5IPY | Genus

Total Genus 155

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	155
sequence length	445
structure length	445
Chain Sequence	KRVAVIGAGPSGLAQLRAFQSAADQGAEIPEIVCFEKQANWGGLWNYTWRTGLDENGEPVHCSMYRYLWSNGPKEGLEFADYSFEEHFGKQIASYPPRAVLFDYIEGRVHKADVRKWIRFNSPVRWVSYDAETAKFTVTAHNHETDSTYSAAFDHVICASGHFSTPNVPFYEGFDTFNGRIVHAHDFRDAREFEGKDVLVMGASYSAEDIGSQCWKYGAKSITSCYRSAPMGYAWPDNWEEKPALEKLTGKTAHFADGSTRDVDAIILCTGYKHFFSFLPDDLRLKTANRLATADLYKGVAYVHNPAMFYLGMQDQWFTFNMFDAQAWWVRDAILGRITLPKDKAAMLADVAERETREEASDDVKYAIRYQADYVKELVAETDYPSFDIDGACDAFFEWKKHKAKDIMAFRDNSYKSVITGTMAPVHHTPWKEALDDSMEAYLQN

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__022615614647461__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__022615614647461__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5ipy/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__022615614647461__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"022615614647461","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5ipy/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__022615614647461__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Flavoprotein
source organism	Roseovarius nubinhibens (strain atcc baa-591 / dsm 15170 / ism)
publication title	Structural mechanism for bacterial oxidation of oceanic trimethylamine into trimethylamine N-oxide pubmed doi rcsb
molecule keywords	Flavin-containing monooxygenase
total genus	155
structure length	445
sequence length	445
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-03-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00743	FMO-like	Flavin-binding monooxygenase-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	5ipyA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	5ipyA02

