3ZDN | Genus

Total Genus 174

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	174
sequence length	486
structure length	478
Chain Sequence	MTSRDGYQWTPETGLTQGVPSLGVISPPTNIWDVIVIGGGYCGLTATRDLTVAGFKTLLLEARDRIGGRSWSSNIDGYPYEMGGTWVHWHQSHVWREITRYKMHNALSPSFNFSRGVNHFQLRTNPTTSTYMTHEAEDELLRSALHKFTNVDGTNGRTVLPFPHDMFYVPEFRKYDEMSYSERIDQIRDELSLNERSSLEALILTCSGGTLENSSFGEFLHWWAMSGYTYQGCQDCLTSYKFKDGQSAFARRFWEEAAGTGRLGYVFGCPVRSVVNERDAARVTARDGREFVAKRVVCTIPLNVLSTIQFSPALSTERISAMQAGHVSMCTKVHAEVDNKDMRSWTGIAYPFNKLCYAIGDGTTPAGNTHLVCFGNSANHIQPDEDVRETLKAVGQLAPGTFGVKRLVFHNWVKDEFAKGAGFFSRPGMVSECLQGLREKHGGVVFANSDWALGWRSFIDGAIEEGTRAARVVLEELG

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7524164564893154__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7524164564893154__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ZDN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7524164564893154__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7524164564893154","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ZDN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7524164564893154__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Aspergillus niger
publication title	Engineering an Enantioselective Amine Oxidase for the Synthesis of Pharmaceutical Building Blocks and Alkaloid Natural Products. pubmed doi rcsb
molecule keywords	MONOAMINE OXIDASE N
total genus	174
structure length	478
sequence length	486
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.4.3.4: Monoamine oxidase.
pdb deposition date	2012-11-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01593	Amino_oxidase	Flavin containing amine oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	3zdnA01
3.90.660.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2	Polyamine Oxidase; Chain A, domain 2	3zdnA02

1D5TA 2Q0KA 2C67A 1ZDLA 3IF9A 1PN0A 2BCPA 3L1RA 3ZDNA 1VDCA 3EANA 2OLNA 4GR1A 4LIIA 3S61A 5FMHA 1CF3A 1KFYA 2VVLG 4A99A 1D7LA 3V3OA 3C4NA 2Z5YA 3PVCA 3DMEA 2WU5A 2YR4A 4NTDA 4A6NA 2B76A 3ICRA 4TM1A 3DH9A 1NHRA 4OCGA 3UKKA 3P9UA 3M13A 1LPFA 1GEUA 1FOHA 4U2LA 5FS9A 3WE0A 1LVLA 4Z26A 3G5SA 3UKQA 2A8XA 2BS2A 3LZXA 4U8MA 3H8IA 1D7YA 1N4WA 4EIQA 4LU6A 