The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
111
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structure length |
111
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Chain Sequence |
HHVGVERTMAEDIHHWSECEAIIERLYPELERRLAKVKPDLLIARQGVKLKFDDFQQTTQEHVWPRLNKADLIATARKTWDERRGGRGVRLVGLHVTLLDPQMERQLVLGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Recruitment of Translesion DNA Polymerase Pol Iv/Dinb to the Beta-Clamp
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA POLYMERASE III BETA SUBUNIT
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| molecule tags |
Beta-clamp
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
32
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| structure length |
111
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| sequence length |
111
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2003-09-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | DNA polymerase, Y-family, little finger domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4RZR A; 3BQ1 A; 4EYI B; 2AGO A; 3FDS A; 3PW0 A; 3KHL A; 4DL7 A; 1ZET A; 4NLG A; 4RNO A; 4TQR A; 3QZ8 A; 4Q45 A; 4F50 A; 2R8H A; 4O3Q A; 3OHA A; 4J9N A; 5KFT A; 4JV2 A; 3KHR A; 4EBC A; 5KFN A; 5DG8 A; 1JIH A; 1RYR A; 5KFH A; 5KFQ A; 2BQU A; 1S9F A; 4ECR A; 4RU9 A; 2DPJ A; 5KT3 A; 5L1L A; 2XGP A; 3MFI A; 3M9O B; 5KFF A; 3V6K A; 1N48 A; 5EWF A; 5T14 A; 5KT7 A; 5F9L A; 1N56 A; 3MR5 A; 2JEI A; 4ED1 A; 1K1Q A; 3RBE A; 4YR0 A; 3KHH A; 3IN5 A; 1T94 A; 5KT2 A; 3GV8 B; 2BR0 A; 4J9M A; 2V9W A; 4U6P A; 4J9L A; 4EBD A; 4Q44 A; 3PVX A; 2ASL A; 4Q43 A; 4F4W A; 4O3O A; 2J6S A; 4DL5 A; 2IA6 A; 3T5K A; 3T5L A; 5KG5 A; 2VA3 A; 5F9N A; 1RYS A; 3G6V A; 3MR2 A; 3G6X A; 4RUC A; 3RBD A; 4FS1 A; 1JXL A; 2C2R A; 2XC9 A; 3GV7 B; 3RB6 A; 4HYK A; 4IRC A; 3Q8Q B; 2W9C A; 3V6H A; 4QW9 A; 5KFK A; 4DL3 A; 4GC6 A; 3G6Y A; 3OSP A; 4Q8E A; 4ED2 A; 4ED8 A; 5L1I A; 5L1K A; 2XGQ A; 5KG3 A; 2RDI A; 4U7C A; 3PW5 A; 4IRD A; 3V6J A; 3GII A; 3Q8P B; 4J9O A; 2ASD A; 5KFW A; 3PR5 B; 5KFP A; 3M9N B; 3BQ2 A; 2IMW P; 4J9K A; 4ECV A; 4ED7 A; 3RB3 A; 5KFY A; 1S10 A; 3GQC A; 2C22 A; 3Q8R B; 5KG6 A; 4ECU A; 5KFD A; 2W9A A; 2W8L A; 5KFC A; 5JUM A; 2W9B B; 5L1J A; 4RUA A; 1S0M A; 3TQ1 A; 5KFL A; 4YR2 A; 5KFU A; 2J6U A; 4ED0 A; 4O3N A; 3PW4 A; 1T3N A; 4YQW A; 3PW7 A; 1UNN C; 