4X4JA

Structural and functional studies of bexe: insights into oxidation during be-7585a biosynthesis
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
486
structure length
482
Chain Sequence
DAPVVIAGAGPAGLMLAGELRLAGIGVVVLERLPARTGESRGLGFTARTMEVFDQRGLLRRFGEVQTSDQGHFGGIPVDFGLLDGAHQAAKTIPQSATEAVLEAWAGELGADIRRGHELTGVRDDGDGVAVTVRGPAGEHVLRAGWLVGCDGGRSAVRKAVGFDFPGTAATREMFLADLRGVELEPRMSLPGGMVMVGPLPGGVTRIIVCERDAPPRRRTGPPPFHEVADAWKRITGIDISAAEPVWLSAFGDATRQVTEYRRGRVLLAGDAAHVHLPAGGQGMNAGIQDAVNLGWKLAAVVRGTARADLLDTYHGERHPVGVRLLMNTRAQGLLFLNGAEMQPLRDVLAELTGYPDVARHLAAMVSGLEIAYDVGGGSHPWLGRRLPRLELDRGGRPSSTAELLRPARGLLLDFAGNAALRDRAAPWAGRIDVVTARPAGRVPGATTAVLVRPDGHVAWAAPGTHADLPMALERWFGPAPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Functional Studies of BexE: Insights into Oxidation During BE-7585A Biosynthesis
rcsb
molecule keywords Putative oxygenase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Amycolatopsis orientalis subsp. vinearia
total genus 134
structure length 482
sequence length 486
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4x4jA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4x4jA01
3DA1A 4CY8A 1GREA 4C3XA 1GT8A 1NAAA 4H4YA 1B4VA 1NHSA 2WU2A 4YKFA 3GD4A 1VQWA 1Y56B 1PJ6A 5BULA 2YLWA 4RG4A 5FMHA 3DK8A 1Q1RA 4USRA 1ZX9A 5JCIA 2GMHA 4YSYA 2GQFA 3AYIA 4B69A 1BZLA 4H7UA 3UKLA 1ONFA 1H7WA 1O94A 1TDFA 2DKIA 4H2RA 5M0ZA 4C5OA 3UKAA 4Z26A 2ZZCA 3VRDB 4BK1A 3BI4A 4OVIA 3CGEA 5BVAA 1HYUA 3S5WA 5FS7A 1ZDLA 3AD8B 1GRBA 2ACZA 3LB8A 1DXLA 4EIQA 3AD9B 5BUKA 1VG0A 4LA1A 5EBKA 3IC9A 2JBVA 1D4CA 3UTGA 4O5UA 1ZK7A 1H84A 1ZP0A 1PBCA 1VDCA 2DKHA 3Q6JA 2AAQA 4K8DA 3EPTA 1E1MA 3II4A 4H4SA 1KDGA 4Z2RA 4EMWA 2VVMA 5FS6A 2GF3A 2BS2A 5C2TA 2Q0KA 4Z2TA 4H4PA 1LJ1A 3UOYA 1K0JA 4UDRA 5IQ4A 2FJEA 2WP6A 3CNJA 3ISHA 5IPYA 1IUUA 2YM1A 3BHFA 4U8IA 4XWZA 4A9WA 4CNJA 