2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
3NK0X 5IPYA 5M0ZA 3OC4A 4GRTA 2XYOA 3M13A 4JNAA 5JCKA 1N1PA 2BC0A 1E1KA 2VVMA 3DGZA 4ZCDA 4Z44A 2BYBA 1GRFA 1Y56B 2GB0A 2JKCA 2OAMA 5BVAA 5JCMA 5JCIA 1XANA 3PVCA 3QFAA 1S2YA 4OPDA 1X31B 1CJ2A 1GNDA 1TDOA 4B65A 3CPJG 3GSIA 5GRTA 3UP4A 2ZZCA 2XDOA 4H2RA 3CN8A 3G5RA 2XLUA 2RGHA 4CBQA 4U8KA 4H4TA 1IUSA 2GR0A 3H8LA 3V3OA 4DSHA 4YXDA 3GRTA 4YSZA 2C73A 1PJ5A 3AECA 4FX9A 3ISHA 5HXIA 1LV0A 3Q6JA 1CC6A 3I3LA 2C3DA 5BULA 2FBWA 3DJGX 1P2EA 4YKFA 1JEHA 2C76A 4GCMA 5KXJA 5M10A 1B4VA 3IHMA 4GDPA 2VRLA 2YG3A 2V5ZA 3KPFA 5FS8A 4BV6A 4Z43A 2BK4A 3PO7A 1GRAA 1TDEA 3P4QA 3S61A 1L9EA 4H4PA 4H4QA 3NGCX 1L9CA 3GDNA 4H4XA 1TDKA 1H86A 4PAAA 1IJHA 1OJCA 5FS6A 4OVIA 1XPQA 4YSYA 1QJDA 1L0VA 3CPIG 3BI5A 4NZHA 1MXTA 2FJAA 2Q6UA 3UOZA 4BK3A 3DK4A 1EL5A 3CGCA 5U25A 1ZY8A 3UTFA 4CCRA 2YQUA 2VQ7A 3CNPA 1MO9A 1H6VA 4M52A 1CC4A 3K30A 4X4JA 4OPGA 2X50A 2YWLA 2BXSA 4A7AA 4I58A 1NEKA 1LPFA 4A5LA 1DJQA 1OJDA 3P1WA 2X8CA 4ICYA 4AT0A 4X9MA 3AE6A 2B7RA 4TM0A 3SFDA 1N4VA 1E1LA 3LZXA 4B69A 2UZZA 2GR1A 3NT6A 3GMBA 1CL0A 4Y4MA 3QSMA 4GF7A 2CFYA 2F5ZA 4U8LA 3UP5A 1ZOYA 2EQ9A 2XLRA 4EIQA 4C74A 2RABA 2XFUA 3C4AA 4U8PA 3L1RA 3KA7A 1GRGA 1GPEA 2FJDA 1GERA 1VG0A 4EQRA 1GRTA 2E4GA 4YKGA 5CKUA 3QFBA 1NAAA 4H50A 2YLZA 1VG9A 4AP3A 3AD7B 2YG6A 3EPTA 1B8SA 1K0IA 2O9ZA 4A99A 4K8DA 4H4ZA 3ABVA 4H2QA 3DK8A 3H4KA 2QA1A 4BJYA 3UOXA 4O5UA 2B7SA 3P9UA 2XVHA 3NKSA 3NN6X 1V59A 1PBBA 1H7WA 1O5WA 3F8PA 2IVDA 1CBOA 2CDUA 2GVCA 4IA6A 2BA9A 3C4NA 2R0GA 1ONFA 1EL9A 1JRYA 3LB8A 2WOWA 3BNUA 4C3XA 1F3PA 3O0HA 3VR9A 2PHHA 3JSKA 4D04A 2XFQA 3CNJA 3ICSA 3NK2X 5HHFA 3S5WA 1BWCA 2BABA 2YM1A 4A6NA 2C72A 1VDCA 3AYLA 2YG4A 3V3NA 4FK1A 1LTXR 2EQ7A 4H2NA 3KLJA 2WDQA 3GYJA 3P4PA 3B6DA 1CJCA 4YSXA 3CIRA 1L9DA 1PJ7A 