4X4JA

Structural and functional studies of bexe: insights into oxidation during be-7585a biosynthesis
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
486
structure length
482
Chain Sequence
DAPVVIAGAGPAGLMLAGELRLAGIGVVVLERLPARTGESRGLGFTARTMEVFDQRGLLRRFGEVQTSDQGHFGGIPVDFGLLDGAHQAAKTIPQSATEAVLEAWAGELGADIRRGHELTGVRDDGDGVAVTVRGPAGEHVLRAGWLVGCDGGRSAVRKAVGFDFPGTAATREMFLADLRGVELEPRMSLPGGMVMVGPLPGGVTRIIVCERDAPPRRRTGPPPFHEVADAWKRITGIDISAAEPVWLSAFGDATRQVTEYRRGRVLLAGDAAHVHLPAGGQGMNAGIQDAVNLGWKLAAVVRGTARADLLDTYHGERHPVGVRLLMNTRAQGLLFLNGAEMQPLRDVLAELTGYPDVARHLAAMVSGLEIAYDVGGGSHPWLGRRLPRLELDRGGRPSSTAELLRPARGLLLDFAGNAALRDRAAPWAGRIDVVTARPAGRVPGATTAVLVRPDGHVAWAAPGTHADLPMALERWFGPAPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Functional Studies of BexE: Insights into Oxidation During BE-7585A Biosynthesis
rcsb
molecule keywords Putative oxygenase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Amycolatopsis orientalis subsp. vinearia
total genus 134
structure length 482
sequence length 486
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4x4jA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4x4jA01
1VRQB 4H2NA 1Q1RA 5FS6A 3B6DA 1GETA 1RSGA 4EIQA 1LV0A 2YG7A 5KOXA 1JRZA 4KPRA 1EBDA 5TR3A 3RP7A 1JNRA 4EMJA 4EQXA 4J34A 3ISHA 5EB5A 3ICSA 3KVEA 4EM4A 3SFEA 3EPTA 1OJ9A 4ZN0A 1EL9A 5KWFA 2W0HA 2Q7VA 1CJCA 1CC4A 1K0IA 1N4VA 1E6EA 1KSUA 4JN9A 5CKUA 3S5WA 1H7WA 1GNDA 4U8JA 5U25A 1TDFA 3GMBA 4TM1A 2GF3A 1PJ5A 1O94A 3DGHA 1P2HA 2WQYA 4D03A 2WPFA 1S3BA 3AE3A 2YG6A 1F8WA 3OC4A 4JY2A 4APNA 4E0VA 3ABVA 4YWOA 1B4VA 2CFYA 2XLTA 3G5RA 4OPTA 5M0ZA 3LZWA 3DJEA 1VG9A 5BUKA 4C74A 1NG3A 1NG4A 2JB2A 3OZ2A 3CNSA 2E1MA 2QAEA 4XWZA 1NDAA 4IVOB 2WDQA 4YXDA 4USQA 1L9CA 1D4DA 1PBFA 3ATQA 4Y4LA 2V5ZA 3IWAA 1DODA 4NEWA 3DGZA 1D7LA 2EQ8A 4EMIA 2I0ZA 3NYCA 4H50A 1B37A 1M64A 1DJQA 