The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
219
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sequence length |
581
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structure length |
581
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Chain Sequence |
GIEASLLTDPKDVSGRTVDYIIAGGGLTGLTTAARLTENPNISVLVIESGSYESDRGPIIEDLNAYGDIFGSSVDHAYETVELATNNQTALIRSGNGLGGSTLVNGGTWTRPHKAQVDSWETVFGNEGWNWDNVAAYSLQAERARAPNAKQIAAGHYFNASCHGVNGTVHAGPRDTGDDYSPIVKALMSAVEDRGVPTKKDFGCGDPHGVSMFPNTLHEDQVRSDAAREWLLPNYQRPNLQVLTGQYVGKVLLSQNGTTPRAVGVEFGTHKGNTHNVYAKHEVLLAAGSAVSPTILEYSGIGMKSILEPLGIDTVVDLPVGLNLQDQTTATVRSRITSAGAGQGQAAWFATFNETFGDYSEKAHELLNTKLEQWAEEAVARGGFHNTTALLIQYENYRDWIVNHNVAYSELFLDTAGVASFDVWDLLPFTRGYVHILDKDPYLHHFAYDPQYFLNELDLLGQAAATQLARNISNSGAMQTYFAGETIPGDNLAYDADLSAWTEYIPYHFRPNYHGVGTCSMMPKEMGGVVDNAARVYGVQGLRVIDGSIPPTQMSSHVMTVFYAMALKISDAILEDYASMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Probing oxygen activation sites in two flavoprotein oxidases using chloride as an oxygen surrogate.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Aspergillus niger
|
| molecule keywords |
Glucose oxidase
|
| total genus |
219
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| structure length |
581
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| sequence length |
581
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| ec nomenclature |
ec
1.1.3.4: Glucose oxidase. |
| pdb deposition date | 2011-02-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00732 | GMC_oxred_N | GMC oxidoreductase |
| A | PF05199 | GMC_oxred_C | GMC oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Glucose Oxidase; domain 3 | Glucose Oxidase, domain 3 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Glucose Oxidase; domain 2 | Glucose Oxidase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KA7 A; 1OJT A; 5KVH A; 2R9Z A; 2GAG B; 3ITJ A; 4APN A; 3BI5 A; 3SFD A; 1CF3 A; 2X8H A; 1D4E A; 2YQU A; 4B69 A; 3AYL A; 4TM3 A; 4U8J A; 1H84 A; 1CJ2 A; 1ZX9 A; 3UKQ A; 3C4N A; 1JRX A; 4H4Y A; 4B68 A; 1PS9 A; 1ZKQ A; 3RP7 A; 3GDN A; 4KX6 A; 2YLW A; 4EMW A; 2Q7V A; 2CUL A; 4U8K A; 3UOX A; 1TYT A; 1GRB A; 4CCQ A; 5KOX A; 1CHU A; 1JU2 A; 2C73 A; 1H83 A; 2FJD A; 2QAE A; 2YLS A; 3LZX