4GWM | Genus

Total Genus 174

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	174
sequence length	573
structure length	561
Chain Sequence	ENFDVDGGMDQDIFDINEGLGLDLFEGDIRLDRAQIRNSIIGEKYRWPHTIPYVLEDSLEMNAKGVILNAFERYRLKTCIDFKPWAGETNYISVFKGSGCWSSVGNRRVGKQELSIGANCDRIATVQHEFLHALGFWHEQSRSDRDDYVRIMWDRILSGREHNFNTYSDNVPYDYTSVMHYSKTAFQNGTEPTIVTRISDFEDVIGQRMDFSDSDLLKLNQLYNCSSSLSFMDSCSFELENVCGMIQSSGDNADWQRVSQVPRGPESDHSNSGFFMHFDSSSVNVGATAVLESRTLYPKRGFQCLQFYLYNSGSESDQLNIYIREYSADNVDGNLTLVEEIKEIPTGSWQLYHVTLKVTKKFRVVFEGRKGSGASLGGLSIDDINLSETRCPHHIWHIRNFTQFIGSPNGTLYSPPFYSSKGYAFQIYLNLAHVTNAGIYFHLISGANDDQLQWPCPWQQATMTLLDQNPDIRQRMSNQRSITTDPFMTTDNGNYFWDRPSKVGTVALFSNGTQFRRGGGYGTSAFITHERLKSRDFIKGDDVYILLTVEDISHLNSTQIQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural basis for the sheddase function of human meprin beta metalloproteinase at the plasma membrane pubmed doi rcsb
molecule keywords	Meprin A subunit beta
total genus	174
structure length	561
sequence length	573
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.4.24.63: Meprin B.
pdb deposition date	2012-09-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00629	MAM	MAM domain, meprin/A5/mu
A	PF01400	Astacin	Astacin (Peptidase family M12A)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	4gwmA02
2.60.210.10	Mainly Beta	Sandwich	Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A	Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A	4gwmA03
3.40.390.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Collagenase (Catalytic Domain)	Collagenase (Catalytic Domain)	4gwmA01

