1VDC | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	322
structure length	322
Chain Sequence	LETHNTRLCIVGSGPAAHTAAIYAARAELKPLLFEGWMANDIAPGGQLTTTTDVENFPGFPEGILGVELTDKFRKQSERFGTTIFTETVTKVDFSSKPFKLFTDSKAILADAVILAIGAVAKRLSFVGSGEVLGGFWNRGISACAVCDGAAPIFRNKPLAVIGGGDSAMEEANFLTKYGSKVYIIHRRDAFRASKIMQQRALSNPKIDVIWNSSVVEAYGDGERDVLGGLKVKNVVTGDVSDLKVSGLFFAIGHEPATKFLDGGVELDSDGYVVTKPGTTQTSVPGVFAAGDVQDKKYRQAITAAGTGCMAALDAEHYLQEI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__566072613289797__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__566072613289797__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1VDC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__566072613289797__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"566072613289797","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1VDC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__566072613289797__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Arabidopsis thaliana
publication title	Crystal structure of Arabidopsis thaliana NADPH dependent thioredoxin reductase at 2.5 A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	NADPH DEPENDENT THIOREDOXIN REDUCTASE
total genus	93
structure length	322
sequence length	322
ec nomenclature	ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date	1996-09-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07992	Pyr_redox_2	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	1vdcA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	1vdcA02

2JKCA 4K8DA 3GD4A 4YSYA 2ZZCA 4XWZA 4A79A 1GRFA 1ZMCA 4CNJA 4J57A 5FS8A 2XYOA 5C2TA 2GR0A 2Q0LA 2TMDA 3L8KA 3CIRA 1F8SA 3CPJG 2GB0A 4GRTA 2FJBA 3UTEA 2BABA 4J36A 4A5LA 2XLRA 4E0VA 2O9ZA 5KRQA 2C75A 3IHMA 3AWIA 3AE5A 2Q0KA 2WQYA 2WPFA 3UTFA 4U8KA 2WOWA 3KPFA 4BJYA 4Z43A 2XDOA 4YSZA 3D8XA 4APNA 3K7MX 4TM3A 1Q1RA 1UKVG 1GRAA 2XFNA 4J31A 4EMJA 4MJWA 3UOYA 1EBDA 5KVHA 1TDOA 1N4VA 4LU6A 4NTDA 1K0JA 2A8XA 2V6OA 1PBCA 4XWRA 1EL7A 4GUVA 2C72A 3UKFA 3DJGX 2YM1A 3UKHA 3URHA 1YQZA 3RP8A 4Z2TA 3AECA 3GWDA 3P9UA 3LJPA 4USQA 1CBOA 3RP6A 4CCRA 5BVAA 4ADWA 4C3XA 1YKJA 5HXIA 4X9NA 2QA2A 