3BI5 | Genus

Total Genus 180

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	180
sequence length	509
structure length	497
Chain Sequence	SPAKKKVIIIGAGIAGLKAASTLHQNGIQDCLVLEARDRVGGRLQTVTGYQGRKYDIGASWHHDTLTNPLFLEEAQLSLNDGRTRFVFDDDNFIYIDEERGRVDHDKELLLEIVDNEMSKFAELEFHQHLGVSDCSFFQLVMKYLLQRRQFLTNDQIRYLPQLCRYLELWHGLDWKLLSAKDTYFGHQGRNAFALNYDSVVQRIAQSFPQNWLKLSCEVKSITREPSKNVTVNCEDGTVYNADYVIITVPQSVLNLSVQPEKNLRGRIEFQPPLKPVIQDAFDKIHFGALGKVIFEFEECCWSNESSKIVTLANSTNEFVEIVRNAENLDELDSMLERETSVTCWSQPLFFVNLSKSTGVASFMMLMQAPLTNHIESIREDKERLFSFFQPVLNKIMKCLDSEDVIDGMRANKPVLRNIIVSNWTRDPYSRGAYSACFPGDDPVDMVVAMSNGQDSRIRFAGEHTIMDGAGCAYGAWESGRREATRISDLLKLEHHH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__856692639252492__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__856692639252492__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3BI5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__856692639252492__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"856692639252492","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3BI5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__856692639252492__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Crystal structures of fms1 in complex with its inhibitors rcsb
molecule keywords	Polyamine oxidase FMS1
total genus	180
structure length	497
sequence length	509
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.5.3.17: Non-specific polyamine oxidase.
pdb deposition date	2007-11-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01593	Amino_oxidase	Flavin containing amine oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	3bi5A01
3.90.660.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2	Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2	3bi5A02

