3I3LA

Crystal structure of cmls, a flavin-dependent halogenase
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
567
structure length
550
Chain Sequence
HMTRSKVAIIGGGPAGSVAGLTLHKLGHDVTIYERSAFPRYRVGESLLPGTMSILNRLGLQEKIDAQNYVKKPSATFLWGQDQAPWTFSFAAPAPWVFDHAVQVKREEFDKLLLDEARSRGITVHEETPVTDVDLSDPDRVVLTVRRGGESVTVESDFVIDAGGSGGPISRKLGVRQYDEFYRNFAVWSYFKLKDPFEGDLKGTTYSITFEDGWVWMIPIKDDLYSVGLVVDRSKSAEVREQGADAFYSSTLAKCAKAMDILGGAEQVDEVRIVQDWSYDTEVFSADRFFLCGDAACFTDPLFSQGVHLASQSAVSAAAAIDRITRHGDEKDAVHAWYNRTYREAYEQYHQFLASFYTFASFTEPDSEFWRKRRITESDDDRLTRKKWFESFRDRASTMIAIGRHQRPELSDDFSEAELNPARVRWISDLTKRLNSITRFKWTGGKAVLKQHYRVEPIGFRLEQREVLANGEGLDMAQYPMDDEARQIFQDLAEEEFGYKTLVKRLGAVGRQELSTQIVVRLMEAGLLTGYDAQGEKVFVQGRLHFGGVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces venezuelae
publication title Chloramphenicol Biosynthesis: The Structure of CmlS, a Flavin-Dependent Halogenase Showing a Covalent Flavin-Aspartate Bond
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkylhalidase CmlS
total genus 186
structure length 550
sequence length 567
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1370 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3i3lA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 3i3lA01
1JEHA 4U8OA 2Q6UA 1KFYA 2F5ZA 2R0PA 3B6DA 3CGCA 2ZZCA 4Y4NA 2BK3A 2YWLA 3NLCA 3NNEA 2BYBA 1JOAA 4A9WA 3AECA 4U8KA 4TM1A 4OPCA 2YG3A 1GOSA 1DOBA 4E0VA 1YY5A 3GD4A 4Z26A 3S5WA 4H4RA 3GDNA 1Y56A 2X50A 3ALJA 4JDRA 3I6DA 3IWAA 2YAUA 4X9MA 2C72A 1D7LA 3FG2P 3GWFA 1MOKA 2PHHA 1D4EA 2GEWA 3UP4A 1N4VA 2RABA 2X99A 4DGKA 2WQYA 1B5QA 2XLRA 3P1WA 4IV9A 4YSZA 2WDQA 1O94A 4YSHA 3S61A 2C64A 1IJHA 1N1PA 3GD3A 4Z24A 1ZK7A 1B37A 2V5ZA 3AEBA 3EAOA 1QJDA 3ABVA 4CRTA 2X8HA 1ZDLA 4O5UA 2QA2A 4H4TA 1EBDA 5M10A 4NEVA 2BK4A 2X8GA 1PXCA 1H86A 1GTHA 2JB1A 2R4JA 3NTDA 4ZCCA 3RP8A 1AOGA 4Y4LA 3D1CA 3GMCA 1CJ2A 2XVIA 3GRSA 4U8LA 3UKQA 4YSXA 4CY6A 3SGLA 2BXRA 2VVLG 2IIDA 4PAAA 3ICSA 4FX9A 2V60A 3NHOX 3UKPA 3NKSA 1TDKA 3UTHA 2NVKX 3VR9A 1UKVG 4BJZA 2Y6RA 3Q6JA 5GSNA 2WETA 3ICTA 4YWOA 3AWIA 4H4WA 2BACA 4H2RA 1BZLA 4H4ZA 3M12A 3K30A 3BI5A 3REDA 1BF3A 4U8NA 4K2XA 3CNTA 3K7QX 4H2PA 1OJAA 4OPUA 4MJWA 1PJ6A 1DJNA 