3H8I | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	356
structure length	356
Chain Sequence	TKVLVLGGRFGALTAAYTLKRLVGSKADVKVINKSRFSYFRPALPHVAIGVRDVDELKVDLSEALPEKGIQFQEGTVEKIDAKSSMVYYTKPDGSMAEEEYDYVIVGIGAHLATELVKGWDKYGYSVCEPEFATKLREKLESFQGGNIAIGSGPFYQGHNPKPKVPENFVPNADSACEGPVFEMSLMLHGYFKKKGMLDKVHVTVFSPGEYLSDLSPNSRKAVASIYNQLGIKLVHNFKIKEIREHEIVDEKGNTIPADITILLPPYTGNPALKNSTPDLVDDGGFIPTDLNMVSIKYDNVYAVGDANSMTVPKLGYLAVMTGRIAAQHLANRLGVPTKVDKYYPTIVCVADNPYE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__143860771990249__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__143860771990249__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3H8I/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__143860771990249__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"143860771990249","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3H8I/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__143860771990249__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
publication title	Structural and functional insights into sulfide:quinone oxidoreductase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	NADH oxidase
total genus	105
structure length	356
sequence length	356
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.8.5.4: Bacterial sulfide:quinone reductase.
pdb deposition date	2009-04-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07992	Pyr_redox_2	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	3h8iA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	3h8iA02

1PN0A 2B7RA 1JRXA 1XHCA 3GRTA 2YLSA 3UKLA 4GR1A 3AE8A 3NLCA 3KD9A 2IVEA 3P4PA 3CNJA 1NEKA 5LV9A 3GD3A 3NTAA 1GETA 5J7XA 3CPHG 1VG0A 3CTYA 1IUVA 4BK2A 2EQ6A 1EL7A 3NH3X 4KPRA 2WHDA 4U8OA 3ALJA 2AQJA 5BUKA 5KXJA 1CL0A 1GSNA 2XVHA 2GQWA 2B9XA 3DK8A 5TR3A 3VRAA 4YKGA 3NHOX 1PJ6A 2XVEA 2C76A 2APGA 3CGEA 2CULA 4OPGA 1NHQA 2V6OA 1O5WA 4B64A 4K2XA 5JCIA 1KNRA 