3C4NA 1NHPA 2BK3A 3K7MX 4IV9A 1Q9IA 1BGJA 2V61A 3BI5A 1NHQA 4B67A 4EQXA 4Z2UA 1BF3A 2TPRA 2V60A 3DK9A 4B63A 5C3JA 2R9ZA 1PJ7A 2APGA 1XHCA 4LIIA 5EB5A 2WU5A 3EF6A 4AT0A 1FEAA 2QAEA 4AOXA 3FBSA 1EL5A 2FJDA 4DGKA 3VRBA 2WP9A 3GWFA 1IUWA 2X8CA 1PS9A 2FBWA 2GR3A 4CNKA 1BGNA 3S61A 1N4UA 3O0HA 2BC0A 4PABA 3R9UA 3CPHG 3QFBA 2TMDA 2XLPA 1D4DA 1Q1WA 2YR5A 4J2WA 4E0VA 2H89A 1GRTA 2WPFA 4FK1A 4JNAA 2YLZA 1Y56A 2YG3A 3NN0X 3ZYXA 4YKGA 3M0OA 4ICYA 3P4SA 2RGJA 4JN9A 4J34A 1ELIA 1L9DA 4U8JA 4Y4LA 3NTAA 1P2EA 3G5SA 1PBEA 4EIPA 1L9CA 1CHUA 2GVCA 3NT6A 4FDCB 4XWRA 3AE1A 1BKWA 2WOIA 1KSSA 1CF3A 3BNUA 4USQA 3UOVA 2BS4A 2RGHA 2R0GA 2C75A 3ICSA 4I59A 3BNMA 1F3PA 3LZXA 4MJWA 5M10A 4DSGA 5J60A 3NYEA 3IHGA 5HHFA 3GDNA 3KPFA 1PHHA 1DJQA 3AE8A 2YQUA 4APNA 1OJTA 2QA1A 2C3DA 5EB4A 5GRTA 3RHAA 4HB9A 2WPEA 3AE3A 2B9WA 3I6DA 2BACA 3P9UA 4NZHA 2BS3A 5U63A 4BJYA 4C3YA 2B7RA 4GF7A 1IUTA 1KFYA 2VQ7A 2XDOA 3QSSA 1PJ5A 2OALA 2R4EA 2XVHA 3CTYA 3P4RA 2GR1A 1NDAA 3GMCA 2PYXA 3K7TA 4GUVA 1N1PA 4NEWA 1CJ2A 2VVLA 4H4ZA 2A87A 4J33A 4Z44A 1K0LA 2C66A 4K5SA 2XLTA 1EBDA 2WEUA 4A99A 2X3NA 5KOWA 4K5RA 3V76A 2QA2A 1H82A 5JCNA 1EL7A 3UKKA 1ZY8A 1TYPA 4NTDA 2YG6A 3NRNA 1H6VA 3ICRA 5CQFA 4H4RA 3B3RA 4BV6A 1PXAA 4HA6A 3DJJA 1JOAA 4EM3A 2GH5A 1JRXA 3NK1X 3NYFA 1MO9A 4YT0A 3F8PA 4RG3A 2YLSA 2VRMA 3ICTA 3K30A 4EMJA 4EQWA 2GR0A 3V3OA 1O5WA 3NHOX 2CDUA 3UP5A 3AE9A 5KOXA 4NTCA 1H81A 2GAHB 3AEEA 4IVOB 4ECHA 2GAGB 2Y6QA 1D5TA 2X8HA 2A8XA 4Z43A 3UKPA 1OJAA 1XDIA 2R4JA 3GRSA 5HXIA 1N4VA 3GMBA 4U2TA 4N9XA 2OLNA 2IIDA 3AE2A 2R0PA 5LV9A 3NK2X 2VZ2A 4Y4NA 3DGZA 3NTDA 5JCMA 5GSNA 3FG2P 2GB0A 4H4TA 4UP3A 1LPFA 2FJBA 4WCTA 4TM1A 5IQ1A 1VG9A 4A6NB 3F8DA 4X9NA 3DGHA 2B7SA 4OCGA 2AR8A 2NPXA 3BHKA 2X99A 5TR3A 1TDOA 3UOXA 1F8RA 3NKSA 2YG5A 4U8LA 4EQSA 3REDA 3OZ2A 1TDEA 4H4XA 5JCLA 2EQ6A 2XYOA 1PN0A 2GV8A 5U1OA 2BCPA 5FS8A 