5IPY | Genus

Total Genus 155

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	155
sequence length	445
structure length	445
Chain Sequence	KRVAVIGAGPSGLAQLRAFQSAADQGAEIPEIVCFEKQANWGGLWNYTWRTGLDENGEPVHCSMYRYLWSNGPKEGLEFADYSFEEHFGKQIASYPPRAVLFDYIEGRVHKADVRKWIRFNSPVRWVSYDAETAKFTVTAHNHETDSTYSAAFDHVICASGHFSTPNVPFYEGFDTFNGRIVHAHDFRDAREFEGKDVLVMGASYSAEDIGSQCWKYGAKSITSCYRSAPMGYAWPDNWEEKPALEKLTGKTAHFADGSTRDVDAIILCTGYKHFFSFLPDDLRLKTANRLATADLYKGVAYVHNPAMFYLGMQDQWFTFNMFDAQAWWVRDAILGRITLPKDKAAMLADVAERETREEASDDVKYAIRYQADYVKELVAETDYPSFDIDGACDAFFEWKKHKAKDIMAFRDNSYKSVITGTMAPVHHTPWKEALDDSMEAYLQN

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3927160690070841__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3927160690070841__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5IPY/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3927160690070841__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3927160690070841","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5IPY/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3927160690070841__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Flavoprotein
source organism	Roseovarius nubinhibens (strain atcc baa-591 / dsm 15170 / ism)
publication title	Structural mechanism for bacterial oxidation of oceanic trimethylamine into trimethylamine N-oxide pubmed doi rcsb
molecule keywords	Flavin-containing monooxygenase
total genus	155
structure length	445
sequence length	445
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-03-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00743	FMO-like	Flavin-binding monooxygenase-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	5ipyA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	5ipyA02

