3KKJ | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	328
structure length	328
Chain Sequence	TVPIAIIGTGIAGLSAAQALTAAGHQVHLFDKSRGSGGRMSSKRSDAGALDMGAQYFTARDRRFATAVKQWQAQGHVAEWTPLLYNFHAGRLSPSPDEQVRWVGKPGMSAITRAMRGDMPVSFSCRITEVFRGEEHWNLLDAEGQNHGPFSHVIIATPAPQASTLLAAAPKLASVVAGVKMDPTWAVALAFETPLQTPMQGCFVQDSPLDWLARNRSKPERDDTLDTWILHATSQWSRQNLDASREQVIEHLHGAFAELIDCTMPAPVFSLAHRWLYARPAGAHEWGALSDADLGIYVCGDWCLSGRVEGAWLSGQEAARRLLEHLQL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__764914379848162__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__764914379848162__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3KKJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__764914379848162__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"764914379848162","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3KKJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__764914379848162__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas syringae pv. tomato
publication title	X-ray structure of P. syringae q888a4 Oxidoreductase at resolution 2.5A, Northeast Structural Genomics Consortium target PsR10 rcsb
molecule keywords	Amine oxidase, flavin-containing
total genus	88
structure length	328
sequence length	328
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.6.3.5: Renalase.
pdb deposition date	2009-11-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01593	Amino_oxidase	Flavin containing amine oxidoreductase
A	PF13450	NAD_binding_8	NAD(P)-binding Rossmann-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	3kkjA01
3.90.660.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2	Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2	3kkjA02

