The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
178
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sequence length |
484
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structure length |
484
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Chain Sequence |
DRNPLEECFRETDYEEFLEIARNGLKKTSNPKHVVVVGAGMSGLSAAYVLAGAGHKVTVLEASERAGGRVRTHRNSKEGWYANLGPMRIPEKHRIVREYIRKFGLNLNEFSQENDNAWYFIKNIRKRVGEVNKDPGLLKYPVKPSEEGKSAGQLYEESLGSAVKDLKRTNCSYILNKYDTYSTKEYLIKEGNLSPGAVDMIGDLLNEDSGYYVSFIESLKHDDIFAYEKRFDEIVGGMDQLPTSMYRAIEEKVKFNARVIKIQQNANQVTVTYQTPEKDTSSNTADYVIVCTTSRAARRIQFEPPLPPKKQHALRSVHYRSGTKIFLTCSSKFWEDDGIHGGKSTTDLPSRFIYYPNHNFSTGVGVIIAYGIGDDANFFQALKFKDCADIVFNDLSLIHQLPKEEIQSFCYPSMIQKWSLDKYAMGAITTFTPYQFQRFSEALTAPQGRIFFAGEYTAEAHGWIDSTIKSGLTAARDVNRASEQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of native L-amino acid oxidase from Vipera ammodytes ammodytes: stabilization of the quaternary structure by divalent ions and structural changes in the dynamic active site
rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
L-amino acid oxidase
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| total genus |
178
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| structure length |
484
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| sequence length |
484
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
1.4.3.2: L-amino-acid oxidase. |
| pdb deposition date | 2009-11-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01593 | Amino_oxidase | Flavin containing amine oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 | Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 | Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TDO A; 1L9C A; 2YLW A; 1LTX R; 5M0Z A; 3O0H A; 5KWF A; 4H4T A; 2IID A; 4OCG A; 2YR6 A; 5KRQ A; 3CNT A; 2R4E A; 4FDC B; 1S3E A; 4BJZ A; 2VVM A; 3CGE A; 1JRY A; 3AE5 A; 3CND A; 4Y4M A; 4CBQ A; 1GRT A; 3AEB A; 3CIR A; 3CNJ A; 3UKF A; 3V76 A; 2FJE A; 1H7X A; 1OJC A; 1S2Q A; 2ARD A; 2WOV A; 2R9Z A; 3AEA A; 3GD4 A; 4YSX A; 2WDR A; 4H4Q A; 2BS2 A; 3QVP A; 1CC4 A; 3ALM A; 4REK A; 5HYM A; 1N4W A; 3KPF A; 2XLS A; 4GUV A; 4LII A; 3F8D A; 3EAN A; 3ITJ A; 2DKI A; 3ATR A; 2BAC A; 2XLU A; 2Q7V A; 