The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
181
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sequence length |
484
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structure length |
484
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Chain Sequence |
DRNPLEECFRETDYEEFLEIARNGLKATSNPKHVVVVGAGMSGLSAAYVLSGAGHQVTVLEASERAGGRVRTYRNDKEDWYANLGPMRLPEKHRIVREYIRKFGLQLNEFSQENDNAWYFIKNIRKRVGEVKKDPGVLKYPVKPSEEGKSAGQLYEESLGKVVEELKRTNCSYILNKYDTYSTKEYLLKEGNLSPGAVDMIGDLMNEDSGYYVSFPESLRHDDIFAYEKRFDEIVGGMDKLPTSMYRAIEEKVHLNAQVIKIQKNAEKVTVVYQTPAKEMASVTADYVIVCTTSRATRRIKFEPPLPPKKAHALRSVHYRSGTKIFLTCTKKFWEDEGIHGGKSTTDLPSRFIYYPNHNFTSGVGVIIAYGIGDDANFFQALDFKDCADIVINDLSLIHQLPREEIQTFCYPSMIQKWSLDKYAMGGITTFTPYQFQHFSESLTASVDRIYFAGEHTAEAHGWIDSTIKSGLRAARDVNRASEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Purification, partial characterization, crystallization and structural determination of AHP-LAAO, a novel L-amino-acid oxidase with cell apoptosis-inducing activity from Agkistrodon halys pallas venom.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
AHPLAAO
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| total genus |
181
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| structure length |
484
|
| sequence length |
484
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| ec nomenclature |
ec
1.4.3.2: L-amino-acid oxidase. |
| pdb deposition date | 2003-11-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01593 | Amino_oxidase | Flavin containing amine oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 | Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 | Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5DBJ A; 1CJ2 A; 5IQ4 A; 4DNA A; 3RNM A; 3BHK A; 4J34 A; 4O5Q A; 4CCR A; 2RAB A; 1NEK A; 1F6M A; 2O9Z A; 1LV0 A; 1JNZ A; 1H84 A; 1PBB A; 2E5V A; 4UDQ A; 2WET A; 2VOU A; 2GQW A; 4ZCD A; 4BJY A; 2XCG A; 3EPT A; 4FX9 A; 3AXB A; 4YXD A; 1YQZ A; 2IVE A; 4H50 A; 5HYM A; 4H4T A; 4AT0 A; 3RED A; 2C73 A; 1IUW A; 2YM1 A; 2XDO A; 2C3C A; 2OLO A; 3CN8 A; 2XYO A; 3M12 A; 1GER A; 3QSM A; 3DK8 A; 1XHC A; 1OJC A; 4IVO B; 1RSG A; 4JN9 A; 1GRG A; 5BRT A; 3ABV A; 3VRD B; 2XFO A; 4JQ9 