The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
132
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structure length |
132
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Chain Sequence |
TVTVTYDPSNAPSFQQEIANAAQIWNSSVRNVQLRAGGNADFSYYEGNDSRGSYAQTDGHGRGYIFLDYQQNQQYDSTRVTAHETGHVLGLPDHYQGPCSELMSGGGPGPSCTNPYPNAQERSRVNALWANG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the zinc-binding site in the crystal structure of a zinc endoprotease from Streptomyces caespitosus at 1 A resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ZINC ENDOPROTEASE
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| total genus |
49
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| structure length |
132
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| sequence length |
132
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.77: Snapalysin. |
| pdb deposition date | 2000-02-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02031 | Peptidase_M7 | Streptomyces extracellular neutral proteinase (M7) family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1S4B P; 3AYU A; 1ATL A; 1D5J A; 2OW9 A; 1R1J A; 3OHO A; 1UEA A; 1AF0 A; 5BOT A; 3HYG A; 3DWB A; 5D1U A; 3TT4 A; 3DPF A; 1CGE A; 1FM1 A; 3F1A A; 1GKC A; 1Y0V A; 2ERP A; 4H76 A; 1IAA A; 1PWV A; 3MA2 A; 2OVX A; 4GWN A; 1XFU A; 2ERO A; 2O3E A; 1JAN A; 4IUW A; 2WO8 A; 3LMC A; 2OW2 A; 1BKC E; 1J7N A; 3VTG A; 1CK7 A; 3P1V A; 1BUV M; 3DSL A; 3KWV C; 1XFW A; 2DDF A; 3LJZ A; 1K7Q A; 3B2Z A; 1CXV A; 1OO9 A; 2J83 A; 3DL1 A; 2WOA A; 3HY7 A; 4PKU A; 1GXD A; 3LUN A; 1BUD A; 4XBH A; 4ZR5 A; 3F18 A; 5I2Z A; 5I4O A; 3Q2H A; 1HTD A; 1I1I P; 3O2X A; 1JK3 A; 2CKI A; 3EHX A; 1OM8 A; 2A8H A; 1JAQ A; 4DD8 A; 2MZI A; 4PKS A; 1SLM A; 4XCT A; 2OW0 A; 2JT6 A; 4L6T A; 1OS2 A; 1YQY A; 4GR8 A; 1UMS A; 1GE6 A; 1XFZ A; 1MMP A; 3EDZ A; 1R55 A; 1HFC A; 1KUI A; 4ON1 A; 1EAK A; 3I7I A; 456C A; 3F17 A; 1OS9 A; 1C8T A; 3WV1 A; 2W15 A; 3EDH A; 4I03 A; 4PKW A; 3HDA P; 2W0D A; 4WK7 A; 2OXW A; 4H1Q A; 2RJP A; 2D1N A; 1BKC I; 4JP4 A; 2X3B A; 4CTH A; 1PWU A; 3L0T