3I3LA

Crystal structure of cmls, a flavin-dependent halogenase
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
567
structure length
550
Chain Sequence
HMTRSKVAIIGGGPAGSVAGLTLHKLGHDVTIYERSAFPRYRVGESLLPGTMSILNRLGLQEKIDAQNYVKKPSATFLWGQDQAPWTFSFAAPAPWVFDHAVQVKREEFDKLLLDEARSRGITVHEETPVTDVDLSDPDRVVLTVRRGGESVTVESDFVIDAGGSGGPISRKLGVRQYDEFYRNFAVWSYFKLKDPFEGDLKGTTYSITFEDGWVWMIPIKDDLYSVGLVVDRSKSAEVREQGADAFYSSTLAKCAKAMDILGGAEQVDEVRIVQDWSYDTEVFSADRFFLCGDAACFTDPLFSQGVHLASQSAVSAAAAIDRITRHGDEKDAVHAWYNRTYREAYEQYHQFLASFYTFASFTEPDSEFWRKRRITESDDDRLTRKKWFESFRDRASTMIAIGRHQRPELSDDFSEAELNPARVRWISDLTKRLNSITRFKWTGGKAVLKQHYRVEPIGFRLEQREVLANGEGLDMAQYPMDDEARQIFQDLAEEEFGYKTLVKRLGAVGRQELSTQIVVRLMEAGLLTGYDAQGEKVFVQGRLHFGGVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Chloramphenicol Biosynthesis: The Structure of CmlS, a Flavin-Dependent Halogenase Showing a Covalent Flavin-Aspartate Bond
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkylhalidase CmlS
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces venezuelae
total genus 186
structure length 550
sequence length 567
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
A PF04820 Trp_halogenase Tryptophan halogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1370 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3i3lA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 3i3lA01
4Z25A 3UTEA 1H7WA 4YKGA 3GD4A 1OJDA 2BS4A 4YKFA 2C73A 5L46A 4AT0A 4RG3A 5BUKA 3NTAA 4OCGA 1JRYA 4DSHA 2C3DA 1NHQA 4B69A 1ZOYA 3CGCA 4H4RA 4BK2A 4KPRA 3IHGA 3AE9A 4IA6A 3NN0X 2BS3A 2IVEA 2VVLA 3NNEA 1CL0A 1PBFA 2WU2A 3C4AA 2C65A 4GRTA 1H6VA 4CNKA 1QJDA 1VG0A 4YXDA 1E6EA 2OAMA 3GRSA 3ALMA 4O5UA 1E1KA 2YR6A 3SGLA 1P2HA 2XYOA 3VRAA 2V5ZA 2A87A 2XVHA 3ADAB 2GQFA 1PXCA 4C74A 4U8NA 2TPRA 2AR8A 5J7XA 4BJYA 1F3PA 1PBCA 3CPHG 2W0HA 3FPZA 2JK6A 2OLOA 4Z2TA 4UDQA 4Y4NA 1Q1WA 1N1PA 4C3XA 1EL7A 3FIMB 3IC9A 4USRA 4EMIA 3LXDA 1W4XA 2GR1A 2WP6A 3C4NA 3CNSA 4Z2RA 1FL2A 2YG3A 