The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
192
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sequence length |
568
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structure length |
568
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Chain Sequence |
ADNLAEFHVQNQECDSCHTPDGELSNDSLTYENTQCVSCHGTLAEVAETTKHEHYNAHASHFPGEVACTSCHSAHEKSMVYCDSCHSFDFNMPYAKKWLRDEPTIAELAKDKSERQAALASAPHDTVDVVVVGSGGAGFSAAISATDSGAKVILIEKEPVIGGNAKLAAGGMNAAWTDQQKAKKITDSPELMFEDTMKGGQNINDPALVKVLSSHSKDSVDWMTAMGADLTDVGMMGGASVNRAHRPTGGAGVGAHVVQVLYDNAVKRNIDLRMNTRGIEVLKDDKGTVKGILVKGMYKGYYWVKADAVILATGGFAKNNERVAKLDPSLKGFISTNQPGAVGDGLDVAENAGGALKDMQYIQAHPTLSVKGGVMVTEAVKGNGAILVNREGKRFVNEITTRDKASAAILAQTGKSAYLIFDDSVRKSLSKIDKYIGLGVAPTADSLVKLGKMEGIDGKALTETVARYNSLVSSGKDTDFERPNLPRALNEGNYYAIEVTPGVHHTMGGVMIDTKAEVMNAKKQVIPGLYGAGEVTGGVHGANRLGGNAISDIITFGRLAGEEAAKYS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Proton Delivery Pathway in the Soluble Fumarate Reductase from Shewanella frigidimarina.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Fumarate reductase flavoprotein subunit
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Shewanella frigidimarina
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| total genus |
192
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| structure length |
568
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| sequence length |
568
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| ec nomenclature |
ec
1.3.5.4: Fumarate reductase (quinol). |
| pdb deposition date | 2005-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00890 | FAD_binding_2 | FAD binding domain |
| A | PF14537 | Cytochrom_c3_2 | Cytochrome c3 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 | Flavocytochrome C3; Chain A | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1 | Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GTE A; 2WDV A; 5JCM A; 3VRB A; 2XLR A; 4C3X A; 1GRE A; 1P2H A; 2VRL A; 4PAA A; 1CBO A; 2NPX A; 1Q1R A; 2RAB A; 