A; 3F8R A; 4TM4 A; 4OPT A; 2BYB A; 1L9D A; 2VZ2 A; 4H4R A; 2C66 A; 4OPG A; 5BUK A; 1M6I A; 4USQ A; 3GYI A; 1GND A; 2NVK X; 2EQ8 A; 1VG0 A; 1VRQ B; 3C4N A; 2BC1 A; 1GRA A; 3AE5 A; 4J56 A; 4Z2U A; 1ZDL A; 1PXB A; 4CNK A; 3NK2 X; 2YVJ A; 5KXJ A; 4K8D A; 3ALJ A; 2WP5 A; 3AE1 A; 3LAD A; 4C77 A; 4D03 A; 2VVL G; 3AEE A; 3GMC A; 4CBQ A; 2BS3 A; 2FJD A; 2EQ9 A; 2X8G A; 2C70 A; 1E6E A; 4GCM A; 1NHR A; 2GAG B; 4IV9 A; 3AE8 A; 2GAH B; 3GWF A; 5J7X A; 1GRF A; 3JSK A; 2X99 A; 3AED A; 4Y4M A; 4Z2T A; 1K0I A; 3C96 A; 4TM0 A; 3CGC A; 1PJ7 A; 5FS9 A; 3AE9 A; 3CPH G; 5KWF A; 2WOW A; 4ZN0 A; 5HHF A; 1LVL A; 1D7L A; 2WDR A; 3FPZ A; 1L9E A; 4A5L A; 4K22 A; 4YSH A; 3CPI G; 3DME A; 5KOW A; 2JBV A; 3EF6 A; 5HY5 A; 1CF3 A; 2VQ7 A; 3RP7 A; 5EB4 A; 3K7T A; 4M52 A; 3E1T A; 1E1K A; 2YVG A; 4B65 A; 1LPF A; 3OZ2 A; 3VR8 A; 1GTH A; 3ZDN A; 1GV4 A; 5FS8 A; 3QVP A; 1CJC A; 3VRB A; 4KX6 A; 2PYX A; 1CBO A; 3AEA A; 3P4R A; 4P9S A; 1NHQ A; 1GEU A; 2XVI A; 1S2Q A; 2EQ6 A; 2XLS A; 2BS4 A; 4H2P A; 2WDV A; 1XPQ A; 2RGO A; 2YG6 A; 1B8S A; 3DJE A; 3NYC A; 4EM4 A; 1PDH A; 2VVM A; 1LJ1 A; 2Y6Q A; 2XVE A; 3I3L A; 5TR3 A; 3UCL A; 3DK9 A; 2XFU A; 1DNC A; 3CNJ A; 4GR1 A; 4AP3 A; 4H2Q A; 4CNJ A; 4CRT A; 1ZOV A; 2AAQ A; 5JCI A; 3CPJ G; 1Q1W A; 4ICY A; 5JCL A; 1HYU A; 2CFY A; 4H2N A; 3T37 A; 1KF6 A; 3NKS A; 4YTP A; 1O5W A; 2BCP A; 4U2S A; 2B9X A; 1TYP A; 1OJD A; 2V3B A; 3GD3 A; 2QCU A; 1AOG A; 1TDO A; 1PJ5 A; 2ACZ A; 3DK4 A; 4RSL A; 3UKF A; 4WCT A; 1CC4 A; 4JDR A; 4YKF A; 1L0V A; 2R0P A; 1FL2 A; 3GRS A; 3EAO A; 3LOV A; 1H86 A; 2XVJ A; 3BI4 A; 3Q6J A; 2OA1 A; 4JY3 A; 4A6N B; 3GSI A; 2H89 A; 2B7R A; 2Q7V A; 3AEB A; 4GDP A; 3P1W A; 4I58 A; 4YT0 A; 1IJH A; 2YQU A; 3UKH A; 3II4 A; 1ZY8 A; 4IA5 A; 3NN6 X; 2BS2 A; 1D4D A; 4OPL A; 2BAB A; 1QLB A; 1CHU A; 1YY5 A; 2CUL A; 2H88 A; 3P4S A; 2YR6 A; 3K30 A; 3FMW A; 1TDF A; 1NG3 A; 1BGJ A; 1JU2 A; 1ZKQ A; 2GR2 A; 2BXR A; 2B9Y A; 2WBA A; 3G5S A; 4H4Z A; 2Z5Y A; 1EBD A; 4JNQ A; 3DGH A; 3BI2 A; 3V76 A; 4H4Y A; 2C72 A; 4NZH A; 4Y4L A; 1SEZ A; 1E39 A; 4RG3 A; 3ICS A; 3KU9 A; 2Q0L A; 2WOV A; 3AB1 A; 1KFY A; 3CGD A; 3H8L A; 1TDN A; 3LXD A; 5EOW A; 4BUR A; 5KVH A; 1GET A; 1N4W A; 2X8H A; 4Z24 A; 1H81 A; 1EL5 A; 3DJJ A; 