4U2T | Genus

Total Genus 178

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	178
sequence length	498
structure length	498
Chain Sequence	GYVPAVVIGTGYGAAVSALRLGEAGVQTLMLEMGQLWNQPGPDGNIFCGMLNPDKRSSWFKNRTEAPLGSFLWLDVVNRNIDPYAGVLDRVNYDQMSVYVGRGVGGGSLVNGGMAVEPKRSYFEEILPRVDSSEMYDRYFPRANSMLRVNHIDTKWFEDTEWYKFARVSREQAGKAGLGTVFVPNVYDFGYMQREAAGEVPKSALATEVIYGNNHGKQSLDKTYLAAALGTGKVTIQTLHQVKTIRQTKDGGYALTVEQKDTDGKLLATKEISCRYLFLGAGSLGSTELLVRARDTGTLPNLNSEVGAGWGPNGNIMTARANHMWNPTGAHQSSIPALGIDAWDNSDSSVFAEIAPMPAGLETWVSLYLAITKNPQRGTFVYDAATDRAKLNWTRDQNAPAVNAAKALFDRINKANGTIYRYDLFGTQLKAFADDFCYHPLGGCVLGKATDDYGRVAGYKNLYVTDGSLIPGSVGVNPFVTITALAERNVERIIKQDV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__405793150760339__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__405793150760339__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4U2T/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__405793150760339__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"405793150760339","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4U2T/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__405793150760339__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase, isomerase
source organism	Streptomyces sp.
publication title	High-resolution structures of cholesterol oxidase in the reduced state provide insights into redox stabilization. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Cholesterol oxidase
total genus	178
structure length	498
sequence length	498
ec nomenclature	ec 1.1.3.6: Cholesterol oxidase.
pdb deposition date	2014-07-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00732	GMC_oxred_N	GMC oxidoreductase
A	PF05199	GMC_oxred_C	GMC oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.410.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Cholesterol Oxidase; domain 2	Cholesterol Oxidase; domain 2	4u2tA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4u2tA01

