2XVH | Genus

Total Genus 161

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	161
sequence length	445
structure length	445
Chain Sequence	TRIAILGAGPSGMAQLRAFQSAQEKGAEIPELVCFEKQADWGGQWNYTWRTGLDENGEPVHSSMYRYLWSNGPKECLEFADYTFDEHFGKPIASYPPREVLWDYIKGRVEKAGVRKYIRFNTAVRHVEFNEDSQTFTVTVQDHTTDTIYSEEFDYVVCCTGHFSTPYVPEFEGFEKFGGRILHAHDFRDALEFKDKTVLLVGSSYSAEDIGSQCYKYGAKKLISCYRTAPMGYKWPENWDERPNLVRVDTENAYFADGSSEKVDAIILCTGYIHHFPFLNDDLRLVTNNRLWPLNLYKGVVWEDNPKFFYIGMQDQWYSFNMFDAQAWYARDVIMGRLPLPSKEEMKADSMAWREKELTLVTAEEMYTYQGDYIQNLIDMTDYPSFDIPATNKTFLEWKHHKKENIMTFRDHSYRSLMTGTMAPKHHTPWIDALDDSLEAYLSDK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__521828363475681__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__521828363475681__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2XVH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__521828363475681__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"521828363475681","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2XVH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__521828363475681__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Methylophaga aminisulfidivorans
publication title	Structural and Functional Analysis of Bacterial Flavin-Containing Monooxygenase Reveals its Ping-Pong-Type Reaction Mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
total genus	161
structure length	445
sequence length	445
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 1.14.13.8: Flavin-containing monooxygenase.
pdb deposition date	2010-10-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00743	FMO-like	Flavin-binding monooxygenase-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	2xvhA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	2xvhA02

