The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
102
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structure length |
102
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Chain Sequence |
GSPILPKAENVDSICIDFTNSIQKIYDDSESIQKILSEIATGKRTEKQSIQDYPSAEEYGTINIENNGGMTTMFYYEENGKYYIECPYKGIYEIENNFEDMI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of the protein ZP_02042476.1 from Ruminococcus gnavus.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Ruminococcus gnavus
|
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
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| total genus |
13
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| structure length |
102
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| sequence length |
102
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-08-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MCT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5FJ8 G; 4ECZ A; 4A93 G; 2C22 A; 4JI5 H; 5DGB A; 4UFZ A; 1L2Z A; 3JAM W; 1TWH A; 4HR7 A; 2Y0S E; 4C5B A; 3QFF A; 2YRX A; 4J9P A; 1I6U A; 5L1I A; 1V51 A; 1EYZ A; 5KT5 A; 2HVR A; 1M0W A; 4YR0 A; 4YB8 B; 3PW5 A; 1VAJ A; 4TQR A; 2FLL A; 4F50 A; 4J9L A; 2VR1 A; 1GGO A; 1VBG A; 3N41 B; 1PK8 A; 2R92 A; 4U7C A; 1SYX B; 2VPS A; 2W9C A; 3PO2 G; 2E2I A; 3QZ7 A; 2PMZ A; 3KHG A; 4EBE A; 5BMV F; 1S03 G; 3MR6 A; 3T1Y H; 1B04 A; 3HBL A; 4YHH H; 5KFD A; 3VPD A; 2R8K A; 2XCL A; 2NVX A; 2ASD A; 3GV7 B; 4J9S A; 3HOW G; 4UCU A; 5KG7 A; 4LFA H; 4L1K A; 4ED8 A; 4YAJ B; 1AUV A; 5CA0 F; 2FE3 A; 4FS1 A; 2DIK A; 2I87 A; 3L4J A; 4IWY A; 2W7P A; 5EWG A; 1TWF A; 3OHB A; 4OX9 H; 1JIH A; 2XGQ A; 4A3K G; 4GLX A; 1Y1V A; 2IBK A; 5DGA A; 1E4G T; 2R7L A; 3GLK A; 4DV0 H; 2UUC H; 4X62 H; 3GTK A; 3T5J A; 3LP8 A; 2HHH H; 1VBH A; 2CKZ B; 3GIJ A; 2E5L H; 4AYB A; 4XYM B; 2V5A A; 2V4R A; 1XDN A; 2VQF H; 3M9N