1D7LA 1NHPA 2YR5A 3BI2A 2GR3A 1GXFA 1NG4A 2WETA 1B4VA 1TDEA 4NEWA 2WEUA 1Q1RA 4J2WA 4K22A 3CNDA 3SGLA 1PJ7A 3NRNA 4Z24A 3FG2P 5ER0A 4YWOA 4EM3A 5L46A 3I6DA 3NG7X 3E1TA 4CY6A 2XFPA 2V3BA 2JB2A 4U8PA 4HB9A 4ZCDA 2WESA 4H4TA 3CPIG 3H8IA 4H2QA 2O9ZA 3CNSA 5KOWA 4ADWA 2C67A 4BV6A 3C96A 2XLTA 2AAQA 3DK4A 4H2PA 4H4QA 3CGBA 5DBJA 5U63A 1KF6A 3RP8A 1H6VA 3SM8A 5JCKA 3AYJA 3M12A 4XWZA 4D03A 4YTPA 3II4A 4XWRA 2OAMA 4XXGA 1CJ2A 1LQTA 3FIMB 1Y56B 3V3OA 3UOXA 2VVLG 3C4AA 1O95A 3I3LA 4TM0A 3KU9A 2F5ZA 4U8LA 2VVLA 3BNMA 3UCLA 2BABA 1CJ4A 3P4SA 3EANA 3GDPA 4UDRA 4J31A 5IQ1A 4Z2TA 4GF7A 3QVRA 2BC1A 4Z44A 5FS8A 1L9DA 2OLNA 3LXDA 1ZP0A 2JAEA 1E1KA 2V61A 3D1CA 3IHGA 2YM2A 4NZHA 2BXRA 3QSMA 2A87A 1LV0A 4NTCA 4TLZA 3UKQA 2WDVA 4GDEA 4OPDA 3QVPA 2IIDA 4YKFA 3ZYXA 4A65A 2EQ8A 2ACZA 4H2RA 4CBQA 2Q7VA 2ZZ0A 3CPJG 1TDOA 4U2LA 2GH5A 3F8PA 1E6EA 2J3NA 1S3EA 3K7MX 4GDPA 5J60A 2E1MA 2VQ7A 1K4QA 3CNPA 5JCMA 3NGCX 1QJDA 4HA6A 5FS7A 1XDIA 4X9NA 3UKHA 1TDKA 2B76A 3NNEA 1RYIA 3AEEA 1VG9A 2YG5A 3EF6A 2XFOA 2XVIA 3GDNA 4H4UA 4EMIA 2X8GA 4H4YA 3AB1A 4WX1A 5BULA 1HYUA 2FJDA 3NK1X 2I0ZA 2WDRA 2VQBA 2YLTA 2BS4A 3KA7A 3F8DA 3PVCA 4NEVA 3ALMA 4Y4LA 3ITJA 1YQ3A 1D4CA 2JB1A 2X50A 3ALLA 3QFAA 4U8NA 3UKAA 1AOGA 1IJHA 4AP3A 4J36A 3EAOA 4B65A 4BJZA 4C3YA 5FS9A 1K0LA 4ZCCA 3AEDA 1ZMCA 2XLSA 1VQWA 1N4WA 2E4GA 1BKWA 1NPXA 1X31B 1ELIA 2ARDA 3AWIA 1JRZA 4IVMB 1D7YA 1H86A 4EM4A 1MXTA 5FMHA 5HYMA 1BGNA 1LPFA 1IUSA 1XANA 2WPEA 3COXA 1ZKQA 4AOXA 3DGZA 1JRYA 2WU5A 2Y6QA 1BZLA 2C7GA 1RP0A 2DKIA 4NTDA 3M0OA 2X99A 1NAAA 2WQYA 2YR4A 2IVDA 2Z5XA 3AECA 4MJWA 3DA1A 1OJAA 5KWFA 4EIQA 3AE6A 4AT2A 5KOXA 4J33A 3AXBA 2Q0LA 4A6NA 1ZDLA 1LVLA 1BF3A 3AE1A 2GF3A 3AE5A 2C3DA 4RSLA 1M6IA 2FJAA 1GV4A 4RG3A 1COYA 1IUXA 1ZY8A 1OJTA 3LJPA 2TPRA 2H88A 1EL9A 1PXAA 3VR9A 3NYEA 3CGCA 1V59A 4GRTA 3DJDA 3NYCA 1PDHA 1B5QA 2RABA 4OPCA 2BK3A 2Y6RA 2GVCA 2RGHA 2YLZA 2JK6A 4X9MA 3AEFA 1PHHA 3DGHA 3V3NA 4YT0A 4GUVA 3M13A 2QA2A 1IUTA 