4ZCDA 1VDCA 4CBQA 2WPFA 2WOWA 4GR1A 5BULA 3NYCA 2YR4A 2C76A 1KFYA 4J36A 1EL5A 4K5SA 3VRBA 1V59A 2WU5A 4N9XA 2HQMA 4U8LA 2A8XA 1E39A 4J34A 4OPIA 3GYIA 3DH9A 2X99A 2EQ8A 3JSKA 4K8DA 4MJWA 1K0IA 1KNPA 3AD9B 3CNJA 1PJ7A 2WETA 3UKKA 4J57A 5IPYA 3DJGX 1ONFA 4FX9A 1NHQA 1M6IA 3VRAA 4WX1A 4ZCCA 5KWFA 1S2QA 2QA1A 1F6MA 3QJ4A 1LJ1A 1DJNA 2YG4A 1CC4A 2C70A 3DA1A 1CF3A 1ZK7A 4B1BA 1PHHA 1CJ4A 4LA1A 3AYJA 3AE1A 4O5QA 4YSHA 2XFPA 1O95A 1JNRA 3DJJA 1PBDA 2V60A 3E1TA 3FIMB 2BS3A 4H7UA 2C75A 4J31A 1N4WA 3AEGA 4IVMB 4Z2TA 2WPCA 4JY2A 2VQBA 3NK0X 1OJTA 1E6EA 2YG6A 4J33A 3UTGA 2CDUA 2A87A 2I0ZA 2VZ2A 1L9EA 2BYBA 2WDRA 2C3CA 1NHRA 3HZLA 4JQ9A 1NG4A 4X4JA 2FJDA 3DJDA 3UTHA 3NK2X 4Z2UA 5ER0A 3AYIA 1DJQA 3KD9A 1GT8A 4JNQA 2EQ7A 2Q6UA 3C4AA 1MXTA 3D1CA 3CPIG 3H4KA 3P9UA 2GAGB 2WBAA 3OZ2A 1FEAA 4AT0A 1Y56A 4U8OA 1DXLA 1TDKA 3DGZA 4IV9A 2R45A 1CJ2A 2UZZA 4CY8A 3GWDA 1S3BA 4REKA 4YTMA 3NHOX 3SFDA 4EM4A 1KSSA 2XYOA 2R0GA 2GEWA 3AE4A 2YQUA 4A5LA 4H4PA 3WE0A 3V3NA 2VQ7A 3DMEA 3QSSA 3ATQA 3UCLA 3CNDA 3VRDB 4YWOA 1JOAA 2GQWA 1VG9A 3IF9A 1P2EA 4GUVA 5JCKA 4A6NB 4EMJA 1PBCA 1KNRA 3FPZA 2YLXA 2YLTA 2BK3A 4Z43A 4H4TA 2E4GA 4H2QA 2Z5YA 2QA2A 1YQ4A 4APNA 2R4EA 1TDOA 3C96A 1E1NA 3NK1X 4CNKA 2BCPA 1DOBA 1L0VA 4EQSA 1PXAA 3REDA 5L46A 3CNPA 4OPTA 3P1WA 4GCMA 4H4YA 4A99A 4C5OA 4OCGA 4I58A 3CGEA 3ITJA 2R9ZA 3M0OA 5LV9A 1D4EA 3AE9A 4JNAA 3NGCX 3AE5A 1JEHA 1GETA 3L8KA 1LVLA 1B5QA 3AE3A 4BJYA 1CHUA 3GRSA 5M0ZA 2QCUA 5HYMA 2C65A 4K2XA 4C3YA 2VVLG 2BS2A 3AYLA 3VR8A 3NH3X 4E0VA 4KX6A 4EQXA 3BI5A 1X31B 1PJ6A 1QLBA 2GR1A 3CGBA 4PABA 2XFNA 1N4UA 2YLWA 3URHA 4TM4A 3GD4A 1NAAA 3NYEA 2R46A 2WU2A 2YAUA 3GD3A 3CN8A 1H82A 1VG0A 3H8LA 4OPGA 5KVIA 4Z44A 4CCQA 2TPRA 4NEWA 1GNDA 5BVAA 2V3BA 3EPTA 4UP3A 1EBDA 3ABVA 4B66A 2GMHA 1IJHA 1IUWA 1YQ3A 4P9SA 4UDPA 1N4VA 2XFQA 2V3AA 2ARDA 4U8IA 3UOVA 4CY6A 3QVRA 4U8JA 3NN6X 1W4XA 4EIPA 3AE7A 3GYJA 2B7SA 3G5QA 2IIDA 3GMBA 3II4A 4AOXA 5C3JA 4H2RA 1OJDA 3LB8A 2YLZA 4GRTA 4NEVA 1TYTA 2Q0LA 5DBJA 1H7WA 4GDEA 4J2WA 2GR2A 3IWAA 4Y4NA 1D7LA 3LOVA 3SM8A 2OAMA 2PYXA 4OPUA 5BUKA 2WP5A 3NN0X 2GRTA 3AEBA 1LTXR 1XHCA 2B9YA 4BK3A 1JNZA 5KOXA 2EQ6A 2B9XA 2RGHA 1GESA 2ZZBA 3O0HA 3COXA 3CPHG 1GRGA 