3FG2 P; 2WPE A; 3UOY A; 1BKW A; 3CGB A; 1KDG A; 1PXA A; 1TDE A; 4GRT A; 4BK3 A; 4X9M A; 3FBS A; 1GRB A; 3AD9 B; 4YSZ A; 2QA2 A; 2WQY A; 1B4V A; 3QFA A; 2YG7 A; 3AE3 A; 3ZYX A; 2BK3 A; 3C4A A; 4DSG A; 4FK1 C; 3QJ4 A; 3NK0 X; 1NG4 A; 2GR3 A; 4O5U A; 2F5Z A; 2YLW A; 2BK5 A; 3BNM A; 3AE7 A; 2V5Z A; 4OPU A; 2APG A; 5U25 A; 2GMJ A; 2E1M A; 4X4J A; 5BVA A; 2A87 A; 2XLU A; 2BCG G; 2GF3 A; 1FEA A; 1DJN A; 1P2H A; 2J3N A; 3UKP A; 2JB1 A; 4ECH A; 2B9W A; 3VQR A; 4LII A; 2JB3 A; 4U8N A; 1E1L A; 2R4E A; 1BWC A; 4APN A; 2GMH A; 3NRN A; 1MXT A; 4J33 A; 3RP8 A; 3UP4 A; 1TRB A; 3UOV A; 1GTE A; 5CKU A; 3AE4 A; 3LZW A; 3B3R A; 2ZBW A; 3GDN A; 4GDE A; 5M0Z A; 3IHM A; 2IID A; 1CJ3 A; 1DOE A; 2HQM A; 1JRZ A; 2YLZ A; 1GXF A; 2Z5X A; 3NGC X; 3KKJ A; 2GEW A; 3O0H A; 4USR A; 5KVI A; 1H7X A; 1W4X A; 1FCD A; 2YWL A; 2YR5 A; 2ZZ0 A; 3GDP A; 3L1R A; 1ELI A; 1KNP A; 3FIM B; 4OPD A; 4EMI A; 3UOZ A; 4A9W A; 4B69 A; 1E7P A; 3NK1 X; 1NAA A; 1NHP A; 4H4U A; 4B1B A; 1L9C A; 1REO A; 1OJA A; 2WDQ A; 2DKH A; 4AOS A; 2YLX A; 4J2W A; 3NHO X; 4Z43 A; 5KRQ A; 3HZL A; 4D04 A; 4CY8 A; 4H4Q A; 2JB2 A; 2YLS A; 3QSS A; 4C74 A; 5GSN A; 4K2X A; 1JOA A; 2PHH A; 2JAE A; 4K7Z A; 5GRT A; 3UKA A; 1JEH A; 3BHF A; 4IA6 A; 4X9N A; 1KNR A; 3V3O A; 2V61 A; 2B7S A; 3AEG A; 4U8O A; 3SFD A; 1PBD A; 1OJ9 A; 5JCM A; 1P2E A; 2CVJ A; 3CIR A; 1B5Q A; 1K0J A; 2EQ7 A; 2GRT A; 2XVH A; 4IVM B; 3R9U A; 4UDR A; 2VRL A; 3KA7 A; 2BK4 A; 2FJA A; 2TMD A; 4A99 A; 1EL7 A; 1H6V A; 1FEB A; 4HB9 A; 1Y56 B; 1YQ4 A; 2W0H A; 3CNT A; 4DSH A; 2X3N A; 3DJD A; 1ZK7 A; 1MO9 A; 4Z44 A; 2WS3 A; 1EL9 A; 1DOB A; 3BNU A; 3CND A; 1LTX R; 1IUV A; 5FS7 A; 1CJ4 A; 2WES A; 1N4V A; 3KVE A; 1D5T A; 2C76 A; 1MOK A; 1YQ3 A; 3GRT A; 3P4Q A; 1BF3 A; 1JNR A; 2I0Z A; 2R0C A; 4B64 A; 4J31 A; 4NEV A; 3VRA A; 3H4K A; 1GRH A; 3AEC A; 1GRE A; 1NEN A; 4TM1 A; 4JNA A; 3AD8 B; 4U2L A; 4FK1 A; 3DH9 A; 4NEW A; 4NTE A; 2WPF A; 4XWR A; 2X8C A; 3SM8 A; 5LV9 A; 1PBF A; 3H8I A; 3K7Q X; 3QFB A; 4H4P A; 2YG4 A; 2GQF A; 1NHS A; 1IUU A; 2FBW A; 1K0L A; 3KLJ A; 4PAA A; 1ZMD A; 2XFN A; 2XVF A; 3S61 A; 4Z25 A; 1D7Y A; 1RYI A; 3PS9 A; 2GH5 A; 3F8D A; 3KD9 A; 1F8S A; 1QJD A; 2XFQ A; 4EIP A; 2WPC A; 3NYF A; 3P4P A; 2BC0 A; 3BI5 