5IQ4A 2VOUA 3H8LA 3GYJA 4UP3A 1KSSA 3DA1A 4A99A 1DOBA 3DJDA 5JCKA 2R0GA 1CHUA 2XFUA 3K7QX 2VQBA 4U2LA 3GWDA 1QLBA 1BZLA 2FJAA 3NH3X 4GRTA 4NZHA 1ZOVA 2WETA 1KFYA 4J33A 4A65A 3NN0X 1JRYA 3L1RA 2XLSA 4ZCDA 1FCDA 3KU9A 2JB3A 1GALA 5ER0A 3JSKA 2R0PA 4GDEA 1FL2A 2F5ZA 3CGCA 3IC9A 1YKJA 3PS9A 2TPRA 3ALJA 4FK1A 3UCLA 4AOSA 1K0LA 3DJGX 2UZZA 4Z24A 3NLCA 1D4CA 4NEVA 1FEAA 4FDCB 2XVIA 2C76A 5CQFA 1TDNA 1OJAA 2B76A 2PHHA 1UKVG 2RABA 2WOIA 3S61A 4USRA 1PN0A 2Y6RA 4J36A 3D8XA 1PBBA 3F8PA 3NYEA 2A87A 1LQTA 4H4YA 5FS8A 3DK8A 3LB8A 1Y0PA 2CULA 3AYIA 4H2RA 4I59A 3CNTA 4B67A 3DH9A 4HA6A 4YSXA 2VRMA 2OA1A 2R4EA 4OPGA 4O5QA 4LA1A 4Z25A 3UKAA 1TYPA 4U8OA 1EL8A 3UOXA 2GR2A 3ALLA 2XLRA 2H89A 4FX9A 3VQRA 4ECHA 3AD8B 2WHDA 2VQ7A 1DNCA 1GRFA 1PJ6A 2GR3A 4K5RA 3ATRA 5FMHA 3F8DA 2XDOA 3ICTA 5HHFA 4AP3A 1P2EA 4U8PA 4B69A 1PS9A 2ACZA 3C4NA 3UOYA 2XVJA 1O5WA 2AQJA 3KD9A 5BULA 5JCIA 1PBDA 4DGKA 2B9WA 5L46A 3IHMA 3FG2P 2IVEA 2YG5A 3COXA 2C75A 1L9DA 4H2PA 2GMHA 2X8GA 2BS4A 3AE6A 4EMWA 4EIPA 3NG7X 3NK2X 1S2YA 3SFDA 4REKA 3ITJA 1ZY8A 4N9XA 4TLZA 2NVKX 2ARDA 3E1TA 4XWRA 4H4RA 2BYBA 3AEDA 1F6MA 3V3NA 1Q9IA 3AB1A 1CL0A 3UTFA 2JB1A 1EL7A 4A9WA 4Z44A 4X4JA 3AEEA 1CJ4A 3CPHG 2GQFA 4BJZA 4H4UA 3QSMA 1VQWA 2GRTA 2NPXA 2O9ZA 5HY5A 2RGHA 4YSHA 1ZKQA 3CN8A 5M10A 2WEUA 3WE0A 4TM0A 4YSZA 3GRTA 1GREA 5BVAA 4UDQA 3QFAA 4AP1A 4X9NA 3CPIG 1KNRA 2YVGA 4TM3A 1E1KA 2FJEA 2QA1A 1O95A 3UTGA 5IPYA 2WU2A 3EANA 4CBQA 4A5LA 2H88A 1REOA 2WOWA 3NNEA 2GR1A 3RNMA 2EQ7A 2OLOA 2YLXA 1FECA 4GUVA 3FBSA 4RG3A 1PXCA 4GCMA 4BV6A 2QCUA 2WPEA 2V60A 1ZP0A 4K22A 1CJ2A 2BXRA 1H84A 1YY5A 1IUWA 1E7PA 2ZBWA 2BA9A 3FMWA 1BWCA 3V3OA 5EB4A 2C67A 3BI4A 4GDPA 3T37A 1D4EA 2IVDA 4P9SA 2R0CA 2GV8A 3AD9B 3G5QA 1TRBA 3V76A 2X3NA 4BJYA 5FS9A 2X50A 3GWFA 2VZ2A 3EF6A 3UTHA 1H6VA 1GPEA 4EQRA 1EL5A 2C65A 3RHAA 2WS3A 5C3JA 3UKPA 2XFQA 3AD7B 