A; 3F15 A; 1QJI A; 4H84 A; 5I12 A; 2MLR A; 3K7N A; 4GUY A; 4JIJ A; 1ZXV A; 2ERQ A; 1MMB A; 1SU3 A; 2PJT A; 5CUH A; 2Y6C A; 3LIR A; 1QUA A; 1ND1 A; 2DW1 A; 1FLS A; 1L6J A; 1MNC A; 2N8R A; 1GKD A; 1GO7 P; 2RJQ A; 4H49 A; 4PKT A; 1C7K A; 4AYK A; 3GBO A; 2D1O A; 4I35 A; 1SMP A; 5I43 A; 2WO9 A; 1XUC A; 2OI0 A; 3KMC A; 4IN9 A; 4GWM A; 2JT5 A; 3G5C A; 1G49 A; 2OW1 A; 4AXQ A; 5CZM A; 5H8X A; 4WKE A; 5BOY A; 3EWJ A; 1CIZ A; 1A85 A; 5BPA A; 3HBV P; 1SAT A; 3KME A; 3V96 B; 1Y8J A; 1QIC A; 3WV2 A; 2JIH A; 2JNP A; 2W12 A; 5L7F A; 2L0R A; 3WV3 A; 1EUB A; 1K7G A; 1IAB A; 1HY7 A; 3EHY A; 2OY2 A; 3EDG A; 2FV5 A; 3LJT A; 4JA1 A; 5B5P A; 1IAC A; 1ZTQ A; 4ILW D; 1XUR A; 1G9K A; 1RMZ A; 2MZH A; 4JPA A; 4HX3 A; 1UMT A; 4H3X A; 1OM6 A; 1C3I A; 2FV9 A; 3KRY A; 4FXQ A; 2K2G A; 4IJO A; 1O0T A; 3HBU P; 4L63 A; 1UTT A; 3ZUK A; 2E2D A; 3B8Z A; 1SRP A; 1O0Q A; 1B3D A; 1D8M A; 2XS3 A; 1BSW A; 4Q1L A; 1BIW A; 5JMY A; 1CQR A; 2W14 A; 1USN A; 3LK8 A; 1EB6 A; 2KRJ A; 3Q2G A; 5CXA A; 1HFS A; 1B8Y A; 2TCL A; 1QIA A; 3N2U A; 1XFX A; 3KEJ A; 4GR3 A; 1BM6 A; 1DTH A; 2V4B A; 4QKZ A; 1AKL A; 3HB2 P; 5D1T A; 3ZVS A; 4FXY P; 3G42 A; 1XFY A; 1AYK A; 4DPE A; 3F16 A; 1BKC A; 1A86 A; 4H82 A; 3L0V A; 3P24 A; 3HY9 A; 1RM8 A; 4JQG A; 2E3X A; 2K9C A; 1HV5 A; 3KEK A; 4AUO A; 2XS4 A; 3ELM A; 3KHI A; 3U1R A; 2OVZ A; 1IAG A; 4PKV A; 3RTS A; 4WF6 A; 3USN A; 5D1S A; 4G0D A; 1D7X A; 1IAE A; 1CAQ A; 3LIK A; 830C A; 3I7G A; 4GQL A; 1GE5 A; 2OXZ A; 1MMR A; 3EDI A; 3N2V A; 3LGP A; 4A7B A; 1GE7 A; 1QIB A; 2MZE A; 3OHL A; 1I73 A; 2W13 A; 1JIZ A; 5LAB A; 4PKQ A; 4HMA A; 1PWP A; 2HU6 A; 3E8R A; 1K7I A; 1ZS0 A; 2AIG P; 1XUD A; 5D7W A; 3KEC A; 3NX7 A; 3UVC A; 5L79 A; 4GF1 A; 1KUH A; 3VI1 A; 4FU4 A; 1ZP5 A; 2USN A; 4DV8 A; 1KUK A; 4G9L A; 3LQB A; 2OZR A; 3CKI A; 3ZXH A; 1ZVX A; 3TSK A; 4XM6 A; 2J0T A; 2AYK A; 3HDB A; 2I47 A; 1YP1 A; 5I0L A; 4L19 A; 3DNG A; 1Z3J A; 1GO8 P; 1BQQ M; 1PWW A; 1YOU A; 3LE9 A; 1QJJ A; 3AIG A; 1Y93 A; 1BQO A; 2JSD A; 3F19 A; 2DW0 A; 2Z2D A; 1FBL A; 3LJG A; 2OY4 A; 4WKI A; 5D2B A; 1UTZ A; 2QPJ A; 4DF9 A; 3TS4 A; 4XM7 A; 2MLS A; 