The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
42
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sequence length |
158
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structure length |
158
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Chain Sequence |
NPKWERTNLTYRIRNYTPQLSEAEVERAIKDAFELWSVASPLIFTRISQGEADINIAFYQRDHGDNSPFDGPNGILAHAFQPGQGIGGDAHFDAEETWTNTSANYNLFLVAAHEFGHSLGLAHSSDPGALMYPNYAFRETSNYSLPQDDIDGIQAIYG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
X-ray structures of human neutrophil collagenase complexed with peptide hydroxamate and peptide thiol inhibitors. Implications for substrate binding and rational drug design.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
MATRIX METALLO PROTEINASE-8 (MET80 FORM)
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| total genus |
42
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| structure length |
158
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| sequence length |
158
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.34: Neutrophil collagenase. |
| pdb deposition date | 1996-03-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00413 | Peptidase_M10 | Matrixin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I1I P; 3VTG A; 5L7F A; 1R1J A; 3USN A; 1O0T A; 1PWW A; 3DSL A; 3HB2 P; 3ZVS A; 4FU4 A; 3EDI A; 1SLN A; 3LK8 A; 1ZXC A; 1JIW P; 4AUO A; 2OW9 A; 1XUC A; 3G5C A; 1R54 A; 3WV3 A; 2DW2 A; 3KEJ A; 1HV5 A; 1K7Q A; 3LUM A; 1HTD A; 1JAQ A; 5JMY A; 1UMT A; 1Y8J A; 3KWV C; 1HOV A; 2JIH A; 1JK3 A; 2W15 A; 4CTH A; 1ROS A; 1AF0 A; 2OW2 A; 2CLT A; 2J83 A; 2N8R A; 4GR8 A; 1K7I A; 2W0D A; 4FXY P; 1K7G A; 5D1U A; 1KUK A; 4ON1 A; 5I43 A; 2OY2 A; 2J0T A; 1JAP A; 1IAG A; 1BUD A; 1B8Y A; 3KHI A; 2Y6C A; 4Q1L A; 1SAT A; 1JAO A; 3L0T A; 3LIK A; 3LIL A; 1J7N A; 2USN A; 3DPE A; 4WKE A; 2W12 A; 3BA0 A; 5D3C A; 2POJ A; 1JAN A; 2ERO A; 1QJJ A; 5I0L A; 1C7K A; 3HY9 A; 4QKZ A; 1CGE A; 1A85 A; 1DTH A; 4H2E A; 4PKW A; 1QIC A; 1PWQ A; 1IAA A; 1KAP P; 4DV8 A; 1MMP A; 3HYG A; 4HX3 A; 1OM7 A; 4PKQ A; 1ZXV A; 3HDB A; 2D1O A; 1WNI A; 2JSD A; 