3EF6A 4YTPA 1GNDA 4PAAA 1BGNA 1NHPA 2E5VA 3KVEA 4Z2UA 5KVIA 3NKSA 4O5QA 1NHSA 2Y6QA 1ZY8A 2WOVA 1N4VA 2ACZA 4GRTA 3UKFA 3AE1A 2YG5A 5FMHA 1FECA 1ZOVA 2BK3A 2WDRA 1RSGA 1P2HA 1DOBA 1CJ2A 4X9MA 3ZDNA 2GV8A 4TM1A 1N1PA 2NPXA 2BK5A 2UZZA 2GMHA 3AXBA 5LV9A 4J57A 1VQWA 4E0VA 1Y56B 4TM4A 1B5QA 2EQ8A 3ALLA 4DNAA 4LU6A 1XDIA 2CDUA 5M10A 1H82A 2APGA 4B1BA 2X99A 1CC2A 2WP5A 4OVIA 3NRNA 3GRTA 1N4UA 3ZYXA 4IVOB 1OJ9A 1ONFA 4K5SA 2VVLA 1ELIA 1IJHA 2RGOA 4KX6A 2E4GA 2XLSA 1DNCA 3LZWA 3AEAA 4Z24A 2RGHA 3GDPA 5U1OA 3UTFA 3RP8A 1N4WA 2B7SA 1LJ1A 4CNJA 1M64A 1PJ7A 2DKHA 4B69A 3H8IA 4JNQA 4IVMB 4JN9A 1PHHA 3IC9A 4IA5A 3DJDA 1BWCA 2XFPA 1P2EA 4N9XA 1ZDLA 4H4UA 4CRTA 1E1MA 4NEWA 3AE5A 3DK4A 4DSHA 1RP0A 3BI2A 3I6DA 1VRQB 5BUKA 2C3CA 5JCLA 1TYPA 2R45A 2XLPA 3NN6X 2V6OA 2VRLA 4REKA 3NYCA 3KPFA 1M6IA 2V60A 1PBDA 3QJ4A 3SFEA 1K4QA 1IUXA 3REDA 5IQ1A 5KRQA 4UDPA 1NENA 3DK8A 2B9YA 1BZLA 2XVFA 5JCIA 4YWOA 3UKHA 4B68A 1SEZA 1GSNA 3AD7B 1IUWA 2WBAA 3BI5A 2XVJA 4EMJA 5J7XA 1S2YA 5BVAA 2WDQA 4GDEA 4YTNA 4C3YA 4O5UA 1GPEA 2A89A 5ER0A 1GT8A 3KLJA 3FBSA 4UP3A 1L9EA 3AEEA 4C77A 1L9CA 1XHCA 1OJTA 2OA1A 3BHKA 3DGZA 1LQTA 2WEUA 3GD4A 4GF7A 2GRTA 2IIDA 3QVRA 4BURA 5TR3A 1FCDA 3NK2X 2CULA 2YLXA 1F6MA 1CL0A 5C2TA 4FX9A 1UKVG 3CGEA 4B64A 3AECA 3AE6A 5HXIA 2VVMA 2C67A 2FJDA 1GRHA 3CGDA 3QSMA 2V61A 2R0PA 1AOGA 4YSHA 2B7RA 1K0IA 5EOWA 2GR3A 4XWZA 1PXBA 3R9UA 4NTEA 2BXSA 3IHGA 1PXCA 2H88A 4HB9A 4RG3A 1DODA 4FK1C 2JB3A 3LADA 4KPRA 4C74A 4U8IA 3Q6JA 3DMEA 1D7LA 2Y6RA 2WDVA 1MO9A 1ZP0A 3EAOA 1TDNA 3H4KA 3P4PA 5BULA 2YVJA 2FJBA 3V76A 1CJCA 3IF9A 4ICYA 4H2PA 3FMWA 3GRSA 2C66A 5U63A 2JK6A 2R0CA 3AE4A 4H7UA 1GRBA 2YQUA 5BRTA 4BK3A 5M0ZA 1YKJA 2ZBWA 1GEUA 1NG4A 4U8JA 5EB4A 1F8WA 4LA1A 1PBBA 3CPHG 4EQXA 4Y4NA 3QFAA 3AEFA 1IUUA 4UDQA 4YSZA 1EL9A 3K7QX 1GV4A 4H2QA 4ZCDA 1PJ5A 1H84A 3K7TA 3C96A 3OZ2A 2QA2A 3NN0X 2GH5A 2ARDA 4OPGA 2WHDA 4H4VA 2WU2A 1EL7A 3UTGA 3AB1A 4CY8A 1NHRA 2NVKX 3UP5A 1NHQA 1GOSA 2VRMA 4U2LA 2PYXA 2RABA 2Z5YA 4I58A 2XLTA 3CN8A 4H4ZA 2YLSA 2XVIA 4JQ9A 1JNZA 1VG0A 2TMDA 4JY3A 5FS6A 3GYIA 2OALA 3UKAA 4JY2A 4AP3A 2VOUA 4YSYA 5HHFA 3NK1X 4EIQA 1MXTA 1NG3A 2JKCA 2W0HA 3GD3A 2XDOA 4U2SA 3S61A 