4X4JA

Structural and functional studies of bexe: insights into oxidation during be-7585a biosynthesis
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
486
structure length
482
Chain Sequence
DAPVVIAGAGPAGLMLAGELRLAGIGVVVLERLPARTGESRGLGFTARTMEVFDQRGLLRRFGEVQTSDQGHFGGIPVDFGLLDGAHQAAKTIPQSATEAVLEAWAGELGADIRRGHELTGVRDDGDGVAVTVRGPAGEHVLRAGWLVGCDGGRSAVRKAVGFDFPGTAATREMFLADLRGVELEPRMSLPGGMVMVGPLPGGVTRIIVCERDAPPRRRTGPPPFHEVADAWKRITGIDISAAEPVWLSAFGDATRQVTEYRRGRVLLAGDAAHVHLPAGGQGMNAGIQDAVNLGWKLAAVVRGTARADLLDTYHGERHPVGVRLLMNTRAQGLLFLNGAEMQPLRDVLAELTGYPDVARHLAAMVSGLEIAYDVGGGSHPWLGRRLPRLELDRGGRPSSTAELLRPARGLLLDFAGNAALRDRAAPWAGRIDVVTARPAGRVPGATTAVLVRPDGHVAWAAPGTHADLPMALERWFGPAPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Putative oxygenase
publication title Structural and Functional Studies of BexE: Insights into Oxidation During BE-7585A Biosynthesis
rcsb
source organism Amycolatopsis orientalis subsp. vinearia
molecule tags Oxidoreductase
total genus 134
structure length 482
sequence length 486
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4x4jA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4x4jA01
1K0IA 1TDFA 2YG4A 2R9ZA 2GR0A 3AEGA 5KOWA 1EL9A 4B1BA 1YQ4A 3P4RA 2V3AA 4U2SA 3ZYXA 2BK3A 3CGBA 5J60A 4XWRA 2OLOA 3DK8A 4CRTA 3BHFA 5C3JA 4U8NA 2XFNA 5L46A 1CC2A 1QJDA 4H4XA 3CPJG 1CJ2A 4I59A 2WQYA 1IUTA 2R4JA 4YSHA 5KVHA 2OAMA 2YLSA 4ADWA 2V60A 4GDPA 3GD4A 2YLXA 2VOUA 3GDPA 3UKAA 3VR9A 4H4QA 1O94A 3OZ2A 1TDKA 2B7SA 2X3NA 5U1OA 1N1PA 4OCGA 5CQFA 5DBJA 1S3BA 1L9CA 4U8PA 1N4UA 2CULA 3PS9A 4EMWA 1JRZA 4U8LA 1DJQA 4O5QA 4YWOA 2C64A 2YR5A 3QSEA 4EQXA 4B67A 4H2NA 4OPTA 4EIQA 3SM8A 3UKFA 4RSLA 4H4TA 3AE1A 3NK2X 1Y0PA 5C2TA 2IVEA 3UTEA 3CIRA 3OC4A 3AWIA 3O0HA 1PXBA 2WOIA 3RNMA 4BJYA 3UCLA 4UDPA 2C66A 1NEKA 1GRGA 1V59A 3VRDB 5HXIA 3JSKA 4J57A 1GPEA 2BACA 