4DPE A; 1OS2 A; 1FLS A; 1ATL A; 1USN A; 1KUF A; 3LQB A; 1G49 A; 1ZTQ A; 1A86 A; 2TCL A; 1R1I A; 2OVX A; 1O0Q A; 5D2B A; 3LJG A; 1D8M A; 2V4B A; 1C8T A; 4HMA A; 3LEA A; 2DDY A; 2OXU A; 2OY4 A; 1AST A; 4WK7 A; 4A7B A; 4XM8 A; 1DMT A; 2K2G A; 3Q2G A; 1XFW A; 2WO8 A; 3TSK A; 3OHO A; 1EAK A; 3EHX A; 4WKI A; 1SLM A; 1PWV A; 4H3X A; 1ZVX A; 1KBC A; 1BZS A; 2AIG P; 4H82 A; 2MLR A; 1JKY A; 1BQQ M; 3N2V A; 4JA1 A; 2OW0 A; 5BOT A; 4GWM A; 3TS4 A; 1GXD A; 2ERP A; 4L19 A; 3EDH A; 3V96 B; 1XUR A; 4IUW A; 2X3A A; 3ZUK A; 4EFS A; 1HFC A; 1RMZ A; 4AYK A; 3RTT A; 1IAE A; 4H30 A; 3P24 A; 4PKT A; 4DD8 A; 2FV5 A; 3MA2 A; 4H84 A; 3DL1 A; 4FXQ A; 3KMC A; 1B3D A; 3ZXH A; 1R1H A; 1BKC A; 5B5O A; 2OXW A; 3KME A; 1IAC A; 2FV9 A; 2W13 A; 3EDZ A; 1D5J A; 3LQ0 A; 1GE7 A; 1G4K A; 2E3X A; 3LUN A; 3RTS A; 2JT5 A; 3K7L A; 5CUH A; 2X3C A; 1SU3 A; 1XFZ A; 2W14 A; 1G9K A; 3KEC A; 1CGL A; 4AIG A; 1AYK A; 1KUI A; 4H1Q A; 4L63 A; 1OM6 A; 5H8X A; 5I4O A; 4GQL A; 1PWP A; 1BM6 A; 1GE6 A; 2RJQ A; 4H49 A; 3DPF A; 1H71 P; 2AYK A; 1AKL A; 1BKC I; 1OS9 A; 3HDA P; 3ELM A; 3KEK A; 4JP4 A; 5LAB A; 1S4B P; 966C A; 3TVC A; 2DW0 A; 3HBV P; 2K9C A; 1ND1 A; 2KRJ A; 3LKA A; 4GR3 A; 1QUA A; 2Y6D A; 2L0R A; 1Y93 A; 1PWU A; 1CIZ A; 1JJ9 A; 4XM7 A; 1UMS A; 1XFV A; 4GF1 A; 1JIZ A; 2XS3 A; 5CZM A; 1XUD A; 2WO9 A; 4AXQ A; 4WF6 A; 1D7X A; 1L6J A; 3DWB A; 5D1T A; 1Z3J A; 2X3B A; 2JT6 A; 3F19 A; 4GWN A; 2DDF A; 3P1V A; 3WV2 A; 1ZP5 A; 2ERQ A; 4XBH A; 3E8R A; 5I3M A; 3EDG A; 1QIB A; 2WOA A; 2E2D A; 1GE5 A; 4JIJ A; 3L0V A; 1GO7 P; 2O3E A; 1D8F A; 2MZI A; 1BIW A; 3EWJ A; 1HY7 A; 4I35 A; 3K7N A; 1GKC A; 1YP1 A; 1SRP A; 3AIG A; 5I2Z A; 3AYU A; 4GR0 A; 1I73 A; 1MMQ A; 1BQO A; 1SMP A; 3DNG A; 4FVL A; 2SRT A; 2A8H A; 3SHI A; 3LE9 A; 3HY7 A; 3F17 A; 4PKS A; 2D1N A; 3UVC A; 4H76 A; 1ZS0 A; 1XFX A; 3AYK A; 1QJI A; 1G12 A; 2MLS A; 5D7W A; 2I47 A; 1G05 A; 1YOU A; 5BOY A; 2XS4 A; 1XFY A; 1EB6 A; 3LGP A; 3F1A A; 1OMJ A; 4ZR5 A; 1C3I A; 1UTT A; 1Y0V A; 5BPA A; 3LMC A; 4G0D A; 1CQR A; 1GO8 P; 1RM8 A; 3KRY A; 4IN9 A; 1YCM A; 1FBL A; 1OO9 A; 3I7G A; 2CKI A; 3OHL A; 1KUG A; 3HBU P; 4WZV A; 4PKR A; 1GKD A; 4L6T