4H7UA 2JB3A 3CNJA 3P4SA 4CNKA 4B65A 4K5RA 2FJAA 4WX1A 3AE3A 3GMBA 4OPGA 4X9MA 3P4QA 4ZCDA 2WDVA 3CN8A 4J33A 3VQRA 3AE1A 3D1CA 1K4QA 4AT2A 4TM1A 1GV4A 1OJTA 1K0IA 2BK4A 2XVHA 1TYTA 3SGLA 1GOSA 2QAEA 1O95A 2QCUA 1RP0A 3COXA 4PAAA 1AOGA 2YLXA 2DKIA 2OLNA 1GEUA 4EMIA 2VVLA 2YVFA 1PXCA 1OJCA 3B3RA 3ZYXA 4EIQA 3UOXA 3DGZA 3NRNA 2APGA 4K22A 4XXGA 1N4WA 1D4EA 1GNDA 3GYJA 1E1KA 1D4CA 2E5VA 1M6IA 4B1BA 1E1LA 1XDIA 3T37A 1LQUA 2BC0A 3NK0X 4U8LA 4EIPA 3S5WA 4GDEA 4YKFA 1GERA 5C3JA 2R9ZA 2RABA 1QO8A 3DH9A 3ICTA 1HYUA 2E4GA 2GAGB 3NT6A 1FEAA 1XANA 2F5ZA 3FMWA 5FS6A 4KPRA 1NDAA 1CJ4A 1BGJA 1KDGA 2WPCA 2X8CA 3LADA 5FS9A 3BI2A 3SQPA 1M64A 4UP3A 4YTNA 4EQRA 3P4PA 4HA6A 1LQTA 2W0HA 2X3NA 3BHKA 1GALA 5M10A 3C96A 1IUVA 4A65A 3GWFA 2YAUA 3NTAA 2NPXA 4NEWA 4U8IA 1EL8A 1MOKA 3GRSA 1BF3A 1RYIA 1NHRA 1TRBA 2XVJA 4YSXA 1NG4A 4H50A 1ZX9A 5DBJA 5JCLA 4YXDA 2GVCA 2XCGA 4FK1A 2VQBA 3LXDA 2JB2A 3EF6A 3PVCA 4U8MA 1NHPA 2YR6A 1BGNA 3AB1A 3ATRA 3S61A 2R4JA 4FK1C 3ATQA 4H4TA 4OPTA 1ZP0A 2XFQA 1L9EA 2QA1A 2GAHB 1IUWA 4ECHA 4IVOB 4A6NA 3CGCA 3G5QA 2GR3A 3G5SA 3NGCX 4YWOA 2H89A 2XFPA 2C70A 3EAOA 1H84A 2WETA 2XFOA 3QSEA 2B9YA 4I58A 2YLRA 3QFAA 1LVLA 4UDPA 1K0LA 1CJ3A 4IVMB 3DK4A 1GETA 2GH5A 1F8RA 5LV9A 1PBFA 2YM2A 2RGOA 5JCIA 1NHSA 1OJAA 2YVJA 2GEWA 4J2WA 4K2XA 3KKJA 4Z2RA 2VQ7A 2X50A 4GCMA 3FPZA 2GQWA 3NG7X 4YTMA 2WP9A 1ZDLA 4BV6A 1H81A 3AYJA 2BCPA 1GSNA 3UKAA 2JAEA 1CF3A 1VG0A 1JRZA 3UTHA 2YG4A 4Y4MA 4H4PA 4I59A 1GTHA 3CNTA 4DSHA 5KOXA 2WPEA 1IUSA 3UKLA 1DJQA 2YR4A 4GR1A 3DMEA 1ZY8A 2C76A 1DNCA 2X8HA 1H83A 1VRQB 1EL5A 1FOHA 2C64A 1OJ9A 3NKSA 4U2TA 4A99A 1V59A 3NLCA 1KNRA 2A87A 4JY2A 4B66A 2BYBA 1Y56B 2BA9A 2OAMA 5IQ1A 5HY5A 4O5UA 1ZOYA 1E39A 1YQ3A 2VZ2A 4A9WA 1QLBA 3AE2A 2YG5A 3CGEA 4PABA 5J60A 1Z6LA 2V61A 2WHDA 1DOEA 3H4KA 1CC6A 2BS3A 4K5SA 1NENA 2YLZA 1YY5A 1E1MA 1DXLA 5EBKA 3VR8A 2IVEA 4OPDA 3NHOX 1KNPA 2VVLG 3AEBA 3Q9TA 4IV9A 4YKGA 1N4UA 3C4AA 1ZMDA 3FBSA 1B4VA 1LTXR 3I3LA 1GTEA 3L1RA 4EMWA 2XVFA 5GRTA 3DK8A 4JNAA 3ITJA 1ELIA 2DKHA 1JEHA 3ICRA 4LIIA 1H7XA 3UOVA 4OVIA 4B68A 1COYA 2R46A 1B37A 2ARDA 3PO7A 3NIXA 2GQFA 2B9XA 2WU2A 4RSLA 4AP3A 3RP7A 3ADAB 2YR5A 4K7ZA 3F8PA 