2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
3NNEA 2XVFA 2B7SA 4H4PA 3BHKA 3CGBA 2Q0KA 3V76A 3AEEA 3D8XA 1LQTA 1GSNA 2H88A 2ARDA 4APNA 4NTDA 4YTNA 2BS4A 3KD9A 5HY5A 3PS9A 1L9DA 1N4UA 3ABVA 1E6EA 1LQUA 2GR0A 4PAAA 3JSKA 2HQMA 1NHSA 1N4WA 1CJ4A 1ZMCA 4UP3A 4LIIA 3H8IA 5HYMA 1PJ5A 2YG3A 3ZDNA 1CJ3A 4K7ZA 4Z44A 1GRBA 2Z5YA 4J57A 2C70A 5CQFA 3GWFA 2C66A 2XVIA 3VRBA 4LU6A 2B9YA 3P1WA 2QCUA 1L9CA 4U8NA 4YSZA 1PDHA 3BI4A 1DOEA 4K5SA 5BUKA 1TDOA 3BHFA 4YSXA 1H6VA 1FEBA 3GWDA 1PXCA 1RYIA 5M10A 3K7QX 4CCQA 4XXGA 2CDUA 3BNMA 4J34A 2OLOA 3RNMA 4EIPA 4UDQA 1E7PA 3ADAB 4NEVA 4H7UA 4OCGA 2WS3A 4B66A 3ISHA 4AP3A 2OA1A 4YSYA 5BVAA 4AOSA 1NHPA 2CFYA 3P9UA 2QAEA 2BABA 2EQ7A 1LVLA 3PO7A 2FJBA 3DJDA 2VVMA 2YR4A 4EM4A 2R4JA 2BACA 3AE8A 4U8LA 3QVPA 1IUUA 2YWLA 2BS3A 4MJWA 2WP9A 1Q1RA 5LV9A 4Z26A 3UKHA 4DSHA 1IUXA 4U8OA 1LV0A 2BC0A 2A87A 2NVKX 3UTHA 2BK3A 4Z2TA 2Y6RA 4JN9A 3C96A 3IWAA 4YTPA 3AD8B 1AOGA 3KKJA 3GRSA 1D7YA 3LADA 2A89A 2XVEA 3GYIA 4A6NB 2V5ZA 3RP6A 3L1RA 4H4RA 1PS9A 3AWIA 3NGCX 1OJDA 2YLTA 1CF3A 4ICYA 1OJCA 2B9XA 1F8RA 4OVIA 5EBKA 3AYIA 4OPLA 4UDRA 2C7GA 4H50A 1BKWA 1CL0A 1GNDA 2EQ8A 1DXLA 1JRXA 3FBSA 3CN8A 4U8JA 3VR8A 1LJ1A 3D1CA 4J33A 1MO9A 1B5QA 3SM8A 1F3PA 1O95A 3DK8A 5ER0A 2X99A 4BJZA 1KNPA 4ZCDA 1KDGA 2GV8A 2R4EA 4CNJA 3GDNA 3DJGX 5JCKA 1PHHA 1YQ4A 4E0VA 3AE2A 3VRAA 1IUSA 4YTMA 3NTAA 4YSHA 2YG7A 2C65A 3ALJA 2ZZ0A 3UTGA 1OJ9A 2C75A 2FJEA 3DJEA 1GRFA 1TDEA 2YLSA 1FOHA 5TR3A 2X8GA 1H81A 4YXDA 3AEAA 4EIQA 4TLZA 3AXBA 3GYJA 1GESA 1ZX9A 4Z24A 3ICRA 5JCNA 2FBWA 1GREA 2J3NA 2Q6UA 5BRTA 2XDOA 3EPTA 2AAQA 1PXAA 2VZ2A 3NG7X 4O5QA 2R0GA 2YLRA 2V6OA 3CIRA 3AB1A 3UKKA 1P2HA 1PBDA 4GDPA 2QA2A 5IQ4A 4KX6A 1O5WA 1K0LA 3AE7A 4BK2A 3LZXA 1H7WA 5C2TA 3QFBA 2WBAA 3ICSA 2AQJA 4GR1A 4GRTA 4B65A 2GVCA 