4OPGA 4B1BA 2RGJA 4WCTA 1NHPA 2AAQA 2XFOA 4FX9A 1NHSA 2XLTA 4H4QA 3AWIA 4NEWA 1GT8A 1PBFA 3VR9A 3UOXA 3IC9A 4JNAA 1JNRA 1GETA 3FG2P 3F8PA 4B64A 1P2HA 2VQBA 4DSHA 2AR8A 1K0JA 1PXCA 3FPZA 1KDGA 1EL5A 3CPHG 4AT2A 2EQ6A 1LQUA 1NG3A 2BABA 2BS4A 2OLOA 2XLUA 5C2TA 1IUSA 3CIRA 4XWZA 1IUVA 3KPFA 4FK1A 1K4QA 5LV9A 1O95A 1JNZA 3DK9A 4OPCA 3AD8B 3AE2A 3P4PA 1KSUA 3ADAB 2WS3A 4U2TA 3DJDA 3ITJA 3GYIA 3GD4A 3UKFA 2X3NA 3DJEA 5GRTA 4C77A 1ZK7A 2XFPA 2Y6RA 4H4VA 3KD9A 4A65A 5EOWA 1IUUA 2OA1A 1F6MA 5IPYA 2PHHA 4J36A 1ZMDA 4U8KA 1DODA 4WX1A 2BC1A 4U8NA 1F3PA 4J2WA 3VQRA 3H4KA 4EMJA 1GPEA 3GRSA 4H50A 1E7PA 4HB9A 4J56A 2BK4A 2XDOA 1GRFA 1OJTA 4CY6A 5KWFA 4C5OA 4EQWA 3M0OA 1JRXA 3GDPA 3PO7A 1CJ2A 2GEWA 2H88A 4RG3A 2QA1A 1F8SA 1TDKA 3GWDA 3NHOX 5U1OA 2B7SA 4YT0A 4E0VA 4BJYA 3SQPA 1ZP0A 2GQFA 3BNUA 4IA5A 4B68A 1PBCA 2VOUA 5JCLA 3QJ4A 1FECA 4X4JA 2EQ8A 1LV0A 3NT6A 3V3NA 4H4YA 2OALA 2O9ZA 4H4WA 1E1MA 1H81A 3AEGA 4J57A 4B67A 1E1LA 2QAEA 2YVJA 1DOBA 1L0VA 3RNMA 3S5WA 2C76A 3DJJA 1DOCA 3NYFA 1CJ4A 2XCGA 1HYUA 3NH3X 3QFBA 1FEAA 4U8PA 1CC6A 3CPIG 1L9DA 3K7MX 2XVIA 4Y4LA 3T37A 2V5ZA 3AYJA 4PAAA 3KKJA 3COXA 3SFEA 4ZN0A 4UDQA 3NKSA 3F8RA 2WEUA 4NTCA 4YSHA 4UDRA 5EB4A 1Y56B 4CBQA 1E1KA 3M12A 4Z2UA 2WDQA 2R0CA 1GOSA 3NYCA 4YXDA 4J34A 4Z25A 1RYIA 1ZX9A 3UKHA 1PBBA 4YWOA 2VQ7A 3L8KA 4REKA 1CC2A 4JQ9A 2WPEA 4GF7A 3JSKA 1PDHA 2WQYA 3CGCA 1VG9A 2VZ2A 3ABVA 5BULA 1H7XA 1OJCA 1X31B 2BA9A 2ZZCA 2BCGG 3E1TA 4YKFA 3R9UA 3AECA 3ISHA 3RHAA 1DOEA 2BACA 4YTNA 3LXDA 2FBWA 1MOKA 2R0GA 4YSYA 1H6VA 3AE3A 3C4AA 4OVIA 2ZZ0A 5CKUA 4CRTA 5JCKA 3UKLA 2C72A 3QSEA 2GRTA 3H8LA 4AOXA 3AEAA 1P2EA 1B8SA 1E39A 2YLTA 2GV8A 3RP6A 3UTHA 1AOGA 2C65A 2GVCA 4H4PA 1CHUA 1GERA 1Q9IA 1ZOVA 3NG7X 1FCDA 2YG6A 4OPUA 4O5QA 4U8LA 4D04A 1O94A 3NNEA 2C73A 2W0HA 3CGBA 3KLJA 3QFAA 3G5RA 3KU9A 3K7TA 4FDCB 2XLPA 2PYXA 2GR3A 1RSGA 2GR0A 2CVJA 4YTPA 5KXJA 2WU2A 4YTMA 1M6IA 3D1CA 5KOWA 1D4CA 3AD9B 4GUVA 4USQA 2XVHA 3AD7B 3ICTA 3KA7A 1GXFA 1YKJA 2XFUA 4I59A 1CC4A 2I0ZA 3FBSA 4K5SA 5BRTA 3P1WA 5U25A 2YR5A 1KNRA 2XVEA 3QSMA 1B5QA 3VRAA 3VRBA 3UCLA 5M10A 2RABA 2X50A 1E1NA 3CNDA 1GESA 3I3LA 1GTEA 1VRQB 2WP9A 4EM4A 2EQ7A 1W4XA 2BC0A 3B3RA 5TR3A 4JY2A 3GSIA 4XXGA 5J7XA 4BK3A 3DK4A 1DJQA 1ELIA 5IQ4A 