2OAMA 2VRMA 3AE3A 3AEDA 3QVPA 2JB3A 1TRBA 2WDRA 4P9SA 4ECHA 5BRTA 4I58A 4M52A 3E1TA 1GRGA 1TYTA 1H7XA 1M64A 1Y0PA 5FMHA 3SGLA 2OLNA 1D4EA 1JU2A 4B1BA 3NK1X 4DSGA 3V3NA 5JCNA 2V60A 2WHDA 2WPCA 2X3NA 5KOWA 3NLCA 5ER0A 2AQJA 3AD9B 4H4WA 2I0ZA 1N1PA 4PAAA 3NK0X 3VQRA 4YSXA 2VZ2A 1PBDA 4D03A 2EQ6A 3LZWA 4H2PA 4CCRA 3NN6X 2B7RA 2X50A 4YSZA 3Q9TA 2X8GA 5LV9A 4B67A 3AECA 2BYBA 4Z43A 1B5QA 1L0VA 3ICTA 3FBSA 2GR3A 1NHRA 4CY6A 1TDFA 4NTCA 2AAQA 1K0LA 4USQA 4J33A 4XWZA 5BVAA 4H2NA 1CL0A 1E1NA 3CTYA 3G5SA 4DNAA 3QSEA 2R4JA 4IA6A 1EBDA 1MOKA 1ZKQA 2WOIA 1KFYA 4H4RA 4K22A 3EF6A 4EQXA 5GSNA 2XYOA 3V76A 3SM8A 3VRDB 1GESA 3QFAA 1LVLA 3AXBA 3BI2A 3DGZA 5L46A 1GRBA 1LTXR 3RHAA 5KWFA 4H4SA 4REKA 1FL2A 2C72A 4B69A 1F3PA 4C74A 4CRTA 4LA1A 4OCGA 2GMHA 3JSKA 1VG0A 1KNPA 1LV0A 2JB2A 2CVJA 2GB0A 1ONFA 5JCIA 3COXA 4K7ZA 1KSSA 1GOSA 3V3OA 1N4WA 4EQWA 3CPJG 2V5ZA 5KOXA 1OJAA 1AOGA 5J7XA 3ATRA 3CGDA 2PHHA 4RG4A 2BS2A 1GPEA 4BURA 5M0ZA 4JNAA 1Q1WA 1K4QA 1TDKA 1XPQA 2WQYA 4HB9A 4A65A 5EOWA 2CFYA 2ZZBA 4GUVA 1YQ4A 2B9XA 2JB1A 3DGHA 1X31B 2GR2A 4NTEA 4EMIA 2WDQA 1K0IA 1H84A 2ZZCA 2O9ZA 3P4SA 4NZHA 4J2WA 2XLTA 3IWAA 1P2HA 2B7SA 4RSLA 3CGEA 5JCKA 3GMBA 4GF7A 4GR1A 3UKKA 2E1MA 3BI4A 1GALA 1GEUA 5HHFA 1CBOA 3QFBA 1ZK7A 3IF9A 1ZOVA 1RYIA 4ZCDA 3F8PA 2FJBA 3RP6A 2YQUA 2XLUA 1P2EA 3LADA 1BKWA 2A89A 4EM3A 1LQTA 3AE6A 2WESA 2BCGG 4TLXA 4EQRA 1DOCA 2C64A 2CDUA 2IVDA 4H4UA 4AOSA 1H82A 5FS6A 3M12A 5JCMA 1VDCA 5KVHA 1DNCA 3GDNA 4APNA 2WU2A 3FG2P 1YQ3A 1IUWA 4NTDA 4C5OA 5GRTA 4TM1A 3B6DA 3ICRA 1B37A 4OPDA 1E6EA 1NENA 3KPFA 3C4AA 1GTHA 3QSSA 4UDQA 4C77A 3H8IA 5BUKA 2XDOA 2XLPA 3UOYA 3T37A 2BC0A 4JDRA 1GRAA 4AOXA 3IC9A 1NHSA 5IPYA 1ZY8A 1OJTA 3NNEA 2TMDA 1JRYA 2QCUA 1CJ3A 1S2YA 3LJPA 1IUSA 1CC2A 3II4A 3UCLA 1ZDLA 1S3EA 1DOEA 3OZ2A 4ICYA 3K30A 2XVEA 2GAGB 4O5UA 3NYEA 3NYCA 1YKJA 2X8HA 2E4GA 3C96A 4EMWA 4EQSA 1BWCA 4Z2RA 2ZZ0A 3KU9A 4K5RA 4U8OA 3VRBA 1V59A 1NAAA 2ARDA 2Q0KA 4YTMA 4I59A 1JEHA 1N4UA 4BJZA 2R4EA 3BNUA 2C73A 1CC4A 1F8WA 4GDEA 1W4XA 3AD7B 2FJEA 1CHUA 1FECA 2BABA 4H4TA 4RG3A 