3M12A 3R9UA 1LPFA 4EQSA 1UKVG 2Y6RA 1OJ9A 2BABA 3IWAA 3NGCX 4O5UA 2BK4A 4U8KA 5BVAA 2BK3A 1ZMDA 1JU2A 2CULA 5FMHA 4U8JA 2BS4A 2XVIA 1D7YA 4CNKA 1CC6A 1LQTA 1H84A 4TLZA 2WDRA 1B37A 4M52A 4FK1A 3NK1X 4BURA 1X31B 3JSKA 4BK2A 2BACA 2CFYA 3GDPA 4Y4LA 2BC1A 5FS9A 1LQUA 5JCKA 4A5LA 3GD3A 2YG6A 2GAGB 1XANA 3QSEA 1ZKQA 3QSMA 2QA1A 1GERA 3AEAA 1RSGA 3CGCA 3ABVA 2BXSA 2YVJA 3OC4A 5C3JA 3NRNA 2IVDA 4I59A 4DNAA 3QSSA 1NDAA 1P2EA 1TYPA 2V3AA 2X8GA 3AE1A 3FPZA 1Y56A 1L9EA 4NEVA 2GH5A 1E1KA 1E1MA 1N4UA 1ZK7A 4RG4A 4X9NA 5KRQA 3DJEA 2EQ7A 2E1MA 1YQZA 1YY5A 3L1RA 1O5WA 5BUKA 4U8LA 1O95A 3M13A 5EB5A 2GQWA 1PJ5A 2O9ZA 2R0GA 1NEKA 1OJCA 2FBWA 1GPEA 2I0ZA 4TM0A 4UDQA 4CNJA 2BCGG 4GDEA 3CNTA 1GNDA 3G5QA 1H7XA 3DJGX 2PYXA 4K5SA 2ARDA 4D04A 2WOWA 2B7SA 3LXDA 1CF3A 4ZCDA 1VG9A 2WPCA 4U8MA 2BS2A 1GTHA 3NHOX 5FS8A 1JNZA 2JB1A 1M6IA 1E1NA 3ALLA 3O0HA 4H4WA 5M10A 2B9XA 3NTDA 2WS3A 5IQ4A 2YLSA 2C65A 3ICRA 4C5OA 2ACZA 2WPEA 4YTNA 2GF3A 4X4JA 4Y4MA 4EM4A 2CVJA 2YLWA 2A8XA 2DKIA 1OJAA 2FJAA 3ADAB 4I58A 2R4JA 2YLXA 1XDIA 4KPRA 2B9YA 1L9DA 4A7AA 4MJWA 1LJ1A 2YQUA 1F8SA 3FG2P 4ZN0A 1GALA 1Y56B 2E4GA 3NH3X 2C3CA 1CHUA 5C2TA 1B5QA 2VRLA 5KVIA 1W4XA 3LZWA 4BJZA 1DOEA 4A6NA 4Z24A 4J31A 4Z44A 1BKWA 5CKUA 4A99A 4Z26A 2OAMA 3S61A 3ITJA 2WHDA 3QJ4A 4YT0A 1PN0A 1ZP0A 1GV4A 4OCGA 4C3YA 4NZHA 3SM8A 3IF9A 5GSNA 1FECA 4U8PA 3II4A 3RP6A 4AOXA 4JY2A 1Q1RA 3KVEA 4UDPA 3ISHA 1ZOYA 1KF6A 3PO7A 4ADWA 5JCLA 2Q6UA 4YSXA 2JB2A 2XVHA 3UKAA 1PDHA 3AE8A 4H4YA 4J57A 2C66A 3URHA 3RP8A 1H82A 3B3RA 4KX6A 3BI2A 3CN8A 5KOXA 1TDEA 3ALJA 3FMWA 2IIDA 1CJ2A 4H2QA 4HA6A 3H8IA 3NYFA 4YKGA 1PJ6A 1ONFA 5JCMA 4B1BA 4A6NB 1REOA 2WQYA 4B63A 1YQ4A 1TYTA 1EL7A 4H2PA 4JQ9A 4E0VA 1DODA 3NN0X 4EMJA 3KU9A 1BGJA 4OPCA 2R9ZA 1VG0A 3V76A 3UKFA 5HXIA 5TR3A 3CGBA 5EB4A 4K8DA 4YSZA 2YR5A 1IUTA 1CC4A 1JNRA 2GR1A 4USQA 4H4SA 2BS3A 2XFPA 3ATRA 1D5TA 3LJPA 2BA9A 2H88A 1GRHA 1GRBA 1NAAA 2B7RA 2QCUA 2VVLG 1GEUA 3NLCA 4XXGA 3VQRA 3BI5A 2EQ8A 3DGHA 1TDFA 3AE3A 1N1PA 3NNEA 3GWDA 2C7GA 2A89A 2OLNA 4IVOB 1H86A 4DSHA 3GSIA 4NTCA 3G5RA 1MXTA 3IHGA 4U8IA 1S3BA 2XCGA 2BCPA 4U2LA 1KSUA 1PXCA 1S2QA 3K7TA 2WESA 4TM4A 4WCTA 1H6VA 5JCNA 2DKHA 3SFDA 3NYEA 