5DG7 A; 4YP3 A; 4JV0 A; 2V4R A; 3H40 A; 5KT6 A; 5KFB A; 3GIK A; 4ED3 A; 2AGP A; 3T5H A; 5EWG A; 2ATL A; 1S97 A; 2JEG A; 5DLG A; 5KG0 A; 1K1S A; 2J6T A; 3Q8S B; 3BJY A; 5KFS A; 5KG7 A; 3PR4 A; 4RNM A; 4EBE A; 4ECZ A; 4F4Y A; 2W8K A; 5KFA A; 5KFE A; 5KFZ A; 2UVR A; 2ASJ A; 3GIJ A; 4QWE A; 5DQH A; 4GC7 A; 5DGB A; 3PW2 A; 1S0N A; 5EWE A; 4DL4 A; 3GIL A; 4R8U B; 2JEJ A; 1JX4 A; 4F4Z A; 2UVW A; 1S0O A; 2V4Q A; 2OH2 A; 5KFV A; 4O3P A; 3T5J A; 3OHB A; 2W7O A; 3H4D A; 3GIM A; 2BQ3 A; 2W7P A; 4Q8F A; 2C28 A; 5KG2 A; 4J9S A; 5KT5 A; 5DQG A; 4JUZ A; 5DQI A; 4O3S A; 5KG4 A; 5L9X A; 2R8K A; 4G3I A; 3MFH A; 5KG1 A; 2R8J A; 2ALZ A; 5KFR A; 4QWA A; 4J9R A; 3PZP A; 5DGA A; 5KFM A; 2W9B A; 3MR6 A; 4ECY A; 2FLL A; 4FBT A; 4O3R A; 4QW8 A; 2AQ4 A; 5KT4 A; 4ECW A; 4IR1 A; 4ECS A; 4F4X A; 4FBU A; 2VA2 A; 4QWC A; 4ECX A; 3OSN A; 2XCP A; 4RNN A; 3BQ0 A; 5C5J A; 4DL6 A; 4JV1 A; 4ECQ A; 3RAQ A; 3SI8 A; 3NGD A; 2IBK A; 2UVV A; 4DL2 A; 4FS2 A; 5EDW A; 2XCA A; 5DG9 A; 3H4B A; 2DPI A; 2JEF A; 5KFX A; 3GV5 B; 2AU0 A; 4ED6 A; 3RB0 A; 2R8G A; 2FLN A; 4TQS A; 3EPG A; 3KHG A; 3EPI A; 2C2D A; 2RDJ A; 4QWD A; 4YR3 A; 2W9C B; 2UVU A; 2WTF A; 4EEY A; 5KFJ A; 4IR9 A; 4ECT A; 3M9M B; 2R8I A; 2BQR A; 5KFI A; 2AGQ A; 3MR3 A; 4R8U A; 4J9Q A; 2FLP A; 4J9P A; 3QZ7 A; 4IRK A; 5DLF A; 5KFO A; 3RAX A; 3RB4 A; 2C2E A; 4QWB A; 4EYH B; 5KFG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1C3O A; 2RF4 A; 4X64 H; 4RZR A; 2YL2 A; 3BQ1 A; 1RK5 A; 4EYI B; 2W6O A; 4LFA H; 2AGO A; 2CKZ B; 2CQY A; 3HOW G; 3FDS A; 3PW0 A; 2R7L A; 4EFE A; 3KHL A; 4DL7 A; 5FD6 A; 3T1Y H; 4A3J G; 5JH7 F; 2UU9 H; 1FVI A; 3DF7 A; 1N33 H; 2HVQ A; 2ZJT A; 4RB0 A; 2WB1 E; 3J80 W; 3PO2 G; 1ZET A; 2FB9 A; 4NLG A; 4UCT A; 4RNO A; 2XIG A; 5J2U F; 4TQR A; 3QZ8 A; 2NUA B; 4Q45 A; 4HNT A; 2J9G A; 3H0G G; 4O4I F; 4F50 A; 4BXX G; 2R8H A; 3HBL A; 4O3Q A; 3OHA A; 4JI8 H; 4J9N A; 4MV7 A; 2GPS A; 3E5N A; 4ZI7 F; 5KFT A; 4C5A A; 4JV2 A; 3KHR A; 3JRW A; 3TQT A; 4EBC A; 5KFN A; 2B63 G; 5C4X G; 3BA8 A; 5DG8 A; 4I55 F; 1JIH A; 5IYC G; 2V59 A; 1IOV A; 1RYR A; 5KFH A; 2W57 A; 5KFQ A; 3RTX A; 3CQZ A; 4GKK H; 1GSO A; 5FLM G; 5LL6 b; 4GKJ H; 3RGX A; 5IYD G; 2JA7 G; 2BQU A; 4JV5 H; 2JA6 A; 4DR6 H; 4DV1 H; 1S9F A; 2I8C A; 4JI1 H; 1HNW H; 4ECR A; 3ORQ A; 2ZDH A; 3VPD A; 4RU9 A; 4PWQ A; 4JI0 H; 4I7H A; 2DPJ A; 1VAJ A; 5KT3 A; 4B3T H; 2M05 