2X99 A; 3AYJ A; 1GRF A; 3GYI A; 1S3E A; 3LXD A; 3QFA A; 5EB5 A; 4C77 A; 5IQ4 A; 4WCT A; 1VG0 A; 1DJN A; 2NVK X; 5HHF A; 1F8S A; 4A99 A; 1GU6 A; 1ZMD A; 3BNU A; 4H4T A; 4H2P A; 1H81 A; 3LB8 A; 3DH9 A; 4YTP A; 3KVE A; 2IVE A; 3S7W A; 3NYE A; 4NEV A; 2C70 A; 1K0J A; 3L1R A; 4OPC A; 4AT2 A; 3VR9 A; 1JOA A; 3BHF A; 5KVI A; 1FEB A; 3DK4 A; 1L0V A; 1AOG A; 2GQW A; 1H86 A; 1PJ5 A; 2BCP A; 3VRD B; 3RNM A; 4FK1 A; 3BNH A; 3P4R A; 4K7Z A; 1GRH A; 5C3J A; 4RG4 A; 3F29 A; 3K30 A; 1TRB A; 2YLZ A; 4U8P A; 3AB1 A; 1L9E A; 4J31 A; 2XFQ A; 1M64 A; 4L3Z A; 3ATR A; 1OJC A; 4Y4M A; 3AD8 B; 1KF6 A; 3UTF A; 2GAH B; 1RSG A; 3UOV A; 2JBV A; 3DK8 A; 2R0G A; 1GOS A; 3CNS A; 1KDG A; 2B76 A; 2XLP A; 1FEC A; 3IC9 A; 3AE4 A; 4B66 A; 4Z2U A; 3AEA A; 2YAU A; 2VVL A; 3AE8 A; 1LV0 A; 3K7Q X; 5ER0 A; 4USR A; 1JNZ A; 3UCL A; 1M1P A; 4TLX A; 3QVR A; 2WU5 A; 4YKG A; 3K7M X; 4NTC A; 3B3R A; 3UTH A; 3O0H A; 5HYM A; 3BNJ A; 4UP3 A; 1PDH A; 1N4V A; 2WPF A; 4APN A; 2XVJ A; 1E1N A; 3GRS A; 3P4P A; 4BJZ A; 3UBR A; 3F8D A; 3FO3 A; 5U63 A; 2BC0 A; 3NK1 X; 2A8X A; 3NNE A; 5JCL A; 5JCK A; 1IUX A; 1JU2 A; 5FMH A; 3GMB A; 2RGJ A; 1NDA A; 1LVL A; 3D8X A; 3SGL A; 2ZZB A; 5U1O A; 1YY5 A; 1Y56 A; 4CY8 A; 1DOE A; 3ICR A; 1Y0P A; 3CGE A; 2Q6U A; 3OC4 A; 1Z6L A; 1PXA A; 4KPR A; 5KRQ A; 4H4S A; 2VZ2 A; 4EIQ A; 1S2Y A; 2BS4 A; 1H7W A; 5IPY A; 1FOH A; 2HQM A; 1NG3 A; 4U8M A; 2APG A; 3NT6 A; 4J56 A; 4Z24 A; 3ZYX A; 2EQ8 A; 3B6D A; 4JY3 A; 4B64 A; 5TR3 A; 1KNR A; 1TYP A; 1SEZ A; 4Q1O A; 3DK9 A; 4Q5B A; 2GF3 A; 3BI2 A; 4I59 A; 3H4K A; 3K7T A; 3GM6 A; 2XDO A; 3QSS A; 3AE6 A; 5IQ1 A; 2WEU A; 4CNJ A; 4FK1 C; 2BAB A; 4H4Z A; 3I6D A; 4Z2T A; 1YQZ A; 1IUS A; 4I58 A; 2Z5Y A; 2YVF A; 2GR0 A; 4JNQ A; 1ZMC A; 4J2W A; 1DOB A; 3UKK A; 3UTE A; 2XVF A; 4FX9 A; 4DNA A; 1OAH A; 5L46 A; 5GRT A; 2R9Z A; 2WU2 A; 1FS7 A; 4X9N A; 2TMD A; 4K22 A; 1DOD A; 2GMH A; 1VRQ B; 3CNJ A; 3WE0 A; 4MJW A; 3BNG A; 1M1R A; 1DJQ A; 1KNP A; 2Q0K A; 2YR4 A; 2C3D A; 3II4 A; 1IJH A; 1H84 A; 2RF7 A; 3UU9 A; 2YR6 A; 2B7S A; 4EMW A; 2VQB A; 1LQT A; 2BC1 A; 