3MQRA 2W52A 2YIGA 4I03A 1FM1A 5DUUA 1CPMA 1GZ9A 1N1SA 1F3VB 1W6PA 3ZPYA 4UW4A 2UWAA 3F15A 5GLWA 1HQLA 2OVUA 5DZFA 5H9PA 4YZ1A 1DQ0A 4JC1A 5KXBA 3L0VA 5CB7A 4RA0A 2DWRA 4Y22B 1X50A 2N8RA 1FLSA 4Q26A 4QKZA 1N3QA 3AX4A 3I7IA 4FOQA 2P2KA 3F1AA 1CN1A 1GICA 1CQRA 2EF6A 3EDHA 1D5JA 1ROSA 4L19A 2OUHA 3BODA 3LILA 2VY0A 5CZMA 4GUYA 2E3XA 4LBMA 5T5JA 2SRTA 1D00A 3ZVXA 1FATA 1NXD1 2OXWA 1SLBA 3POWA 2F1XA 1LOFC 2FMDA 3SLIA 1YZEA 1DTHA 4AGRA 5I0LA 2DUPA 1JUIA 3T2TA 4XM6A 3V0BA 3LCPA 4G9LA 1I76A 3UJQA 3AJYA 1UTZA 1ZP5A 3AYDA 1GANA 4PCRA 3DPEA 3IM0A 3NV3A 3LQBA 1Q8PA 1GKCA 3QLQA 1CJPA 1CGLA 1WD3A 2SBAA 1CGEA 1RITA 2HYKA 1BKCA 1AXYA 3O0WA 1LOEA 2GDFA 3MW4A 3M3OA 2GALA 4M3CF 1AF0A 1SRPA 4Y20B 1DMTA 4I7DA 3AZVA 2I2SA 2AN6A 1R1JA 1HV5A 3USUA 1S0JA 2EXJA 1BKCE 2GNBA 1JJ9A 4Y24A 5DZEA 4YZ3A 5H8XA 1IACA 2YROA 4C1WA 4YG3A 2A6WA 2JKBA 1S4BP 1K2FA 1YYNA 1LGCA 1Q56A 2PHUA 1JAPA 3RMXA 1JKYA 1KUIA 3LJZA 3ZJBA 1S0GA 1H9PA 2WOAA 1IAEA 1BKZA 2A3YA 2GMMA 1UEAA 1LGBA 3I8TA 1ZVXA 3HR9A 3OHLA 2OY2A 3OY8A 3IVQA 2XS3A 3FUQA 2AREA 1JAQA 1G49A 2A5ZA 4JIJA 1K7IA 1DIWA 3WDWA 4AVTA 1IABA 5HCFA 4C1XA 5JOXA 1F9KA 1WW6A 4XZPA 5GZDA 4BQ1A 4A7BA 2V5YA 4Y1VA 2ZMLA 5JOZA 4FPYA 1CGFA 1FYUA 1AXZA 1CZZA 1SFYA 2MZIA 1S0EA 1ZM1A 3KEKA 1LB4A 2DDYA 2GNDA 5F9TA 4JJQA 1MACA 4XYXA 1AZDA 3W58A 2NM1A 3ELMA 1QNYA 1SLIA 5DZGA 2ENRA 3F17A 5EXOA 5HCAA 2UURA 4ZXKA 1OFSA 1MS3A 1L0AA 3AZXA 4ISQA 3HBVP 4XJZA 4YFZA 3P1VA 2DUQA 1IS5A 1FBLA 1Z0HA 1LODA 2A7AA 2FOOA 1HQWA 1LGNA 2ERQA 3DGTA 3WCRA 5AVAA 830CA 3DPFA 4XXPA 4IUWA 4RL7A 5JOWA 1APNA 1V6IA 2YB9A 1BJQA 3AYUA 4FP2A 4XTPA 2R1DA 4PBOA 2A3WA 4Q1PA 3N2UA 2MZHA 2K9CA 3FLPA 3JUUA 3RMYA 1FNZA 3WZ1A 3EHYA 1G9DA 1GV9A 1O0TA 2GN3A 2F1YA 3E8RA 1H71P 3AK0A 3R4SA 1BQOA 1N1VA 5GALA 2D3RA 3WUDA 3B8ZA 3I7GA 1JOJA 1KDMA 2Z2DA 3Q9OA 4WF6A 4PKTA 1GNHA 4FPKA 2F1WA 3POYA 2O36A 1WLDA 3ZXFA 4WVWA 4TZDA 3OPZA 3LEAA 2D1NA 2W0DA 3I4IA 3ATGA 4FPLA 1JAOA 5IK7A 3B01A 2WSUA 4YZ4A 