2YLZ | Genus

Total Genus 203

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	203
sequence length	533
structure length	533
Chain Sequence	RRQPPEEVDVLVVGAGFSGLYALYRLRELGRSVHVIETAGDVGGVWYWNRYPGARCDIESIEYCYSFSEEVLQEWNWTERYASQPEILRYINFVADKFDLRSGITFHTTVTAAAFDEATNTWTVDTNHGDRIRARYLIMASGQLSVPQLPNFPGLKDFAGNLYHTGNWPHEPVDFSGQRVGVIGTGSSGIQVSPQIAKQAAELFVFQRTPHFAVPARNAPLDPEFLADLKKRYAEFREESRNTPGGTHRYQGPKSALEVSDEELVETLERYWQEGGPDILAAYRDILRDRDANERVAEFIRNKIRNTVRDPEVAERLVPKGYPFGTKRLILEIDYYEMFNRDNVHLVDTLSAPIETITPRGVRTSEREYELDSLVLATGFDALTGALFKIDIRGVGNVALKEKWAAGPRTYLGLSTAGFPNLFFIAGPGSPSALSNGLVSIEQHVEWVTDHIAYMFKNGLTRSEAVLEKEDEWVEHVNEIADETLYPMTASWYTGANVPGKPRVFMLYVGGFHRYRQICDEVAAKGYEGFVLT

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__016425646095997__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__016425646095997__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2YLZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__016425646095997__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"016425646095997","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2YLZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__016425646095997__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermobifida fusca
publication title	Snapshots of Enzymatic Baeyer-Villiger Catalysis: Oxygen Activation and Intermediate Stabilization. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHENYLACETONE MONOOXYGENASE
total genus	203
structure length	533
sequence length	533
ec nomenclature	ec 1.14.13.92: Phenylacetone monooxygenase.
pdb deposition date	2011-06-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13738	Pyr_redox_3	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	2ylzA01