3UOY A; 2R0C A; 3RP8 A; 1PBD A; 3PVC A; 2BYB A; 4CBQ A; 2K3V A; 1YKJ A; 1ZOY A; 4XWR A; 2GV8 A; 3RP7 A; 2Q7V A; 4KX6 A; 3CNT A; 1F6M A; 2YR5 A; 2ZO5 A; 1PBF A; 2IID A; 4NTE A; 3VQR A; 4CY6 A; 2XLU A; 3GDN A; 3ICS A; 2BCG G; 2CUL A; 2V6O A; 4UDP A; 1K0I A; 1JNR A; 2GH5 A; 3KU9 A; 1S2Q A; 4YSH A; 4YSY A; 3LJP A; 4H2R A; 2V3B A; 3IF9 A; 3SFD A; 4BK2 A; 4K2X A; 3UOX A; 4A65 A; 2GMJ A; 1GXF A; 3QVP A; 4OVI A; 1Q9I A; 3AE7 A; 4K5R A; 3FMW A; 2RGH A; 4LU6 A; 2GVC A; 1JRY A; 2JB1 A; 2YWL A; 3AEG A; 3AE3 A; 4JNA A; 4U8I A; 2YG4 A; 4DSG A; 3AE1 A; 3V76 A; 4B65 A; 2OT4 A; 1H6V A; 2WET A; 5C2T A; 2C75 A; 3D1C A; 2WES A; 3BNF A; 2WOV A; 4C5O A; 1CJ4 A; 4DGK A; 3GSI A; 3KD9 A; 3Q6J A; 4Q0T A; 5EBK A; 5M0Z A; 2X3N A; 1EL5 A; 3PO7 A; 4H50 A; 4OPT A; 1ZKQ A; 2VQ7 A; 4Q17 A; 3NHO X; 2O9Z A; 3L8K A; 2E5V A; 3QSE A; 5FS8 A; 5FS6 A; 3UOZ A; 4EMJ A; 3CPH G; 4BK3 A; 3FPZ A; 2C65 A; 3DGH A; 1IUT A; 1QO8 A; 1LTX R; 4U2T A; 3NRN A; 3GYJ A; 1LJ1 A; 2X8C A; 3LOV A; 4H4W A; 1OJA A; 1GRB A; 4Z44 A; 2C72 A; 3C96 A; 4YSZ A; 2WOI A; 3AEF A; 4TM4 A; 3NK0 X; 1H7X A; 2C3C A; 1F8W A; 4A6N B; 4YTM A; 3AYL A; 2C76 A; 3CPJ G; 2WP6 A; 1N4W A; 3JSK A; 2GEW A; 3KLJ A; 4IV9 A; 4E0V A; 3NGC X; 2BXS A; 2WOW A; 3IHG A; 2FJE A; 3QFB A; 1S3B A; 4YWO A; 1B5Q A; 2FJB A; 2Q0L A; 1CJ3 A; 4C3Y A; 2V5Z A; 4H4X A; 4NZH A; 1O95 A; 3CPI G; 2QAE A; 4Y4L A; 4EIP A; 1M6I A; 1BVB A; 2AAQ A; 2YVJ A; 4AT0 A; 2JAE A; 2ZBW A; 2JB2 A; 1GES A; 4L3Y A; 1O5W A; 1PBC A; 3NN0 X; 1FL2 A; 1GSN A; 5JCI A; 4TLZ A; 3FBS A; 3URH A; 3IHM A; 2YLX A; 1NEN A; 3AD7 B; 3AEE A; 4J33 A; 4LA1 A; 1PXB A; 4IA6 A; 3FG2 P; 2E1M A; 2XLT A; 4AP1 A; 2OAM A; 4WJY A; 1LQU A; 2GRT A; 2V3A A; 4YTN A; 3GYX A; 3COX A; 1B4V A; 2X8G A; 3AE2 A; 4Z26 A; 1K4Q A; 4GDE A; 3CNP A; 3AYI A; 1FT6 A; 4EQS A; 3AWI A; 4BJY A; 4EMI A; 3ALM A; 4C74 A; 3EAN A; 3UKQ A; 4JN9 A; 4USQ A; 2JB3 A; 3ITJ A; 1QDB A; 3CN8 A; 2F5Z A; 1GET A; 3DGZ A; 4HB9 A; 1MO9 A; 4RG3 A; 2A89 A; 3H8I A; 1ELI A; 3QSM A; 3VRA A; 4UDQ A; 4ZCC A; 4U8O A; 3DME A; 3P9U A; 1BGJ A; 1JRX A; 2XFO A; 