The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
90
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sequence length |
296
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structure length |
284
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Chain Sequence |
SHRYVETMLVADQSMAEFHGSGLKHYLLTLFSVAARLYKHPSIRNSVSLVVVKILVIHDEQKGPEVTSNAALTLRNFCNWQKQHNPPSDRDAEHYDTAILFTRQDLCGSQTCDTLGMADVGTVCDPSRSCSVIEDDGLQAAFTTAHELGHVFNMPHDDAKQCASLNDSHMMASMLSNLDHSQPWSPCSAYMITSFLDNGHGECLMDKPQNPIQLPGDLPGTSYDANRQCQFTFGEDSKHCPTCSTLWCTGVLVCQTKHFPWADGTSCGEGKWCINGKCVNKLVP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of human ADAMTS-1 reveal a conserved catalytic domain and a disintegrin-like domain with a fold homologous to cysteine-rich domains.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ADAMTS-1
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
90
|
| structure length |
284
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| sequence length |
296
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01421 | Reprolysin | Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease |
| A | PF17771 | ADAM_CR_2 | ADAM cysteine-rich domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ELM A; 3P24 A; 5BOY A; 1BQO A; 3AIG A; 5D1T A; 4H30 A; 4QKZ A; 2MZH A; 2QPJ A; 2JT5 A; 4WF6 A; 3Q2H A; 3F17 A; 3EDH A; 3RTT A; 2O3E A; 3EDZ A; 1XUC A; 1CAQ A; 1XFU A; 2DW2 A; 5D3C A; 1IAD A; 966C A; 4I35 A; 1G4K A; 1XFV A; 1CXV A; 4ON1 A; 2WOA A; 2MZE A; 2I47 A; 3VI1 A; 1SMP A; 2JIH A; 4GWN A; 3L0V A; 1ZTQ A; 1AYK A; 2FV9 A; 3HDB A; 1BZS A; 5D2B A; 1KAP P; 1UEA A; 1SLN A; 3WV3 A; 1CGL A; 1UTZ A; 4A3W A; 4G9L A; 4PKV A; 1XFX A; 4L63 A; 2K2G A; 3EDG A; 1GE6 A; 2DDY A; 3KHI A; 1KBC A; 4H1Q A; 3LIK A; 2JT6 A; 2W15 A; 2OW2 A; 2W13 A; 1GO8 P; 4JPA A; 1AST A; 2E3X A; 2E2D A; 3AYU A; 1OMJ A; 1G49 A; 4JIJ A; 2OXU A; 4JQG A; 1C8T A; 2W12 A; 4H84 A; 3O2X A; 1S4B P; 3F16 A; 1BUV M; 3G5C A; 4FVL A; 4PKQ A; 3HYG A; 1BKC E; 3DPF A; 2OW0 A; 4PKW A; 1HFS A; 4WKI A; 4I03 A; 1R1H A; 2RJP A; 1ZVX A; 4IUW A; 3P1V A; 1D5J A; 1EB6 A; 3LQ0 A; 2XS4 A; 2HU6 A; 2X3C A; 1SLM A; 1KUK A; 4XM7 A; 1Y8J A; 2OXZ A; 1USN A; 2D1N A; 3DWB A; 1ZXC A; 3LUN A; 5CZM A; 3AYK A; 1GO7 P; 1BSW A; 1Q3A A; 4GR3 A; 1EUB A; 4XBH A; 3SHI A; 3U1R A; 2OXW A; 4PKR A; 1KUH A; 4ZR5 A; 830C A; 2OI0 A; 2ERQ A; 1HY7 A; 5B5O A; 1PWU A; 3OHL A; 5D7W A; 3EWJ A; 3LEA A; 4DV8 A; 2WO9 A; 2MLR A; 5D1U A; 3BA0 A; 2DDF A; 1CGF A; 1I73 A; 2W0D A; 4GR8 A; 1JK3 A; 1KUF A; 4WK7 A; 4GF1 A; 1CGE A; 1IAB