A; 3KXY T; 4AYB E; 1MZB A; 4LF9 H; 4DV5 H; 4DV0 H; 5GON F; 5CA0 F; 1K83 A; 2PMZ E; 5L1L A; 2XGP A; 3MFI A; 1KJJ A; 3QFF A; 3M9O B; 5KFF A; 2VQE H; 2WE6 A; 3V6K A; 2JA8 G; 5D8D A; 5IT9 W; 1XNQ H; 1N48 A; 2W71 A; 5EWF A; 5T14 A; 3OUU A; 4LMY A; 4AQY H; 4DLK A; 5KT7 A; 5F9L A; 2PN1 A; 1N56 A; 4Y8V B; 1AUX A; 2DWC A; 1GLV A; 5CB4 F; 3MR5 A; 5LXT F; 2JEI A; 5IWA H; 1RK6 A; 4ED1 A; 1K1Q A; 1I50 A; 3RBE A; 2Y0S E; 5FPO A; 3H20 A; 5IYB G; 4BBS G; 4UCS A; 4XX0 B; 4YR0 A; 4MTE A; 3KHH A; 3IN5 A; 4A3E G; 4LF7 H; 3LP8 A; 1T94 A; 5KT2 A; 3GV8 B; 2BR0 A; 1S68 A; 4J9M A; 5LP6 F; 4UCO A; 2V9W A; 4U6P A; 2GPW A; 4J9L A; 2FP4 B; 2I87 A; 4TV9 F; 3TIG A; 4MA5 A; 4KHP H; 4EBD A; 3ETJ A; 4Q44 A; 1CE8 A; 4QJF A; 3PVX A; 2ASL A; 1PK8 A; 4Q43 A; 4F4W A; 2W6Q A; 4O3O A; 3VPC A; 4DL5 A; 4XYM B; 2J6S A; 2IA6 A; 1TA8 A; 2W6N A; 3T5K A; 2C00 A; 4X62 H; 3T5L A; 2VUM A; 5KG5 A; 2VA3 A; 3UFX B; 5F9N A; 3G6V A; 1RYS A; 2JA5 A; 4A93 G; 3MR2 A; 3G6X A; 1DV2 A; 3Q1K A; 4WD3 A; 4RUC A; 3RBD A; 3RIZ A; 4DR3 H; 2VQF H; 1M6V A; 4LFC H; 4FS1 A; 3VMM A; 1JXL A; 4A3L G; 1E4E A; 4ZQI A; 1WCM G; 2C2R A; 1DGS A; 2E5L H; 4B3M H; 4A3K G; 2XC9 A; 1S03 G; 3GV7 B; 4DR5 H; 5LA6 F; 1XMO H; 1V9P A; 3RB6 A; 2HGS A; 4HYK A; 3VPB A; 4IRC A; 2R82 A; 4DR7 H; 2R7K A; 5BPF A; 3Q8Q B; 1E4G T; 1I94 H; 4JI2 H; 1Y1V A; 2W9C A; 3V6H A; 3K3V A; 4QW9 A; 5KFK A; 4DL3 A; 4GC6 A; 2YS6 A; 2VR1 A; 3G6Y A; 2W6M A; 4NXM H; 3OSP A; 2YYA A; 1B6S A; 1N36 H; 4A3B G; 1GSH A; 4Q8E A; 4IWY A; 3LML A; 1RJP A; 3OTO H; 5CAE B; 4ED2 A; 3GTQ A; 4ED8 A; 1EYZ A; 5L1I A; 5I47 A; 4A3F G; 5C8Y F; 3J7A K; 5LMU H; 3MWD A; 1WSC A; 5FPR A; 1W96 A; 4RB3 C; 2XGQ A; 5L1K A; 5KG3 A; 2RDI A; 4FM9 A; 1RJR A; 4U7C A; 3PW5 A; 4DUZ H; 4IRD A; 4FU0 A; 3V6J A; 3GII A; 3Q8P B; 1SCU B; 4XZ3 B; 4I50 F; 5EOY A; 4GLX A; 4JI7 H; 3R5F A; 5CA1 F; 3T1H H; 4J9O A; 2V5A A; 1XDN A; 2ASD A; 3HOU G; 1B04 A; 2Q2T A; 5KFW A; 3PR5 B; 5IP7 G; 1BJT A; 5KFP A; 4QIW A; 2IP4 A; 3M9N B; 2JA7 A; 3BQ2 A; 2E2I A; 2UXD H; 3RJ0 A; 4YJ3 F; 2IMW P; 4A3G G; 4UCR A; 4L1K A; 4J9K A; 4ECV A; 4YHH H; 4ED7 A; 5C1P A; 3RB3 A; 1P8L A; 2B63 A; 1Y1W A; 5KFY A; 1S10 A; 4A2A A; 3GQC A; 2C22 A; 4O4L F; 4YBZ B; 2UUA H; 3Q8R B; 5KG6 A; 5A2Q W; 1UC8 A; 4RZQ A; 4ECU A; 1M7J A; 2CW8 A; 3LWB A; 2W6P A; 4LH7 A; 5KFD A; 4BY1 G; 2W9A A; 2NVX A; 4R7R A; 3PO3 G; 1HNX H; 3RF2 A; 3G8C A; 2W8L