2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
3NK0X 2B7RA 4JY2A 3P9UA 1Q9IA 1VG0A 4AP3A 4BURA 1P2EA 1Q1WA 2H88A 3L8KA 2VQBA 4Z2RA 2F5ZA 2XLPA 5IQ4A 4U8MA 1BF3A 1Y56A 4CY6A 1H82A 3BHFA 3KU9A 4GDPA 3REDA 2XVHA 1O94A 3BI4A 2QA2A 1FEBA 2X50A 4ZCCA 1ZMCA 3BNMA 3AWIA 5C2TA 5HHFA 3FMWA 1PDHA 2Y6RA 4U2SA 4Y4NA 1E1NA 3AEDA 5HYMA 1PJ6A 2NPXA 1H86A 1NDAA 3AE4A 3NLCA 1D5TA 3AE2A 1NHRA 2GR2A 1GOSA 5CKUA 3NTAA 1DJNA 1E39A 1JRXA 2OLOA 3UOVA 2GRTA 2GR1A 3QSMA 4U8KA 5KVIA 1LPFA 3DK8A 1KDGA 3NIXA 1KSSA 1YQZA 4O5UA 5HY5A 1PBFA 1DNCA 1TYTA 2V6OA 4CNKA 2RABA 1EL9A 1KFYA 2XLSA 3E1TA 4CCQA 4EQWA 4BK1A 2H89A 2GF3A 2YR6A 3KVEA 2GVCA 4P9SA 2WPCA 2RGJA 5U25A 3LXDA 1CJ4A 4HB9A 3UP5A 3CGBA 1RSGA 2YG4A 4UDRA 2WDVA 3SFDA 1PXAA 3DJEA 1Q1RA 1Y56B 1FL2A 2GR3A 2BK4A 1CL0A 1GV4A 1VQWA 2C65A 1BZLA 1KNPA 3M12A 4OPTA 3UKAA 5JCIA 1HYUA 4CNJA 1ZY8A 1JNZA 3OZ2A 1ZDLA 4A79A 1PBBA 2AQJA 5L46A 4MJWA 3VR8A 5IPYA 3KKJA 1DJQA 1PS9A 3NH3X 3VRDB 1E1LA 2R4EA 3G5RA 3VR9A 1NHSA 1TYPA 2YLWA 2BS4A 3P1WA 4TM1A 1D4EA 4JNAA 3AB1A 1IUUA 3VRAA 3KLJA 2W0HA 4B65A 2YLRA 3CNSA 4C5OA 5TR3A 3GSIA 3LZWA 3UP4A 3UCLA 1IUVA 2BK5A 1JNRA 4YWOA 1MO9A 5EBKA 2WP6A 1ZKQA 1ZMDA 2YVFA 2JBVA 4Z26A 1CJ2A 2WHDA 2FJDA 3L1RA 3NT6A 1N4WA 2YG7A 1D7LA 1BKWA 1SEZA 3GRSA 3AE8A 4FX9A 5ER0A 1CC4A 4H2NA 3AD9B 1GPEA 3UOYA 1GESA 4Z2TA 3AYIA 2EQ9A 5J60A 1D7YA 2CVJA 1B4VA 4B68A 3NN0X 3AXBA 3UKFA 1PBEA 3ICRA 4RG3A 1CF3A 2BK3A 2C3CA 2WDQA 3DA1A 4B63A 1PBDA 4GCMA 4DGKA 2GAHB 5HXIA 2BXRA 3EPTA 3AE1A 4EM3A 3CNPA 4DSGA 1D4CA 4H2PA 1RYIA 2B7SA 1LTXR 2QAEA 4AP1A 3BI5A 2VRMA 2WP9A 4NEVA 4Z44A 3IC9A 2EQ6A 5FS6A 2A87A 3UTFA 4B69A 1ZP0A 4Z24A 3F8PA 3AD8B 1H6VA 3CNTA 2C3DA 2GV8A 4FK1A 3NK1X 2YLTA 3AE9A 3K30A 2ACZA 5BRTA 3DJGX 5FS9A 2JB1A 2VOUA 1GTEA 2XVIA 3G5QA 2XFNA 4TLXA 3RP8A 