3UKLA 4Z25A 2OALA 3DJEA 4YSZA 2GB0A 2XDOA 4M52A 1DOEA 4APNA 4C3YA 1FOHA 3CGBA 2WOIA 2YG7A 5JCNA 2B9YA 1GV4A 1GPEA 5EB4A 3T37A 1LPFA 1K0LA 4DGKA 1AOGA 1DJNA 2BA9A 1SEZA 3AXBA 3FBSA 2WU2A 1YQZA 1EL7A 3DMEA 4BK3A 4B67A 4A65A 5HHFA 2W0HA 4PABA 5BULA 1XHCA 3NNEA 1PXAA 3NYCA 3KVEA 1ZOYA 3AEEA 2XFQA 1GT8A 2TMDA 2EQ6A 4XXGA 2WPEA 4U2TA 3NKSA 2ZZCA 5KVIA 4Z26A 5KVHA 2GR3A 3M13A 3AEGA 2WDVA 1GEUA 4OPCA 2GAGB 1E1MA 3QVRA 4ZCDA 1S2YA 2YG4A 2FJEA 3GYJA 4Z24A 4I59A 2WDRA 1F8RA 3GD4A 3RNMA 4J31A 3K7QX 4BV6A 4YSXA 3S5WA 3AEAA 3NG7X 2BXSA 5FMHA 1F8WA 2VVLA 2VZ2A 2GV8A 1BGNA 3BNMA 4J2WA 4PAAA 1NHPA 5HY5A 3IHGA 2V5ZA 1IUSA 1D4DA 3UKKA 1Y0PA 4B65A 1ZP0A 1CJ3A 1PDHA 3AWIA 3S61A 1F3PA 3NYEA 1BWCA 3IWAA 1ZK7A 1DNCA 1RP0A 4FX9A 4EM4A 4YTPA 1H6VA 2BK5A 5JCLA 1PBDA 3B6DA 2YLTA 3CTYA 2DKHA 1GTEA 2GQWA 5FS9A 2X50A 1X31B 3KD9A 3UCLA 1Q1WA 3H8IA 1IUUA 3KU9A 1FEBA 1FL2A 4JDRA 1O95A 3P1WA 1H83A 3AE2A 3UOXA 4X4JA 3SM8A 2BACA 1BF3A 2GAHB 2GRTA 2XVHA 1H84A 4X9NA 1H86A 2VVLG 4EQWA 2XFNA 3G5SA 3UTGA 1GSNA 2V3BA 1RSGA 1GOSA 3BI2A 2Q0LA 1E7PA 2X8CA 1S2QA 2Q7VA 5HYMA 4OPIA 5KOXA 1E39A 4USQA 4JY2A 2XVFA 2JB2A 3CPIG 3BHKA 3L1RA 1PJ6A 1KFYA 1TDEA 3QFBA 4U8PA 1GNDA 1Y56B 3BI5A 1NAAA 1LV0A 1EL8A 3COXA 4NTEA 2A89A 4GRTA 4UDRA 3CNPA 3UOVA 3DGHA 3AE1A 1JRZA 4H4RA 4U8JA 1GALA 2YLSA 1DOCA 3UOYA 4NTCA 2E4GA 2EQ8A 3NN6X 4C5OA 5KRQA 1EL5A 3CIRA 1GRGA 3DA1A 3G5QA 4Z43A 3LJPA 4YSHA 3VQRA 2VRLA 1YQ3A 4U8MA 1MO9A 1E1LA 2J3NA 2H88A 3EF6A 1YQ4A 2B7RA 2QA2A 2CFYA 4EMWA 1K4QA 2V61A 4U8LA 3UKPA 2CULA 2Y6QA 4BJYA 1MOKA 2C70A 2YLZA 3KPFA 4OPUA 4BK2A 2WQYA 2C76A 5FS8A 1BZLA 2WP5A 1VDCA 3UTHA 3V76A 2VOUA 5BVAA 5BRTA 4CY6A 4C77A 2XLRA 4A9WA 3EPTA 4ZN0A 4U8NA 2NVKX 2WBAA 4YKGA 2VRMA 2GR1A 3OC4A 4YKFA 3DK4A 2BS3A 4A99A 1DXLA 5TR3A 2C67A 4JNAA 3NGCX 1DJQA 4AOXA 2WPFA 4D03A 2YM1A 4TLXA 2YM2A 4X9MA 3UKAA 4TLZA 2A87A 2R0PA 3DH9A 4YT0A 1PJ7A 4KX6A 2RABA 2X3NA 4GCMA 2WP6A 2GF3A 3NYFA 5U1OA 3RP7A 4JQ9A 4A6NA 1NHRA 1NHQA 1KNPA 2YG3A 3GDNA 2YR4A 4H4SA 1NG3A 2R4JA 4A79A 1GRAA 1OJDA 2UZZA 1H7XA 1TYTA 1OJ9A 3EAOA 4GUVA 5J60A 1EL9A 1TYPA 4O5QA 1BGJA 4AOSA 3UTFA 4GDEA 4XWZA 4EMIA 4Z2RA 1REOA 4DSHA 1TDFA 1XANA 4E0VA 3D8XA 