3AE3 A; 3S61 A; 2OLO A; 1VG9 A; 3K30 A; 4AOX A; 3E1T A; 5BUL A; 4X9M A; 5U25 A; 1N1P A; 4LA1 A; 3VR9 A; 2C70 A; 4EQX A; 1NHQ A; 2AR8 A; 3PO7 A; 3UKL A; 2XLP A; 1XHC A; 2WP9 A; 4IA6 A; 1B5Q A; 1NDA A; 4Z2R A; 2JK6 A; 5M10 A; 3EAO A; 1P2H A; 1CJC A; 1DOD A; 1V59 A; 2WET A; 2XVE A; 2GVC A; 4HB9 A; 4O5Q A; 1JRX A; 4BJY A; 1HYU A; 1FEA A; 1NPX A; 3F8R A; 5KVH A; 3AEE A; 1ONF A; 1GRF A; 4DNA A; 2V5Z A; 3ADA B; 3LXD A; 4GF7 A; 5GRT A; 3GMB A; 4USQ A; 3FPZ A; 2C73 A; 3GWD A; 4H2P A; 2WPF A; 3KVE A; 3NH3 X; 4OPT A; 1ELI A; 1BZL A; 2YAU A; 3IHM A; 3B3R A; 4A6N B; 5JCI A; 1ZMD A; 1ZY8 A; 3D1C A; 2A87 A; 1M6I A; 4KX6 A; 3UKP A; 4JY3 A; 1KFY A; 1ZMC A; 5IPY A; 1MOK A; 2B76 A; 3G5Q A; 3I3L A; 3AEC A; 3P4P A; 1F8R A; 5FMH A; 3C96 A; 3UP4 A; 2Y6Q A; 3BI4 A; 4J31 A; 2Q0K A; 3NK2 X; 4TM0 A; 4B67 A; 4K2X A; 1Q1W A; 4C74 A; 1D7L A; 4AT2 A; 3QSS A; 1GRE A; 2JB1 A; 3H8L A; 1PBC A; 3CGD A; 4ICY A; 1NHS A; 1EBD A; 1O94 A; 3DJJ A; 4OPI A; 4J2W A; 4BV6 A; 4EM4 A; 1K0J A; 2XYO A; 3GRT A; 3CPJ G; 1TYT A; 3DJD A; 4GRT A; 4U2T A; 3IF9 A; 5CKU A; 1H7W A; 2WQY A; 4EQS A; 1XPQ A; 4XWR A; 3LZX A; 4Z44 A; 1OJD A; 2XVH A; 3NN0 X; 1MXT A; 1IUX A; 4X9N A; 5C2T A; 2BXS A; 1VQW A; 1LPF A; 1KF6 A; 3AED A; 4GR1 A; 3H8I A; 3LAD A; 1H86 A; 1LVL A; 2YM2 A; 3ALJ A; 4NZH A; 3DGZ A; 1E1K A; 3FG2 P; 3I6D A; 3GYJ A; 3UP5 A; 4EIQ A; 3KA7 A; 4UDP A; 3II4 A; 1D4E A; 3ISH A; 1PBD A; 2WOI A; 3CPI G; 4K7Z A; 2JKC A; 4LU6 A; 1IUS A; 2C76 A; 3EPT A; 1PBE A; 4B69 A; 4RG4 A; 1K4Q A; 1GPE A; 1IUU A; 2BYB A; 3NYF A; 4NTE A; 3P1W A; 3G5S A; 3CGB A; 3NGC X; 3RED A; 3UTE A; 1NG3 A; 3ABV A; 1CHU A; 2QAE A; 3V3O A; 1E1M A; 1GSN A; 2GMJ A; 1ZKQ A; 4B63 A; 1PJ5 A; 2XFP A; 3IC9 A; 3SGL A; 1GRA A; 1L0V A; 1Y0P A; 1PXB A; 4YTM A; 2R4J A; 5EOW A; 4KPR A; 1LV0 A; 4YKF A; 4AP1 A; 2V60 A; 4CY8 A; 5FS8 A; 1ZOY A; 4C3Y A; 3B6D A; 4J34 A; 2C66 A; 2GR0 A; 2XFO A; 1ZP0 A; 4U8K A; 4CNK A; 1Z6L A; 2Z5X A; 1KNP A; 3NYE A; 1QJD A; 4K5S A; 1CJ4 A; 3GRS A; 2E4G A; 4YWO A; 4H4S A; 4ECH A; 4K5R A; 4MJW A; 3AYL A; 3RHA A; 2XLT A; 3KKJ A; 2GMH A; 2O9Z A; 4J57 A; 1BGN A; 4Z25 A; 2X8G A; 3NLC A; 1LJ1 A; 4H2Q A; 3AB1 A; 3LOV A; 1IJH A; 1GT8 A; 1O95 A; 2VVL G; 3PVC A; 1GRG A; 4RSL A; 3M12 A; 2WPE A; 2VZ2 A; 3ZYX A; 3AD9 B; 1FCD