2C73A 4YT0A 3FG2P 3Q9TA 3CNDA 1JRYA 2ZZBA 5IQ4A 1GESA 1O5WA 4Z43A 1RYIA 1TYTA 1Z6LA 4ZN0A 1TRBA 3AEBA 3DH9A 2C75A 4Y4LA 4UDRA 3RP6A 3ATRA 4WX1A 1PBFA 3C4AA 4K8DA 1YQZA 4PABA 3M0OA 1IUSA 4BV6A 2GMJA 1TDFA 4A9WA 3VRDB 4A99A 4ECHA 2R46A 2YAUA 4XWRA 4P9SA 1F8RA 2BCPA 3P4SA 1LPFA 3B3RA 1E1NA 5U25A 2YG3A 4AP1A 5JCNA 2ZZCA 3GSIA 2BK4A 1H86A 1ZMCA 1GALA 1NDAA 3O0HA 4BK2A 2WESA 3KD9A 4EQSA 3H8LA 2V5ZA 3CNTA 3C4NA 5DBJA 4OPLA 4APNA 1FL2A 1PBCA 3K7MX 5KWFA 3AEDA 1EL8A 1TDOA 1GREA 3AE7A 4U8PA 2YVFA 4H4RA 1GTEA 1QJDA 3I3LA 5FS8A 3URHA 4A7AA 3UKKA 2JAEA 2E1MA 2F5ZA 4OPDA 3II4A 3VRAA 4NTCA 2XFUA 3OC4A 1GRTA 1S3EA 2YG6A 3QSEA 3DJJA 2VVLG 2RGJA 1DOEA 1HYUA 3G5RA 1DJNA 2GB0A 3CNSA 3GMCA 3GYJA 3UKPA 4BJZA 1GTHA 5JCKA 3CTYA 2WP6A 2XFNA 4FDCB 4X4JA 4B63A 2FJEA 3COXA 1JU2A 3V3OA 1FEAA 1JNRA 1YQ3A 4EMIA 3G5SA 2C70A 3EPTA 2WS3A 1ZOYA 1YY5A 1O95A 4CY6A 2I0ZA 5KOXA 2WPEA 4AOSA 3LB8A 3NT6A 1ZK7A 4YKFA 4K5RA 3UOZA 1JRZA 1D4DA 1GRAA 2OAMA 3B6DA 3BI4A 3VR8A 4MJWA 1GETA 5EB5A 4TM0A 4AT0A 1DOCA 2VQBA 4CCRA 4EIPA 3UOVA 1QO8A 2X3NA 1REOA 2X50A 4CBQA 1PXAA 2WPCA 3DGHA 5GSNA 4U2TA 3LXDA 1GRGA 4C3XA 4J34A 2WOWA 2XYOA 2XVHA 3DJEA 4H50A 2C65A 4K22A 4ZCCA 3LOVA 3BNUA 1O94A 3AYIA 4Z44A 2R4EA 4J31A 1BGJA 1KNPA 2VZ2A 2YR5A 1PJ6A 2YLTA 4EMWA 2GR0A 2JB2A 3NNEA 1KFYA 1PBEA 5FS9A 2GQFA 4JNAA 3ALJA 1GERA 1KDGA 2AAQA 2YM1A 3UTEA 4AT2A 3AEGA 4GCMA 2C7GA 1VDCA 3IHMA 4OPUA 3NH3X 2B9WA 4H4XA 5EBKA 1D5TA 4FK1A 4EM4A 3AYLA 5KVHA 1H81A 1CC4A 2FBWA 4DSGA 2WOIA 1QLBA 3UKLA 1H7WA 3KKJA 1E6EA 5HY5A 4U8MA 3ABVA 2H89A 2JB1A 2YM2A 3PO7A 1EBDA 2YLWA 4YSXA 2C64A 1PS9A 2VQ7A 2X8CA 4Z2TA 1LVLA 4I59A 4A6NA 4A6NB 5C3JA 2BA9A 3FPZA 2JBVA 1BKWA 2GEWA 2R4JA 4X9NA 2Z5XA 1XPQA 2Q0LA 3ICSA 2GR2A 2V3BA 3DK9A 3UTHA 1Y56A 2YG7A 2BACA 3AWIA 3UP4A 4H2RA 3QVPA 2AQJA 3NHOX 4EQRA 2BS3A 2R9ZA 3QSSA 4M52A 5IPYA 2WETA 3P4RA 1B4VA 1OJCA 3ITJA 2CVJA 3EANA 4WCTA 1VG9A 1PDHA 2WP9A 2B9XA 4USQA 3S5WA 1Q1WA 2FJAA 3VQRA 5KXJA 2Q7VA 2B76A 1E39A 4TLXA 4D04A 4HA6A 4Z25A 