3CNDA 4H4UA 4Y4MA 1TDOA 1Q1RA 2RGHA 4A7AA 3NIXA 1P2EA 1DODA 1OJCA 3P9UA 1IUVA 4H2RA 2C73A 1D4EA 2C75A 1TDKA 1IJHA 1GXFA 4CBQA 2Y6RA 2JBVA 4EIPA 4H4XA 3Q6JA 3K7TA 3CNTA 5FS7A 2R0GA 1QJDA 2JAEA 4XWRA 1VG0A 2JB1A 3AE9A 4EMJA 4B64A 3SQPA 3V3OA 1H82A 1XDIA 1TDNA 2XFPA 3CPHG 2V60A 4GDPA 3UKFA 3NHOX 5CQFA 3NH3X 1DOBA 5EOWA 1NENA 1N4VA 5KOWA 1BKWA 2B7SA 2YLRA 4RSLA 2WOVA 4CRTA 3SFEA 1JEHA 3PO7A 3AE5A 1VQWA 2GR0A 1K0IA 2GMHA 2EQ7A 3NT6A 1L9CA 4J34A 4WCTA 3AD9B 4Z44A 4EQSA 1LJ1A 3P4SA 4NEWA 1ZMCA 2WPCA 2R45A 3BNUA 1NDAA 4YWOA 1VRQB 3QJ4A 4GF7A 4K7ZA 1W4XA 4UDPA 2BS2A 1ZMDA 3GWFA 2RGJA 3GD3A 1GESA 4LIIA 3ISHA 2A8XA 2QCUA 1Q9IA 3BI4A 3NTDA 1HYUA 3GRSA 2QAEA 4U8IA 3QSMA 4H2PA 1COYA 3CPJG 4IVMB 4OPLA 1E1KA 1F8SA 1NPXA 3IF9A 3AYIA 3VRDB 1TRBA 2WS3A 1XPQA 2NPXA 1H7WA 3WE0A 3ATRA 2X99A 3PVCA 2HQMA 1GRHA 1M64A 3ADAB 2WESA 4EQRA 4J57A 2GEWA 2X8GA 2WDQA 2VVMA 3AEBA 4B63A 2BYBA 3AB1A 4TM0A 2JB3A 4IVOB 1L9DA 4RG3A 5J7XA 1FCDA 3SFDA 3V3NA 1JNZA 3AE3A 3ZYXA 4YXDA 3P4QA 3P4RA 4H2NA 3I3LA 2ZBWA 1D7YA 3AEFA 2IIDA 1ZDLA 1PS9A 2VQ7A 2I0ZA 3NTAA 1QO8A 3VRAA 4Z2UA 1ZX9A 1PN0A 5ER0A 4IA5A 2DKIA 4OCGA 2XLPA 1S3BA 4LU6A 1Z6LA 2XLUA 5IPYA 5M10A 1P2HA 1OJTA 4AP3A 1CC2A 4OPTA 2WOWA 2YG5A 4H2QA 3VR8A 4H4ZA 1EBDA 2H89A 1H81A 3AE6A 3UKHA 4J56A 2X8HA 1B8SA 4UDQA 2CDUA 2XCGA 3Q9TA 4N9XA 3BHFA 2F5ZA 2BC1A 3K7MX 4C3XA 3LXDA 4K5SA 3OZ2A 1N4UA 1Y56A 3QSSA 3H4KA 4OPDA 2YVJA 4B66A 3AD7B 3ALJA 1L9EA 2WETA 1KSUA 3LADA 2IVEA 3KKJA 1ELIA 4NZHA 1ONFA 2BCPA 3LZWA 1D5TA 1PXCA 2C7GA 2OLOA 2YR6A 3NK1X 2V6OA 3O0HA 1RYIA 2C3CA 3AD8B 4ADWA 3M12A 3II4A 3K30A 1FEAA 5U25A 1D7LA 4YTNA 4FK1C 4K2XA 1YY5A 4BURA 4B68A 2PYXA 4IV9A 2R9ZA 2XVJA 3D1CA 4BJZA 2YAUA 4CNKA 4UP3A 4H4VA 2YVGA 4EQXA 3NK2X 3QSEA 4U8OA 2B9XA 3VRBA 3JSKA 3LOVA 2GH5A 1GTHA 1CL0A 3UP5A 2BABA 4TM4A 4JNQA 2YQUA 3GWDA 4H4WA 5HXIA 5C2TA 3AYLA 3IC9A 2Z5XA 1E1NA 2FJAA 3F8PA 5M0ZA 3UOZA 1GRFA 3AE7A 4HB9A 2O9ZA 4U2LA 3GYIA 2GQFA 2XLTA 3R9UA 3F8DA 4Y4NA 2C72A 3HZLA 3GRTA 4JN9A 1KSSA 