The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
139
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sequence length |
465
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structure length |
451
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Chain Sequence |
GMSSKRLVIVGGGITGLAAAYYAERAFPDLNITLLEAGERLGGKVATYREDGFTIERGPDSYVARKHILTDLIEAIGLGEKLVRNNTSQAFILDTGGLHPIPKGAVMGIPTDLDLFRQTTLLTEEEKQEVADLLLHPSDSLRIPEQDIPLGEYLRPRLGDALVEKLIEPLLSGIYAGNIDQMSTFATYPQFVANEQKAGSLFEGMRLMRPTGQFLSLETGLESLIERLEEVLERSEIRLETPLLAISREDGRYRLKTDHGPEYADYVLLTIPHPQVVQLLPDAHLPELEQLTTHSTATVTMIFDQQQSLPIEGTGFVVNRRAPYSITACTAIDQKWNHSAPDHTVLRAFVGRPGNDHLVHESDEVLQQAVLQDLEKICGRTLEPKQVIISRLMDGLPAYTVGHADRIQRVREEVLAQYPGIYLAGLAYDGVGLPDCVASAKTMIESIELEQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Putative protoporphyrinogen oxidase (YP_001813199.1) from Exiguobacterium sp. 255-15 at 2.06 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Protoporphyrinogen oxidase
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Exiguobacterium sibiricum
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| total genus |
139
|
| structure length |
451
|
| sequence length |
465
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| ec nomenclature |
ec
1.3.3.4: Protoporphyrinogen oxidase. |
| pdb deposition date | 2010-02-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01593 | Amino_oxidase | Flavin containing amine oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 | protoporphyrinogen ix oxidase, domain 3 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2 | Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GRT A; 1H6V A; 4EQW A; 4CCR A; 2GB0 A; 2EQ8 A; 3GYI A; 2XVH A; 3RP6 A; 1JRY A; 2V3B A; 1CJ3 A; 5CQF A; 3B6D A; 1ZMC A; 2VVL G; 3C4N A; 1JU2 A; 3FPZ A; 4IV9 A; 1H81 A; 4UDP A; 3M13 A; 3NYE A; 3P1W A; 1KNR A; 2OA1 A; 3RNM A; 4EM3 A; 3DGZ A; 4O5Q A; 3UKK A; 3AE3 A; 2WDV A; 4K5R A; 1L0V A; 2GR0 A; 3AEE A; 1TDN A; 1BZL A; 4GUV A; 2W0H A; 3CNP A; 4U2L A; 1YQ4 A; 4DSG A; 1SEZ A; 1NHQ A; 1YQZ A; 4DGK A; 4REK A; 2RGO A; 4CNJ A; 2C3D A; 1EL9 A; 3DJG X; 4OPD A; 2Z5Y A; 1ZMD A; 1GET A; 5M10 A; 4YTM A; 3CNS A; 2X99 A; 2C73 A; 4H4U A; 2BC0 A; 