3WE0A 5JCKA 5KOWA 1JU2A 3LZXA 3E1TA 3V3OA 1X31B 2RGHA 4GF7A 3UKQA 1L0VA 1L9CA 1VQWA 2WS3A 1MO9A 3P1WA 3NYFA 4NTEA 4AOSA 5BULA 1XHCA 2VRLA 3VRBA 1NHQA 2UZZA 4A7AA 1H6VA 1JNZA 1PJ5A 1DOCA 5HHFA 2XFUA 1S2YA 3GRTA 3O0HA 1E6EA 3UKKA 3CTYA 4OPUA 3VRDB 3ZDNA 4H4QA 4JQ9A 1QJDA 2X8GA 3BHFA 4B69A 4U8PA 3ICSA 3PS9A 2R0GA 2YG6A 1E1NA 4J34A 1OJDA 5BRTA 3UKPA 4H4UA 4HB9A 1FCDA 2EQ8A 2GR1A 4P9SA 2BK5A 2E1MA 3VR9A 1IUUA 2BXRA 3LOVA 2C7GA 2V5ZA 3NK2X 1BZLA 3CPHG 3EPTA 4LA1A 2R0PA 4YTPA 4ZCCA 1TDFA 2B9WA 2R4EA 1D7LA 2Q6UA 1BKWA 4CBQA 3IHGA 4OPLA 3F8DA 1ZK7A 1PS9A 5GSNA 3NTDA 3VRAA 4NZHA 5JCMA 3SFEA 3DJEA 4JN9A 1VG9A 2XLUA 4C3YA 1P2EA 1CC4A 3LZWA 4USRA 2BS2A 1O5WA 2XLPA 1CJ2A 4B63A 1LPFA 4H4WA 3FG2P 2YLWA 2WBAA 3OZ2A 4AOXA 3C4NA 4Z2UA 4OPIA 5EB5A 4EM3A 4UDQA 1Y0PA 2A89A 1W4XA 2X99A 3BI5A 1LJ1A 2C66A 3KLJA 5CQFA 5IPYA 3AEFA 4JDRA 5L46A 2BC1A 3I6DA 3KD9A 3DGHA 3AE9A 2OA1A 1SEZA 2C67A 3DJJA 3KU9A 3LB8A 4RG3A 4TM0A 1NPXA 1DODA 3FIMB 4H4ZA 1KSUA 3NYCA 2CULA 4Y4LA 2VOUA 4WCTA 3V76A 1CHUA 4JNQA 4BURA 3DA1A 4U2LA 4OCGA 3AEEA 4H2PA 4AP1A 4TLXA 3CNSA 3K7QX 4U8JA 5EB4A 2WEUA 1PXBA 3SM8A 4TLZA 1GREA 3G5RA 2ZBWA 2FJEA 1XPQA 2VRMA 3QSSA 4U2SA 3IWAA 3HZLA 5U25A 5JCNA 3RNMA 4NTCA 3GMCA 4H4RA 5TR3A 2C73A 1DJNA 4D03A 5KWFA 4N9XA 1D4DA 3M0OA 1FL2A 1GRGA 3ISHA 4DGKA 2GRTA 4DSGA 1PXAA 3ALLA 3BNMA 3NYEA 3GYIA 3QSMA 3V3NA 2VVMA 2PYXA 4NEVA 1O94A 3OC4A 4TM4A 4BK1A 2YVGA 2JK6A 2NVKX 2J3NA 3NN6X 4H4SA 3B6DA 4DNAA 2B7RA 2V3AA 3AE4A 4Y4NA 4B67A 4Z44A 3GDPA 3SFDA 1GT8A 2XVEA 1S3EA 2HQMA 3CPIG 1H86A 4RG4A 4ZN0A 2BACA 1ONFA 3Q6JA 2Z5YA 3GSIA 3GD3A 3ALJA 1TDEA 5ER0A 4BJZA 4C5OA 1IUXA 2EQ6A 4OPCA 1PBDA 5U63A 2V60A 3H8LA 3AEDA 1KFYA 3AYLA 3IF9A 4JY3A 1Y56A 2V3BA 2YQUA 4U8NA 5J7XA 3F8RA 3UTGA 2GV8A 1PN0A 4FDCB 2GMHA 2FBWA 1H7WA 1JNRA 1PJ7A 3R9UA 3KA7A 2CVJA 3AD8B 2H88A 1GXFA 3H8IA 2CDUA 1PBEA 2RGJA 1KF6A 3M12A 2ZZ0A 3CNPA 1YQ4A 2ACZA 1Q1WA 2WDRA 4CY8A 1PBBA 2TPRA 1JOAA 4IA6A 3AEGA 2XLTA 4CY6A 4AT0A 4Z24A 1FECA 4C77A 3QFBA 2AAQA 2Y6QA 1ZKQA 1Q9IA 2R0CA 4CRTA 3AE8A 4J56A 2Q7VA 1GRBA 4H2QA 4UDRA 3NNEA 1NG3A 1F3PA 1GRTA 1TDKA 4Z25A 1E7PA 1S2QA 1PJ6A 2R45A 5HYMA 4H4YA 4H4VA 2CFYA 1F8WA 1RSGA 