5KVIA 3AB1A 3NK2X 3WE0A 5DBJA 2VZ2A 2WOIA 1NG4A 2V3AA 4Y4MA 2BYBA 1IUTA 4CNJA 1ZX9A 2WOWA 4NZHA 1F8WA 1TDNA 4APNA 1GV4A 4NTCA 3UTFA 1DOEA 3AE8A 2GVCA 2E4GA 2C76A 3SFEA 3DK9A 1K0JA 3NH3X 3VRDB 4CBQA 1X31B 1QLBA 2WDVA 3AEAA 4Z2UA 4JDRA 2WP9A 3COXA 1ZMDA 4C77A 1D4EA 1E1MA 2C70A 2XLSA 3AEGA 2C3CA 1KSUA 2R46A 2BC1A 2XLUA 2YLRA 4XWZA 1XPQA 3IHMA 4H2NA 4A79A 4AT2A 2VQBA 3KKJA 4YSXA 3GWDA 2XLRA 4A7AA 4OVIA 3M13A 4K7ZA 3UP4A 2WP5A 4ZCCA 2C7GA 2XLPA 1LPFA 3IWAA 1B8SA 4BV6A 1GREA 3GDNA 4K5RA 1CJ4A 1DODA 1O94A 5CKUA 2BCGG 3VR8A 1O95A 2A8XA 4H2PA 2APGA 5JCNA 3BNMA 2FJAA 4J34A 4XXGA 3RNMA 3M12A 4C5OA 5C3JA 3EANA 2CDUA 4EQWA 2GMHA 2B7RA 4OPTA 5JCMA 2RABA 1NENA 2NPXA 2Q7VA 1OJCA 5J60A 4BK3A 1E1NA 1L9DA 3B6DA 5FS6A 1D7YA 3UKHA 2A89A 3BHFA 3LJPA 2C64A 2H88A 3DK8A 4H4WA 4B65A 2VQ7A 1UKVG 5HXIA 1Q1RA 4KX6A 2Q0KA 3GMBA 1FEBA 1CC6A 4OPIA 2WETA 4NTDA 4OPUA 4XWRA 4HB9A 4CRTA 2Q6UA 3UOZA 1PXBA 2UZZA 1VQWA 3UKQA 5BVAA 4EMWA 3P4RA 2WEUA 1S3BA 1JEHA 1TDOA 1GSNA 2WHDA 2X8GA 2XCGA 1ZY8A 1F6MA 2YLZA 1LV0A 4GDEA 3URHA 3K7MX 3V3NA 1PDHA 2AQJA 2VRLA 3DH9A 4A65A 2YWLA 1TYTA 1TYPA 4ICYA 1FECA 3P9UA 1CC2A 1L9EA 1PBEA 4JY3A 2VVLG 1YY5A 2V61A 2XVEA 4H4ZA 1L9CA 3NIXA 2JBVA 2BABA 2I0ZA 4TM0A 5C2TA 4A5LA 2VVMA 2FJBA 5KVHA 1VRQB 1RSGA 4B68A 3UTGA 4J56A 3CN8A 4GR1A 4RSLA 4U8KA 3F8PA 3E1TA 4YTPA 4FK1A 3ZYXA 4DSGA 3UOVA 2BS2A 2E5VA 2GF3A 4PAAA 2WQYA 1NG3A 2GB0A 2O9ZA 1EBDA 1LQUA 5HY5A 5KOWA 2BA9A 1GXFA 2ZBWA 3LZWA 4U8LA 3P1WA 3PO7A 5IQ1A 2WDRA 3PS9A 4OPGA 3GYIA 5JCLA 4M52A 3GSIA 5U63A 2PYXA 1XDIA 3AE4A 1E39A 4ZN0A 4H4QA 3UOYA 1GRGA 1NHSA 4I58A 1IUSA 3CGBA 3ICRA 1COYA 4UDRA 1DOBA 1S3EA 2XVJA 3NHOX 4RG4A 5KRQA 4Z26A 4D04A 2E1MA 1NEKA 2X50A 1XHCA 3Q6JA 3QSEA 4ADWA 1ZP0A 5U1OA 1GPEA 5FS7A 3NGCX 5BRTA 1GETA 1KNRA 2YG7A 3AYIA 4JN9A 3AECA 4H4TA 5EBKA 1GRBA 3CGDA 4TM4A 5KOXA 1MO9A 2ARDA 4FK1C 4U8JA 5FMHA 3CNPA 3REDA 1H81A 2C66A 4U2LA 4A9WA 3Q9TA 1GRHA 3LOVA 2QCUA 1AOGA 1NHRA 1GESA 3GWFA 2IVDA 2FJEA 3AEFA 3CNTA 3EPTA 3ICTA 4GDPA 4FX9A 