The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
123
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sequence length |
391
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structure length |
391
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Chain Sequence |
MNHFDTIIIGGGPAGMMATISSSFYGQKTLLLEKNKRLGKKLAGTGGGRCNVTNNGNLDDLMAGIPGNGRFLYSVFSQFDNHDIINFFTENGVKLKVEDHGRVFPVTDKSRTIIEALEKKIAELGGTVITNTEIVSVKKTDELFTVRSSDQAWTCQKLIVTTGGKSYPSTGSTGFGHDIARHFKHTVTDLEAAESPLLTDFPHKALQGISLDDVTLSYGKHIITHDLLFTHFGLSGPAALRLSSFVKGGETIYLDVLPQMSQQDLADFLEEHREKSLKNCLKILLPERIADFFTQPFPEKVKQLNLSEKEALIKQIKELPISVTGKMSLAKSFVTKGGVSLKEINPKTLESKLVPGLHFAGEVLDINAHTGGFNITSALCTGWVAGSLHYD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Aminoacetone Oxidase from Streptococcus Oligofermentas Belongs to a New Three-Domain Family of Bacterial Flavoproteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Streptococcus oligofermentans
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| molecule keywords |
L-AMINO ACID OXIDASE
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| total genus |
123
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| structure length |
391
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| sequence length |
391
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
1.1.3.2: Transferred entry: 1.13.12.4. |
| pdb deposition date | 2014-01-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03486 | HI0933_like | HI0933-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AD8 B; 4H4Q A; 2WP9 A; 4APN A; 1ELI A; 2AQJ A; 3ITJ A; 4J57 A; 3GWD A; 2Q0K A; 2YVF A; 3NLC A; 4EMW A; 5BVA A; 3UOZ A; 2X8G A; 1IUX A; 4U8P A; 4YT0 A; 1GRA A; 4BK2 A; 3LJP A; 2ACZ A; 3F8P A; 5BUL A; 4OPC A; 1E1M A; 4YSH A; 1GER A; 1PJ7 A; 4B65 A; 3P1W A; 2CUL A; 1CL0 A; 2GMJ A; 2OLN A; 3NTD A; 2YAU A; 4ICY A; 4CRT A; 1YY5 A; 1NHQ A; 1B8S A; 3M13 A; 3AEA A; 1PXB A; 4AP3 A; 3NK2 X; 1YQZ A; 2H88 A; 2V5Z