4H4YA 2C7GA 4AOXA 4CNKA 1CF3A 3NNEA 1DXLA 5J60A 4CCQA 1LQUA 3AEDA 4K5RA 1ZX9A 2Q6UA 2VQBA 2Z5YA 4O5QA 2R0PA 3QSSA 4YSYA 1PJ7A 1O5WA 1GRGA 1Z6LA 3GYIA 4NEVA 4J57A 1GRHA 1NHRA 3AE7A 3GDPA 4OPIA 5CQFA 2GF3A 5BRTA 1MO9A 3C4AA 3CIRA 4YWOA 3AD8B 1LV0A 2I0ZA 3GSIA 4ZN0A 4U2SA 1E39A 1HYUA 4OPTA 5HYMA 3BI5A 1TYPA 2V5ZA 3ICRA 2BYBA 4H4VA 4NTEA 1M6IA 1PJ5A 1Y56A 5FS6A 4YSZA 1CC4A 3AECA 4PABA 4Z2TA 1D4EA 3D8XA 1SEZA 2YM2A 1CC2A 2X8CA 3I3LA 3UP5A 2C70A 3RHAA 1KFYA 1LJ1A 2Q0LA 1FEAA 2B76A 3EAOA 3M0OA 1VG9A 3B6DA 4ECHA 1NDAA 1TDNA 1ELIA 4A6NB 1L9CA 3KA7A 1CC6A 4GDPA 1YQZA 4AOSA 4AP3A 2WS3A 1VDCA 3GMBA 1ZKQA 3P4QA 1DJNA 1FEBA 2C73A 2YG5A 2BXRA 2WBAA 4DSGA 3LXDA 4UDQA 1E6EA 3RP6A 1IUXA 2WU5A 3DJEA 1IUTA 4FK1C 2IIDA 2V6OA 4ADWA 3CGEA 4A65A 3AE2A 2BK3A 2WPEA 3B3RA 5M10A 1LVLA 4YTMA 2QA2A 1K4QA 1H86A 2CULA 2R0CA 4XWZA 2O9ZA 5CKUA 3AE4A 2YLSA 2FJBA 1XANA 2DKIA 2JBVA 2XDOA 1LTXR 2XVHA 2WU2A 4BURA 2YLWA 4IA6A 2BS4A 3P1WA 1D5TA 1AOGA 1Q9IA 4OPGA 3NLCA 2OA1A 2UZZA 2PYXA 3ADAB 3CPHG 1GRFA 2DKHA 1PXBA 4NTCA 1YQ4A 3UTHA 3QVRA 3URHA 4N9XA 3GRSA 3UKQA 1GTHA 2EQ6A 1BGJA 2YWLA 3RP7A 4B66A 1CJ4A 3CNTA 4BV6A 1TYTA 2YR4A 2WOIA 4FDCB 5KWFA 1GRAA 4Z26A 1PBBA 2V61A 2C3CA 2B7SA 4D03A 4B1BA 2R4EA 3H8LA 4IVOB 4C5OA 2XLTA 2RABA 4IV9A 2ZBWA 2XLRA 3UTEA 4OPCA 3UOZA 2FJAA 3Q9TA 3CNSA 3II4A 4OVIA 3QFAA 1IJHA 1FOHA 1GRBA 1GSNA 1NG4A 2RGHA 5EOWA 4CY8A 1Q1RA 2XLUA 4H4UA 3NYFA 3RNMA 1OJ9A 2AR8A 2YR6A 3EF6A 4TLXA 4EMIA 1PBDA 2OALA 2GH5A 4U2LA 4U8JA 1CJCA 1H7XA 1FECA 3NYEA 4YT0A 5BVAA 4H4ZA 3AE6A 4REKA 3AE9A 1E1KA 4I59A 4M52A 3IHMA 1PS9A 4EIQA 1GV4A 2Y6RA 4C77A 1GT8A 1ZMCA 1TDFA 1PJ6A 3FPZA 5TR3A 3SFDA 3DH9A 3KPFA 1CHUA 2X8GA 3NH3X 3NG7X 3DMEA 1IUUA 5EBKA 5U63A 4YSHA 1E7PA 2AQJA 3H4KA 2B7RA 2XFQA 2GR1A 2YQUA 3DK9A 3GWFA 5JCKA 3AEEA 3ICTA 4B64A 2X3NA 3ALMA 4NEWA 1VG0A 2A89A 1H83A 4WX1A 1KF6A 2V60A 1NENA 3KKJA 5FS9A 3NGCX 2C72A 3AE8A 3E1TA 3F8RA 3AEBA 2ARDA 2H89A 3G5RA 4U8OA 2EQ7A 3VRAA 1XHCA 3NT6A 1BZLA 5C3JA 1P2HA 4J2WA 1FCDA 2XVEA 1EL9A 1W4XA 4HA6A 2VVMA 3BHKA 4LU6A 1KDGA 1IUWA 1PBCA 1F8SA 2XLPA 1NG3A 1PXCA 3DA1A 1ZOYA 2ACZA 2VOUA 3S5WA 4IVMB 3UKFA 4H2PA 1JNRA 4X9NA 2EQ9A 3V3NA 4A79A 4A7AA 2QCUA 2GEWA 3JSKA 4B68A 1JU2A 3V76A 3GMCA 1K0LA 