5KWF | Genus

Total Genus 166

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	166
sequence length	498
structure length	498
Chain Sequence	GYVPAVVIGTGYGAAVSALRLGEAGVQTLMLEMGQLWNQPGPDGNIFCGMLNPDKRSSWFKNRTEAPLGSFLWLDVVNRNIDPYAGVLDRVNYDQMSVYVGRGVGGGSLVNGGMAVEPKRSYFEEILPRVDSSEMYDRYFPRANSMLRVNHIDTKWFEDTEWYKFARVSREQAGKAGLGTVFVPNVYDFGYMQREAAGEVPKSALATEVIYGNNHGKQSLDKTYLAAALGTGKVTIQTLHQVKTIRQTKDGGYALTVEQKDTDGKLLATKEISCRYLFLGAGSLGSTELLVRARDTGTLPNLNSEVGAGWGPNGNIMTARANHMWNPTGAHQSSIPALGIDAWDNSDSSVFAEIAPMPAGLETWVSLYLAITKNPQRGTFVYDAATDRAKLNWTRDQNAPAVNAAKALFDRINKANGTIYRYDLFGTQLKAFADDFCYHPLGGCVLGKATDDYGRVAGYKNLYVTDGSLIPGSVGVNPFVTITALAERNVERIIKQDV

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__919995986036934__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__919995986036934__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5kwf/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__919995986036934__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"919995986036934","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5kwf/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__919995986036934__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase, isomerase
source organism	Streptomyces sp. (strain sa-coo)
publication title	An extended N-H bond, driven by a conserved second-order interaction, orients the flavin N5 orbital in cholesterol oxidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Cholesterol oxidase
total genus	166
structure length	498
sequence length	498
ec nomenclature	ec 1.1.3.6: Cholesterol oxidase.
pdb deposition date	2016-07-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00732	GMC_oxred_N	GMC oxidoreductase
A	PF05199	GMC_oxred_C	GMC oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.410.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Cholesterol Oxidase; domain 2	Cholesterol Oxidase; domain 2	5kwfA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	5kwfA01

