3RED | Genus

Total Genus 163

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	163
sequence length	521
structure length	521
Chain Sequence	LATTSDHDFSYLSFAYDATDLELEGSYDYVIVGGGTSGCPLAATLSEKYKVLVLERGTLPTAYPNLLTSDGFIYNLQQEDDGQTPVERFVSGDGIDDVRGRVLGGTSMINAGVYARANTKIFSASGIEWDMDLVNQTYDWVEDTIVYKPDKQAWQSLTKTAFLEAGVLPDNGFSLDHEAGTRLTGSTFDNNGTRHASDELLNKGDPNNLRVAVHASVEKIIFSSNSSGVTAIGVIYKDSNGTPHQAFVRGEGEVIVSAGPIGSPQLLLLSGVGPESYLSSLNIPVVLSHPYVGQFLHDNPRNFINILPPNPIEPSTVTVLGITSNFYQCSFSSLPFSIPPFAFFPNPTYPLPNSTFAHFVNKVPGPLSYGSITLNSDSDVRVAPNVKFNYYSNSTDLAHCVSGMKKIGELLSSDALKPYKVEDLPGIDGFDILGIPLPENQTDDAAFETFCREAVASYWHYHGGCLVGEVLDGDFRVTGINALRVVDGSTFPYSPASHPQGFYLMLGRYVGSKILQERSAA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4270287338438745__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4270287338438745__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3RED/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4270287338438745__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4270287338438745","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3RED/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4270287338438745__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Lyase
publication title	Crystal Structure of a native FAD-dependent Hydroxynitrile Lyase derived from the Japanese apricot, Prunus mume rcsb
molecule keywords	Hydroxynitrile lyase
total genus	163
structure length	521
sequence length	521
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-04-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00732	GMC_oxred_N	GMC oxidoreductase
A	PF05199	GMC_oxred_C	GMC oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.410.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Cholesterol Oxidase; domain 2	Cholesterol Oxidase; domain 2	3redA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	3redA01