1XDIA 3UTEA 4CNKA 2YG5A 1Y56A 3ZDNA 4U8IA 2BS3A 3HZLA 1JOAA 1M6IA 3CPIG 2Y6QA 2J3NA 1H86A 2IVEA 5CKUA 2YM2A 2Q6UA 3UKLA 4J36A 2R0GA 1E1MA 3NKSA 1GTEA 2C76A 3PO7A 2VVLG 4MJWA 4BK2A 4CNJA 2W0HA 3CPHG 1BGNA 1E39A 2NPXA 2V6OA 4J34A 4J56A 4ADWA 4XWRA 1DXLA 2YLZA 1O5WA 1NEKA 5C3JA 1DJQA 4H4XA 1RSGA 2APGA 1E7PA 2F5ZA 4BJYA 1KSUA 2GH5A 1H81A 2YM1A 4X9MA 5HXIA 2C75A 2YVGA 4LIIA 1FOHA 5C2TA 1Q9IA 2JBVA 4YXDA 4FK1A 3RP8A 2ZBWA 3CGCA 1ZMCA 3AE7A 5FS9A 2BACA 2C7GA 1JNZA 4H2RA 1YQZA 3FIMB 3GMCA 3ATQA 4BK1A 1CF3A 3NH3X 3DJJA 2WS3A 1YY5A 2JKCA 4YKFA 1COYA 1QLBA 4Y4LA 1EL9A 3P4RA 3QJ4A 1F6MA 1S3BA 2FBWA 3LXDA 2EQ7A 4H2QA 5M10A 4CCQA 1F8RA 3CIRA 2WPEA 1GNDA 4CY8A 1CJ4A 2UZZA 3CNTA 1GT8A 1Y56B 4AT2A 1E1LA 3VR9A 4K5SA 1GERA 2DKHA 2GRTA 1OJCA 1DODA 2B76A 3S61A 4AP1A 3QSMA 2RGHA 1BGJA 1E1KA 1JRZA 4H7UA 3NTAA 2H88A 3VR8A 3ALMA 3DK4A 1TYPA 1L9DA 3O0HA 4E0VA 1D7YA 3CNPA 2GEWA 3P9UA 1Q1RA 2JAEA 3LB8A 3SQPA 2VVLA 5BULA 2XVFA 1EL7A 1PS9A 2YLSA 2XCGA 3KKJA 4IA5A 5EBKA 3S5WA 3EPTA 3CGBA 5IQ4A 4JN9A 1ZX9A 3G5RA 3AYIA 3AE5A 3L1RA 4J31A 4Y4MA 1UKVG 4YKGA 2QAEA 3R9UA 3CNJA 3DA1A 4YSYA 1FCDA 3UOZA 5EB5A 1MXTA 5HYMA 1PJ6A 1IUXA 3UKHA 4A6NB 4USRA 3AD8B 4TM0A 2GQWA 3AB1A 1EL5A 1SEZA 3DK9A 3NG7X 1GRTA 5FS8A 1L9EA 3KLJA 3RP7A 1B4VA 3K7MX 3AE9A 2YG7A 2E5VA 4GDPA 4OPCA 1KDGA 4YSHA 1NHPA 2XFNA 3UKPA 4B65A 3AWIA 4A7AA 3DJGX 4Y4NA 1MO9A 1N4VA 3SFEA 1ELIA 4B63A 4B68A 3REDA 4GRTA 3DJDA 3GYJA 2A8XA 2WOWA 4JY3A 4U8NA 3I3LA 3H4KA 3UOVA 3AE4A 4JQ9A 3AEAA 2Z5XA 3EANA 2TPRA 3F8DA 3L8KA 2JK6A 3GDPA 5TR3A 3UKQA 3WE0A 4DGKA 5J60A 3D8XA 1O94A 1F8SA 1PBEA 2WU5A 4N9XA 1D4DA 1QO8A 3GWFA 5EB4A 4D04A 4UDRA 2VQBA 5HY5A 2XLRA 1B8SA 1H6VA 1PN0A 4Z25A 3ICSA 1IUTA 3LOVA 4OPUA 2FJAA 4TM3A 3I6DA 2BK3A 4H4PA 2YR5A 1H7WA 4H4ZA 4EMJA 3KVEA 4U8LA 3ITJA 3ADAB 3GRSA 2XFQA 4U2SA 1BF3A 2NVKX 3UTGA 4C3YA 4Z26A 3UKAA 1KNRA 3ALJA 4AT0A 1ZP0A 4U8KA 1GRFA 2XLSA 4O5QA 4UP3A 4YT0A 2V3AA 3LZXA 3GD3A 4UDPA 2WOVA 1ZMDA 3GWDA 2GMJA 4WCTA 2EQ8A 2PYXA 2DKIA 1PXCA 2Q0LA 3ISHA 1D5TA 4FK1C 3ALLA 3CNDA 4KX6A 1GREA 1PBBA 4LU6A 2R45A 2GAHB 3AEEA 1LJ1A 5FS7A 2X99A 2VOUA 1O95A 1XHCA 2VQ7A 1H83A 4FX9A 2GVCA 3K7TA 2YVJA 2Q7VA 3NK2X 5KVIA 2CULA 2WP9A 4NEWA 3BHFA 4ZCCA 2YLTA 1GV4A 1TDNA 4ZN0A 1KF6A 3DJEA 4IVMB 1BZLA 2WDVA 1PBFA 1PXBA 3CN8A 2Z5YA 2GR0A 3H8LA 4OPLA 5KRQA 3AEFA 1QJDA 4U8PA 3NHOX 2H89A 3NTDA 4A6NA 4B66A 2BS4A 3UP4A 4H4VA 4U2LA 1TDEA 1TDOA 2AR8A 2YR6A 3NN0X 2YWLA 4X9NA 2WETA 2IIDA 2C66A 4BK3A 3NYFA 2XFOA 2OLOA 1FEAA 2XVJA 4X4JA 1D7LA 1NDAA 4A79A 5U63A 3SFDA 4Z24A 3CNSA 3BI5A 3AYJA 3DK8A 1IJHA 1Z6LA 3PS9A 4KPRA 3NRNA 2BK5A 3BHKA 2X8CA 2XFPA 1GSNA 3GYIA 3AE8A 3QVRA 3UP5A 4HA6A 1GXFA 1VQWA 1PDHA 4OPTA 3AEGA 1LQUA 1JRXA 1XANA 4U2TA 2GQFA 3K7QX 3P1WA 1NHQA 3M0OA 2BCPA 1NG3A 1PJ5A 4H50A 4DSHA 3NIXA 4A9WA 3D1CA 2FJDA 3AYLA 3URHA 1IUUA 1CJCA 2QA2A 4NEVA 3UKFA 2GV8A 4B64A 2RGJA 2WP6A 2R46A 2C70A 2VRLA 3KD9A 4YTNA 2YVFA 2YG6A 4C3XA 1REOA 4YWOA 3AEBA 1VRQB 2XFUA 3P4PA 4H4QA 1HYUA 3BNMA 3GRTA 4U8JA 1RP0A 1OJDA 2YLWA 3AE2A 2EQ9A 3C4NA 2QA1A 3M13A 2XVHA 2B9YA 4IVOB 4IV9A 1CC6A 5CQFA 5U25A 2A87A 2C3DA 4JNQA 3ZYXA 2R0CA 3KA7A 2R0PA 1DJNA 4J57A 5KXJA 1L9CA 3B3RA 2GR1A 2Y6RA 4CBQA 3RNMA 1FEBA 2ACZA 3IHMA 3UTFA 4A99A 2XVIA 2VVMA 5U1OA 4EIPA 1K0JA 2YLRA 4K8DA 1PBCA 3NT6A 1JNRA 3DMEA 3F8RA 1VG9A 4Z2TA 1GETA 1ZOYA 4Z44A 4XXGA 2GF3A 2OA1A 3Q6JA 4OPGA 1S2QA 4BV6A 2BA9A 4YTPA 3GD4A 4TLZA 4EIQA 2C65A 2YR4A 2WEUA 4GCMA 4PABA 4EM4A 2R9ZA 4JY2A 2YAUA 3AE1A 3G5QA 3OC4A 1IUVA 1EL8A 2BK4A 3FMWA 3PVCA 1PJ7A 2V61A 1NG4A 3ABVA 3P4QA 5JCLA 1GRHA 2OALA 1NPXA 4Z2UA 2WP5A 1D4CA 1PHHA 1PXAA 2C3CA 2YLXA 4OPIA 3NGCX 4K2XA 4OVIA 4U8MA 4WX1A 5IQ1A 2B9WA 1OJ9A 4A5LA 2WPFA 2BC1A 3UTHA 3VRAA 2HQMA 3FPZA 4TM4A 2BXSA 2YG3A 5DBJA 2C67A 3DH9A 1DOBA 4H4YA 1CJ2A 3GSIA 4FDCB 3IHGA 4AP3A 2V3BA 1LPFA 2RGOA 2BXRA 2WBAA 2YG4A 3UOXA 2RABA 3EAOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2OAMA 2VRMA 3AE3A 3AEDA 3QVPA 2JB3A 1TRBA 2WDRA 4P9SA 4ECHA 5BRTA 4I58A 4M52A 3E1TA 1GRGA 1TYTA 3T2ZA 1H7XA 1M64A 1Y0PA 5FMHA 3SGLA 2OLNA 1JU2A 1D4EA 4B1BA 3NK1X 