2Q0LA 2R0GA 3V76A 2Y6RA 3H8LA 5IPYA 2GAGB 4TLZA 3CNDA 3SFDA 1E1LA 1LJ1A 3AYJA 4AOXA 2WU5A 4X9MA 1OJAA 3CTYA 2DKHA 2X99A 4I59A 3DGZA 5U25A 1YQZA 3AE3A 3RHAA 2EQ6A 4O5QA 1F8SA 3CGEA 1FOHA 2PHHA 3ATQA 4U8PA 4EM3A 3AEBA 1BGJA 1K4QA 1NDAA 3NT6A 4NEVA 3G5QA 3QSSA 1PBDA 3NRNA 1JNRA 1PN0A 4DGKA 4Z44A 1S2QA 2OALA 1BGNA 3QJ4A 4YTNA 2XVFA 1CJCA 4EIPA 2YR5A 3I3LA 3UOXA 4EQRA 4X9NA 3CNJA 1YQ4A 1KF6A 2DKIA 2FJDA 2X8HA 3II4A 4JNAA 1ZOVA 3NN6X 2WBAA 2WPEA 1ZKQA 2GAHB 1IUWA 3FBSA 3AE2A 2X8CA 1H83A 5M10A 3LB8A 1DOCA 1MOKA 2VOUA 1D7LA 4FDCB 1CHUA 3FMWA 3RP6A 3BI5A 4LA1A 3P4QA 3P4PA 1RP0A 2YG6A 3UTHA 1BKWA 3K30A 1REOA 3BI4A 2GR3A 1HYUA 2JB2A 3GDPA 2BK5A 4A6NB 3UP5A 1OJ9A 1DJQA 1MXTA 3KD9A 4H50A 4U8IA 5KWFA 3QSMA 1Y0PA 2FBWA 1KFYA 3VRBA 1D4CA 4IVOB 3D8XA 2ZZBA 4LU6A 1GEUA 3GMCA 3UKLA 3R9UA 1PBBA 4A6NA 1N4VA 1PHHA 4PABA 2VRMA 3VR9A 1BWCA 3L8KA 3RP7A 4OPCA 1P2EA 3DJDA 1D4DA 2Z5XA 2C75A 4BURA 2EQ9A 1EL5A 2XLTA 3IF9A 2OA1A 3I6DA 3K7QX 3QFAA 3DJJA 3H8IA 4OPDA 5JCIA 1NPXA 5M0ZA 4Z24A 1DNCA 1RYIA 1GNDA 3AE7A 4JY2A 4B1BA 1ZK7A 1Q9IA 3ISHA 3AXBA 2YLTA 1KDGA 1VDCA 2H89A 3H4KA 2EQ8A 1TDKA 2YM2A 5GSNA 1CBOA 3ALLA 4B64A 3O0HA 3BI2A 1B4VA 1JNZA 1OJTA 2R0CA 4H7UA 3AD8B 1QO8A 4LIIA 3ZDNA 4A99A 4EM4A 3GRTA 2XVIA 1N4WA 3AEEA 1VG9A 3DMEA 1JRXA 2HQMA 1TDFA 4GCMA 2WOVA 2GR2A 2RGJA 4BK1A 3FG2P 4IVMB 5FS9A 4HA6A 3UKAA 2GQWA 2Z5YA 4J31A 1H7XA 2YQUA 2BACA 2IIDA 2XFOA 4K22A 4CCRA 2B9XA 4H4UA 4D03A 3UKKA 3F8RA 4H2RA 4J2WA 2R4EA 3OZ2A 1ONFA 4H4SA 3F8DA 1GTHA 1YQ3A 2WESA 3BNUA 3NLCA 4WX1A 4CY6A 2R9ZA 3NKSA 3NK1X 4H2QA 3AE1A 3S61A 4B63A 4YSZA 1ELIA 4K8DA 1JRZA 4TM1A 4BJZA 2GR0A 4DNAA 3DJGX 3HZLA 1B5QA 2XFQA 3UKPA 2EQ7A 2F5ZA 4J57A 4C3YA 3D1CA 3SQPA 3C96A 2CVJA 3AD7B 4H4YA 2C72A 2YG5A 1N4UA 2GV8A 5HYMA 2B9WA 3VQRA 3GYJA 3AEDA 3KA7A 4CY8A 4YWOA 1PJ6A 1S2YA 3JSKA 3P4SA 4U8OA 2YM1A 2V60A 2YLWA 1IJHA 2C67A 3UCLA 2QAEA 2GH5A 1DJNA 2WPFA 5IQ4A 1YKJA 3KU9A 1JOAA 1GALA 1TDEA 3EAOA 4U8MA 2YLSA 2WS3A 3EF6A 1K0IA 3DJEA 2YG4A 5HHFA 3M0OA 4U2TA 