The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
256
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structure length |
243
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Chain Sequence |
b'PTALAAAKARMRELAASYGAGLPGRDTHSLMHGLDGITLTFMPMGQRDGAYDPEHHVILINSQVRPERQRFTLAHEISHALLLGDDDLLSDLHDEYEGDRLEQVIETLCNVGAAALLMPAELIDDLLTRFGPTGRALAELARRADVSATSALYALAERTAPPVIYAVCALSLTVRASSASAGVKYSLSAGTPVPDDHPAALALDTRLPLAQDSYVPFRSGRRMPAYVDAFPERQRVLVSFALP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of the IrrE protein, a central regulator of DNA damage repair in deinococcaceae
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
IRRE protein
|
source organism |
Deinococcus deserti
|
molecule tags |
Gene regulation
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total genus |
73
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structure length |
243
|
sequence length |
256
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-07-15 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF06114 | Peptidase_M78 | IrrE N-terminal-like domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | irre protein | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DTE A; 3DTK A; 3DTI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TS8 A; 1E4D A; 4OLD A; 4A0Y A; 5M3M J; 1LI9 A; 1PUF A; 2BVM A; 4LRY C; 5A2Q K; 3IP4 B; 1IYS A; 1AKL A; 1K56 D; 1WE4 A; 4KJZ A; 3S7P A; 1S6L A; 4BEN A; 2ZME C; 1H88 C; 3OR1 C; 2M5W A; 3KZY A; 3VFF A; 3F1N A; 1IRZ A; 3FHZ A; 5LHH A; 4BKX A; 4UA9 A; 1X58 A; 2GX5 A; 4ETZ A; 2AIG P; 1DP8 A; 3GBO A; 2KRH A; 3CMA I; 1NHA A; 1YSP A; 4GS9 A; 4ARZ B; 2QZ8 A; 1YTY A; 4PKW A; 4ZRR A; 3RQI A; 3CJN A; 2V8F A; 2PMZ A; 3S3N A; 4MEX F; 2QPN A; 2E36 A; 2IP2 A; 1BQO A; 5HS8 A; 4FD8 A; 2J3T D; 3LEZ A; 1N78 A; 4M3F A; 2ZC5 B; 3GR2 A; 2JA6 J; 3G6E I; 4UUT A; 3Q9V A; 5EDN A; 3ZN0 A; 3T4Q A; 4C3I J; 3H7W A; 1TDG A; 1IO2 A; 4I7H A; 3FX3 A; 5GLD A; 4AID A; 1QME A; 2Y91 A; 5B1A H; 2BW3 A; 3JRB A; 4IN9 A; 3VP1 A; 5EEA A; 1ONV A; 5J3L A; 1ZRF A; 3QP8 A; 1WJF A; 1ZH5 A; 5CRF A; 3VYR B; 3MZH A; 2X85 A; 