4AOXA 3I3LA 1IUUA 1IUWA 1NAAA 2OA1A 4OVIA 1GRTA 2DKIA 2YG6A 3CNPA 2XLUA 4H4QA 3AEAA 1VG9A 2CULA 2WU2A 2XLSA 3H8LA 3GMBA 1D5TA 4B68A 2WP5A 4XWRA 1ZP0A 2YVFA 4A5LA 2JK6A 2Z5YA 3BI2A 4A79A 2BXSA 2R9ZA 2OALA 2UZZA 3UOXA 3RP6A 3UOZA 2YLZA 3ZDNA 1CL0A 2BA9A 1S2QA 2EQ7A 1GERA 3VQRA 2V6OA 1JNRA 2YR4A 4GR1A 2BS4A 3B3RA 1BGJA 1QLBA 1OJ9A 2C75A 3M13A 4X4JA 2GQFA 1PS9A 2C65A 2GR1A 1F8WA 1O95A 2H89A 3T37A 5JCKA 2XVHA 4H50A 3P9UA 3L8KA 2QA1A 3NGCX 1O5WA 5BULA 1KSUA 1N4WA 1K4QA 1TYPA 2GQWA 2YLXA 3G5SA 5EB4A 4CCQA 3CNJA 3LB8A 4H4VA 4K22A 3KLJA 4NZHA 4Z2UA 1IUXA 5FS7A 1L9EA 3K7TA 1NHPA 2C7GA 2C70A 4YTMA 2WOIA 1CC2A 1LVLA 2APGA 3ISHA 5M0ZA 1P2EA 1EL5A 3QVPA 1X31B 2JBVA 5KOXA 1ONFA 5KXJA 1GSNA 5HHFA 4EMJA 3AD9B 3L1RA 4EMWA 2VRLA 1W4XA 2R0GA 1S3EA 1PJ7A 3AE5A 1E1LA 3LJPA 4WX1A 3NYFA 4EQSA 3CNSA 1E1NA 2GF3A 3ZYXA 4H2NA 1BGNA 5GRTA 4EQWA 2B9WA 2E5VA 1JNZA 1CHUA 2ZZ0A 1PHHA 3DMEA 4B64A 4RG4A 3DJEA 4U2TA 3HZLA 2C76A 2EQ9A 4H4XA 5KWFA 4XWZA 1ZMDA 2YLSA 4JNAA 3AB1A 1ZY8A 4IVOB 1SEZA 3NYCA 1COYA 2AAQA 1F8SA 2ZZBA 2GV8A 3DGHA 4EM4A 5HYMA 1H82A 2Y6QA 2B7RA 2X3NA 2YG7A 3CN8A 1GXFA 2PYXA 4LIIA 1H7WA 5CKUA 4X9NA 1GPEA 3AEGA 1KF6A 2VQ7A 3AE2A 3V76A 4A65A 1TDEA 1YQ4A 3DGZA 1DOEA 4J31A 5C2TA 1LTXR 3CIRA 4H4SA 1CJ3A 2WHDA 2CDUA 4CCRA 3ALMA 4APNA 1PJ5A 1NEKA 1XPQA 4H4PA 5BUKA 1GEUA 3F8DA 3NRNA 1GNDA 2XFQA 4PABA 3P4QA 3FPZA 4YTNA 3UTGA 2JB3A 4Y4MA 4A99A 1GESA 1ZMCA 2YG5A 4FK1C 4NTEA 5FS8A 1VDCA 4CNJA 3DA1A 3FMWA 3UKLA 4GDPA 2Q7VA 3UKAA 3V3NA 1BKWA 1D7YA 1TDNA 4J56A 3AD8B 3DJGX 2WOWA 1XHCA 3C4NA 1PBDA 4B69A 1YQ3A 1NDAA 4J33A 1ZX9A 1F8RA 2FJEA 3AXBA 3EPTA 3GYIA 3K7MX 1GETA 2TMDA 5FS6A 5FMHA 4H7UA 4J34A 1JRZA 1ZOVA 1HYUA 4YTPA 4IA5A 2C66A 4BJYA 1NPXA 1E6EA 2VOUA 3C96A 5IQ1A 2DKHA 2XFOA 3CGBA 2YM2A 4TLXA 4OPLA 4B67A 1LQUA 1MXTA 4D03A 3UKFA 4OPTA 3AE8A 3LZXA 2YLWA 3CGEA 1JRYA 5C3JA 5LV9A 4J36A 4H4YA 4K5RA 3ITJA 2YR5A 3VR8A 3AE4A 4HB9A 1E39A 3DJDA 2XFPA 3IF9A 4C77A 3IC9A 4K7ZA 5KRQA 2YLRA 3SFEA 1CC6A 2WS3A 2BCPA 3UOYA 4AP1A 5BVAA 4EMIA 4FK1A 1Q1RA 5U63A 4Z25A 4AT0A 4I58A 3QSEA 1FOHA 1H83A 2WPFA 3KU9A 4U2SA 5BRTA 2OLNA 3URHA 3NG7X 3DK4A 2XDOA 3P4RA 4B63A 1JRXA 4EQXA 2WOVA 3GDPA 1PDHA 2XCGA 2XFNA 1IUTA 2YVGA 3G5RA 3PO7A 