3B92A 3DSLA 5EWSA 1GE6A 3HQHA 3HDAP 1QKQA 3M1HA 1MS9A 3P24A 1D0JA 1WD4A 3LUMA 3VKLA 2YY1A 1DQ2A 4Y22A 2CWSA 1WUVA 2WT0A 3K7LA 4P9WA 1W6MA 4CTHA 3OGGA 1ZXCA 3WDYA 4L6TA 3AYEA 4GHUA 2ZA9A 4AYKA 2WT1A 1CK7A 1XFYA 1D8MA 3G42A 1CIWA 1DHKB 3MW2A 3BOPA 1MS4A 4GA9A 1YI7A 1ENQA 5DUWA 1LU2A 2OXZA 4Q1LA 2ZGPA 1W6NB 1YOUA 1ZTQA 4PQ9A 2WSVA 2OW4A 2E53A 4CZSA 1KRIA 1A3KA 4JP4A 2JIHA 4YM0A 4GKYA 2DVDA 2DYCA 5H9SA 3N2VA 4U36A 1UPSA 3NV4A 5I3MA 4ITCA 2ZACA 1GZWB 2W15A 3AIGA 1WW4A 3SHIA 4Y20A 1SATA 4DFSA 2X3CA 4FOVA 3HY7A 1VAMA 3HQLA 2DDFA 2WO9A 4YW2A 2P34A 5JDBA 2DW0A 3N7KA 3LKAA 4FQ4A 4R9CA 3ASIA 4XIOA 1WW5A 1DFQA 2PELA 1D0AA 3H0OA 1OS9A 3VKMA 1LHOA 1CR7A 4HANA 5H9RA 2WQZC 4D69A 3ZUKA 1BXHA 4WKEA 4Q2FA 4XMIA 4F83A 2D3PA 4XM8A 5L73A 2VW2A 5CBLA 3Q2GA 2POJA 5I2ZA 2DTWA 1N1TA 4I7BA 3AP4A 1GXDA 2RJPA 2FHRA 4PKWA 2D6PA 1PZ9A 1JW6A 3ZYRA 1KDKA 4BPZA 1AX1A 4UW5A 3WV3A 4FPCA 1XQNA 3HSVA 4EFSA 2ZMNA 3TAYA 1UMSA 1S0FA 4H49A 3G5CA 1BUDA 1DYPA 1BQPA 2ZHMA 4PF5A 5CNAA 2HU6A 1KAPP 5GLVA 2H0BA 2TCLA 3VKFC 1CESA 3AXEA 1MMBA 3N36A 3IVVA 1XFVA 1LU1A 4K1YA 1GO7P 1KUGA 2W13A 3HQIA 2OW2A 2AUYA 3B3QE 2YV8A 2OVZA 3V0AA 1S0BA 2AYHA 3OYWB 2EXIA 4FXYP 3AZZA 1Q8VA 4ILWD 2CL2A 3EWJA 3RTTA 1JYCA 1GO8P 3M3QA 3RQ0A 1B3DA 2JJ6A 4X3GA 1K7QA 1DYKA 1JYIA 4LBOA 1HDKA 4HX3A 1WLCA 4DD8A 3TSKA 2CWMA 3HMYA 1PWPA 3R4UA 5HCBA 1SLMA 5BYNA 1XFZA 1LJ7A 1S1AA 3AYKA 5FRAA 5LK5A 2ERFA 2WNEA 1C7KA 1HLCA 3WUCA 3IKWA 3FLRA 3R05A 4ASMB 1UX6A 2LALA 4M3CA 3NV2A 4IJOA 4ATEA 3LQ0A 3B9CA 1ULFA 1DGLA 1GE7A 2GNTA 1QICA 1C57A 1IKQA 456CA 1G86A 2JECA 1I1IP 4GXLA 1XFWA 4M3CE 2PHRA 1V6NA 4XBLA 5CA6A 3HU6A 4UW3A 2GKWA 1OKQA 1FV3A 4H3XA 4LBQB 1OM8A 2WLQA 3M2MA 4XHXA 1SBFA 1TEIA 2Q5TA 3SITA 4GR3A 1W6QB 1R1IA 3QCWA 1MMRA 1PWWA 2RHPA 4R9AA 4WZVA 3B69A 2ZHNA 1JXNA 