2XFOA 4UDRA 1BF3A 1JOAA 4A6NB 4K2XA 1PBEA 1XHCA 1V59A 2HQMA 2R4JA 3DK9A 4B68A 1OJCA 2C3CA 1ZMCA 2V61A 4KX6A 3UKFA 3F8RA 2YLSA 1DOEA 2YR5A 3GYIA 1H83A 2GAGB 1BKWA 3ADAB 1BGJA 3I3LA 2B9XA 2X99A 3CNDA 4BK2A 2PYXA 1IUSA 3CGEA 3P4PA 3URHA 3P4RA 1GV4A 4U8LA 5FS7A 4BURA 4IV9A 1NHSA 1VG0A 3I6DA 2Z5YA 1PXBA 4H4ZA 2X8CA 4Z2UA 1B5QA 4C5OA 4CCRA 2XVHA 3G5SA 3AE2A 4WX1A 3LOVA 5EOWA 1JRXA 3QSEA 2BC0A 3CNPA 4C3XA 1JU2A 2OALA 2R45A 2JKCA 3IHGA 2C7GA 2Q6UA 4U8IA 2YM2A 3GD4A 4Z26A 3AEFA 3NTAA 3P4QA 3ALMA 5GSNA 2XFNA 3AE4A 2EQ9A 4ZCCA 4IVMB 1RP0A 4A79A 2Y6QA 3KA7A 3KKJA 3KLJA 3AWIA 4CCQA 2XVFA 2YG4A 1PBCA 2WDRA 5U1OA 1K0JA 2Z5XA 3P9UA 4CY8A 1PJ7A 1KDGA 4YT0A 2APGA 1GT8A 4YKGA 1ELIA 3QJ4A 5LV9A 2YLZA 1GESA 4NTEA 4MJWA 3LADA 1AOGA 3NN6X 3P4SA 2V3BA 2YQUA 2VVLA 3M12A 1ONFA 3R9UA 4GR1A 5IQ1A 1GRTA 4CNKA 2GQWA 1N4WA 3B3RA 4A6NA 1CBOA 2RGOA 4Z43A 1H82A 1GRHA 4OPUA 2WP5A 3DJJA 2WBAA 3AEGA 3M0OA 1GRGA 4LIIA 3CIRA 5KOWA 2BXSA 3AEBA 2V6OA 1W4XA 3FPZA 3AYLA 1ZK7A 3NIXA 4CY6A 2CVJA 4IA6A 4YTNA 1YQ3A 3IF9A 1TDKA 2JK6A 2A8XA 1MOKA 1IUUA 3NRNA 2GMJA 4AT2A 2YVJA 1DXLA 2YR6A 1RYIA 1QJDA 1XDIA 3UP5A 4HB9A 1KNPA 2B9YA 1LJ1A 4I58A 4C77A 1Q1WA 4B66A 3H8IA 5KXJA 1E1LA 1K4QA 2C3DA 5J7XA 3AE8A 1ZX9A 4PABA 2EQ6A 3ZYXA 2WPCA 1NEKA 1E1NA 1XPQA 4JNQA 2VRLA 4LU6A 1GERA 3K7TA 1DOCA 2XFPA 3UKQA 3GSIA 2BK4A 1PHHA 1M6IA 2DKHA 2YG3A 2WP6A 4OVIA 1E39A 1JEHA 2B7SA 2YVFA 3CGDA 1MXTA 1F8SA 4JY3A 4EM3A 3ICRA 4H4TA 3NHOX 1CC6A 3VRAA 4H7UA 3PVCA 3UKHA 1MO9A 1H7XA 4C3YA 5HXIA 1TDOA 4UDPA 4A7AA 2Q0LA 3CPJG 3VR8A 2YM1A 4JDRA 1Y56A 1H86A 2B7RA 3BHKA 3ZDNA 5JCNA 3BHFA 1D5TA 3UOZA 2YLTA 5EBKA 3UTEA 2JBVA 1F8RA 1LTXR 1TDEA 1IJHA 4H2QA 2E5VA 4YKFA 4J31A 1JNZA 3CTYA 2OAMA 2YLRA 3QSSA 4EQWA 4EQSA 2ZZ0A 2YLWA 2OLNA 4PAAA 1NPXA 3NT6A 2GAHB 4B64A 4NTCA 4D04A 4Z2TA 1ZMDA 1VDCA 3P1WA 3QVRA 4ADWA 3Q6JA 2GH5A 3FIMB 4H4SA 5KVIA 