2I0ZA 2IVEA 4K8DA 1P2HA 3UP5A 4LU6A 3H4KA 1GRAA 2BC1A 5U25A 4C3YA 1MO9A 5FS9A 3EF6A 2Z5XA 2FBWA 3P4SA 4FDCB 4O5QA 2R45A 2EQ8A 1H7XA 4TM3A 3P4PA 5JCNA 4GCMA 1FEAA 1VG0A 3QSSA 2QCUA 4EQRA 3GWDA 3NIXA 4Z2TA 4RG3A 4C74A 1RP0A 3KPFA 2GR2A 4REKA 2WPEA 4IVMB 2GRTA 2C3DA 3PVCA 4ECHA 1GRGA 3AE7A 2VQBA 2WDVA 4P9SA 1M64A 3GYJA 4BURA 1Z6LA 3AE6A 4KPRA 3R9UA 1F3PA 1JU2A 4H2QA 1DXLA 2R46A 3OZ2A 2GAHB 3UTFA 1V59A 2A8XA 5J7XA 1GV4A 3QFAA 2FJAA 2WESA 1CF3A 3AYLA 3NK2X 1K0LA 3KD9A 1EL9A 1K0IA 3G5QA 3BNUA 4U8MA 2X8CA 4KX6A 4AP3A 2WBAA 3LADA 1LQTA 1NHSA 4BV6A 3NK0X 4Z43A 3NTAA 3ATQA 2XFUA 4UDPA 3NN6X 5EBKA 2GH5A 1YKJA 2B9YA 1PBEA 4USRA 1DODA 2JAEA 1PN0A 3DJJA 4YKGA 5J60A 4C3XA 2BS2A 4JY3A 5IQ4A 1D4CA 1E7PA 1FECA 2ZBWA 3NT6A 1Y0PA 3UCLA 4YT0A 3CPIG 3QJ4A 4JQ9A 5ER0A 1FEBA 3C4AA 3RHAA 2B76A 5EOWA 4DNAA 4ADWA 4NTCA 4ZCDA 2JKCA 5CQFA 5DBJA 1LJ1A 2QAEA 4GRTA 1M6IA 2RGOA 4OPGA 2IVDA 4NEWA 2C73A 2XVFA 2RGHA 1XDIA 3IHGA 3KVEA 1TRBA 3EANA 3NN0X 3NYEA 3O0HA 4OPIA 1KDGA 2GB0A 3DH9A 4Z44A 4BK1A 4IA6A 2XVEA 3DK8A 1IUVA 1B8SA 3GRTA 1B4VA 2ACZA 3ATRA 5HY5A 2VRMA 1N4UA 3AEDA 4GF7A 1TYTA 5KVIA 4UDRA 4DSHA 3AEEA 4OCGA 2GMHA 3CNDA 2YVJA 4C5OA 1S3BA 2YQUA 1L0VA 2V3BA 2WU5A 1NHQA 2E1MA 4AT2A 1E1KA 1CJCA 2BABA 3AE3A 4WCTA 5HXIA 2O9ZA 5KOWA 2RGJA 5U1OA 1FL2A 4YKFA 1REOA 1F6MA 2CFYA 1E1MA 4TLZA 3SFDA 4A7AA 4UDQA 3AYJA 4AOSA 1NG3A 2YLTA 2Q0KA 4EIQA 2C3CA 3F8PA 2EQ6A 1S2YA 1DNCA 4Z2RA 1TDFA 1YQZA 3KKJA 3WE0A 4EIPA 2B7SA 2B9XA 2WPCA 4B1BA 2FJDA 2WP9A 4OPDA 4DSGA 1NHRA 1TDOA 1CBOA 4N9XA 3GSIA 1GALA 1LPFA 3DK9A 3IHMA 2BK5A 3QFBA 3F8RA 3V3OA 1PXBA 3SM8A 5IPYA 2W0HA 1NENA 3ALLA 4K5SA 4YXDA 2AQJA 1OJDA 4XXGA 5JCLA 5JCMA 3CPJG 1H84A 2GAGB 4USQA 3UTEA 1K0JA 3BHFA 1DOCA 3UOVA 2YG4A 3E1TA 1KNRA 1L9DA 3UKKA 5EB5A 3COXA 2VVMA 4GDEA 1PBFA 2GR0A 1NG4A 4A6NB 2ARDA 4GUVA 4U8JA 2HQMA 2YM1A 3H8IA 3VRDB 3NH3X 4B66A 3AE9A 3NK1X 2XYOA 4LA1A 3OC4A 2NPXA 3CPHG 1L9CA 2GR3A 3FBSA 3RNMA 1GRBA 4HA6A 1ZOYA 1KNPA 4EM3A 3BI4A 1PBBA 2J3NA 2AR8A 4CBQA 4ZN0A 1CJ4A 2XVJA 4UP3A 3UKHA 1GTEA 2BS3A 3D8XA 4I59A 1Y56B 4JY2A 4D04A 3VRBA 2H88A 5L46A 2FJBA 2JB2A 1PXAA 3AYIA 3RP7A 4J57A 4CNKA 3AEFA 4BK2A 4JN9A 4YSYA 4U2LA 4U8PA 3AD7B 4B65A 2OAMA 2V3AA 3LXDA 3BHKA 