A; 1CK7 A; 5I3M A; 4L19 A; 3LQB A; 3USN A; 4H82 A; 2POJ A; 1QJJ A; 2ERO A; 4DF9 A; 1ND1 A; 3KME A; 2OZR A; 5D1S A; 4WKE A; 1C7K A; 3DNG A; 2Z2D A; 4PKT A; 5LAB A; 2N8R A; 4DPE A; 4J4M A; 1OM7 A; 4GR0 A; 1I1I P; 2D1O A; 2USN A; 1B3D A; 1IAG A; 1QJI A; 1QIA A; 4H3X A; 1IAA A; 4GUY A; 1BQQ M; 1R55 A; 3KEK A; 1K7I A; 4DD8 A; 3NX7 A; 3I7I A; 1D8M A; 2RJQ A; 1GE7 A; 1BUD A; 3L0T A; 1JAQ A; 4HMA A; 2J83 A; 3LIL A; 3F19 A; 5B5P A; 1OM6 A; 2K9C A; 5I0L A; 2PJT A; 5L79 A; 3G42 A; 2CKI A; 1WNI A; 1K7G A; 1UMS A; 1Z3J A; 1ROS A; 1HV5 A; 1YP1 A; 2JSD A; 1GXD A; 1ZP5 A; 1YOU A; 1XFY A; 4L6T A; 1QUA A; 3HY9 A; 1R54 A; 3TVC A; 4PKU A; 4EFS A; 1RMZ A; 1SU3 A; 1RM8 A; 1FBL A; 1YQY A; 1HFC A; 3B92 A; 3UVC A; 1HTD A; 1Y0V A; 3F1A A; 1MMQ A; 1MMP A; 2XS3 A; 3ZUK A; 4FXQ A; 1OS2 A; 3N2V A; 2Y6D A; 2CLT A; 2SRT A; 1R1I A; 3KMC A; 1BM6 A; 4XM6 A; 3WV1 A; 1H71 P; 2OY2 A; 1JAO A; 1MMR A; 5CXA A; 1C3I A; 3KWV C; 2X7M A; 3LJZ A; 4HX3 A; 5I2Z A; 4AYK A; 2FV5 A; 2OY4 A; 1DMT A; 3KRY A; 2Y6C A; 1YCM A; 3LKA A; 1A85 A; 1PWV A; 1FM1 A; 1UMT A; 3E8R A; 1GE5 A; 1SAT A; 2W14 A; 3KEC A; 1JAP A; 1I76 A; 5L7F A; 2O36 A; 3O64 A; 4G0D A; 5BOT A; 2YB9 A; 1PWP A; 1G05 A; 3CKI A; 4XM8 A; 4AXQ A; 1IAC A; 2MZI A; 2KRJ A; 4CTH A; 1BIW A; 1UTT A; 3Q2G A; 1CIZ A; 1L6J A; 1OS9 A; 1GKD A; 3EHX A; 4JP4 A; 1KUG A; 3EDI A; 4FU4 A; 3DL1 A; 3TS4 A; 1SRP A; 3F15 A; 1QIB A; 3K7L A; 1J7N A; 3N2U A; 1GKC A; 1ATL A; 3RTS A; 3LE9 A; 5H8X A; 5BPA A; 4H76 A; 1OM8 A; 2OVX A; 4H2E A; 2AYK A; 1Y93 A; 2A8H A; 1AF0 A; 1AKL A; 3GBO A; 4R3V A; 4ILW D; 1ZXV A; 3LJT A; 5I43 A; 3EHY A; 1ZS0 A; 2WO8 A; 2YIG A; 3HDA P; 4AUO A; 1B8Y A; 1XUR A; 3DPE A; 3LMC A; 5I4O A; 1G9K A; 3LIR A; 3HBV P; 3ZXH A; 1JIZ A; 2V4B A; 3DSL A; 2DW1 A; 2OW9 A; 2DW0 A; 1FLS A; 4JA1 A; 3TT4 A; 2X3A A; 4H49 A; 1K7Q A; 1XUD A; 1DTH A; 1JJ9 A; 1XFZ A; 3B8Z A; 4WZV A; 4XCT A; 2AIG P; 3F18 A; 3LUM A; 1G12 A; 1D8F A; 3OHO A; 2JNP A; 1JH1 A; 1BKC I; 1HOV A; 4A7B A; 3KEJ A; 2L0R A; 3V96 B; 1JKY A; 3HY7 A; 3LJG A; 1MNC A; 3K7N A; 2TCL A; 3B2Z A; 5I12 A; 4AIG A; 1KUI A; 4Q1L A; 1IAE A; 3TSK A; 2MLS A; 4PKS A; 1JAN A; 3I7G A; 2OW1 A; 4FXY P; 1MMB A; 2J0T A; 3WV2 A; 3VTG A; 1QIC A; 2ERP A; 4IN9 A; 4GWM A; 1CQR A; 1OO9 A; 1BKC A; 3MA2 A; 1PWW A; 4GQL A; 3HB2 P; 5JMY A; 1R1J A; 1XFW A; 456C A; 3ZVS A; 2OVZ A; 3HBU P; 1O0Q A; 1O0T A; 3LK8 A; 1EAK A; 1PWQ A; 5CUH A; 3LGP A; 4IJO A; 1D7X A; 1JIW P; 1A86 A; 2X3B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ELM A; 3P24 A; 5BOY A; 1BQO A; 3AIG A; 5D1T A; 4H30 A; 4QKZ A; 2MZH A; 