1CC6A 3CGEA 3Q9TA 3V3OA 1BF3A 4DNAA 1H83A 2C64A 4C5OA 2YM1A 2GMJA 3HZLA 1XHCA 3GD3A 4ECHA 3II4A 5IQ1A 2XLTA 4U8MA 4K5RA 2VRMA 3UOXA 3AEGA 1TDFA 1GALA 4H4SA 3IHMA 4I59A 2X8HA 1L0VA 1E1NA 5U25A 3UKFA 4GF7A 4H2QA 3NLCA 3P4PA 1JOAA 5HHFA 1LPFA 2XFPA 4EQXA 3V3NA 1NDAA 4Z25A 2BXSA 2XFQA 2BK4A 2JB3A 1ZOYA 3COXA 3UKQA 1NENA 2VQBA 3NTDA 2X50A 1BWCA 3CPJG 4XWRA 3KPFA 3H4KA 2JB1A 2Q7VA 2WHDA 3UKLA 4YKFA 3ALMA 3NN6X 1GRTA 1PN0A 1VG0A 2RABA 2XFUA 2BXRA 1YKJA 4FK1A 4X9NA 2GMHA 2GQFA 3LXDA 4JY3A 4H4QA 3IHGA 3DH9A 1Q1WA 2ZZCA 3AE3A 3IC9A 1S3EA 1PBCA 3AE4A 4OPTA 4WCTA 1PXBA 3G5RA 4P9SA 2R0PA 3AE1A 1CJ2A 2V3AA 1D5TA 1GXFA 5FS7A 4H2NA 2E1MA 1NPXA 2OAMA 2YLWA 2C73A 3VQRA 3FMWA 1H7XA 3ALLA 1KSUA 1ZOVA 2B76A 2XLUA 3DGZA 3NIXA 2E4GA 2WOVA 1FECA 4YT0A 4JNQA 1GTEA 3WE0A 3GD4A 2FJDA 4HA6A 3OC4A 1CBOA 4JQ9A 2OLNA 3QVRA 1Y56A 1EL7A 4BV6A 2GR1A 2VRLA 3NT6A 1ZP0A 4H4TA 1M64A 4TM1A 4RG4A 5FS9A 2XLRA 4J31A 3KA7A 2XFOA 4EMIA 3FPZA 3LOVA 5M0ZA 4B1BA 3AE6A 1JU2A 5GSNA 2C3CA 3ICTA 3UTFA 1V59A 2GAGB 2O9ZA 4X4JA 4H2RA 3CNPA 1VG9A 1E1KA 1OJAA 1VRQB 1K0JA 1PBEA 2RGJA 2IIDA 1YQ3A 2F5ZA 1FL2A 2BYBA 4OPCA 3SFDA 3SFEA 2BCGG 2VQ7A 2ZZBA 1ZY8A 2XVJA 3CGCA 1YY5A 4U2LA 2YM2A 4CCRA 4Z2UA 2YG6A 3R9UA 1NG3A 2C67A 4JDRA 1H86A 3NHOX 3CTYA 3O0HA 2PYXA 1XPQA 4IA6A 1Z6LA 1BGJA 2YR5A 2Z5XA 1TYPA 5BULA 1F8SA 1ONFA 1KFYA 5CKUA 3UKAA 4AT0A 1YQZA 1EL9A 4EQRA 2A8XA 1REOA 1ZDLA 2YVGA 1GV4A 2H89A 2XVHA 1B4VA 1XDIA 3URHA 1DNCA 4TM0A 3K30A 1TDKA 2PHHA 2XLPA 3AEBA 4CNKA 1B37A 4BJYA 3DK9A 3DK4A 3FG2P 2WQYA 4X9MA 3UKPA 1E1MA 1CJCA 2R46A 3DGHA 4UDPA 1Y0PA 3RP8A 4YWOA 4EMJA 4TM3A 2V61A 1PJ7A 1K0IA 4A65A 5J60A 4CY6A 4FDCB 1S2YA 2GRTA 2UZZA 4JNAA 3S61A 4I58A 4IA5A 4Z2RA 1DJQA 2JBVA 1DOBA 5C3JA 3EF6A 2ACZA 1X31B 3QJ4A 1IUWA 2GR2A 3LB8A 1DJNA 2YQUA 3P4RA 