4EM3A 2EQ9A 2PHHA 4U8LA 2EQ7A 1F8SA 1NPXA 1X31B 2A87A 4H4WA 1CF3A 4J2WA 4U8NA 2CFYA 3L8KA 5JCMA 1H83A 2YLZA 4J36A 3M12A 2WPFA 3AE8A 4U8KA 1IUTA 1E1KA 3NYEA 2C3DA 4U8OA 3SGLA 3T37A 1KNRA 4B67A 3WE0A 3CGBA 3NGCX 1BF3A 3HZLA 3M13A 4NEVA 1D4CA 1H7XA 3NTDA 2V3AA 4A79A 2C76A 2GVCA 3D8XA 5HYMA 1D4EA 2OLOA 2WU5A 3K30A 1CC6A 1L9DA 3DA1A 5KOWA 1DJQA 3FIMB 3NTAA 3SFDA 1E1LA 3V3NA 1COYA 2R0GA 3F8RA 3ISHA 3GMBA 2QAEA 2DKIA 4RG4A 1K0LA 2A8XA 3D1CA 2XVEA 3NYFA 3RNMA 1LTXR 2C72A 3PS9A 3UCLA 2GAHB 1JOAA 1B8SA 2BC1A 2HQMA 1FEBA 1S2QA 4CNKA 1Y0PA 4USRA 5GRTA 3CPJG 4JDRA 4D03A 2O9ZA 3VR9A 3AE9A 4K7ZA 4CCQA 1GRFA 3P4QA 4GR1A 4RSLA 4DGKA 2BXRA 3CPIG 1L0VA 3AE3A 3SQPA 1S3BA 1H6VA 2BYBA 1PN0A 3AD8B 3AD9B 3CIRA 3ATQA 1D7YA 1ZX9A 4IA6A 2BABA 4H4YA 1K0JA 1TDEA 1B37A 1CJ3A 2EQ6A 2XFOA 3CNPA 4EQWA 1JEHA 2XLRA 2WQYA 3DJGX 5L46A 4H4QA 3JSKA 2XLUA 1Q9IA 1ZMDA 2XCGA 3KU9A 4B66A 2YR4A 1E7PA 2Q6UA 2ZZ0A 3BHFA 4H2NA 4H4PA 4XXGA 3SM8A 4GDPA 4OCGA 4OPTA 1MOKA 1EL5A 3VRBA 4C5OA 4Z26A 3ICTA 1TDKA 2GR1A 4BJYA 2AR8A 2X8GA 2YVGA 4J56A 3GDNA 5CKUA 3AE2A 3AYJA 3PVCA 4GUVA 3BNMA 4Z2RA 1CHUA 3F8DA 1KSUA 5CQFA 1F3PA 2YG4A 4B65A 2X8HA 3CNJA 3KA7A 3NG7X 2TPRA 4YKGA 1V59A 1Q1RA 1DXLA 3NK0X 3NLCA 2J3NA 1IUVA 2GF3A 3ICRA 2GQWA 3P1WA 2YLRA 3L1RA 3F8PA 4H4TA 4LIIA 4OPIA 2XFQA 4YXDA 2Q0KA 4Y4MA 4A65A 1KF6A 3IWAA 5FS7A 1FOHA 1NAAA 3GWFA 3ADAB 3ALMA 2IVDA 3RP7A 4NZHA 1LV0A 1CJ4A 2GAGB 2IVEA 4H4SA 4K2XA 1KSSA 1OJAA 1JRXA 3NIXA 3UOXA 4A5LA 3GWDA 4J33A 3G5QA 3P9UA 3RHAA 3UKQA 3UOYA 3QFBA 2BS4A 2BC0A 2BCGG 1GXFA 3LZXA 1LQUA 4IV9A 3LJPA 4BK1A 1CBOA 4AOXA 4ADWA 2YWLA 4OPCA 1OJDA 4TLZA 2OLNA 4TM3A 1YQ4A 1W4XA 2YR6A 1NEKA 4NTDA 2QCUA 3E1TA 5J60A 3CGCA 2BS2A 4YTMA 1XANA 2QA1A 1ZKQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3EF6A 4YTPA 1GNDA 4PAAA 1BGNA 1NHPA 2E5VA 3KVEA 4Z2UA 5KVIA 3NKSA 4O5QA 1NHSA 2Y6QA 1ZY8A 2WOVA 1N4VA 2ACZA 4GRTA 3UKFA 3AE1A 2YG5A 5FMHA 1FECA 1ZOVA 2BK3A 2WDRA 3GYXA 1RSGA 1P2HA 1DOBA 1CJ2A 4X9MA 3ZDNA 2GV8A 