1PN0A 2OLOA 2EQ9A 2OA1A 3H8IA 2GQFA 4B63A 1TYPA 2JKCA 2B9WA 3AECA 3RP7A 3NG7X 3VQRA 4K22A 1GRTA 4A9WA 1IUVA 1RYIA 2WHDA 5FS8A 2BS4A 2GF3A 2XVFA 1D4CA 1PBEA 2W0HA 3BNMA 4B68A 5HHFA 1NENA 1DNCA 2BK4A 1VQWA 2X3NA 3BI2A 4B67A 4EQRA 4TLXA 5FS7A 4K7ZA 4DNAA 1GEUA 2WDVA 1ELIA 5J60A 3F8DA 1CC2A 3M13A 4CCRA 2VRLA 4USRA 4YKFA 4X9NA 1E1MA 1LQTA 1D4DA 2ACZA 2C64A 4XWZA 2V5ZA 4Y4LA 4A6NA 2XVHA 1GV4A 4H4QA 4H2PA 2X8CA 5EBKA 4D03A 3SFEA 4H50A 4NTEA 3GRTA 4KPRA 4AP3A 4YSYA 1EL9A 2C73A 1JRYA 1O5WA 2JB2A 3IC9A 4USQA 1PXCA 1ZDLA 3AEEA 2VVLA 1GRFA 1ZOVA 1PJ5A 2BA9A 3FG2P 4O5UA 3AWIA 3OC4A 3R9UA 3KVEA 4LU6A 2A89A 2GR3A 1NDAA 3G5SA 3ISHA 1Q1RA 3ICRA 4H4XA 3I3LA 2YG7A 3UKHA 4ADWA 4K5RA 5JCMA 4BK1A 1GSNA 5EB5A 4C77A 4IA5A 1TDEA 4EQWA 4UDQA 3UP4A 3AEAA 4EM3A 4IA6A 2XLTA 3UKAA 1OJAA 3L1RA 2YM2A 1HYUA 1GOSA 4EMIA 1OJ9A 1CJ3A 1ZP0A 2E1MA 1GREA 3Q6JA 5HXIA 4Z26A 3GDNA 5U25A 1B8SA 4U2TA 2R0PA 3NNEA 1F8RA 2OLNA 3KKJA 3K7QX 4B65A 4BJZA 5KXJA 2Q7VA 4NZHA 4Y4MA 3IHGA 3UOXA 1KSUA 1PS9A 1ZY8A 4RSLA 4Z2RA 1NEKA 1FEBA 1PBBA 2V6OA 2WS3A 1TRBA 4EMWA 1BZLA 1KF6A 2J3NA 4FK1C 3DGHA 3CGDA 3KA7A 1GRAA 4UDRA 4JY3A 3DK8A 3KLJA 2FJBA 1ZX9A 5JCNA 3UKFA 1Q9IA 4CRTA 2WP6A 3CTYA 1K0LA 2WESA 5M10A 2BXSA 4RG3A 3CPJG 2IVDA 4C3XA 1MO9A 3RHAA 2DKIA 1CBOA 3SQPA 2YVFA 1H7XA 4GF7A 2AAQA 5U63A 2H88A 1GTEA 1COYA 3LZWA 3GSIA 3AE2A 3ZDNA 4D04A 3ZYXA 4RG4A 1Y56B 2C72A 3S5WA 4H4SA 3QSMA 2TMDA 3QFBA 1LQUA 1S2YA 3AD7B 1NG3A 5TR3A 1DOEA 5IQ4A 3VR9A 3D8XA 3AE8A 3G5RA 1E1LA 3GDPA 3NTAA 1P2HA 2OALA 5BRTA 3ICSA 1F3PA 2YVGA 3NTDA 2FJAA 4H4UA 5FS9A 5GSNA 2NVKX 4XWRA 4DGKA 3UP5A 4HA6A 4YTPA 1YY5A 3DJEA 2X8HA 2Y6QA 2C67A 2FJEA 2GAHB 2IVEA 1F8WA 1DOCA 4OVIA 1KDGA 1QJDA 4I59A 1F8SA 1B4VA 3KPFA 2CFYA 2JK6A 4C74A 1AOGA 1OJCA 3M12A 3QFAA 4HB9A 1BWCA 3F8RA 3AEFA 5GRTA 2WDQA 2XLPA 5KOWA 3ALMA 1FL2A 3C4NA 2O9ZA 2B76A 1B37A 1PDHA 4YKGA 3QSEA 1O94A 3UOZA 1H83A 3NRNA 4H4VA 5EOWA 2XDOA 3LJPA 5HY5A 4B64A 3PS9A 2E5VA 3CNTA 3K7TA 3AB1A 3SGLA 3UKPA 4ECHA 4H2NA 5EB4A 1YQZA 