A; 3LJZ A; 2HU6 A; 4ILW D; 3I7I A; 3VI1 A; 4I03 A; 1YQY A; 2OW1 A; 3N2U A; 3O64 A; 1EUB A; 1CXV A; 1R55 A; 2Z2D A; 456C A; 2MZE A; 1XFU A; 1CAQ A; 3Q2H A; 1IAD A; 1CGF A; 2RJP A; 3NX7 A; 3G42 A; 3CKI A; 3F16 A; 4JQG A; 2OXZ A; 2YIG A; 2YB9 A; 3B8Z A; 2PJT A; 3B2Z A; 4PKU A; 5I12 A; 5L79 A; 4DF9 A; 3GBO A; 2OI0 A; 4J4M A; 4JPA A; 2DW1 A; 2MZH A; 4GUY A; 4G9L A; 3LJT A; 5B5P A; 2X7M A; 1BUV M; 3B92 A; 4R3V A; 1IAB A; 1BKC E; 830C A; 1FM1 A; 3F18 A; 1CK7 A; 1MMB A; 3LIR A; 1BSW A; 4XM6 A; 1Q3A A; 1KUH A; 1JH1 A; 3TT4 A; 1UTZ A; 5D1S A; 4IJO A; 1I76 A; 2QPJ A; 1UEA A; 5CXA A; 4PKV A; 1MNC A; 4A3W A; 2OZR A; 4XCT A; 3U1R A; 2JNP A; 2OVZ A; 1QIA A; 3F15 A; 3O2X A; 3WV1 A; 1OM8 A; 1HFS A; 2O36 A; 1MMR A; 3EHY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I1I P; 3VTG A; 5L7F A; 1R1J A; 3USN A; 1O0T A; 1PWW A; 3DSL A; 3HB2 P; 3ZVS A; 4FU4 A; 3EDI A; 1SLN A; 3LK8 A; 1ZXC A; 1JIW P; 4AUO A; 2OW9 A; 1XUC A; 3G5C A; 1R54 A; 3WV3 A; 2DW2 A; 3KEJ A; 1HV5 A; 1K7Q A; 3LUM A; 1HTD A; 1JAQ A; 5JMY A; 1UMT A; 1Y8J A; 3KWV C; 1HOV A; 2JIH A; 1JK3 A; 2W15 A; 4CTH A; 1ROS A; 1AF0 A; 2OW2 A; 2CLT A; 2J83 A; 2N8R A; 1TVI A; 1K7I A; 2W0D A; 4GR8 A; 4FXY P; 1K7G A; 5D1U A; 1KUK A; 4ON1 A; 5I43 A; 2OY2 A; 2J0T A; 1JAP A; 1IAG A; 1BUD A; 1B8Y A; 3DTE A; 3KHI A; 2Y6C A; 4Q1L A; 1SAT A; 1JAO A; 3L0T A; 3LIK A; 3LIL A; 1J7N A; 2USN A; 3DPE A; 4WKE A; 2W12 A; 3BA0 A; 5D3C A; 2POJ A; 1JAN A; 2ERO A; 1QJJ A; 5I0L A; 1C7K A; 1OZ9 A; 4L7A A; 3HY9 A; 4QKZ A; 1CGE A; 1A85 A; 1DTH A; 4H2E A; 4PKW A; 1QIC A; 1PWQ A; 1IAA A; 1KAP P; 4DV8 A; 1MMP A; 3HYG A; 4HX3 A; 1OM7 A; 4PKQ A; 1ZXV A; 3HDB A; 2D1O A; 1WNI A; 2JSD A; 4DPE A; 1OS2 A; 1FLS A; 1ATL A; 1USN A; 1KUF A; 3LQB A; 1G49 A; 1ZTQ A; 1A86 A; 2TCL A; 1R1I A; 2OVX A; 3DTK A; 1O0Q A; 5D2B A; 3LJG A; 1D8M A; 2V4B A; 1C8T A; 4HMA A; 3LEA A; 2DDY A; 2OXU A; 2OY4 A; 1AST A; 4WK7 A; 4A7B A; 4XM8 A; 1DMT A; 2K2G A; 3Q2G A; 1XFW A; 2WO8 A; 3TSK A; 3OHO A; 1EAK A; 3EHX A; 4WKI A; 1SLM A; 1PWV A; 4H3X A; 1ZVX A; 1KBC A; 1BZS A; 2AIG P; 4H82 A; 2MLR A; 1JKY A; 1BQQ M; 3N2V A; 4JA1 A; 2OW0 A; 5BOT A; 4GWM A; 3TS4 A; 