A; 3B6D A; 4U8I A; 4UDP A; 3AYI A; 4K7Z A; 1JEH A; 2X8H A; 3KD9 A; 2GB0 A; 1LQU A; 3LZW A; 1LPF A; 2A87 A; 3M0O A; 1COY A; 2V3B A; 2Z5Y A; 1JRX A; 1H7W A; 3UTE A; 3NNE A; 1KNP A; 2QA2 A; 1PXC A; 2C64 A; 1VQW A; 1NG3 A; 2WHD A; 2OAL A; 3V3N A; 1BGJ A; 1IUW A; 2Q0L A; 3COX A; 2XLS A; 1OJC A; 2EQ8 A; 4UDR A; 4A99 A; 3DJE A; 3H4K A; 3BNM A; 1PBF A; 3UTF A; 4CCQ A; 2X8C A; 1PBD A; 3V76 A; 1BGN A; 4OPI A; 2Z5X A; 3CGD A; 1B37 A; 1FEA A; 1DOC A; 3DK4 A; 3SQP A; 1FL2 A; 2WU2 A; 1D4C A; 4H4T A; 2C75 A; 2WBA A; 1Y0P A; 2Y6R A; 4X9M A; 3URH A; 3P4R A; 4U8J A; 5JCK A; 4FX9 A; 3K7M X; 2X50 A; 2XFN A; 2GVC A; 3T37 A; 1DNC A; 4BK3 A; 5TR3 A; 2XLT A; 2YG7 A; 1XHC A; 2VVL G; 4A9W A; 2JBV A; 3H8I A; 1E1K A; 1RYI A; 2WEU A; 2WU5 A; 4U8N A; 2BYB A; 4YTN A; 3K7Q X; 5KOX A; 2XVH A; 1YQ4 A; 2ARD A; 2XVJ A; 1YKJ A; 4XWZ A; 4JNQ A; 3NH3 X; 1GV4 A; 4RG3 A; 1ONF A; 4REK A; 5J7X A; 2V3A A; 3QSE A; 3UKL A; 1PBE A; 5KOW A; 1TDK A; 3BHF A; 1O94 A; 2B9W A; 1ZOV A; 4LU6 A; 4EM3 A; 2GEW A; 1VRQ B; 3ZDN A; 1B5Q A; 1FEC A; 2XLR A; 3AB1 A; 2R0G A; 3LAD A; 2GAG B; 1JOA A; 3AE7 A; 3IHG A; 1QLB A; 3NK1 X; 1GXF A; 3AE4 A; 2O9Z A; 1RP0 A; 3AE5 A; 3CPI G; 2FJE A; 2YR5 A; 2VRL A; 3BNU A; 3NYE A; 5HHF A; 1TDN A; 2GF3 A; 2AAQ A; 3DJG X; 5HY5 A; 3ICR A; 1H82 A; 1E1N A; 2VVL A; 2XFQ A; 3CPH G; 3ISH A; 3NTA A; 3P4Q A; 5KXJ A; 1LV0 A; 2B76 A; 4A65 A; 1Q1W A; 2WPF A; 3CNS A; 4ECH A; 4Z24 A; 4EQX A; 4TM3 A; 4NTD A; 2TMD A; 3UOY A; 1GEU A; 4H4R A; 1N4U A; 5BRT A; 2BS3 A; 1PBB A; 4J34 A; 2E5V A; 2WES A; 1KFY A; 4H4Z A; 4CBQ A; 1NEK A; 2R0P A; 2J3N A; 2B7R A; 4OPT A; 2GMH A; 2C67 A; 4WCT A; 2WDQ A; 2XVI A; 2YLR A; 1D4D A; 4RSL A; 2CDU A; 1E1L A; 1OJT A; 3II4 A; 2YLZ A; 3I6D A; 2XDO A; 3UP5 A; 3L8K A; 4E0V A; 1BKW A; 3G5Q A; 2H89 A; 3Q6J A; 3VR9 A; 2NVK X; 1K0L A; 3AEB A; 3BI2 A; 1S2Y A; 3NHO X; 2YVG A; 2BXR A; 4OPU A; 4IVO B; 2XYO A; 1OJA A; 3CGC A; 5EOW A; 2BK4 A; 4M52 A; 1L0V A; 4Z43 A; 2YM1 A; 1K4Q A; 2EQ9 A; 1JU2 A; 3Q9T A; 1ZOY