1GER A; 3NYF A; 4TM1 A; 1MOK A; 4AOX A; 3ALL A; 2CVJ A; 1E39 A; 3CTY A; 1KSU A; 2PHH A; 1KFY A; 4H4Q A; 4CCQ A; 2YLW A; 5LV9 A; 1NPX A; 2ARD A; 4U8N A; 1NHR A; 2B9X A; 4U2L A; 2XFP A; 1H82 A; 3V3N A; 4GDP A; 4BUR A; 2VOU A; 4H4Y A; 3E1T A; 5GSN A; 1GV4 A; 3MMO A; 4OPD A; 3UKF A; 3I3L A; 2WPE A; 5CQF A; 1FT5 A; 1CC4 A; 4N9X A; 3R9U A; 2BAC A; 5FS7 A; 4EQX A; 5BUK A; 5U25 A; 1TDO A; 2WDQ A; 4EQR A; 4H4R A; 1ZDL A; 3GD3 A; 1YQ3 A; 2XCG A; 4EQW A; 5HXI A; 3D1I A; 1N1P A; 5KXJ A; 4JDR A; 1EL9 A; 3S5W A; 1YQ4 A; 1PS9 A; 4JQ9 A; 4L3X A; 2QCU A; 1JEH A; 1D5T A; 1RP0 A; 1DNC A; 4K8D A; 1P2E A; 2GAG B; 4D03 A; 3GWF A; 4H2N A; 5KVH A; 5CKU A; 2C73 A; 1TYT A; 4CNK A; 5KOX A; 3AD9 B; 4P9S A; 2BK3 A; 4OPU A; 3G5R A; 3C4A A; 1O94 A; 1ZOV A; 2QA2 A; 1PHH A; 4ZN0 A; 2Z5X A; 4O5Q A; 3M13 A; 4TM3 A; 3RKH A; 1CJC A; 1ZP0 A; 2GB0 A; 3RP6 A; 4YSX A; 3KPF A; 5JCN A; 1IUV A; 4K5S A; 2YQU A; 2LFC A; 3EPT A; 2WPC A; 2ZZC A; 2YVG A; 3DJE A; 5BRT A; 4WX1 A; 2RGO A; 2BS3 A; 4DSH A; 3GRT A; 1D7Y A; 3UKP A; 3SCE A; 1VDC A; 3ICT A; 4H4U A; 2J7A A; 2FJD A; 5BVA A; 1XHC A; 5EB4 A; 4O5U A; 1QLB A; 4Q5C A; 2XYO A; 4YT0 A; 1OJT A; 1E1M A; 2YG5 A; 4J34 A; 2BS2 A; 5FS9 A; 2B9W A; 4Z25 A; 4OCG A; 3NK2 X; 2DKI A; 1FS8 A; 2FBW A; 3AXB A; 1W4X A; 2BK4 A; 2WP5 A; 2YM2 A; 3CGD A; 3QJ4 A; 1E1L A; 2I0Z A; 4H2Q A; 4UDR A; 3EAO A; 4B68 A; 2H88 A; 2RDZ A; 4EM4 A; 1RYI A; 2WS3 A; 3AE9 A; 1E7P A; 2DKH A; 1Y56 B; 1CJ2 A; 1D4C A; 1MXT A; 1X31 B; 2OA1 A; 2YG6 A; 3CND A; 1PN0 A; 1IUW A; 1NG4 A; 4EM3 A; 3BNM A; 3DJD A; 3GDP A; 1GEU A; 1F8R A; 3SM8 A; 2E80 A; 1FEA A; 2YG3 A; 4ICY A; 3UKA A; 2AQJ A; 3CGC A; 2VVL G; 4J57 A; 2CDU A; 5J7X A; 1EL8 A; 1N4U A; 3F8P A; 2EQ9 A; 1FS9 A; 4X4J A; 3VR8 A; 5J60 A; 2W0H A; 4J36 A; 2XLS A; 2J3N A; 4CRT A; 1EL7 A; 1NHS A; 4Z2R A; 4U8J A; 1UKV G; 2IVD A; 2A87 A; 2R0P A; 3M12 A; 2YLT A; 4H4V A; 3F8R A; 4IVO B; 1GRG A; 4ECH A; 2C67 A; 3S61 A; 4REK A; 2XVI A; 1QJD A; 2JKC A; 2YG7 A; 4B69 A; 1CF3 A; 3GD4 A; 3UKH A; 1NHQ A; 3C4N A; 1OJ9 A; 3G5Q A; 4Z43 A; 1DXL A; 3ZDN A; 1PJ6 A; 