1BWCA 4A65A 2VVLG 3SGLA 2WOWA 4B1BA 2C64A 2WPEA 1TRBA 2BCGG 3RP6A 2Q0KA 3CIRA 3AYLA 4BV6A 4NTDA 3IHGA 1GNDA 4M52A 1PN0A 2E4GA 2BYBA 5BULA 1NG3A 1L9DA 1PJ7A 3AD7B 3NHOX 3DH9A 3NNEA 1KF6A 3H8LA 2HQMA 2JKCA 4H2RA 2ZZCA 2A89A 1EL7A 2DKHA 1GRGA 3ATRA 4Y4LA 5JCKA 1QJDA 2OALA 4PABA 1H81A 2YLXA 4USRA 4DNAA 2OA1A 4N9XA 2YVGA 1F8SA 2Z5YA 1X31B 4YT0A 1PBCA 3AE7A 2C7GA 3ISHA 1DOEA 2FJEA 4IA6A 5BUKA 2GMJA 2Q7VA 1LQUA 1H83A 2ZBWA 1H7WA 3AEBA 4ZN0A 2GR0A 4EIPA 5FS7A 4A7AA 1GALA 3BNUA 4UP3A 3V3NA 5KRQA 1O5WA 4JDRA 5BVAA 4A6NA 1H7XA 4U8PA 4U2TA 4D04A 3VQRA 3B6DA 1CJ3A 1XPQA 3R9UA 1EBDA 4EIQA 4CRTA 3K7MX 1O95A 4WCTA 1FECA 2XYOA 2GB0A 1TDOA 1NHPA 2ARDA 3BHKA 3JSKA 3ALMA 4K2XA 2WS3A 4YKFA 2WEUA 4H4SA 1LVLA 2BCPA 2YQUA 1GRAA 1Z6LA 1TDEA 2XCGA 3H8IA 1V59A 4JY3A 3NYEA 4J57A 3UKKA 4JN9A 1L9EA 3CPIG 3DJJA 1OJAA 4YSZA 2YG6A 4Z25A 3NKSA 4HA6A 1JU2A 5CQFA 4OPCA 3RHAA 1REOA 2WDRA 1VDCA 4YXDA 2YM1A 3AEGA 4K5RA 2CULA 3RNMA 5JCLA 1B5QA 4CBQA 2J3NA 2B9YA 1ONFA 1YQ4A 4KX6A 4IVOB 2BC0A 3CPHG 3UOXA 4Z43A 5KOXA 1OJTA 1NHQA 2WESA 5KVHA 2BS2A 4JNQA 4U8LA 3H4KA 1EL8A 3LJPA 4TM4A 1L9CA 1F3PA 1ZK7A 3F8RA 3CGDA 2ZZBA 4OPGA 4X9NA 2IVDA 5JCMA 2FJAA 4EMJA 2C76A 1LQTA 4USQA 2JAEA 3SQPA 3GMCA 1JOAA 1GT8A 3I6DA 1NG4A 4U8JA 3FBSA 3NGCX 1OJ9A 2JB2A 4XWRA 3K7QX 4H4QA 2VRLA 3II4A 4YSYA 2DKIA 2RGOA 2EQ7A 3ZYXA 1QLBA 4A99A 4ECHA 2VVMA 2V60A 3GWFA 3S5WA 1YQ3A 2B76A 3GRTA 4NTCA 4TM3A 5DBJA 1YKJA 4I58A 2I0ZA 2X99A 3LOVA 2WOVA 2C73A 4EM4A 4EQSA 3NYFA 3KA7A 2CFYA 4XXGA 1ZOYA 1IUSA 1DOBA 1S2QA 2GAGB 2TPRA 4OPUA 4PAAA 1W4XA 4LU6A 4NTEA 2TMDA 2WQYA 5LV9A 1F8WA 1S3BA 2X8GA 5KWFA 3AEEA 4Y4MA 3QFBA 4APNA 1NENA 1TDFA 2BACA 3NG7X 1PXCA 1S2YA 2C72A 3S61A 2E1MA 4GRTA 4E0VA 2WU5A 3GD4A 3C4AA 1DODA 4H4PA 4LIIA 1CHUA 2R0GA 3UKLA 3P4PA 3P4RA 1XHCA 1F6MA 