A; 2V6O A; 3G5R A; 1BF3 A; 4ZCC A; 3P4S A; 4FDC B; 3NN6 X; 1GPE A; 2R46 A; 4USR A; 4A79 A; 1GTE A; 1S2Q A; 1PXA A; 5U1O A; 1GET A; 4GUV A; 3PS9 A; 2IID A; 2Q7V A; 1Y56 B; 4J31 A; 3VRB A; 3S61 A; 3RP8 A; 3AE3 A; 4Y4M A; 4GR1 A; 3P9U A; 2GR0 A; 2FJB A; 3NYF A; 3DGH A; 1SEZ A; 1KSS A; 3VR8 A; 2BS4 A; 1XDI A; 4EM4 A; 1F8S A; 3NK0 X; 2BCP A; 3QFA A; 4IVM B; 2C3C A; 3D1C A; 1TDF A; 1NAA A; 1ZMD A; 4GDP A; 1Q9I A; 1PBC A; 3GYI A; 4K2X A; 1GOS A; 3OZ2 A; 3ALL A; 4ZN0 A; 1GTH A; 1DOD A; 1VG0 A; 2GQF A; 1XAN A; 3NYC A; 1VG9 A; 2YLS A; 4IV9 A; 1NHP A; 3AE6 A; 5EB4 A; 3JSK A; 5FS7 A; 1YQ3 A; 2XCG A; 4NTC A; 3VRD B; 2VVM A; 1S3B A; 1L9D A; 2XFP A; 4CY8 A; 2QAE A; 4NTE A; 4Z2T A; 3RP6 A; 1CJ2 A; 2R4E A; 2C72 A; 1PDH A; 4JDR A; 2NPX A; 2E4G A; 5KVI A; 2YR6 A; 2BCG G; 2Y6Q A; 3DJD A; 2BAC A; 4Z44 A; 3O0H A; 4U8L A; 4CNJ A; 1BWC A; 4B1B A; 1F6M A; 4A6N B; 5KWF A; 3I3L A; 3KKJ A; 1DOE A; 2GR3 A; 3FMW A; 2R0C A; 3AWI A; 2IVE A; 3GDN A; 1L9C A; 3UTH A; 2YG3 A; 3UKA A; 5KVH A; 1LTX R; 4B63 A; 1ZK7 A; 4TM1 A; 4H4W A; 1GES A; 4EMI A; 1TDO A; 1N4W A; 3GWF A; 4C3X A; 1P2H A; 3AE2 A; 5KRQ A; 3CGB A; 1GRB A; 4A5L A; 3ALJ A; 1NDA A; 3LZX A; 2WPC A; 3DH9 A; 2X99 A; 1D4E A; 1TYT A; 4OCG A; 4EQW A; 3C4N A; 2BA9 A; 3AYJ A; 3S5W A; 1KF6 A; 2B9X A; 2R9Z A; 2V60 A; 1N1P A; 4BK1 A; 1VDC A; 3GSI A; 1ZX9 A; 4NEV A; 1GRT A; 3KVE A; 1IUU A; 2WOI A; 4H2P A; 4TM4 A; 5ER0 A; 2BK5 A; 2R4J A; 3SM8 A; 2WQY A; 2UZZ A; 1CF3 A; 2GAH B; 4H4V A; 3LXD A; 3RHA A; 4TLZ A; 2C66 A; 2BS2 A; 2VOU A; 2ZBW A; 4JQ9 A; 2AR8 A; 4NZH A; 3EPT A; 4JY2 A; 1TDE A; 4K5R A; 3GRT A; 1UKV G; 2R45 A; 4D04 A; 3IWA A; 2YLX A; 5U25 A; 4DSH A; 2OA1 A; 1E6E A; 2RAB A; 3NN0 X; 3GRS A; 2C3D A; 2GH5 A; 4MJW A; 2HQM A; 4U2T A; 1PHH A; 2JAE A; 4OVI A; 1CC4 A; 4FK1 C; 1AOG A; 5J60 A; 2OAM A; 3QFB A; 1H83 A; 1D7L A; 4UDQ A; 5CQF A; 1F8R A; 1TRB A; 1K0J A; 2WP5 A; 3HZL A; 2WOV A; 2GV8 A; 3DK9 A; 2TPR A; 3ATR A; 3DA1 A; 3EAN A; 3F8R A; 3RP7 A; 1CJC A; 1X31 B; 