5KVHA 4U2SA 3DK4A 2ZZ0A 3BHFA 1CJCA 4U2LA 5J7XA 1H84A 3PVCA 1L9CA 2R0CA 1FECA 2AR8A 4ICYA 1RP0A 2DKHA 2YWLA 4M52A 2YG3A 3NT6A 5U1OA 1QO8A 4NTCA 1LPFA 3B3RA 4U8KA 3F8PA 2GMJA 4AOSA 5FS6A 1JRZA 2JAEA 3AD8B 1JRXA 3GWFA 1GXFA 2YLSA 1IUUA 3LXDA 3UKLA 1NPXA 2GR0A 4YTNA 3BNUA 1CC6A 2GVCA 1XANA 3GMCA 4J56A 2QAEA 2APGA 2WQYA 3KU9A 4AP1A 1GERA 3IHMA 2YG5A 1IUXA 3LZXA 2FBWA 4TLZA 1MOKA 2AQJA 1E1KA 1H86A 3UOYA 4TM0A 4BURA 4DSGA 2C66A 1Z6LA 3AE6A 5JCLA 2WOVA 4X9MA 3ATRA 1EL7A 3LADA 1VRQB 2XFUA 3NYFA 2YLRA 1H6VA 5C2TA 2X8GA 2C7GA 2GH5A 5JCIA 1BF3A 1YKJA 4OPDA 4XXGA 5IQ1A 4ZN0A 3RP8A 4FDCB 3P4PA 4U8MA 2XCGA 2YVJA 3BHKA 4EIQA 2XFOA 1L9DA 1BGJA 2XLUA 1FCDA 1GTHA 1CL0A 1UKVG 2XVIA 2YR5A 2Y6RA 3AEDA 2BK5A 3EAOA 1RSGA 1ZOYA 1PXBA 4JDRA 3S61A 4OPCA 4U8NA 3Q9TA 1NHSA 3P4RA 3EANA 3EF6A 3RP6A 1GRHA 2BABA 3B6DA 2RGOA 2YM1A 2WOIA 1N1PA 1XPQA 1K4QA 4YT0A 2RGJA 1JU2A 3I6DA 3ICTA 1Q1WA 2F5ZA 3NLCA 4CNJA 1GRBA 3ALLA 4YXDA 1REOA 2WPEA 1D5TA 2BC0A 2R4JA 3CIRA 3K7MX 4WCTA 2XVEA 3CGCA 1GPEA 5FMHA 1E7PA 2JBVA 4TM3A 2XVJA 1BGNA 4A7AA 3CNSA 2JB1A 3DK9A 3ALJA 4AT2A 1K0JA 4YSZA 4H4RA 1DODA 4B69A 1BKWA 3QVPA 3UKQA 4IVOB 4LIIA 3FBSA 4A65A 4DSHA 3ADAB 2YR6A 1TDFA 2C3DA 2Q0KA 1IUSA 2JB3A 2GB0A 3AXBA 3PO7A 3T37A 3V76A 4Z24A 4A79A 5CKUA 4TM1A 1EL8A 3NIXA 1GALA 2ZZCA 2WP9A 4NTDA 2RABA 2BCGG 2CVJA 1PBFA 2BXRA 1FOHA 2GV8A 2H89A 4U8PA 1Y0PA 4BV6A 1SEZA 3K30A 1NHPA 1LV0A 2WEUA 4H4WA 1ZKQA 5KRQA 1D7YA 4FK1A 1ZMCA 3RNMA 1M64A 4OPLA 2VOUA 1IUTA 3V3OA 1TDNA 3P4QA 2B7RA 1XDIA 2PHHA 2XLRA 4BK2A 2V61A 3UTFA 3UTEA 2BACA 4Z25A 2BC1A 2Z5XA 5CQFA 3FMWA 4H4ZA 1H81A 4JN9A 2ZBWA 3NKSA 3BI4A 2CULA 2VVMA 1ZMDA 2NPXA 1S3EA 2VRMA 3P4SA 4GDPA 2XLSA 4PAAA 2X50A 4YSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4ZCDA 1VDCA 4CBQA 2WPFA 2WOWA 4GR1A 5BULA 3NYCA 2YR4A 2C76A 1KFYA 4J36A 1EL5A 4K5SA 3VRBA 1V59A 2WU5A 4N9XA 2HQMA 4U8LA 2A8XA 1E39A 4J34A 3T2ZA 4OPIA 3GYIA 3DH9A 3T0KA 2X99A 2EQ8A 3JSKA 4K8DA 4MJWA 3T31A 1K0IA 1KNPA 3AD9B 3CNJA 1PJ7A 2WETA 