2WDVA 4OPTA 2EQ8A 2TPRA 1CJ4A 1FOHA 1GTEA 2VOUA 2FJEA 2BC1A 4C77A 1B8SA 2OLOA 4OPCA 3VRDB 1P2HA 3G5QA 2WOVA 2PYXA 3M12A 5M10A 3G5RA 4NTDA 4YKGA 1XPQA 1GRTA 2XVIA 4U2LA 3AE6A 3AYJA 5C3JA 1GPEA 4GR1A 1DJQA 3V3NA 1CJ3A 3NYCA 1QJDA 3RNMA 3AE2A 4FK1A 2JB3A 4TLZA 3VRBA 1DXLA 2E5VA 4YTMA 2R4JA 1LQUA 2C3CA 3AE5A 3NIXA 3O0HA 1KNRA 4OVIA 1PN0A 4Z24A 2B9XA 1CJCA 4U8KA 1P2EA 5JCLA 2X8GA 2VQ7A 3SQPA 2BC0A 1S3EA 2XLSA 2XVHA 3T37A 4EMJA 1RYIA 1ZMDA 4H50A 4U2SA 3NN0X 1VRQB 3UTEA 3UTHA 3CGDA 4OPUA 2C3DA 2R46A 2Z5XA 1F3PA 2GB0A 3CGCA 3UTGA 5BULA 2W0HA 1LPFA 1UKVG 4C3YA 1Q1RA 2BS2A 2XCGA 3ICTA 1TDEA 2E4GA 3QJ4A 3UP5A 1GV4A 2AQJA 3D1CA 4GDEA 3UKKA 1ELIA 2BS3A 4YKFA 2RGOA 5KOXA 4A7AA 2VRLA 4TLXA 4ICYA 1EL8A 1PBEA 3ALLA 3R9UA 3UOVA 1VG9A 5GSNA 2WU5A 4LIIA 5KOWA 1ZP0A 1PJ7A 4YTPA 3GD3A 2BS4A 4K8DA 1TDNA 1LV0A 1E1LA 4E0VA 5JCMA 4J56A 4UDRA 4GCMA 1Y56B 4U8IA 4H2NA 4TM4A 2YQUA 5IPYA 4EIPA 2NPXA 2YAUA 3NRNA 1RSGA 3UKHA 3DJEA 5FS7A 4BK3A 1PXCA 1H84A 3ADAB 2RGJA 5EBKA 5ER0A 5EB4A 4FDCB 1VG0A 3KU9A 4NZHA 3QSSA 3AD7B 4EIQA 3K30A 4A65A 4J2WA 1GRAA 5EB5A 5HY5A 3KVEA 3DA1A 1PBFA 4GUVA 2GMJA 2GAHB 1S2YA 4X9NA 3BHKA 3KA7A 2JB1A 4AOXA 2WHDA 4UDPA 1ZKQA 1XANA 3REDA 1GERA 2IIDA 4Z25A 1K4QA 1YQ3A 3ALJA 3RHAA 4B64A 3NGCX 2BK4A 4J33A 3SGLA 1TYTA 3B3RA 5C2TA 1TDKA 4B67A 1YKJA 2WBAA 2GAGB 1DNCA 5J60A 3GWDA 5TR3A 2YG4A 3ATRA 4YXDA 2J3NA 3CPIG 4Z44A 2GMHA 3GYJA 4U8MA 4U8LA 4IA5A 1B4VA 1O5WA 2BK3A 2XLUA 1H7XA 3KD9A 3RP6A 1H7WA 4ZCCA 1IUVA 1E7PA 2TMDA 4Y4LA 4UP3A 3AE1A 2VVLA 4BK2A 4EQXA 3UKAA 2EQ7A 3P1WA 3AEBA 1LVLA 3AD8B 4U8NA 1ZOVA 3VR8A 4D03A 4JDRA 2B7RA 2X50A 1CL0A 3EAOA 2FJDA 3FMWA 3DJDA 4GF7A 2BXRA 3ICSA 4IV9A 1EL5A 5EOWA 2XFNA 2YVJA 4H4TA 4HA6A 4IA6A 4X4JA 1N4UA 3K7QX 3LOVA 1ZMCA 2Y6RA 4U2TA 4B66A 2VRMA 3LJPA 2XVEA 1FL2A 3HZLA 1GALA 4XXGA 4MJWA 1CC4A 3LXDA 5CKUA 1ZDLA 1DOBA 1GRFA 1GT8A 2YLWA 3CPJG 1PHHA 1W4XA 3NTDA 3NH3X 2XLRA 2XFPA 2Q6UA 2Y6QA 4ZCDA 2R45A 1H82A 3UCLA 2R0GA 4Z26A 3K7MX 2XFOA 2YLSA 4Z2TA 3DGHA 4J36A 1MXTA 1KSSA 1ONFA 2YLZA 2ZZ0A 2WP5A 4LU6A 4GRTA 2Q0KA 3K7TA 4EQRA 1GETA 3ATQA 2B9WA 5IQ4A 3SFEA 3NG7X 2WPFA 2VQBA 4H4RA 3AWIA 1XHCA 4Y4MA 4USQA 4RSLA 3KKJA 2E1MA 2B76A 4H2RA 1KSUA 2YLRA 