The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
123
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sequence length |
407
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structure length |
407
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Chain Sequence |
MAHVVILGAGTGGMPAAYEMKEALGSGHEVTLISANDYFQFVPSNPWVGVGWKERDDIAFPIRHYVERKGIHFIAQSAEQIDAEAQNITLADGNTVHYDYLMIATGPKLAFENVPGSDPHEGPVQSICTVDAAERAFAEYQALLREPGPIVIGAMAGASCFGPAYEYAMIVASDLKKRGMRDKIPSFTFITSEPYIGHLGIQGVGDSKGILTKGLKEEGIEAYTNCKVTKVEDNKMYVTQVDEKGETIKEMVLPVKFGMMIPAFKGVPAVAGVEGLCNPGGFVLVDEHQRSKKYANIFAAGIAIAIPPVETTPVPTGAPKTGYMIESMVSAAVHNIKADLEGRKGEQTMGTWNAVCFADMGDRGAAFIALPQLKPRKVDVFAYGRWVHLAKVAFEKYFIRKMKMGVS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure-activity characterization of sulfide:quinone oxidoreductase variants.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Acidithiobacillus ferrooxidans
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| molecule keywords |
Sulfide-quinone reductase, putative
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| total genus |
123
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| structure length |
407
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| sequence length |
407
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| ec nomenclature |
ec
1.8.5.4: Bacterial sulfide:quinone reductase. |
| pdb deposition date | 2011-07-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07992 | Pyr_redox_2 | Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SY4 A; 4GAV A; 3SX6 A; 3SZC A; 4G6H A; 3T2Y A; 5KMQ A; 4G6G A; 3SYI A; 3T14 A; 5KMS A; 3T0K A; 4G74 A; 4G73 A; 5KMP A; 3SZ0 A; 3HYW A; 3HYX A; 3T31 A; 4NWZ A; 3SXI A; 4G9K A; 3T2Z A; 4GAP A; 3HYV A; 5KMR A; 3SZF A; 3KPK A; 3SZW A; 3T2K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ZN0 A; 1DJQ A; 1REO A; 3BI4 A; 3COX A; 3AEF A; 2V5Z A; 4E0V A; 1CJ2 A; 2WOW A; 2IVD A; 4H2P A; 4RSL A; 2YLW A; 5U1O A; 2XYO A; 1GRB A; 3WE0 A; 2XFO A; 2XFN A; 3IWA A; 1IUW A; 1YKJ A; 4B1B A; 1OJ9 A; 2WOI A; 3OC4 A; 5BRT A; 1Q9I A; 3I3L A; 1Y56 B; 1H7W A; 4HA6 A; 4H2N A; 3CPJ G; 5HY5 A; 1EL8 A; 3SZ0 A; 5JCN A; 3CTY A; 