2XYOA 3OC4A 3AEBA 4CCQA 2R4EA 2YAUA 4NTEA 2NVKX 4EQRA 1XPQA 3NK0X 3GD4A 4UDQA 3URHA 2RGJA 4USQA 3IHMA 1H82A 3AD9B 4Y4MA 2Z5YA 2R9ZA 2PHHA 4KX6A 3DMEA 1E1LA 3FBSA 2GV8A 1L9EA 4K7ZA 3CGDA 1D4EA 2GMJA 4H2NA 1FECA 3G5SA 3VRDB 4JNQA 3UKPA 1OJDA 3UTGA 3FPZA 4GCMA 4FK1C 2Q0KA 3GYJA 4B67A 2YQUA 3AE3A 1FOHA 5HHFA 2VRLA 5EB5A 2XCGA 5GSNA 3WE0A 2BS3A 4REKA 2A89A 1SEZA 4LU6A 5M10A 4Y4NA 1CF3A 2YG3A 1DJNA 1KFYA 1QO8A 4IA6A 3T37A 5C3JA 3K7QX 3REDA 2HQMA 1YQ4A 1GRTA 4O5UA 1FEAA 4DSHA 2GR1A 3B6DA 2DKHA 4JY2A 3RP6A 4Z2UA 1CJ3A 1NDAA 3NK2X 1EL8A 5EB4A 4I59A 2BS2A 2BCGG 3P4RA 3LB8A 4YSYA 2CDUA 1JNZA 1REOA 2GEWA 1ONFA 5EBKA 2CFYA 4YSHA 4C74A 4BJYA 5CKUA 1DOBA 3AYIA 1CHUA 1PXCA 3RHAA 4A79A 4JN9A 3IC9A 4A7AA 3OZ2A 3Q9TA 3KVEA 2X8HA 1DJQA 3UOZA 5U1OA 2R45A 4YTMA 4CNJA 5BVAA 4JQ9A 2YM1A 3AD8B 3UOVA 2PYXA 3LZWA 3DJEA 3UOYA 1K0IA 4U2TA 1GOSA 1OJCA 2EQ7A 2GB0A 1TRBA 2VVMA 1GNDA 3ISHA 4A6NB 5KVHA 1KSUA 1LTXR 1L9CA 1ZK7A 1ZOYA 5HY5A 2JB3A 4H4VA 3NIXA 2WU2A 3CN8A 3AE7A 1L0VA 1CJCA 1F8WA 1DXLA 1KSSA 1EL5A 1MO9A 1H84A 3ATRA 1B8SA 4B68A 4FDCB 2BA9A 2VZ2A 5KVIA 3UTHA 2YVJA 1P2HA 4C3XA 3AE9A 4EMWA 4WCTA 4YSZA 3BNUA 2R0PA 3ICSA 1JNRA 4EQSA 3KPFA 1Y56A 4H4WA 2B7SA 2R0GA 4TM4A 3RNMA 4H4SA 4K5SA 2V60A 1F6MA 3CIRA 1PBCA 1Y0PA 4J34A 3NTDA 3BHFA 3DK9A 1PBFA 1NG3A 3AEAA 1YY5A 1S3BA 1JU2A 3UTFA 1F3PA 4DSGA 1E39A 1GALA 2VOUA 4OPIA 1O94A 3DJGX 2YLXA 2E5VA 3ADAB 2X3NA 5EOWA 1YQZA 3IF9A 3Q6JA 1N4VA 4CNKA 5GRTA 1PBEA 4ECHA 2WBAA 3NKSA 4U8MA 3V76A 2XDOA 4H4XA 3F8RA 2C3CA 4U8IA 4C5OA 1E1MA 2YG4A 2YVGA 3VQRA 2BC0A 3UTEA 3K30A 4M52A 3NN0X 3PS9A 4EQXA 2A8XA 3LADA 1NHRA 4FK1A 2R0CA 4OPLA 4EQWA 2XFQA 1GEUA 4FX9A 4AP1A 3G5RA 1S2QA 3PO7A 2C65A 1FCDA 4ICYA 3LZXA 1YKJA 2WDQA 4U8KA 2C73A 2XLRA 2YWLA 3L1RA 3IWAA 2C64A 4CRTA 1D5TA 2UZZA 4EMJA 1F8SA 4UDPA 5IQ4A 4O5QA 3G5QA 4D04A 2XFNA 3AYLA 2C66A 1M64A 3SFDA 4USRA 3LOVA 4JDRA 4OPUA 4Z43A 3GRSA 3H4KA 1H81A 2OALA 4CCRA 1PJ5A 1BWCA 3GMCA 2BYBA 1TDFA 2TMDA 