4TM1 A; 2A8X A; 2X8G A; 4U8I A; 2R46 A; 3V3O A; 1GSN A; 1KFY A; 2NPX A; 1OJC A; 1D7L A; 1N4V A; 2R9Z A; 5KVI A; 4YSH A; 5HY5 A; 2ZZB A; 3BI2 A; 2V6O A; 3UTF A; 4X4J A; 1NG3 A; 4Z26 A; 4U8N A; 2ACZ A; 1K0L A; 1FCD A; 4Z24 A; 3UP5 A; 3VRA A; 4CNK A; 5HXI A; 2YR4 A; 2FJB A; 1E1K A; 4AP1 A; 4TM3 A; 2ARD A; 3QJ4 A; 4OVI A; 2GEW A; 2VQ7 A; 2YQU A; 3URH A; 1H84 A; 5FS9 A; 3V3N A; 1K0I A; 3NGC X; 1ZOY A; 2JK6 A; 2XLT A; 4LU6 A; 2XVF A; 3UOY A; 2R0G A; 3AED A; 3H8I A; 2WEU A; 2C72 A; 1GND A; 4C3Y A; 5J60 A; 4YTN A; 1F8W A; 4Z2T A; 1E7P A; 2Q0K A; 3FIM B; 4GDE A; 4IVM B; 3SGL A; 1TRB A; 2C75 A; 2VVL A; 2BC1 A; 2VOU A; 4AOX A; 4J31 A; 2Q6U A; 3LZW A; 1BF3 A; 1PHH A; 1DOB A; 1ZX9 A; 2F5Z A; 2XLP A; 1GXF A; 4B68 A; 4A9W A; 2XVE A; 1LJ1 A; 4A65 A; 2RGH A; 4ADW A; 1JRX A; 2J3N A; 3ATR A; 4XWR A; 1IUV A; 1GT8 A; 3ICT A; 1GRT A; 4AOS A; 1ZY8 A; 2RAB A; 3ALM A; 3PVC A; 2QA2 A; 4ZN0 A; 2GVC A; 3FG2 P; 2YLW A; 1LQT A; 2WS3 A; 4OPI A; 3K7T A; 3C4A A; 2XFP A; 3AE4 A; 4BJY A; 3V76 A; 4B1B A; 1Y56 B; 1LTX R; 2FJA A; 5EB5 A; 1ONF A; 4M52 A; 3BHK A; 2BS4 A; 1FEB A; 1NHS A; 2WPE A; 2ZZ0 A; 1DOE A; 2YVG A; 4PAB A; 3AE9 A; 1H83 A; 2BS3 A; 2APG A; 1CHU A; 1H7W A; 4H2R A; 3CPJ G; 3NNE A; 5KVH A; 3DME A; 4JY3 A; 3UKQ A; 2BK3 A; 4H4Q A; 1NG4 A; 2X8H A; 3G5R A; 3ATQ A; 1GRH A; 1OJD A; 1VRQ B; 3KA7 A; 1B8S A; 1NEN A; 3UOV A; 3LAD A; 1CF3 A; 2CVJ A; 1H7X A; 3AE6 A; 4H4V A; 4USQ A; 4UP3 A; 1CC2 A; 3NIX A; 1CC4 A; 2QAE A; 4J57 A; 1IUX A; 3AE8 A; 3II4 A; 4J33 A; 4J2W A; 3NT6 A; 2YLZ A; 1L9D A; 2HQM A; 1BKW A; 3QFA A; 1ELI A; 2GMJ A; 3NN6 X; 3RED A; 3UKF A; 1HYU A; 1PJ7 A; 3P9U A; 3SQP A; 1OJT A; 3NK0 X; 2C76 A; 3QSE A; 3QVP A; 2GR3 A; 1D7Y A; 1KNP A; 1DJQ A; 1EL8 A; 5J7X A; 3GDN A; 2JKC A; 2JB2 A; 1LPF A; 4Y4L A; 4Z44 A; 2YG5 A; 4B69 A; 4BK3 A; 3KU9 A; 1LQU A; 4CCQ A; 4JQ9 A; 2X8C A; 2WES A; 2JB3 A; 4K2X A; 1QO8 A; 1M6I A; 2WQY A; 4KPR A; 2WU2 A; 4H2Q A; 3DH9 A; 2H89 A; 4A6N A; 1GRE A; 4EIP A; 5DBJ A; 2BA9 A; 1D5T A; 3COX A; 3NK2 X; 4FDC B; 2C66 A; 3F8D A; 2B7S A; 5C3J A; 4LII A; 3S61 A; 3VQR A; 1Q9I A; 4JY2 A; 1IUT A; 3I3L A; 4KX6 A; 4HB9 A; 3LOV A; 3I6D A; 2VRM A; 5HHF A; 1PBF A; 2GF3 A; 1JEH A; 1F3P A; 4B66 A; 1COY A; 4EQX A; 1PXC A; 4D04 A; 5JCK A; 