3DK4A 1GOSA 2J3NA 4K5SA 1JU2A 4B66A 2ZZCA 2BK4A 2JKCA 2V6OA 5JCKA 2BXRA 1CJ2A 1KSSA 2X3NA 1F8RA 4NTEA 1E7PA 4AOSA 4YT0A 4H4XA 4N9XA 3PVCA 4REKA 3ICSA 3B3RA 2AAQA 3QVRA 3V3OA 2ACZA 1Y56B 2TMDA 3AWIA 3UKFA 4NEWA 1GRTA 2BK3A 5GRTA 3L1RA 4EQXA 4YSYA 1GRFA 1D5TA 1H82A 4JQ9A 3ITJA 2YR4A 4H4VA 2Y6QA 1GRAA 2B7SA 3LZXA 2XFPA 1GERA 1O5WA 1CC4A 3OC4A 2YAUA 2GRTA 5FS8A 1LQTA 1V59A 2ZZ0A 1Y56A 4U2SA 1ZDLA 2WPCA 2R0PA 1B37A 1PJ5A 2YLXA 4GF7A 4EQSA 1NAAA 4EIQA 4EMJA 1ZMCA 2XFUA 1PXAA 1FCDA 2GEWA 5EOWA 1M6IA 2BXSA 5EB4A 3AYLA 3CPJG 5BULA 3ALJA 4AP1A 4YTMA 4J33A 3NTDA 4E0VA 3CIRA 4P9SA 3NG7X 4GUVA 1DXLA 1KNPA 2RGHA 4JNQA 2BC0A 3G5SA 4IA5A 1K0LA 2XFNA 3GD3A 1LVLA 4TM3A 1CF3A 3ABVA 1IUVA 1NHPA 1XANA 1IUUA 4K2XA 5EB5A 3QFBA 3AD9B 2R4JA 3AE5A 3NK0X 3G5RA 4AP3A 1GT8A 5TR3A 1EL8A 4Y4LA 3NYFA 2BCPA 2JB3A 3QVPA 3AE6A 3BHKA 4WCTA 5KXJA 2JAEA 3KLJA 2QA1A 4ZCDA 3T37A 1H84A 2B9YA 3LADA 1GTEA 4B67A 2R45A 4Z43A 3ATRA 3DGHA 2QA2A 2YVFA 2B76A 3CPIG 1PS9A 1H86A 5CQFA 3KVEA 2YVGA 2OLNA 3NYCA 4MJWA 2YVJA 4IV9A 3K7TA 3KPFA 3RP8A 2XDOA 2GMJA 4UDPA 4USQA 4ECHA 2V3BA 2WDQA 4X4JA 5LV9A 2CFYA 4J36A 2NVKX 4UP3A 3S5WA 4OPLA 5ER0A 1BZLA 1CJ3A 1SEZA 1EL9A 1BF3A 1TRBA 3NYEA 3SM8A 4YSHA 2JB1A 1LTXR 4H4PA 1Z6LA 1FEAA 1PJ7A 1M64A 2CULA 4TLXA 2RGOA 1L0VA 4CCQA 1IUXA 3DA1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FFXA 2NOGA 1HDPA 1BR4A 1D1BA 2VKDA 1MMDA 1YX5A 3GD4A 2GA2A 5L3GA 2STTA 3FHZA 1IN4A 1SEUA 2JMWA 4ENJA 3ZXSA 5E8GA 5FJ8J 1R4MB 1Z6TA 5BNGA 4B69A 4LIVA 1WHUA 3CGCA 2ME6A 1D8KA 3K7AJ 1VQKI 3ZMTA 3IHGA 4BK2A 3AE9A 3KCCA 2IVEA 2HQ5A 3PM1A 4ZYEA 2WU2A 3RI4A 1SANA 2L0KA 4EJWA 3BG5A 1QJDA 2K9LA 1VG0A 4GAPA 1Y1VJ 3G3ZA 4KISA 3ALMA 2IAIA 1MNEA 4EVIA 3BY6A 2BGCA 1MJ9A 2R7SA 2BV6A 4LK0F 3KYCB 2DCEA 3CF2A 1BW5A 2LP0A 2EA2A 4B4CA 3GLXA 3S93A 1R49A 2R7TA 2W84A 3H35A 1HCRA 2AR8A 1RRJA 2HWVA 3DPTA 1JUSA 5CVVA 2CG4A 3DEUA 2Z2SB 1WRJA 3R0AA 1PBCA 1FYLA 2M5WA 2JK6A 2W0HA 3FPZA 4Y4NA 4Z2TA 3C2GA 4L9TA 1YS6A 1EL7A 4USRA 1TP4A 5BPIA 