4H7UA 5JCKA 1COYA 2XLPA 1JRZA 3H4KA 2DKIA 2WDQA 2YVGA 3BNMA 3GMBA 4EM4A 1PS9A 3GWFA 2YVFA 1L9DA 1CF3A 2C76A 2V60A 2A8XA 1QLBA 2VVLG 3QFBA 3AEFA 2WOIA 5U1OA 2C67A 1Q9IA 4KPRA 2GR2A 4IVOB 1BKWA 5FS8A 4C3XA 3Q9TA 1JNRA 1DJNA 5J7XA 1ZX9A 2GEWA 2V3BA 1VQWA 4TM1A 2WOWA 2VVMA 2JKCA 4KX6A 3URHA 3P4QA 1KDGA 4HB9A 1OJ9A 3CNDA 5LV9A 2BYBA 4U8OA 3F8PA 2FBWA 2A89A 2VZ2A 4GDPA 1FEBA 2WPCA 3UTFA 4OCGA 4AP1A 1PXBA 1GRGA 1MO9A 3D8XA 3CGBA 4EMWA 3C4AA 3KPFA 1NHPA 3FPZA 4J34A 3AXBA 4JY2A 5KVIA 1Y56A 4A5LA 3NKSA 1O94A 1YQZA 4AOSA 3BNUA 4CCRA 2YLTA 1EBDA 3CN8A 3KLJA 1N4VA 4AT0A 1CC6A 5GRTA 3IF9A 3WE0A 2WP6A 5HYMA 2UZZA 2WPEA 3SM8A 3ISHA 3UP4A 2XFQA 5KWFA 1OJAA 2C65A 2RGHA 4I59A 2YM1A 3OZ2A 5KXJA 5BUKA 4O5QA 4YTNA 2B7SA 1NPXA 3I6DA 1KF6A 5DBJA 4DGKA 1TDFA 3FG2P 2ZBWA 4P9SA 1F6MA 2Q7VA 3BI2A 3DMEA 3L1RA 1OJTA 3AYIA 1BZLA 1S2QA 3COXA 2APGA 1EL9A 1O95A 2CDUA 3GMCA 4NEWA 4Y4NA 3UOYA 3UKQA 3IC9A 4M52A 3QSMA 4H2PA 2ZZBA 4J57A 5FMHA 3ALMA 3I3LA 1GESA 1PJ5A 3UOZA 1JNZA 4K5SA 4OPLA 1CC2A 2QA2A 3AEAA 1MOKA 1XDIA 4D04A 4WCTA 4LA1A 4H4XA 2BK5A 1LQTA 2X8CA 3VRAA 4B68A 4TM3A 5FS6A 4XWRA 2NVKX 2X3NA 4J31A 1PXAA 3CNSA 4FX9A 3NTAA 1Q1WA 1N1PA 2BCGG 3P4SA 3C4NA 4OPGA 1JU2A 2QCUA 4JN9A 3LZXA 4OPDA 3AE9A 1CJ2A 3P4RA 4CCQA 3CNJA 2GRTA 1E1NA 1M6IA 1D7LA 4A79A 3VQRA 1F8WA 2PHHA 3GRTA 3GRSA 1JRXA 1FECA 2X99A 3NNEA 4FK1C 4YWOA 4U8JA 1BGNA 4USRA 3CTYA 2WETA 2GR0A 2R0PA 1QO8A 4CRTA 1KFYA 1YQ4A 2ZZCA 3NK0X 1ZY8A 3AE8A 4PABA 4DSGA 3NK2X 2EQ9A 3QVPA 3BI4A 3GDPA 4YSHA 1NAAA 5U25A 1NG4A 2B9YA 2BXSA 1OJDA 3CNTA 3DK8A 3E1TA 4I58A 4H4SA 4H4WA 2H88A 1H83A 1REOA 1NHRA 2OAMA 4Z2UA 4H4VA 1PBDA 3F8DA 3M0OA 3NN6X 4BK1A 5BVAA 2YLXA 4ECHA 3DJGX 4H2QA 2WESA 4C5OA 3LADA 4CNJA 1PBCA 2AR8A 2WP9A 2YWLA 4B65A 4TM0A 3AYLA 3ZDNA 5FS9A 3S61A 5M0ZA 1RP0A 1VDCA 4K5RA 4NEVA 4AP3A 1GOSA 3B6DA 4K7ZA 4EM3A 2IVDA 2FJBA 1IUUA 3QFAA 4JY3A 1ZOYA 3CPHG 1H81A 2I0ZA 4A99A 2C72A 2CFYA 1D4CA 3QSEA 4H4YA 4XWZA 1DOEA 1JRYA 1B37A 3NK1X 4H4ZA 2JBVA 3SFDA 