1D4CA 5ER0A 3NYCA 2YR4A 2YG7A 3GMCA 3NKSA 2C3DA 2CFYA 2R45A 3SFEA 4YSXA 3M12A 4YXDA 1JNRA 4Z26A 2I0ZA 1PBBA 1TYTA 1GRTA 4C5OA 1E1MA 2Q0LA 1B37A 1VG9A 3VRAA 2XDOA 4H7UA 3G5SA 2Q7VA 1TRBA 1LV0A 2XFUA 3FMWA 3RP6A 3NTAA 2BS2A 3EF6A 4U8JA 3F8DA 1ZOYA 3REDA 1CF3A 3QFAA 4PAAA 4XWZA 1Q1WA 3D8XA 5M0ZA 1PBFA 1H82A 4J56A 4TM3A 3GYJA 3UOYA 2XLTA 1Y56A 4YKGA 1VRQB 1OJCA 4OPDA 3UOZA 4Z2TA 1NHSA 2C72A 2GQWA 3K7MX 3RHAA 1E1NA 1REOA 2A87A 4UDQA 1L0VA 2Q6UA 2ACZA 2Z5XA 3B6DA 1DXLA 3UOXA 2ZZCA 2WP5A 2BCPA 3AYIA 3RP8A 1FL2A 1NHRA 3NYEA 1KNPA 4U8OA 2Q0KA 4H4VA 1P2EA 3KU9A 2XYOA 3FIMB 2EQ6A 5KRQA 1FEAA 2GRTA 1H86A 4DSHA 3AYLA 1BWCA 2R4EA 3P1WA 3FPZA 3NH3X 2XFOA 1H81A 4GRTA 2GV8A 3II4A 3CPHG 2BA9A 4LU6A 1GETA 1P2HA 4JNQA 2E5VA 1NDAA 3AD7B 4RG3A 2EQ7A 3M0OA 1F3PA 2GQFA 3H8LA 4K5RA 1YY5A 3DK4A 2GAHB 3BNUA 4D04A 1CJCA 1GXFA 4X4JA 5CKUA 5M10A 1NHQA 2BS4A 2GB0A 3KA7A 5U25A 2WOVA 4MJWA 5BULA 3ALMA 1RP0A 4KX6A 3CN8A 4B68A 3NN6X 5GSNA 2X8CA 5FS9A 1KNRA 4AOSA 1YQ3A 2GAGB 3CTYA 1XHCA 1YKJA 2A89A 1LVLA 4YKFA 4H2PA 2C67A 2EQ8A 1DOBA 2WOWA 4E0VA 3AYJA 3EAOA 1CC4A 2ZZBA 1K4QA 3AE2A 1H7WA 2XVIA 2GR2A 3AE8A 4K7ZA 4DGKA 2R0GA 4P9SA 4Y4LA 1PBDA 2C7GA 4GR1A 3V76A 4JY2A 3S61A 4CBQA 1D4DA 2RABA 3ALJA 5HY5A 1NG3A 3I6DA 3C4NA 2XVJA 1S2QA 3IHGA 1D7LA 1GSNA 2AR8A 4ECHA 3GRTA 2Y6RA 4OPUA 5FS8A 1OJTA 2FJAA 3AECA 1JRYA 1LJ1A 1GT8A 2O9ZA 3SFDA 2BC1A 2V3BA 3UKPA 4GF7A 3C96A 4K8DA 3UKQA 1CBOA 1EL8A 1CC6A 1XPQA 2JB1A 1RYIA 4H4ZA 3ITJA 5HHFA 3LZWA 3PO7A 1O5WA 4CY6A 1GRHA 2YWLA 4OVIA 2YR6A 3LB8A 4B69A 2A8XA 4Y4MA 4BV6A 4ICYA 3QVRA 2C75A 3ICRA 4Y4NA 2H89A 1CJ3A 3NN0X 1AOGA 2GVCA 2WP6A 1LTXR 4H50A 1BF3A 1N4VA 3BI2A 5EOWA 2C73A 1EL5A 3GYIA 3DMEA 3PVCA 2VRLA 3CNDA 1ZX9A 5BVAA 3V3NA 4CCQA 1NG4A 1H83A 3DA1A 3UTGA 5HYMA 5EB4A 1YQZA 1E1KA 1GRFA 4K2XA 1F8WA 1PBEA 1PXCA 4GDEA 5IQ4A 3QSSA 4CNKA 2CDUA 4UDRA 2JK6A 1FEBA 