3GMC A; 3V3O A; 3KKJ A; 1TDN A; 1D4D A; 2WBA A; 3BI5 A; 3H8L A; 3ISH A; 3TTB A; 1XAN A; 1E1K A; 1FCD A; 3ADA B; 4A79 A; 1ZK7 A; 1BZL A; 3NIX A; 4JY2 A; 3UTG A; 3BHK A; 4L38 A; 4XWZ A; 2CFY A; 4M52 A; 5DBJ A; 3GWD A; 4Q4U A; 1REO A; 2WDR A; 4OPL A; 2JK6 A; 4IVM B; 1JRZ A; 4H7U A; 4ZCD A; 2V60 A; 2YLS A; 2EQ6 A; 2OAL A; 3CIR A; 1GND A; 3NTD A; 3SQP A; 3AEB A; 3T37 A; 3P4S A; 4AP3 A; 3NG7 X; 4U8K A; 4B63 A; 3P4Q A; 4YXD A; 1VG9 A; 3UP5 A; 1VQW A; 3G5S A; 1DOC A; 4RSL A; 1ZY8 A; 1NEK A; 2WHD A; 1TDK A; 2UZZ A; 2Y6Q A; 3OWM A; 3NKS A; 4GUV A; 4YKF A; 1HYU A; 2QA1 A; 1GRA A; 3SFE A; 2YM1 A; 4FDC B; 3UP4 A; 1PBB A; 2WQY A; 1ONF A; 3ALJ A; 3CGB A; 5BUL A; 1F3P A; 3NH3 X; 3PS9 A; 4U8L A; 4GR1 A; 4U2S A; 4A5L A; 1CC6 A; 3HZL A; 3ATQ A; 4TM0 A; 1BKW A; 2WP9 A; 3DA1 A; 2PYX A; 3KA7 A; 3EF6 A; 4CCR A; 4GCM A; 3LZW A; 3L1T A; 1B8S A; 1BGN A; 3Q9T A; 1B37 A; 2R4J A; 2XVE A; 2ZZ0 A; 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3TOR A; 1CC2 A; 3LG1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GTE A; 2WDV A; 5JCM A; 3VRB A; 2XLR A; 4C3X A; 3HYX A; 1GRE A; 1P2H A; 2VRL A; 4PAA A; 1CBO A; 2NPX A; 1Q1R A; 2RAB A; 2X99 A; 3AYJ A; 1GRF A; 3GYI A; 1S3E A; 3LXD A; 3QFA A; 5EB5 A; 4C77 A; 5IQ4 A; 4WCT A; 1VG0 A; 1DJN A; 2NVK X; 5HHF A; 1F8S A; 4A99 A; 1GU6 A; 1ZMD A; 3BNU A; 4H4T A; 4H2P A; 1H81 A; 3LB8 A; 3DH9 A; 4YTP A; 3KVE A; 2IVE A; 3S7W A; 3NYE A; 4NEV A; 2C70 A; 1K0J A; 3L1R A; 4OPC A; 4AT2 A; 3VR9 A; 1JOA A; 3BHF A; 5KVI A; 1FEB A; 3T2Z A; 3DK4 A; 1L0V A; 1AOG A; 2GQW A; 1H86 A; 1PJ5 A; 2BCP A; 3VRD B; 3RNM A; 4FK1 A; 3BNH A; 3P4R A; 4K7Z A; 1GRH A; 5C3J A; 4RG4 A; 3F29 A; 3K30 A; 1TRB A; 2YLZ A; 4U8P A; 3AB1 A; 1L9E A; 4J31 A; 2XFQ A; 1M64 A; 4L3Z A; 3ATR A; 1OJC A; 4Y4M A; 3AD8 B; 1KF6 A; 3UTF A; 2GAH B; 1RSG A; 3UOV A; 2JBV A; 3DK8 A; 2R0G A; 1GOS A; 3CNS A; 1KDG A; 2B76 A; 2XLP A; 1FEC A; 3IC9 A; 3AE4 A; 4B66 A; 4Z2U A; 3AEA A; 2YAU A; 2VVL A; 3AE8 A; 1LV0 A; 3K7Q X; 5ER0 A; 4USR A; 1JNZ A; 4EMJ A; 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