4H4WA 2BK4A 3HZLA 1EL9A 3LZWA 2BABA 3B6DA 3L8KA 2YWLA 2C64A 2JK6A 3EAOA 2XFOA 1N4WA 2YVJA 2YG7A 3CIRA 1TYTA 1X31B 1GXFA 2BA9A 2WETA 3CNDA 3GYJA 3KD9A 3ADAB 1S2QA 2A89A 2XLSA 2XFNA 3AE5A 3CGCA 2XLRA 3L1RA 2YLRA 1S3EA 1RSGA 1NPXA 3LJPA 3NIXA 2Z5XA 4JNQA 4H50A 4RSLA 1PBDA 2BXSA 2PHHA 1GOSA 5HY5A 3CGBA 4GDPA 4LU6A 1PXCA 1BWCA 1MXTA 3FIMB 4YWOA 2I0ZA 3DJGX 1S3BA 3SGLA 2HQMA 4B68A 3IWAA 1LV0A 4CY6A 3NG7X 4AT2A 3CNPA 1E1KA 1GEUA 4OPTA 4PAAA 4XXGA 4A5LA 2H88A 1Z6LA 4JY3A 3URHA 4AP3A 1YKJA 3NYCA 4TLXA 2ZZBA 1D7YA 2YG4A 3DK4A 2CULA 1TDNA 1E1NA 4Y4MA 1CJCA 1F8SA 1NENA 1TRBA 3NLCA 3CPIG 3NNEA 4IA6A 1GTEA 2JB3A 3SFDA 1LQUA 2E5VA 3WE0A 1COYA 3G5RA 4OPLA 4H4UA 5KXJA 1GTHA 2WESA 3GDPA 1E39A 4M52A 3SFEA 1IUXA 4TM4A 4AP1A 3GD3A 2XCGA 4H2NA 4A7AA 2E1MA 3ABVA 2QCUA 1DNCA 2ZZ0A 2VOUA 3CN8A 1XPQA 3CGDA 2EQ7A 3ATQA 4J36A 5CKUA 4ZCDA 1DOEA 5U25A 5HYMA 4P9SA 2R45A 2Y6RA 1JNRA 3PVCA 4A6NA 1DOBA 2YVGA 2JB1A 3QSEA 1FEBA 1FL2A 3IF9A 3UKQA 4YTNA 4YTMA 5J7XA 3D8XA 2CVJA 1KF6A 2CFYA 2C7GA 2GRTA 3AE4A 4OPGA 4U2LA 3AE6A 4K22A 4TM0A 1E6EA 4BJZA 3NK0X 3QVPA 2FJAA 2Q0LA 1IUSA 5BRTA 4H4QA 1CC4A 3EANA 3AECA 3FPZA 3LOVA 3RNMA 4U8NA 3UTHA 3GWDA 4U8MA 3C96A 1GRFA 4U8KA 5DBJA 2YAUA 3ITJA 1YQ4A 2YM2A 3UTFA 1DOCA 3V3NA 1RP0A 4BK3A 4D04A 1PXBA 3H4KA 4B1BA 4D03A 3I3LA 1JNZA 2BCGG 1JRYA 1CC6A 2YVFA 1CJ3A 3QVRA 1ZMDA 2ARDA 3OC4A 3NN6X 4KX6A 4TLZA 4CCRA 3DJEA 4EM4A 4ZN0A 2OAMA 3VR8A 2GR2A 3ATRA 3PS9A 4H4VA 3AWIA 1GRAA 5KWFA 4FX9A 3AEBA 2RABA 1YQ3A 2WOVA 1E1LA 4BK2A 2RGOA 1M6IA 3AE7A 3AYLA 2EQ9A 2XVJA 4JDRA 3UTEA 2XVIA 4OPUA 4K2XA 1B37A 1NG4A 1OJCA 2WDVA 4GR1A 2XFUA 1E7PA 3JSKA 3VR9A 3NGCX 2C73A 3T37A 5FS9A 2B9YA 4YSHA 1VRQB 4A65A 3AEAA 5KVHA 1H7XA 2VVLG 1D4EA 1GRGA 1K4QA 4GRTA 3UP4A 1B8SA 1NEKA 4C77A 2OA1A 3QJ4A 3SM8A 4A79A 1GSNA 3UKFA 4CRTA 4GCMA 2V3BA 4TM3A 4AOSA 3VQRA 4YXDA 2B9XA 2WOWA 3P4PA 4B64A 