3K7TA 3L8KA 4H4ZA 3S61A 1GRGA 1CC2A 3S5WA 2YLWA 2NPXA 1EBDA 4TM3A 1N1PA 1IUUA 2WP5A 4PAAA 5U25A 2EQ9A 1PS9A 2WP6A 3AE4A 3NYFA 4IA5A 1E7PA 2WPFA 3H8LA 2W0HA 1GREA 1KDGA 4OPTA 1F8RA 1JOAA 4DNAA 1D4DA 4AT0A 3GSIA 1S2YA 2YG6A 2YVFA 1GT8A 1GTEA 4EIPA 4IV9A 4P9SA 1IUWA 4H4RA 4A9WA 4LA1A 4TM1A 3ICRA 1W4XA 1RSGA 4K5RA 2WPCA 4JNAA 4B69A 2WOWA 3QSSA 4X4JA 5JCLA 1GTHA 1MOKA 2GMHA 2GRTA 3KLJA 4OVIA 2ZBWA 1ZX9A 2OLOA 3R9UA 4IVOB 4B1BA 1OJ9A 5FS6A 2YG7A 2GQFA 1Z6LA 1ZMDA 2XLUA 3UP5A 2Q6UA 2JBVA 1N4UA 2V5ZA 4C77A 2H89A 3P9UA 4J57A 3SFEA 1TYPA 3O0HA 3NN6X 4A5LA 1TYTA 4H4PA 4E0VA 4TLXA 2C72A 3AD7B 1K0JA 4BK1A 4ZN0A 2WOIA 3ABVA 2GR2A 2VRMA 1GRFA 3DH9A 1FEBA 2X8CA 1QLBA 2QCUA 2YR6A 2ZZBA 3CNTA 1JEHA 3D8XA 4RG4A 3ZDNA 4J56A 4PABA 5CQFA 1DOEA 1H7WA 4OCGA 3BI5A 2V3AA 3BI4A 2R4JA 2CVJA 2QA1A 2WP9A 2WS3A 2FJBA 3FMWA 3AE2A 5IPYA 1GRBA 2BXSA 1E1NA 2XFUA 2OA1A 4AOSA 2XVFA 4APNA 3GMBA 3JSKA 1Q9IA 3VR8A 5HXIA 4U8JA 2BK4A 3KKJA 4B63A 1NHSA 1Q1WA 1P2EA 3P4QA 1DODA 3ATQA 4B66A 1DNCA 2WOVA 1GERA 1TDNA 3QJ4A 4YXDA 2GR0A 4U2SA 3UP4A 3EPTA 4H50A 3ICTA 5JCNA 2FBWA 4DGKA 1CC4A 1GRHA 4K8DA 3HZLA 5M0ZA 1PBBA 3VRBA 5BRTA 2AR8A 2GAHB 3GWDA 1PBDA 4H7UA 4CY8A 2C70A 3UKKA 4Z25A 2BACA 2FJEA 2ZZCA 1NENA 4A99A 4YSXA 1B37A 4YTNA 2QAEA 2R46A 3AEGA 2B9WA 3QFBA 4LIIA 3SQPA 4BURA 1BGJA 3BHKA 3GWFA 3GYIA 3RP7A 1H83A 4Z26A 1CBOA 1ZOVA 2GAGB 4N9XA 2YLRA 4Z2RA 1H7XA 3C4NA 4JY3A 3UKFA 1VRQB 1GRAA 3NT6A 3B3RA 2C75A 1CC6A 2XLPA 1DOCA 2BCPA 1GPEA 4I58A 5KRQA 4BK3A 5C2TA 3QSEA 4UP3A 1PXBA 1KNPA 2B9YA 1VDCA 1GESA 2RGOA 3P1WA 3DJJA 1LQUA 2XVJA 1LJ1A 1UKVG 1FL2A 2BK5A 2JKCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1PN0A 2B7RA 1JRXA 1XHCA 3GRTA 2YLSA 3UKLA 3SZCA 4GR1A 3AE8A 3NLCA 3KD9A 2IVEA 3P4PA 3CNJA 1NEKA 5LV9A 3GD3A 3NTAA 1GETA 5J7XA 3CPHG 1VG0A 3CTYA 1IUVA 4BK2A 2EQ6A 1EL7A 3NH3X 3T0KA 4KPRA 2WHDA 4U8OA 3ALJA 2AQJA 5BUKA 5KXJA 1CL0A 1GSNA 2XVHA 2GQWA 2B9XA 3DK8A 5TR3A 3VRAA 4YKGA 3NHOX 