1QO8A 3LJPA 5U63A 3AE5A 3NRNA 1GEUA 1S3BA 2JKCA 2NPXA 4EQSA 1QLBA 1NG4A 2C72A 2YG4A 4BK3A 3S5WA 1PJ6A 4OPDA 3AE9A 3BI2A 3BNUA 4GDEA 5FS6A 4AP1A 4EQWA 3K7MX 1RP0A 3P4SA 4H2PA 3F8PA 2TPRA 3PVCA 1Q9IA 3QFAA 5FMHA 3KLJA 4J2WA 3AD7B 5JCIA 4BURA 2YLZA 4C77A 2WOWA 4OPIA 1PBBA 4USRA 4IV9A 4C74A 3Q6JA 1IJHA 1QJDA 2WDRA 2EQ9A 1D4EA 1DOCA 2WDVA 1F6MA 1N4VA 2JAEA 2GF3A 1OJTA 2R45A 4A79A 4B69A 2YVFA 5HXIA 3VR9A 5KRQA 4A7AA 3G5SA 1ZMDA 4K2XA 2WDQA 4ADWA 1VDCA 3B3RA 2DKIA 2YLXA 3M0OA 3AECA 3NH3X 4J36A 1E1LA 1D4CA 2V60A 1EBDA 2C3DA 3UP5A 1VQWA 1ZKQA 3RHAA 3FIMB 3OZ2A 1JEHA 4A5LA 1W4XA 1RSGA 3NYCA 4B63A 5KOWA 1GT8A 1ZK7A 4D04A 1D4DA 2WP6A 2XLSA 2C76A 3EAOA 1Y56B 1XANA 4B64A 1GERA 1FEAA 2BS2A 4AOXA 1GPEA 2BK5A 3CNTA 3CNJA 1HYUA 4O5UA 1IUTA 4RG3A 2GB0A 2JK6A 4REKA 3DA1A 2R0CA 2VVLA 4HB9A 4U2SA 3AYJA 4D03A 4Y4LA 2GH5A 2R9ZA 2B7RA 4ZCCA 2GEWA 4U8IA 4WX1A 1N1PA 3K7TA 4AT2A 2X3NA 1NHQA 1JRZA 3C4NA 2BA9A 3G5QA 3QSMA 2WOIA 4H4XA 2DKHA 2GAHB 4DSGA 2GR3A 3BI5A 3UTEA 4XWZA 1MXTA 3NKSA 4TM4A 2IVDA 1NEKA 3UOZA 3E1TA 5EOWA 1GETA 4H4WA 3UP4A 1GRAA 1GRGA 1ELIA 1M6IA 3IF9A 4RSLA 4EMWA 4A9WA 1CHUA 2WU2A 2WPCA 5DBJA 5JCMA 3NK0X 4H4YA 5IPYA 1FCDA 2V3BA 3AYLA 1TDNA 4PABA 2CVJA 3I3LA 3DMEA 3GDPA 2I0ZA 2WU5A 3C4AA 1GOSA 1D7LA 2YR6A 4KPRA 4H4VA 5U1OA 4N9XA 1TYTA 3NK2X 2AR8A 4Y4NA 4K22A 2GQWA 4A99A 1NAAA 4GCMA 1O94A 1NHRA 2WPFA 5KVHA 2EQ6A 3I6DA 3UCLA 5KOXA 2OALA 3F8RA 1K4QA 4EM3A 3AD9B 3LZWA 1KNRA 3NN0X 5FS8A 5KVIA 4USQA 1UKVG 4CRTA 2APGA 2WP5A 1E39A 4NEWA 1GRHA 3H8LA 4H4ZA 4OPGA 3KVEA 5J7XA 1JNZA 4FK1C 3B6DA 4GUVA 1H84A 4B68A 2Q0LA 1IUVA 3KU9A 2Y6QA 4U8KA 3UOYA 2QA1A 5L46A 4K8DA 2E5VA 2WPEA 5KWFA 2W0HA 4C3YA 3SGLA 2B9WA 4CY8A 4H4UA 2WESA 3VRDB 2YG5A 3M13A 2YAUA 2VOUA 2YVJA 5GRTA 4LA1A 4B67A 1PBFA 2WETA 3ATRA 2BCPA 4M52A 