2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
3ZDNA 1REOA 2C7GA 2C76A 2B9WA 3H8IA 1VRQB 1Z6LA 3NK2X 3G5RA 4EQRA 5L46A 3NK0X 2ZZ0A 2GV8A 2BS2A 1ELIA 1YY5A 1TYPA 3GMBA 4YXDA 2YLRA 3ICSA 3AD9B 3ATRA 4WCTA 3NK1X 1GXFA 1CJ4A 5HXIA 4Z25A 2WPEA 3F8PA 4BK3A 2IIDA 2XLRA 1GALA 1TYTA 4FK1A 4J36A 2WHDA 1RSGA 4IA6A 3QJ4A 4NTEA 4DGKA 2GR1A 3II4A 4YSYA 5ER0A 2EQ9A 2YG3A 3NYEA 3VQRA 1HYUA 3FG2P 1PXAA 2VZ2A 1ZK7A 2UZZA 3P4PA 1OJAA 4H4QA 3I6DA 3CTYA 2ZZCA 2O9ZA 1JU2A 1GRGA 3DJJA 4IV9A 2BXRA 4H4ZA 1BKWA 2VOUA 4TM3A 4UDQA 3AXBA 4D03A 1E1LA 4TM0A 1L9CA 3UKFA 4EMJA 2GAHB 1M64A 2YLSA 1CJ2A 5KRQA 2XVIA 2JBVA 4USRA 1P2HA 1N1PA 2EQ6A 1DOCA 2BC1A 1IUTA 1O94A 3UTGA 1FECA 4H4XA 3DJGX 5KXJA 1B5QA 2GMJA 4OPTA 3REDA 1AOGA 4JNAA 1NHQA 4B63A 3DH9A 2GVCA 4FDCB 3AE6A 3JSKA 4H4WA 4K8DA 1FL2A 3C96A 4B65A 4A5LA 3UTHA 2BACA 4H4PA 1EL5A 3D1CA 2OALA 2WOVA 3FPZA 1JEHA 1IUWA 2AR8A 4K5SA 2JB3A 3KLJA 4U8OA 2Q7VA 2WETA 3SFDA 1ZMCA 2R46A 3NTDA 2GF3A 3AE8A 3ALLA 3BI5A 1D4EA 1ZMDA 3AEFA 3AYJA 4K22A 1JNZA 1MO9A 3DK9A 3UOXA 3AE5A 3G5QA 1EL7A 3AECA 4EIPA 3ITJA 3K7QX 3LOVA 2YVFA 1VG0A 1N4UA 2OLNA 3AE9A 3NKSA 4ADWA 4YSZA 2C66A 5IPYA 2GH5A 1K4QA 1GPEA 3UKHA 4B68A 1DXLA 5EBKA 4U2LA 2XVJA 1CBOA 4OPLA 1KNRA 5CKUA 4B69A 1H7XA 3VR9A 2Y6RA 3DJDA 4H2PA 1FEAA 1F8SA 2RGJA 4WX1A 5HHFA 4EM4A 2WU2A 1OJCA 4A65A 4H2NA 3AD8B 4B66A 2DKHA 2ZBWA 4C77A 3NYCA 3NTAA 1TDFA 3BNMA 2Q6UA 3K7TA 4NTDA 1P2EA 1KF6A 1BZLA 1YQZA 2X8CA 2OLOA 1CC2A 1ZOVA 4O5UA 2H88A 3G5SA 2APGA 4TM4A 1BGNA 2AAQA 4USQA 1VDCA 4AOSA 2R0GA 4H2QA 4TLZA 1GOSA 1H84A 4EQXA 1XDIA 3AE2A 5JCKA 4CRTA 1X31B 4CNJA 4GUVA 1S2YA 1CJCA 1OJ9A 3B3RA 4OVIA 1CC6A 1E39A 1BWCA 5J7XA 5GRTA 3GD3A 3R9UA 3VRBA 1O95A 1NAAA 1D7YA 1NG3A 2H89A 3UOZA 2WOWA 3NHOX 1D4DA 3H4KA 4X4JA 4DNAA 4YT0A 1QO8A 4LU6A 4YTMA 