The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
108
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structure length |
108
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Chain Sequence |
GSSGSSGDKIESKLLAKKAEVNTIPGFDGVVKDAEEAVRIAREIGYPVMIKASAGGGGKGMRIAWDDEETRDGFRLSSQEAASSFGDDRLLIEKFIDNPRHISGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of B domain from human propionyl-CoA carboxylase alpha subunit
rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Propionyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial
|
| total genus |
14
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| structure length |
108
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| sequence length |
108
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| ec nomenclature |
ec
6.4.1.3: Propionyl-CoA carboxylase. |
| pdb deposition date | 2005-05-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | ATP-grasp fold, A domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1C3O A; 4MA0 A; 2FPI B; 1EYZ A; 2XD4 A; 3GLK A; 3HB9 A; 2NU6 B; 5D8D A; 1DV1 A; 5BPH A; 3MWD A; 1GGO A; 4Y8V B; 1DV2 A; 5JQW A; 1UC9 A; 3RV4 A; 1JLL B; 1T36 A; 1KJ9 A; 3K5H A; 1EUC B; 4O2B F; 4XYM B; 4C5C A; 2R87 A; 3JRX A; 3N8D A; 3K5I A; 4WD3 A; 5HV6 A; 3WO1 A; 2CZG A; 2P0A A; 3RUP A; 5LP6 F; 4E4T A; 4EG0 A; 3G8C A; 1W96 A; 4IZO A; 2W6N A; 1GSA A; 4MV6 A; 1GLV A; 4O4I F; 4WBN F; 2W6P A; 2GLT A; 2R82 A; 4HNV A; 1VBG A; 2W70 A; 2FP4 B; 1CQJ B; 2SCU B; 2R7M A; 3LWB A; 2GPS A; 2YRX A; 1PK8 A; 2DWC A; 5LOV F; 4EGJ A; 4IHJ F; 5CB4 F; 4IWY A; 2V5A A; 2FPG B; 3QFF A; 4TV9 F; 1KJJ A; 2I87 A; 1BXR A; 4ME6 A; 4FU0 A; 2HJW A; 4IWX A; 2IP4 A; 2V58 A; 2VR1 A; 3R5H A; 1E4E B; 2DLN A; 4YB8 B; 2YS6 A; 4I4T F; 4C5A A; 5C1P A; 1GSO A; 3OUU A; 3ETH A; 3V4S A; 3R5F A; 3WO0 A; 3MWE A; 2YYA A; 4XYL B; 4EGQ A; 1CS0 A; 5JH7 F; 3RV3 A; 5BPF A; 5KKN B; 2DIK A; 4YAJ B; 3V4Z A; 5BMV F; 5I47 A; 4HQ6 A; 1W93 A; 2YS7 A; 5CA0 F; 4YJ3 F; 4ZQI A; 5H80 A; 3Q2O A; 4C5B A; 2V59 A; 5KX5 F; 3TIG A; 3RFC A; 1CQI B; 2OLS A; 5K2M A; 1PX2 A; 1GSH A; 3VMM A; 1JDE A; 4MV4 A; 5CA1 F; 3JZI A; 2NUA B; 4HNU A; 1AUV A; 4YJ2 F; 2GPW A; 2R7N A; 1A9X A; 2YL2 A; 4HR7 A; 3HBL A; 2W71 A; 2VQD A; 2R6F A; 5LYJ F; 4ZI7 F; 1IOW A; 2W6M A; 2PBZ A; 1M6V A; 2ZDQ A; 4XX0 B; 4YBZ B; 3ORR A; 2FPP B; 1B6R A; 