2WP6A 1H6VA 1Q9IA 4CY8A 2Q0LA 1PBCA 2GMJA 2VVLA 3Q9TA 3ADAB 3AE1A 2XLTA 3KA7A 2GVCA 1GRHA 2CVJA 1VQWA 1BWCA 1XANA 5JCIA 2A89A 1ELIA 3LOVA 4NTDA 5TR3A 1H81A 2R4EA 1LV0A 1GREA 3SQPA 3FIMB 3PS9A 1KSSA 2WEUA 4M52A 4J2WA 4JNQA 1EL8A 2YR6A 2BC0A 1GRFA 3VRAA 3QVRA 4BK3A 1FCDA 2WDRA 5KVHA 3JSKA 2R0CA 4ICYA 1DJQA 4H4UA 4RSLA 3LZWA 1Q1WA 2A87A 2XLPA 2C67A 3CGDA 4TM4A 2V61A 2BCGG 2OLOA 2E4GA 1VRQB 3M0OA 3II4A 1RYIA 3QSMA 1GT8A 1OJTA 1ZKQA 1IUSA 1CC4A 1EL7A 3ICRA 1QO8A 4TM0A 1OJCA 4A6NA 3CTYA 4U8IA 1D4DA 1RSGA 2TPRA 3BNMA 2VZ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D1CA 2FNPA 5LHHA 2JA8J 4B43A 2LY2A 1TWFJ 4IRGA 2D1HA 4RA2A 1KFYA 2Q6UA 3CGCA 1S5LC 1V55H 1NHAA 4CSWA 3NNEA 4A9WA 2E19A 2DA3A 3AECA 4OPCA 2YG3A 2CQNA 2XAGA 4NWZA 4KITB 3PQJA 4ABZA 4F92B 3GTGJ 4QTRA 1K6OA 2OU2A 3S17J 1JGSA 5F27A 5DYMA 2E35A 4X9MA 1ZRDA 1SFUA 2LMDA 4PGGA 3DF8A 3GFIA 3OIQA 2IJLA 1G59A 2WDQA 1IDYA 2MSYA 2GLOA 5C4XJ 4YSHA 1BC8C 3O8HA 4AIKA 1WJFA 3RPQA 4Z24A 4KMUX 2H1LA 2ICWG 4YEJA 4MNUA 4D0PA 2O9LA 1L0OC 1J59A 3EAOA 1EKEA 1IRZA 4XLFA 2QZ8A 1W7PB 2BK4A 2OBPA 2OD5A 3L9FA 2P7VB 3ZQCA 2O8KA 4KNYA 1PXCA 3PUBA 4IL6C 1T38A 3WTVC 1AOGA 3D1CA 2AHQA 2EILH 4EMSA 5D5VB 1CJ2A 3SDBA 5M3MJ 1Q1VA 3OL4A 2XIGA 2NYXA 5EZGA 2BOLA 3CMEI 4XORA 3R6SA 3CCRI 4M9SA 1ZHFA 1FLIA 1B9NA 2M2EA 3TP3A 3M8JA 4GAVA 3TKYA 3BJ6A 1TDKA 3UTHA 3VR9A 1QHHD 1UKVG 2Y6RA 1G3TA 3R60A 2WETA 3AWIA 1NH3A 1AU7A 4P55A 1U8RA 4H2RA 1BZLA 3IV5A 4H4ZA 3M12A 3CMYA 3G1OA 3REDA 1W5TA 3B73A 4PDKA 4IRIA 3SXIA 3OIOA 1JHFA 1GV5A 1SD5A 1IUWA 2ZXJA 2RQPA 2W82A 2MFZA 3E6DA 1T8IA 5AONA 3AG3H 4WXHA 1GRTA 2LF7A 1T98A 1TWGJ 2DKIA 1N25A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5HY5 A;  2VRM A;  1N4U A;  3AED A;  4GF7 A;  1TYT A;  5KVI A;  4UDR A;  4DSH A;  3AEE A;  4OCG A;  2GMH A;  3CND A;  2YVJ A;  4C5O A;  1S3B A;  2YQU A;  1L0V A;  2V3B A;  2WU5 A;  1NHQ A;  2E1M A;  4AT2 A;  1E1K A;  1CJC A;  2BAB A;  3AE3 A;  4WCT A;  5HXI A;  2O9Z A;  5KOW A;  2RGJ A;  5U1O A;  1FL2 A;  4YKF A;  1REO A;  1F6M A;  2CFY A;  1E1M A;  4TLZ A;  3SFD A;  4A7A A;  4UDQ A;  3AYJ A;  4AOS A;  1NG3 A;  2YLT A;  2Q0K A;  4EIQ A;  2C3C A;  3F8P A;  2EQ6 A;  1S2Y A;  1DNC A;  4Z2R