1TDEA 5J60A 3T37A 2BA9A 5HY5A 1H81A 3NYFA 3UP4A 1L9EA 5CQFA 4AP1A 1GRHA 3V3OA 1PJ7A 4KX6A 1XHCA 5JCIA 1GT8A 2C3DA 1D4CA 4GF7A 3BHKA 4A9WA 2B7SA 2TMDA 4GRTA 1GRAA 1OJTA 2EQ8A 2WS3A 1LPFA 2X50A 1H86A 1YQ3A 2BC0A 5KVHA 1L0VA 2HQMA 1DOBA 4RG4A 4Y4MA 2JB2A 1UKVG 2BS3A 1Y0PA 1E7PA 5EB5A 1JNRA 1LVLA 4U8PA 3QSEA 4DSGA 2R9ZA 2XLPA 3GRSA 3CN8A 2BCGG 4FX9A 1GTEA 1H6VA 4N9XA 3LJPA 4AT2A 3BI4A 3PVCA 3P4QA 2PHHA 4YKGA 3GRTA 4K5RA 2RGHA 3AWIA 4CCRA 5IQ4A 2XLUA 4FK1C 4H4UA 4XWZA 1TDNA 1QLBA 5JCLA 1PBCA 4J2WA 4EM3A 1Q9IA 1PBDA 3SGLA 1IJHA 3LXDA 2GRTA 4X9MA 4BK2A 4CY6A 2BYBA 4YWOA 3AB1A 5C2TA 3CPIG 4OPIA 3AE3A 2WOIA 5IQ1A 2A8XA 3Q9TA 4I59A 3CNTA 1K0IA 1KDGA 1IUUA 1W4XA 4Y4NA 3UP5A 5LV9A 4YTNA 1MXTA 2GR0A 1NHSA 2GR2A 2WP9A 4C74A 5JCMA 1JRYA 4H4TA 4LA1A 2VQ7A 2XVEA 1O5WA 1GV4A 2JK6A 5FS6A 1VQWA 2ZZBA 1CF3A 4D04A 1DNCA 3DK4A 4B1BA 1DJQA 1F6MA 1E1NA 4H4VA 3CPJG 4B67A 4U8NA 3AEBA 4I58A 3VR8A 5M10A 2C64A 2RGOA 2Y6QA 4NEWA 1GESA 1GRBA 1XANA 2Q0LA 3QVPA 2CULA 2YAUA 3DJEA 4H4RA 3NN6X 3QVRA 4J56A 5BVAA 1GTHA 1GRFA 2BK3A 4JY3A 2CVJA 3C4AA 3IHMA 3M0OA 4CBQA 4MJWA 3CNJA 1PS9A 2B7RA 3CPHG 4E0VA 4Z43A 2XYOA 4ECHA 2C3CA 1ZOYA 2GQWA 4Z2UA 4J57A 2B9YA 5KOXA 1JRXA 1LQUA 3AE4A 4H7UA 2ARDA 1ONFA 2XFUA 1NDAA 4GDEA 2BK4A 3IHGA 2WU5A 2WP5A 1PJ5A 1QJDA 1V59A 1E1KA 3CNDA 3M13A 4JN9A 1KFYA 5BRTA 2A89A 2C72A 2V3AA 2YM2A 5JCNA 4GCMA 1GERA 3UTEA 2YQUA 3COXA 4LIIA 4U8IA 4BV6A 4Z24A 3DGZA 2YWLA 3CNSA 3GDPA 1GREA 3V76A 1CHUA 5EB4A 3EANA 5EOWA 5U1OA 2WDRA 3UKAA 1EL9A 4APNA 3CGCA 1OJDA 4OPCA 1KSSA 3GD4A 4EQSA 3QFBA 3QSMA 1PHHA 2FBWA 3BI2A 2IVDA 1F8RA 1BF3A 3PS9A 3GWDA 3UKKA 3BNUA 4YTPA 1FEBA 2YVGA 4AP3A 3P4SA 3ALJA 1KSUA 1Y56B 2X99A 1GEUA 1M6IA 2X3NA 2WP6A 5FS7A 3RP7A 4A6NB 1L9DA 2GB0A 1ZY8A 3S61A 3OC4A 1Y56A 2OA1A 3F8DA 2GAGB 3L8KA 