A; 5KRQ A; 3FPZ A; 4U2S A; 4J31 A; 3P4P A; 4B65 A; 4X4J A; 5JCI A; 1D7L A; 5HHF A; 3D1C A; 1L0V A; 2XVF A; 4EQW A; 2AR8 A; 1BZL A; 4YSY A; 1Q9I A; 1GAL A; 1B4V A; 1DNC A; 1ZK7 A; 3AE2 A; 3NK2 X; 4YWO A; 2AQJ A; 3UKK A; 4DSG A; 1NPX A; 2EQ8 A; 5U63 A; 3NG7 X; 1EL9 A; 2WPF A; 3ALJ A; 5FS9 A; 4EIP A; 5HXI A; 4A65 A; 3DK9 A; 2VVM A; 3NHO X; 3G5Q A; 4UDR A; 4GDP A; 1F6M A; 1FL2 A; 1PDH A; 2BXS A; 2C72 A; 5KVI A; 2BK3 A; 4BK1 A; 2RGH A; 3ISH A; 3NTD A; 4EMJ A; 3CNS A; 5HYM A; 3ATR A; 1GTH A; 4UDQ A; 2C75 A; 2XLR A; 1XAN A; 2VVL A; 2YVF A; 5C2T A; 2GMJ A; 1ZMC A; 1GRF A; 2IVE A; 3F8D A; 4AP3 A; 2C70 A; 1GRE A; 4NZH A; 4NTE A; 1E1N A; 4BK2 A; 3P4S A; 2XVE A; 3SFE A; 3AD7 B; 4LA1 A; 2YAU A; 1GRG A; 4OCG A; 5U1O A; 5GSN A; 5KWF A; 3UKH A; 4H4Q A; 2GRT A; 4YTM A; 2RGO A; 1M6I A; 1MOK A; 2V60 A; 1TDF A; 2Y6Q A; 4J57 A; 4PAA A; 4OPT A; 4LII A; 2XLP A; 1ZOV A; 2YR4 A; 1NHQ A; 1DOE A; 4JNQ A; 4XWR A; 4K7Z A; 4EQX A; 1NHS A; 1TDE A; 4JDR A; 2WPC A; 2XDO A; 1P2H A; 1PHH A; 4I58 A; 4HA6 A; 2R45 A; 4J2W A; 1PJ5 A; 4JY3 A; 2V5Z A; 4FK1 A; 4XXG A; 3LJP A; 3UTF A; 1N4W A; 4JY2 A; 2PHH A; 3ICR A; 4BJZ A; 4C3Y A; 4H50 A; 1VG0 A; 4YKF A; 3I3L A; 3AE8 A; 2YG4 A; 2QCU A; 1XHC A; 1V59 A; 1N1P A; 4YTP A; 2R0C A; 1EL8 A; 1F8R A; 2C67 A; 2XFU A; 1DOB A; 3FIM B; 1PJ7 A; 1ZDL A; 3ICT A; 1AOG A; 2ACZ A; 3NN0 X; 3ICS A; 2WEU A; 3JSK A; 1GES A; 4N9X A; 3CNP A; 3GMB A; 2E4G A; 4D04 A; 3KVE A; 4ZN0 A; 3D8X A; 1IJH A; 3AE5 A; 3GDP A; 1QLB A; 4LU6 A; 1H7X A; 4K5S A; 3K7Q X; 1DJQ A; 5JCL A; 5GRT A; 3S5W A; 3K7T A; 4UP3 A; 3BI4 A; 1F8W A; 2C7G A; 2BC1 A; 2YLT A; 3AE7 A; 1NG4 A; 2ZZC A; 3COX A; 4P9S A; 5IQ4 A; 4IV9 A; 4CY8 A; 3AB1 A; 4EM3 A; 1ZMD A; 4A9W A; 4OPU A; 2J3N A; 1GOS A; 5CKU A; 4BK3 A; 3P1W A; 2R0G A; 5JCK A; 1GSN A; 2UZZ A; 3CN8 A; 3QFB A; 3ALL A; 3GRT A; 5FS6 A; 3AE9 A; 1Y56 B; 3VQR A; 3AYI A; 3BI2 A; 3RNM A; 2YG5 A; 2QA1 A; 1EBD A; 3KPF A; 1CJC A; 2WDR A; 2YR6 A; 1IUX A; 5FMH A; 2FJB A; 2XFN A; 4CNK A; 2GF3 A; 1ELI A; 5L46 A; 4JNA A; 2OLN A; 1D4C A; 4OPL A; 4Z44 A; 1H82 A; 2WDV A; 3QSM A; 2XFP A; 4H4X A; 3UKF A; 5IPY A; 1QJD A; 1LJ1 A; 2VRM A; 2JKC A; 1K0L A; 2RGJ A; 2XVI A; 3CGC A; 3DK4 A; 4AP1 A; 4CNJ A; 2WET A; 1RP0 A; 3NKS A; 5ER0 A; 5FS8 A; 1YY5 A; 1YQZ A; 4Z25 A; 3AE4 A; 3M0O A; 3QSE A; 