1PJ6A 2XVEA 2C76A 2APGA 3CGEA 2CULA 4OPGA 1NHQA 2V6OA 1O5WA 4B64A 3T2ZA 4K2XA 5JCIA 1KNRA 1D7LA 1NHPA 2YR5A 3BI2A 2GR3A 1GXFA 1NG4A 2WETA 1B4VA 1TDEA 4NEWA 2WEUA 1Q1RA 4J2WA 4K22A 3CNDA 3SGLA 1PJ7A 3NRNA 4Z24A 3FG2P 5ER0A 4YWOA 4EM3A 5L46A 3I6DA 3NG7X 3E1TA 4CY6A 2XFPA 2V3BA 2JB2A 4U8PA 4HB9A 4ZCDA 2WESA 4H4TA 3CPIG 3H8IA 4H2QA 2O9ZA 3CNSA 5KOWA 4ADWA 2C67A 4BV6A 3C96A 2XLTA 2AAQA 3DK4A 4H2PA 4H4QA 3CGBA 5DBJA 5U63A 1KF6A 3RP8A 1H6VA 3SM8A 5JCKA 3AYJA 3M12A 4XWZA 4D03A 4YTPA 3II4A 4XWRA 2OAMA 4XXGA 1CJ2A 1LQTA 3FIMB 1Y56B 3V3OA 3UOXA 2VVLG 3C4AA 1O95A 3I3LA 4TM0A 3KU9A 2F5ZA 4U8LA 2VVLA 3BNMA 3UCLA 2BABA 1CJ4A 3P4SA 3EANA 3GDPA 4UDRA 4J31A 5IQ1A 4G9KA 4GF7A 3QVRA 2BC1A 4Z2TA 4Z44A 5FS8A 1L9DA 2OLNA 3LXDA 1ZP0A 2JAEA 1E1KA 2V61A 3D1CA 3IHGA 2YM2A 3T2KA 4NZHA 2BXRA 3QSMA 2A87A 1LV0A 4NTCA 2BRYA 4TLZA 3UKQA 2WDVA 4GDEA 4OPDA 3QVPA 2IIDA 4YKFA 3ZYXA 4A65A 2EQ8A 2ACZA 4H2RA 4CBQA 2Q7VA 2ZZ0A 3CPJG 1TDOA 4U2LA 2GH5A 3F8PA 1E6EA 2J3NA 1S3EA 3K7MX 4GDPA 5J60A 2E1MA 2VQ7A 1K4QA 3CNPA 5JCMA 3NGCX 1QJDA 4HA6A 5FS7A 2BRAA 1XDIA 4X9NA 3UKHA 1TDKA 2B76A 3NNEA 1RYIA 3AEEA 1VG9A 2YG5A 3EF6A 2XFOA 2XVIA 3GDNA 4H4UA 4EMIA 2X8GA 4H4YA 3AB1A 4WX1A 5BULA 1HYUA 2FJDA 3NK1X 2I0ZA 2WDRA 2VQBA 2YLTA 2BS4A 3KA7A 3F8DA 3PVCA 4NEVA 3ALMA 4Y4LA 5KNLA 3ITJA 1YQ3A 1D4CA 2JB1A 2X50A 3ALLA 3QFAA 4U8NA 3UKAA 1AOGA 1IJHA 4AP3A 4J36A 3EAOA 4B65A 4BJZA 4C3YA 5FS9A 1K0LA 4ZCCA 3AEDA 1ZMCA 2XLSA 1VQWA 1N4WA 2E4GA 1BKWA 1NPXA 1X31B 1ELIA 2ARDA 3AWIA 1JRZA 4G6HA 4IVMB 3CMMA 1D7YA 1H86A 4EM4A 1MXTA 5FMHA 5HYMA 1BGNA 1LPFA 1IUSA 1XANA 2WPEA 3COXA 1ZKQA 4AOXA 3DGZA 1JRYA 2WU5A 2Y6QA 1BZLA 2C7GA 1RP0A 2DKIA 4NTDA 3M0OA 2X99A 1NAAA 2WQYA 2YR4A 2IVDA 2Z5XA 3AECA 4MJWA 3DA1A 1OJAA 5KWFA 4EIQA 3AE6A 4II2A 4AT2A 4J33A 3AXBA 2Q0LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3H8IA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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