5M0Z | Genus

Total Genus 199

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	199
sequence length	529
structure length	529
Chain Sequence	TPDLDAIVIGAGFGGIYMLHKLRNDLGLSVRVFEKGGGVGGTWYWNKYPGAKSDTEGFVYRYSFDKELLREYDWTTRYLDQPDVLAYLEHVVERYDLARDIQLNTEVTDAIFDEETELWRVTTAGGETLTARFLVTALGLLSRSNIPDIPGRDSFAGRLVHTNAWPEDLDITGKRVGVIGTGSTGTQFIVAAAKMAEQLTVFQRTPQYCVPSGNGPMDPDEVARIKQNFDSIWDQVRSSTVAFGFEESTVEAMSVSESERQRVFQQAWDKGNGFRFMFGTFCDIATNPEANAAAAAFIRSKIAEIVKDPETARKLTPTDLYAKRPLCNEGYYETYNRDNVSLVSLKETPIEEIVPQGVRTSDGVVHELDVLVFATGFDAVDGNYRAMNLRGRDGRHINEHWTEGPTSYLGVTKAGFPNMFMILGPNGPFTNLPPSIEAQVEWISDLIDKATREGLTTVEPTADAEREWTETCAEIANMTLFPKADSWIFGANIPGKRHAVMFYLGGLGNYRRQLADVADGGYRGFQLRG

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9856071796711041__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9856071796711041__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5M0Z/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9856071796711041__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9856071796711041","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5M0Z/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9856071796711041__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Thermocrispum municipale dsm 44069
publication title	Characterization and Crystal Structure of a Robust Cyclohexanone Monooxygenase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Cyclohexanone Monooxygenase from Thermocrispum municipale.
total genus	199
structure length	529
sequence length	529
ec nomenclature	ec 1.14.13.22: Cyclohexanone monooxygenase.
pdb deposition date	2016-10-06

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	5m0zA01