3VRB A; 1LPF A; 3EAO A; 2E1M A; 4K8D A; 1GEU A; 3NIX A; 4H4V A; 4I59 A; 3V3O A; 4YSX A; 1JRY A; 5EOW A; 3ALM A; 1P2E A; 4X9M A; 2H89 A; 3IWA A; 2ZZB A; 4AT2 A; 3IHM A; 1KSU A; 2YG7 A; 3AED A; 3CPI G; 4KPR A; 4MJW A; 4Y4M A; 2YM2 A; 3LB8 A; 4GR1 A; 5BVA A; 1BGN A; 1GXF A; 2WHD A; 2A8X A; 4IVM B; 1NG3 A; 2RAB A; 3G5R A; 3URH A; 2E5V A; 4YXD A; 1KDG A; 2FJA A; 2YLR A; 2YLX A; 4ZCD A; 4D03 A; 4TM1 A; 3F8P A; 3AD8 B; 3AWI A; 2R4E A; 3IHG A; 2VQB A; 3AE3 A; 1K0J A; 4Z2R A; 2YVG A; 4OPI A; 2GH5 A; 2XVJ A; 3GYI A; 2CDU A; 1DOD A; 2JBV A; 2WBA A; 3NN6 X; 3LAD A; 3M13 A; 4ADW A; 1YQ3 A; 1COY A; 2BS3 A; 1CL0 A; 1UKV G; 2GR2 A; 3V76 A; 5JCN A; 3FBS A; 4B64 A; 2OLO A; 4H4P A; 3CGD A; 1DOC A; 3K30 A; 3QFA A; 4Y4L A; 1S3B A; 2GVC A; 2WS3 A; 4JN9 A; 1IUT A; 3UKA A; 3R9U A; 3P9U A; 4WX1 A; 1NDA A; 2Y6R A; 3L8K A; 4NEW A; 1CJ4 A; 1EL7 A; 4FK1 C; 3CTY A; 2IVD A; 1S2Y A; 1PBE A; 2XLU A; 3H8L A; 1PBD A; 2VRL A; 1E1M A; 4NTD A; 3AXB A; 1PBC A; 1E39 A; 2JAE A; 4C74 A; 4J56 A; 2GAH B; 1N4V A; 2Q6U A; 4CY6 A; 2WOW A; 2I0Z A; 2OAL A; 4TM0 A; 1PJ6 A; 3RHA A; 2NPX A; 4A7A A; 3LXD A; 3UOV A; 4YSZ A; 2V3A A; 2GB0 A; 1JRZ A; 3NYC A; 3SQP A; 5U25 A; 2B7R A; 1KF6 A; 1K0I A; 1PBF A; 2XFQ A; 2ARD A; 3AYJ A; 1CBO A; 2BAB A; 4J33 A; 4A6N A; 2H88 A; 3UCL A; 1DJN A; 3NT6 A; 4ICY A; 4NEV A; 2BCP A; 4TM4 A; 1LQU A; 1ZOY A; 3H8I A; 3NK1 X; 3GMC A; 2B76 A; 2X8G A; 3IF9 A; 4U8M A; 2V61 A; 5J7X A; 3EAN A; 1HYU A; 4USR A; 1OJ9 A; 1L9E A; 4Z43 A; 4RSL A; 1CC6 A; 4PAB A; 2WOV A; 3CNJ A; 3RED A; 3BHK A; 2IID A; 2C3D A; 1QO8 A; 1H81 A; 3S61 A; 4XWZ A; 4M52 A; 2C3C A; 3KD9 A; 2BC0 A; 4DSH A; 3ZYX A; 1BGJ A; 1TYP A; 1O5W A; 3GRS A; 2F5Z A; 2JB3 A; 4C3X A; 5EB4 A; 2YWL A; 1D7Y A; 2BS2 A; 2BA9 A; 1H86 A; 2Q0L A; 4J34 A; 4C5O A; 3KLJ A; 3CGE A; 1Q1W A; 4H7U A; 4Z2U A; 4A79 A; 3F8R A; 1FCD A; 4TLZ A; 2FJE A; 3DJE A; 4AOS A; 3UTE A; 4BUR A; 3NH3 X; 3PVC A; 3UKP A; 2OAM A; 2AAQ A; 1KSS A; 1XDI A; 3QVR A; 2PYX A; 3AEE A; 4IA6 A; 3UP4 A; 4K22 A; 3LOV A; 2YG3 A; 2QA2 A; 3WE0 A; 4EM4 A; 4OPD A; 5KOW A; 3PS9 A; 4H2Q A; 3NLC A; 3DK8 A; 3FMW A; 4B67 A; 4EQR A; 3UKL A; 4FDC B; 1KNP A; 4DNA A; 4CRT A; 1MO9 A; 1TRB A; 1CC2 A; 4EMI A; 4AT0 A; 3Q9T A; 3KU9 A; 2YG6 A; 3GD3 A; 2B7S A; 2Q0K A; 4GF7 A; 2Z5X A; 5M10 A; 4GRT A; 1GTE A; 2B9X A; 