1BZLA 1L9EA 4Y4MA 3REDA 1MOKA 1JNRA 3DJJA 5EB5A 3CNSA 5EB4A 2XCGA 3NYEA 2RGOA 2BC1A 3CGDA 4A6NA 2RGHA 1EL8A 4IVMB 4NZHA 4IVOB 1BGNA 3L8KA 2XYOA 3CNDA 1JRYA 3GMBA 4OPUA 1CC2A 2VVLG 4DGKA 3GSIA 5JCLA 2CULA 2JB2A 3NK1X 1SEZA 3GRTA 3M12A 4Z43A 3CPIG 3F8DA 1LTXR 1TRBA 2IVEA 2XFNA 3CPHG 3GMCA 1DODA 3ITJA 3QSEA 4NTEA 4U8PA 4J56A 1S2QA 1COYA 2FJAA 4FX9A 3RP7A 4BK1A 2WEUA 1GTHA 3AEFA 3QSSA 4CBQA 1P2EA 4YKGA 4NTCA 1KF6A 4JY2A 2ZBWA 3T37A 4C3XA 5KXJA 1EL5A 1H82A 1CC4A 3ZYXA 2X8CA 3EANA 3NYFA 3SQPA 3ATQA 3UOVA 4ZN0A 3P4QA 1B8SA 3AEDA 1F8WA 4U2TA 1KSSA 2TMDA 4TLXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CYNA 2BTOT 2E49A 1M0UA 2YANA 3FHKA 4IN0A 3V76A 2ARDA 4APNA 4AJ7A 4YTNA 1OKDA 4KCAA 5HY5A 2ON5A 1E6EA 4PAAA 1ST9A 2GR0A 3JSKA 1SJ6A 2DBCA 1GSEA 1CJ4A 1PKZA 1ZMCA 1A2JA 3H8IA 3HCZA 4WEYA 2YWOA 4QL9A 3ZL5A 3UJ1A 3QD9A 4J57A 2C70A 3DGQA 2C66A 4N30A 3P1WA 4U8NA 4OWYA 3BI4A 1QMVA 5BUKA 3GUSA 2O8VB 1FAAA 1FEBA 1RYIA 3F3QA 5M10A 3QFAC 3O76A 3EINA 3VWXA 4K7IA 4CDOA 1EEMA 2CDUA 3UBLA 3ZREA 3GH9A 3ISHA 4YSYA 2OA1A 4MABA 3IA1A 3ZVJD 2KLXA 2C8UA 2H76A 2R6KA 5D9TA 1YKCA 1LVLA 3GURA 3KZQA 3DJDA 1PSQA 2VVMA 2R4JA 9GSSA 1HNBA 4U8LA 1IUUA 1TI1A 2IN3A 3E3EA 4IJIA 1R26A 2BS3A 4MJWA 2H6XA 2HLSA 4DSHA 4YJHB 3IAS2 1V58A 2LV3A 2IL3A 3RPPA 3C71A 2REMA 2BK3A 5G5EA 1H75A 3C96A 2PN8A 4L5OA 4YTPA 3AD8B 1AOGA 4WF4A 2HSYA 2A89A 2V5ZA 3RP6A 1FB6A 1THOA 1PMTA 5ECKB 5ECPB 4DSQA 4MCUA 2YLTA 1N2AA 1CF3A 1LBKA 1F8RA 2CV4A 5DCHA 2C7GA 2FGXA 4IP1A 4HDEA 4RI6A 1GNDA 2YZUA 4KGIA 1A2MA 2OKAA 3CN8A 3FBSA 1F3PA 3H93A 1ZL9A 4BJZA 5ER0A 4ZCDA 3ZMLA 4TVEA 4CNJA 3GDNA 5JCKA 1TXXA 3EWLA 1E6BA 2K18A 3NTAA 3GYKA 4ZB9A 4NAXA 2FJEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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