2W0HA 1N1PA 3P4PA 3UP4A 1F3PA 1NHPA 4H4PA 2YLRA 5HXIA 1KNPA 3UTFA 4UDQA 4GR1A 4U8PA 4MJWA 2GR2A 1RSGA 3M0OA 2XFPA 2Q0LA 3NIXA 3DK4A 3NN0X 2WP5A 5HYMA 2GAHB 3ALLA 2Z5XA 3URHA 1E1NA 3AD8B 3CGBA 3KLJA 2YLXA 5KXJA 2Y6QA 3RP6A 2C67A 1PJ7A 1NENA 4X4JA 2X50A 2E1MA 2GR1A 4PABA 2B9WA 2WPFA 3ICTA 3UOVA 2WDVA 4OCGA 1GETA 1MXTA 1YQZA 4EQRA 2FJAA 4APNA 1SEZA 1FL2A 2ZBWA 1YY5A 1D4CA 1ELIA 1VDCA 4IV9A 2AR8A 3P4RA 4NEVA 4TLZA 3UKQA 1EL5A 4C5OA 4LU6A 4OPCA 1PXBA 1DNCA 1PJ5A 3NK0X 1GREA 1GEUA 1PJ6A 3C96A 3BNUA 3G5SA 3UOYA 4CNKA 2VRLA 4H4QA 5IQ1A 3SGLA 1AOGA 3AE4A 3UKKA 1H83A 2YG5A 4C3XA 1EL8A 2BXSA 2O9ZA 2WEUA 3C4AA 3EAOA 2X3NA 3SFEA 2WQYA 4TLXA 4RSLA 5FS6A 1CF3A 3CNDA 3VQRA 2F5ZA 1JRZA 3UOZA 3SM8A 1Z6LA 4Z2UA 3AE8A 5KRQA 3NHOX 3IWAA 4U2LA 2V3AA 2R9ZA 2XLRA 4CY6A 1DXLA 1LQTA 1Q1RA 3CN8A 4NZHA 4CCRA 4DSGA 4YTNA 2YR6A 1O94A 4YKGA 1K0IA 1CBOA 3CGEA 1B8SA 1PS9A 2R0CA 2WP9A 4JDRA 2YLZA 4FX9A 5BULA 2XCGA 3DJDA 2BACA 3DMEA 1OJCA 2C72A 2WDQA 5GSNA 2A87A 5EOWA 2GH5A 3GRSA 1TDNA 2BABA 2VVMA 3OZ2A 3NH3X 1L9DA 1P2EA 3AEBA 2X99A 4NTEA 1H84A 3UTEA 1DOEA 2A8XA 2C73A 1ZDLA 5ER0A 3AEEA 1CJCA 3FIMB 3Q9TA 1VQWA 3V3NA 2R4EA 2YWLA 2FBWA 3F8RA 2JB1A 4H4ZA 2R46A 2YVGA 3GWFA 1MOKA 3NYEA 4H4YA 3ADAB 1YQ3A 4TM0A 4BJYA 1CC6A 1EL7A 2XVHA 2YR4A 1TDOA 1F8RA 1KSSA 4H4WA 3UKPA 1PXCA 2WU5A 4A65A 4BK1A 3AEFA 3NTAA 1CJ2A 2XVFA 2ZZBA 4NTCA 2WOWA 4ADWA 1PXAA 2GAGB 3ALMA 4B64A 1KF6A 1QLBA 1Y56A 2BCGG 1NHRA 2C75A 2DKHA 1GXFA 2PYXA 2X8HA 3P4SA 4EQWA 5FS9A 4TM1A 4B63A 1JU2A 1CL0A 3M13A 4YSYA 1KDGA 3KU9A 4CBQA 1GTHA 2NPXA 2XLSA 4H50A 2XVJA 4EM4A 2I0ZA 2H88A 1S2QA 4YSZA 3NKSA 1BZLA 4REKA 2TMDA 2WP6A 2YG4A 4A99A 4Z25A 4U8NA 1KFYA 4JN9A 2IVDA 3QVRA 3UKFA 4GRTA 4EIQA 5JCIA 3CNTA 1REOA 2BC1A 4H4VA 5CKUA 3S61A 2C70A 2E5VA 2E4GA 2Y6RA 4JQ9A 2YAUA 3AE1A 1PBDA 1ZY8A 2YQUA 1Q9IA 3UP5A 2JK6A 1DJQA 4OPGA 2C7GA 4YTPA 2GF3A 4ECHA 3VR9A 2EQ7A 3II4A 4GDPA 3AYJA 3UCLA 2WPCA 4YTMA 3GYJA 2YVJA 3AE2A 3GRTA 1F8WA 4KPRA 2VVLG 4CY8A 2WS3A 4D03A 4B66A 2C3CA 1H6VA 1TDFA 4YXDA 3AB1A 4PAAA 3K30A 1F6MA 1TDEA 1NG3A 2CDUA 1DODA 5KWFA 3AEGA 3KD9A 4H4XA 3CNPA 4C74A 3DK9A 3REDA 5IQ4A 4K22A 2BK3A 1ONFA 4J36A 4O5QA 4AT0A 3BI5A 1YKJA 4DNAA 3AEDA 4EM3A 2BC0A 5JCMA 2YM2A 1O5WA 2V6OA 