1K7I A; 3PUB A; 4G3K A; 1T8I A; 4HMA A; 5LEJ A; 4HG2 A; 5ERI A; 5DV5 A; 4L5J A; 5LGN A; 1G59 A; 1ZRD A; 5AJG A; 4L5E A; 3LJZ A; 1Z09 A; 1HW5 A; 4JBA A; 3DLL F; 1VQ4 I; 2LKP A; 4XLF A; 3GW2 A; 1ZGW A; 2JKT I; 4WN5 A; 3UB6 A; 4DDS A; 1BOA A; 2R7O A; 4CCK A; 1EH7 A; 3O3K A; 4V2F A; 3NY4 A; 1OYW A; 3PQJ A; 3N2U A; 2MD0 A; 5I94 A; 4N9I A; 4NUB A; 4ID4 A; 3HRM A; 3KIO A; 3PHY A; 3IH4 A; 1UMS A; 5F1R A; 4KIT B; 2WO8 A; 5LGT A; 2E34 A; 4F93 B; 1FEX A; 5AQ7 A; 3LIF A; 2DW1 A; 5AQA A; 3CI6 A; 2HJ9 C; 2G9W A; 4JGQ A; 4HQM A; 4MCW A; 1PI4 A; 2ZBK A; 1R9T J; 2XKO A; 4L9E A; 4P55 A; 5DFY A; 2PG4 A; 3H36 A; 2IT0 A; 5F0H A; 2DMN A; 3K3C A; 1FY7 A; 2O8K A; 1LFB A; 2DQL A; 3R0A A; 3T4S A; 2VOD A; 1SDE A; 5FLV A; 5IU1 A; 2Y6C A; 4CYC B; 4LV3 A; 2L7M P; 1MIJ A; 1W36 D; 1A5J A; 2ERQ A; 4DBQ A; 2RC4 A; 3ZG0 A; 4AFI A; 3BR5 A; 5D5W B; 1UMQ A; 1YS6 A; 5FQJ A; 2GLO A; 3AAF A; 5D5V B; 2HP9 A; 1U5T A; 2MAB A; 1D1C A; 2WAQ A; 4I99 C; 5DCF A; 3KSF A; 5C5K A; 5J4V A; 2JT5 A; 1YT4 A; 1C0W A; 1F2K A; 4JPM A; 2HTS A; 1GE5 A; 4FH4 A; 4BXF A; 1XP4 A; 3EGX C; 1MPL A; 4C2M J; 5DTK A; 1IXS B; 2EX9 A; 1SAN A; 1XKZ A; 2HOS A; 4JKT A; 3PUF A; 3VOE A; 2PYP A; 2E2D A; 4A3M J; 3LQQ A; 3GXO A; 1MJ9 A; 4P6B A; 3QHY A; 2ZQ7 A; 4ZJ2 A; 2DXI A; 1PYY A; 3PL8 A; 3VE3 A; 3CP8 A; 2XFT A; 3WS0 A; 4HI4 A; 2MLR A; 3LA7 A; 1S67 L; 3T4T A; 1GA9 A; 3CME I; 5D7W A; 4PKU A; 5E79 C; 4WZ4 A; 2DTR A; 1LJ9 A; 3GTC A; 4MN5 A; 3S7N A; 3NOU C; 5GP9 A; 2QQA A; 1XFX A; 4GGG A; 3G4S I; 1XS9 A; 4IED A; 4BBT A; 4HEF A; 3TE8 A; 2XUB A; 3C4O A; 2XF5 A; 2H09 A; 2BGC A; 2BYV E; 2MGQ A; 1YRN A; 4KIF A; 2ZMA A; 1XFZ A; 1V5E A; 1D1J A; 2JKT M; 2ZJP F; 2DA7 A; 3H92 A; 5E8I A; 4I0B A; 4E6X A; 5D5X B; 5GAH J; 2GXB A; 5FKO A; 2HEO A; 4FAS D; 1WJ5 A; 1LFU P; 2HVS A; 1MMQ A; 3IRQ A; 4MFD A; 1BBY A; 3RPQ A; 3G3Z A; 2GM4 A; 3P9I A; 1GHC A; 5ILV A; 2FUG 2; 2R7D A; 5CHJ A; 2EIM H; 4OOI A; 2XGD A; 1E25 A; 1EUB A; 2KIS A; 3DKW A; 2K9C A; 5F68 A; 2Q9N A; 1YJN I; 4OQI A; 1LDD A; 4L19 A; 3L2V A; 3SEQ A; 1MKM A; 1JKQ C; 1V54 H; 4NK3 A; 4NXB A; 3AIG A; 4KZ7 A; 4JQG A; 1RNL A; 5HLG A; 4HBT A; 1Z3J