3LEA A; 1MMQ A; 1D8F A; 2OXU A; 1R1I A; 2Y6D A; 1JKY A; 2POJ A; 3AYK A; 3BA0 A; 1DMT A; 1H71 P; 2X7M A; 2DDY A; 4A3W A; 4J4M A; 1R1H A; 2X3A A; 3O64 A; 1WNI A; 1PWQ A; 1YCM A; 3TVC A; 2X3C A; 4XM8 A; 1JJ9 A; 3RTT A; 3B92 A; 1IAD A; 2CLT A; 1ROS A; 1G12 A; 1ZXC A; 1BZS A; 5I3M A; 1XFV A; 1JAP A; 4EFS A; 5B5O A; 1R54 A; 2YIG A; 3K7L A; 1OMJ A; 1G05 A; 1Q3A A; 4H2E A; 3DPE A; 3SHI A; 4FVL A; 3LKA A; 1SLN A; 5D3C A; 3LQ0 A; 1CGF A; 2O36 A; 1KUF A; 1OM7 A; 1AST A; 2YB9 A; 2DW2 A; 1JIW P; 1JAO A; 4AIG A; 1KUG A; 1JH1 A; 1HOV A; 1CGL A; 4H30 A; 4PKR A; 966C A; 1KBC A; 4GR0 A; 4R3V A; 1I76 A; 3LUM A; 4WZV A; 1KAP P; 2SRT A; 3LIL A; 1G4K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S4B P; 3AYU A; 1ATL A; 1D5J A; 2OW9 A; 1R1J A; 3DTE A; 3OHO A; 1UEA A; 1AF0 A; 5BOT A; 3HYG A; 3DWB A; 5D1U A; 3TT4 A; 3DPF A; 1CGE A; 1FM1 A; 3F1A A; 1GKC A; 1Y0V A; 2ERP A; 4H76 A; 1IAA A; 1PWV A; 1TVI A; 3MA2 A; 2OVX A; 4GWN A; 1XFU A; 2ERO A; 2O3E A; 1JAN A; 4IUW A; 2WO8 A; 3LMC A; 2OW2 A; 1BKC E; 1J7N A; 3VTG A; 1CK7 A; 3P1V A; 2YUF A; 1XM5 A; 1BUV M; 3DSL A; 3KWV C; 1XFW A; 2DDF A; 3LJZ A; 1K7Q A; 3B2Z A; 1CXV A; 1OO9 A; 2J83 A; 3DL1 A; 2WOA A; 3HY7 A; 4PKU A; 1GXD A; 3LUN A; 1BUD A; 4XBH A; 4ZR5 A; 3F18 A; 5I2Z A; 5I4O A; 3Q2H A; 1HTD A; 1I1I P; 3O2X A; 1JK3 A; 1OZ9 A; 2CKI A; 3EHX A; 1OM8 A; 2A8H A; 1JAQ A; 4DD8 A; 2MZI A; 4PKS A; 1SLM A; 4XCT A; 2OW0 A; 2JT6 A; 4L6T A; 1OS2 A; 1YQY A; 4GR8 A; 1UMS A; 1GE6 A; 1XFZ A; 1MMP A; 3EDZ A; 1R55 A; 1HFC A; 1KUI A; 4ON1 A; 1EAK A; 3I7I A; 456C A; 3F17 A; 1OS9 A; 1C8T A; 3WV1 A; 2W15 A; 3EDH A; 4I03 A; 4PKW A; 3HDA P; 2W0D A; 4WK7 A; 2OXW A; 4H1Q A; 2RJP A; 2D1N A; 1BKC I; 4JP4 A; 2X3B A; 4CTH A; 1PWU A; 3L0T A; 3F15 A; 1QJI A; 4H84 A; 5I12 A; 2MLR A; 3K7N A; 4GUY A; 4JIJ A; 1ZXV A; 2ERQ A; 1MMB A; 1SU3 A; 2PJT A; 5CUH A; 2Y6C A; 3LIR A; 1QUA A; 1ND1 A; 2DW1 A; 1FLS A; 1L6J A; 1MNC A; 2N8R A; 1GKD A; 1GO7 P; 2RJQ A; 4H49 A; 4PKT A; 1C7K A; 4AYK A; 3GBO A; 3DTK A; 2D1O A; 4I35 A; 1SMP A; 5I43 A; 2WO9 A; 1XUC A; 2OI0 A; 3KMC A; 4IN9 A; 4GWM A; 2JT5 A; 3G5C A; 1G49 A; 