1YQ3A 3AYIA 4U8LA 2W0HA 1PBEA 1Q1WA 3BNMA 4J34A 3NRNA 2YR5A 1D7LA 4USQA 2CFYA 1ZK7A 1P2EA 4OCGA 1V59A 3IF9A 5FS8A 2XFNA 2YLRA 3EPTA 2YLXA 1B8SA 2TPRA 1YY5A 2GAHB 3AEFA 1LPFA 3GDNA 1JOAA 3P4PA 4A5LA 2BC1A 2C3DA 3UP4A 4ZCDA 5J7XA 4B63A 2ZZCA 2GMHA 4KPRA 2Q7VA 1D4CA 4EM4A 1S3BA 4JY3A 3FMWA 3GYJA 4UP3A 4U8IA 3SM8A 2WETA 3UOYA 3AE3A 3AD7B 3AD9B 2GR0A 3PO7A 3NTDA 4J56A 5JCMA 1UKVG 3P9UA 4Z24A 1BGNA 4EM3A 1RP0A 3REDA 2C67A 1RSGA 2JKCA 2Z5XA 4J33A 2R9ZA 3AWIA 4GUVA 3NYCA 2Q0KA 2WPFA 3UKHA 1XDIA 3IWAA 4FX9A 1NHSA 3KD9A 4GRTA 5JCNA 1OJTA 5IPYA 4JN9A 2JAEA 1DNCA 1RYIA 4XWRA 1GPEA 2WOWA 2GRTA 4C74A 1D7YA 5KOXA 5KRQA 1N4VA 3OZ2A 3ZYXA 4U8MA 4K22A 3ICSA 3DJJA 4Y4MA 1BF3A 3HZLA 2YLZA 4H4WA 1CJ2A 1IUSA 4H2NA 4Z2RA 1O95A 2C76A 5HY5A 2BK5A 2YVFA 4CY6A 1GALA 3AYLA 1E1LA 3UOXA 4JQ9A 1PHHA 1Y56B 2XVJA 1PBFA 1DOCA 1GESA 3C96A 1ZDLA 2C75A 2IVDA 2BK4A 4A9WA 1F8WA 1PN0A 2FBWA 2VRMA 2EQ8A 2XFOA 1ONFA 3ABVA 4DSHA 4USRA 2YVGA 1GREA 2ZZ0A 3AB1A 3L8KA 4EQWA 4MJWA 1X31B 2XFUA 1H84A 1FL2A 3NK1X 3NHOX 2BACA 4H2QA 2AAQA 3BHFA 4H4RA 5EB5A 3WE0A 1B5QA 4EQRA 1GETA 1D4DA 2WHDA 3ATRA 3GD3A 2R46A 2TMDA 3CNJA 4EQSA 3P4RA 3NN6X 1OJDA 3V3OA 3K7MX 1GNDA 4K8DA 1E1NA 4GCMA 3UTGA 4K5SA 2YG7A 4U8PA 2JB1A 3T37A 2CVJA 4B67A 1H6VA 1KSUA 2WDRA 3R9UA 3M12A 4CCRA 5C2TA 3QJ4A 2YG6A 2BXSA 3VRBA 1GRTA 1L9DA 2HQMA 2WDVA 4ZCCA 3K7TA 2YG4A 1TDEA 2QAEA 4X4JA 1F6MA 4I58A 3KVEA 2NVKX 4OPLA 5KXJA 2XFPA 3G5QA 3QFBA 2QA1A 3NK2X 4H50A 4AP1A 2GR2A 5JCIA 2GV8A 4A6NA 3BI2A 2VRLA 2X8HA 2YVJA 1KNRA 1PXAA 4BJZA 4AT2A 2BA9A 3CNPA 5KOWA 4APNA 2E5VA 4J36A 4PAAA 1O94A 3AXBA 3DK8A 5FS7A 4KX6A 1N1PA 2VZ2A 1EBDA 1NPXA 3CPIG 4U8KA 4LA1A 2PHHA 1BKWA 4CBQA 2VQ7A 3DJDA 1MXTA 3OC4A 1B4VA 2BS2A 3CNDA 3P4SA 4RG4A 2R0GA 2XCGA 1L0VA 4H4XA 4CNJA 4Z2UA 3CGDA 2XYOA 3LZXA 1REOA 4CRTA 2GR3A 2X99A 3GWDA 4TM1A 2GB0A 5L46A 4WCTA 4BK2A 1DJQA 1KSSA 4HB9A 5FMHA 4Z44A 2WQYA 1F8RA 2WPCA 2CDUA 1L9EA 2BCPA 1K0IA 2VVLG 2WOVA 5U25A 1GEUA 2RGOA 1NHQA 3M13A 1GXFA 3IHGA 1VRQB 4JNAA 