The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
128
|
sequence length |
486
|
structure length |
486
|
Chain Sequence |
NVEEETKYIELMIVNDHLMFKKHRLSVVHTNTYAKSVVNMADLIYKDQLKTRIVLVAMETWATDNKFAISENPLITLREFMKYRRDFIKEKSDAVHLFSGSQFESSRSGAAYIGGICSLLKGGGVNEFGKTDLMAVTLAQSLAHNIGIISDKRKLASGECKCEDTWSGCIMGDTGYYLPKKFTQCNIEEYHDFLNSGGGACLFNKPSKLLDPPECGNGFIETGEECDCGTPAECVLEGAECCKKCTLTQDSQCSDGLCCKKCKFQPMGTVCREAVNDCDIRETCSGNSSQCAPNIHKMDGYSCDGVQGICFGGRCKTRDRQCKYIWGQKVTASDKYCYEKLNIEGTEKGNCGKDKDTWIQCNKRDVLCGYLLCTNIGNIPRLGELDGEITSTLVVQQGRTLNCSGGHVKLEEDVDLGYVEDGTPCGPQMMCLEHRCLPVASFNFSTCLSSKEGTICSGNGVCSNELKCVCNRHWIGSDCNTYFPHN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and biochemical studies on the ectodomain of human ADAM22
rcsb |
| molecule keywords |
ADAM 22
|
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
128
|
| structure length |
486
|
| sequence length |
486
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00200 | Disintegrin | Disintegrin |
| A | PF01421 | Reprolysin | Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease |
| A | PF07974 | EGF_2 | EGF-like domain |
| A | PF08516 | ADAM_CR | ADAM cysteine-rich |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Echistatin | Disintegrin domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QPJ A; 3F19 A; 3LEA A; 4EFS A; 2A8H A; 3EDH A; 3LUN A; 4FXY P; 1O0T A; 3LIL A; 3LIR A; 4ILW D; 3MA2 A; 1BQO A; 1A86 A; 4FXQ A; 1OMJ A; 1SMP A; 2MZI A; 1UMT A; 3O64 A; 1HOV A; 1XUC A; 4L6T A; 1UEA A; 1RMR A; 4WK7 A; 1HY7 A; 2XS3 A; 4H84 A; 1BQQ M; 5BPA A; 1UTT A; 2OI0 A; 4H3X A; 3VI1 A; 4Q1L A; 1XFX A; 3EDZ A; 1G05 A; 3Q2G A; 3KEK A; 1JAQ A; 2MLS A; 2YIG A; 1R1H A; 3EWJ A; 4GR8 A; 1GE7 A; 2DW2 A; 2I47 A; 4GR3 A; 3B92 A; 1CIZ A; 2HU6 A; 1QJJ A; 4H76 A; 1YCM A; 1Q7J A; 4GWN A; 1UTZ A; 1ZXV A; 1IAD A; 3OHO A; 1ZP5 A; 1BUV M; 1JH1 A; 4A3W A; 4GF1 A; 2JT5 A; 1JK3 A; 2Z2D A; 1Y93 A; 4IUW A; 4AYK A; 3N2U A; 2W9U A; 2E3X A; 1G9K A; 2FV9 A; 4PKS A; 4R5U A; 1IAC A; 1Z1X A; 1EUB A; 4XM6 A; 2PJT A; 2POJ A; 1IAA A; 2ERQ A; 1JIZ A; 3F18 A; 2WO8 A; 1MMR A; 1D5J A; 3HDA P; 1C8T A; 1QIB A; 1K7I A; 