1GOSA 2C7GA 3NTDA 1FECA 4UDQA 2C3CA 4TM4A 4D03A 1D4EA 4OPIA 3VQRA 2C75A 3UKLA 2GMHA 2VQBA 4U8IA 1E1MA 1GTEA 5EB4A 3AE3A 1NHRA 3CNTA 3QSSA 4YT0A 2C64A 3BHFA 3G5QA 3DH9A 4CNJA 1VRQB 2OLOA 1TDFA 5KRQA 2VVLA 1D4CA 1FEAA 4JDRA 4E0VA 1KSSA 3NH3X 2BC1A 1E6EA 4P9SA 1Q9IA 1GXFA 2Z5YA 4B67A 2C67A 3GD3A 4U8NA 1RYIA 2WPEA 1RP0A 2ACZA 3HZLA 2J3NA 4I59A 1Z6LA 3FG2P 1JRXA 2GH5A 2V6OA 4U8JA 2BCPA 1ZDLA 2WESA 3UKKA 3UKAA 5LV9A 1MOKA 4IV9A 1DODA 1OJTA 4Z25A 2BS4A 3EF6A 4RSLA 5DBJA 2H89A 1TYTA 1CF3A 5C3JA 3P4SA 1F8SA 4AOXA 1DNCA 4H4VA 2Q0KA 2ZZ0A 1HYUA 1VQWA 2FJEA 2GAHB 3BHKA 4OPCA 1B5QA 2YLSA 4XWRA 3G5SA 4J56A 4A6NB 1BGNA 1ELIA 1H83A 2B76A 3DK9A 1B37A 4JNQA 4K5SA 3UOVA 1O95A 1ZKQA 5BUKA 4HA6A 1PDHA 4J34A 2R0PA 5KVIA 1FOHA 2RGOA 2WBAA 1K4QA 4H7UA 2WPCA 3II4A 2WOVA 5TR3A 1IUVA 5BRTA 2XCGA 4C5OA 4J33A 1LJ1A 3CTYA 1PBCA 2BCGG 4X9NA 1NPXA 2VVLG 1YQ3A 4CRTA 2TPRA 1XHCA 1GESA 1TDNA 3AE7A 5IQ4A 2R4JA 2XVIA 4H4RA 2B9WA 1PS9A 4J36A 3UCLA 4ADWA 2FJBA 3GD4A 2APGA 5HY5A 3REDA 4B68A 2YVFA 1CJ3A 3RP7A 1CJ4A 2XVEA 1H84A 3Q9TA 3GMCA 4KPRA 1TYPA 4Z26A 4K2XA 3UKHA 4UDPA 4GUVA 3ZYXA 4B1BA 2YLWA 2Y6QA 2X8GA 2QAEA 3AD8B 3EANA 4USQA 3LOVA 4ZCCA 2YVGA 3V76A 2BXRA 3ALMA 3GRSA 3NHOX 3KVEA 1GEUA 1W4XA 3NRNA 3M12A 1P2HA 5FS9A 1S2QA 2OLNA 2XVJA 1ZMCA 2JBVA 3ALJA 4DGKA 3IF9A 1KSUA 2ZZBA 2W0HA 4IA5A 3VRAA 4LU6A 1PN0A 4H4WA 1YQZA 3AE5A 3FBSA 3DA1A 3VRDB 2OA1A 4EQWA 1ZX9A 2A89A 3UKQA 2R0CA 1FCDA 1FL2A 2WS3A 2GQFA 2WP5A 1GETA 3LXDA 3ATRA 4WCTA 4YTPA 1COYA 1GRHA 3COXA 2IIDA 1S3EA 2WEUA 3AEDA 1JRZA 4WX1A 5C2TA 1NDAA 3ALLA 5EB5A 4RG4A 3AXBA 1XDIA 4PABA 3ITJA 3E1TA 3NK1X 4J31A 1Q1RA 3LJPA 2GV8A 2YLRA 1E7PA 4BK2A 1M64A 2DKHA 2I0ZA 1DOBA 4AP1A 2WDRA 2B9YA 2Q7VA 2YR5A 3OZ2A 4TM1A 1IUWA 1KNPA 4HB9A 1PXAA 4EMIA 3B3RA 2YG5A 4MJWA 1GRBA 2ARDA 