3VRAA 1DODA 1PDHA 3AEGA 1MOKA 2J3NA 4I58A 1Y0PA 4U2SA 4B65A 3LXDA 1IJHA 4H2PA 5JCKA 4UDPA 4FK1C 1GPEA 4X9MA 2YLXA 1RYIA 4U8PA 2R46A 4J31A 5KRQA 1P2HA 2W0HA 2IVEA 1XANA 1ZMCA 1F6MA 3BI2A 4BURA 3AEDA 5EOWA 4ZCCA 2WHDA 1CBOA 2WDQA 2XFPA 3D1CA 3KKJA 3SQPA 2Z5YA 3DH9A 1FCDA 3Q9TA 2Q7VA 2XVFA 2X50A 1QLBA 2WBAA 1GV4A 3UOZA 3RP7A 3H8LA 3C4AA 1JEHA 1K0IA 4U8OA 2F5ZA 5ER0A 3UKHA 4REKA 1DJNA 2UZZA 4UDQA 4NTEA 2IVDA 3AD7B 4CCQA 1ZOVA 4IVMB 4J56A 2C72A 4H2QA 3F8RA 3GSIA 3FMWA 2AQJA 3COXA 1QJDA 2GQWA 1KNPA 2YR6A 3IHMA 2WS3A 4EQRA 1REOA 4K7ZA 1YY5A 1LTXR 1FECA 2YLTA 1GETA 2BC1A 4EMIA 2C67A 2YR4A 4Z24A 4IA5A 3H8IA 4YSXA 1YQZA 1NG3A 2R0CA 3M12A 1AOGA 1CL0A 1FOHA 1S2YA 3CPJG 3M13A 2JB2A 2C76A 1LVLA 4KPRA 2O9ZA 3G5QA 1EL8A 1KNRA 1OJDA 3ALMA 2JKCA 3GRTA 3P4QA 1CC2A 3AXBA 4GDEA 4OPDA 1PBFA 1H86A 3ALLA 4X4JA 4NEVA 3KU9A 1UKVG 1GESA 1V59A 1F8WA 4YSZA 3ZDNA 1ZKQA 2Q6UA 5L46A 2WP5A 1B5QA 1D7LA 4J57A 1GERA 1H83A 2JAEA 2XVEA 1L9EA 1ZOYA 2NVKX 3AB1A 4WX1A 3GYIA 4DNAA 2WQYA 4B66A 2C3CA 2BYBA 3ALJA 3UCLA 1JRZA 1L0VA 2V5ZA 4DSHA 2BXRA 2WDRA 3AYJA 1NHRA 4ADWA 3NH3X 4JY2A 2E4GA 1M64A 1GRHA 2ZBWA 3RP6A 2VRLA 4O5QA 1OJ9A 3RP8A 1LQTA 3E1TA 3QFAA 1W4XA 2C70A 4OPIA 2C65A 4YTPA 4JQ9A 3QSMA 3DJDA 1JU2A 1TDKA 2V6OA 2XLUA 3K7QX 4OPCA 2GEWA 1GALA 2V3AA 4Z25A 2OLOA 5KVIA 1IUVA 3DMEA 1CJ4A 1O95A 3AEFA 4CBQA 2EQ8A 3PO7A 4C74A 3KVEA 2X8GA 3CNTA 2WPCA 1PBBA 3CNSA 3LADA 1QO8A 2GMJA 2XFQA 3P1WA 3KLJA 3KA7A 2B76A 2BK5A 1GNDA 2VQBA 1SEZA 1KSUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ECSA 2YV7A 4KSOA 4CY8A 4DEJA 4K8MA 2WU2A 5DCGA 3UVTA 4O5RA 5BULA 2F8AA 5H5SA 3BCKA 2H76A 1ZX9A 4B69A 1NHYA 4OO5A 3RPPA 4E8HA 1H7WA 1O94A 1TDFA 3SYIA 4BK1A 3QPMA 4OVIA 3S5WA 1XWKA 1GSUA 6GSTA 1A2JA 1DXLA 4EIQA 4FO5A 4LA1A 4ULXA 2RM5A 5EBKA 1GWCA 2JBVA 1D4CA 3G7JA 1BJXA 4XCSA 5AN1A 1T8EB 4KNDA 1ZK7A 1PBCA 1VDCA 1ZP0A 