2OW1 A; 4AXQ A; 5CZM A; 5H8X A; 4WKE A; 5BOY A; 3EWJ A; 1CIZ A; 1A85 A; 5BPA A; 3HBV P; 1SAT A; 3KME A; 3V96 B; 1Y8J A; 1QIC A; 3WV2 A; 2JIH A; 2JNP A; 2W12 A; 5L7F A; 2L0R A; 3WV3 A; 1EUB A; 1K7G A; 1IAB A; 1HY7 A; 3EHY A; 2OY2 A; 3EDG A; 2FV5 A; 3LJT A; 4JA1 A; 5B5P A; 1IAC A; 1ZTQ A; 4ILW D; 1XUR A; 1G9K A; 1RMZ A; 2MZH A; 4JPA A; 4HX3 A; 1UMT A; 4H3X A; 1OM6 A; 1C3I A; 2FV9 A; 3KRY A; 4FXQ A; 2K2G A; 4IJO A; 1O0T A; 3HBU P; 4L63 A; 1UTT A; 3ZUK A; 2E2D A; 3B8Z A; 1SRP A; 1O0Q A; 1B3D A; 1D8M A; 2XS3 A; 1BSW A; 4Q1L A; 1BIW A; 5JMY A; 1CQR A; 2W14 A; 1USN A; 3LK8 A; 1EB6 A; 2KRJ A; 3Q2G A; 5CXA A; 1HFS A; 1B8Y A; 2TCL A; 1QIA A; 3N2U A; 1XFX A; 3KEJ A; 4GR3 A; 1BM6 A; 1DTH A; 2V4B A; 4QKZ A; 1AKL A; 3HB2 P; 5D1T A; 3ZVS A; 4FXY P; 4L7A A; 3G42 A; 1XFY A; 1AYK A; 4DPE A; 3F16 A; 1BKC A; 1A86 A; 4H82 A; 3L0V A; 3P24 A; 3HY9 A; 1RM8 A; 4JQG A; 2E3X A; 2K9C A; 1HV5 A; 3KEK A; 4AUO A; 2XS4 A; 3ELM A; 3KHI A; 3U1R A; 2OVZ A; 1IAG A; 4PKV A; 3RTS A; 4WF6 A; 3USN A; 5D1S A; 4G0D A; 1D7X A; 1IAE A; 1CAQ A; 3LIK A; 830C A; 3I7G A; 4GQL A; 1GE5 A; 2OXZ A; 1MMR A; 3EDI A; 3N2V A; 3LGP A; 4A7B A; 1GE7 A; 1QIB A; 2MZE A; 3OHL A; 1I73 A; 2W13 A; 1JIZ A; 5LAB A; 4PKQ A; 4HMA A; 1PWP A; 2HU6 A; 3E8R A; 1K7I A; 1ZS0 A; 2AIG P; 1XUD A; 5D7W A; 3KEC A; 3NX7 A; 3UVC A; 5L79 A; 4GF1 A; 1KUH A; 3VI1 A; 4FU4 A; 1ZP5 A; 2USN A; 4DV8 A; 1KUK A; 4G9L A; 3LQB A; 2OZR A; 3CKI A; 3ZXH A; 1ZVX A; 3TSK A; 4XM6 A; 2J0T A; 2AYK A; 3HDB A; 2I47 A; 1YP1 A; 5I0L A; 4L19 A; 3DNG A; 1Z3J A; 1GO8 P; 1BQQ M; 1PWW A; 1YOU A; 3LE9 A; 1QJJ A; 3AIG A; 1Y93 A; 1BQO A; 2JSD A; 3F19 A; 2DW0 A; 2Z2D A; 1FBL A; 3LJG A; 2OY4 A; 4WKI A; 5D2B A; 1UTZ A; 2QPJ A; 4DF9 A; 3TS4 A; 4XM7 A; 2MLS A; 3LEA A; 1MMQ A; 1D8F A; 2OXU A; 1R1I A; 2Y6D A; 1JKY A; 2POJ A; 3AYK A; 3BA0 A; 1DMT A; 1H71 P; 2X7M A; 2DDY A; 4A3W A; 4J4M A; 1R1H A; 2X3A A; 3O64 A; 1WNI A; 3DTI A; 1PWQ A; 1YCM A; 3TVC A; 2X3C A; 4XM8 A; 1JJ9 A; 3RTT A; 3B92 A; 1IAD A; 2CLT A; 1ROS A; 1G12 A; 1ZXC A; 1BZS A; 5I3M A; 1XFV A; 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