3G5S A; 1PXB A; 2GH5 A; 3CGD A; 1GOS A; 2XFN A; 4X9M A; 2QCU A; 3JSK A; 3NTD A; 1VQW A; 5KXJ A; 3R9U A; 3VRB A; 4ZCC A; 1TDO A; 3H8L A; 4UDQ A; 4XWZ A; 1IUW A; 3H4K A; 3UTH A; 1B5Q A; 2XVJ A; 1Q1W A; 2R0C A; 2GQF A; 2V3A A; 4NTE A; 1N4U A; 2OLN A; 3DK9 A; 5U63 A; 2GAH B; 1S3E A; 2WPC A; 4CRT A; 5U1O A; 1N1P A; 3ALL A; 3BHF A; 2XFO A; 2YM2 A; 3AE1 A; 4U8P A; 4C5O A; 2GR1 A; 3AB1 A; 1EL7 A; 1Y56 A; 4B65 A; 5BUL A; 2YLS A; 1KSS A; 2Z5X A; 5FMH A; 4B63 A; 2XVI A; 1DXL A; 2C3C A; 3UTE A; 2BXS A; 3NK1 X; 2GR2 A; 2ZZC A; 1K4Q A; 3F8R A; 3NN0 X; 2YG7 A; 1ZDL A; 2ZBW A; 1L9E A; 5JCI A; 1LVL A; 2OLO A; 4Y4M A; 4YSY A; 1FL2 A; 5C2T A; 1ZOV A; 1TYT A; 2QA1 A; 4BUR A; 3UTG A; 1S2Q A; 2B9W A; 2JB1 A; 2WU5 A; 1FEC A; 4YSZ A; 2IVD A; 4CY8 A; 3CNT A; 1YKJ A; 4EIQ A; 4IVO B; 1LV0 A; 1GER A; 2YLT A; 1O5W A; 1PS9 A; 2BK4 A; 3AE5 A; 2IVE A; 3GMB A; 2OAM A; 4EMW A; 3UCL A; 1TDK A; 2XDO A; 1MO9 A; 1NAA A; 2EQ9 A; 5IQ4 A; 3BI4 A; 4TM4 A; 4X9N A; 1YY5 A; 2B9X A; 4U8L A; 3FBS A; 1CL0 A; 1E6E A; 1NEK A; 1PXA A; 1DNC A; 1W4X A; 2YG6 A; 4K22 A; 4ICY A; 3LZX A; 1IUU A; 3AD7 B; 1D4E A; 4H7U A; 4A5L A; 3DJD A; 1NPX A; 2XCG A; 3P4P A; 3QVR A; 4GR1 A; 1BGJ A; 5FS6 A; 5U25 A; 2C64 A; 3Q6J A; 3SFD A; 2YG3 A; 2PYX A; 2GRT A; 4U2T A; 1DOD A; 3AEB A; 4K5S A; 2XYO A; 4RSL A; 2BAB A; 4H4R A; 4Z25 A; 2TMD A; 1CJC A; 1L9C A; 4JDR A; 2XFU A; 3UKL A; 1GTE A; 1O94 A; 1ZP0 A; 2V60 A; 3KD9 A; 4BK1 A; 4Z2U A; 1F8R A; 3DA1 A; 4U2S A; 1EBD A; 2WOI A; 2R4J A; 2BS2 A; 1GTH A; 4NEW A; 2WDR A; 4DSH A; 4HA6 A; 3M12 A; 3UKP A; 3KPF A; 1X31 B; 1PDH A; 3EAN A; 2BAC A; 3AE2 A; 3QSS A; 3EF6 A; 1TDE A; 3AD9 B; 3KVE A; 3LJP A; 5EOW A; 4Y4N A; 4CBQ A; 1TYP A; 3K30 A; 5L46 A; 4J36 A; 3IWA A; 5LV9 A; 3Q9T A; 3DJJ A; 3GDP A; 4OPC A; 4YXD A; 1PN0 A; 4H4P A; 4BV6 A; 2WOV A; 3IHG A; 4H4Z A; 1KF6 A; 3M0O A; 3CIR A; 2FJD A; 1MXT A; 3LB8 A; 3CGC A; 3GYJ A; 4GDP A; 5GSN A; 2PHH A; 4NEV A; 1VG9 A; 3SM8 A; 3D8X A; 4J56 A; 4AT2 A; 1JRZ A; 2H88 A; 3DGH A; 3CNJ A; 4H4X A; 5BUK A; 2BYB A; 3IC9 A; 4C3X A; 1GRB A; 4ZCD A; 1RSG A; 4JNA A; 1JNZ A; 1PJ6 A; 2XLU A; 2AQJ A; 2VRL A; 3VR8 A; 2Y6R A; 3NLC A; 4YKF A; 4WCT A; 2CDU A; 2RGJ A; 4GF7 A; 4UDR A; 3OC4 A; 1M64 A; 1UKV G; 4FX9 A; 4H4Y A; 3UP4 A; 4ECH