5LXT F; 2NU9 B; 2R7L A; 4O4L F; 2PVP A; 4ZOL F; 1ULZ A; 4MAM A; 4TV8 F; 5CAE B; 2ZDH A; 1KC7 A; 4MA5 A; 1WR2 A; 1VKZ A; 2YZN A; 1BNC A; 2R7K A; 4MV1 A; 3E5N A; 2W6O A; 4YAK B; 2R84 A; 3OUZ A; 1IOV A; 2DZD A; 1I7N A; 3VPD A; 3SE7 A; 3MJF A; 1SCU B; 3TQT A; 3K3P A; 2XCL A; 1KJ8 A; 2ZDG A; 2QK4 A; 2YRW A; 1UC8 A; 3Q1K A; 1I7L A; 2YZG A; 4MV3 A; 3TII A; 2YW2 A; 3U9S A; 3TIN A; 1KJQ A; 2R85 A; 2YZM A; 3LP8 A; 3VPC A; 3I12 A; 5IYZ F; 3ETJ A; 4XZ3 B; 1B6S A; 3BG5 A; 1KEE A; 2CQY A; 2FB9 A; 3R23 A; 5GON F; 1E4E A; 1DIK A; 5JVD F; 5J2U F; 1JDB B; 2NU8 B; 4HNT A; 1KBL A; 1VBH A; 4DLK A; 2PN1 A; 2W6Z A; 2X0S A; 5HBR B; 3JRW A; 3U9T A; 4I55 F; 5C1O A; 2J9G A; 2VPQ A; 4TUY F; 1JKJ B; 2I80 A; 2I8C A; 4I50 F; 1EZ1 A; 1AUX A; 3ORQ A; 3R5X A; 1C30 A; 1EUD B; 3VPB A; 1CE8 A; 1KJI A; 4MV8 A; 3GID A; 3UFX B; 5JVL A; 5EZY F; 2NU7 B; 5LA6 F; 5C8Y F; 3WNZ A; 5J2T F; 2C00 A; 4ZHQ F; 1EHI A; 2W6Q A; 2R86 A; 4O2A F; 4M9U A; 4L1K A; 4O4H F; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DF7 A; 5KG7 A; 5EOY A; 5DG9 A; 5D8D A; 5BPH A; 5D1O B; 3K3V A; 1TWF A; 1T3N A; 4O2B F; 3RIZ A; 1KJ9 A; 4JUZ A; 1EUC B; 5L1L A; 3IG0 A; 1S0M A; 4C5C A; 2R87 A; 3BQ1 A; 3N8D A; 3CQZ A; 1GO3 E; 4RNM A; 2XGP A; 2CZG A; 2ALZ A; 2BQ3 A; 2FLP A; 1JXL A; 5KT3 A; 4ECU A; 4RUC A; 4JV1 A; 1I50 A; 2GLT A; 2R82 A; 4DV2 H; 1O75 A; 3J7A K; 5F9N A; 4RNO A; 3C0F B; 4QWC A; 5EWE A; 4J9O A; 4RU9 A; 3N6X A; 2AQ4 A; 2YRX A; 2V9W A; 3H3V H; 4RZR A; 4JI0 H; 5C3E G; 3OTO H; 4EGJ A; 5CB4 F; 2C2E A; 3TQ1 A; 4J9R A; 2HVQ A; 1WH2 A; 4IWX A; 5FPR A; 1Y14 B; 5IT9 W; 2V58 A; 2VR1 A; 3QZ8 A; 2AGQ A; 4IR9 A; 5FD6 A; 4ECV A; 3ETH A; 4LMY A; 2VUG A; 4RAY A; 2JA5 A; 3R5F A; 2CKZ B; 2F4V H; 3MWE A; 1W93 A; 3BA8 A; 5CA0 F; 3RB0 A; 1TWH A; 3T5K A; 1UNN C; 4BBR G; 1RYS A; 4A3G G; 3H0G A; 3Q2O A; 4C5B A; 5KX5 F; 4YR3 A; 3GIM A; 3TIG A; 2W8L A; 2OLS A; 4A3D G; 5KFN A; 5LL6 b; 5K2M A; 4J9S A; 2R7Z A; 2XIG A; 3H4B A; 5KG6 A; 5C4X G; 1JDE A; 4IRD A; 3JZI A; 4BY1 G; 3SI8 A; 2UVW A; 2WB1 A; 2ASL A; 2AGO A; 1T94 A; 5F9L A; 2JEF A; 4EBC A; 2W6M A; 4RB0 A; 4U7C A; 3GV5 B; 2C22 A; 4YHH H; 4QIW E; 4XX0 B; 3RB3 A; 1S68 A; 2QYZ A; 2UUA H; 3ORR A; 4A3B G; 4K0K H; 2R7L A; 4ZOL F; 3G6Y A; 3H4D A; 3MR6 A; 3FKI A; 4B3T H; 1WR2 A; 4J9Q A; 1VKZ A; 3RGZ A; 2R7K A; 4UCT A; 3HOX G; 4ECT A; 4MV1 A; 4UCV A; 4Q44 A; 2R84 A; 1E4G