2GR0A 5BRTA 2F5ZA 2BK5A 3AEBA 3DJDA 4J34A 2X99A 2YVGA 4XWRA 1GT8A 2CDUA 2VVMA 2V6OA 3UTEA 4YXDA 4U8NA 4IV9A 4C74A 5L46A 1E7PA 3AEDA 2YVFA 4J56A 2YG3A 4LA1A 4PABA 2XDOA 4B66A 1S3EA 4J2WA 2X8CA 1IUVA 3GDNA 4Y4NA 4EIPA 4YSHA 1AOGA 3DK8A 4A9WA 3AEFA 3V3NA 1E6EA 2APGA 1GRGA 3K7MX 1V59A 4YKFA 4H4XA 3C96A 4B69A 2GAHB 2WOVA 4Z43A 2XVJA 3VR9A 2WPFA 3FBSA 1K4QA 3GYJA 3BHFA 3PVCA 4J36A 2C73A 4CY8A 2XVEA 1LV0A 1DOCA 3P4PA 1D4CA 1H83A 5FS6A 1QJDA 5KXJA 1OJDA 1NG3A 4H4RA 2JKCA 3UKHA 3ICSA 2XFQA 4OPDA 1TDOA 3QVPA 3AEGA 4BK1A 4AP1A 3COXA 3AXBA 1FEBA 1ELIA 1L9CA 3LB8A 3UKPA 1EL8A 3CNJA 2GMJA 1IUSA 3L8KA 4ICYA 1NPXA 4REKA 1TDKA 4USRA 1NHSA 1P2HA 1F8RA 4NEWA 4EM3A 4YSYA 2XLRA 2Z5XA 5IQ1A 4A79A 4WX1A 1PS9A 3AE9A 3VRAA 1KFYA 3WE0A 1PJ7A 3K7QX 1CBOA 3AEEA 2J3NA 2AR8A 3KA7A 1DJQA 2WOIA 5KVHA 3CIRA 3UKLA 5M0ZA 3VRDB 1NENA 4B64A 1GRTA 4DSGA 4JN9A 4FDCB 2V60A 3DK9A 1B4VA 1B8SA 1PBFA 5DBJA 4H4UA 1EL9A 1F3PA 2V5ZA 5HYMA 3ICTA 3AECA 1SEZA 4O5QA 1BF3A 2EQ9A 5KOWA 2E5VA 2VRMA 3NKSA 2C67A 2X8HA 4NTDA 2WP6A 4IA6A 2C70A 2RGOA 5J60A 2NVKX 3B6DA 4Z25A 2OA1A 5HY5A 2Q0LA 4C3XA 3CGEA 1TDNA 2TPRA 2RGJA 2WU2A 3ATQA 3DMEA 1M64A 4K22A 2ZZCA 4APNA 1GESA 3UOYA 3F8RA 1ZOVA 3REDA 4LIIA 1PBBA 2FJBA 4JNQA 2R46A 4GF7A 4HB9A 4H4PA 3ZYXA 3NK2X 4X9MA 1GRFA 1ZY8A 3EPTA 4UP3A 4C77A 4AT0A 4J33A 1MO9A 2XFUA 3EF6A 4RSLA 4Z2UA 3UOXA 2VVLA 4H2NA 1L0VA 2BXRA 4EMIA 1Z6LA 4TLXA 1KSSA 1IJHA 3M0OA 3P4RA 4B68A 1PBDA 1JRZA 2GEWA 3CNDA 3VR8A 3RNMA 1JEHA 1GTEA 4OVIA 1PBCA 3AWIA 3OZ2A 4FK1C 2YG7A 3CGDA 2YLTA 5U25A 4TM1A 3ZDNA 2GB0A 3UP5A 2FJDA 3F8DA 3AD7B 3S5WA 1E39A 5U63A 3PS9A 2JK6A 4NTEA 2WP9A 2JAEA 3KKJA 1DOBA 2BC0A 3DH9A 4Z2TA 2PHHA 1CC2A 2C64A 1KNPA 1RYIA 1MOKA 5GRTA 4DGKA 4U2SA 4H4TA 1QO8A 1GETA 4EQXA 1CJ4A 2H89A 1GXFA 2XFOA 4H4ZA 4ZCCA 2BYBA 3ALMA 3P9UA 1LVLA 4B65A 4CY6A 1PBEA 3IHMA 3KLJA 4K7ZA 2UZZA 3G5SA 1F8WA 4H4QA 1FCDA 3I6DA 3QFAA 3NTAA 4EQWA 2XVFA 2YG5A 3UKQA 3LOVA 3KPFA 1H81A 3AYIA 3CPHG 4RG3A 4TM3A 1NHPA 3BNUA 3GWFA 3D1CA 4PAAA 