A; 2VQB A; 5BRT A; 1IUS A; 3KKJ A; 3DJE A; 3UKH A; 4APN A; 3L1R A; 4D03 A; 4I58 A; 2VVM A; 3UOX A; 2VZ2 A; 3AXB A; 2B76 A; 3GRS A; 1CJ2 A; 1D4C A; 3B3R A; 2UZZ A; 2C65 A; 4H2P A; 2GMH A; 2BK5 A; 1GAL A; 2DKH A; 1K0J A; 3EPT A; 1XHC A; 2V61 A; 5EBK A; 4AT0 A; 4FK1 C; 3ISH A; 1KSU A; 2JBV A; 1FEA A; 4K7Z A; 3WE0 A; 1F8S A; 1AOG A; 2YLX A; 4EMI A; 4Z2R A; 3LXD A; 3P4S A; 1MOK A; 1RYI A; 3VRD B; 4H50 A; 1NDA A; 3NRN A; 2NVK X; 2CUL A; 1H86 A; 1Z6L A; 3CPI G; 3GD4 A; 2X3N A; 1Y0P A; 3NYC A; 2EQ7 A; 3CTY A; 4U8K A; 2C67 A; 4E0V A; 4EMJ A; 3K7Q X; 3D1C A; 3ADA B; 4A7A A; 2DKI A; 4NTC A; 4IA6 A; 2YG4 A; 1DOC A; 1E1L A; 1PBD A; 1QJD A; 4FK1 A; 4U8J A; 4USR A; 5HYM A; 2X50 A; 5FS7 A; 2YVF A; 3ICR A; 1GV4 A; 4BJZ A; 3O0H A; 4PAA A; 5M0Z A; 1B4V A; 2WP9 A; 3CPH G; 3NH3 X; 2BXR A; 3AE7 A; 3IF9 A; 2JAE A; 1NHR A; 3HZL A; 2C7G A; 4YTP A; 2IID A; 1S2Y A; 2WDQ A; 5BVA A; 2E1M A; 4NTD A; 2FBW A; 2FJE A; 4O5U A; 5IPY A; 2WPF A; 2XLR A; 2YR5 A; 1GRF A; 1BGN A; 1XDI A; 2WBA A; 3NHO X; 4DNA A; 2Y6Q A; 3AWI A; 2GV8 A; 2R45 A; 3AD8 B; 3BNU A; 2YR6 A; 2B9Y A; 4B67 A; 3DK4 A; 2BCP A; 4WX1 A; 2A89 A; 4YWO A; 4H2N A; 1O95 A; 3FMW A; 1IJH A; 3GSI A; 4GCM A; 4N9X A; 1OJA A; 4YT0 A; 1PJ5 A; 2WET A; 2CFY A; 3BI5 A; 3QSM A; 1FOH A; 4A6N B; 3AEC A; 3IHM A; 1ZKQ A; 1GRA A; 4YKG A; 1CBO A; 2WHD A; 4U8M A; 1JNR A; 4MJW A; 4BK2 A; 4K8D A; 1VDC A; 2C70 A; 4H4W A; 2YLR A; 4B64 A; 3UOZ A; 4EQS A; 3F8P A; 3K7M X; 3NKS A; 4YSX A; 3PO7 A; 4OCG A; 1DJN A; 2WP5 A; 3CGE A; 1QLB A; 2B7R A; 3NYF A; 2EQ6 A; 5TR3 A; 1CC6 A; 1P2E A; 4RG4 A; 5CKU A; 5JCL A; 1E1N A; 1E39 A; 3KLJ A; 3G5Q A; 3ZDN A; 3SFE A; 3AYI A; 3S5W A; 4P9S A; 4C77 A; 2Q0L A; 3ABV A; 3AEG A; 4I59 A; 3GWD A; 1V59 A; 1OJ9 A; 3ALJ A; 1EL5 A; 3OZ2 A; 4NZH A; 4OPT A; 4U8O A; 3UKA A; 5EB4 A; 3L8K A; 4TLX A; 2WP6 A; 4C74 A; 5FS8 A; 3QFB A; 3GRT A; 2V5Z A; 3NTA A; 3CGB A; 1XAN A; 3AEF A; 1XPQ A; 3P4R A; 4A79 A; 5KWF A; 1CJ4 A; 1GPE A; 1PBC A; 1VG0 A; 5KOW A; 3VR9 A; 4A99 A; 1GES A; 1KDG A; 5KOX A; 1S3B A; 3PS9 A; 1BWC A; 3P4Q A; 3CN8 A; 1YQ3 A; 4TLZ A; 1Q1R A; 3GD3 A; 3RP7 A; 1H82 A; 4JNQ A; 1PBB A; 3RHA A; 3AYL A; 4H4T A; 2GAG B; 3ITJ A; 3AEA A; 3ZYX A; 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