5U25A 4A9WA 1ZK7A 2BS4A 3CPIG 1CC4A 5J60A 1H86A 1PBCA 1JOAA 1CJ4A 1W4XA 1V59A 3AYLA 2GMHA 4IA6A 2XDOA 4TM3A 4USQA 2JB3A 3P4QA 5FS8A 1E6EA 4H2PA 4P9SA 1NG4A 3EF6A 4TM4A 4Z43A 2NVKX 2R4JA 3NGCX 3PS9A 1EL9A 1JRXA 1GPEA 1B5QA 4H4RA 1NDAA 2XLPA 1H7XA 4Z26A 1PBBA 1PBEA 2AQJA 3NK1X 4Z2TA 3CPJG 4ZN0A 4DGKA 2CVJA 3COXA 2TPRA 4I58A 2XFNA 1IUSA 3AD7B 3LOVA 5KOXA 3LZXA 2B9YA 1RYIA 4RG4A 1KSUA 4CRTA 2YG6A 2B7SA 2C3DA 2JBVA 4AOSA 5JCLA 4H2NA 3AE7A 3ITJA 3LZWA 4AOXA 5JCKA 3FG2P 3UTHA 4A6NB 1L9EA 1P2HA 4XXGA 1VG0A 5TR3A 3ALJA 2ARDA 3QSEA 1OJ9A 1D7LA 2V5ZA 1XANA 3DGHA 1CC2A 4U8OA 3DJEA 4U8JA 5FS7A 3V3OA 4YT0A 1D5TA 3RHAA 5JCNA 3GD4A 3GDNA 4H4SA 2HQMA 1IUUA 4U2SA 1E39A 3LJPA 3UOXA 1GERA 1E7PA 1JNRA 4A5LA 3ICSA 1K0LA 3CTYA 2EQ9A 2V60A 1OJTA 3G5RA 1BKWA 3I6DA 1IUWA 1L0VA 3RNMA 3AE9A 3T37A 4BK3A 4C77A 1ZMDA 4J57A 2C65A 1IUVA 4K7ZA 1FEAA 1QO8A 3AE6A 5KVHA 1XDIA 2PHHA 3AE3A 3CNSA 3CNJA 1E1KA 2XYOA 3H4KA 2X8CA 4WCTA 1H82A 2YLWA 2B76A 2OAMA 3NT6A 1LQUA 2Z5YA 4Y4NA 3B6DA 2BS3A 4X9MA 1H81A 1S2YA 1D4DA 1GOSA 1N4WA 1NHSA 2OLOA 3KKJA 4K2XA 4K5RA 3H8LA 3LB8A 5C2TA 1Y0PA 2APGA 3NYFA 1GRFA 1ZOVA 2CULA 3ZDNA 3GD3A 2JKCA 3CGDA 1FEBA 3IHGA 3NG7X 3ATQA 2FJBA 1GT8A 1DOBA 4OPTA 1D7YA 4K8DA 4UP3A 2WOVA 1E1LA 1NAAA 1ZKQA 2JB2A 3AE5A 1XPQA 4J34A 2DKIA 1S3BA 2GRTA 3QFBA 4ZCCA 3NYCA 3KVEA 4CNJA 1PN0A 2WOIA 1EBDA 2Q6UA 2YLSA 2GEWA 5FMHA 3P1WA 3AECA 5C3JA 4IVMB 2GMJA 3NK2X 5DBJA 1JRYA 1DOCA 4X9NA 1K0JA 2R0GA 3QFAA 4FK1C 2IIDA 2QCUA 2VZ2A 3NTDA 4J31A 4LA1A 3BI2A 2Q0KA 2QAEA 3AWIA 3H8IA 1BF3A 3CGCA 3KA7A 2GR3A 2VQBA 5U1OA 3AD9B 4C3YA 4H4TA 2RGOA 1GESA 4A7AA 1F8SA 4N9XA 2WHDA 1LVLA 1NPXA 3IHMA 1ZMCA 4J33A 5LV9A 4FDCB 3AEAA 1YQ4A 2AAQA 1JEHA 1CJ3A 3BHFA 3GMCA 4USRA 3Q6JA 3VRDB 4NEWA 1CHUA 3VR8A 3GMBA 4GUVA 1NEKA 1FECA 3F8DA 4B65A 5U63A 1QJDA 2Q7VA 2CFYA 3M12A 1NHQA 2GQWA 2ZZ0A 1TDKA 3B3RA 2YM1A 3BHKA 1PBFA 3JSKA 1GRTA 2WPEA 4U8MA 1HYUA 4EMWA 4U8LA 1BGJA 3UKLA 5KVIA 2XLTA 2YLTA 2ACZA 3BI4A 2WU2A 3RP7A 