1D4CA 2RABA 4ADWA 5L46A 3UKFA 1LQUA 1LJ1A 4EMWA 4ECHA 4OPCA 5JCMA 1H82A 4J56A 2GMJA 3PVCA 4X9NA 4Z26A 4AP1A 1S3BA 2A87A 3VRAA 1YQ3A 2B9YA 2YLTA 2JB2A 4GRTA 1DOBA 3UKLA 2R4JA 2Q6UA 2VRLA 2EQ7A 2V3BA 3VRDB 5JCKA 2E4GA 3FIMB 5KVIA 4Z2UA 2BA9A 3AEFA 4JY2A 3AE5A 4DSHA 4YSXA 3ISHA 5C2TA 1VG0A 4NEVA 3VRBA 4HB9A 1CC2A 2VVLG 3CNTA 2GEWA 2TPRA 2AQJA 4MJWA 2R0GA 2BABA 2UZZA 3REDA 3AEEA 3CPHG 4U8NA 3LXDA 4CNJA 1GTHA 1W4XA 2C76A 4J34A 2WDRA 3LB8A 2YM1A 2YVFA 3JSKA 1NEKA 4UP3A 3QFBA 3M0OA 1EL8A 2XFNA 2GRTA 2WQYA 4TM1A 4B68A 4JY3A 5EBKA 1ZP0A 4AT0A 4GCMA 4A9WA 4C74A 2NVKX 2QCUA 4J31A 3NG7X 1D7LA 1E1MA 2XVIA 2GB0A 3NK1X 3QSMA 1ZDLA 4FX9A 4KX6A 5EOWA 3B3RA 3CGCA 2R46A 3UTEA 4A5LA 2XLRA 3Q9TA 4C3XA 3UOZA 2WDQA 1N1PA 2WPFA 3IHGA 3CGEA 3NT6A 1AOGA 3P9UA 2QA1A 1M6IA 5KRQA 1L0VA 1F8RA 2XLSA 3NHOX 2XVEA 4B67A 4BJZA 4A6NB 4YSZA 1EL9A 4I59A 2JKCA 4OPLA 4J33A 4RSLA 3AE4A 1CL0A 2C3DA 1M64A 1LPFA 3SFDA 3SFEA 1VRQB 3COXA 2WEUA 4CY8A 3F8PA 4JNQA 3AE6A 3QSSA 3ALJA 1JEHA 4A99A 2DKIA 1BWCA 4IVMB 1MOKA 2JBVA 3ICSA 3NH3X 1PBEA 3UTFA 1PBCA 1TDKA 2GAGB 3F8RA 1Z6LA 4NTDA 1L9EA 4A7AA 2O9ZA 1MXTA 3BI4A 4K22A 4APNA 4D03A 2A89A 2RGHA 1DJNA 5KWFA 1XHCA 2R4EA 5FS8A 2W0HA 3CPIG 2WS3A 3LOVA 4GUVA 4JQ9A 1CJ3A 4GDPA 3R9UA 1QJDA 5U1OA 1TDOA 4RG4A 1F3PA 2BS2A 4Z2TA 3DGZA 3AB1A 2YLZA 3IC9A 2HQMA 1D7YA 5GSNA 4Z43A 1PJ7A 3QVRA 1PBFA 1K0JA 3GSIA 1OJDA 4TLXA 1NHPA 5BVAA 3WE0A 3C4AA 1PBBA 3NK0X 3DGHA 1N4VA 2R9ZA 3NNEA 1OJCA 4JDRA 1GSNA 5HXIA 3NLCA 1GT8A 2YG6A 2ZZ0A 2XDOA 2YVGA 2RGJA 2X99A 4H2QA 4AOSA 3FPZA 3H4KA 4H4QA 3UKPA 4P9SA 5U63A 5EB5A 3RNMA 1E6EA 1DXLA 4ZN0A 2WHDA 3FG2P 3P4RA 4WX1A 1VG9A 2ARDA 4Z2RA 1H81A 3EPTA 5GRTA 3RP7A 3AE7A 1E1NA 3LADA 4USQA 2GQFA 3K7MX 4B69A 4CCQA 1GREA 1GRFA 3UKQA 3SQPA 1K0IA 3DK8A 1FL2A 1H7WA 2ACZA 2OALA 1PXCA 2WOIA 1CF3A 3BI5A 3II4A 4AOXA 5JCIA 3G5RA 4OPGA 4U8PA 5EB4A 3M13A 3LJPA 3DA1A 1IUXA 4U2TA 3AE2A 1E39A 1D4EA 1JRYA 3URHA 4CRTA 4H2RA 2IVEA 4REKA 3DK4A 5IQ1A 1K0LA 2VOUA 3NK2X 2C66A 1PXAA 3CTYA 5JCLA 3AYJA 2X8GA 1ZKQA 3EANA 3GRTA 4Z44A 2J3NA 1JNZA 3AE8A 1H84A 1HYUA 3CN8A 2C7GA 2FBWA 4GF7A 3S5WA 