1R54 A; 3G5C A; 1IAG A; 3B8Z A; 4G9L A; 3ELM A; 4A7B A; 1KUF A; 4QKZ A; 4AUO A; 2W13 A; 5B5O A; 2MZH A; 1CXV A; 1CK7 A; 1CGE A; 2ERP A; 3DPE A; 1HV5 A; 2OVZ A; 4PKU A; 1AYK A; 4M4C A; 2K2G A; 3UVC A; 4WF6 A; 2OW0 A; 3DWB A; 3KRY A; 3UCI A; 1JAN A; 4L63 A; 1HTD A; 1SAT A; 2TCL A; 1OS9 A; 1Z3J A; 1SU3 A; 2W14 A; 2M75 A; 2O3E A; 2DW1 A; 2KRJ A; 1A85 A; 2N8R A; 2OY4 A; 3HYG A; 4JIJ A; 5H8X A; 4ZR5 A; 1MNC A; 2D1N A; 3F16 A; 2W9V A; 3C05 B; 2WOA A; 3LE9 A; 1BKC E; 1N4Y A; 1GKC A; 3HY7 A; 1PWP A; 3HBU P; 3RTT A; 3HDB A; 966C A; 1EB6 A; 3AYK A; 3K7L A; 1BSW A; 3AIG A; 4L19 A; 2JSD A; 4PKW A; 5L7F A; 1GO8 P; 4R5R A; 3B2Z A; 4XM8 A; 1XUD A; 2X3A A; 1BUD A; 2AYK A; 3N2V A; 4DPE A; 1ZXC A; 2MLR A; 1AF0 A; 1BKC I; 3LK8 A; 2DDY A; 1FVL A; 4RQG A; 4DV8 A; 5D2B A; 2ECH A; 2RJP A; 5JMY A; 3HBV P; 4JP4 A; 5B5P A; 1XFZ A; 1QJI A; 3EHY A; 2AIG P; 2CKI A; 4R3V A; 1PWV A; 3LQ0 A; 1J7N A; 5D3C A; 1S4B P; 1IAE A; 3LKA A; 3I7I A; 1OS2 A; 2J83 A; 3KME A; 1EAK A; 1GE5 A; 1SLN A; 4HMA A; 3LIK A; 1XFY A; 2OW1 A; 1I73 A; 4XBH A; 2MOP 1; 1O0Q A; 4GQL A; 2PJF A; 4H82 A; 3O2X A; 3F1A A; 1FBL A; 2OXU A; 3TT4 A; 2OW2 A; 1Q3A A; 1G4K A; 2LJV A; 1JAP A; 3OHL A; 4PKT A; 3DL1 A; 4WZV A; 4CTH A; 3HB2 P; 5BOY A; 2CLT A; 830C A; 4PKR A; 5D1T A; 1GE6 A; 1BM6 A; 1J2L A; 1R1J A; 2L0R A; 3P1V A; 1XUR A; 2OXZ A; 4XM7 A; 1C7K A; 2OVX A; 3EDI A; 3GBO A; 4J4M A; 4PKV A; 5I0L A; 2PJI A; 2FV5 A; 2MZE A; 1RM8 A; 1GKD A; 3E8R A; 1FLS A; 2M7F A; 1OM8 A; 3P24 A; 1YQY A; 2DW0 A; 5I3M A; 1I1I P; 3KEC A; 1ND1 A; 1USN A; 3EDG A; 2X7M A; 3DPF A; 3ZXH A; 2E2D A; 1WNI A; 2V4B A; 5CUH A; 2Y6C A; 2YB9 A; 3DNG A; 1GO7 P; 2OW9 A; 3LUM A; 2W9O A; 4H49 A; 1Y0V A; 1SRP A; 3SHI A; 2JIH A; 1K7G A; 3F15 A; 1OO9 A; 1G49 A; 2W0D A; 4H30 A; 1TEJ B; 1YP1 A; 1KUH A; 3VTG A; 1PWU A; 4DD8 A; 1ZS0 A; 1B8Y A; 3LJT A; 2M7H A; 3LJZ A; 1HFS A; 2WO9 A; 3KWV C; 3L0T A; 1MPZ A; 3TSK A; 1KBC A; 1ROS A; 3L0V A; 1OM6 A; 2W15 A; 1QUA A; 1K7Q A; 2X3B A; 4I35 A; 2PJG A; 2DDF A; 4WKE A; 1JIW P; 5CXA A; 3USN A; 1BKC A; 1MMB A; 3NX7 A; 1HFC A; 1MMQ A; 4PKQ A; 1D8F A; 2X3C A; 1Q7I A; 1QIA A; 1BZS A; 3KEJ A; 2J0T A; 4XCT A; 1IAB