1X5DA 3EPTA 4YAVA 3VWXA 2EC4A 2JZTA 4Z2RA 3APSA 2Q0KA 3ZMLA 3WGXA 14GSA 3FZ9A 3QAVA 5AGYA 1XWGA 4XS6A 2IMIA 2FJEA 5DVBA 3CNJA 5IQ4A 5IPYA 4IKHA 4XWZA 4U8IA 3F4RA 4CNJA 3UBKA 5ECLB 2V61A 4MZCA 4RQRA 3TKRA 3GYKA 4EQXA 3DK9A 1BF3A 4B63A 1S3CA 2V1MA 2B1KA 3KPKA 5IO0A 2WU5A 5BMUA 4DGKA 2EIQA 3VRBA 2WP9A 3GWFA 3J7Yk 3KTBA 1PS9A 2FBWA 4N30A 1XVQA 1VRSD 2GR3A 4CNKA 1VF3A 3IAM2 3HJOA 3LYKA 3CMIA 3CPHG 3O76A 4E0VA 4FK1A 3L4NA 3ZYXA 2YCDA 5G2ZA 4ZBAA 2O89A 3P4SA 3UAPA 4JN9A 1ELIA 3TGZA 3MAKA 1L9DA 1OC8A 4Y4LA 1YF0A 3HVVA 1DE1A 3IAS2 3KM6A 3LSZA 1EP7A 3BNUA 2BS4A 2H1BA 3GKNA 2YJ7A 1S3AA 4KDYA 2C75A 3ICSA 4XTSA 4MJWA 5J60A 4IHUA 5A5KA 3GDNA 4POBA 4WBJA 5DALB 3TOUA 3KPFA 5JWOB 1EEJA 3DIEA 1UA5A 1TJDA 2PERA 3RHAA 2WPEA 3P9UA 12GSA 1F37A 4GF7A 3LEFA 2I9HA 2HSMA 3C7MA 1PJ5A 3P4RA 2GR1A 2PYXA 4GUVA 5KMQA 1N1PA 3G7YA 1PGTA 4KAEA 2O7KA 2VCTA 3O6TA 4J56E 4USSA 3V76A 4KX4A 2CZ3A 3FHKA 4ECBA 2QA2A 2A2SA 5ELAA 20GSA 1EL7A 1FW1A 3UKKA 1UVZA 2HRKA 1ZY8A 4NTDA 4HS1A 4TR1A 3UOMA 4MH2A 3DJJA 2GTUA 2VL3A 1JRXA 2GH5A 4Z7XA 4G2EA 3ICTA 5IPHA 4PNGA 2GR0A 2LRTA 3V3OA 1R5AA 2CDUA 5DQSA 1X0RA 1H81A 4ECHA 2X8HA 2A8XA 3GRSA 2QC7A 1TRWA 2H01A 6GSYA 2HZEA 1ML6A 4Y4NA 3DGZA 2VM2A 5JCMA 2CT6A 3GUSA 4WCTA 5IQ1A 1A8LA 3F8DA 3P90A 3DGHA 4G6HA 4X9NA 3BHKA 2LV3A 3REDA 2OE1A 1TDEA 5B8BA 1ZOFA 5JCLA 2EQ6A 1PN0A 1E6BA 2B3SA 3VK9A 4AF2A 5FS8A 4NAXA 4F2IA 5GAND 2YWLA 2PWJA 2C64A 1M7TA 2YWMA 1N4WA 2K8VA 3FKFA 1TYTA 2YG7A 1GXFA 2YVJA 3GYJA 3ZDNA 1S2QA 5CREA 2KP2A 3GSTA 3ZTLA 3L1RA 2AV4A 5ECNB 3TOTA 1Q98A 1RSGA 1NPXA 3LJPA 2WJUA 1PBDA 5C04A 1GOSA 2FGXA 5ECQB 3SXIA 2R2JA 3SZWA 1PXCA 4EKZA 6GSWA 4ID0A 3IWAA 3T2KA 4QL9A 3CNPA 1B48A 4IJ3A 4JY3A 4TLXA 1N2AA 3DK4A 4KSMA 1E1NA 4Y4MA 2N5FA 3IDVA 4X43A 1NENA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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