2YLRA 2YG6A 4H4SA 3VRBA 4U8NA 3NTDA 3FG2P 2IVDA 2XDOA 3G5SA 4UDRA 5BUKA 2R46A 2WEUA 1K0IA 1JRYA 3O0HA 2XLRA 4B64A 1DXLA 2GAHB 1OJ9A 1GRFA 5FS9A 2C67A 3SM8A 1KNPA 4X4JA 4YSZA 2YR4A 5KVHA 1TDKA 1OJDA 4FK1C 1GTEA 3SFDA 3VRAA 1K4QA 3ICTA 1KDGA 2A89A 3RHAA 2RABA 4B67A 4EIQA 3NGCX 3LADA 4ZN0A 3ICSA 4OVIA 2CULA 1NAAA 2XLSA 3DJJA 2WPCA 3BI5A 3KPFA 1E1MA 3VR9A 5JCMA 5DBJA 1IUXA 1CL0A 2CDUA 2JK6A 3ALLA 2VRMA 3SFEA 5J60A 4CNJA 2HQMA 1PBCA 2WU2A 1DODA 2R45A 2OAMA 4TM4A 3AD8B 3WE0A 1F8WA 2AQJA 2C64A 4GDPA 1H84A 3V3NA 3HZLA 1YKJA 3T37A 4AT0A 1GALA 3M0OA 3NH3X 1IUUA 1RSGA 2A87A 2BK3A 2BK4A 4CCRA 1NENA 2Q6UA 1QJDA 2XVFA 4EQXA 1XPQA 5EOWA 5HXIA 3NKSA 3NK2X 2V3AA 1F8RA 4BJYA 1ZMCA 1E39A 4J57A 1QO8A 2WETA 3AE5A 3DJEA 5GSNA 2R4JA 4YSHA 4XWRA 4Y4LA 3ATQA 3DA1A 1N4VA 4U8KA 3D1CA 4I58A 1K0JA 4J56A 4U8OA 4A5LA 4IA5A 4ECHA 1GT8A 2W0HA 4JN9A 4LA1A 2YVGA 1LJ1A 1TDFA 2WBAA 4OCGA 2VVMA 4TM1A 1BGNA 3V76A 1UKVG 3NYFA 1CJ3A 4C74A 1XDIA 3G5RA 2C72A 2ZZCA 2NVKX 1DOCA 4A6NA 4Z2UA 1S2QA 1CJ4A 1FCDA 4K2XA 1V59A 3QVPA 3AD7B 3EAOA 4GRTA 4X9NA 3CTYA 1TDEA 1OJTA 1VQWA 2V3BA 2ZZ0A 3KD9A 4H7UA 3FMWA 1GETA 1CC2A 3IWAA 3PS9A 1ZX9A 1JRZA 4GR1A 2YLWA 2Q0LA 1B5QA 4BV6A 4AT2A 1VG0A 1GOSA 1TDNA 3FBSA 4GUVA 3DK9A 1S2YA 4A79A 4U2TA 1Q9IA 3NIXA 1FEAA 1NG3A 2GEWA 2E1MA 3C4NA 4CCQA 4C77A 4J31A 2XVIA 2JAEA 3AXBA 1DOBA 1NDAA 3KVEA 4OPLA 3SQPA 1D7LA 2APGA 3F8RA 2WP5A 5U63A 3GWDA 4U8MA 4B63A 2NPXA 3RP8A 3I6DA 5KVIA 1O94A 1PBFA 1E7PA 4C3XA 4Z2RA 1S3EA 2B9XA 1PN0A 2B9YA 1GRTA 2R4EA 1D7YA 3OZ2A 3UTEA 2YG4A 4NEVA 4JY3A 2GQFA 3DJDA 1LQTA 1ZK7A 2GR2A 4IV9A 3BNMA 1PJ6A 3KU9A 1YY5A 2YVFA 4K5SA 2X50A 2GVCA 3GDPA 3GYIA 2BS2A 4BK1A 1D4EA 3DK8A 2RGJA 3B3RA 1LTXR 3GRSA 4FX9A 1PS9A 3AYJA 3PO7A 4H4RA 3CPJG 4N9XA 2XFPA 1NHRA 1ELIA 2C3CA 2WOIA 3H4KA 1DNCA 2BXRA 3KA7A 3BNUA 4JDRA 3IF9A 2X99A 1CJCA 1B4VA 3K7QX 3CGBA 2RGOA 4AP1A 4DSHA 4CY6A 4CY8A 1ONFA 3BHKA 2V5ZA 2H89A 4WX1A 1F8SA 1F6MA 1H86A 2GF3A 4Y4MA 5IPYA 5KWFA 4OPGA 3GDNA 2VRLA 2WP9A 4A7AA 1NEKA 1PJ5A 2GB0A 2XFQA 4EMIA 2X8CA 1GPEA 3NT6A 