A; 2NRA C; 4EER A; 2A05 A; 1S9H A; 1JK3 A; 3WV3 A; 3DWB A; 1S0W A; 1LEA A; 3O8G A; 1XUR A; 1MW7 A; 4DPE A; 1QNT A; 4U7B A; 1TNS A; 1LSX A; 1R1I A; 1Z6F A; 3T1R A; 5GTI C; 4BMW A; 1CEF A; 3ZCO A; 2EV5 A; 5ILU A; 4E6K G; 1W1W E; 4H82 A; 1BIB A; 2Q0O A; 2CUJ A; 5HVQ C; 5L2F A; 3KZZ A; 4Q48 A; 2WGV A; 1K4F A; 4F92 B; 4XON A; 3UMD A; 3IF6 C; 2DU9 A; 1OTA A; 1TDL A; 3F8F A; 4DJ3 A; 3HRS A; 1F9I A; 4DMZ A; 2ZLY A; 3LA3 A; 3S93 A; 3ULQ B; 1TVF A; 3I59 A; 4QY5 A; 1YJW I; 4Z1W A; 5A8B A; 2DT7 B; 3BTC A; 2IS1 A; 2OU2 A; 1QZY A; 4OMY A; 5E2H A; 4FXQ A; 2EV0 A; 4EBP A; 5BPA A; 2ZKZ A; 3FF5 A; 5FKL A; 3L2W A; 3TO7 A; 2M4G A; 3CTA A; 4BHP A; 4RGR A; 4RAZ A; 3CUQ B; 4LLG F; 5L09 A; 3TMO A; 4Y3O A; 2DOA A; 3T8R A; 4XUX A; 3HDD A; 1ZN2 A; 2PLY A; 1R1V A; 1ES4 A; 3VI1 A; 2CO5 A; 3VV4 A; 4JXG A; 2LFB A; 4OH0 A; 2P5L C; 2ZO4 A; 2DMT A; 4FCF A; 2VKH A; 3EPZ A; 3QOP A; 2YU9 J; 2E5Z A; 5FAP A; 3NHQ A; 3HYG A; 2V1Z A; 4AYB A; 4WEJ A; 3FKW A; 4JLF A; 4NC6 A; 3E6C C; 5C3E J; 5FD6 A; 1YM1 A; 4OQG A; 1JWZ A; 3G34 A; 1PWC A; 3LEA A; 5FQ9 A; 5IP9 J; 3WHB A; 2ZM2 A; 2D1O A; 4MGR A; 1KU9 A; 2OTJ I; 2ZFW A; 2HVQ A; 4CA0 A; 3JR9 A; 5E2F A; 1ZG1 A; 4UY8 I; 1YYV A; 3NAU A; 1SMY F; 1S1Z A; 5F1F A; 4WF2 A; 1TWH J; 1S7E A; 4FX0 A; 2BBY A; 5LBQ A; 3K2N A; 4MBF A; 4XLE A; 2G2W A; 1LE8 B; 3M8F A; 4A93 J; 2GBY A; 3RXX A; 1A86 A; 3CDH A; 1SVO A; 2VC1 A; 1ZAO A; 4A3L J; 2IW5 A; 1GVD A; 3UB7 A; 4HYE A; 3WS4 A; 2CV0 A; 3LIR A; 3HOV J; 1JIW P; 2WTE A; 1N4O A; 2HQN A; 4H6J B; 3D5R C; 3V42 A; 3M2J A; 3BFG A; 4D60 A; 1JI8 A; 4RA2 A; 2KLO A; 4I6Z A; 4ME4 A; 2F5F A; 1UTT A; 3WTW C; 1MMD A; 1IAA A; 3AG1 H; 3H9J A; 2HOT A; 1R58 A; 1UJ8 A; 4A3I J; 4GCV A; 5DM7 F; 2O9C A; 4OOL A; 4M6Y A; 1S8N A; 3DCF A; 5IOY A; 5KCM A; 5FFZ A; 3BJN A; 3W3C A; 2HZ5 A; 1HFC A; 2W13 A; 4I3J A; 5J1R A; 4Y52 J; 2WGW B; 3LR0 A; 3WRT A; 2R5Z B; 5L3D A; 3IXD A; 3M8E A; 5CEB A; 2HDW A; 5EG0 A; 1SD6 A; 2DMP A; 2I72 A; 2W27 A; 1G3Y A; 4LG3 A; 4K08 A; 3A02 A; 3ZMD A; 3OS0 A; 3I4M J; 4O6J A; 3SOI A; 2OXZ A; 1A6Q A; 1RES A; 1HXD A; 1I27 A; 4PKT A; 3DWL E; 3EEH A; 3MWM A; 2B5R A; 4IRG A; 