1LV0A 3P4RA 1NEKA 2BXSA 2EQ9A 3QVPA 1IUTA 1JRXA 2GMJA 1P2HA 5M0ZA 2PHHA 4H4XA 4EQSA 1KSSA 2YG3A 4YT0A 2YG7A 4X4JA 5KXJA 2I0ZA 2JB1A 3QVRA 3GDNA 2ZZBA 1MXTA 4KX6A 1DOBA 2WP5A 4GDPA 2IIDA 4EM4A 1GESA 4M52A 2WU5A 4YSHA 2WOVA 1BWCA 1ZOVA 4ICYA 1PHHA 2EQ7A 3ABVA 3CGBA 2GR2A 3REDA 3KVEA 1S3BA 3EANA 2BCGG 3BNUA 3AE7A 1CL0A 3IC9A 2BS4A 4BK3A 3NN0X 4REKA 3DK9A 5U1OA 1N1PA 5EOWA 3CGDA 2FJDA 4A6NB 4H2RA 2XLSA 3DJDA 4O5QA 5FS7A 1VDCA 1H82A 3AD7B 3BI4A 1B5QA 3AEAA 1FEBA 3CNDA 4BK2A 1F6MA 3AD9B 5BUKA 4D04A 4H2NA 2WESA 2WOIA 2AQJA 2YLTA 3AXBA 3UOZA 2YLSA 1PDHA 4Z26A 3AE6A 1JRYA 3RHAA 1TDNA 3JSKA 3NK1X 2C3DA 4U8OA 2IVDA 1D7YA 2WDQA 4B64A 1EL9A 2C65A 4CCQA 5CKUA 2BK3A 2OALA 4EQXA 5KVIA 1GPEA 3UP5A 2B76A 2GF3A 1L9DA 3M13A 3K7TA 3QJ4A 4FX9A 3AYIA 3II4A 4IA5A 3ALMA 3K30A 2Y6RA 3UP4A 1CC2A 1D5TA 1CJCA 3NH3X 2B7SA 1IJHA 5FMHA 4C74A 1TYPA 1NAAA 1REOA 2OLOA 2WP6A 2Z5XA 2XVIA 3UCLA 2JBVA 2C3CA 2AR8A 4EQWA 2YWLA 1B8SA 1GRHA 5IQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2JKCA 4K8DA 3NKSA 3GD4A 4YSYA 2ZZCA 4XWZA 4A79A 1GRFA 1ZMCA 4CNJA 4J57A 5FS8A 2XYOA 5C2TA 2GR0A 5KMSA 2Q0LA 2TMDA 3L8KA 3CIRA 1F8SA 3CPJG 2GB0A 4GRTA 2FJBA 3UTEA 2BABA 4J36A 4A5LA 2XLRA 4E0VA 2O9ZA 5KRQA 2C75A 3IHMA 3AWIA 3AE5A 2Q0KA 2WQYA 2WPFA 3UTFA 4U8KA 2WOWA 3KPFA 4BJYA 4Z43A 2XDOA 4YSZA 3D8XA 4APNA 3K7MX 4TM3A 1Q1RA 1UKVG 1GRAA 2XFNA 3HYVA 4J31A 4EMJA 4MJWA 3UOYA 1EBDA 5KVHA 1TDOA 1N4VA 3CMMA 4LU6A 1K0JA 2A8XA 2V6OA 1PBCA 4NTDA 1EL7A 4XWRA 4GUVA 2C72A 3UKFA 3DJGX 2YM1A 3UKHA 3URHA 1YQZA 3RP8A 4Z2TA 3AECA 3GWDA 3P9UA 3LJPA 4USQA 1CBOA 3RP6A 4CCRA 5BVAA 4ADWA 4C3XA 1YKJA 5HXIA 4X9NA 2QA2A 4GAPA 2JB3A 3CNJA 3P4SA 4H7UA 4CNKA 4B65A 4K5RA 2FJAA 4WX1A 3AE3A 3GMBA 4OPGA 4X9MA 3P4QA 4ZCDA 2WDVA 3CN8A 4J33A 3VQRA 3AE1A 3D1CA 1K4QA 4AT2A 4TM1A 1GV4A 1OJTA 1K0IA 2BK4A 2XVHA 1TYTA 3SGLA 1GOSA 2QAEA 1O95A 2QCUA 1RP0A 3COXA 4PAAA 1AOGA 2YLXA 2DKIA 2OLNA 1GEUA 4EMIA 2VVLA 2YVFA 1PXCA 1OJCA 3B3RA 3ZYXA 4EIQA 3UOXA 3DGZA 3NRNA 2APGA 4K22A 4XXGA 1N4WA 1D4EA 1GNDA 3GYJA 1E1KA 1D4CA 2E5VA 1M6IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1VDCA

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