1ZX9A 2YAUA 4J56A 3GMBA 4U8IA 4RG4A 3UTEA 2XFOA 1ZOVA 5U1OA 3KD9A 3NYCA 4WX1A 4GF7A 2XVFA 1N4VA 3ABVA 3GD3A 4D03A 1CC6A 1XANA 4YTPA 3EANA 3PVCA 1JRYA 2Q6UA 4IV9A 3AEFA 4REKA 4EMIA 2XLTA 4IA5A 3M0OA 4LA1A 5KXJA 3UKHA 1TDNA 1K0JA 3GDPA 4KPRA 2Y6QA 1TDKA 3IHMA 3OC4A 3QSSA 4J36A 2Z5XA 2XLUA 1NAAA 4YTMA 3ICTA 4TM0A 2V3AA 1GERA 5JCNA 1Y0PA 1GETA 4K7ZA 4NEWA 3G5SA 1E6EA 1VG9A 4DSHA 1RP0A 4H4VA 2QA1A 1FEAA 1GXFA 3DGHA 2APGA 2FBWA 3T37A 2R46A 2YR4A 3PO7A 1E1KA 1N4UA 3IF9A 1IUXA 3QJ4A 1D4DA 4FK1C 3UTHA 4C77A 4O5QA 3NRNA 2WP5A 3FG2P 3C96A 3QSEA 3BI2A 4FDCB 4EQRA 3UTGA 4YKGA 1VRQB 2WU2A 1JEHA 1NPXA 4H50A 3UKQA 1S3EA 2YR5A 4U8NA 3AYJA 4YTNA 2FJBA 1IJHA 3DMEA 4J34A 4B64A 1PHHA 3UOZA 2C70A 2GQWA 4JQ9A 4NZHA 4ADWA 2RGHA 4A5LA 2XVEA 3AE5A 3C4NA 4AOXA 5M10A 3ALLA 1DXLA 3ITJA 4B67A 4CY8A 1ELIA 1M6IA 4J2WA 3FPZA 1GRBA 4AT2A 2C75A 3IWAA 3GYJA 4X4JA 4H4TA 2R0CA 1LJ1A 2Q0LA 3FIMB 3NN6X 2R4JA 4UDQA 4BJYA 3AECA 3F8DA 2WPFA 1PXBA 2X8CA 5J7XA 3NTDA 2R0PA 4BK3A 1NEKA 4U8OA 3ALJA 3D8XA 4UDPA 4BK2A 2YG5A 2V5ZA 1PJ5A 4YSXA 3QVRA 1CC2A 2JB3A 4RSLA 5C3JA 4GUVA 4TLZA 3ATQA 4IVMB 1QO8A 3I3LA 3CPJG 1XDIA 2X8HA 2C66A 2XVJA 4GR1A 3URHA 3ADAB 3KPFA 1UKVG 3CNJA 1E1MA 1FCDA 1JRZA 4K5SA 3K7TA 1B37A 1BGJA 1GRFA 1COYA 4YSHA 2GEWA 2OAMA 4OPDA 3AE6A 2GQFA 3UKPA 4A9WA 4CCRA 3DK9A 3LADA 2X3NA 1GRHA 4H4UA 1CBOA 2WBAA 3QFAA 1F8RA 1MXTA 2V61A 2XFPA 2WETA 3DK4A 3EAOA 1AOGA 2B9XA 2A8XA 2OLNA 2BABA 2ZZ0A 2XDOA 5FMHA 3CNDA 5U63A 1H84A 3DJDA 2BS3A 1KSUA 4XWZA 4H4WA 3RP7A 3GWDA 4X9MA 2GMHA 5FS8A 1IUTA 3ZDNA 2WOIA 1OJDA 3CGEA 3VRBA 2VQ7A 2AAQA 5GRTA 2JK6A 2YLSA 3D1CA 2YLZA 4ZCDA 5EB4A 5EOWA 2R9ZA 1N1PA 1GRTA 3V3OA 4H4RA 4OVIA 4GDEA 4U2LA 1DOCA 4K22A 4H4YA 3Q9TA 5KOWA 1OJCA 4I59A 4B66A 4A6NB 3PS9A 1E7PA 3CN8A 1GREA 1YY5A 3EF6A 4OPLA 2C67A 