2FJB A; 1CC2 A; 4NWZ A; 2R4J A; 4YKG A; 4GRT A; 4H50 A; 3I6D A; 4J57 A; 1ZX9 A; 3IF9 A; 1ONF A; 3RP8 A; 2X3N A; 1N4W A; 4YTP A; 1B8S A; 1LJ1 A; 2XVE A; 1N1P A; 4I58 A; 4A6N B; 4REK A; 4M52 A; 3M0O A; 3T2K A; 5KVH A; 2WHD A; 2YG3 A; 3SM8 A; 3UTF A; 4TLX A; 5GSN A; 3AE2 A; 2Z5X A; 4Z2U A; 2BK3 A; 3LB8 A; 1JNR A; 3AEC A; 4C77 A; 4Y4M A; 4O5U A; 1LQU A; 2UZZ A; 3AE3 A; 5KWF A; 4EM4 A; 4BJY A; 5KMQ A; 1BWC A; 4TM4 A; 4H4R A; 4UDP A; 1D4C A; 3GRS A; 2ACZ A; 4JNA A; 4JDR A; 3T0K A; 5IPY A; 2R4E A; 3P1W A; 4CY6 A; 4DGK A; 1JNZ A; 2B76 A; 4YSZ A; 1H6V A; 3UKK A; 1D7Y A; 1N4V A; 2C76 A; 3Q6J A; 1GRG A; 5BVA A; 2GMJ A; 3QVR A; 3ZYX A; 1GV4 A; 3L1R A; 3ICR A; 4LU6 A; 4NEW A; 2X8H A; 2QA2 A; 2YLT A; 2RGH A; 4G6H A; 2Y6Q A; 3URH A; 3VQR A; 2YG6 A; 3VR9 A; 3OZ2 A; 2A8X A; 3UKH A; 4U2L A; 2GF3 A; 1DNC A; 1KF6 A; 1KDG A; 1PXC A; 4WCT A; 3NN0 X; 3T14 A; 2PHH A; 2YR5 A; 4AOS A; 2C7G A; 5KVI A; 2BC0 A; 4RG4 A; 1KFY A; 1IUV A; 2RAB A; 3T37 A; 2GR0 A; 3ALM A; 3P4Q A; 3AE1 A; 4CBQ A; 3AYL A; 1NAA A; 3AD7 B; 4H7U A; 4ADW A; 2R46 A; 4U8J A; 3VRD B; 2TPR A; 2JKC A; 4UDR A; 2C67 A; 2C72 A; 1E1K A; 1CC6 A; 2DKI A; 4NZH A; 3SY4 A; 4IA6 A; 3P4P A; 3ALJ A; 4Z24 A; 5JCI A; 1GER A; 1ELI A; 1F3P A; 3FG2 P; 5EB5 A; 3K7T A; 2V3A A; 4JNQ A; 3HZL A; 3NYC A; 2FBW A; 1L9D A; 2VQB A; 3BNM A; 3UCL A; 1IJH A; 4GR1 A; 1Y0P A; 1ZKQ A; 3H8L A; 4GCM A; 5GRT A; 1L9C A; 3FIM B; 3R9U A; 5KRQ A; 2BS3 A; 1OJT A; 4U8O A; 1JOA A; 2A87 A; 2OAL A; 5FS9 A; 4C3Y A; 2NVK X; 4EMW A; 3KVE A; 1AOG A; 2WET A; 3B6D A; 4OCG A; 2XFQ A; 2PYX A; 3II4 A; 2GQW A; 3CNT A; 2BK5 A; 5JCM A; 1D5T A; 2WU2 A; 3NLC A; 3UKL A; 2R0G A; 4BUR A; 2WPC A; 3UOZ A; 2XDO A; 3M12 A; 5KNL A; 1BGN A; 2VOU A; 3IHM A; 4FX9 A; 3G5S A; 1GND A; 2YLZ A; 3AD8 B; 2V6O A; 3NN6 X; 2ZZ0 A; 1CF3 A; 2EQ9 A; 4K8D A; 4YKF A; 4YSY A; 3RED A; 3B3R A; 3ICS A; 2WS3 A; 3SFD A; 3VR8 A; 5CKU A; 3K7M X; 4GUV A; 4BJZ A; 3PVC A; 3SQP A; 5JCK A; 1PBF A; 2FJA A; 5J7X A; 3AE7 A; 4B69 A; 1F8S A; 2CFY A; 2JBV A; 3BI2 A; 2YLR A; 4B65 A; 5FS6 A; 3GWD A; 4FK1 A; 3DA1 A; 3FPZ A; 3SGL A; 4K7Z A; 4A65 A; 2C75 A; 2GEW A; 3S5W A; 3KA7 A; 4IVM B; 4AP1 A; 5M0Z A; 4DNA A; 4AOX A; 2VRM A; 3QSM A; 1H81 A; 2BS2 A; 4G6G A; 