A; 5KOX A; 2XFQ A; 3D8X A; 4XXG A; 2XFU A; 2XVJ A; 2X50 A; 3IWA A; 4IVO B; 4J56 A; 1K0L A; 1KNR A; 2J3N A; 3QFA A; 4Z43 A; 3BI5 A; 2XFN A; 3AEG A; 3CNS A; 2I0Z A; 1CJ3 A; 1GV4 A; 3ALL A; 2QA2 A; 1PJ7 A; 2AQJ A; 4JNQ A; 4C5O A; 3EF6 A; 5BRT A; 1CC2 A; 1CC6 A; 2R0P A; 3DJE A; 1UKV G; 2GAG B; 4C3X A; 2GEW A; 4B65 A; 3UOX A; 1VG0 A; 3AE8 A; 4H4Y A; 4TLZ A; 4U2S A; 3AE1 A; 1KDG A; 1Y56 B; 2X99 A; 1IUT A; 3UKQ A; 4JY2 A; 3NHO X; 5JCM A; 1DOC A; 4YXD A; 1DOB A; 1GRH A; 3FBS A; 2C65 A; 1JNZ A; 2PYX A; 4EMJ A; 3AYJ A; 4NEV A; 3AE7 A; 3F8P A; 4Z2T A; 1F8S A; 4FK1 A; 4EQW A; 4JNA A; 3AWI A; 4UP3 A; 3P4R A; 2H89 A; 2ZZ0 A; 4B64 A; 4CY6 A; 1GET A; 1ZDL A; 3VRB A; 1E6E A; 2WDV A; 3CTY A; 3UTH A; 3RP6 A; 1KSS A; 4IV9 A; 2YLZ A; 4I59 A; 5CQF A; 4NTC A; 5JCN A; 2WES A; 2YVJ A; 1FOH A; 4K22 A; 4DSH A; 3GDN A; 2F5Z A; 4AOS A; 1VDC A; 2HQM A; 1GRB A; 5EBK A; 3DH9 A; 2YG3 A; 3BHF A; 2B7S A; 4FK1 C; 2E5V A; 3VR8 A; 3BI2 A; 5L46 A; 1EL5 A; 3AD7 B; 4A79 A; 4C77 A; 3RNM A; 4YKG A; 2IVE A; 4P9S A; 5BUK A; 5J7X A; 2YG4 A; 4IVM B; 1S2Y A; 1OJA A; 1YQ4 A; 4PAA A; 3ICS A; 1NHR A; 3SFE A; 2VQ7 A; 2FJA A; 4U2L A; 3KLJ A; 4AT0 A; 2V61 A; 3GMC A; 2GR1 A; 3JSK A; 3SQP A; 3BNU A; 3Q9T A; 2ZZB A; 3QSM A; 3NK0 X; 1YKJ A; 1BGJ A; 2BCG G; 4TM4 A; 1F3P A; 3NT6 A; 2CDU A; 3DK9 A; 4YTP A; 5KOW A; 1JOA A; 1GAL A; 4OVI A; 3DME A; 3AYI A; 1N4U A; 3NTD A; 4OPC A; 3URH A; 2C75 A; 4B1B A; 3LJP A; 4X4J A; 5BVA A; 4DSG A; 1H81 A; 1BWC A; 1JEH A; 3T37 A; 2BK4 A; 2VQB A; 3AE9 A; 1RSG A; 2JAE A; 1RYI A; 4GDE A; 2YWL A; 2WP6 A; 3ICR A; 2X8C A; 2Q6U A; 4USR A; 3L8K A; 1B4V A; 5HXI A; 5IQ4 A; 3UOY A; 3OZ2 A; 4NTD A; 1NG4 A; 1REO A; 2RGO A; 2R0G A; 2PHH A; 4Z26 A; 3K7M X; 4H4V A; 4OPU A; 1PS9 A; 4N9X A; 1GOS A; 4TM1 A; 4YSZ A; 1EL7 A; 2GRT A; 4A5L A; 2YG7 A; 2VRM A; 3KU9 A; 1CBO A; 4GDP A; 4H4U A; 3RP7 A; 2Y6R A; 2YLT A; 3UOZ A; 3ICT A; 4WCT A; 3P9U A; 2XVI A; 1FEB A; 2YG6 A; 1PJ6 A; 2GH5 A; 2NPX A; 1GTH A; 3P4S A; 1KSU A; 2YM1 A; 4RG3 A; 3NRN A; 2BAB A; 1E7P A; 2V3B A; 2H88 A; 4EMW A; 2BCP A; 2YLX A; 2BK3 A; 1E1L A; 1H82 A; 1YQ3 A; 1YQZ A; 2WOW A; 3AE6 A; 3CN8 A; 2WP5 A; 2OLN A; 2BS3 A; 3AE2 A; 4H4P A; 4OPG A; 2IVD A; 2GQF A; 2R46 A; 4BK1 A; 2YR4 A; 2YLS A; 1Q9I A; 3NTA A; 2JB2 A; 2QCU