A; 2VPS A; 2VQD A; 5KFC A; 5JUM A; 2W9B B; 3MJF A; 1ZHQ A; 3WO1 A; 5L1J A; 4A3C G; 1KJI A; 2VPQ A; 1TWF A; 3CVZ A; 3WNZ A; 4RUA A; 1S0M A; 3TQ1 A; 3JRX A; 5KFL A; 4EGQ A; 2SCU B; 5D1P A; 4YR2 A; 1Z2N X; 3N8D A; 3BAA A; 1M0T A; 3HKZ A; 1KBL A; 3OUZ A; 5KFU A; 2YZM A; 1N32 H; 2QK4 A; 3IG0 A; 2J6U A; 4J0M A; 4ED0 A; 5C1O A; 1EHI A; 4O3N A; 1ZQ7 A; 3PW4 A; 1T3N A; 5KKN B; 4YQW A; 3PW7 A; 2FE3 A; 3GIQ A; 1UNN C; 5DG7 A; 4YP3 A; 3EYY A; 4EFB A; 1B6R A; 4JV0 A; 2V4R A; 4BWS C; 2NU6 B; 2YRW A; 3H40 A; 5C44 G; 2R92 G; 2RGR A; 5KT6 A; 5KFB A; 1GO3 E; 3GIK A; 2XCL A; 2XD4 A; 4ED3 A; 2WYO A; 4IAJ A; 3T5H A; 4C5C A; 2YW2 A; 2AGP A; 2FJZ A; 5EWG A; 4HNU A; 5FLX W; 1WR2 A; 4RB2 C; 4UCV A; 4CC6 A; 3JSN A; 4I4T F; 2ATL A; 4DV6 H; 1S97 A; 4DR2 H; 4MTD A; 5LMN H; 3BAB A; 3GTJ A; 2R7Z A; 2JEG A; 4MV1 A; 1Y14 B; 1VS0 A; 4ZHQ F; 1GGO A; 3HOZ G; 3N41 B; 5DLG A; 3N6X A; 5KG0 A; 1K1S A; 2WB1 A; 3R23 A; 1E4F T; 2J6T A; 1DV1 A; 1BXR A; 3Q8S B; 1AN7 A; 1O75 A; 4EG0 A; 1XNR H; 3BJY A; 3HOV G; 3BA9 A; 4O4H F; 5KFS A; 3JZI A; 4QIW E; 3MWE A; 1KJ8 A; 5KG7 A; 2UUC H; 1WCM A; 1R9T A; 3PR4 A; 1C30 A; 2FK2 A; 3JSL A; 4RNM A; 2OLS A; 3GID A; 1KEE A; 2YZG A; 4EBE A; 4JYA H; 1W93 A; 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3HXL A; 2C28 A; 5KG2 A; 3ETH A; 4X65 H; 4J9S A; 3I12 A; 1A0I A; 5KT5 A; 5KX5 F; 5DQG A; 4JUZ A; 1XMQ H; 2F4V H; 5DQI A; 3N42 B; 4O3S A; 1SEI A; 1BNC A; 1CS0 A; 4YB8 B; 4DUY H; 5KG4 A; 4X66 H; 2UXC H; 3HB9 A; 4BY7 G; 4M9U A; 1X9N A; 5L9X A; 2R8K A; 4G3I A; 3MFH A; 1TWH A; 1CQI B; 5KG1 A; 3JAM W; 3L4J A; 5KFR A; 2ALZ A; 2R8J A; 3GTO A; 2R85 A; 1HNZ H; 4QWA A; 1TWC A; 2GLT A; 3L2P A; 4J9R A; 3PZP A; 4MA0 A; 5DGA A; 5KFM A; 1FJG H; 2W9B A; 2YCH A; 1Y1W G; 2NVY A; 3MR6 A; 5FJ8 G; 4ECY A; 2WAQ E; 1V4Y A; 5JQW A; 2OWO A; 2MCT A; 2R87 A; 5D1O B; 2FLL A; 4FBT A; 4O3R A; 1KC7 A; 1B33 N; 1JDE A; 4QW8 A; 2X0S A; 2DIK A; 4YY3 H; 2JA6 G; 3KTM A; 2AQ4 A; 5KT4 A; 2YRX A; 4EEQ A; 5D1O A; 4ECW A; 1IBM H; 1PX2 A; 2PBZ A; 3Q2O A; 4IR1 A; 1T36 A; 3FMA A; 2FPP B; 2NU7 B; 3L4K A; 4F4X A; 4ECS A; 2VA2 A; 4M7E A; 4FBU A; 2E2H A; 4QWC A; 2PVP A; 5J2T F; 3K5H A; 4RAY A; 4TUY F; 2R92 A; 4ECX A; 3OSN A; 3HOY G; 2YS7 A; 2XCP A; 4LSX A; 4MV3 A; 5H80 A; 4MAM A; 4RNN A; 4MV8 A; 3BQ0 A; 1GYF A; 5C5J A; 2DLN A; 4DL6 A; 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