4U2TA 1DXLA 1BGNA 3DK4A 1LTXR 1N4VA 1E1LA 2NPXA 4GDPA 1FL2A 2C3DA 1D7LA 1N4WA 2C72A 3NIXA 2C75A 3NT6A 1YQ3A 4YWOA 1Q9IA 4H4VA 1KNRA 1Q1WA 2OALA 2GRTA 1FOHA 5CQFA 2QAEA 4EMWA 3NK0X 2XLPA 1GOSA 4BJYA 1ZX9A 4BV6A 3I3LA 5ER0A 4XWZA 4AT2A 2Z5YA 4JY3A 2WU5A 3NN6X 2VOUA 3AB1A 3NG7X 1HYUA 1DNCA 2V61A 3AE2A 3AE6A 3LZXA 3RHAA 1NG4A 2GMHA 3T37A 2YR4A 2VQ7A 2GVCA 1KDGA 4JNAA 3UOZA 2WDVA 3UTFA 1D4DA 3CTYA 2W0HA 1FEAA 5U1OA 2XYOA 3BI4A 2V3BA 3AD9B 4OPTA 3VRBA 2XFNA 2B76A 3DA1A 3CNSA 3FIMB 4K5RA 3GD4A 3GRTA 4CBQA 2AAQA 2TMDA 2XLTA 4CCRA 5J7XA 4IA5A 3UKKA 4OPGA 3DGZA 4U8OA 2GR2A 1H7WA 2AQJA 5EOWA 3GYIA 3SQPA 4AOSA 1K0LA 4GRTA 4IVMB 2WDQA 1PHHA 4OPLA 5FS7A 2YM2A 1IUXA 1JRYA 2Y6QA 3RP7A 3P4SA 1D4EA 3IC9A 3UTHA 4GCMA 1DJNA 4EQRA 3AYJA 3V3OA 3UOVA 5IPYA 3KD9A 4GR1A 3C4AA 1NHRA 2EQ6A 1OJTA 3UTGA 3SGLA 2FJEA 3AYLA 3F8PA 4Z2RA 2C76A 2WEUA 3AE5A 3AE4A 3C4NA 3CPJG 1NHQA 3GMBA 3LADA 4K2XA 2WETA 5HHFA 3UCLA 1XHCA 2ZZ0A 3K30A 4H7UA 4EIQA 5JCIA 3Q9TA 1K0IA 1ZDLA 1CJCA 4LU6A 1QLBA 4CCQA 2X50A 3GRSA 4AP3A 1JOAA 3EANA 1VQWA 1PXAA 1CJ3A 2JBVA 1BWCA 1TRBA 2YAUA 4GUVA 2R45A 1EBDA 2RGHA 2WBAA 1BZLA 2XLUA 4OPUA 1PXBA 2GR3A 2YLRA 2YM1A 2A87A 1YKJA 2Q0KA 3NYCA 2ZZBA 5BULA 2R0CA 4D03A 1GSNA 2VQBA 1O94A 2JB3A 1GREA 2IVEA 3CPIG 1F6MA 1VRQB 3HZLA 5EBKA 3BNMA 1Y0PA 1XPQA 3H8LA 3UP4A 4CRTA 3SFEA 1VDCA 1CL0A 2GV8A 3CNPA 2YLZA 1S2YA 2GQFA 2WP5A 3QVRA 4UDRA 4YTPA 3EAOA 2OLOA 4P9SA 3P1WA 4H2RA 1COYA 2RABA 4ECHA 2HQMA 2YR6A 2B9WA 4H50A 4BK3A 3P4QA 2YG4A 3AD8B 4YTMA 2R0PA 3GMCA 2R4EA 1RP0A 2ZBWA 3Q6JA 4FX9A 4B67A 2VZ2A 2X3NA 1GRAA 4N9XA 1IUWA 3H4KA 5LV9A 3AE7A 1JRXA 3E1TA 1K0JA 1ZMCA 4JDRA 2XLSA 3D8XA 3DJJA 2QA2A 3QFBA 5KWFA 4A65A 1IUUA 2YWLA 4OPIA 2Q7VA 3BHKA 1EL5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3M12A 3R9UA 1LPFA 4EQSA 1UKVG 2Y6RA 1OJ9A 2BABA 3IWAA 3NGCX 4O5UA 2BK4A 4U8KA 5BVAA 5KMPA 2BK3A 1ZMDA 1JU2A 2CULA 5FMHA 4U8JA 2BS4A 2XVIA 1D7YA 4CNKA 1CC6A 1LQTA 1H84A 4TLZA 2WDRA 1B37A 4M52A 4FK1A 3NK1X 4BURA 