T; 2HVS A; 3FMA A; 2FK2 A; 5KFL A; 4B3S H; 3MJF A; 2C2R A; 2XCL A; 5KFU A; 4UCS A; 4DV0 H; 4A2B A; 1S9F A; 2QK4 A; 3J80 W; 4ECR A; 5KG0 A; 2YZG A; 5KFT A; 4MV3 A; 1J5E H; 4QWA A; 3TIN A; 1KJQ A; 2R85 A; 4LSX A; 3BQ0 A; 3GV7 B; 1Z2N X; 4ECY A; 2BR0 A; 4LF6 H; 5KFG A; 4LSA A; 4XZ3 B; 1B6S A; 1HNX H; 1GYF A; 4A3C G; 1X9N A; 3GIK A; 5JVD F; 4GLX A; 5KFM A; 4IAJ A; 1KBL A; 4GC6 A; 4DLK A; 1S10 A; 2PN1 A; 3N43 B; 2X0S A; 2ASJ A; 4APM A; 2RDJ A; 4B3M H; 5IWA H; 4RNN A; 4JI1 H; 4TUY F; 3UQ8 A; 2C28 A; 1AUX A; 2RDI A; 4QWE A; 4J9P A; 5JVL A; 3GTM A; 3HKZ A; 4MV8 A; 2UU9 H; 2FJZ A; 5KFZ A; 2FLL A; 2W6Q A; 1XNR H; 1ZET A; 5KFH A; 4UFZ A; 2XD4 A; 3HB9 A; 2XCA A; 3EYY A; 4YQW A; 2W9C B; 4Y8V B; 1UC9 A; 1ZQ7 A; 1N32 H; 4UCO A; 4A3J G; 4YP3 A; 1TWG A; 4ED2 A; 5HV6 A; 4MV7 A; 3GTQ A; 2P0A A; 5KFQ A; 4EG0 A; 1WCM G; 2JEG A; 4IZO A; 2W6N A; 4F4W A; 1ZHS A; 4ED6 A; 4WBN F; 4LH6 A; 4LF8 H; 3HOY G; 4J9L A; 2FP4 B; 3F8N A; 1TAE A; 5DG7 A; 2V4Q A; 4MTD A; 5LOV F; 1IBL H; 4X64 H; 4JI7 H; 5KFR A; 4IHJ F; 4O3O A; 4X62 H; 4YR2 A; 3OSN A; 4ECZ A; 2V5A A; 1SEI A; 3QFF A; 4MTE A; 4NXN H; 1JIH A; 4U6P A; 4TQR A; 2IBK A; 2W9B B; 2VA3 A; 5A2Q W; 1A0I A; 1VS0 A; 2VQF H; 4YB8 B; 3PW2 A; 2YS6 A; 1I94 H; 1XMQ H; 1GSO A; 1N36 H; 4FBU A; 3M9M B; 4F50 A; 3OUU A; 4UCR A; 3V4S A; 3T5H A; 3PW7 A; 3WO0 A; 4EGQ A; 4ECW A; 5JH7 F; 3Q8R B; 5KKN B; 3MR5 A; 2V4R A; 5KT7 A; 2DIK A; 5I47 A; 2R93 A; 2FK1 A; 3RTX A; 2YS7 A; 2BQR A; 2AGP A; 5KFC A; 3RJ0 A; 5H80 A; 4BXX G; 2V59 A; 1Y1V A; 3RFC A; 1CQI B; 1RK5 A; 4O3N A; 5DLF A; 1GSH A; 5EWG A; 4ED0 A; 2ASD A; 2WB1 E; 1RJQ A; 3IN5 A; 2NUA B; 3AYH B; 4HNU A; 4YJ2 F; 3L4J A; 2R7N A; 4A3M G; 3PN1 A; 2R92 G; 3GTK A; 5KFX A; 2YL2 A; 4HR7 A; 3G6V A; 3HBL A; 2W71 A; 3KHR A; 2W9C A; 3RB4 A; 4EBE A; 2VQD A; 5LYJ F; 3PR4 A; 4ZI7 F; 5KFA A; 4LH7 A; 2PBZ A; 4ETS A; 2ZDQ A; 2NVY A; 2NVX A; 3GIJ A; 4DV5 H; 2NU9 B; 5JUM A; 5KFK A; 1ULZ A; 2KSW A; 4MAM A; 5FPO A; 5CAE B; 2ZDH A; 1KC7 A; 2XCP A; 4LFB H; 3QZ7 A; 3H20 A; 2YZN A; 4QW9 A; 1BNC A; 3JSN A; 2JA7 G; 5KT6 A; 3OUZ A; 3V6H A; 1WCM A; 1RJP A; 3EPI A; 1KJ8 A; 2FE3 A; 2RGR A; 4FM9 A; 3GIQ A; 4JI2 H; 1RK6 A; 3TII A; 2YW2 A; 3U9S A; 1Z2O X; 2YZM A; 3LP8 A; 4EEQ A; 3VPC A; 5KFB A; 3ETJ A; 5D1O A; 3PO2 G; 2FB9 A; 3R23 A; 5J2U F; 1JDB B; 2W7O A; 1K1S A; 5KG5 A; 3HOV G; 2JA6 G; 3JRW A; 5C1O A; 1VAJ A; 4I55 F; 3Q8S B; 2R8H A; 4A2A A; 4O3P A; 5KG1 A; 2VUM G; 3HKZ E; 1HNZ H; 3GIL A; 4QWB A; 3KHH A; 2I8C A; 4I50 F; 1EZ1 A; 4O3S A; 4A3F G; 3ORQ A; 3GTP A; 5D1P A; 5KFO A; 1CE8 A; 2Q2U A; 4A3L G; 1DGS A; 1BGW A; 5C8Y F; 1XMO H; 3WNZ A; 4ECS A; 3N42 B; 2AU0 A; 5J2T F; 2R8G A; 2C00 A; 4ZHQ F; 1JX4 A; 2UVV A; 4J9K A; 2R86 A; 3GV8 B; 4DL7 A; 5KFJ A; 3RF2 A; 4RAZ A; 4LF4 H; 4O3R A; 4O4H F; 3KTM A; 4MA0 A; 2FPI B; 3GLK A; 2NU6 B; 2WYO A; 5L1I A; 3MWD A; 1GGO A; 5KG4 A; 4LFC H; 1V9P A; 2WAQ A; 4M7E A; 1B33 N; 1JLL B; 5L1K A; 1SFO A; 4JYA H; 5C44 G; 3BA9 A; 4XYM B; 2B63 G; 2JEI A; 2XGQ A; 4EYH B; 2W9A A; 1V51 A; 3JRX A; 3K5I A; 3RUP A; 4GC7 A; 5LP6 F; 4DL4 A; 2VA2 A; 4E4T A; 3G8C A; 4RUA A; 4J9N A; 5KFI A; 5IYC G; 4MV6 A; 1S0O A; 2ZJT A; 4DR6 H; 2W6P A; 5DQI A; 4HNV A; 1VBG A; 2ZM6 H; 1N33 H; 5DGB A; 2UVR A; 3LWB A; 2GPS A; 4DUY H; 2VPS A; 1V4Y A; 5KFS A; 1TWA A; 4DV3 H; 2JA7 A; 3RAQ A; 4JI8 H; 1BXR A; 4OX9 H; 4FU0 A; 1IBK H; 2R8K A; 2HJW A; 4DL3 A; 2IP4 A; 3R5H A; 5FJ8 G; 4LFA H; 4C5A A; 4RB2 C; 2O03 A; 3N40 P; 4YR0 A; 3RGX A; 5KG3 A; 4YY3 H; 4XYL B; 3T5J A; 2YU9 A; 4X65 H; 5BPF A; 3MR2 A; 5DGA A; 5KT2 A; 4YAJ B; 3V4Z A; 5BMV F; 3M4I A; 4DR4 H; 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4I7H A; 2R8I A; 5EZY F; 2NU7 B; 2DPI A; 4JV0 A; 3T1H H; 1EHI A; 5EWF A; 1S0N A; 3EPG A; 4ED7 A; 4DV6 H; 4O2A F; 5KFV A; 3PW0 A; 4M9U A; 1FJG H; 4L1K A; 2WAQ E; 1C3O A; 4EEY A; 1EYZ A; 3OHA A; 2VQE H; 3GTO A; 1DV1 A; 1DV2 A; 4LF7 H; 5JQW A; 3RV4 A; 1T36 A; 3K5H A; 2UXD H; 4DV7 H; 2FKL A; 2HGS A; 3L4K A; 4RZQ A; 3GTJ A; 5C5J A; 4BWS C; 2W9B A; 5LMU H; 4WD3 A; 4AQY H; 3WO1 A; 1K1Q A; 2W57 A; 4Q8F A; 1W96 A; 1GSA A; 2W7P A; 1GLV A; 4O4I F; 3GII A; 4LF5 H; 5FLM G; 2W70 A; 4NXM H; 3V6J A; 1CQJ B; 1OWT A; 2R7M A; 2SCU B; 4DV4 H; 4BY7 G; 3N41 B; 1HNW H; 3T1Y H; 1R9T A; 1PK8 A; 2DWC A; 1S03 G; 4JV5 H; 4IWY A; 4R8U A; 4JI4 H; 2FPG B; 4A3E G; 4TV9 F; 2C35 B; 1FVI A; 1KJJ A; 2I87 A; 3BQ2 A; 4ME6 A; 4RB3 C; 4EFB A; 2CW8 A; 3HOZ G; 3KHL A; 1E4E B; 5DG8 A; 5L1J A; 2DLN A; 2UUB H; 2UVU A; 4I4T F; 5C1P A; 3NGD A; 2UXC H; 4O3Q A; 2OWO A; 1B04 A; 4F4Z A; 4IRC A; 2YYA A; 2R92 A; 1CS0 A; 3RV3 A; 5KFP A; 1L2Z A; 4JI3 H; 4B3R H; 4HQ6 A; 3PW5 A; 1HR0 H; 4YJ3 F; 4J9M A; 4RB1 A; 3G6X A; 3CVZ A; 4DR7 H; 4DR5 H; 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