2YG4 A; 5IPY A; 3G5S A; 5U63 A; 4BJZ A; 4JN9 A; 3CGE A; 4EIQ A; 2B9Y A; 3LOV A; 3LB8 A; 1H81 A; 1GSN A; 4X9N A; 4AT0 A; 2BC1 A; 4DSG A; 4D03 A; 4Z25 A; 1NEN A; 4I58 A; 1RSG A; 2GQW A; 3AXB A; 1N4V A; 4H2Q A; 3ICT A; 4U2S A; 1IUS A; 1JNR A; 2X3N A; 3AD7 B; 3OC4 A; 5DBJ A; 5HYM A; 2C70 A; 5EB5 A; 3CIR A; 2C73 A; 5FS6 A; 4B68 A; 4CNK A; 4YSY A; 3BI5 A; 1EL7 A; 3ABV A; 3PVC A; 4AT2 A; 5JCI A; 4DGK A; 1O95 A; 1FEB A; 2PYX A; 2RGH A; 2WDV A; 4ADW A; 2YLW A; 4O5U A; 5HXI A; 5BUK A; 2PHH A; 4A7A A; 4YKG A; 2JB2 A; 2YR4 A; 4YSZ A; 1MOK A; 4U8M A; 3KA7 A; 2BAB A; 4PAA A; 2WOW A; 3AEC A; 3E1T A; 4BUR A; 1DXL A; 4EMJ A; 2WET A; 2JB3 A; 4GF7 A; 1IUV A; 3FG2 P; 3ADA B; 3NIX A; 4UP3 A; 5LV9 A; 2YG5 A; 4WX1 A; 3C4A A; 4EQS A; 2V61 A; 3CNP A; 2A8X A; 3QSM A; 4GCM A; 4K8D A; 4C5O A; 1ZP0 A; 4Y4L A; 3UKP A; 2BK3 A; 3CNT A; 4H7U A; 3KLJ A; 4KX6 A; 2EQ7 A; 3UCL A; 4LA1 A; 3IC9 A; 4XWR A; 4H50 A; 1H86 A; 4NEW A; 1ZMC A; 3CTY A; 1GRF A; 2DKI A; 4N9X A; 3R9U A; 1CJ3 A; 4TLX A; 2WP6 A; 1Q1R A; 4C3Y A; 1MXT A; 3QJ4 A; 4H2N A; 1CC6 A; 3KPF A; 4AOX A; 1EL9 A; 4Z26 A; 2YG6 A; 2CFY A; 2VZ2 A; 1GAL A; 3CN8 A; 3DGZ A; 3PO7 A; 3UKK A; 1KSU A; 4B64 A; 1EBD A; 1KDG A; 4H4Y A; 4Z2R A; 3AE9 A; 4O5Q A; 2DKH A; 1GRH A; 1HYU A; 2YM2 A; 2ZZC A; 3QVR A; 4YSX A; 3NGC X; 4XXG A; 2QA1 A; 1EL8 A; 3GD4 A; 1JRZ A; 1PS9 A; 1GRE A; 1BZL A; 1QJD A; 3ATQ A; 1JNZ A; 3VQR A; 3WE0 A; 4HA6 A; 1P2E A; 4H4X A; 1TYP A; 4BJY A; 3F8D A; 4U8K A; 3KU9 A; 1CJ4 A; 3BI4 A; 4YKF A; 3DK8 A; 5FMH A; 2ZZ0 A; 2C76 A; 1CC2 A; 1MO9 A; 2YWL A; 3NRN A; 3GYJ A; 5C3J A; 2C7G A; 3UOX A; 4DNA A; 3SGL A; 4BV6 A; 2JKC A; 3EAO A; 2ZZB A; 3L1R A; 4KPR A; 4X4J A; 4IA6 A; 4ZCD A; 4K5S A; 3RNM A; 2APG A; 1DJN A; 5GSN A; 3ICS A; 3RED A; 1E39 A; 2YLT A; 4YTP A; 3AYL A; 2OLO A; 2GR1 A; 4H4P A; 5FS8 A; 4EQR A; 1FCD A; 4LII A; 1F8W A; 1H6V A; 2Q6U A; 1V59 A; 1OJD A; 4H4S A; 1GND A; 2FJA A; 3BHK A; 1B4V A; 5M10 A; 2QCU A; 1REO A; 2GR2 A; 2IVD A; 3CND A; 3ALM A; 4USQ A; 