4KPRA 1QLBA 1GERA 3FPZA 4TM1A 3DJDA 1NG4A 1CJ2A 4AT0A 3DGZA 1ZOVA 2OLNA 2Z5YA 2BK3A 1D4CA 2XFUA 4H4QA 4K22A 5U63A 2EQ9A 2WHDA 1KNRA 1JNRA 3CGEA 2FJBA 2FBWA 4CNJA 1JRYA 4H4TA 4J36A 3ATQA 3QVPA 4P9SA 3ICRA 4MJWA 1GRBA 4YTMA 3KA7A 3C4AA 3H8LA 1E6EA 4EIQA 1KF6A 4ZCCA 4DSGA 3GMBA 1PBCA 4U2SA 1PHHA 2GR2A 2IVDA 4AP1A 4CCRA 5JCMA 4D04A 1MXTA 3E1TA 3VR9A 2CVJA 2YWLA 3ICSA 1PBBA 2PHHA 4H4PA 5IQ1A 3ABVA 3FMWA 3GDPA 2C66A 4J33A 3UP4A 1CHUA 2VQBA 2WU5A 2GMJA 5EBKA 4AT2A 1LQTA 3LB8A 1CC4A 4WX1A 5DBJA 4ECHA 2XLSA 4FDCB 1B5QA 3ALMA 2AAQA 4I58A 1GRTA 4LA1A 4NEVA 4CCQA 1CBOA 1VG9A 2C65A 4NTDA 2B76A 1PJ5A 2C64A 1N1PA 3M0OA 4HA6A 4O5UA 3RHAA 5JCIA 5FS6A 3GSIA 3AYJA 1JRXA 4TM3A 3C4NA 3DJJA 2YLXA 1CJCA 5CKUA 2C3DA 1NEKA 2BS4A 2YLWA 3KLJA 2R0CA 5IQ4A 1ZY8A 3CNJA 5JCKA 1CC6A 2RGOA 3P4PA 1O94A 3URHA 1ZKQA 2E5VA 1GREA 3ITJA 2ZZ0A 1PBEA 3CNSA 2BXRA 2Q6UA 2ACZA 3F8RA 4YSYA 4Z2TA 1FECA 5KWFA 3FIMB 1LVLA 1LQUA 2Q0KA 1GETA 3AECA 3RP6A 2WEUA 4OPGA 4C74A 2OA1A 4K8DA 2GVCA 1CJ4A 2B9WA 4H4YA 5L46A 5BUKA 2FJDA 3CGDA 4RG4A 1F6MA 4GR1A 4CY8A 3EANA 1PBFA 3NN0X 1JOAA 1B37A 1NHSA 3DK8A 2JK6A 4REKA 1OJAA 4IA6A 5EB5A 3AE8A 1K0JA 5GRTA 1IUXA 1V59A 4FK1A 3REDA 1B4VA 2XVIA 4K5RA 3LZXA 4Y4LA 5KXJA 3NRNA 4USRA 3NLCA 5LV9A 3G5RA 1M6IA 3L8KA 1KDGA 2JKCA 3SGLA 1N4WA 3NK0X 5C3JA 4ICYA 2ARDA 3UKQA 3ICTA 1IUTA 3CN8A 2BCGG 4B1BA 1IUWA 3PS9A 3CGCA 1S3EA 3ZDNA 3I6DA 1JU2A 4H7UA 4A5LA 4BK1A 2YG6A 2ZZBA 3ALLA 3GMCA 1YKJA 3DJGX 3QFAA 4A6NB 3FG2P 2TPRA 2E1MA 3IHMA 2XFOA 4JY3A 3UTEA 3DK9A 2WP9A 3AEDA 1LTXR 2BK4A 4H50A 2BC0A 1UKVG 2YVFA 3RP8A 5GSNA 4DNAA 4EM3A 2V3AA 1L0VA 4B69A 3B3RA 3AE4A 4U8KA 2YR5A 2R46A 2AR8A 2XVEA 2AQJA 3C96A 4OVIA 1PXBA 2R4EA 2OAMA 1O5WA 1CF3A 2APGA 2QA1A 2XYOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3UKLA 4GAVA 2OALA 3DJEA 4Z25A 4YSZA 2GB0A 2XDOA 4M52A 1DOEA 4APNA 4C3YA 1FOHA 3CGBA 2WOIA 2YG7A 5JCNA 2B9YA 1GV4A 1GPEA 5EB4A 3T37A 1LPFA 1K0LA 4DGKA 1AOGA 1DJNA 2BA9A 1SEZA 3AXBA 3FBSA 2WU2A 1YQZA 1EL7A 3DMEA 