5EBKA 3UTEA 1PXCA 4C3YA 4O5QA 4K5RA 2C70A 3AE2A 3AEFA 4EQXA 2VOUA 2V60A 4FK1C 4BURA 4NEWA 5FMHA 2YG7A 1KF6A 2C65A 1NHSA 2XLPA 3AYIA 1H82A 1NHPA 2WPFA 3RP6A 3D8XA 2WU5A 3BI4A 1UKVG 4ZN0A 1GSNA 1N4WA 2BK3A 2VRMA 5JCLA 3AE8A 4LIIA 3T37A 2NVKX 5L46A 2R4EA 3ICTA 4EQSA 3BNMA 4BJZA 4B64A 1RSGA 1YKJA 4J2WA 3ADAB 1ZP0A 3FMWA 4OPLA 2JB1A 4UP3A 4U8MA 4A79A 3DJDA 4J57A 3GWDA 2OALA 1K0JA 4JQ9A 2R45A 4N9XA 2X8HA 1AOGA 4CCQA 5KWFA 2WP9A 3DJJA 2GR3A 4U2SA 4FDCB 1EL8A 3CPHG 4Z24A 5KOXA 4OCGA 1D4DA 4KX6A 1QLBA 2R46A 3L8KA 1PBDA 1PBFA 2E5VA 3UKPA 4REKA 1GREA 1DOEA 1LQTA 4OPTA 3AEAA 4EMJA 2AAQA 3IC9A 2GEWA 2EQ6A 3UTGA 3IHGA 4NTEA 4NTCA 3SFEA 1ZOVA 4TLXA 1F8WA 1PJ6A 4H4UA 3D1CA 3FIMB 1H7XA 4B66A 5CQFA 4OPUA 3H8IA 4A9WA 5EOWA 1F6MA 3NLCA 4GR1A 2YLTA 3K7QX 3AE9A 3UKFA 2TMDA 1DOCA 2BACA 4GDEA 1ZK7A 1D7YA 4EM4A 2QA2A 3URHA 2WU2A 3AE4A 4Z2UA 3FPZA 4JY3A 3IWAA 1M6IA 2A8XA 2BK5A 2IVEA 4K7ZA 3KU9A 4U2LA 2AQJA 4K22A 4YTNA 1FEBA 1JOAA 3CNSA 1E39A 2GAGB 2WQYA 2E1MA 3NG7X 1JU2A 3UOYA 2XFNA 4YSHA 3NYFA 1DJNA 1GT8A 1GALA 3QVRA 1KNRA 4IVMB 1F8RA 2B9XA 3P4RA 1BZLA 3DGHA 4JY2A 1K0LA 1EL7A 3CNDA 2WOIA 2XVFA 1IUUA 2EQ8A 2WDVA 3CGDA 1KDGA 1IUTA 3AD9B 3LADA 3QJ4A 4TM3A 1PHHA 3PS9A 2GF3A 4C77A 3ZDNA 1ZMDA 1LQUA 1S3BA 2A87A 4UDRA 2QCUA 1REOA 2YLXA 1YY5A 2XFPA 4JN9A 1YQ4A 4LA1A 1D7LA 2VZ2A 1QO8A 3ATQA 2V3AA 2Q0LA 4DNAA 4Y4LA 3BI2A 4A65A 1D5TA 2JB2A 2V61A 2YVJA 4IVOB 3SGLA 2GRTA 3NTAA 2WP6A 5J60A 3NYCA 2JAEA 2YR6A 1PXBA 4BK1A 4U8OA 4CY8A 2HQMA 3F8RA 5KOWA 2BS3A 3DMEA 1OJ9A 2YAUA 2WETA 3NNEA 1TRBA 3AEGA 4U2TA 2AR8A 3DJEA 3UTHA 3K7TA 1JNRA 4Z2TA 4AT2A 4H4SA 1BF3A 1SEZA 3AWIA 5ER0A 4ECHA 3M0OA 1Y56A 3AEBA 1GV4A 5GSNA 2XLTA 1O94A 2C66A 2V3BA 3I6DA 5IQ1A 1IUXA 2RGJA 2CVJA 3RHAA 2Z5XA 1NHQA 5U63A 3SQPA 3NYEA 2DKIA 3F8DA 2ZBWA 4RG3A 