A; 1GAL A; 2X50 A; 3IF9 A; 4H7U A; 1H83 A; 2YM2 A; 3CGE A; 2WU2 A; 4OVI A; 5FS6 A; 4AT2 A; 2YLT A; 4U8M A; 1F8R A; 4EMW A; 5C3J A; 1DOC A; 3AE6 A; 5CQF A; 3VR9 A; 2RGJ A; 3EAN A; 3UOX A; 2YVF A; 1TYT A; 4A6N A; 1S3E A; 1JRX A; 4BK1 A; 3SGL A; 1GOS A; 1H7W A; 4K5R A; 1IUS A; 4YSY A; 4ZCC A; 2C64 A; 1B37 A; 1GES A; 4OPC A; 3ATQ A; 1ZP0 A; 3G5R A; 3LJP A; 4EQR A; 3NYE A; 4C3X A; 5KOX A; 1VG9 A; 2R9Z A; 2AQJ A; 1QO8 A; 4TM3 A; 3AYI A; 1S2Y A; 2E4G A; 1DOD A; 2YG3 A; 2A89 A; 3DA1 A; 4H4S A; 3M0O A; 3ALL A; 3B6D A; 4U8L A; 1GT8 A; 4TLX A; 3ATR A; 3AWI A; 4EMJ A; 4A7A A; 2B76 A; 2IVD A; 4A65 A; 4RG4 A; 2GR1 A; 1DXL A; 3QSE A; 2WP6 A; 5EBK A; 3AE2 A; 5IPY A; 2JKC A; 1PN0 A; 3UKK A; 2R45 A; 3UTF A; 2V60 A; 1IUX A; 1PJ6 A; 5ER0 A; 3GWD A; 2JK6 A; 1BGN A; 2WOI A; 3V3N A; 3DGZ A; 2RGH A; 4BK2 A; 5BUL A; 5C2T A; 2R46 A; 3S5W A; 3LZX A; 3SFE A; 3AYL A; 1PS9 A; 1ZX9 A; 1CC6 A; 2GVC A; 4AOX A; 4I59 A; 3ISH A; 1YKJ A; 1CC2 A; 3LB8 A; 3CTY A; 4U8J A; 2AR8 A; 3NTD A; 2ZZB A; 1O94 A; 3D8X A; 4FDC B; 3P9U A; 5EB5 A; 3NNE A; 3UKQ A; 4CCQ A; 4Y4N A; 3URH A; 3NH3 X; 4LA1 A; 5JCK A; 4NTD A; 4U8P A; 5HXI A; 1FEC A; 1VQW A; 2V6O A; 4K5S A; 1OJT A; 2FJE A; 4EIQ A; 4J57 A; 2OLN A; 1Y0P A; 2XLR A; 4EQW A; 3UTE A; 5M10 A; 2Q6U A; 4XXG A; 2YAU A; 4MJW A; 1VDC A; 1NPX A; 3ICT A; 4H2R A; 4EQS A; 2BXS A; 4OCG A; 1ZMC A; 5IQ1 A; 2ZZC A; 3COX A; 2WU5 A; 2YG5 A; 4U2T A; 2TPR A; 3F8P A; 1JRY A; 4OPI A; 5FMH A; 2GB0 A; 2GV8 A; 4KPR A; 1NDA A; 1V59 A; 1N1P A; 3I6D A; 2V3A A; 3NTA A; 3KPF A; 2QA1 A; 4U8I A; 1Q9I A; 1F8W A; 2DKI A; 2Q0K A; 3L8K A; 4Z2R A; 4AP1 A; 4C5O A; 2OAM A; 1X31 B; 3K7M X; 2C75 A; 4ADW A; 3RP6 A; 1LQU A; 1BZL A; 2BAC A; 3PVC A; 3GD4 A; 4DGK A; 3Q9T A; 4H4X A; 1K4Q A; 2YLR A; 1S3B A; 2Y6R A; 2GR0 A; 4REK A; 2C65 A; 2XLP A; 3RHA A; 1EL8 A; 4B67 A; 3UTG A; 4B63 A; 1LQT A; 3QVR A; 4A79 A; 4BJZ A; 4HA6 A; 3ADA B; 1ZOY A; 4U8K A; 4B66 A; 3ITJ A; 2WP9 A; 3UKL A; 4E0V A; 4UP3 A; 3ALM A; 1M64 A; 3CNS A; 2C7G A; 4LU6 A; 1E1N A; 5J60 A; 2YR4 A; 3NIX A; 2XFP A; 3IWA A; 2CDU A; 3IC9 A; 3UTH A; 1XAN A; 2OAL A; 2VRM A; 3NN0 X; 1H82 A; 1Q1R A; 4XWZ A; 1PXC A; 3AD7 B; 4J36 A; 3AYJ A; 3IHG A; 1CL0 A; 2A8X A; 4CY6 A; 3SQP A; 3NLC A; 