1GXD A; 2ERP A; 4L19 A; 3EDH A; 3V96 B; 1XUR A; 4IUW A; 2X3A A; 3ZUK A; 4EFS A; 1HFC A; 1RMZ A; 4AYK A; 3RTT A; 1IAE A; 4H30 A; 3P24 A; 4PKT A; 4DD8 A; 2FV5 A; 3MA2 A; 4H84 A; 3DL1 A; 4FXQ A; 3KMC A; 1B3D A; 3ZXH A; 1R1H A; 1BKC A; 5B5O A; 2OXW A; 3KME A; 1IAC A; 2FV9 A; 2W13 A; 1XM5 A; 3EDZ A; 1D5J A; 3LQ0 A; 1GE7 A; 1G4K A; 2E3X A; 3LUN A; 3RTS A; 2JT5 A; 3K7L A; 5CUH A; 2X3C A; 1SU3 A; 1XFZ A; 2W14 A; 1G9K A; 3KEC A; 1CGL A; 4AIG A; 1AYK A; 1KUI A; 4H1Q A; 4L63 A; 1OM6 A; 5H8X A; 5I4O A; 4GQL A; 1PWP A; 1BM6 A; 1GE6 A; 2RJQ A; 4H49 A; 3DPF A; 1H71 P; 2AYK A; 1AKL A; 1BKC I; 1OS9 A; 3HDA P; 3ELM A; 3KEK A; 4JP4 A; 5LAB A; 1S4B P; 966C A; 3TVC A; 2DW0 A; 3HBV P; 2K9C A; 1ND1 A; 2KRJ A; 3LKA A; 3DTI A; 4GR3 A; 1QUA A; 2Y6D A; 2L0R A; 1Y93 A; 1PWU A; 1CIZ A; 1JJ9 A; 4XM7 A; 1UMS A; 1XFV A; 4GF1 A; 1JIZ A; 2XS3 A; 5CZM A; 1XUD A; 2WO9 A; 4AXQ A; 4WF6 A; 1D7X A; 1L6J A; 3DWB A; 5D1T A; 1Z3J A; 2X3B A; 2JT6 A; 3F19 A; 4GWN A; 2DDF A; 3P1V A; 3WV2 A; 1ZP5 A; 2ERQ A; 4XBH A; 3E8R A; 5I3M A; 3EDG A; 1QIB A; 2WOA A; 2E2D A; 1GE5 A; 4JIJ A; 3L0V A; 1GO7 P; 2O3E A; 1D8F A; 2MZI A; 1BIW A; 3EWJ A; 1HY7 A; 4I35 A; 3K7N A; 1GKC A; 1YP1 A; 1SRP A; 3AIG A; 5I2Z A; 3AYU A; 4GR0 A; 1I73 A; 1MMQ A; 1BQO A; 1SMP A; 3DNG A; 4FVL A; 2SRT A; 2A8H A; 3SHI A; 3LE9 A; 3HY7 A; 3F17 A; 4PKS A; 2D1N A; 3UVC A; 4H76 A; 1ZS0 A; 1XFX A; 3AYK A; 1QJI A; 1G12 A; 2MLS A; 5D7W A; 2I47 A; 1G05 A; 1YOU A; 5BOY A; 2XS4 A; 1XFY A; 1EB6 A; 3LGP A; 3F1A A; 1OMJ A; 4ZR5 A; 1C3I A; 1UTT A; 1Y0V A; 5BPA A; 3LMC A; 4G0D A; 1CQR A; 1GO8 P; 1RM8 A; 3KRY A; 4IN9 A; 1YCM A; 1FBL A; 1OO9 A; 3I7G A; 2CKI A; 3OHL A; 1KUG A; 3HBU P; 4WZV A; 4PKR A; 1GKD A; 4L6T A; 3LJZ A; 2HU6 A; 4ILW D; 3I7I A; 3VI1 A; 4I03 A; 1YQY A; 2OW1 A; 3N2U A; 3O64 A; 1EUB A; 1CXV A; 1R55 A; 2Z2D A; 456C A; 2MZE A; 1XFU A; 1CAQ A; 3Q2H A; 1IAD A; 1CGF A; 2RJP A; 3NX7 A; 3G42 A; 3CKI A; 3F16 A; 4JQG A; 2OXZ A; 2YIG A; 2YB9 A; 3B8Z A; 2PJT A; 3B2Z A; 4PKU A; 5I12 A; 5L79 A; 4DF9 A; 3GBO A; 2OI0 A; 4J4M A; 4JPA A; 2DW1 A; 2MZH A; 4GUY A; 4G9L A; 3LJT A; 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