2STT A; 5EFW A; 4H0E A; 2XPV A; 4KUK A; 3NEC A; 3KEC A; 1ETW A; 5BS6 A; 2J3W A; 1VQO I; 1G2H A; 3NOT C; 3TBI A; 4NB5 A; 4HY8 A; 3NBL A; 2QM3 A; 3FXR A; 3NAR A; 1FC3 A; 4L9J A; 2UV1 A; 4PAU A; 4OAZ A; 2IS2 A; 2WGI A; 4WKE A; 3E6M A; 1RUO A; 3LAP A; 4X25 A; 1MH4 A; 3KEY A; 3A3I A; 1XMK A; 3N2V A; 2HR3 A; 2R7W A; 2CS3 A; 3V8K A; 2W1O A; 1J9M A; 5FA7 A; 2OC6 A; 2Y2J A; 1DMT A; 4KUM A; 2ISZ A; 3CCL I; 2LMD A; 2L9R A; 4RQ9 A; 4YFM A; 4U88 A; 1TS6 A; 1IAC A; 4XM3 A; 1FP2 A; 2EFQ A; 1D8F A; 4PM5 A; 2MW8 A; 1XCB A; 4Q8I A; 3LUQ A; 2JKR I; 3RZO J; 4OON A; 1N75 A; 3GVA A; 2XK1 A; 3FKJ A; 3LA2 A; 1RR8 C; 1AWC A; 3S22 A; 2XS4 A; 3ZGA B; 3DKY A; 3WU1 B; 1L2S A; 3K70 C; 4IJO A; 1PP7 U; 2W00 A; 2WKH A; 3K1P A; 2M87 A; 3OOP A; 3C18 A; 4N9H A; 3TO9 A; 3SDB A; 1Z0X A; 5JYP A; 1LL5 A; 3USN A; 2YX7 A; 1FM1 A; 5EEC A; 4JA1 A; 1OM6 A; 1OZ9 A; 1H8Y A; 3PFY A; 3OIO A; 2ACG A; 3HBU P; 3BG7 A; 2Y69 H; 2FFF B; 4DE3 A; 5F1G A; 2Y75 A; 3OYF A; 2WAE A; 1SD4 A; 4R6L A; 1ZS0 A; 2A69 F; 3Q7V A; 3O2P E; 1X19 A; 2ZBB A; 4LLL A; 4RB1 A; 3V3S A; 4B4C A; 5B66 C; 1KU7 A; 4BBV A; 1FSW A; 5FO5 A; 2HF6 A; 4ETS A; 1FSE A; 4PFP A; 5FLM J; 4M72 A; 3ECH A; 2ZCW A; 1W63 M; 3H9Q A; 4BE1 A; 1XMA A; 4BLM A; 5I2Z A; 4KIC A; 4RGS A; 3S17 J; 1LSV A; 2OZR A; 1JJ9 A; 4U0V A; 1Z91 A; 3SW1 A; 1VTN C; 1BW6 A; 1FOX A; 2ZNZ A; 3TGN A; 1SKF A; 3CCY A; 2F5C A; 2MLK A; 2K9Q A; 4UHT A; 4Q4Z F; 4XQF A; 3N8L A; 3ZG8 B; 2L0R A; 1VQL I; 1ATL A; 2V1X A; 1IYQ A; 3EQL F; 5DUK A; 9ANT A; 4XRS G; 2BY2 A; 5E8G A; 5CED A; 4OIO F; 3M4O J; 3BJ6 A; 4XOT A; 1R71 A; 3IHB A; 3C4P A; 2H6C A; 2QF7 A; 1BA5 A; 4IOC F; 4L6T A; 4E7S A; 1Y56 A; 5IY5 H; 4AU7 A; 1MBF A; 3NWS A; 2RQP A; 1JUP A; 1P9R A; 4R3B A; 3PO2 J; 3S15 J; 1BLH A; 4BQO A; 3LE9 A; 1HKS A; 3ZGK A; 3Q7V B; 3J80 Z; 4BY1 J; 3FXQ A; 3HJK A; 2UV0 E; 1H9G A; 2F2E A; 1MKI A; 3DV8 A; 5A90 A; 3PNV A; 5KSC A; 3MKW B; 2VJI A; 4GO1 A; 2RNG A; 4B1R A; 4S2O A; 1M6K A; 1ETQ A; 3F1P A; 5CVJ A; 5JLX A; 1RET A; 2TCL A; 3G6O A; 3TL4 X; 3I55 I; 1YQA A; 2XGC A; 2WYX A; 4KNY A; 1WGX A; 4Y3I A; 2GIV A; 2ZC3 B; 1I50 J; 4B4Z A; 3KYZ A; 4C9Y A; 