4GF7A 4H4XA 5EBKA 2BC1A 3VQRA 1FL2A 3L1RA 3AE7A 3GMCA 4RG3A 4YXDA 4D04A 2BS4A 1Y0PA 3BI2A 2FJAA 5M0ZA 4Z44A 3REDA 4A9WA 4B69A 1XHCA 4C3YA 2R0PA 1CHUA 3AEBA 1D5TA 3P9UA 5IQ4A 2B7SA 2R9ZA 3RP7A 2VOUA 3EPTA 1O5WA 2YLTA 3CNDA 1BKWA 4PABA 1JEHA 2R0CA 3P4RA 2C73A 4M52A 2WS3A 1Y56B 2Z5XA 3UKHA 4YKGA 2I0ZA 4PAAA 2F5ZA 1GERA 1O95A 1PXAA 2YWLA 5HHFA 2OALA 4P9SA 1PXBA 2JKCA 4ZCCA 4XWZA 3AEEA 1AOGA 4J34A 4CNKA 4CBQA 3LOVA 3AE2A 2OLNA 1BGJA 2QA2A 3CNSA 3B6DA 2QCUA 1EL5A 3UP5A 4E0VA 1EL7A 1D4CA 4NEWA 3DGZA 2QAEA 3LJPA 1CBOA 1ZKQA 2GQWA 4H4VA 3CGEA 3ABVA 4OPTA 3RP6A 2CVJA 1RYIA 2BYBA 1P2EA 2VZ2A 4H4PA 5KOXA 4K8DA 3C4AA 2BCGG 4AOSA 1B37A 3UOVA 1IUSA 1LQUA 1N4UA 1TYPA 2YM1A 2FJBA 3H8LA 4EQRA 1ZMDA 3CN8A 4BJZA 4KPRA 2ZZBA 3ADAB 3DJGX 2VQ7A 2X8HA 4USQA 4DSGA 2E4GA 1JNZA 2YLXA 3QFBA 5J7XA 2BACA 1DOEA 3AEGA 2YR6A 1E1KA 2Y6QA 3ITJA 2Q7VA 3EF6A 3M13A 3ZDNA 4EQWA 3CGCA 1ZP0A 5BRTA 1GXFA 4H4YA 5KRQA 1H7WA 3FPZA 4H50A 3LXDA 2XFNA 4ICYA 4A99A 1ZY8A 2X3NA 3GRTA 5JCIA 4UDPA 3GSIA 3COXA 1F3PA 3NHOX 2B9WA 4A65A 4IA6A 1B8SA 2YQUA 1ZOYA 1N1PA 1L9EA 1SEZA 2GR1A 3UTGA 3CPIG 2GMHA 1IUVA 1E6EA 4J36A 3AWIA 2PHHA 1EBDA 3K7TA 4H2QA 2C3DA 2WOVA 2XVHA 2B7RA 5JCKA 3F8PA 2EQ6A 2C7GA 5HYMA 1HYUA 4YTNA 4B1BA 3RNMA 1FEBA 2BS3A 2GMJA 4H4QA 4UDQA 1VG9A 4YT0A 3S61A 2YG5A 1OJCA 4IVMB 4FK1A 2C76A 4IVOB 4JQ9A 3AB1A 3UKPA 4CRTA 5GRTA 3QJ4A 1L0VA 3AYIA 3ALJA 2EQ8A 3NRNA 4GCMA 4OPIA 1PBBA 4Z43A 1M6IA 4AP3A 3AEAA 3CIRA 4X9MA 3VRDB 2BXSA 3CNJA 2FJEA 5EB5A 3DGHA 5EB4A 1YQZA 5FS7A 5FS8A 4XXGA 3NN0X 4C5OA 3DMEA 3V3OA 4O5UA 1VRQB 4EM4A 3P1WA 1ZDLA 3BI4A 3H8IA 3NK1X 1E1LA 3K7MX 5C3JA 2AR8A 1KFYA 2GR3A 4YSXA 3EANA 2C65A 3ATRA 4I59A 5KOWA 4J33A 1CC4A 3QSMA 1MOKA 1DJNA 4EM3A 5BVAA 2XVJA 1H7XA 1L9CA 4AOXA 3IHGA 1X31B 2AAQA 4H4ZA 2EQ9A 2GR0A 1FECA 4YTPA 3NNEA 1JRXA 4H4UA 1W4XA 1GV4A 3LB8A 1LVLA 3NYEA 3AD9B 3OC4A 3FIMB 4Z25A 4EIPA 2TPRA 2GRTA 3ZYXA 2BK5A 1GRAA 1Z6LA 3R9UA 4EMJA 2OLOA 2IIDA 2IVEA 3F8DA 4TLZA 4USRA 3URHA 4YTMA 2UZZA 1EL8A 2WDRA 2JB3A 4OPUA 3UP4A 1VDCA 4U2SA 3QFAA 