5M10A 2BA9A 1GTHA 4AOXA 4H4WA 1CC6A 4NTDA 1QJDA 4BJYA 1E1NA 2GR1A 3ALLA 2QCUA 4H4QA 1P2HA 4H2NA 1KDGA 3GWFA 4H2RA 2C66A 3GSIA 3NN6X 1LVLA 3T37A 4EQWA 1LV0A 1NG4A 3KU9A 4YXDA 2E1MA 4BK2A 4RG3A 2FJBA 2WHDA 3UCLA 3NTDA 1XHCA 3UOXA 1GRGA 3COXA 1B8SA 4H4PA 3AEEA 1GXFA 3E1TA 2VVLA 1LJ1A 4LA1A 4D04A 2WPCA 2R4JA 1TDEA 4YT0A 5TR3A 3UKAA 3UTHA 2AR8A 1L9EA 1GRHA 2YLSA 3UKFA 2FJAA 2WU5A 3CGCA 4RG4A 4IA5A 1B37A 3AECA 1TDKA 4AT0A 2WBAA 5CQFA 2WQYA 4OPCA 2B76A 1S2YA 2RGHA 3AYJA 2A89A 1TYTA 4FX9A 4FK1A 4U8PA 5HHFA 5BVAA 4EQSA 2YLRA 1GRAA 1KSUA 3NGCX 1RYIA 2VOUA 2YWLA 2Z5XA 3H8IA 4JQ9A 2BS4A 3AEAA 4E0VA 5DBJA 2XVFA 4O5QA 5EOWA 5CKUA 2XYOA 3C4AA 4IA6A 4WCTA 3GMCA 1ZOVA 4X9NA 4JDRA 1E1MA 1TDFA 1PJ6A 3VRAA 1GRFA 3LZXA 4J2WA 1CF3A 2BC1A 2ZZCA 2ACZA 1PBCA 1KF6A 4AP1A 3DA1A 1IJHA 4TM4A 4U8LA 4K22A 4NZHA 4K2XA 4BJZA 1E39A 4YSHA 1ZP0A 1IUSA 2XLRA 2R9ZA 4U8OA 2APGA 4B64A 2J3NA 2VRLA 4GDEA 1OJCA 3UKKA 4EMIA 1D7YA 2IVEA 2XFNA 3D8XA 2C73A 3B3RA 3LADA 3AE9A 4B67A 3I3LA 2XFQA 1QLBA 3AD9B 1BWCA 3AXBA 3NLCA 1F6MA 2BYBA 3CGEA 3SGLA 3AD8B 2ZBWA 3AD7B 4A9WA 1LPFA 5JCMA 2YG3A 1JOAA 2R4EA 3AE2A 1BKWA 2ZZ0A 1DNCA 3DK4A 3SFEA 1JNZA 4H2PA 3NK0X 2C70A 1VG9A 1ZK7A 2YLTA 2F5ZA 1F8RA 1JU2A 2C64A 1KNPA 1PDHA 3AYIA 4U8JA 1F8WA 2YLZA 1D4EA 1BF3A 2FJDA 2XDOA 1GREA 1N4UA 3DK8A 4A7AA 2B7SA 1NEKA 4J31A 3O0HA 3OZ2A 4PABA 4H4RA 5L46A 2V60A 2QA2A 1H81A 1CJCA 1GALA 2WOVA 4A99A 1GT8A 4C5OA 2VZ2A 2FBWA 4U2SA 1Y0PA 3NKSA 2JB3A 4OVIA 5J7XA 3DMEA 1E6EA 1NHQA 1VG0A 2C3CA 1BZLA 2CDUA 1E1KA 2V6OA 3NK1X 4H4VA 4K5RA 5IQ1A 4UDQA 4NTCA 4XXGA 4A65A 2WDVA 4J56A 4O5UA 1KNRA 3AEGA 2GR0A 1JEHA 2VQBA 4JY2A 2B9WA 2C3DA 1FOHA 3QSMA 3R9UA 4YTNA 1ZMDA 2YG4A 4CCRA 1OJTA 1GPEA 2CFYA 3S61A 5C3JA 2YLXA 1CHUA 4GRTA 4YSXA 2V3AA 3PS9A 4Z44A 3LOVA 3OC4A 3DJEA 5U63A 3ZDNA 4I59A 2JAEA 4A5LA 1O5WA 1EL8A 2WPFA 4TLXA 5BRTA 3NNEA 3G5SA 4ADWA 4IV9A 4WX1A 1VQWA 1PJ5A 2GR3A 2Q6UA 1FCDA 3SFDA 1M6IA 4U8MA 5M0ZA 2CVJA 3NG7X 2C67A 2ZZBA 1NENA 4U8NA 2OAMA 3AE4A 2YG6A 2GB0A 1L9DA 3M0OA 3GDNA 2JK6A 1YKJA 3ZYXA 4J57A 2C75A 2EQ6A 4OPUA 4UDRA 4J34A 2Q0LA 3GRSA 1NHPA 3FG2P 5U1OA 3P9UA 3Q6JA 4ZCDA 4AT2A 2XVJA 