2IVEA 4CNKA 3CGDA 1GRAA 1OJAA 1TYTA 4Z44A 4RSLA 4PABA 4Z2RA 5J60A 4EQXA 1JU2A 2ACZA 2XFQA 5L46A 2DKHA 4BK1A 2GAHB 3AE4A 1PXAA 4NZHA 4Z24A 4A5LA 1S2QA 3IHMA 4AP1A 4ECHA 1GRGA 1GV4A 1ONFA 2YLRA 5JCNA 3Q9TA 1GREA 3OC4A 1XANA 2UZZA 2X8CA 2YR6A 3OZ2A 3LOVA 3G5QA 2BYBA 2YG7A 1PBEA 4BK2A 5BUKA 5HHFA 5HXIA 5EB5A 2WHDA 3DGHA 1TRBA 1PXBA 4H2QA 4TM4A 2VRMA 2XVJA 2RGHA 3CN8A 4USRA 4K22A 1PJ5A 1YQZA 4OPDA 2X99A 4DNAA 2B9YA 1YQ3A 1OJDA 2DKIA 1BGNA 4B63A 2YLXA 2YVGA 3BI2A 1NPXA 3AEEA 1ZMCA 3AB1A 1NG4A 3UOVA 1UKVG 1NDAA 3CNPA 3GDNA 2YQUA 5KVIA 4ADWA 2NPXA 3O0HA 4N9XA 2X8GA 1D4EA 1LJ1A 4AOSA 2XLRA 1NAAA 2V61A 4YKGA 1Y0PA 2E4GA 1L9CA 1YQ4A 3P4SA 2XYOA 1PBDA 3QVRA 3NLCA 3UTFA 4X9MA 4J31A 2H89A 4H7UA 2WDVA 2HQMA 3ALJA 1IUXA 1CBOA 1XHCA 4U8IA 4XWRA 2V3AA 2JBVA 4M52A 3UTGA 2YLSA 3NK0X 1XDIA 2WDRA 4CNJA 2ZZBA 2NVKX 1YY5A 4H4TA 4JNQA 1JEHA 4OPIA 3NYEA 3NK1X 3FIMB 1COYA 2A87A 3P4RA 4B65A 2GMJA 5EBKA 5KRQA 2B9WA 3EPTA 3UKPA 3C96A 2FJBA 1JOAA 1TDNA 4DSGA 2V3BA 2IVDA 1F8WA 5GSNA 2FJEA 4A7AA 3ATRA 1SEZA 1GRTA 2WBAA 3NK2X 5FS8A 1TDFA 3CNJA 3BI5A 1GTHA 3CPJG 3QSSA 1JRYA 2YLWA 3NTDA 2WPFA 2FJDA 2Y6QA 4UP3A 4ICYA 4U2SA 2R46A 4CCRA 3Q6JA 1N4VA 2X8HA 1GNDA 1S3BA 2YG4A 3CNTA 5KVHA 4OPTA 2GQWA 1F8RA 3GMCA 3F8DA 3CNSA 1DXLA 5U63A 2XLSA 4JY3A 2BK5A 1Z6LA 1GALA 4O5UA 4U8OA 4DGKA 2R4EA 1L9EA 3B6DA 1BKWA 4FK1C 2YLZA 3GWFA 4JDRA 2FJAA 2B7RA 1PJ7A 2JKCA 2R0PA 4H4XA 1ZY8A 3AXBA 3KVEA 2E5VA 3SM8A 5JCIA 2APGA 5IQ1A 2JB3A 4K2XA 2TPRA 2R4JA 2GH5A 2GR2A 2YG3A 4TM3A 4Z2TA 3CGEA 1IUTA 3DJGX 1KNPA 3UOZA 3RP8A 2RGOA 4B66A 4ZCCA 5BVAA 4H4SA 4AP3A 4H2NA 3LB8A 2WP5A 2C3DA 1BZLA 1E6EA 2GMHA 1CJCA 2C75A 1ZKQA 1GRBA 2AQJA 4A9WA 3HZLA 5HY5A 2XVFA 1CJ3A 1IUWA 4CCQA 2GAGB 1GSNA 2BXSA 5JCMA 2WOWA 2R9ZA 1B4VA 2E1MA 2QCUA 1H84A 4H4UA 3NIXA 1EBDA 4GDEA 4AT0A 1TDOA 4TM0A 1H7WA 1GRHA 4IVMB 1H86A 4X9NA 1S3EA 1TYPA 1Y56A 1BF3A 2V60A 1EL9A 2JK6A 1S2YA 2JB2A 4IV9A 2BK3A 3BHFA 4GRTA 3ICSA 3LJPA 4APNA 4P9SA 1H82A 3AE8A 3NN0X 1LTXR 2TMDA 3AE6A 3UKAA 2ZBWA 4BV6A 4LA1A 1H83A 1PJ6A 3AEDA 4EMWA 5C3JA 4GCMA 4KPRA 3AEFA 2CFYA 3SGLA 4YSXA 1V59A 2C70A 2VVMA 3EF6A 1PHHA 2YM1A 1Q1WA 3DA1A 2VVLA 4IA6A 3GYJA 2YAUA 3FMWA 1EL8A 2VRLA 3EAOA 3UP4A 3RP7A 2WOIA 1NHQA 1OJ9A 2GB0A 3IHGA 1RP0A 3AEBA 3GMBA 