3A0KA 3B2ZA 1FX5A 1WBFA 4BOWA 1HFCA 966CA 4XHBA 4P14A 4MYEA 4ZR5A 2K2GA 1MZ5A 4XCTA 2ZKNA 5DXDA 3FLTA 2E2DA 5JMYA 1HKDA 3UK9A 3U4XA 3VTGA 2J83A 3WHUA 1D0HA 1ZXVA 4LBQD 2D3SA 4XIKA 4DRVA 4SLIA 3N7LA 3A4UA 1OM6A 2R16A 4H84A 1CA4A 4YM2A 4LBJA 4BM8A 1A85A 2A75A 3NX7A 1G05A 1SCSA 4YM3A 5GZFA 2JSDA 3HYGA 4PKUA 1LOAA 3AZYA 3OHOA 2P3KA 3IN9A 2MLSA 5D2BA 2D6MA 3WG2A 3AP6A 1W6OA 3WNXA 4CA1A 1N3PA 4DS0A 1HOVA 1JK3A 1S0CA 1UMZA 1JIZA 5DG2A 4R3VA 1FLKA 3MQSC 3N7JA 3UJOA 2D6LX 3B00A 3INAA 4XE9A 1J7NA 1ZA4A 4GR0A 3ZXLA 1C8TA 3A0NA 3O2XA 5DG1A 2ZGUA 1DQ4A 4HMAA 1LCLA 1QDCA 1JBCA 1WW7A 2DVBA 3ZXJA 5BPAA 1YO8A 2P37A 5JVVA 3ZSKA 1FAYA 4KG9A 2CR2A 3N7MA 3KEJA 1CPNA 3KM5A 2C9AA 3PJQA 3IPVA 1LHWA 1KZZA 5B5OA 3LSDA 5KXCA 1Q3AA 3TT4A 2MZEA 1QMJA 1JIWP 3LUNA 3RRDA 5GZCA 4AGVA 3FFZA 2JE9A 1B09A 1YQYA 3LK8A 1G9AA 2B7YA 2NP0A 4FVVA 3WOGA 5CAZA 4K8UA 2OY4A 1ZMSA 1ASTA 4FPJA 1HTDA 5IUQA 3SH5A 5T5LA 1V6OA 4YW3A 2DW1A 2OW1A 1VIWB 5LABA 4PKVA 4O1VA 1Q8OA 1LHNA 1QGLA 5DUVA 4Q27A 4AVVA 3OBTA 4A3WA 1PWUA 2JDZA 2XXNA 1C1LA 3WV6A 1LOBA 4BLJA 3WDTA 3POSA 4DRRA 3RSJA 2ERPA 1YY6A 4IN9A 2EROA 1R55A 4YZ5A 1IAGA 1UZZA 1GE5A 1MS8A 2F1ZA 3WCSA 5I12A 4PBPA 1QIBA 1SLCA 1MNCA 1IOAA 3BTAA 4H82A 2NZ9A 3V96B 1D8FA 3V65A 4YZ2A 3WVJA 2J0TA 2O3EA 1EB6A 2FOJA 1BUVM 2ZGOA 2D6KA 2R0FA 2CNAA 4YM1A 3ZXHA 3FUOA 2PHWA 3LIRA 1QJIA 5D1SA 1RMZA 1QU0A 1MVEA 4YSIA 3ZYPA 4Q8LA 1LB6A 1PWQA 1C4RA 4XJWA 1CQ9A 3V64A 2EXKA 4XJ8A 2LTNA 1IKPA 1DQ1A 1XURA 4H55A 4R9BA 1PWVA 2ES3A 3KMCA 4H1QA 1VAVA 4ISRA 5F5QA 2PHXA 1V6KA 1CIZA 4OZXA 2MLRA 4K1ZA 4G0DA 2CYFA 1LENA 1QF3A 3USUB 4Y1YA 2OW9A 2XS4A 2VW0A 1LESA 4Z8BA 2FOPA 4DPEA 1LECA 1IS6A 4FPOB 2P3JA 1URXA 1R1ZA 1BKCI 2V4BA 1RF3A 1GLHA 4Y26A 4XM7A 1MMQA 3MEPA 1Y8JA 3ZSMA 4XTMA 2EXHA 2KM2A 1I3HA 2XB6C 1EPWA 