1VG9A 4B1BA 1FCDA 4GDEA 2QA2A 3DA1A 5EB4A 1B37A 2BCPA 2YVFA 4B67A 2EQ6A 3L8KA 3P9UA 1GSNA 3UTGA 4H4UA 3ABVA 2XLUA 1MO9A 1ZX9A 4A79A 4H7UA 1GALA 4NTDA 2B9XA 2OLNA 1GV4A 4BURA 4JNAA 4UDPA 4WX1A 1FOHA 1UKVG 2OA1A 2R45A 4BV6A 3DGZA 2XFQA 1K4QA 2BK4A 2XFUA 3DH9A 2UZZA 2X8GA 3F8PA 4U8IA 5M10A 5KOWA 1GTEA 4EQSA 3G5QA 3NRNA 3K7QX 1LTXR 4H2RA 4OPLA 3S5WA 3UKHA 3GWDA 1D4EA 1TYPA 3LADA 1GRAA 1N4UA 2A89A 3GSIA 4GF7A 4YKFA 3ATRA 3FBSA 4LIIA 1BWCA 4OPIA 3QJ4A 3FMWA 4EMJA 2RABA 3CIRA 3R9UA 4BK2A 4U2TA 3WE0A 3RP8A 2BS2A 1RP0A 3OC4A 3K7MX 1GRBA 2RGJA 4ZCDA 3IF9A 5GRTA 3KPFA 3C4NA 4JY2A 3SFDA 2GR0A 4RG3A 3ZYXA 1PDHA 3V76A 4OPUA 4EQXA 2V61A 2GVCA 1ZP0A 2WBAA 2EQ8A 3AXBA 1Y56B 2B7RA 2BXRA 2WETA 4XWRA 4YSHA 3BNMA 2BA9A 3FPZA 4A6NA 5BUKA 2QA1A 1COYA 1GNDA 3EPTA 3K7TA 1O95A 1Q1WA 3NNEA 4ICYA 4K5SA 3AYIA 1ZOYA 1E1MA 2J3NA 3PO7A 2XFOA 1PHHA 3L1RA 4DSHA 4Z24A 2YR5A 5IPYA 4YWOA 3DK8A 1IUTA 2ZZCA 2C66A 2BK5A 5BVAA 4Y4MA 4H2QA 2FJEA 2WESA 4Z2RA 3NLCA 1DJNA 2VQ7A 1X31B 3D1CA 4I59A 3E1TA 2C76A 2VVLA 1KNRA 4OPDA 4AP3A 4IA5A 4YSXA 4IVOB 5L46A 4FK1A 2GB0A 4EIPA 1VRQB 3O0HA 1JNZA 5HHFA 2XVEA 2H89A 2XVIA 1OJDA 4KX6A 4XWZA 1M6IA 4UDRA 5EBKA 1IJHA 2C64A 3I3LA 2GV8A 1TYTA 2BYBA 3LXDA 2IVEA 4JNQA 4CCQA 4J2WA 2V3BA 1OJAA 1GRHA 2OALA 4J56A 5CQFA 1B4VA 4M52A 4B68A 2VRMA 5BRTA 5HY5A 1BGNA 3ISHA 4GCMA 4HB9A 3IC9A 3HZLA 4U8KA 4AP1A 1LV0A 5M0ZA 1LPFA 2YG7A 3CPHG 3GDPA 3QSMA 3DJJA 3PVCA 4BJZA 5EB5A 4JY3A 4AT2A 3QSSA 3QVPA 1GRGA 1H7WA 1N4VA 3VRAA 3ICRA 2RGHA 4OVIA 2WDRA 1M64A 4D04A 2GQFA 3EANA 4B69A 1IUXA 1LJ1A 5J7XA 1L9CA 1TRBA 3DJGX 3UKAA 4E0VA 2FJDA 1S3EA 4Y4LA 2VOUA 3GYIA 3SQPA 4O5UA 3D8XA 4Z44A 4HA6A 4EMIA 3VRBA 3NN6X 2JAEA 2YG3A 2R0PA 1XHCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2W0HA 1N1PA 3P4PA 3UP4A 1F3PA 1NHPA 4H4PA 2YLRA 5HXIA 1KNPA 3UTFA 4UDQA 4GR1A 4U8PA 4MJWA 2GR2A 1RSGA 3M0OA 2XFPA 2Q0LA 3NIXA 3DK4A 3NN0X 2WP5A 5HYMA 2GAHB 3ALLA 2Z5XA 4GAVA 3URHA 1E1NA 3AD8B 3CGBA 3KLJA 2YLXA 5KXJA 