3AEBA 5FS7A 2B7SA 3RHAA 3NYFA 2GR1A 4OPDA 5BUKA 1GXFA 3NKSA 1Q1WA 3BHFA 1H6VA 1JRXA 2GF3A 2WESA 2WETA 4M52A 5HHFA 3VR9A 3P4PA 1F8WA 2GH5A 1GERA 4EIPA 1CC4A 4YT0A 1GRBA 4UDQA 4K8DA 2YVJA 4YTNA 3ABVA 2R0PA 2V60A 2XFUA 2BK4A 3VQRA 5FS6A 1Q1RA 2YR5A 2GAHB 4U8MA 1NG4A 2R0CA 3GDNA 4EM3A 3AE9A 3AEDA 2YLSA 4U8JA 2YQUA 1BZLA 2H88A 2CDUA 3S61A 1FEAA 3ITJA 1PBDA 2GVCA 1E7PA 3I3LA 4B1BA 1DOCA 4CNKA 1GRGA 4X9MA 3OC4A 4EMJA 3ADAB 2Y6RA 2YAUA 1GPEA 2YR6A 4NTCA 1GEUA 4IVOB 3VR8A 3QFAA 2C65A 2WOVA 1FEBA 4UDPA 1KDGA 3UCLA 3CGDA 1RP0A 3UP4A 5M10A 3ICRA 3AE3A 3AYIA 1KF6A 3B6DA 2VZ2A 2Z5XA 3BNMA 3G5SA 1D5TA 3GD4A 1ZOVA 3AEAA 4K7ZA 1P2EA 3NRNA 4YTMA 1CJ4A 2CULA 5JCNA 4H4PA 1XANA 1GRHA 3ZYXA 3GWFA 4NEWA 1L9CA 3GMCA 1RYIA 2X8CA 3P4QA 2XVJA 1KSSA 3FBSA 4YWOA 1F8SA 3NYCA 3GD3A 4FK1A 4A65A 3NGCX 5C3JA 1NENA 2BCPA 3GWDA 1YKJA 1GTEA 1GNDA 1REOA 2PHHA 1LQTA 2B9XA 2VRMA 3NTDA 1NHSA 3K7QX 4JNAA 5J7XA 3CNJA 2Q0LA 1PS9A 1LV0A 1N4UA 4H4UA 4AT2A 4H4SA 2C75A 1YQ4A 1PN0A 3GYJA 4H4TA 3V3NA 4BURA 1KNRA 3CNPA 1O5WA 2E5VA 3KD9A 4YSHA 2BK5A 4TM4A 1Y56B 1NG3A 3KA7A 1PDHA 3DJEA 3BI2A 5U25A 3G5QA 2XFQA 3KPFA 4B66A 3D8XA 2VQ7A 1GV4A 2WPEA 2GR0A 2XLTA 3PS9A 4O5UA 2GMHA 4C77A 2YG3A 4RG3A 1KNPA 3AD9B 4U8LA 1DJQA 3CGBA 1PHHA 2VVMA 2A8XA 2C70A 4U8KA 1LTXR 1TDNA 3CNSA 3QJ4A 3UP5A 2XLUA 3UKKA 2BXRA 1GRAA 1FECA 2GR3A 3UOVA 2YG5A 3ICTA 4ZCDA 4E0VA 4A6NA 4Y4LA 1IJHA 3UOXA 1JU2A 4K5SA 4H4XA 3IHMA 4H7UA 2OAMA 2VVLA 3KVEA 4GDEA 4BJYA 1ZK7A 1GALA 1LVLA 5BRTA 2XCGA 3C96A 5BULA 2EQ8A 4H4RA 2YM2A 1DOEA 2C73A 3C4NA 1BGNA 4YXDA 3D1CA 3L8KA 4U8OA 4B64A 4D04A 2EQ9A 2FJAA 1H83A 4BK1A 2FJDA 2QAEA 2WP5A 3P1WA 1V59A 2YLWA 5DBJA 5FS9A 3GDPA 2BC1A 2XFPA 3GRSA 3IF9A 3E1TA 1SEZA 3K30A 3AECA 1JNRA 1TYTA 2YLXA 4H4WA 4IV9A 5KXJA 1COYA 3AE1A 1BKWA 4ICYA 1QO8A 4FDCB 2WP6A 4YSYA 5KVHA 2WU5A 1TDEA 1NAAA 1VQWA 4K5RA 2QA2A 4IA6A 4U2LA 2E1MA 3F8DA 2XVFA 3DK9A 3QVPA 4H50A 1TYPA 2OA1A 3I6DA 5FMHA 3K7TA 1GESA 1VDCA 3NYEA 4DNAA 3CNDA 1GETA 1NHQA 4J36A 1XDIA 1PXBA 1FOHA 2B7RA 