2EQ6 A; 1Z6L A; 4FK1 A; 3UKQ A; 2CVJ A; 5IQ1 A; 3NKS A; 3AE1 A; 2XVE A; 4J36 A; 2JB1 A; 5EBK A; 1DJQ A; 4U2L A; 2FBW A; 3GDP A; 4K22 A; 3AEG A; 2XLP A; 2A89 A; 2C65 A; 2E1M A; 4OPD A; 4P9S A; 2VQB A; 3V3O A; 4OPG A; 1NHR A; 2XFO A; 2BXS A; 3FPZ A; 1Y56 A; 3ZYX A; 5FS9 A; 2GRT A; 1EL5 A; 1M6I A; 3B3R A; 3D8X A; 3IF9 A; 4AP1 A; 2RGO A; 2BC0 A; 1L9E A; 1GT8 A; 1NPX A; 3K30 A; 4YXD A; 4RG4 A; 1K0I A; 2JK6 A; 1CHU A; 1H7X A; 4J33 A; 3AE8 A; 1FOH A; 4GRT A; 4OPL A; 3H8L A; 1QO8 A; 4CY6 A; 3GMB A; 4J56 A; 1JRY A; 1M64 A; 1NHS A; 1E7P A; 5JCN A; 4JNA A; 4C77 A; 2WS3 A; 1S3E A; 1XPQ A; 4Z2U A; 4H2R A; 5IQ4 A; 3AEF A; 3EF6 A; 1KNR A; 1H84 A; 4C74 A; 2RGJ A; 1IUT A; 4JY3 A; 1GRG A; 3FIM B; 3CNJ A; 1ZKQ A; 2YQU A; 2VRM A; 2F5Z A; 1D5T A; 4B67 A; 4EIP A; 4I59 A; 1W4X A; 1DOB A; 1IJH A; 3IHM A; 4U8O A; 5C2T A; 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3NK2 X; 1YQZ A; 2H88 A; 2V5Z A; 3B6D A; 4U8I A; 4UDP A; 3AYI A; 4K7Z A; 1JEH A; 2X8H A; 3KD9 A; 2GB0 A; 1LQU A; 3LZW A; 1LPF A; 2A87 A; 3M0O A; 1COY A; 2V3B A; 2Z5Y A; 1JRX A; 1H7W A; 3UTE A; 3NNE A; 1KNP A; 2QA2 A; 1PXC A; 2C64 A; 1VQW A; 1NG3 A; 2WHD A; 2OAL A; 3V3N A; 1BGJ A; 1IUW A; 2Q0L A; 3COX A; 3KPK A; 2XLS A; 1OJC A; 2EQ8 A; 4UDR A; 4A99 A; 3DJE A; 3H4K A; 3BNM A; 1PBF A; 3UTF A; 4CCQ A; 2X8C A; 1PBD A; 3V76 A; 1BGN A; 4OPI A; 2Z5X A; 3CGD A; 1B37 A; 1FEA A; 1DOC A; 3DK4 A; 3SQP A; 1FL2 A; 2WU2 A; 3SZC A; 1D4C A; 4H4T A; 5KMQ A; 4G6H A; 2C75 A; 2WBA A; 1Y0P A; 2Y6R A; 4X9M A; 3URH A; 3P4R A; 4U8J A; 5JCK A; 4FX9 A; 3K7M X; 2X50 A; 4NWZ A; 2XFN A; 2GVC A; 3T37 A; 1DNC A; 4G6G A; 5TR3 A; 4BK3 A; 2XLT A; 2YG7 A; 1XHC A; 2VVL G; 4A9W A; 2JBV A; 3H8I A; 1E1K A; 1RYI A; 2WEU A; 2WU5 A; 4U8N A; 2BYB A; 4YTN A; 3K7Q X; 5KOX A; 2XVH A; 1YQ4 A; 2ARD A; 2XVJ A; 1YKJ A; 4XWZ A; 4JNQ A; 3NH3 X; 1GV4 A; 4RG3 A; 1ONF A; 4REK A; 5J7X A; 5KMR A; 2V3A A; 4II2 A; 3QSE A; 3T2Z A; 1PBE A; 3UKL A; 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