A; 1XFU A; 3ZUK A; 3HY9 A; 1ZVX A; 2O36 A; 5I4O A; 1B3D A; 2W9W A; 1KUK A; 4AXQ A; 3LQB A; 4G0D A; 4HX3 A; 4JA1 A; 2W12 A; 5D1S A; 1RO3 A; 1Y8J A; 1PWW A; 1L3X A; 3Q2H A; 1KUI A; 4JPA A; 2Y6D A; 1OM7 A; 4ON1 A; 1G12 A; 5I2Z A; 1H71 P; 1CAQ A; 1JAO A; 1PWQ A; 3C05 A; 1TEJ A; 1I76 A; 4WKI A; 1BIW A; 2OY2 A; 1JKY A; 1UMS A; 2JT6 A; 1R1I A; 1MMP A; 1CGF A; 1SLM A; 3F17 A; 1AST A; 1AKL A; 3EHX A; 1FM1 A; 4I03 A; 1CGL A; 1JJ9 A; 3KHI A; 1CQR A; 5D7W A; 3U1R A; 5L79 A; 1D7X A; 5LAB A; 1XFW A; 4H1Q A; 1ZTQ A; 4FVL A; 2JNP A; 1R55 A; 3AYU A; 1ATL A; 3WV1 A; 4GUY A; 4AIG A; 3LMC A; 3LJG A; 1QIC A; 5D1U A; 3RTS A; 2K9C A; 1KAP P; 4H2E A; 2XS4 A; 2D1O A; 4IJO A; 5CZM A; 4GWM A; 3ZVS A; 2USN A; 4FU4 A; 3I7G A; 3TVC A; 1XFV A; 1GXD A; 1KUG A; 4GR0 A; 3BA0 A; 5BOT A; 2MP5 1; 4IN9 A; 3WV2 A; 3G42 A; 3LGP A; 1C3I A; 3WV3 A; 3CKI A; 1YOU A; 2OXW A; 3DSL A; 1DMT A; 1DTH A; 456C A; 4DF9 A; 2ERO A; 5I43 A; 4JQG A; 2RJQ A; 1L6J A; 2SRT A; 3K7N A; 3TS4 A; 3KMC A; 2OZR A; 1D8M A; 5I12 A; 1RMZ A; 3V96 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QPJ A; 3F19 A; 3LEA A; 4EFS A; 2A8H A; 3EDH A; 3LUN A; 4FXY P; 3DTI A; 1O0T A; 3LIL A; 3LIR A; 4ILW D; 3MA2 A; 1BQO A; 1A86 A; 4FXQ A; 1OMJ A; 1SMP A; 2MZI A; 1UMT A; 3O64 A; 1HOV A; 1XUC A; 4L6T A; 1UEA A; 1RMR A; 4WK7 A; 1HY7 A; 2XS3 A; 4H84 A; 1BQQ M; 5BPA A; 1UTT A; 2OI0 A; 4H3X A; 3VI1 A; 4Q1L A; 1XFX A; 3EDZ A; 1G05 A; 3Q2G A; 3KEK A; 1JAQ A; 2MLS A; 2YIG A; 1R1H A; 3EWJ A; 4GR8 A; 1GE7 A; 2DW2 A; 2I47 A; 4GR3 A; 3B92 A; 1CIZ A; 2HU6 A; 1QJJ A; 4H76 A; 1YCM A; 1Q7J A; 4GWN A; 1UTZ A; 1ZXV A; 1IAD A; 3OHO A; 1ZP5 A; 1BUV M; 1JH1 A; 4A3W A; 4GF1 A; 2JT5 A; 1JK3 A; 2Z2D A; 1Y93 A; 1OZ9 A; 4IUW A; 4AYK A; 3N2U A; 2W9U A; 2E3X A; 1G9K A; 2FV9 A; 4PKS A; 4R5U A; 1IAC A; 1Z1X A; 1EUB A; 4XM6 A; 2PJT A; 2POJ A; 2YUF A; 1IAA A; 2ERQ A; 1JIZ A; 3F18 A; 2WO8 A; 1MMR A; 1D5J A; 3HDA P; 1C8T A; 1QIB A; 1K7I A; 1R54 A; 3G5C A; 1IAG A; 3B8Z A; 4G9L A; 3ELM A; 4A7B A; 1KUF A; 4QKZ A; 4AUO A; 2W13 A; 5B5O A; 2MZH A; 1CXV A; 1CK7 A; 1CGE A; 2ERP A; 3DPE A; 1HV5 A; 2OVZ A; 4PKU A; 1AYK A; 4M4C A; 2K2G A; 3UVC A; 4WF6 A; 