1X31B 3JSKA 4BK2A 2BACA 2CFYA 3GDPA 4Y4LA 2BC1A 5FS9A 1LQUA 5JCKA 4A5LA 3GD3A 2YG6A 2GAGB 1XANA 3QSEA 1ZKQA 3QSMA 2QA1A 1GERA 3AEAA 1RSGA 3CGCA 3ABVA 2BXSA 2YVJA 3OC4A 5C3JA 3NRNA 2IVDA 4I59A 4DNAA 3QSSA 1NDAA 1P2EA 1TYPA 2V3AA 2X8GA 3AE1A 3FPZA 1Y56A 1L9EA 4NEVA 2GH5A 1E1KA 1E1MA 1N4UA 1ZK7A 4RG4A 4X9NA 5KRQA 3DJEA 2EQ7A 2E1MA 1YQZA 1YY5A 3L1RA 1O5WA 5BUKA 4U8LA 1O95A 3M13A 5EB5A 2GQWA 1PJ5A 2BRAA 2O9ZA 2R0GA 1NEKA 1OJCA 3SYIA 2FBWA 1GPEA 2I0ZA 4TM0A 4UDQA 4CNJA 2BCGG 4GDEA 3CNTA 1GNDA 3G5QA 1H7XA 3DJGX 2PYXA 4K5SA 3SZ0A 2ARDA 4D04A 2WOWA 2B7SA 3LXDA 1CF3A 4ZCDA 1VG9A 2WPCA 4U8MA 2BS2A 1GTHA 3NHOX 5FS8A 1JNZA 2JB1A 1M6IA 1E1NA 3ALLA 3O0HA 4H4WA 5M10A 2B9XA 3NTDA 2WS3A 5IQ4A 2YLSA 2C65A 3ICRA 4C5OA 2ACZA 2WPEA 4YTNA 2GF3A 4X4JA 4Y4MA 4EM4A 2CVJA 2YLWA 2A8XA 2DKIA 1OJAA 2FJAA 3ADAB 4I58A 2R4JA 2YLXA 1XDIA 5KNLA 4KPRA 2B9YA 1L9DA 4A7AA 4MJWA 1LJ1A 2YQUA 1F8SA 3FG2P 4ZN0A 1GALA 1Y56B 2E4GA 3NH3X 2C3CA 1CHUA 5C2TA 1B5QA 2VRLA 5KVIA 1W4XA 3LZWA 4BJZA 1DOEA 4A6NA 4Z24A 4J31A 4Z44A 1BKWA 5CKUA 4A99A 4Z26A 2OAMA 3S61A 3ITJA 2WHDA 3QJ4A 4YT0A 1PN0A 1ZP0A 1GV4A 4OCGA 4C3YA 4NZHA 3SM8A 3IF9A 5GSNA 1FECA 4U8PA 3II4A 3RP6A 4AOXA 4JY2A 1Q1RA 3KVEA 4UDPA 3ISHA 1ZOYA 1KF6A 3PO7A 4ADWA 5JCLA 2Q6UA 4YSXA 2JB2A 2XVHA 4G6GA 4USRA 1PDHA 3UKAA 3AE8A 4H4YA 4J57A 2C66A 3URHA 3RP8A 1H82A 3B3RA 3GYXA 4KX6A 3BI2A 3CN8A 5KOXA 1TDEA 3ALJA 3FMWA 2IIDA 1CJ2A 4H2QA 4HA6A 3H8IA 3NYFA 4YKGA 1PJ6A 1ONFA 5JCMA 4B1BA 4A6NB 1REOA 2WQYA 4B63A 1YQ4A 1TYTA 1EL7A 4H2PA 4JQ9A 4E0VA 1DODA 3NN0X 4EMJA 3KU9A 1BGJA 4OPCA 2R9ZA 1VG0A 3V76A 3UKFA 5HXIA 5TR3A 3CGBA 5EB4A 4K8DA 4YSZA 2YR5A 1IUTA 1CC4A 1JNRA 2GR1A 4USQA 4H4SA 3SX6A 2BS3A 2XFPA 3ATRA 1D5TA 3LJPA 2BA9A 2H88A 1GRHA 1GRBA 1NAAA 2B7RA 2QCUA 2VVLG 1GEUA 3NLCA 4XXGA 3VQRA 3BI5A 2EQ8A 3DGHA 1TDFA 3AE3A 1N1PA 3NNEA 3GWDA 2C7GA 2A89A 2OLNA 4IVOB 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IPYA

Total Genus

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