B; 4Q45 A; 5KFT A; 4JV5 H; 1M0T A; 3J7A K; 2W6P A; 1WSC A; 2DWC A; 5EZY F; 4DR2 H; 2FMA A; 2OH2 A; 5J2U F; 2OLS A; 2X0S A; 3G8C A; 1GSA A; 1GSH A; 4EEQ A; 4ECR A; 2F4V H; 1WCM G; 4MA5 A; 3R23 A; 2RDI A; 2J6T A; 4HQ6 A; 4F4Z A; 4DR5 H; 4EFB A; 3N40 P; 3OHA A; 3BQ1 A; 4DL7 A; 4F4W A; 2R93 A; 3RV3 A; 4LSX A; 2XCA A; 4ZOL F; 4HYK A; 4MV4 A; 4BBR G; 5IYB G; 4ECU A; 4X65 H; 3FKI G; 1E4E A; 5JUM A; 3UQ8 A; 4BY1 G; 1RK6 A; 4ECS A; 2VUM G; 5FLX W; 2XD4 A; 4JUZ A; 2W9A A; 1UC8 A; 1B6S A; 2P0A A; 3H0G A; 4APM A; 3Q2O A; 4UCV A; 1TAE A; 3KAL A; 3RGZ A; 4AYB E; 2BQU A; 5KFC A; 4BXX G; 3V6H A; 3Q1K A; 3V4Z A; 4EGJ A; 3GIQ A; 4MV6 A; 1HNZ H; 1XNQ H; 3KTM A; 5KFU A; 5KFM A; 5IP7 G; 3ORQ A; 3JRW A; 3RGX A; 2J9G A; 4YAK B; 4J9M A; 3H4D A; 4YQW A; 3FMA A; 2WB1 A; 4A3G G; 1GLV A; 5KFV A; 4RZR A; 4A3C G; 5KG4 A; 5JH7 F; 1HNW H; 3T5K A; 3VPB A; 2CQY A; 5KFN A; 5C1O A; 1R9T A; 3K5H A; 3PN1 A; 3TIG A; 4EBD A; 4FU0 A; 3H3V H; 3U9T A; 5IP9 G; 4MV8 A; 4C2M A; 1WR2 A; 4B3S H; 2FK1 A; 4O3O A; 4EEY A; 5KT6 A; 1T36 A; 4O3P A; 1M6V A; 3JSL A; 4LMY A; 2WE6 A; 5D1O B; 4GKK H; 3KHH A; 3OSP A; 2ATL A; 1JXL A; 4B3R H; 2WYO A; 4RB2 C; 4BBS G; 3GII A; 5KT7 A; 1RJQ A; 3HB9 A; 5LOV F; 3T1H H; 4YJ3 F; 4A3M G; 1K83 A; 3HOV G; 4Q43 A; 2ASL A; 1C30 A; 2DLN A; 4ED3 A; 2W8K A; 2JA6 G; 4I4T F; 3F8N A; 2HVQ A; 4ME6 A; 4DL3 A; 3HOU G; 4LF4 H; 2FB9 A; 5C3E G; 2R82 A; 3GQC A; 5IWA H; 2WAQ A; 4RUA A; 4IAJ A; 4O4H F; 3V4S A; 4MV3 A; 4ZHQ F; 3Q8P B; 2VA3 A; 4JI0 H; 5KFJ A; 3HOZ G; 5T14 A; 2WB1 E; 3R5F A; 5L1L A; 3SI8 A; 4LF9 H; 1IOV A; 5FPR A; 4LSA A; 2E2H A; 1RJR A; 1V9P A; 3MWE A; 3SE7 A; 3BJY A; 1T3N A; 2W57 A; 3LWB A; 1S0O A; 5IYZ F; 1K1Q A; 5JVL A; 1BNC A; 1KC7 A; 5KFW A; 2RGV A; 3GV8 B; 1V4Y A; 2NU6 B; 4MA0 A; 4QIW A; 5C5J A; 4JV0 A; 5LL6 b; 2QK4 A; 2HGS A; 4R7R A; 4ED6 A; 1S68 A; 1SCU B; 2YRW A; 4TV9 F; 2V9W A; 2JA8 G; 2V59 A; 