3CPHG 2FJDA 2WU5A 2JBVA 2XLTA 2XLUA 2YG3A 2YLSA 4H4TA 1GRBA 4DGKA 4H2RA 4ZCDA 1DJQA 1H82A 1REOA 2DKHA 3AE8A 3Q6JA 3LZWA 4K7ZA 4NTCA 3NN6X 1PDHA 4U8LA 3BHFA 3LZXA 5JCNA 1YQ4A 3QSSA 2BABA 2WPFA 2C66A 2WDQA 4A6NB 1PHHA 2VQBA 3GD4A 4YSYA 4OPCA 1IJHA 1IUWA 4NZHA 1GREA 3ALMA 2WPEA 3CGDA 4H4WA 2PYXA 3K30A 1PJ7A 4EQSA 3DK4A 3P4PA 4HA6A 4UP3A 3UTFA 1NPXA 2YG7A 2WESA 2XFUA 5ER0A 2CFYA 2XFOA 4O5QA 3SGLA 4JNAA 1LV0A 1LPFA 3UKKA 1OJAA 4RSLA 3GYJA 1E1NA 4U2LA 3PVCA 1H81A 4K22A 1CJ2A 5TR3A 1MXTA 3NLCA 3GMBA 4D03A 2TMDA 5BULA 3KKJA 2RGHA 3UOYA 2JB1A 3II4A 1M64A 4BK2A 1FOHA 4DNAA 2WOWA 1KF6A 3P4SA 4LU6A 1RP0A 2V60A 2J3NA 4NTEA 2ARDA 2WDVA 3QSEA 3M12A 4JNQA 4U8IA 4KX6A 4K5RA 1BF3A 2E5VA 2C70A 2FBWA 1EL9A 2YR5A 3AYLA 2VVLA 3AE9A 3D8XA 3AE3A 2XLPA 3AEDA 1NHPA 4U8PA 1L9DA 4U8JA 1BWCA 1TDOA 3NYCA 2V6OA 2WP6A 5CQFA 2R0GA 5FS6A 3IC9A 3CNTA 3UCLA 3AE6A 3AECA 4Z24A 1KNRA 3KLJA 1Y56A 3L8KA 4OPDA 4B66A 4TM0A 3UKLA 1NHQA 4Y4NA 3E1TA 1GNDA 2YAUA 3GWFA 4J2WA 1P2HA 5FMHA 1KSUA 5C2TA 4BK3A 1JU2A 3NK0X 1XANA 4BURA 3AE4A 1K0LA 3P4QA 2OA1A 1GTHA 3I3LA 2XYOA 4H2PA 3G5QA 2YLZA 2XVEA 2X8GA 4YWOA 4TLXA 4RG4A 1TRBA 1KSSA 1H83A 2BC0A 1Q1WA 2BA9A 1S3BA 3NTAA 2ACZA 2Z5YA 5U1OA 4B65A 1NG4A 3CNPA 1NHSA 2YM2A 2ZBWA 1COYA 2XCGA 2Q0KA 4TM3A 3S5WA 2EQ7A 2QA1A 4JY2A 3UOXA 1PXCA 3IHMA 4REKA 4GDEA 3JSKA 4MJWA 2V61A 1BZLA 1CC6A 3C96A 1PBDA 1D4DA 1GRHA 3GD3A 1ZOVA 3Q9TA 2DKIA 2Y6RA 1GRGA 4LIIA 1JNRA 2O9ZA 4Z26A 5CKUA 5L46A 1GEUA 1H6VA 2WQYA 3UKFA 1GSNA 2VVLG 5M10A 2GAGB 1Q1RA 2BCPA 1MO9A 1QLBA 1PBEA 4APNA 2YVJA 4FDCB 5HY5A 2A8XA 2WHDA 3AE1A 3AEFA 4ADWA 4H2NA 1TYTA 2GV8A 1IUTA 3ISHA 2C75A 5JCLA 4NTDA 3VR8A 2H88A 4Z2TA 3UKQA 2JB2A 5U25A 3UOZA 3UKAA 4HB9A 1GESA 3QVRA 4WCTA 3ICRA 5IQ1A 1YQ3A 3NG7X 1CF3A 5LV9A 4B68A 1N4WA 2GH5A 1JOAA 4YKFA 3UTHA 3DH9A 2B76A 4EMWA 5KXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2YLRA 2YG6A 4H4SA 3VRBA 3T2YA 4U8NA 3NTDA 3FG2P 2IVDA 2XDOA 3G5SA 4UDRA 5BUKA 2R46A 2WEUA 1K0IA 1JRYA 3O0HA 2XLRA 4B64A 1DXLA 3SZWA 2GAHB 1OJ9A 1GRFA 