1KQ9 A; 4BEH A; 4HOB A; 1L3L A; 3OYE A; 4A2U A; 1OJG A; 5EE8 A; 2RDP A; 1HOV A; 5M19 A; 1FP1 D; 2M1B A; 5CXW A; 1BTL A; 2E19 A; 4CUG A; 3MQQ A; 2VQG A; 4M3K A; 4JK1 X; 2KKO A; 4Z6Y A; 5GAD J; 5BOH A; 3P1V A; 2NYX A; 2R7U A; 5J1Y A; 2OQR A; 2IWD A; 2A49 A; 5I12 A; 2L7F P; 5CQG A; 5F64 A; 3NJA A; 4II7 A; 3BC8 A; 2WAD A; 4X53 A; 2JA5 J; 3C7V A; 1IEM A; 4I3A A; 4H8R A; 4PUS A; 1ZKG A; 4DE1 A; 2G7H A; 1FWZ A; 4I0A A; 1TQI A; 3OHL A; 1DTH A; 4EM2 A; 5CGS A; 1T0F A; 1GO7 P; 2M4K A; 2MLG A; 4X0G A; 2M45 A; 1BQQ M; 1BM6 A; 3JPU A; 2ESN A; 1DP6 A; 1ERD A; 4X6T A; 5M3F J; 1BIA A; 3BRO A; 2DA6 A; 5D1S A; 2COM A; 5JFR A; 2FNP A; 4R4R A; 4S2I A; 1PWG A; 4DGW B; 2W1T B; 3QP5 A; 3O2X A; 1HW2 A; 2QQ9 A; 4U0Y A; 2L3D A; 3FPV A; 2JT6 A; 2CMN A; 3BRM A; 3WTV C; 3LIB A; 3HC7 A; 2EA2 A; 4HX3 A; 3ICY A; 3CUE C; 1L0G A; 3V4G A; 3HDA P; 2B7E A; 3CCM I; 1FMW A; 4Z2Y A; 2EA9 A; 4KZ5 A; 1K4E A; 2EH3 A; 2E2I J; 3WTX C; 1YLP A; 3T5X A; 5J3W A; 1OM7 A; 2X6W A; 3K0L A; 4I5S A; 3KP7 A; 4E3N A; 3LJT A; 2OW0 A; 3VSL A; 4KG6 A; 3NX7 A; 3JAM Z; 1J09 A; 1K54 C; 1A35 A; 4JQF A; 2JUC A; 2B02 A; 2NVY J; 4RS8 A; 4PJJ A; 4JPA A; 3BR1 A; 4CHU A; 1XUC A; 2CG4 A; 4P6Z M; 1KVL A; 3W2A A; 3U1K A; 3F6V A; 2X1D A; 2JA7 J; 1YP1 A; 2W48 A; 2L4R A; 4A12 A; 1NXY A; 3HGG A; 3QOE A; 1V55 H; 1J59 A; 2DDF A; 2ID6 A; 3BY6 A; 4E7I A; 1H8A C; 2OTL I; 3GWZ A; 3KRY A; 5JHU A; 4A3G J; 3SFZ A; 5AIQ A; 4KZB A; 5CXA A; 4EXO A; 1YFH A; 1ZXC A; 1S6R A; 2H5S A; 3G32 A; 2WKQ A; 2KMU A; 1I5Z A; 1FZP B; 1OCC H; 4ZYA A; 3T1S A; 1WFX A; 4KYW A; 2H10 A; 4PM6 A; 2H0T A; 2H0Y A; 3BPV A; 3WRZ A; 1PDN C; 3CWF A; 1SU3 A; 1ZLJ A; 1APL C; 2XD5 A; 4HST A; 2HQ5 A; 1EJ9 A; 1W0T A; 2XF7 A; 4FCY A; 3BDD A; 3BLY A; 2XAU A; 3ABK H; 4EGY A; 2LF8 A; 1M40 A; 6PAX A; 1YX5 A; 4JX5 A; 2W84 A; 4FQG A; 1WYB A; 4GB7 A; 4XRF A; 1HDD C; 1W4M A; 3P7N A; 1P4X A; 2OD5 A; 2A24 B; 2Q9M A; 4PKS A; 1K79 A; 1GSX A; 3CQZ J; 3MEX A; 5FD5 A; 3QU6 A; 1WVR A; 3V7S A; 1R1T A; 2OQG A; 1IAG A; 3D72 A; 3VB2 A; 1OMJ A; 3PTE A; 3RTR A; 1HOM A; 1GDT A; 4ZH4 F; 3E6B A; 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