3P4RA 4H2RA 3NH3X 1YQ4A 1B8SA 4IA5A 4KPRA 4TM1A 4K7ZA 2IVEA 1F3PA 3ADAB 4BK1A 1NPXA 2X8HA 3UTFA 3QFAA 4NZHA 1NHPA 1GSNA 3UOVA 3HZLA 4P9SA 1N4VA 3NN0X 3RNMA 1PBEA 3RHAA 3K7MX 3GMCA 2C70A 1MOKA 1D7LA 3SFEA 2R4EA 2EQ7A 3C4NA 2XCGA 4AT0A 2XFOA 2XFNA 2BCPA 1Q1WA 3FBSA 2BS4A 4XWRA 3OZ2A 1TDOA 3E1TA 2YVJA 3UOYA 4GDPA 4U8LA 2GMHA 4ICYA 2YR6A 5HYMA 2BK5A 4YSHA 1NHRA 1COYA 5M0ZA 3ABVA 3FIMB 3ICTA 5KVIA 3IF9A 2PYXA 4ZN0A 1Q1RA 2XVHA 3EF6A 4U8MA 2WQYA 3AD7B 4JNQA 4UDPA 2CFYA 1RP0A 1TDKA 1LV0A 1ZX9A 4A6NA 5DBJA 3FMWA 5FS9A 1S2QA 2NVKX 3S5WA 4EIQA 5BUKA 1LQTA 1EBDA 1CC4A 2YR5A 1FCDA 2VVLG 2YR4A 3QSSA 3AYLA 2XDOA 1PJ6A 2BXSA 4REKA 3ICRA 2C75A 1H83A 3NIXA 3CNPA 1VG9A 3KKJA 4YKFA 4IVOB 3LADA 4HA6A 1GETA 2ACZA 2CDUA 2E5VA 5U63A 3ZYXA 1D5TA 3GDNA 4C3YA 1JRZA 1LJ1A 3I3LA 2GQFA 4JY2A 2JKCA 1E6EA 4O5QA 4YSXA 1N4WA 1CJ3A 3AEEA 3CGEA 3NGCX 3WE0A 4CCQA 4EMWA 2R4JA 1B4VA 2JAEA 1H82A 2DKIA 2OAMA 3DK8A 3H8LA 4OPGA 4K2XA 5BULA 1K0JA 3IC9A 3VRDB 1DOEA 2JB1A 4ZCDA 3ATQA 3CIRA 3PO7A 5TR3A 3B6DA 5FS8A 1PN0A 3K30A 3KA7A 3Q6JA 2GEWA 2I0ZA 2C73A 2QCUA 2VVMA 3P9UA 4TLXA 2TPRA 4OPUA 2YLTA 3GYJA 3GSIA 4BJYA 1XPQA 4PAAA 4Z2RA 4C3XA 5KOWA 2WESA 1IUSA 2V5ZA 4A79A 2WDVA 3RP8A 3AEDA 4JQ9A 2B76A 3AEAA 4RG3A 4CY8A 2V61A 1PDHA 3AE1A 3EAOA 1EL8A 1JOAA 1PXCA 3UCLA 1NG4A 2VVLA 3AE7A 2XLSA 4X9NA 3LZXA 2R0CA 1PBBA 4H4SA 4J31A 1NENA 2X8GA 3P1WA 2NPXA 2YM1A 2WEUA 2V3BA 4PABA 4AOXA 3AYIA 2B9XA 4NTCA 2AQJA 1E1MA 2QA1A 3ISHA 3VRAA 2YG5A 2W0HA 3NNEA 1DODA 2FJBA 3DMEA 3LZWA 2XFQA 4HB9A 4C5OA 1S3EA 4OPDA 4U2TA 2Q0KA 4XXGA 2YLXA 2V6OA 4OCGA 3L1RA 1KNPA 2XLTA 2Z5XA 3NT6A 4UDRA 3V3NA 1IUXA 1PXBA 4Z26A 3SM8A 4H50A 3CGBA 3LB8A 3F8RA 1SEZA 1CL0A 2FJDA 2YG7A 5FMHA 4BJZA 4CNKA 4U2SA 5KWFA 4ZCCA 4U8JA 4U8KA 4M52A 3SQPA 2Z5YA 4Y4LA 3UKQA 2BABA 2F5ZA 