2DFFA 1W4XA 2GR1A 4Z2RA 1FL2A 3J7AO 2K27A 3G1MA 2DK8A 1RNLA 2P6TA 2JN6A 2KPMA 5JI6A 2UZKA 1IRGA 5DBJA 1BBYA 3HKZA 4EGZA 2VZ2A 4XOTA 1NG4A 2V3AA 3HTUA 1IUTA 3SFZA 2WTEA 4NC8A 4IRIA 1TDNA 4RM2A 2F5DA 4NTCA 3NQOA 4BEHB 1BJZA 2PQ8A 4UUTA 2FOWA 2XF5A 4XLCA 3ZQHA 1MBEA 3SFEA 3U21A 3SZWA 1PVEA 4EMSA 4I6ZA 4JDRA 4ESBA 2FQ3A 3COXA 4C77A 2R5YA 4M3BA 1ZRFA 2XLSA 4L5JA 2LK2A 2BHZA 3PSIA 5TISC 3QRFF 2R46A 1E0EA 2A07F 4PFPA 5DD8A 2CW8A 2LBFA 4YELA 2DT7B 4A79A 1G59A 1BIAA 3TL4X 3PUBA 5KAIC 4U0WA 1U9OA 4K7ZA 3UP4A 4ZCCA 4HF1A 2C7GA 1OQYA 1AKHA 2R7OA 3JCUC 1LPFA 1B8SA 3CCUI 4MLOA 3QSEA 5M3MJ 1IXRC 2BY3A 1CJ4A 1O94A 3OSGA 3JRHA 3ZP5A 4JP0A 2RDPA 3E6CC 1QBJA 3WTZA 5FGMA 3TW7A 3C18A 2X51A 4J34A 1FTTA 5J1YA 2GWRA 5C3JA 3E1SA 1QU3A 3DU5A 3ZN0A 1V55H 3TOBA 3UR3C 3IRRA 2DOEA 1MH3A 2EILH 2XB5A 1OJCA 1ZREA 2KT0A 4BK3A 3LAPA 4FHTA 2E1NA 2VT3A 1XMKA 2IP2A 1L9DA 2LNBA 3DQVC 4R1HA 2C64A 2H88A 1EV7A 1K83J 1W5TA 5HXIA 3MKYB 1X19A 3GMBA 2DDAA 2ELKA 2VIXA 3HOTA 3S3NA 1O3TA 2WETA 4RMNA 5KMSA 1WH5A 2X9DA 1WVRA 2Q6UA 3FXJA 2UZZA 1VQWA 5BVAA 4EMWA 4KUMA 4PZJA 2LVSA 1QZEA 1ZY8A 2XCGA 1ON2A 1LV0A 3T14A 2IPQX 2VRLA 1LDJA 3LSIA 1TYPA 2CW7A 3C2HA 4MHGA 3T0YA 2BVLA 1L9EA 1PBEA 3GYXA 3CUQC 1UG0A 3G71I 1T38A 1DP3A 2F5CA 2XVEA 2JBVA 5AONA 2UXNA 1OCPA 2XRNA 5EJCA 2I0ZA 4TM0A 1DPUA 1XB4A 5C2TA 4A5LA 1R1UA 3BR1A 4A93J 1EH7A 1A6IA 1VRQB 5IYDJ 1X1DA 3NAUA 1IUYA 3BPXA 1SVOA 2JPBA 5JFRA 3L2VA 1KQ9A 3UOVA 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 4IV9 A;  3K7T A;  3KPF A;  3RP8 A;  2XDO A;  2GMJ A;  4UDP A;  4USQ A;  4ECH A;  2V3B A;  2WDQ A;  4X4J A;  5LV9 A;  2CFY A;  4J36 A;  2NVK X;  4UP3 A;  3S5W A;  4OPL A;  5ER0 A;  1BZL A;  1CJ3 A;  1SEZ A;  1EL9 A;  1BF3 A;  1TRB A;  3NYE A;  3SM8 A;  4YSH A;  2JB1 A;  1LTX R;  4H4P A;  1Z6L A;  1FEA A;  1PJ7 A;  1M64 A;  2CUL A;  4TLX A;  2RGO A;  1L0V A;  4CCQ A;  1IUX A;  3DA1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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