3FBSA 1ZDLA 3DGHA 3NIXA 3AEFA 1ZMDA 4JNAA 5EBKA 1D5TA 3CNJA 2YAUA 3F8PA 4WX1A 1MOKA 4A65A 1K0LA 2QCUA 2PYXA 5FS6A 1LQUA 2C3CA 4IA6A 2DKHA 4B66A 2JBVA 2UZZA 3CGDA 4EMIA 1TDNA 2XVEA 2VQBA 3FG2P 3G5QA 3ICSA 4YSYA 1H84A 2XVHA 3AD9B 4M52A 4Z43A 4TM0A 5TR3A 4H4PA 4UP3A 1TDOA 3DJGX 4ZCDA 4A6NB 1ZK7A 4JN9A 4C3XA 1KSSA 2BYBA 4H4SA 3GMBA 4H2RA 3VR8A 1GALA 1VQWA 1PJ6A 4J2WA 1XDIA 1FECA 2XLSA 1DOCA 1F8SA 3P4QA 3AEEA 3NK1X 3NLCA 1IUWA 3AEDA 4EQWA 5FMHA 3KVEA 3LXDA 1B4VA 1B5QA 1QO8A 2WEUA 3GWDA 1IUVA 3ISHA 3ICTA 2JB3A 1E1LA 5GRTA 3S5WA 5IPYA 2E4GA 2DKIA 1GERA 3KPFA 2R0CA 1ZP0A 1DNCA 3P4PA 2OA1A 1K0JA 3URHA 1VG0A 4TM1A 3UTHA 2YLWA 2QA1A 2TMDA 3H8IA 3GDNA 1DODA 1PN0A 3CNTA 5JCNA 4A99A 2WDQA 3AE6A 4OPIA 1JRXA 1KDGA 1HYUA 1LPFA 3QSMA 4EM4A 3F8RA 2J3NA 2ARDA 2YLZA 4A79A 4YSZA 4EQSA 2TPRA 2V61A 5FS7A 1ELIA 3KD9A 4D03A 3NHOX 4GUVA 4X9NA 2JAEA 2H88A 2FBWA 1VDCA 2APGA 1F8RA 2Z5YA 2YVGA 2B7RA 4OPCA 3WE0A 1IUXA 3Q6JA 2WU2A 1FOHA 4LA1A 1D4EA 2V6OA 2XFPA 4C74A 4U8IA 1D7YA 2B9YA 1L9EA 1PS9A 3Q9TA 2GMJA 4U8MA 1DJNA 1CJ4A 3T37A 4IVMB 2GR1A 3BNMA 2YM1A 5KVIA 4BK3A 2WESA 4DSGA 3E1TA 4Z2UA 4EMJA 4B63A 1ZKQA 2GH5A 3G5RA 2WP9A 1B8SA 1PBCA 2FJEA 1PJ5A 4JQ9A 4OPLA 4NZHA 3GSIA 2JKCA 3DH9A 3QFBA 1EL7A 2VZ2A 1FCDA 3IWAA 3VQRA 1GTHA 3NT6A 1GRAA 5KOXA 4NTCA 1TDEA 4HB9A 4U2LA 3CPIG 3GWFA 3NG7X 3AEBA 2E1MA 1GESA 3EANA 2FJBA 3UKHA 4FK1C 2C70A 3GD3A 2YLTA 4A6NA 1EBDA 1PXAA 4A5LA 1IUUA 2YM2A 1RSGA 4J31A 2YVFA 4NTDA 3UTFA 4XXGA 3RP7A 4OPGA 3LADA 4U2TA 2X8HA 4EQRA 4O5UA 4Z25A 1CHUA 2WPFA 5JCMA 2NVKX 2VRMA 3C4AA 1PJ7A 1S2YA 2RGHA 1NENA 3ALLA 4AP3A 2GEWA 4Z24A 3LOVA 2IIDA 3I3LA 1MO9A 3NGCX 4H4RA 2WPEA 4N9XA 2B9XA 3BI5A 4YTPA 2AAQA 2YG5A 2VVLA 3AD8B 3NRNA 5EB5A 4BK1A 1XANA 4BJZA 4NTEA 4U8KA 3VRBA 2FJDA 1DOEA 2C76A 3CNSA 4C77A 4APNA 4K5SA 4H4YA 4NEWA 4AT2A 2X50A 2YQUA 2X8GA 1L9DA 2WBAA 3ATRA 2XLUA 2YLRA 