2AGO A; 3WO1 A; 3GTQ A; 1KBL A; 2OWO A; 2YS6 A; 3V6K A; 4A3I G; 3N42 B; 3J80 W; 3K5I A; 5I47 A; 4DUY H; 4J9K A; 4ECW A; 2JA5 A; 2UXD H; 2W9B B; 3G6Y A; 3RFC A; 5F9L A; 2UUA H; 2FK2 A; 5KG0 A; 2NU9 B; 1S0M A; 3EPI A; 1RYS A; 1I94 H; 1S10 A; 1FJG H; 3Q8R B; 5LA6 F; 1JDE A; 2R8G A; 1T94 A; 1A0I A; 1K1S A; 5KT4 A; 5EWE A; 2UVV A; 2WAQ E; 5HV6 A; 4DV2 H; 3I12 A; 1N33 H; 4A3L G; 3N8D A; 5DG8 A; 1DV2 A; 4XZ3 B; 4A2B A; 5EWF A; 2VPQ A; 1UNN C; 3LML A; 3RBE A; 1WCM A; 2W6N A; 5LP6 F; 4UCR A; 4U6P A; 4QWA A; 3PW4 A; 2YZN A; 3BA8 A; 5KG6 A; 4MTD A; 4JI2 H; 4IRC A; 3RAQ A; 4WD3 A; 3T5H A; 4MAM A; 5BPF A; 3FKI A; 4QIW E; 2VUM A; 2XC9 A; 4ED2 A; 1GO3 E; 4R8U B; 4DV6 H; 4KHP H; 5LXT F; 2GPW A; 1OWT A; 1N34 H; 3CVZ A; 2R7M A; 3GTL A; 2W9B A; 4IR1 A; 4RU9 A; 1HNX H; 3HKZ A; 2JA5 G; 1JKJ B; 1KJ9 A; 4FS2 A; 2VUG A; 2QYZ A; 3RBD A; 4FBT A; 1N56 A; 4RAZ A; 3BAB A; 5KFQ A; 2YW2 A; 3OUZ A; 4O4L F; 4YR3 A; 4IRK A; 2UVU A; 2PMZ E; 2KSW A; 2C2E A; 4A2A A; 3L4K A; 1CS0 A; 4XYL B; 1PX2 A; 1EZ1 A; 3UFX B; 5LMN H; 2R87 A; 3T5L A; 1IBK H; 4JI8 H; 3GTO A; 1ULZ A; 2ZDH A; 5DLG A; 2VQE H; 1MZB A; 5KFR A; 4TUY F; 1Z2P X; 2FPG B; 4DL6 A; 2XIG A; 3GTJ A; 3V6J A; 5DG9 A; 4CC6 A; 5KFA A; 1W93 A; 4QJF A; 3PVX A; 4HNT A; 5J2T F; 2R86 A; 5KFI A; 3AYH B; 2WTF A; 4AQY H; 2YS7 A; 1S97 A; 5JQW A; 2W6Q A; 2AQ4 A; 5LMU H; 4DR6 H; 4ECQ A; 3M9M B; 3HOY G; 3OSN A; 1TWG A; 4UCO A; 3PR5 B; 3GIL A; 5FD5 A; 2FLP A; 2JA6 A; 4FBU A; 3HKZ E; 3RTX A; 5KFY A; 2UVR A; 4LH6 A; 1BXR A; 1I7L A; 1DIK A; 4GC6 A; 4EBC A; 3RB4 A; 3RB3 A; 3CQZ A; 4I55 F; 1S0N A; 5DQI A; 4QWB A; 5KFK A; 3NGD A; 4EYI B; 3EYY A; 1EUD B; 3GID A; 3N43 B; 5L9X A; 4IRD A; 1BJT A; 4RZQ A; 2ZDQ A; 1P8L A; 5EOY A; 2W8L A; 2R84 A; 2BR0 A; 3MJF A; 2ZDG A; 4ECT A; 1I3Q A; 2R85 A; 4ED1 A; 3MR2 A; 3GTP A; 3I4N G; 2RF4 A; 3GTM A; 1O75 A; 5C1P A; 4JI6 H; 4IZO A; 4J9R A; 4JI7 H; 5L1K