4BJYA 2F5ZA 3JSKA 4CY8A 2C70A 1YY5A 3NHOX 1ZK7A 2BABA 1D7YA 1GRHA 1SEZA 4A9WA 2R9ZA 3AE4A 1V59A 1DODA 2JAEA 1KNPA 3DJJA 1N4WA 4O5UA 3AEGA 4WX1A 2C64A 4Z43A 4YSYA 1Y0PA 1LTXR 1GSNA 1BGJA 1NENA 2GV8A 1FCDA 3RP8A 2QA1A 2R4EA 1L9EA 1E1MA 2JK6A 1L0VA 2QAEA 3IHGA 4NTEA 1IUTA 1E6EA 5JCNA 1IUWA 1GEUA 1NEKA 3AE3A 2V5ZA 2WDRA 4APNA 1Z6LA 2O9ZA 3P9UA 1CHUA 3CGEA 4BJZA 2OA1A 3GDNA 1FEAA 1H86A 5L46A 1IUXA 1K0IA 2BA9A 3NLCA 2BACA 1F8SA 1GRBA 3H8LA 3NYFA 3G5SA 2GF3A 1S3BA 1GNDA 3CNPA 4NTCA 2IVEA 2FJAA 2GR3A 3L8KA 4BV6A 2GQFA 4UDQA 2BCPA 3AE7A 1JEHA 4JQ9A 1IJHA 2V3AA 2WS3A 1NG3A 1DOCA 3VR9A 3V76A 2H89A 3Q6JA 1GTHA 2JB2A 4JNQA 3ABVA 2C7GA 2EQ6A 2ARDA 3AEEA 5HHFA 3ICRA 3EANA 2Q0LA 4YSZA 4N9XA 1JOAA 2V6OA 5JCIA 4CBQA 1AOGA 3GD4A 4CNKA 1B5QA 1K0LA 2C75A 2OLNA 3NYEA 4A6NA 1D4EA 2YR6A 2ACZA 4PAAA 4EQSA 3UKFA 4OPIA 4BURA 3LZWA 3LB8A 1K0JA 1BF3A 3UKPA 2YG5A 5CQFA 4A6NB 2XFUA 1F8RA 1D4DA 3DK9A 2X8HA 3II4A 2GQWA 2XVFA 3S5WA 1NDAA 2XDOA 3NT6A 1M64A 2YR5A 3P4PA 3UKLA 3OC4A 2CULA 3QVRA 4RG3A 5KRQA 4RG4A 1CBOA 4Z2RA 3V3OA 1NHSA 1TDOA 1GREA 2XLTA 4ZN0A 4EMIA 4EQWA 5U63A 1E1KA 3AEDA 1HYUA 4X9MA 4AT2A 1LJ1A 2CVJA 4B63A 4DNAA 2YR4A 5KVHA 4YT0A 2GR1A 4C74A 3F8RA 3FBSA 1X31B 4K22A 4B69A 2XVJA 2XYOA 2Z5YA 3PVCA 3EPTA 1E39A 2WEUA 3ZYXA 3C96A 3RP7A 2V61A 3CIRA 1TRBA 2YG6A 3PS9A 4ADWA 4DSHA 3IWAA 4CY6A 4H4UA 4H4QA 3IHMA 4K2XA 4REKA 2WU2A 3PO7A 1BWCA 1EL7A 1PBBA 2YG3A 3DK4A 3GSIA 1NHQA 3M13A 4H4PA 4U8PA 5IQ1A 2YG7A 2R0CA 2DKHA 2GVCA 2AAQA 2RABA 4IVMB 3BI5A 3H8IA 5BRTA 1H6VA 3ITJA 4B1BA 2OALA 3BHFA 4YSXA 4JNAA 3UOXA 2YM2A 2C73A 1PJ6A 2HQMA 1IUSA 3GYIA 1GXFA 2C66A 2GH5A 5HXIA 1L9CA 2WQYA 3AD9B 2A87A 3AECA 3AB1A 1OJCA 1D5TA 3DGZA 3DH9A 3EF6A 1TYPA 3FIMB 1PDHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2WDVA 4OPTA 2EQ8A 2TPRA 1CJ4A 1FOHA 1GTEA 2VOUA 2FJEA 2BC1A 5KMPA 4C77A 1B8SA 2BRAA 2OLOA 4OPCA 3VRDB 1P2HA 3G5QA 2WOVA 2PYXA 3M12A 5M10A 3G5RA 4NTDA 4YKGA 1XPQA 1GRTA 2C4CA 2XVIA 3AE6A 4G73A 4U2LA 