4PABA 4PAAA 1ONFA 1CC6A 1OJ9A 4DSGA 1F6MA 3Q6JA 1H86A 1O95A 3KU9A 1CJCA 5CKUA 4Z25A 3BHKA 2GR2A 4H2NA 3V76A 2XYOA 2RGOA 2X50A 3GMBA 1CBOA 1ZOYA 5M0ZA 3UKHA 5KOWA 1P2HA 1ZY8A 2Q0KA 3GYIA 1EBDA 4Z24A 2BACA 2BXSA 2XVHA 4XWZA 1B37A 1GOSA 4TM3A 3DJDA 1B8SA 3L1RA 2APGA 3M12A 4LIIA 3SGLA 1NPXA 3P4SA 1B5QA 5IQ4A 4GR1A 2JK6A 2R45A 1NHRA 1IUVA 1DNCA 3OZ2A 4CCRA 1MO9A 3HZLA 2FJBA 2H89A 4O5QA 2IIDA 2V3AA 3SM8A 2AAQA 3DH9A 1D4DA 4B63A 2B9WA 1E1LA 1Q9IA 3NN6X 3ALMA 2CFYA 4N9XA 4U8IA 1B4VA 3IWAA 2XFOA 2JB1A 4H4VA 4C3YA 2V61A 1UKVG 3H8IA 1CJ2A 4OPTA 4B65A 4XXGA 4EMIA 1FCDA 2ZBWA 3CIRA 2YWLA 4CBQA 2YG4A 3AD8B 2DKHA 2X3NA 4WCTA 3ATRA 5IPYA 4EIQA 4H4ZA 3UTGA 2ZZBA 1O94A 3EF6A 3NTAA 3PO7A 4CY6A 3AEGA 3ALLA 4J57A 1YY5A 2EQ6A 4LA1A 4U2SA 1YQZA 1IUTA 4DGKA 2BS4A 1H7XA 1JOAA 1TRBA 3RP8A 1S2YA 4EM4A 2WBAA 2CVJA 2V5ZA 1EL7A 3NN0X 2IVDA 3UTHA 1EL5A 4ZCCA 2OLOA 2C3CA 4C5OA 4EQRA 4BK2A 1IUSA 1OJTA 1ZX9A 4OCGA 5KOXA 2YG7A 3T37A 3H8LA 4USRA 3DJJA 2C72A 1ZMCA 2C67A 4TM0A 2I0ZA 4LU6A 3KLJA 1RSGA 2F5ZA 1ELIA 4KPRA 3UOYA 4IA5A 2BK3A 4H4YA 4OVIA 1XPQA 4I58A 2B76A 3CPJG 3UKAA 5HY5A 4FK1C 4EQWA 1DODA 3O0HA 2X8HA 2XLPA 2ZZCA 1CHUA 2GV8A 3EAOA 4NTEA 2BS3A 4A79A 1X31B 2OLNA 2JB3A 1L9DA 3AWIA 4UDRA 2YR4A 4YKGA 1BGJA 1IUWA 2WP9A 3NIXA 4HA6A 2WPCA 3DMEA 2VQBA 1N4WA 1IUUA 4K2XA 1E1KA 1PJ5A 3KKJA 4YTPA 1GRTA 1PJ6A 5CQFA 1OJAA 4OPIA 2PYXA 3AXBA 2WOWA 2Z5YA 1K4QA 5J60A 2Y6QA 5HYMA 2FJEA 2AR8A 3QSEA 1JRZA 2C64A 2JAEA 4H2PA 3ZDNA 1S2QA 5LV9A 1Y0PA 3FMWA 4Y4NA 4Y4MA 3V3OA 4BK3A 4EQSA 3LZWA 5TR3A 4X4JA 4XWRA 3ATQA 3AD7B 3LZXA 4OPUA 4J2WA 4NZHA 3RP6A 3AYLA 4TLZA 1NDAA 4AP3A 2WDVA 3DJGX 2GQWA 1TDFA 2BYBA 2NPXA 2YLRA 2BC0A 1S3EA 4JN9A 2V6OA 3BNUA 4YKFA 1Y56A 2TMDA 1BF3A 1ZMDA 4BV6A 2Q7VA 4EQXA 1QLBA 5ER0A 2WU2A 1KSUA 2BCGG 1KFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1D4CA 2RABA 4ADWA 5L46A 3CMMA 3UKFA 1LQUA 1LJ1A 4EMWA 4ECHA 4OPCA 5JCMA 1H82A 4J56A 2GMJA 3PVCA 3T2ZA 4X9NA 4Z26A 4AP1A 1S3BA 2A87A 3VRAA 1YQ3A 2B9YA 2YLTA 2JB2A 3T31A 4GRTA 