2A6XA 2D6NA 3RTSA 4XJAA 3WLUA 4GWNA 2TEPA 1SLNA 1LEMA 1F31A 2AH2A 4DV8A 1AXKA 3OY8B 3D5OA 2AGSA 2DURA 2AIGP 4FOYA 5D1UA 3JU9A 2YXSA 5FREA 2GMPA 5JMCA 1DZQA 3SISA 1AJOA 2P3IA 3TS4A 1KBCA 3RS6A 2KRJA 5I43A 5CXAA 2OW0A 4PKRA 4JQGA 2JE7A 4P9YA 3LMCA 3ZXEA 1WBLA 1XFUA 4PKSA 1N3OA 1G8WA 2A70A 4CTEA 2CKIA 5GLZA 1CA9A 2Y6DA 1MS1A 1JN2P 5IK4A 5D7WA 3W59A 3ILRA 1ULCA 4LBLA 1ATLA 2E7TA 1O4YA 2FV5A 2X3BA 1YCMA 4DPNA 3F18A 3MW3A 4I30A 1QOOA 5IK8A 2I47A 1KQRA 3PMEA 3O0VA 3PVEA 5T50A 1PZ7A 3EDIA 1MR5A 1F5FA 5H9MA 1D01A 1R54A 2NMOA 4CRQA 1SCRA 1QOTA 1USNA 2VUAA 4YGCA 3AZWA 4YW1A 1DQ5A 4L8QA 1Y93A 2JT5A 1O0QA 3ZSJA 4LBNA 1GKBA 4H76A 2D6OX 1SLLA 1LHUA 2ZGTA 1LEDA 5E88A 1H9WA 3VKOA 2D44A 2DUOA 2GN7A 1V6MA 2FV9A 1KUHA 1JANA 2A25A 4FPGA 2DVGA 2WT2A 3LJGA 4Q1RA 4P9XA 1CZYA 1WLWA 3WG3A 2ARBA 3AXDA 1YXWA 4BMBA 1EAKA 1I1EA 1FNYA 2XG3A 3UL2A 3GALA 4YGBA 2OXUA 4ATFA 4XMAA 3IMNA 1C1FA 3CKIA 1GSLA 3SH3A 2R49A 4WK7A 2CLTA 4W65A 4H2EA 4FPHA 4ZKTB 1W0OA 1B8YA 3UVCA 2A6YA 4AYUA 1L6JA 3F19A 2UU8A 4WVVA 3NWKA 5T5PA 4YW4A 2WJSA 2ZBJA 2PHFA 4Y1ZA 1W6MB 1FLLA 5E8AA 1VALA 1SBEA 3KECA 4GQLA 1VLNA 3DL1A 1NLSA 4BMEA 1YRZA 3CNAA 1GZCA 2ZMKA 4R9DA 4K21A 1MVQA 4GKXA 4I7CA 1UKGA 1RIRA 3N3HA 4FPEA 1Q8QA 4YG0A 2VH9A 3NV1A 2Z42A 2ZGNA 3C2UA 3WG1A 1C3IA 5CUHA 1ULEA 4IQPA 1SLTA 1UN1A 1MZ6A 2ZGRA 1BM6A 2OUJA 3D4KA 2X3AA 2ZGSA 3KMEA 1JHNA 1IADA 5E1TA 3WG4A 4JA1A 1MS5A 2PJTA 2W39A 3DNGA 1I73A 2CTVA 2JNPA 3EDGA 4M4EA 1DLLA 1ONAA 1W6NA 3BIWE 1BZSA 2AR6A 1GNZA 1YIFA 1LB5A 3BA0A 3ENRA 3F16A 2OZRA 4DQAA 3HQMA 1AVBA 5DUXA 1A86A 2E6VA 2PHTA 4AIGA 3VKNA 4YFWA 1H30A 3AYCA 2DU1A 1YP1A 4YGDA 5IK5A 2VU9A 1O4ZA 3T1MA 1GZWA 2NN8A 1ULGA 4Z8MA 1GKDA 5I4OA 1SLAA 1LOFA 4JCKA 4UW6A 1GYKA 2G4IA 2GNMA 2USNA 1CAQA 4NO4A 4M00A 4GF1A 1UZYA 1BQQM 2A71A 1QNWA 