3SFE A; 2JB3 A; 5HXI A; 2GB0 A; 1L0V A; 1ZP0 A; 5TR3 A; 4C74 A; 1S3E A; 5JCL A; 2IVE A; 1H82 A; 5BUL A; 4FK1 C; 4OPC A; 5KMP A; 4AT2 A; 2BXS A; 3RP6 A; 3NIX A; 1VG0 A; 3UTH A; 1H84 A; 4EQS A; 1FOH A; 4C5O A; 4H4S A; 4H4W A; 2BXR A; 3UP4 A; 1FEA A; 1Z6L A; 5KMR A; 4OPG A; 1PDH A; 1GT8 A; 2EQ8 A; 1K0L A; 2R9Z A; 3DK8 A; 2YLS A; 5KXJ A; 4WX1 A; 3DME A; 3UOX A; 4EIP A; 3NHO X; 1GPE A; 2JB1 A; 1EBD A; 1PXA A; 4K2X A; 3SX6 A; 4BK2 A; 3GMB A; 3ITJ A; 2WDR A; 1X31 B; 3UOV A; 4TM0 A; 2Q0K A; 1Y56 A; 2BCG G; 2IID A; 4DSG A; 1COY A; 1VQW A; 4H4P A; 4TLZ A; 3DGZ A; 1TYT A; 2Q0L A; 5KMS A; 1PBB A; 2JK6 A; 3CGE A; 4H4V A; 4LII A; 3D8X A; 4KX6 A; 2XVJ A; 4RG3 A; 4U8L A; 3UOY A; 3V76 A; 1RSG A; 5J60 A; 3CGC A; 1CJ4 A; 2XLT A; 4A6N A; 2OA1 A; 1PJ5 A; 3UKQ A; 1QLB A; 1XDI A; 4CNJ A; 1CBO A; 4H4X A; 1P2E A; 2XCG A; 2YWL A; 3JSK A; 3KPF A; 2B7S A; 4YSH A; 5DBJ A; 2CDU A; 2XVI A; 2C73 A; 5ER0 A; 5M10 A; 2YQU A; 1ZK7 A; 1EL9 A; 4GAV A; 4B66 A; 4J2W A; 2JAE A; 2W0H A; 1H83 A; 1BKW A; 1RP0 A; 2FJD A; 1DXL A; 2GAH B; 3D1C A; 2R0C A; 4D04 A; 3AEA A; 4USQ A; 3AE6 A; 2WPF A; 2J3N A; 2BRA A; 3QJ4 A; 2B9W A; 4U8M A; 1NDA A; 1PN0 A; 1BF3 A; 3DGH A; 1ZOV A; 3BNU A; 3DK4 A; 3HYW A; 3T31 A; 3AYJ A; 2AAQ A; 3NGC X; 5BUK A; 2QCU A; 3NH3 X; 2C70 A; 3C4A A; 4Z25 A; 4D03 A; 4U8P A; 1CJ3 A; 4NTC A; 1H86 A; 1L9E A; 4YSX A; 3GWF A; 2WP9 A; 1EL7 A; 5U25 A; 2YM2 A; 3QSE A; 1JU2 A; 3K7Q X; 4GDE A; 4UP3 A; 4Z2T A; 2WPE A; 3ICT A; 2BC1 A; 3QSS A; 1PBE A; 3LOV A; 1PJ6 A; 3VRA A; 2YVF A; 4U2T A; 1K0I A; 3BI5 A; 2B9X A; 3EAO A; 5EB4 A; 4U8N A; 2YG5 A; 1MOK A; 1V59 A; 4Z44 A; 2OLO A; 1LQT A; 2RGO A; 4N9X A; 2QA1 A; 1PXB A; 1TDF A; 2VVL A; 4GF7 A; 3P9U A; 3NRN A; 3GD4 A; 4O5Q A; 2VVL G; 4B67 A; 2R0P A; 1CL0 A; 1O95 A; 3GDN A; 1K0J A; 1DJN A; 4H2R A; 4JQ9 A; 1E1N A; 3G5Q A; 2O9Z A; 3T2Z A; 5C3J A; 4CCR A; 2X99 A; 2BAC A; 2NPX A; 1JRY A; 2C65 A; 1SEZ A; 1VDC A; 4X4J A; 3KD9 A; 1QO8 A; 3NYE A; 4P9S A; 4USR A; 4XXG A; 1OJA A; 5FMH A; 4Z43 A; 3EF6 A; 4XWR A; 3CPH G; 4CY8 A; 3SZC A; 1JRX A; 3ATQ A; 4H4U A; 4Z26 A; 1O94 A; 2RGJ A; 4U8K A; 4EQW A; 2WDV A; 2Y6R A; 2GMH A; 2YM1 A; 2BCP A; 3E1T A; 1GRT A; 2X50 A; 1TDK A; 1DOC A; 4OPT A; 2EQ7 A; 1GES A; 4X9M