2OW0 A; 3DWB A; 3KRY A; 3UCI A; 1JAN A; 4L63 A; 1XAX A; 1HTD A; 1SAT A; 2TCL A; 1OS9 A; 1Z3J A; 1SU3 A; 2W14 A; 2M75 A; 2O3E A; 1XM5 A; 2DW1 A; 2KRJ A; 1A85 A; 2N8R A; 2OY4 A; 3HYG A; 4JIJ A; 5H8X A; 4ZR5 A; 1MNC A; 2D1N A; 3F16 A; 2W9V A; 3C05 B; 2WOA A; 3LE9 A; 1BKC E; 1N4Y A; 1GKC A; 3HY7 A; 1PWP A; 3HBU P; 3RTT A; 3HDB A; 966C A; 1EB6 A; 3AYK A; 3K7L A; 1BSW A; 3AIG A; 4L19 A; 2JSD A; 4PKW A; 5L7F A; 1GO8 P; 4R5R A; 3B2Z A; 4XM8 A; 1XUD A; 2X3A A; 1BUD A; 2AYK A; 3N2V A; 4DPE A; 1ZXC A; 2MLR A; 1AF0 A; 1BKC I; 3LK8 A; 2DDY A; 1FVL A; 4L7A A; 4RQG A; 4DV8 A; 5D2B A; 2ECH A; 2RJP A; 5JMY A; 3HBV P; 4JP4 A; 5B5P A; 1XFZ A; 1QJI A; 3EHY A; 2AIG P; 2CKI A; 4R3V A; 1PWV A; 3LQ0 A; 1J7N A; 5D3C A; 1S4B P; 1IAE A; 3LKA A; 3I7I A; 1OS2 A; 2J83 A; 3KME A; 1EAK A; 1GE5 A; 1SLN A; 4HMA A; 3LIK A; 1XFY A; 2OW1 A; 1I73 A; 4XBH A; 2MOP 1; 1O0Q A; 4GQL A; 2PJF A; 4H82 A; 3O2X A; 3F1A A; 1FBL A; 2OXU A; 3TT4 A; 2OW2 A; 1Q3A A; 1G4K A; 2LJV A; 1JAP A; 3OHL A; 4PKT A; 3DL1 A; 4WZV A; 4CTH A; 3HB2 P; 5BOY A; 2CLT A; 830C A; 4PKR A; 5D1T A; 1GE6 A; 1BM6 A; 1J2L A; 1R1J A; 2L0R A; 3P1V A; 1XUR A; 2OXZ A; 4XM7 A; 1C7K A; 2OVX A; 3EDI A; 3GBO A; 4J4M A; 4PKV A; 5I0L A; 2PJI A; 2FV5 A; 2MZE A; 1RM8 A; 1GKD A; 3E8R A; 1FLS A; 2M7F A; 1OM8 A; 3P24 A; 1YQY A; 2DW0 A; 5I3M A; 1I1I P; 3KEC A; 1ND1 A; 1USN A; 3EDG A; 2X7M A; 3DPF A; 3ZXH A; 2E2D A; 1WNI A; 2V4B A; 5CUH A; 2Y6C A; 2YB9 A; 3DNG A; 1GO7 P; 2OW9 A; 3LUM A; 2W9O A; 4H49 A; 1Y0V A; 1SRP A; 3SHI A; 2JIH A; 1K7G A; 3F15 A; 1OO9 A; 1G49 A; 2W0D A; 4H30 A; 1TEJ B; 1YP1 A; 1KUH A; 3VTG A; 1PWU A; 4DD8 A; 1ZS0 A; 1B8Y A; 3LJT A; 2M7H A; 3LJZ A; 1HFS A; 2WO9 A; 3KWV C; 3L0T A; 1MPZ A; 3TSK A; 1KBC A; 1ROS A; 3L0V A; 1OM6 A; 2W15 A; 1QUA A; 1K7Q A; 2X3B A; 4I35 A; 2PJG A; 2DDF A; 4WKE A; 1JIW P; 5CXA A; 3USN A; 1BKC A; 1MMB A; 3NX7 A; 1HFC A; 1MMQ A; 4PKQ A; 1D8F A; 2X3C A; 1Q7I A; 1QIA A; 1BZS A; 3KEJ A; 2J0T A; 4XCT A; 1IAB A; 1XFU A; 3ZUK A; 3HY9 A; 1ZVX A; 2O36 A; 5I4O A; 1B3D A; 2W9W A; 1KUK A; 4AXQ A; 3LQB A; 4G0D A; 4HX3 A; 4JA1 A; 2W12 A; 5D1S A; 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