4G9KA 3UKKA 4J57A 5IPYA 3DJGX 1ONFA 4FX9A 4G74A 1NHQA 1M6IA 3VRAA 4WX1A 4ZCCA 5KWFA 1S2QA 2QA1A 1F6MA 3QJ4A 1LJ1A 1DJNA 2YG4A 1CC4A 2C70A 3DA1A 1CF3A 1ZK7A 4B1BA 1PHHA 1CJ4A 4LA1A 3AYJA 3AE1A 4O5QA 4YSHA 2XFPA 1O95A 1JNRA 3DJJA 1PBDA 2V60A 3E1TA 3FIMB 2BS3A 4G73A 2C75A 4H7UA 1N4WA 3AEGA 4J31A 4IVMB 4Z2TA 2WPCA 4JY2A 2VQBA 3NK0X 1OJTA 1E6EA 2YG6A 4J33A 5KMPA 3UTGA 2CDUA 2A87A 2I0ZA 2VZ2A 1L9EA 2BYBA 2WDRA 2C3CA 1NHRA 3HZLA 4JQ9A 1NG4A 4X4JA 2FJDA 3DJDA 3UTHA 3NK2X 4Z2UA 5ER0A 3AYIA 1DJQA 3KD9A 1GT8A 4JNQA 2EQ7A 2Q6UA 3C4AA 1MXTA 3D1CA 3CPIG 3H4KA 3P9UA 2GAGB 2WBAA 3OZ2A 1FEAA 4AT0A 1Y56A 4U8OA 1DXLA 1TDKA 3DGZA 4IV9A 2R45A 1CJ2A 2UZZA 4CY8A 3GWDA 1S3BA 4REKA 4YTMA 3NHOX 3SFDA 4EM4A 1KSSA 2XYOA 2R0GA 2GEWA 3AE4A 2YQUA 4A5LA 4H4PA 3WE0A 3V3NA 2VQ7A 3DMEA 3QSSA 3ATQA 3UCLA 3CNDA 3VRDB 4YWOA 1JOAA 2GQWA 1VG9A 3IF9A 1P2EA 4GUVA 5JCKA 4A6NB 4EMJA 1PBCA 1KNRA 3FPZA 2YLXA 2YLTA 2BK3A 4Z43A 4H4TA 2E4GA 4H2QA 2Z5YA 2QA2A 1YQ4A 4APNA 2R4EA 1TDOA 3C96A 1E1NA 3NK1X 4CNKA 2BCPA 1DOBA 1L0VA 4EQSA 1PXAA 3REDA 5L46A 3CNPA 4OPTA 3P1WA 4GCMA 4GAPA 4H4YA 4A99A 4OCGA 4I58A 4C5OA 3CGEA 3ITJA 2R9ZA 3M0OA 5LV9A 1D4EA 3AE9A 4JNAA 3NGCX 3AE5A 1JEHA 1GETA 3L8KA 1LVLA 1B5QA 3AE3A 4BJYA 1CHUA 3GRSA 5M0ZA 2QCUA 5HYMA 2C65A 4K2XA 4C3YA 2VVLG 5KMSA 2BS2A 3AYLA 3VR8A 3NH3X 4E0VA 4KX6A 4EQXA 3BI5A 1X31B 1PJ6A 1QLBA 2GR1A 3CGBA 4PABA 3SZFA 2XFNA 1N4UA 2YLWA 3URHA 4TM4A 3GD4A 1NAAA 3NYEA 2R46A 2WU2A 2YAUA 3GD3A 3CN8A 1H82A 1VG0A 3H8LA 4OPGA 5KVIA 4Z44A 4CCQA 2TPRA 4NEWA 1GNDA 5BVAA 2V3BA 3EPTA 4UP3A 1EBDA 3ABVA 4B66A 2GMHA 1IJHA 1IUWA 1YQ3A 4P9SA 4UDPA 1N4VA 2XFQA 2V3AA 2ARDA 3SZ0A 4U8IA 3UOVA 4CY6A 3QVRA 4U8JA 3NN6X 1W4XA 4EIPA 3AE7A 3GYJA 2B7SA 3G5QA 2IIDA 3GMBA 3II4A 4AOXA 5C3JA 4H2RA 3T2KA 1OJDA 3LB8A 2YLZA 4GRTA 4NEVA 1TYTA 2Q0LA 5DBJA 1H7WA 4GDEA 4J2WA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2XVHA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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