4CRTA 2IIDA 3AXBA 2BC1A 2BS3A 5KRQA 3RP6A 3O0HA 1PDHA 4DNAA 3QFBA 2WDVA 1GEUA 5JCMA 2A89A 2WOVA 3UKKA 3UP4A 3PO7A 4U8KA 1NAAA 3NTDA 2FBWA 1LPFA 2XCGA 1NHQA 1SEZA 3M13A 1IUXA 2ZZBA 5U63A 1GTHA 3EAOA 4X9MA 2BACA 3GD3A 3UOVA 5BRTA 1YQZA 2AAQA 3VR9A 3VRDB 1LQUA 3C4AA 3AE5A 3NGCX 2Q0KA 1GRBA 4OPCA 5JCLA 1S2QA 1CF3A 1XANA 4J57A 3GRSA 3BI2A 1GSNA 1IUVA 2YR4A 4K7ZA 3AE1A 3GMCA 1L0VA 1FOHA 3RP8A 1X31B 4OCGA 4Z2RA 2FJBA 4YSYA 4JNAA 2ZZCA 1TYTA 3NK0X 4OPIA 2X8HA 4B63A 4IA5A 1GXFA 3DMEA 3AYJA 5J60A 1S3EA 4K5SA 1H81A 2WP9A 1NHRA 3LZXA 1OJDA 2XVEA 3AECA 5GRTA 2GB0A 4H4WA 1L9EA 3AE7A 4BK1A 4J56A 3HZLA 4M52A 2RGJA 2XYOA 3CNJA 4TM4A 3C96A 2XLPA 3H4KA 2BS2A 5HYMA 1PXAA 1LVLA 2JAEA 4U2TA 4DSHA 2C70A 3CGBA 4CNJA 4DSGA 1GRAA 1N4UA 1Y56B 3QVPA 4JQ9A 2J3NA 3LJPA 2BK3A 3AEAA 4YTMA 2V3AA 3VRBA 4ICYA 4RG4A 3SQPA 3NK1X 3AE9A 4H4VA 4XXGA 1DJNA 2C66A 1OJTA 3GDNA 3SGLA 1E1MA 2BCGG 2CDUA 4TLXA 4K8DA 1NENA 5DBJA 1ZDLA 1Z6LA 1D7YA 3SM8A 2VVLG 3REDA 3DK4A 1B8SA 1HYUA 4B65A 2R46A 2E4GA 3LXDA 2WU5A 2R9ZA 2QA2A 2BABA 4H4PA 4H4XA 2GR0A 4J2WA 2C64A 2FJDA 2GVCA 4WCTA 1CJ3A 2BCPA 2C73A 1FEBA 3K7MX 3NKSA 4RSLA 2YAUA 2AR8A 4GF7A 4OPDA 1CC2A 2TMDA 3K30A 3BNUA 4U2SA 1NHPA 3BI5A 3BNMA 3L8KA 4B1BA 1F3PA 2YWLA 3UKLA 4NTDA 1COYA 1KF6A 1N1PA 3GDPA 3D1CA 3NYFA 2WESA 3Q9TA 4AT0A 2XLUA 3II4A 1GTEA 4Y4NA 4AOXA 4O5UA 4YTPA 4FK1C 1IUTA 5C2TA 2C72A 1BGNA 4H4QA 4OPLA 1QO8A 1GOSA 2VVMA 1ZOYA 4Y4MA 5KVHA 2GEWA 4U8NA 1YQ4A 2DKIA 2BK5A 4BK3A 3KPFA 4U8MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RBTA 1GTAA 4H2NA 1Q1RA 4O7HA 5TR3A 3RP7A 1WJKA 3KEBA 4BVXA 2YNXA 4J34A 4TR1A 3KVEA 3ERGA 2CT6A 1OJ9A 5E59A 1PKZA 1CJCA 1CC4A 2QSIA 3S5WA 1I5GA 1H7WA 5AN1A 4JR4A 2B6MA 5U25A 4GWRA 3GMBA 1Z3EA 1PJ5A 1O94A 1GSUA 2WQYA 4I2TA 4GSTA 1O6JA 1S3BA 2YG6A 3LXZA 2VD0A 1F8WA 4JY2A 4YWOA 3G7YA 2JSZA 5A5KA 3LZWA 4OPTA 1GTBA 5KEJA 