2Y6QA 3RP6A 2C67A 1PJ7A 1NENA 4X4JA 2X50A 2E1MA 2GR1A 4PABA 2B9WA 2WPFA 3ICTA 3UOVA 2WDVA 4OCGA 1GETA 1MXTA 1YQZA 4EQRA 2FJAA 4APNA 1SEZA 1FL2A 2ZBWA 1YY5A 5KMQA 1D4CA 1ELIA 1VDCA 4IV9A 2AR8A 3P4RA 4NEVA 4TLZA 3UKQA 1EL5A 4C5OA 4LU6A 4OPCA 1PXBA 1DNCA 1PJ5A 3NK0X 1GREA 1GEUA 1PJ6A 3C96A 3BNUA 3G5SA 3UOYA 4CNKA 2VRLA 4H4QA 5IQ1A 3SGLA 1AOGA 3AE4A 3UKKA 1H83A 2YG5A 4C3XA 1EL8A 2BXSA 2O9ZA 2WEUA 3C4AA 3EAOA 2X3NA 3SFEA 2WQYA 4TLXA 4RSLA 5FS6A 5KNLA 1CF3A 3CNDA 3VQRA 2F5ZA 3T37A 1JRZA 3UOZA 3SM8A 1Z6LA 3T2YA 4Z2UA 3AE8A 5KRQA 4NNJA 3NHOX 3IWAA 4U2LA 2V3AA 2R9ZA 2XLRA 4CY6A 1DXLA 1LQTA 1Q1RA 3CN8A 4NZHA 4CCRA 4DSGA 4YTNA 2YR6A 1O94A 3HYWA 4YKGA 1K0IA 1CBOA 3CGEA 1B8SA 1PS9A 2R0CA 2WP9A 4JDRA 2YLZA 4FX9A 5BULA 2XCGA 3DJDA 2BACA 3DMEA 4G6GA 1OJCA 2C72A 2WDQA 5GSNA 2A87A 5EOWA 2GH5A 3GRSA 1TDNA 2BABA 2VVMA 3OZ2A 3NH3X 1L9DA 1P2EA 3AEBA 2X99A 4NTEA 1H84A 3UTEA 1DOEA 2A8XA 2C73A 1ZDLA 5ER0A 3AEEA 1CJCA 3FIMB 3Q9TA 1VQWA 3V3NA 2R4EA 2YWLA 2FBWA 3F8RA 2JB1A 4H4ZA 2R46A 2YVGA 3GWFA 1MOKA 3T14A 3NYEA 4H4YA 3ADAB 1YQ3A 4TM0A 3T31A 4BJYA 1CC6A 1EL7A 2XVHA 2YR4A 1TDOA 1F8RA 1KSSA 4H4WA 3UKPA 1PXCA 2WU5A 4A65A 4BK1A 3AEFA 3NTAA 1CJ2A 2XVFA 2ZZBA 4NTCA 2WOWA 4ADWA 1PXAA 2GAGB 3ALMA 4B64A 1KF6A 1QLBA 1Y56A 3SZWA 2BCGG 1NHRA 5KMPA 2C75A 2DKHA 1GXFA 2PYXA 2X8HA 3P4SA 4EQWA 5FS9A 4TM1A 4B63A 1JU2A 1CL0A 3M13A 4YSYA 1KDGA 3KU9A 4CBQA 1GTHA 2NPXA 2XLSA 4H50A 4NWZA 2XVJA 4EM4A 2I0ZA 2H88A 1S2QA 4YSZA 3NKSA 1BZLA 4REKA 2TMDA 2WP6A 2YG4A 3SZCA 4A99A 4Z25A 4U8NA 1KFYA 4JN9A 2IVDA 3QVRA 3UKFA 4GRTA 4EIQA 5JCIA 3CNTA 1REOA 2BC1A 4H4VA 5CKUA 3S61A 2C70A 2E5VA 2E4GA 4G74A 2Y6RA 4JQ9A 2YAUA 3AE1A 1PBDA 1ZY8A 2YQUA 4G9KA 1Q9IA 3UP5A 2JK6A 1DJQA 4OPGA 2C7GA 4YTPA 2GF3A 4ECHA 3VR9A 2EQ7A 3II4A 4GDPA 3AYJA 3UCLA 2WPCA 4YTMA 3GYJA 2YVJA 3AE2A 3GRTA 1F8WA 4KPRA 2VVLG 4CY8A 2WS3A 4D03A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5M0ZA

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