A; 2ZZB A; 4B68 A; 1GTE A; 1S2Q A; 4CRT A; 3AWI A; 4K5S A; 3ISH A; 3SXI A; 1E39 A; 3LJP A; 1D7L A; 4J56 A; 4CCQ A; 4II3 A; 2GR1 A; 3CGD A; 1TRB A; 1O5W A; 4J36 A; 4I59 A; 2WP5 A; 1K4Q A; 1VRQ B; 1PBD A; 2ARD A; 2DKH A; 4UDQ A; 1PBC A; 3M13 A; 3QVP A; 4B64 A; 1UKV G; 1S2Y A; 2X8G A; 4OPI A; 4A5L A; 1S3B A; 1FEB A; 2YR4 A; 3DJD A; 5IQ1 A; 3T2Y A; 2GVC A; 1PHH A; 2GH5 A; 1NHR A; 4Z2R A; 2XFP A; 2YVJ A; 4J31 A; 3GD3 A; 3UKF A; 3GRT A; 3G5R A; 1Q1W A; 3C4N A; 4OPU A; 2OAM A; 4K22 A; 2YR6 A; 1LVL A; 3L8K A; 1FL2 A; 1KSS A; 4A9W A; 3NK2 X; 3AB1 A; 3RP7 A; 1P2H A; 4DSH A; 4C3X A; 3AE4 A; 1W4X A; 2B7R A; 3AD9 B; 3KLJ A; 4A79 A; 4YWO A; 2WU5 A; 3AE9 A; 3AEB A; 3P4R A; 1IUU A; 3EPT A; 2BRY A; 2XFU A; 1OJC A; 2AR8 A; 2C3D A; 4H4Z A; 4APN A; 3DJE A; 5HHF A; 1NEK A; 1DOB A; 3AE5 A; 4YTM A; 1NG3 A; 5HYM A; 5U63 A; 4EMJ A; 4IV9 A; 3RNM A; 2XLP A; 3NG7 X; 1E7P A; 1YQ3 A; 2WQY A; 4NEV A; 3UTE A; 4TM3 A; 1BZL A; 3PO7 A; 4YT0 A; 2C3C A; 4Y4L A; 4EQR A; 1ZDL A; 1MO9 A; 2XLU A; 4XWZ A; 3NT6 A; 2XVF A; 1LTX R; 3FMW A; 1GRH A; 3ABV A; 4BK3 A; 3CND A; 4YTN A; 1ZOY A; 1XAN A; 3GDP A; 4AT0 A; 1TDO A; 1GTH A; 2V61 A; 2Q6U A; 3LZW A; 2CUL A; 3V3O A; 2XLR A; 1M64 A; 3DJG X; 3AYI A; 2ZBW A; 3NTD A; 4NNJ A; 5EBK A; 1KSU A; 3QFB A; 1LPF A; 5KOX A; 1TDN A; 1KNR A; 2BYB A; 2CVJ A; 2GR3 A; 3CIR A; 4H2Q A; 2WP6 A; 2VVM A; 3F8R A; 1E1M A; 2Q7V A; 4IVO B; 3LZX A; 1RYI A; 1N4U A; 4IA5 A; 3SYI A; 3CMM A; 2QAE A; 4FDC B; 2V60 A; 4NTE A; 2GAG B; 2YAU A; 3UTG A; 4G73 A; 4OPD A; 2WBA A; 2WES A; 4BK1 A; 1NPX A; 1MXT A; 2JB2 A; 2GV8 A; 3GSI A; 4ICY A; 5CQF A; 1B5Q A; 2WEU A; 2ZZC A; 3CN8 A; 3NK1 X; 1D4E A; 1F6M A; 1QJD A; 2XVH A; 1GEU A; 1GXF A; 3P4S A; 3RHA A; 3UKP A; 2APG A; 4B63 A; 4EM3 A; 1DOE A; 2A89 A; 1TDE A; 2V3B A; 3LXD A; 1PJ7 A; 4EIQ A; 3DK9 A; 3S61 A; 1BGJ A; 1M6I A; 4PAB A; 3VRB A; 2OLN A; 3PS9 A; 4JN9 A; 3H8I A; 3C96 A; 1GOS A; 4KPR A; 2YLX A; 3BHF A; 4OVI A; 2R45 A; 2HQM A; 4YXD A; 2VZ2 A; 1PS9 A; 1F8R A; 1JRZ A; 3KU9 A; 2WDQ A; 3NTA A; 4LA1 A; 4AP3 A; 1FEC A; 5L46 A; 1CC4 A; 1TYP A; 1YY5 A; 1H7X A; 2BA9 A; 3AEE A; 1HYU A; 3GYJ A; 1DOD A; 1KNP A; 5IQ4 A; 1CJC A; 1OJD A; 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