2PYXA 5HYMA 2X99A 3RNMA 5JCNA 4H4YA 3LZWA 3NIXA 1E1NA 2H88A 2JK6A 5J7XA 2NPXA 4EIPA 1NENA 3CGBA 3GYIA 3NN0X 1NG3A 1GTHA 4Y4NA 3VRBA 4EMWA 3EAOA 1Q1WA 2Y6RA 1BGJA 1DXLA 1KFYA 3AB1A 1PBEA 3CGEA 2X3NA 1CHUA 4USRA 1EBDA 4TLZA 3R9UA 3C96A 2GQWA 5FS7A 3WE0A 4NTDA 5U1OA 3GDPA 3ICRA 4CY6A 4B63A 1H81A 2GMJA 3QVPA 1OJAA 4EM3A 1NG4A 2WHDA 2R9ZA 2YM2A 1N4UA 3AYJA 4APNA 1CC2A 4NEVA 2XLSA 3GWFA 4YTMA 4H2PA 3QSEA 4XXGA 3AE1A 2CULA 2XFOA 4Z2RA 3K7MX 4YWOA 3RP8A 4XWZA 4CNKA 2GR2A 3AEEA 4DSGA 5KVHA 1BKWA 2YR4A 3VR8A 4AOSA 2JB3A 3KKJA 2BS2A 1JNZA 1Y0PA 1LVLA 3SM8A 3KD9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PXOA 5DQSA 4GRTA 5KN0A 2BC0A 1E1KA 2VVMA 4BWQA 1JLWA 2JKCA 2LQOA 1XANA 3PVCA 2O8VB 1GNDA 3GSIA 4V1Ap 2ZZCA 3CN8A 1U3IA 1IUSA 3H8LA 4DSHA 1SK1A 2DU8A 3ZITA 4CDOA 3L9UA 3OR5A 5G1KA 2KOKA 2HYXA 3BD2A 2PN8A 2FBWA 4YKFA 1F6MC 1JEHA 2C76A 5KXJA 2GSTA 4HI7A 3KPFA 4Z43A 1Z3EA 5B7CA 4TR1B 2REMA 4PQIA 1GRAA 1L9EA 4H4PA 1L9CA 4H4XA 4QL9A 1OJCA 2OJLA 1XPQA 2HRAA 5J3RA 3LFLA 1AW9A 3KZQA 1QJDA 1L0VA 3CPIG 3UOZA 2I1UA 1E6BA 1EL5A 3CGCA 5L71A 3MNGA 4QL7A 4CCRA 1NM3A 2YQUA 3HJPA 4GAVA 5GAND 1MEKA 2VQ7A 4NPBA 3M3MA 3CNPA 3KPKA 5HQPA 4ZBAA 5IIZA 2DJKA 3K30A 4X4JA 4DVCA 1GULA 2X50A 2IMEA 2KHPA 3CUKA 4I58A 1NEKA 3TGZA 1LPFA 4A5LA 4TXOA 3KJYA 2HSMA 4I2TA 3GN3A 4PUFC 3SFDA 4HJ2A 2YJHA 4FYBA 3UL3A 2GR1A 2GSSA 7GSSA 3ZIJA 3NT6A 1CL0A 4RQXA 4GF7A 2CFYA 4FO5A 3ZYWA 1ZOYA 1C0LA 1TXXA 1VGLA 4P3YB 1GERA 2WZ9A 1GRTA 4YKGA 3ZVJD 2YLZA 3F3RA 5ECIB 4X43A 17GSA 2O9ZA 4BJYA 4H4ZA 4H2QA 3H4KA 3DK8A 4O5UA 2B7SA 2IMFA 1E2YA 1V59A 1O5WA 3F8PA 2OACA 1CBOA 2CDUA 4ZB6A 2GVCA 1EP7A 1WJKA 3GURA 2FHEA 1T7PB 1EL9A 1THXA 1JZOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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