1DOBA 3UKLA 2R4JA 2Q6UA 2VRLA 2EQ7A 2V3BA 3VRDB 5JCKA 2E4GA 3FIMB 5KVIA 4Z2UA 2BA9A 3AEFA 4JY2A 3AE5A 4DSHA 4YSXA 3ISHA 5C2TA 1VG0A 4NEVA 3VRBA 4HB9A 1CC2A 2VVLG 3CNTA 2GEWA 2TPRA 2AQJA 4MJWA 2R0GA 3HYXA 3SY4A 2BABA 2UZZA 3REDA 3AEEA 3CPHG 4U8NA 3LXDA 4CNJA 1GTHA 1W4XA 2C76A 4J34A 3SZ0A 2WDRA 3LB8A 2YM1A 2YVFA 3JSKA 1NEKA 4UP3A 3QFBA 3M0OA 1EL8A 2XFNA 2GRTA 2WQYA 4TM1A 4B68A 4JY3A 5EBKA 1ZP0A 4AT0A 4GCMA 4A9WA 4C74A 2NVKX 2QCUA 3KPKA 4J31A 3NG7X 1D7LA 1E1MA 2XVIA 2GB0A 3NK1X 3QSMA 1ZDLA 4FX9A 4KX6A 5EOWA 3B3RA 3CGCA 2R46A 3UTEA 4A5LA 2XLRA 3Q9TA 3SZFA 4C3XA 3UOZA 2WDQA 1N1PA 2WPFA 3IHGA 3CGEA 3NT6A 1AOGA 3P9UA 2QA1A 1M6IA 5KRQA 1L0VA 1F8RA 2XLSA 3NHOX 2XVEA 4B67A 4BJZA 4A6NB 4YSZA 1EL9A 4I59A 2JKCA 4OPLA 4J33A 4RSLA 3AE4A 1CL0A 2C3DA 1M64A 3HYWA 1LPFA 3SFDA 3SFEA 1VRQB 3COXA 2WEUA 4CY8A 3F8PA 4JNQA 3AE6A 3QSSA 3ALJA 1JEHA 4A99A 2DKIA 1BWCA 4IVMB 1MOKA 2JBVA 3ICSA 3NH3X 1PBEA 3UTFA 1PBCA 1TDKA 2GAGB 3F8RA 1Z6LA 4NTDA 1L9EA 4A7AA 2O9ZA 1MXTA 3BI4A 4K22A 4APNA 4D03A 2A89A 5KWFA 1DJNA 2RGHA 1XHCA 2R4EA 5FS8A 2W0HA 3CPIG 2WS3A 3LOVA 4GUVA 4JQ9A 1CJ3A 4GDPA 3R9UA 1QJDA 5U1OA 1TDOA 4RG4A 1F3PA 2BS2A 4Z2TA 3DGZA 3AB1A 2YLZA 3IC9A 2HQMA 1D7YA 5GSNA 4Z43A 1PJ7A 3QVRA 1PBFA 3T0KA 1K0JA 3GSIA 1OJDA 4TLXA 1NHPA 5BVAA 3WE0A 3C4AA 1PBBA 3NK0X 3DGHA 1N4VA 2R9ZA 3NNEA 1OJCA 4JDRA 1GSNA 5HXIA 3NLCA 1GT8A 2YG6A 2ZZ0A 2XDOA 2YVGA 2RGJA 2X99A 4H2QA 4AOSA 3FPZA 3H4KA 4H4QA 3UKPA 4P9SA 5U63A 5EB5A 3RNMA 1E6EA 1DXLA 4ZN0A 2WHDA 3FG2P 3P4RA 4WX1A 1VG9A 2ARDA 4Z2RA 1H81A 3EPTA 5GRTA 3RP7A 3AE7A 1E1NA 3LADA 4USQA 2GQFA 3K7MX 4B69A 4CCQA 1GREA 1GRFA 3UKQA 4II2A 3SQPA 1K0IA 3DK8A 1FL2A 1H7WA 2ACZA 2OALA 1PXCA 2WOIA 1CF3A 3BI5A 3II4A 4G6GA 4AOXA 5JCIA 3G5RA 4OPGA 4U8PA 5EB4A 4U2TA 3LJPA 3DA1A 1IUXA 3M13A 3AE2A 1E39A 1D4EA 1JRYA 3URHA 4CRTA 4H2RA 4REKA 2IVEA 4GAVA 3DK4A 4NNJA 1K0LA 2VOUA 3NK2X 5IQ1A 2C66A 1PXAA 3CTYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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