A; 1JX4 A; 2FPP B; 2O03 A; 1N48 A; 3H40 A; 2V4Q A; 4RAY A; 4DR1 H; 5C8Y F; 2V58 A; 5IYD G; 2R8I A; 5KG2 A; 3RV4 A; 2JEI A; 3K3V A; 1CE8 A; 3TQT A; 5FD6 A; 1XNR H; 4LF6 H; 4JI4 H; 2BQ3 A; 2WDT A; 3WO0 A; 4DV7 H; 4XX0 B; 2R8H A; 1GSO A; 4DUZ H; 2ALZ A; 3MWD A; 3JRX A; 2IP4 A; 3JZI A; 2NU7 B; 3RJ0 A; 4K0K H; 2W6Z A; 2MCT A; 5DQG A; 4YP3 A; 4WBN F; 3K3P A; 5F9N A; 3WNZ A; 4E4T A; 5KG3 A; 4LFC H; 1C3O A; 4QWC A; 3RB0 A; 2UXC H; 4EYH B; 4Q44 A; 5KFO A; 4O3S A; 3RUP A; 4IHJ F; 3HXL A; 4Y8V B; 2DPJ A; 2J6U A; 3ETJ A; 1DV1 A; 5LYJ F; 3MFH A; 2JEF A; 4O3N A; 3MR5 A; 2M05 A; 2R8J A; 3DF7 A; 5D1O A; 4QW9 A; 1ZQ7 A; 2FKL A; 4J0M A; 2R6F A; 1KJQ A; 3KHL A; 2YCH A; 2HJW A; 3VMM A; 1DGS A; 5KG1 A; 2ASJ A; 4TQS A; 4DL5 A; 3FDS A; 4G3I A; 4ETS A; 2BQR A; 4DV5 H; 2YL2 A; 1ZHS A; 1IBM H; 1HR0 H; 3ORR A; 4RNN A; 2JEJ A; 4GC7 A; 3TQ1 A; 4Q8E A; 2Q2T A; 3MR3 A; 1I7N A; 5BPH A; 3C0F B; 4YBZ B; 5CA1 F; 4J9Q A; 1JDB B; 5DLF A; 1CQI B; 2UXB H; 1IBL H; 4IWX A; 3BA9 A; 1TWC A; 5EDW A; 2JA7 A; 4M7E A; 3IN5 A; 4RB0 A; 3VPC A; 2C28 A; 3OTO H; 2IA6 A; 4ECV A; 5KFZ A; 5CB4 F; 5HBR B; 3QZ8 A; 2FK3 A; 3IG0 A; 4HNV A; 3GIP A; 4I50 F; 4YJ2 F; 3U9S A; 4LF5 H; 4B3M H; 2W71 A; 1Y14 B; 4DR7 H; 4RNO A; 2GLT A; 2PN1 A; 5BR8 H; 1AN7 A; 4BWS C; 2XCP A; 3KXY T; 1I50 A; 3R5X A; 2SCU B; 2ZM6 H; 5CAE B; 3GV5 B; 1KJI A; 4QW8 A; 1Z2N X; 1Y1W G; 1EUC B; 4DV1 H; 4YY3 H; 5FLM G; 1XMO H; 5C4X G; 4MV9 A; 1GYF A; 3M9O B; 5KFS A; 2B63 G; 5K2M A; 1TWA A; 4F4Y A; 4ECX A; 1X9N A; 3BAA A; 3I4M G; 5H80 A; 1TA8 A; 2JEG A; 4RB3 C; 3M4I A; 2NUA B; 1FKA H; 5KX5 F; 1A9X A; 3TIN A; 2CW7 A; 4ZQI A; 5A2Q W; 4ECY A; 3H20 A; 1KJ8 A; 4JI1 H; 4LF8 H; 2R7Z A; 5IYC G; 4A3F G; 3PO3 G; 5KFE A; 4J9N A; 4O2A F; 2W70 A; 2NVY A; 1AUX A; 2DPI A; 4DLK A; 1B6R A; 3N6X A; 1KJJ A; 2FJZ A; 3GTG A; 1E4E B; 4B3T H; 4C5A A; 4A3B G; 3RF2 A; 5KFP A; 4LH7 A; 2XGP A; 1EHI A; 