5BRTA 1ZOVA 3QVPA 1S3EA 2EQ9A 4J34A 2RGOA 1GREA 3AB1A 4B64A 4DNAA 4Z2RA 4CY8A 2HQMA 1GTEA 2QAEA 4H4UA 1BKWA 2ZZ0A 3NK0X 1NPXA 3EPTA 1H6VA 2WDVA 2BCGG 2XLPA 3AEAA 4ZN0A 2XVFA 3KKJA 3ADAB 3CGCA 1PHHA 2XCGA 3AE7A 3IHMA 3P9UA 2WETA 3UKKA 5LV9A 4A9WA 2BC0A 1GV4A 4H2QA 1UKVG 3UP5A 1GOSA 3NYFA 4FDCB 1OJAA 3QJ4A 2WPCA 3ZDNA 2VVLG 4AOXA 2BXSA 4J36A 1Q1RA 3DGZA 1JOAA 1LQTA 2W0HA 2WS3A 3UKLA 3DJEA 3AE4A 3KLJA 4H4WA 3UP4A 2RGJA 1KF6A 2BS3A 4RG4A 3BHKA 4FX9A 4NEVA 1COYA 1KSUA 4GCMA 4HA6A 3LZXA 1BGNA 4REKA 2XLRA 2CVJA 2WDRA 2PHHA 4YTNA 1BGJA 3M13A 2C65A 4ZCCA 2R0PA 3DJJA 1JNZA 4BK2A 3SQPA 4AP1A 2WU5A 5JCIA 4Z44A 3V3OA 1MXTA 1JEHA 3P4SA 3L1RA 1E7PA 2GR3A 1E39A 4TM4A 1KFYA 2ZBWA 4KPRA 2VQ7A 4EM3A 3IF9A 3K7TA 1M6IA 1F6MA 1IJHA 3ATQA 2NPXA 2BXRA 3CNPA 1CL0A 1ZY8A 4B65A 1PDHA 4A7AA 4I58A 5J7XA 2OLNA 2VVMA 1H7XA 1NAAA 2R46A 2X99A 1W4XA 2YG6A 1GEUA 4PABA 3SGLA 1GNDA 2IVDA 3R9UA 3H4KA 1NHPA 1TYPA 1M64A 2WHDA 2Y6QA 3NTDA 4YT0A 5JCKA 2YVJA 1GRBA 2QA2A 3COXA 4J33A 2YG3A 1Q9IA 3BI4A 4YTMA 2AQJA 1Z6LA 4TLZA 1SEZA 4JDRA 2V5ZA 4BURA 3B3RA 3GRSA 1ONFA 3AE9A 4EIPA 3AXBA 5BUKA 3AE5A 3K7QX 4USRA 4CNJA 2B76A 5KWFA 3AE3A 3D1CA 1JU2A 1O95A 3CGEA 1ZMCA 1N4WA 3NNEA 4IVOB 5U63A 1Y56B 3DK9A 3IC9A 1OJDA 4WCTA 4TLXA 2XFQA 3ABVA 1IUSA 2B9WA 3LJPA 4LIIA 4CCRA 3K30A 5IQ1A 2BABA 3HZLA 5KXJA 2OALA 4IV9A 1QLBA 4K22A 2JB2A 4C3YA 4JY3A 5JCLA 4X9MA 1BZLA 2F5ZA 4AT0A 2BK5A 2GMHA 3L8KA 3DJDA 1OJ9A 1X31B 2BK4A 4FK1A 2GF3A 4IA5A 4USQA 3UOVA 1E6EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UZ8A 2R9ZA 4MZWA 3U6VA 1Y6EA 3A2WA 5KOWA 6GSSA 2FWEA 1TOFA 3AEGA 1MEKA 1NHYA 4EL1A 4B1BA 2V3AA 1MD3A 2GTUA 3DK8A 2LUSA 2R37A 4IP1A 4H4XA 4X43A 4FQUA 2C0FA 1SD8A 4YSHA 2HSMA 2YLXA 3UKAA 1O94A 3OZ2A 4EC0A 4OCGA 1S3BA 4U8PA 1G7EA 3ISOA 1N4UA 3QAGA 4EMWA 2GSRA 5JWQB 2QSIA 4YWOA 2H8LA 3QSEA 4G9KA 5CYYA 2YWNA 4YH2A 