4Y4MA 2J3NA 4BURA 2Q0LA 2C66A 2QA2A 2IIDA 4H2RA 1VQWA 1O5WA 3ATQA 1DJNA 4HA6A 3UOYA 4UDPA 1QJDA 4H4RA 3NN6X 1N4UA 5CQFA 3LADA 2F5ZA 4GDPA 2GF3A 4IVOB 4B69A 1B37A 1NENA 1TDEA 3I6DA 4C74A 4A6NB 1JRZA 4H2PA 1K0LA 3VR8A 4TLZA 3K7QX 2BS3A 1K0IA 1N1PA 1NEKA 3SFDA 3BHKA 4NTEA 3UTEA 1BGJA 2WOVA 1MO9A 1Q1RA 2GR1A 2C7GA 4YSZA 5DBJA 4K7ZA 2YG5A 2Q6UA 3ZYXA 4ZCDA 1XPQA 2OAMA 1QO8A 1REOA 4U8JA 4Y4NA 2JAEA 3D8XA 3NGCX 1FL2A 3V76A 2EQ9A 3VRDB 4K8DA 2BXRA 2R45A 1QLBA 2CULA 4RG4A 1MXTA 2WETA 4D03A 2V6OA 4JN9A 2YM2A 3GD3A 3GRTA 3PS9A 4EQRA 2ARDA 3AYIA 1M64A 3LZWA 2WP6A 5ER0A 4C3XA 1VG0A 3REDA 2JB1A 2A89A 1EL7A 2WPCA 1DNCA 3QVPA 5KOXA 3BI4A 4NEVA 1KSSA 4TLXA 4EMIA 4J33A 3P4QA 1ZOYA 3DGZA 3DK8A 3NRNA 1D4DA 1LQTA 2XFNA 3UP5A 4MJWA 3AE1A 2CDUA 2YWLA 3AE7A 4A79A 4H4ZA 4I58A 3II4A 2C64A 3URHA 4EQSA 2B9XA 2Z5XA 1KF6A 5HYMA 4KX6A 2C3CA 4K5RA 3AYLA 3CTYA 3ALLA 3BNMA 4EIPA 4CY8A 4OPLA 4Z43A 2WESA 3ALMA 3AE9A 5FS6A 5M0ZA 3AE5A 4EM3A 3NTAA 2YVFA 1IJHA 3IWAA 5FS7A 4BJZA 4C3YA 1PS9A 3K30A 1CL0A 1FEBA 1BWCA 2Q7VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1D5TA 2Q0KA 2C67A 1ZDLA 3IF9A 1PN0A 2BCPA 3L1RA 3ZDNA 1VDCA 3EANA 2OLNA 4GR1A 4LIIA 3S61A 5FMHA 1CF3A 1KFYA 4G9KA 2VVLG 4A99A 1D7LA 3V3OA 3C4NA 3CMMA 2Z5YA 3PVCA 3DMEA 2WU5A 2YR4A 4NTDA 4A6NA 2B76A 3ICRA 4TM1A 5KMPA 3DH9A 1NHRA 4OCGA 3UKKA 3P9UA 3M13A 1LPFA 1GEUA 1FOHA 4U2LA 5FS9A 3WE0A 1LVLA 4Z26A 3G5SA 3UKQA 2BRYA 2A8XA 2BS2A 3LZXA 4U8MA 3H8IA 1D7YA 1N4WA 4EIQA 4NWZA 4LU6A 4OPGA 4B1BA 2RGJA 4WCTA 1NHPA 2AAQA 2XFOA 4FX9A 1NHSA 2XLTA 4H4QA 3AWIA 4NEWA 1GT8A 1PBFA 3VR9A 3UOXA 3IC9A 4JNAA 1JNRA 1GETA 3FG2P 3F8PA 4B64A 1P2HA 2VQBA 4DSHA 2AR8A 1K0JA 1PXCA 3T31A 3SZCA 3FPZA 1KDGA 1EL5A 3CPHG 4AT2A 2EQ6A 1LQUA 1NG3A 2BABA 2BS4A 2OLOA 2XLUA 5C2TA 1IUSA 3CIRA 4XWZA 1IUVA 3SZFA 3KPFA 4FK1A 1K4QA 3SY4A 5LV9A 1O95A 1JNZA 3DK9A 4OPCA 3AD8B 3AE2A 3P4PA 1KSUA 3ADAB 2WS3A 4U2TA 3DJDA 3ITJA 3GYIA 3GD4A 3UKFA 2X3NA 3DJEA 5GRTA 4C77A 1ZK7A 2XFPA 2Y6RA 4H4VA 3KD9A 4A65A 5EOWA 1IUUA 2OA1A 1F6MA 5IPYA 2PHHA 4J36A 1ZMDA 4U8KA 1DODA 4WX1A 2BC1A 4U8NA 1F3PA 4J2WA 3VQRA 3H4KA 4EMJA 1GPEA 3GRSA 4H50A 1E7PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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