A; 5GSN A; 1PBF A; 1COY A; 4YSY A; 1NEN A; 2R45 A; 4U8J A; 1JU2 A; 3UTF A; 1O5W A; 2YLR A; 2R0C A; 4U8P A; 4Y4N A; 1CJ2 A; 1XDI A; 3DGH A; 2QA1 A; 1GND A; 3VRD B; 4EQR A; 3LB8 A; 4ADW A; 4A65 A; 2B9X A; 2BS4 A; 4NEW A; 3BNM A; 4J33 A; 5EB4 A; 3IHG A; 3NYC A; 4U8O A; 4D04 A; 2B7R A; 5JCK A; 3QFB A; 2Z5Y A; 3UKA A; 3UTG A; 3BHK A; 2EQ9 A; 3QVR A; 1DXL A; 1L9E A; 2X3N A; 3GSI A; 1ZX9 A; 3CGC A; 2OAL A; 4K8D A; 4PAB A; 2XCG A; 3CNP A; 1K0I A; 2ZZC A; 1D7Y A; 1MO9 A; 1W4X A; 4H4W A; 5ER0 A; 3UOV A; 4YSH A; 2FJB A; 2GQW A; 2OA1 A; 2W0H A; 5FS7 A; 5IQ1 A; 3NG7 X; 5FS9 A; 3VRA A; 2C3D A; 2A89 A; 2X8H A; 2C64 A; 2TPR A; 1GTE A; 3UKK A; 4A6N A; 4B66 A; 1LQU A; 2BC1 A; 2UZZ A; 3QJ4 A; 1X31 B; 4Z2U A; 5LV9 A; 3C4N A; 2DKH A; 3ATQ A; 4U8N A; 3V3N A; 2YVG A; 2FJD A; 3WE0 A; 4CCQ A; 1IUV A; 1OJT A; 2RAB A; 4ZCD A; 5FS6 A; 2A8X A; 2TMD A; 1D5T A; 2OAM A; 3DK4 A; 1B37 A; 2WDQ A; 5EB5 A; 2CFY A; 3DJG X; 1PBB A; 4U8M A; 1Q1R A; 1RP0 A; 2RGJ A; 2BC0 A; 1N4V A; 5U1O A; 3FMW A; 1B8S A; 2BK5 A; 3DK8 A; 4H2R A; 1L9D A; 3AEF A; 1JRZ A; 3PS9 A; 1GXF A; 2YQU A; 4YTN A; 1S3B A; 5U63 A; 2GAH B; 2VRL A; 2C67 A; 3K7Q X; 2WU2 A; 5C3J A; 2C3C A; 2GV8 A; 3SM8 A; 4H4X A; 1VRQ B; 3NKS A; 4A99 A; 4BK2 A; 4HA6 A; 2XVF A; 1D4D A; 2YG5 A; 4A9W A; 5J60 A; 5DBJ A; 1AOG A; 1NEK A; 4XWZ A; 4I58 A; 1DOE A; 3GYI A; 2RGH A; 3UKH A; 3R9U A; 1YY5 A; 2EQ7 A; 1GEU A; 5HY5 A; 1CL0 A; 3AD8 B; 4H7U A; 2WBA A; 3ZDN A; 2AAQ A; 2ZBW A; 1ZK7 A; 3OC4 A; 2B9Y A; 1D4C A; 1NHP A; 3H4K A; 1PHH A; 1EL9 A; 4EMI A; 2VVL A; 2Q0L A; 3Q6J A; 5KXJ A; 4TLX A; 1F8W A; 1ZOV A; 2APG A; 3FIM B; 2WHD A; 4JN9 A; 4JDR A; 3KD9 A; 4Y4L A; 2VOU A; 1PN0 A; 4IA5 A; 4J36 A; 4APN A; 3SFD A; 4GCM A; 1TYP A; 1JNR A; 1BKW A; 1DNC A; 1NAA A; 2WS3 A; 3NNE A; 4Z24 A; 4B68 A; 3AXB A; 1FL2 A; 5HHF A; 4BUR A; 4YT0 A; 1SEZ A; 2C72 A; 3RP8 A; 3S5W A; 2GR3 A; 4ZN0 A; 2CUL A; 4H2N A; 1E39 A; 3DA1 A; 1M64 A; 4WX1 A; 2XLR A; 2JB3 A; 4O5U A; 2WU5 A; 2C7G A; 4U8I A; 5TR3 A; 2BA9 A; 3GDP A; 2E1M A; 4U8L A; 2GB0 A; 3GWF A; 4CNJ A; 1GER A; 1LQT A; 1P2E A; 3GD3 A; 1QLB A; 1TDK A; 1FEC A; 4UDQ A; 4EM3 A; 4E0V A; 4A7A A; 1QO8 A; 1CF3 A; 3G5R A; 2WPC A; 2ACZ A; 4AP3 A; 4D03 A; 1OJ9 A; 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