A;  1TDF A;  1YQZ A;  3KKJ A;  3WE0 A;  4EIP A;  2B7S A;  2B9X A;  2WPC A;  4B1B A;  2FJD A;  2WP9 A;  4OPD A;  4DSG A;  1NHR A;  1TDO A;  1CBO A;  4N9X A;  3GSI A;  1GAL A;  1LPF A;  3DK9 A;  3IHM A;  2BK5 A;  3QFB A;  3F8R A;  3V3O A;  1PXB A;  3SM8 A;  5IPY A;  2W0H A;  1NEN A;  3ALL A;  4K5S A;  4YXD A;  2AQJ A;  1OJD A;  4XXG A;  5JCL A;  5JCM A;  3CPJ G;  1H84 A;  2GAG B;  4USQ A;  3UTE A;  1K0J A;  3BHF A;  1DOC A;  3UOV A;  2YG4 A;  3E1T A;  1KNR A;  1L9D A;  3UKK A;  5EB5 A;  3COX A;  2VVM A;  4GDE A; 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 1FCD A;  2WDR A;  5KVH A;  3JSK A;  2R0C A;  4ICY A;  1DJQ A;  4H4U A;  4RSL A;  3LZW A;  1Q1W A;  2A87 A;  2XLP A;  2C67 A;  3CGD A;  4TM4 A;  2V61 A;  2BCG G;  2OLO A;  2E4G A;  1VRQ B;  3M0O A;  3II4 A;  1RYI A;  3QSM A;  1GT8 A;  1OJT A;  1ZKQ A;  1IUS A;  1CC4 A;  1EL7 A;  3ICR A;  1QO8 A;  4TM0 A;  1OJC A;  4A6N A;  3CTY A;  4U8I A;  1D4D A;  1RSG A;  2TPR A;  3BNM A;  2VZ2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D1C A;  2FNP A;  5LHH A;  2JA8 J;  4B43 A;  2LY2 A;  1TWF J;  4IRG A;  2D1H A;  4RA2 A;  1KFY A;  2Q6U A;  3CGC A;  1S5L C;  1V55 H;  1NHA A;  4CSW A;  3NNE A;  4A9W A;  2E19 A;  2DA3 A;  3AEC A;  4OPC A;  2YG3 A;  2CQN A;  2XAG A;  4NWZ A;  4KIT B;  3PQJ A;  4ABZ A;  4F92 B;  3GTG J;  4QTR A;  1K6O A;  2OU2 A;  3S17 J;  1JGS A;  5F27 A;  5DYM A;  2E35 A;  4X9M A;  1ZRD A;  1SFU A;  2LMD A;  4PGG A;  3DF8 A;  3GFI A;  3OIQ A;  2IJL A;  1G59 A;  2WDQ A;  1IDY A;  2MSY A;  2GLO A;  5C4X J;  4YSH A;  1BC8 C;  3O8H A;  4AIK A;  1WJF A;  3RPQ A;  4Z24 A;  4KMU X;  2H1L A;  2ICW G;  4YEJ A;  4MNU A;  4D0P A;  2O9L A;  1L0O C;  1J59 A;  3EAO A;  1EKE A;  1IRZ A;  4XLF A;  2QZ8 A;  1W7P B;  2BK4 A;  2OBP A;  2OD5 A;  3L9F A;  2P7V B;  3ZQC A;  2O8K A;  4KNY A;  1PXC A;  3PUB A;  4IL6 C;  1T38 A;  3WTV C;  1AOG A;  3D1C A;  2AHQ A;  2EIL H;  4EMS A;  5D5V B;  1CJ2 A;  3SDB A;  5M3M J;  1Q1V A;  3OL4 A;  2XIG A;  2NYX A;  5EZG A;  2BOL A;  3CME I;  4XOR A;  3R6S A;  3CCR I;  4M9S A;  1ZHF A;  1FLI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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