3BQ0 A; 4R8U A; 4QWE A; 3HOX G; 3R5H A; 4PWQ A; 4UCS A; 1N32 H; 2PBZ A; 1VKZ A; 4A3J G; 2UUB H; 4A3E G; 4EFE A; 4RNM A; 3OUU A; 1RK5 A; 4F4X A; 4HNU A; 2AU0 A; 2YYA A; 2RDJ A; 4DR3 H; 2R92 G; 3KAJ A; 3PW0 A; 3L2P A; 3GIM A; 1W96 A; 4MV1 A; 5KT3 A; 2CZG A; 1B33 N; 2HVS A; 2C2D A; 2YZM A; 2JA7 G; 5C44 G; 2R7K A; 2R7Z G; 2FP4 B; 3G6X A; 3PR4 A; 2DZD A; 4ED7 A; 3PW7 A; 5D8D A; 4Q0Y A; 2NU8 B; 3J81 W; 1Z2O X; 2W6O A; 4ED0 A; 2VOB A; 5L1J A; 2C2R A; 1VS0 A; 2CW8 A; 3BG5 A; 4RB1 A; 2AGP A; 4PDB A; 5GON F; 1WH2 A; 2PVP A; 4EGQ A; 1S9F A; 3E5N A; 5KFB A; 1Y1V G; 1E4F T; 1FVI A; 4C5C A; 1ZHQ A; 4JYA H; 4NLG A; 4UCT A; 4NXN H; 4O3Q A; 2VA2 A; 3Q8Q B; 3RAX A; 4RUC A; 4LF7 H; 1ZET A; 3BQ2 A; 3MWM A; 1J5E H; 2UU9 H; 2J6S A; 4NXM H; 5IT9 W; 1KEE A; 1XMQ H; 4I7H A; 4O3R A; 2R7N A; 2UVW A; 5KFX A; 1RYR A; 3N44 B; 2VQD A; 4CC5 A; 1N36 H; 5DQH A; 4IR9 A; 4ZI7 F; 4M9U A; 4O2B F; 3KHR A; 1RJP A; 4MTE A; 4FM9 A; 4DR4 H; 3JSN A; 4O4I F; 5JVD F; 2C35 B; 5KKN B; 4DV4 H; 4JV1 A; 2R93 G; 1BGW A; 4BY7 G; 4QWD A; 5D1P A; 4EG0 A; 2Q2U A; 3H4B A; 3RB6 A; 3MFI A; 2FLN A; 3RIZ A; 2Y0S A; 4DL4 A; 5KFG A; 2I8C A; 3Q8S B; 2IMW P; 3PZP A; 1SFO A; 4JI3 H; 2YU9 A; 2W6M A; 4TV8 F; 1M7J A; 4X64 H; 1Y1W A; 3H0G G; 5KG5 A; 1CQJ B; 1IOW A; 2B63 A; 4J9O A; 4MV7 A; 5FPO A; 4Q8F A; 2RGR A; 2W9C B; 2AGQ A; 5DG7 A; 2GPS A; 3PW2 A; 4JV2 A; 1SEI A; 3KAK A; 4YR2 A; 4GKJ H; 2I80 A; 3G6V A; 5KFF A; 4DV3 H; 4LFB H; 3EPG A; 5KFH A; 2FPI B; 4A3D G; 1UC9 A; 2W7O A; 2ZJT A; 2YZG A; 3TII A; 5KT2 A; 3GIK A; 5KFL A; 3ETH A; 4DL2 A; 1JLL B; 2C00 A; 4X66 H; #chains in the Genus database with same CATH homology 4RB2 C; 4LH6 A; 4JI5 H; 4UFZ A; 3T1H H; 1L2Z A; 3JAM W; 3N6X A; 3F8N A; 2HVQ A; 3EYY A; 4B3T H; 3N43 B; 4LF4 H; 1I6U A; 1BJT A; 4RZQ A; 3RF2 A; 2HVR A; 1P8L A; 5EOY A; 5IWA H; 1M0W A; 4LH7 A; 4IAJ A; 4JI0 H; 3N41 B; 1SYX B; 2VPS A; 4UCS A; 