5FS9A 2C67A 3SM8A 1KNPA 4X4JA 4YSZA 2YR4A 5KVHA 1TDKA 1OJDA 4FK1C 1GTEA 3SFDA 3VRAA 1K4QA 3ICTA 4G9KA 1KDGA 2A89A 3RHAA 2RABA 4B67A 4EIQA 3NGCX 3LADA 4ZN0A 3ICSA 4OVIA 2CULA 1NAAA 2XLSA 3DJJA 2WPCA 3BI5A 3KPFA 1E1MA 3VR9A 5JCMA 5DBJA 1IUXA 1CL0A 2CDUA 2JK6A 3ALLA 2VRMA 3SFEA 5J60A 4CNJA 2HQMA 1PBCA 2WU2A 1DODA 2R45A 2OAMA 4TM4A 3AD8B 3WE0A 1F8WA 2AQJA 2C64A 4GDPA 1H84A 3V3NA 3HZLA 1YKJA 3T37A 4AT0A 1GALA 3M0OA 3NH3X 1IUUA 1RSGA 2A87A 2BK3A 2BK4A 4CCRA 1NENA 2Q6UA 1QJDA 2XVFA 4EQXA 1XPQA 5EOWA 5HXIA 3NKSA 3NK2X 2V3AA 1F8RA 4BJYA 1ZMCA 1E39A 4J57A 1QO8A 2WETA 3AE5A 3DJEA 5GSNA 2R4JA 4YSHA 4XWRA 4Y4LA 3ATQA 3DA1A 1N4VA 4U8KA 3D1CA 4I58A 1K0JA 4J56A 4U8OA 4A5LA 4IA5A 4ECHA 1GT8A 2W0HA 4JN9A 4LA1A 2YVGA 1LJ1A 1TDFA 2WBAA 4OCGA 2VVMA 4TM1A 1BGNA 3V76A 1UKVG 3NYFA 1CJ3A 4C74A 1XDIA 3G5RA 2C72A 2ZZCA 2NVKX 1DOCA 4A6NA 4Z2UA 1S2QA 1CJ4A 1FCDA 4K2XA 1V59A 3QVPA 4G6GA 3AD7B 5KMRA 3EAOA 4GRTA 4X9NA 3CTYA 1TDEA 1OJTA 1VQWA 2V3BA 2ZZ0A 3KD9A 4H7UA 3FMWA 1GETA 1CC2A 3IWAA 3PS9A 1ZX9A 1JRZA 4GR1A 4G73A 2YLWA 2Q0LA 1B5QA 3HYXA 4AT2A 4BV6A 1VG0A 1GOSA 1TDNA 3FBSA 4GUVA 3DK9A 1S2YA 4A79A 4U2TA 1Q9IA 3NIXA 1FEAA 1NG3A 2GEWA 2E1MA 3C4NA 4CCQA 4C77A 4J31A 2XVIA 2JAEA 3AXBA 1DOBA 1NDAA 3KVEA 4OPLA 3SQPA 1D7LA 2APGA 3F8RA 2WP5A 5U63A 3GWDA 4U8MA 4B63A 2NPXA 3RP8A 3I6DA 5KVIA 1O94A 1PBFA 1E7PA 4C3XA 4Z2RA 1S3EA 3HYVA 2B9XA 1PN0A 2B9YA 1GRTA 2R4EA 1D7YA 3OZ2A 3UTEA 2YG4A 4NEVA 4JY3A 2GQFA 3DJDA 1LQTA 1ZK7A 2GR2A 2BRYA 3BNMA 1PJ6A 3KU9A 4IV9A 1YY5A 2YVFA 4K5SA 2X50A 2GVCA 3GDPA 3GYIA 2BS2A 4BK1A 1D4EA 3DK8A 2RGJA 3B3RA 1LTXR 3GRSA 4FX9A 1PS9A 3AYJA 3PO7A 4H4RA 3CPJG 4N9XA 2XFPA 1NHRA 1ELIA 2C3CA 2WOIA 3H4KA 1DNCA 2BXRA 3KA7A 3BNUA 4JDRA 3IF9A 2X99A 1CJCA 1B4VA 3K7QX 3CGBA 2RGOA 4AP1A 4DSHA 4CY6A 4CY8A 1ONFA 3BHKA 2V5ZA 2H89A 4WX1A 1F8SA 1F6MA 1H86A 2GF3A 4Y4MA 3SZFA 3SXIA 5IPYA 5KWFA 4OPGA 3GDNA 2VRLA 2WP9A 4A7AA 4GAVA 1NEKA 1PJ5A 2GB0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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