4C74A 2L4CA 5ELAA 1NG4A 1G6WA 2H76A 2O85A 4IVOB 2WDQA 4USQA 2PMTA 1TOFA 3ATQA 2V5ZA 4KCEA 3G9BA 2GS3A 1U87A 1O73A 4HUAA 5ECRB 4IHUA 1C72A 4AJ6A 1D7LA 2EQ8A 2OKAA 4H50A 5JWOB 4ECJA 2XPEA 3ZFLA 1UN2A 2LKUA 2H19A 3HYPA 5JCKA 2R0GA 2VCXA 3K7QX 4U2LA 3GWDA 2FJAA 4V1Ap 1F9MA 4DSQA 3NH3X 1N2AA 3MYDA 2WETA 4A65A 2XLSA 3RHBA 3BBYA 2JZSA 4TR3A 2JB3A 2XHFA 1B9YC 4XCSA 4EXJA 3C7MA 3LGCA 4H86A 1GL8A 1SL1B 3L4NA 4IVFA 3ALJA 4FK1A 4AOSA 4ZL8A 1OC9B 1TK0B 3GH6A 3LSZA 4FDCB 3SWLA 1GLPA 2B76A 3CSHA 1WE0A 2PHHA 2WOIA 4RI7A 4USRA 1XFLA 4A5PA 3LW9A 3NYEA 5E4WA 3F8PA 2A87A 19GSA 2WULA 2CAIA 3H1NA 2CULA 4B67A 4HA6A 4YSXA 1K0MA 2GGTA 2JZTA 2HT9A 1TRWA 4O5QA 2O89A 2IMDA 3KD0A 4U8OA 3UOXA 1XWKA 1THXA 4F2IA 1GSQA 3AD8B 4OO5A 4ZILA 5LCZA 1EOHA 1DNCA 2G2QA 4K5RA 4TXOB 3SX6A 3F8DA 2HRFA 2XDOA 5HHFA 4AP3A 4B69A 4BPYA 3C4NA 2XVJA 3DVXA 2GSTA 1O5WA 5BULA 2BRAA 3IK9A 5KN1A 2DIYA 3LXTA 3Q18A 1ON4A 2BS4A 3AE6A 4EIPA 3DEXA 4N9XA 1T8EB 2ARDA 3E1TA 4XWRA 1SU9A 3KCMA 2JB1A 1EL7A 4OCFA 2R37A 2LQOA 4Z44A 4X4JA 3CPHG 2GQFA 1VF2A 2O9ZA 4MH3A 3TJFA 3HY2A 3DRNA 2L5OA 5IMCA 2PWJA 3WE0A 4ECBA 2H30A 4UDQA 3MWHA 4GF0A 4K0NA 1KNRA 3BOAA 5EL8A 1FHEA 3EC3A 4G19A 3TKSA 2EC4A 1YZXA 5IPYA 4CBQA 5GSSA 1HNCA 2IIYA 4PQIA 2GR1A 4MJBA 2YN1A 3FBSA 4BV6A 2QCUA 2WPEA 1CJ2A 4JE1A 5J5NA 3V3OA 1FW1A 3F6FA 1SD9A 2R0CA 2X3NA 3GWFA 3EF6A 5BMUA 1J08A 4KUNA 1TXXA 2CV4A 1JOAA 2VL2A 2A2RA 2FHEA 1V59A 1OJCA 3F8RA 3T0KA 3R2QA 1H83A 2VM1A 1GSFA 1MDJA 3QPMA 1SK2A 4XTSA 2PYXA 3ME7A 5A4VA 2OA7A 1NHSA 4N10A 4PNGA 3I6DA 3GV1A 4DVCA 4C5OA 4BIKA 5EOWA 3CNPA 4TVEA 2YWIA 3E0UA 2C7GA 2VM2A 2HI7A 5G2ZA 2O7KA 4K9ZA 5GSNA 2XFNA 1SJIA 4MA9A 3AE4A 1EOGA 2YWNA 1K3YA 4CCQA 2Y6QA 4BWQA 2YG4A 4ML1A 5U1OA 1M3IA 4L5LA 4CY8A 4YT0A 3MSZA 3FYGA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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