5KRQA 2B9YA 3CPHG 1XANA 2DKHA 1PBEA 4X4JA 4YSZA 2C72A 3BHFA 2BK3A 3LB8A 4TLZA 1PXBA 2XFPA 4TM1A 4XWZA 1X31B 4USQA 1FL2A 1IUTA 3UTEA 2OALA 4EQXA 4Z25A 1CC4A 1VDCA 1AOGA 3GRTA 4Z26A 3M13A 3GD4A 3RNMA 1H7WA 3AE6A 3EPTA 3VRDB 4YSYA 2VVLG 4USRA 4RSLA 1DOCA 2BS2A 1FECA 1F8SA 1H84A 1N4VA 2GVCA 3NIXA 2YR4A 2XVEA 1W4XA 1K0LA 5EBKA 3G5RA 3UOVA 3FBSA 2NPXA 1K0IA 4JNAA 5IQ4A 1XPQA 2WP9A 2YAUA 4NTEA 2PYXA 4H4SA 1GOSA 1PS9A 2GEWA 1Q9IA 3Q9TA 1EL7A 4OCGA 4B63A 3GMBA 4H4XA 2O9ZA 4H4ZA 2GMHA 1E1LA 2R0PA 3P4SA 2XFUA 3UOZA 4ZCCA 2GV8A 3ISHA 1GV4A 1FEAA 1CC2A 2WPEA 3EANA 3UTGA 1H6VA 4B66A 3ICRA 1JNRA 4Z24A 1FEBA 1GRTA 1OJDA 2R0CA 5HY5A 4MJWA 2EQ9A 1H86A 4UP3A 2WP6A 4EIPA 3NYCA 1M64A 4ECHA 4C3XA 3GWDA 2RABA 4EIQA 5IPYA 3NK2X 1LQTA 5FS9A 1YQZA 3BI2A 3RHAA 1NPXA 3AWIA 3K7MX 4K7ZA 2DKIA 1B4VA 1YQ4A 2C65A 1KFYA 2GQWA 2UZZA 1E7PA 4YTPA 3CPIG 5KWFA 1O95A 3BNMA 3CGDA 2A87A 1DXLA 1ZMCA 4H4YA 1TDNA 3ATRA 5JCIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BL7A 4YKGA 4Z2RA 1O6JA 1EV4A 4KB3A 3EVIA 2VVMA 4ICYA 3TKSA 1ONFA 3GYIA 4TXOA 4ML1A 1B5QA 4XIHA 2QGVA 5H5QA 4B1BA 4BVYB 2FWGA 2XLUA 3ZFLA 1AQXA 3MWHA 4GSTA 4OPDA 5LV9A 4KDYA 2YVGA 1UKVG 1ZDLA 2M72A 2O85A 1S2QA 1WE0A 2IMEA 1NDAA 1OJAA 4YJGA 3LXDA 2QC7A 2YR6A 2IMKA 14GSA 1WWJA 4K7OA 1SEZA 1REOA 1OKDA 4ZL9A 3QSEA 2H74A 1C0IA 4ZILA 2JKCA 3DJDA 2ZNMA 3EU4A 4HJ2A 4GDPA 3KMNA 2H0IA 2QAEA 2WB9A 4PUFC 3WD6A 13GSA 4G9KA 3E9JB 4A79A 1K0CA 3AEBA 2HXKA 4I8BA 4K9ZA 2HSMA 3IC4A 5AISA 3ERWA 1TKDB 4ZBBA 2IWTA 2M46A 1G0TA 4GR1A 2L5OA 2HQMA 5HR2A 1BGNA 3ZL5A 3G5QA 5IOXA 7GSSA 3VFIA 3CTYA 1GEUA 2NTOA 1PKZA 3IC9A 3W4IA 3F4RA 4X43A 3DK9A 4DNAA 1GSYA 5ER0A 3F3QA 2L6CA 3HYXA 3IV4A 2VQ7A 1L9CA 1HYUA 2DMMA 4U8IA 1MD3A 1KNGA 4MH2A 1PX7A 1EZKA 2R0GA 4MZWA 4K8MA 3KZQA 3B6DA 4J33A 3EMXA 4N0ZA 5LNKe 2KP2A 4D03A 2GT5A 3EMPA 5D9TA 5ENUA 3J7Yb 2V3BA 4OPTA 1LTXR 5JCUA 1TDOA 5U25A 2RUEA 3GSTA 3TGZA 1XWBA 2XBIA 3AE8A 1H83A 1R26A 4OCFA 2MBSA 5JCKA 2YM1A 2Z5YA 1PN9A 2GH5A 4MJCA 5IM9A 1DODA 1CJ4A 2BK5A 2GGTA 2BXRA 2C7GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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