4LF9 H; 4LSA A; 1O75 A; 5FPR A; 4JI6 H; 1N32 H; 4JI7 H; 2UUB H; 1V9P A; 1S03 G; 3T1Y H; 2W57 A; 1B04 A; 2O03 A; 4EFE A; 4YHH H; 4RAY A; 4DR1 H; 2RGV A; 4X66 H; 4DR3 H; 3K3V A; 3KAJ A; 5FD6 A; 5LL6 b; 4UCU A; 3L2P A; 2HGS A; 1XNR H; 4R7R A; 4LF6 H; 4LFA H; 4JI4 H; 1S68 A; 2WDT A; 4DV7 H; 2FE3 A; 4DUZ H; 3L4J A; 2OWO A; 2HVS A; 3N42 B; 3J80 W; 3RJ0 A; 4K0K H; 4DUY H; 2MCT A; 2UXD H; 4OX9 H; 4GLX A; 2UUA H; 4Q0Y A; 1E4G T; 1Z2O X; 3J81 W; 2VOB A; 1I94 H; 4DV0 H; 4LFC H; 1FJG H; 2UUC H; 4X62 H; 1VS0 A; 2CW8 A; 4RB1 A; 2UXC H; 2HHH H; 4PDB A; 1WH2 A; 1A0I A; 2E5L H; 1N33 H; 4DV2 H; 3HXL A; 1E4F T; 1FVI A; 1ZHQ A; 4JYA H; 1XDN A; 4UCT A; 2VQF H; 4NXN H; 4A2B A; 3LML A; 4LF7 H; 4JV5 H; 1M0T A; 3J7A K; 3DF7 A; 3MWM A; 5D1O A; 4DR2 H; 4UCR A; 1J5E H; 2UU9 H; 4NXM H; 3BA8 A; 4MTD A; 4JI2 H; 5IT9 W; 4J0M A; 1XMQ H; 4I7H A; 2YCH A; 4EEQ A; 4LF8 H; 1DGS A; 2F4V H; 3N44 B; 4ETS A; 4CC5 A; 4DR5 H; 4EFB A; 3N40 P; 1N36 H; 4DV5 H; 4DV6 H; 4KHP H; 4LSX A; 1ZHS A; 1IBM H; 1N34 H; 1HR0 H; 3CVZ A; 4MTE A; 4X65 H; 4FM9 A; 1HNX H; 2Q2T A; 3UQ8 A; 3JSN A; 4DR4 H; 3C0F B; 5FLX W; 4DV4 H; 2UXB H; 1IBL H; 2VUG A; 1BGW A; 3BA9 A; 5D1P A; 2Q2U A; 4APM A; 4M7E A; 3RIZ A; 4UCV A; 4RAZ A; 1TAE A; 4RB0 A; 3KAL A; 3BAB A; 3RGZ A; 3OTO H; 1XNQ H; 2KSW A; 4JI3 H; 1HNZ H; 4A2A A; 4X64 H; 3L4K A; 5LMN H; 3IG0 A; 1IBK H; 3RGX A; 4JI8 H; 4LF5 H; 4B3M H; 3FMA A; 4DR7 H; 2VQE H; 5BR8 H; 1MZB A; 1AN7 A; 4MV7 A; 5FPO A; 4BWS C; 3KXY T; 1Z2P X; 2ZM6 H; 1HNW H; 2XIG A; 2RGR A; 1Z2N X; 4CC6 A; 3PN1 A; 4DV1 H; 4YY3 H; 1XMO H; 1GYF A; 1SEI A; 4MV9 A; 4AQY H; 3KAK A; 4B3S H; 4GKJ H; 4DR6 H; 4DV3 H; 5LMU H; 4LFB H; 1X9N A; 3JSL A; 3BAA A; 2WE6 A; 4LMY A; 5D1O B; 1TA8 A; 4UCO A; 4RB3 C; 2ZJT A; 3M4I A; 1FKA H; 4GKK H; 5A2Q W; 2CW7 A; 4JI1 H; 5FD5 A; 3H20 A; 4B3R H; 3RTX A; 2WYO A;
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