4BK3A 4B67A 4A65A 5HHFA 2W0HA 4PABA 5BULA 1XHCA 3NNEA 1PXAA 3NYCA 3KVEA 1ZOYA 3AEEA 2XFQA 1GT8A 2TMDA 2EQ6A 4XXGA 2WPEA 4U2TA 3NKSA 2ZZCA 5KVIA 4Z26A 5KVHA 2GR3A 3M13A 3AEGA 2WDVA 1GEUA 4OPCA 2GAGB 1E1MA 3QVRA 4ZCDA 1S2YA 2YG4A 2FJEA 3GYJA 4Z24A 4I59A 2WDRA 1F8RA 3GD4A 3RNMA 4J31A 3K7QX 4BV6A 2BRYA 4YSXA 3S5WA 3AEAA 3NG7X 2BXSA 5FMHA 1F8WA 3T31A 2VVLA 2VZ2A 2GV8A 1BGNA 3BNMA 4J2WA 4PAAA 1NHPA 5HY5A 3IHGA 2V5ZA 1IUSA 1D4DA 3UKKA 1Y0PA 4B65A 1ZP0A 1CJ3A 1PDHA 3AWIA 3S61A 1F3PA 3NYEA 1BWCA 3IWAA 1ZK7A 1DNCA 1RP0A 4FX9A 4EM4A 4YTPA 1H6VA 2BK5A 5JCLA 1PBDA 3B6DA 2YLTA 3CTYA 2DKHA 1GTEA 2GQWA 5FS9A 2X50A 1X31B 3KD9A 3UCLA 1Q1WA 3T2YA 3H8IA 1IUUA 3KU9A 3T2ZA 3KPKA 1FEBA 1FL2A 4JDRA 1O95A 3P1WA 1H83A 3AE2A 3UOXA 4X4JA 3SM8A 2BACA 1BF3A 2GAHB 2GRTA 2XVHA 1H84A 4X9NA 1H86A 2VVLG 5KMQA 2XFNA 3G5SA 3HYVA 3UTGA 4EQWA 1GSNA 2V3BA 1RSGA 1GOSA 3BI2A 2Q0LA 1E7PA 2X8CA 1S2QA 2Q7VA 5HYMA 4OPIA 5KOXA 1E39A 4USQA 4JY2A 2XVFA 3SYIA 2JB2A 3CPIG 3BHKA 3L1RA 1PJ6A 1KFYA 1TDEA 3QFBA 4U8PA 1GNDA 1Y56B 3BI5A 1NAAA 1LV0A 1EL8A 3COXA 4NTEA 2A89A 4GRTA 4UDRA 3CNPA 3UOVA 3DGHA 3AE1A 1JRZA 4H4RA 4U8JA 1GALA 2YLSA 1DOCA 3UOYA 4NTCA 2E4GA 2EQ8A 3NN6X 4C5OA 5KRQA 1EL5A 3CIRA 1GRGA 5M10A 3DA1A 3G5QA 4Z43A 3LJPA 4YSHA 3VQRA 2VRLA 1YQ3A 4U8MA 1MO9A 1E1LA 2J3NA 4II2A 2H88A 3EF6A 1YQ4A 2B7RA 2QA2A 2CFYA 3GYXA 4EMWA 1K4QA 2V61A 4U8LA 3UKPA 2C4CA 2CULA 2Y6QA 4BJYA 1MOKA 2C70A 2YLZA 3KPFA 4OPUA 4BK2A 2BRAA 2WQYA 2C76A 5FS8A 1BZLA 2WP5A 4GAPA 1VDCA 3UTHA 3V76A 2VOUA 5BVAA 5BRTA 4CY6A 4C77A 2XLRA 4A9WA 3EPTA 4G73A 4ZN0A 4U8NA 2NVKX 2WBAA 4YKGA 2VRMA 2GR1A 3OC4A 4YKFA 3DK4A 2BS3A 4A99A 1DXLA 5TR3A 2C67A 4JNAA 3NGCX 1DJQA 4AOXA 2WPFA 4D03A 2YM1A 3SZ0A 4TLXA 2YM2A 4X9MA 3UKAA 4TLZA 5KMSA 2A87A 2R0PA 3DH9A 4YT0A 1PJ7A 4KX6A 2RABA 2X3NA 4GCMA 2WP6A 2GF3A 3NYFA 5U1OA 3RP7A 4JQ9A 4A6NA 1NHRA 1NHQA 1KNPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3BI5A

Total Genus

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