4DSGA 3V3NA 5JCNA 2V60A 2WHDA 2WPCA 2X3NA 5KOWA 3NLCA 5ER0A 2AQJA 3AD9B 4H4WA 2I0ZA 3SZCA 1N1PA 4PAAA 3NK0X 3VQRA 4YSXA 2VZ2A 1PBDA 4D03A 2EQ6A 3LZWA 4H2PA 4CCRA 3NN6X 2B7RA 2X50A 4YSZA 3Q9TA 2X8GA 5LV9A 4B67A 3AECA 2BYBA 4Z43A 1B5QA 1L0VA 3SY4A 3ICTA 3FBSA 2GR3A 1NHRA 4CY6A 1TDFA 5KMSA 4NTCA 2AAQA 1K0LA 4USQA 4J33A 4XWZA 5BVAA 4H2NA 1CL0A 1E1NA 3CTYA 3G5SA 4DNAA 3QSEA 2R4JA 4IA6A 1EBDA 1MOKA 1ZKQA 2WOIA 1KFYA 4H4RA 4K22A 3EF6A 4EQXA 5GSNA 2XYOA 3V76A 3SM8A 3VRDB 1GESA 3QFAA 1LVLA 3SZ0A 3AXBA 3BI2A 3DGZA 5L46A 1GRBA 1LTXR 3RHAA 5KWFA 4H4SA 4REKA 4GAPA 1FL2A 2C72A 4B69A 1F3PA 4C74A 4CRTA 4LA1A 4OCGA 2GMHA 3JSKA 1VG0A 1KNPA 1LV0A 2JB2A 2CVJA 2GB0A 1ONFA 5JCIA 5KMRA 3COXA 4K7ZA 1KSSA 1GOSA 3V3OA 1N4WA 4EQWA 3CPJG 2V5ZA 5KOXA 1OJAA 1AOGA 5J7XA 3ATRA 3CGDA 2PHHA 4RG4A 2BS2A 1GPEA 4BURA 4Z26A 5M0ZA 4JNAA 1Q1WA 1K4QA 1TDKA 1XPQA 2WQYA 4HB9A 4A65A 5EOWA 2CFYA 2ZZBA 4GUVA 1YQ4A 2B9XA 2JB1A 4II2A 3DGHA 1X31B 2GR2A 4NTEA 4EMIA 2WDQA 1K0IA 1H84A 2ZZCA 2O9ZA 3P4SA 4NZHA 4J2WA 2XLTA 3IWAA 1P2HA 4G9KA 2B7SA 4RSLA 4NWZA 2BRAA 3CGEA 5JCKA 3GMBA 4GF7A 4GR1A 3UKKA 2E1MA 3BI4A 1GALA 1GEUA 5HHFA 1CBOA 3QFBA 1ZK7A 3IF9A 1ZOVA 1RYIA 4ZCDA 3F8PA 3SYIA 2FJBA 3RP6A 2YQUA 2XLUA 1P2EA 3LADA 1BKWA 2A89A 5KMQA 4EM3A 1LQTA 3AE6A 2WESA 2BCGG 4TLXA 4EQRA 1DOCA 2C64A 2CDUA 2IVDA 4H4UA 4AOSA 1H82A 5FS6A 3M12A 5JCMA 1VDCA 5KVHA 1DNCA 3GDNA 4APNA 2WU2A 3FG2P 1YQ3A 1IUWA 4NTDA 4C5OA 5GRTA 4TM1A 3B6DA 3ICRA 1B37A 4OPDA 1E6EA 1NENA 3KPFA 3C4AA 1GTHA 3QSSA 4UDQA 4C77A 3H8IA 5BUKA 2XDOA 2XLPA 3UOYA 3T37A 2BC0A 4JDRA 1GRAA 4AOXA 3IC9A 1NHSA 5IPYA 1ZY8A 3NNEA 1OJTA 2TMDA 1JRYA 2QCUA 3LJPA 1CJ3A 1S2YA 1IUSA 1CC2A 3II4A 3UCLA 1ZDLA 1S3EA 1DOEA 3T2KA 3OZ2A 4ICYA 3K30A 2XVEA 2GAGB 4O5UA 3NYEA 3NYCA 1YKJA 2X8HA 2E4GA 3C96A 4EMWA 4EQSA 1BWCA 4Z2RA 2ZZ0A 3KU9A 4K5RA 4U8OA 3VRBA 1V59A 1NAAA 2ARDA 2Q0KA 4YTMA 4I59A 1JEHA 1N4UA 4BJZA 5KMPA 2R4EA 3BNUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4U2TA

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