1VF4A 2DJ2A 4Q5NA 2H70A 5HR3A 5BMUA 5FHIA 3AWIA 2WOIA 3HZ8A 2C66A 2TRXA 5HXIA 4F0BA 3L78A 1TRVA 3TKSE 1TRUA 1T7PB 2C3DA 4YXDA 1I9DA 1JNRA 3GSTA 1PBBA 2LRNA 1GRTA 2K18A 1QXHA 3ERFA 3VRAA 5HR2A 1Q4JA 2E7PA 2M72A 3LXTA 3M3MA 1TRBA 2Q7VA 2XFUA 3FMWA 3RP6A 3NTAA 2BS2A 1AC1A 3EF6A 2BJXA 1GTBA 3D8XA 2B5YA 1H82A 3HVNA 3CXGA 3LEFA 4WR5A 1Y56A 3UOZA 3F4TA 1FAAA 4Z2TA 2C3NA 5IMCA 2H76A 2GQWA 2A87A 1FVKA 2Z5XA 1DXLA 3AYIA 2JU5A 1M2AA 2KOKA 4II2A 1KNPA 3HYPA 3L9UA 3KU9A 5IO2A 2XYOA 2L5LA 3SWLA 3CTFA 3HKRA 3IDVA 9GSSA 2OACA 4MJEA 4TR4A 3II4A 4L0WA 1GETA 1P2HA 4ZL7A 1NDAA 1S3RA 2L5OA 1TXXA 2EQ7A 3M0OA 2GQFA 4K5RA 2NDOA 5J9BA 4D04A 3F9UA 1DBYA 1CJCA 1GXFA 4MMMA 3KA7A 2H71A 1RP0A 3LW9A 2X8CA 2LV3A 3SYIA 3FR6A 2I4AA 2GAGB 6GSUA 1YKJA 3FZ5A 4DSSB 1UA5A 4ZB8A 4H2PA 2C67A 2EQ8A 2WOWA 4E0VA 4G0LA 1H7WA 1A8LA 2LJKA 3IA1A 2XVIA 4PUFC 2GR2A 4K7ZA 4WF5A 2PVOC 2V32A 2JL4A 1K0MA 3S61A 1WWJA 3ALJA 1NG3A 2H6YA 5CREA 2FA8A 1EWXA 3IHGA 1GSNA 2H1DA 5AISA 1XOAA 5ELGA 2FJAA 4EXJA 4CDOA 1XWKA 2LTKA 3SFDA 3DYRA 3G7YA 2AV4A 1SJ6A 2IFQB 2LKUA 4BV6A 4GSTA 4Y4MA 2C75A 3ICRA 2L57A 3NN0X 1GH2A 1AOGA 1LTXR 2DJJA 2XBQA 4HOJA 4H50A 1F2EA 1SENA 3IC4A 2C73A 4PURA 4QL7A 5CRDA 1EL5A 3T0KA 3V3NA 4CCQA 4FYBA 4GXZA 1YKAA 3LGCA 5GSTA 4GDEA 4K2XA 1GNEA 2REMA 5IQ4A 1VGLA 5F05A 3IE3A 2CDUA 4UDRA 4JR4A 3DGHA 4IS0A 14GSA 5EBKA 3CNJA 3I43A 3PINA 2QCUA 2I1UA 1OVNA 4KF9A 1LQUA 2C3CA 2PYXA 2DKHA 3GSSA 2UZZA 1PMTA 2VL9A 5J41A 4EMIA 2YV9A 1TDNA 2VQBA 3G5QA 3H1NA 2PU9C 2ES7A 5G2ZA 3IHQA 3DJGX 2M46A 4H4SA 1TKDB 3FZAA 1CQGA 2WCIA 4DSSA 1PJ6A 1FECA 19GSA 4IGJA 1YEXA 1IYHA 2OE0A 1IUWA 4FYUA 4DSRA 3KVEA 1IUVA 5IPYA 4ZB6A 2E4GA 4JZQA 4OO5A 3P4PA 1R4WA 4MJAA 3FR9A 4ML6A 4II3A 5JWOB 3UTHA 2TMDA 2QKEA 3ZZXA 5JCNA 5IOXA 3P8WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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