4PAB A; 2XLT A; 3CNP A; 1KSS A; 1GSN A; 3G5Q A; 4EM3 A; 4EQX A; 4GF7 A; 4GUV A; 1COY A; 2UZZ A; 3OC4 A; 2WEU A; 2BA9 A; 1F3P A; 5U63 A; 1TDK A; 2C3D A; 1Y56 A; 1KSU A; 3PO7 A; 1DJQ A; 4YTM A; 1UKV G; 4YSX A; 5L46 A; 3DJG X; 1PBE A; 4H4V A; 4BV6 A; 2FJB A; 4N9X A; 4JY2 A; 2VVL A; 2C67 A; 1FOH A; 3NT6 A; 1E1M A; 1Z6L A; 2VQB A; 4C3Y A; 3M13 A; 4B68 A; 4YWO A; 1GPE A; 4YTN A; 1D4E A; 1RP0 A; 4YKG A; 5JCN A; 1PBC A; 4UDP A; 1D4C A; 3UP5 A; 4NTC A; 1PHH A; 4TLZ A; 3NG7 X; 2R0G A; 2R4J A; 1IUT A; 3ICR A; 3AEF A; 3GYJ A; 5U1O A; 2ARD A; 1XDI A; 2QAE A; 3D1C A; 2WHD A; 4Z26 A; 1N4U A; 3GMB A; 1O95 A; 4WX1 A; 4H4W A; 1GRT A; 1ONF A; 3WE0 A; 2NPX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5DBJ A; 1CJ2 A; 5IQ4 A; 4DNA A; 3RNM A; 3BHK A; 4J34 A; 4O5Q A; 4CCR A; 3GYX A; 2RAB A; 1NEK A; 1F6M A; 3HYW A; 5KMQ A; 2O9Z A; 1LV0 A; 1JNZ A; 1H84 A; 1PBB A; 2E5V A; 4UDQ A; 2WET A; 2VOU A; 2GQW A; 4ZCD A; 4BJY A; 2XCG A; 3EPT A; 4FX9 A; 3AXB A; 4YXD A; 1YQZ A; 2IVE A; 4H50 A; 5HYM A; 4H4T A; 4AT0 A; 3RED A; 2C73 A; 1IUW A; 2YM1 A; 2XDO A; 2C3C A; 2OLO A; 3CN8 A; 2XYO A; 3M12 A; 1GER A; 3QSM A; 3DK8 A; 1XHC A; 1OJC A; 4IVO B; 1RSG A; 4JN9 A; 1GRG A; 5BRT A; 3ABV A; 3VRD B; 2XFO A; 4JQ9 A; 3F8R A; 4TM4 A; 4OPT A; 2BYB A; 1L9D A; 2VZ2 A; 4H4R A; 2C66 A; 4OPG A; 5BUK A; 1M6I A; 4USQ A; 3GYI A; 1GND A; 2NVK X; 2EQ8 A; 1VG0 A; 1VRQ B; 3C4N A; 2BC1 A; 1GRA A; 3AE5 A; 4J56 A; 4Z2U A; 1ZDL A; 1PXB A; 4CNK A; 3NK2 X; 2YVJ A; 3T0K A; 4K8D A; 3ALJ A; 2WP5 A; 3AE1 A; 3LAD A; 4C77 A; 4GAV A; 2VVL G; 3AEE A; 3GMC A; 4D03 A; 4CBQ A; 2BS3 A; 2FJD A; 2EQ9 A; 2X8G A; 3SZC A; 2C70 A; 1E6E A; 4GCM A; 1NHR A; 2GAG B; 4IV9 A; 3AE8 A; 2GAH B; 3GWF A; 5J7X A; 1GRF A; 3JSK A; 2X99 A; 3AED A; 4Y4M A; 5KMP A; 4Z2T A; 1K0I A; 3C96 A; 4TM0 A; 3CGC A; 1PJ7 A; 5FS9 A; 3AE9 A; 3CPH G; 5KWF A; 2WOW A; 4ZN0 A; 5HHF A; 1LVL A; 1D7L A; 2WDR A; 3FPZ A; 1L9E A; 4A5L A; 4K22 A; 4YSH A; 3CPI G; 3DME A; 5KOW A; 4NWZ A; 2JBV A; 3EF6 A; 5HY5 A; 1CF3 A; 2VQ7 A; 3RP7 A; 5EB4 A; 3K7T A; 4M52 A; 3E1T A; 1E1K A; 2YVG A; 4B65 A; 1LPF A; 3OZ2 A; 3SY4 A; 3SZF A; 3VR8 A; 1GTH A; 3ZDN A; 1GV4 A; 4II2 A; 5FS8 A; 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