4A7AA 2RABA 4DSHA 4J34A 2V60A 4B64A 4JDRA 3UKLA 2XVFA 3CGDA 1H7WA 3NG7X 2WPCA 1ZDLA 4EQWA 3NRNA 2VRMA 4UP3A 3DA1A 2YG4A 1ZP0A 2YG6A 2FJEA 3GWFA 2YLZA 3KVEA 3UKPA 3BHFA 1B37A 1BGJA 2E1MA 2QAEA 5U25A 2J3NA 3EPTA 3DGHA 3ALMA 5GSNA 2VRLA 3AEGA 4A99A 2WDQA 1YKJA 3NLCA 2R0PA 3O0HA 3KU9A 2GR3A 4EMIA 2WBAA 2QA2A 3M12A 2FJAA 4IVMB 2VQBA 3RP6A 2E4GA 2R45A 1TRBA 4GR1A 1FOHA 2C67A 2YLWA 4Z44A 3URHA 4H4YA 1PBFA 1NEKA 4NEVA 2A87A 1K0LA 1GNDA 3IWAA 1DJNA 1GRTA 3D8XA 5C3JA 2WPFA 4RSLA 2XFPA 4BURA 4Z2TA 1F8WA 1S3BA 4J33A 1ZKQA 3KD9A 3KPFA 1IUVA 1LTXR 2C65A 1RYIA 3GYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1REOA 4YJHB 4DEJA 4ZXGA 1W4VA 5A4UA 2ZZ0A 2RIIA 1TYPA 4RI6A 2YLRA 3AD9B 2E49A 1OYJA 1K0NA 2HLSA 2XHFA 2WPEA 2GQMA 2H1AA 3I9V2 2XLRA 1AN9A 1FO5A 3G3EA 2H01A 1V57A 4DGKA 5ER0A 2EQ9A 3VQRA 4BWQA 3FG2P 3ERGA 3SZCA 3TOUA 1ZK7A 5KMPA 16GSA 3FZ5A 3IAS2 1OJAA 2WDUA 3DYRA 3I6DA 3EURA 3CTYA 1PL1A 2ZZCA 2O9ZA 3DJJA 1SKRB 2BXRA 2VOUA 3AXBA 1L9CA 1GSUA 1M64A 1CJ2A 2AV4A 2H1BA 2V2GA 5ECMB 3GV1A 1RK4A 4POLA 1DOCA 3EWLA 2BC1A 3HA9A 1IUTA 1PD21 4PURA 1LBKA 2LQQA 1ZYEA 3DJGX 1CQHA 1K0AA 4OPTA 5H5SA 1XG8A 3AE6A 2PVQA 4B65A 3C96A 5DDLA 4A5LA 4LLRA 2YJHA 1EL5A 2OALA 1O81A 5DVBA 4G6GA 3UBLA 2A2RA 4V2LA 5JCUA 2QKEA 3L9VA 3WGXA 3QOUA 3TGZA 3SFDA 2GSTA 4I8BA 3D5JA 3IE3A 3VWXA 3MDKA 4QFDA 1MO9A 1GTAA 2ZCTA 4XRDA 3GH9A 2MMNA 5D96A 1FAAA 3AECA 2CVKA 2QGVA 3ITJA 4JR6A 1N4UA 4YSZA 2C66A 2CT6A 3QPMA 3UKHA 1UC7A 3MSZA 3VPQA 1M0UA 2B3SA 3WGDA 4X1UA 4ZBDA 5IMVA 2C80A 4U2LA 3SYIA 1XW5A 3DD3A 1CBOA 1KNRA 2Y6RA 2RGJA 1HD2A 3UARA 3T2ZA 1EWXA 4A65A 4H2NA 2YN1A 2F8AA 3FKFA 2OADA 2DKHA 2ZBWA 1TTZA 3GTUB 4OD7A 3IBHA 4O32A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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