3DGZ A; 2EQ9 A; 1JEH A; 1GT8 A; 4UDP A; 4CCR A; 3GD4 A; 3NK0 X; 2JK6 A; 4U2L A; 1VRQ B; 1GRH A; 4O5Q A; 1GRA A; 1CJ3 A; 1IUS A; 4A99 A; 1OJC A; 1GND A; 3M12 A; 1KNR A; 2C65 A; 2GR0 A; 2ZBW A; 3V3N A; 5JCM A; 2Z5Y A; 4OVI A; 1JNR A; 3CNT A; 1NHR A; 4DGK A; 3ATQ A; 3NTA A; 4U8I A; 1B5Q A; 2GEW A; 2YM1 A; 4JQ9 A; 5IQ1 A; 1NEN A; 3DJD A; 1RSG A; 1H6V A; 1TDK A; 3CPJ G; 4GUV A; 1IUU A; 1OJA A; 3DJJ A; 4IA5 A; 3Q6J A; 3VR9 A; 3BNM A; 1ZY8 A; 3NNE A; 3G5S A; 2WU5 A; 3NYF A; 2VVL G; 2WQY A; 3UOY A; 2YVJ A; 1TDN A; 3DGH A; 4H4R A; 3UTG A; 3AEB A; 1JNZ A; 2C64 A; 3GWF A; 4YSH A; 1KFY A; 4CBQ A; 4H4U A; 4AOX A; 4Z2T A; 4Z26 A; 3HZL A; 2V6O A; 4B66 A; 5J60 A; 2XCG A; 1LV0 A; 2BK4 A; 1BKW A; 1TDO A; 1X31 B; 2WP9 A; 1NHP A; 4B63 A; 2WP5 A; 1PN0 A; 4NTC A; 4OPG A; 2TPR A; 4A5L A; 1EL5 A; 2V3B A; 3DA1 A; 1FEC A; 4U2T A; 1GET A; 1FEA A; 1Y0P A; 2X50 A; 4J36 A; 4EQS A; 2WU2 A; 4GDE A; 5CQF A; 3AEG A; 4HB9 A; 3II4 A; 4K2X A; 4Z24 A; 2GQW A; 2DKH A; 1SEZ A; 1BF3 A; 2VQ7 A; 1BWC A; 5KXJ A; 1LVL A; 1F8S A; 1B37 A; 2R4J A; 1IUV A; 3CPH G; 3L1R A; 3BHF A; 4BJY A; 2BYB A; 4WCT A; 1PXB A; 1FEB A; 3VRA A; 2A89 A; 1ZP0 A; 3C4A A; 3AE1 A; 2OA1 A; 5BUK A; 2X3N A; 3OZ2 A; 1B8S A; 5TR3 A; 2YR5 A; 2GV8 A; 4H4T A; 2B9Y A; 3DJG X; 3P4Q A; 2EQ7 A; 1GER A; 3AEF A; 1O94 A; 3KKJ A; 2DKI A; 1CC4 A; 2BCG G; 2X99 A; 3SM8 A; 2BAC A; 4RG3 A; 2R46 A; 2X8C A; 4O5U A; 1S3E A; 1FOH A; 3T37 A; 2C76 A; 2XFO A; 3C96 A; 1E6E A; 1LQT A; 1N4U A; 2NVK X; 2WPE A; 3VR8 A; 1NAA A; 2WES A; 3IC9 A; 4H2R A; 4OPC A; 3P4R A; 1E1L A; 3B3R A; 3AEC A; 1W4X A; 3CIR A; 3LZW A; 1Y56 A; 1YKJ A; 4ECH A; 1YQ4 A; 4H4W A; 4Y4N A; 4B1B A; 3O0H A; 1Q1R A; 3GWD A; 1DXL A; 2WOI A; 2WP6 A; 5HY5 A; 1LTX R; 1ONF A; 4H2N A; 1H7W A; 3BNU A; 1F3P A; 4H4Z A; 4TLX A; 3UP5 A; 2BS4 A; 3AD9 B; 4GCM A; 4YT0 A; 3E1T A; 4C77 A; 4USQ A; 2A87 A; 4E0V A; 1NEK A; 1Z6L A; 3AE6 A; 3EPT A; 2XYO A; 5LV9 A; 2JB2 A; 3QVP A; 2XVH A; 2FBW A; 2W0H A; 2GR3 A; 2WDQ A; 4REK A; 4H2P A; 3FG2 P; 5BRT A; 2HQM A; 3CND A; 4H4S A; 3B6D A; 5BUL A; 3PO7 A; 4EIQ A; 3OC4 A; 1OJD A; 3QJ4 A; 3DH9 A; 2YLZ A; 1GV4 A; 2CVJ A; 5DBJ A; 4IVO B; 2GR1 A; 3QSS A; 1RYI A; 2GMH A; 5EBK A; 1D4D A; 2APG A; 1JOA A; 4FX9 A; 1PXC A; 3UTH A; 1M64 A; 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