4TM1A 1N1PA 2NPXA 2BK5A 2UZZA 2GMHA 3AXBA 5LV9A 4J57A 1VQWA 4E0VA 1Y56B 4TM4A 1B5QA 2EQ8A 3ALLA 4DNAA 4LU6A 1XDIA 2CDUA 5M10A 1H82A 2APGA 4B1BA 2X99A 1CC2A 2WP5A 4OVIA 3NRNA 3GRTA 1N4UA 3ZYXA 4IVOB 1OJ9A 1ONFA 4K5SA 2VVLA 1ELIA 1IJHA 2RGOA 4KX6A 2E4GA 2XLSA 1DNCA 3LZWA 3AEAA 3SY4A 4Z24A 3T31A 2RGHA 3GDPA 5U1OA 3UTFA 3RP8A 1N4WA 2B7SA 1LJ1A 4CNJA 2C4CA 1M64A 1PJ7A 2DKHA 4B69A 3H8IA 4JNQA 4IVMB 4JN9A 1PHHA 3IC9A 4IA5A 3DJDA 1BWCA 2XFPA 1P2EA 4N9XA 1ZDLA 4H4UA 4CRTA 1E1MA 4NEWA 3AE5A 3DK4A 4DSHA 1RP0A 3BI2A 3I6DA 1VRQB 5BUKA 2C3CA 5JCLA 3T0KA 1TYPA 2R45A 2XLPA 3NN6X 2V6OA 2VRLA 4REKA 3NYCA 3KPFA 1M6IA 2V60A 1PBDA 3QJ4A 3SFEA 1K4QA 1IUXA 3REDA 5IQ1A 5KRQA 4UDPA 1NENA 3DK8A 2B9YA 1BZLA 2XVFA 5JCIA 4YWOA 3UKHA 4B68A 4G73A 1SEZA 1GSNA 3AD7B 1IUWA 2WBAA 3BI5A 3HYXA 2XVJA 4EMJA 5J7XA 1S2YA 5BVAA 2WDQA 4GDEA 4YTNA 4C3YA 4O5UA 1GPEA 2A89A 5ER0A 1GT8A 3KLJA 3FBSA 4UP3A 1L9EA 3AEEA 4C77A 1L9CA 1XHCA 1OJTA 2OA1A 3BHKA 3DGZA 1LQTA 2WEUA 3GD4A 4GF7A 4NNJA 2GRTA 2IIDA 3QVRA 4BURA 5TR3A 1FCDA 3NK2X 2CULA 2YLXA 1F6MA 1CL0A 5C2TA 3SZ0A 4FX9A 1UKVG 3CGEA 4B64A 3AECA 3AE6A 5HXIA 2VVMA 2C67A 2FJDA 3HYVA 1GRHA 3CGDA 3SZFA 3QSMA 2V61A 2R0PA 1AOGA 4YSHA 2B7RA 1K0IA 5EOWA 2GR3A 4XWZA 1PXBA 3R9UA 4NTEA 2BXSA 3HYWA 3IHGA 1PXCA 2H88A 4HB9A 4RG3A 3KPKA 1DODA 4FK1C 3T2ZA 2JB3A 3LADA 4KPRA 4C74A 4U8IA 3Q6JA 3DMEA 1D7LA 2Y6RA 2WDVA 1MO9A 1ZP0A 3EAOA 1TDNA 3H4KA 3P4PA 5BULA 2YVJA 2FJBA 3V76A 1CJCA 3CMMA 3IF9A 4ICYA 4H2PA 4NWZA 3FMWA 3GRSA 2C66A 5U63A 2JK6A 2R0CA 3AE4A 4H7UA 1GRBA 2YQUA 5BRTA 4BK3A 5M0ZA 1YKJA 2ZBWA 1GEUA 1NG4A 4II2A 4U8JA 5EB4A 1F8WA 4LA1A 1PBBA 3CPHG 4EQXA 4Y4NA 3QFAA 3AEFA 1IUUA 4UDQA 4YSZA 1EL9A 3K7QX 1GV4A 4H2QA 4ZCDA 1PJ5A 1H84A 3K7TA 3C96A 3OZ2A 2QA2A 3NN0X 2GH5A 2ARDA 4OPGA 2WHDA 4H4VA 2WU2A 1EL7A 3UTGA 3AB1A 4CY8A 1NHRA 4GAPA 2NVKX 3UP5A 1NHQA 1GOSA 2VRMA 4U2LA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IPYA

Total Genus

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