1PDHA 2BS3A 4XXGA 3K7QX 3Q6JA 1OJCA 3UKAA 4NZHA 2H88A 1ZMDA 1N4UA 3NKSA 4YKFA 3LOVA 4H4PA 2XVIA 4RG3A 2VVLA 3KLJA 2JB3A 2GAGB 2YAUA 2FJDA 1TDOA 4GR1A 4P9SA 1CL0A 3SGLA 2B9YA 1BWCA 2WP6A 1F3PA 4U2TA 4H4SA 4UDPA 1H7WA 2OLOA 4GF7A 2YG3A 4H7UA 3QVPA 2IVEA 4TM4A 3KU9A 2GVCA 4BK1A 3FIMB 3VQRA 4J31A 3VRDB 2J3NA 3ALJA 3L1RA 2OLNA 2WEUA 1E1MA 3VR9A 4AT0A 3UKPA 4H4TA 1COYA 3F8PA 3O0HA 5KVHA 2BABA 1B37A 4H4QA 4YTNA 1H82A 1NHPA 1JNZA 2R4JA 2GQFA 2FJEA 3AE1A 3UOVA 2R45A 3NIXA 3PVCA 4K2XA 3C4NA 1LQTA 1MOKA 3LB8A 1TDKA 5GSNA 5M0ZA 4H2RA 2A8XA 3FG2P 4DNAA 2APGA 1Y0PA 1DOEA 1ZY8A 2WDQA 4OPDA 4TM0A 5HXIA 1TRBA 3RP8A 1S2QA 4JDRA 1EL8A 3AEGA 4TM3A 3GD4A 3PS9A 4GDEA 2C64A 1VQWA 4Y4NA 2B9XA 3DK4A 5JCLA 1JEHA 2C65A 1QLBA 2A87A 1QJDA 1GTEA 3UCLA 1XPQA 3VR8A 1NAAA 2JB2A 3CPJG 2ZZBA 4E0VA 5IQ1A 1YKJA 3G5SA 4X9MA 4Z25A 4JY2A 3AE5A 3FBSA 5HHFA 4D04A 4EQXA 5EB4A 3SFEA 3ITJA 4TLZA 1JRZA 1ZOVA 1ZP0A 2JK6A 3LJPA 1OJAA 3UKKA 2WP9A 2Y6QA 3COXA 5BULA 3CN8A 4RSLA 4B65A 3BNUA 2BCGG 3GRTA 5KVIA 3LZWA 1H81A 3DGHA 4O5UA 3H8IA 2E1MA 1K0JA 3NK0X 3CTYA 1JRYA 4EIPA 1GERA 3DJGX 3BI4A 3IC9A 4BJYA 4C3YA 3ALLA 4OPUA 4K7ZA 4EMJA 3K30A 1CJ3A 3SQPA 4YKGA 2YLTA 2XLSA 1JRXA 2XVFA 3ISHA 2GMJA 2OAMA 3NTAA 4Z43A 1IUVA 1EL5A 1M64A 2B9WA 1EL7A 3LADA 2WESA 4UDRA 2WP5A 4FK1A 1S3EA 4B69A 2V3AA 1GOSA 3DGZA 4LIIA 1DODA 2RGJA 1CBOA 4DGKA 1KNPA 2NPXA 1S2YA 5LV9A 5DBJA 5IQ4A 3I6DA 4YXDA 3CGBA 5ER0A 2C66A 3ATQA 3CGCA 3AEAA 2X50A 1QO8A 4JNQA 3NN0X 3QSMA 3AYJA 3UKLA 2YM1A 4C3XA 1NEKA 3ZDNA 3QSEA 1DOBA 1N4WA 4BK3A 4NTDA 4A99A 5GRTA 4EMWA 4IA5A 2E4GA 2GQWA 4ICYA 4Y4LA 5BUKA 2F5ZA 3S61A 5U1OA 3UTFA 4YSXA 4YTPA 3D1CA 3F8DA 2BC0A 4U8NA 2V3BA 3EANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4H4YA 2C7GA 5KMQA 4AOXA 4CNKA 1CF3A 3NNEA 4NWZA 1DXLA 5J60A 4CCQA 1LQUA 3AEDA 4K5RA 1ZX9A 2Q6UA 2VQBA 2Z5YA 4O5QA 2R0PA 3QSSA 4YSYA 1PJ7A 1O5WA 1GRGA 1Z6LA 3GYIA 4NEVA 4J57A 1GRHA 1NHRA 3AE7A 3GDPA 4OPIA 5CQFA 2GF3A 5BRTA 1MO9A 3C4AA 3CIRA 4YWOA 3AD8B 