3AYJA 5C3JA 1GPEA 4GR1A 1DJQA 3V3NA 1CJ3A 3NYCA 1QJDA 3RNMA 3AE2A 4FK1A 2JB3A 4TLZA 3VRBA 1DXLA 2E5VA 4YTMA 2R4JA 1LQUA 2C3CA 3AE5A 3NIXA 3O0HA 1KNRA 4OVIA 1PN0A 4Z24A 2B9XA 1CJCA 4U8KA 1P2EA 5JCLA 2X8GA 2VQ7A 3SQPA 2BC0A 1S3EA 2XLSA 2XVHA 3T37A 4EMJA 1RYIA 1ZMDA 4H50A 4U2SA 3NN0X 1VRQB 3UTEA 3UTHA 3CGDA 4OPUA 2C3DA 2R46A 2Z5XA 1F3PA 2GB0A 3CGCA 3UTGA 5BULA 2W0HA 1LPFA 1UKVG 4C3YA 1Q1RA 2BS2A 2XCGA 3ICTA 1TDEA 2E4GA 3QJ4A 3UP5A 1GV4A 2AQJA 3D1CA 4GDEA 3UKKA 1ELIA 2BS3A 4YKFA 2RGOA 5KOXA 4A7AA 2VRLA 4TLXA 4ICYA 1EL8A 1PBEA 3ALLA 3R9UA 3UOVA 1VG9A 3SZFA 5GSNA 2WU5A 4LIIA 5KOWA 1ZP0A 1PJ7A 4YTPA 3GD3A 2BS4A 4K8DA 1TDNA 1LV0A 5KNLA 1E1LA 4NNJA 4E0VA 4J56A 5JCMA 4UDRA 4GCMA 1Y56B 4U8IA 4H2NA 4TM4A 2YQUA 5IPYA 4EIPA 2NPXA 2YAUA 3NRNA 1RSGA 3UKHA 3DJEA 5FS7A 4BK3A 1PXCA 1H84A 3ADAB 2RGJA 5EBKA 3KPKA 5EB4A 5ER0A 4FDCB 1VG0A 3KU9A 4NZHA 3QSSA 3AD7B 4EIQA 3K30A 4A65A 4J2WA 1GRAA 5EB5A 5HY5A 3KVEA 3DA1A 1PBFA 4GUVA 2GMJA 2GAHB 1S2YA 4X9NA 3BHKA 3KA7A 2JB1A 4AOXA 2WHDA 4UDPA 1ZKQA 1XANA 3REDA 1GERA 2IIDA 4Z25A 1K4QA 1YQ3A 3ALJA 3RHAA 4B64A 3NGCX 2BK4A 4J33A 3SGLA 1TYTA 3B3RA 3T2ZA 1TDKA 5C2TA 4B67A 1YKJA 2WBAA 2GAGB 1DNCA 5J60A 3GWDA 5TR3A 2YG4A 3ATRA 4YXDA 2J3NA 3CPIG 4Z44A 3SZ0A 2GMHA 3GYJA 4U8MA 4U8LA 4IA5A 1B4VA 1O5WA 2BK3A 2XLUA 1H7XA 3KD9A 3RP6A 1H7WA 4ZCCA 1IUVA 1E7PA 2TMDA 4G74A 4Y4LA 4UP3A 3AE1A 2VVLA 4BK2A 4EQXA 3UKAA 2EQ7A 3P1WA 3AEBA 1LVLA 3AD8B 4U8NA 1ZOVA 3VR8A 4D03A 4JDRA 2B7RA 2X50A 1CL0A 3EAOA 2FJDA 3FMWA 3DJDA 4GF7A 2BXRA 3ICSA 4IV9A 1EL5A 5EOWA 2XFNA 2YVJA 4H4TA 4HA6A 4IA6A 4X4JA 1N4UA 3K7QX 3LOVA 1ZMCA 2Y6RA 4U2TA 4B66A 2VRMA 3LJPA 2XVEA 1FL2A 3HZLA 1GALA 4XXGA 4MJWA 1CC4A 3LXDA 5CKUA 1ZDLA 1DOBA 1GRFA 1GT8A 2YLWA 3CPJG 1PHHA 1W4XA 3NTDA 3NH3X 2XLRA 2XFPA 2Q6UA 2Y6QA 4ZCDA 2R45A 1H82A 3UCLA 2R0GA 4Z26A 3K7MX 2XFOA 2YLSA 4Z2TA 3DGHA 4J36A 1MXTA 1KSSA 1ONFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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