4J33A 1CJCA 2IIDA 3COXA 1MOKA 2IVEA 1GSNA 2PYXA 3GDNA 4BJZA 2QCUA 2YG3A 3HZLA 4AOSA 3SFEA 1GTHA 2BC1A 1LV0A 3Q6JA 2XLRA 4H2QA 4EMWA 1FOHA 3NK2X 3M13A 5M0ZA 4J31A 2O9ZA 3CTYA 2BXSA 3SM8A 1K0LA 2VZ2A 3DGZA 4C3XA 2AR8A 2UZZA 3P4QA 4ICYA 3V76A 3AE3A 2EQ8A 3AEAA 3WE0A 4AT0A 3CGCA 2GH5A 4K8DA 2R45A 2V3BA 4EQXA 1P2HA 3QVPA 4OCGA 1IUWA 2NVKX 1K4QA 2YM2A 3LB8A 4OPIA 1L0VA 4H4XA 3ICSA 4H4ZA 5EB5A 1KNRA 3GYIA 3B3RA 1GEUA 2E5VA 4H7UA 2CDUA 2B9WA 2VVLA 2YWLA 2XFQA 4C3YA 4C74A 5IQ1A 5GSNA 1M64A 1K0IA 3LZXA 1B8SA 2XFUA 2PHHA 2BA9A 3O0HA 1EL5A 1BGNA 2YVJA 4Z2UA 3P4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NK0X 2B7RA 4JY2A 1X0RA 2VLTA 4CY6A 3BHFA 3KU9A 4TR4A 2GSRA 2VLUA 3BI4A 1FEBA 4ZCCA 3AWIA 2LKUA 5HHFA 5C2TA 3AEDA 2NPXA 3CMIA 1M9AA 3NLCA 1Q4JA 1D5TA 3AE2A 5ECMB 1B4QA 2GR2A 3FKFA 3NTAA 5KN2A 1JRXA 2OLOA 2FWFA 3M3MA 2GRTA 1SENA 1LPFA 1KSSA 2GZYA 3GA4A 4NV2A 2OKAA 4O5UA 3WGDA 4J57E 2RABA 4CCQA 4EQWA 2H89A 2C0DA 5IM9A 2GVCA 3KVEA 3DRNA 5H5RA 2WPCA 2C0EA 3LXDA 1CJ4A 4UDRA 1PXAA 2VCQA 2DJ3A 5GZZB 2L59A 2O7KA 1OKTA 2H72A 5JCGA 1BZLA 4ZBAA 2B5EA 1M3JA 1DBYA 1ZDLA 2A2RA 2I81A 5DQYA 2FCHA 2I3YA 4G10A 1SKWB 1J0FA 3GURA 2GT6A 4MMMA 3VRDB 1NM3A 1NHSA 1DE1A 2A4HA 4V1Ap 1PX6A 1RW1A 2B6MA 5JCUA 1IUUA 4KGIA 3MAKA 3KLJA 2F9SA 3CNSA 2EIRA 2HYXA 4O5RA 2CA8A 1PL2A 2LJKA 1MD4A 4ECIA 3F9UA 4EL1A 1CJ2A 2XPEA 2DJ2A 4GF0A 2DJ0A 3T31A 3EVIA 4IJIA 1SEZA 1BAYA 3GX8A 5HR3A 2NDOA 1FB0A 1XPVA 2CVJA 3DWVA 2XC2A 3AXBA 4HJ2A 5C00A 4B63A 17GSA 4GCMA 2C0FA 1GSSA 2BXRA 3AE1A 1GUMA 5ELGA 3VWUA 4DSSB 2B7SA 3LJRA 3VWVA 2WP9A 4MJAA 3IC9A 5FS6A 5AIXA 2A87A 4B69A 1ZP0A 4L0WA 4Z24A 3CNTA 1ZGNA 2H6ZA 1ERVA 3HVNA 1ERWA 4X1UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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