2CY6A 2WKKA 4K20A 3GNEA 3AP5A 3M3EA 4HL0A 4NOTA 2QPJA 2E7QA 1UTTA 4XJUA 1G4KA 2DV9A 1G7YA 3LJTA 2OVXA 1LOCA 3L0TA 1AX0A 2ZHKA 4JPAA 3KRYA 1KITA 3VUOA 4Q8KA 5L7FA 3AP9A 5GLUA 3WDVA 4GWMA 1Y7BA 3AJZA 3PVOA 3ZVSA 3V0AB 4WKIA 1K7GA 3L2YA 1LULA 4AUOA 2E51A 5JLVA 3WDUA 2VW1A 1KUFA 3APBA 1AX2A 5KXEA 1DQ6A 1MMPA 2ZGLA 3HY9A 2UWCA 2GMEA 1G9KA 2NMNA 1ENRA 3KWVC 2A3XA 3AFKA 1G9CA 1W6PB 1ZS0A 3M3CA 3O0XA 2ZABA 5T54A 4L63A 3USNA 2A6ZA 1CXVA 2D7FA 3OYWA 4M3CB 4FOWA 3HB2P 1G9FA 2R0HA 3FBYA 1Q8SA 1QIAA 1RINA 3T1LA 2W08A 2W68A 1IS3A 3K7NA 4XBQA 2OI0A 1QDOA 3KQRA 1KJLA 1N47A 3OJBA 4AGGA 4FP3A 1OQ1A 2DW2A 4J4MA 1WCSA 5B5PA 3VI1A 5GM0A 3O12A 3VV1A 3V0BB 1A78A 2ARXA 3SNMA 3AP7A 4I35A 1RM8A 2DU0A 3U1RA 4C9ZA 1SMPA 2R1BA 4XXAA 2UWBA 2AYKA 2YMZA 2YZ4A 5T52A 3LGPA 1PZ8A 2EAKA 4AVSA 4GR8A 1OO9A 2JT6A 1XUCA 5GJ6A 4FVLA 3EHXA 1U0AA 3MPPG 2AENA 1Y0VA 1QSCA 1XFXA 1ND1A 1BZWA 3WV1A 4LBQA 3ZXKA 3KHIA 2Y6CA 2SLIA 1OS2A 1LOGA 5IT6A 4H30A 2WO8A 1V6LA 1ULDA 1W6QA 2NYYA 4YLZA 1AYKA 1BSWA 4YGEA 3OBRA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1IS4 A;  4G4F A;  1W0P A;  2OPW A;  5DAX A;  1UL9 A;  2C5D A;  4AI2 A;  3O1S A;  3O64 A;  1W2A X;  2PAM A;  2ZGK A;  1XAX A;  5D1T A;  4QDS A;  4QXH A;  4XEZ A;  4BQ2 A;  4CDU B;  2G19 A;  1F4H A;  2Z69 A;  3E5U A;  4UAP A;  3SMH A;  4PKQ A;  1HFS A;  3BYW A;  4AED C;  1R1H A;  5FZE A;  4B29 A;  1GBG A;  3WNP A;  2OX0 A;  2WA3 A;  3C7O A;  3FC0 A;  4XDQ A;  3VBR B;  1POV 1;  4GMP 0;  1JH1 A;  1UZV A;  5DDJ 1;  1NKG A;  3T2Q A;  2D1O A;  5L9V A;  3IVB A;  2R04 3;  4XOG A;  5F6L B;  1OM7 A;  1QUA A;  1EUB A;  3JBG 3;  4KBB A;  2RS3 3;  1WCK A;  1RUJ 3; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4GWMA

Total Genus

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