1LV0A 2I0ZA 3GSIA 4ZN0A 4U2SA 1E39A 1HYUA 4OPTA 5HYMA 3BI5A 1TYPA 2V5ZA 3ICRA 2BYBA 4H4VA 4NTEA 1M6IA 1PJ5A 1Y56A 5FS6A 4YSZA 1CC4A 3AECA 4PABA 4Z2TA 1D4EA 3D8XA 1SEZA 2YM2A 1CC2A 2X8CA 3I3LA 3UP5A 2C70A 3RHAA 1KFYA 1LJ1A 2Q0LA 1FEAA 2B76A 3EAOA 3M0OA 1VG9A 3B6DA 3SZFA 4ECHA 1NDAA 1TDNA 1ELIA 4A6NB 1L9CA 3KA7A 3SXIA 1CC6A 4GDPA 1YQZA 4AOSA 4AP3A 2WS3A 1VDCA 3GMBA 1ZKQA 3P4QA 1DJNA 1FEBA 2C73A 2YG5A 2BXRA 2WBAA 4DSGA 3LXDA 4UDQA 1E6EA 3RP6A 1IUXA 2WU5A 3DJEA 1IUTA 4FK1C 4GAPA 2IIDA 2V6OA 4ADWA 3CGEA 4A65A 3AE2A 2BK3A 2WPEA 3B3RA 5M10A 1LVLA 4YTMA 2QA2A 3HYXA 1K4QA 1H86A 2CULA 2R0CA 4XWZA 2O9ZA 5CKUA 2BRYA 3AE4A 2YLSA 2FJBA 1XANA 2DKIA 2JBVA 2XDOA 1LTXR 2XVHA 2WU2A 4BURA 2YLWA 4IA6A 2BS4A 3P1WA 1D5TA 1AOGA 1Q9IA 5KNLA 4OPGA 3NLCA 2OA1A 2UZZA 2PYXA 3ADAB 3CPHG 1GRFA 2DKHA 1PXBA 4NTCA 1YQ4A 3UTHA 3QVRA 3URHA 4N9XA 3GRSA 3UKQA 1GTHA 2EQ6A 1BGJA 2YWLA 3RP7A 4B66A 1CJ4A 3CNTA 4BV6A 1TYTA 2YR4A 2WOIA 4FDCB 5KWFA 1GRAA 4Z26A 1PBBA 2V61A 2C3CA 2B7SA 4D03A 4B1BA 2R4EA 3H8LA 4IVOB 4C5OA 2XLTA 2RABA 4IV9A 2ZBWA 2XLRA 3UTEA 4OPCA 3UOZA 2FJAA 3Q9TA 3CNSA 3GYXA 3II4A 3QFAA 1IJHA 1FOHA 1GRBA 1GSNA 1NG4A 2RGHA 5EOWA 4CY8A 4II2A 1Q1RA 2XLUA 4H4UA 3NYFA 3RNMA 1OJ9A 2AR8A 2YR6A 3EF6A 4TLXA 4EMIA 1PBDA 2OALA 2GH5A 4U2LA 4U8JA 1CJCA 1H7XA 1FECA 3NYEA 4YT0A 5BVAA 4H4ZA 3AE6A 4REKA 3AE9A 5KMRA 1E1KA 4I59A 4M52A 3IHMA 1PS9A 4EIQA 1GV4A 2Y6RA 4C77A 1GT8A 1ZMCA 1TDFA 1PJ6A 3FPZA 5TR3A 3SFDA 3DH9A 3KPFA 1CHUA 2X8GA 3NH3X 3NG7X 2BRAA 3DMEA 1IUUA 5EBKA 5U63A 4YSHA 3T14A 1E7PA 2AQJA 3H4KA 2B7RA 2XFQA 2GR1A 2YQUA 3DK9A 3GWFA 5JCKA 3AEEA 3ICTA 4B64A 2X3NA 3ALMA 4NEWA 1VG0A 2A89A 1H83A 4WX1A 1KF6A 2V60A 1NENA 3KKJA 5FS9A 3NGCX 2C72A 3AE8A 3E1TA 3F8RA 3AEBA 2ARDA 2H89A 3G5RA 4U8OA 2EQ7A 3VRAA 1XHCA 3NT6A 1BZLA 5C3JA 1P2HA 4J2WA 1FCDA 2XVEA 1EL9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3KKJA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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