2QPJ A; 2JT5 A; 4WF6 A; 3Q2H A; 3F17 A; 3EDH A; 3RTT A; 2O3E A; 3EDZ A; 1XUC A; 1CAQ A; 1XFU A; 2DW2 A; 5D3C A; 4L7A A; 1IAD A; 966C A; 4I35 A; 1G4K A; 1XM5 A; 1XFV A; 1CXV A; 4ON1 A; 2WOA A; 2MZE A; 2I47 A; 3VI1 A; 1SMP A; 2JIH A; 4GWN A; 3L0V A; 1ZTQ A; 1AYK A; 2FV9 A; 3HDB A; 1BZS A; 5D2B A; 1KAP P; 1UEA A; 1SLN A; 3WV3 A; 1CGL A; 3DTI A; 1UTZ A; 4A3W A; 4G9L A; 4PKV A; 1XFX A; 4L63 A; 2K2G A; 3EDG A; 1GE6 A; 2DDY A; 3KHI A; 1OZ9 A; 1KBC A; 4H1Q A; 3LIK A; 2JT6 A; 2W15 A; 2OW2 A; 2W13 A; 1GO8 P; 4JPA A; 1AST A; 1TVI A; 2E3X A; 2E2D A; 3AYU A; 1OMJ A; 1G49 A; 4JIJ A; 2OXU A; 4JQG A; 1C8T A; 2W12 A; 4H84 A; 3O2X A; 1S4B P; 3F16 A; 1BUV M; 3G5C A; 4FVL A; 4PKQ A; 3HYG A; 1BKC E; 3DPF A; 2OW0 A; 4PKW A; 1HFS A; 4WKI A; 4I03 A; 1R1H A; 2RJP A; 1ZVX A; 4IUW A; 3P1V A; 1D5J A; 1EB6 A; 3LQ0 A; 2XS4 A; 2HU6 A; 2X3C A; 1SLM A; 1KUK A; 4XM7 A; 1Y8J A; 2OXZ A; 1USN A; 2D1N A; 3DWB A; 1ZXC A; 3LUN A; 5CZM A; 3AYK A; 1GO7 P; 1BSW A; 1Q3A A; 4GR3 A; 1EUB A; 4XBH A; 3SHI A; 3U1R A; 2OXW A; 4PKR A; 1KUH A; 4ZR5 A; 830C A; 2OI0 A; 2ERQ A; 1HY7 A; 5B5O A; 1PWU A; 3OHL A; 5D7W A; 3EWJ A; 3LEA A; 4DV8 A; 2WO9 A; 2MLR A; 5D1U A; 3BA0 A; 2DDF A; 1CGF A; 1I73 A; 2W0D A; 4GR8 A; 1JK3 A; 1KUF A; 4WK7 A; 4GF1 A; 1CGE A; 1IAB A; 1CK7 A; 5I3M A; 4L19 A; 3LQB A; 3USN A; 4H82 A; 2POJ A; 3DTK A; 1QJJ A; 2ERO A; 4DF9 A; 1ND1 A; 3KME A; 2OZR A; 5D1S A; 4WKE A; 1C7K A; 3DNG A; 2Z2D A; 4PKT A; 5LAB A; 2N8R A; 4DPE A; 4J4M A; 1OM7 A; 4GR0 A; 1I1I P; 2D1O A; 2USN A; 1B3D A; 1IAG A; 1QJI A; 1QIA A; 4H3X A; 1IAA A; 4GUY A; 1BQQ M; 1R55 A; 3KEK A; 1K7I A; 4DD8 A; 3NX7 A; 3I7I A; 1D8M A; 2RJQ A; 1GE7 A; 1BUD A; 3L0T A; 1JAQ A; 4HMA A; 2J83 A; 3LIL A; 3F19 A; 5B5P A; 1OM6 A; 2K9C A; 5I0L A; 2PJT A; 5L79 A; 3G42 A; 2CKI A; 1WNI A; 3DTE A; 1K7G A; 1UMS A; 1Z3J A; 1ROS A; 1HV5 A; 1YP1 A; 2JSD A; 1GXD A; 1ZP5 A; 1YOU A; 1XFY A; 4L6T A; 1QUA A; 3HY9 A; 1R54 A; 3TVC A; 4PKU A; 4EFS A; 1RMZ A; 1SU3 A; 1RM8 A; 1FBL A; 1YQY A; 1HFC A; 3B92 A; 3UVC A; 1HTD A; 1Y0V A; 3F1A A; 1MMQ A; 1MMP A; 2XS3 A; 3ZUK A; 4FXQ A; 1OS2 A; 3N2V A; 2Y6D A; 2CLT A; 2SRT A; 1R1I A; 3KMC A; 1BM6 A; 4XM6 A; 3WV1 A; 1H71 P; 2OY2 A; 1JAO A; 1MMR A; 5CXA A; 1C3I A; 3KWV C; 2X7M A; 2YUF A; 3LJZ A; 4HX3 A; 5I2Z A; 4AYK A; 2FV5 A; 2OY4 A; 1DMT A; 3KRY A; 2Y6C A; 1YCM A; 3LKA A; 1A85 A; 1PWV A; 1FM1 A; 1UMT A; 1XAX A; 3E8R A; 1GE5 A; 1SAT A; 2W14 A; 3KEC A; 1JAP A; 1I76 A; 5L7F A; 2O36 A; 3O64 A; 4G0D A; 5BOT A; 2YB9 A; 1PWP A; 1G05 A; 3CKI A; 4XM8 A; 4AXQ A; 1IAC A; 2MZI A; 2KRJ A; 4CTH A; 1BIW A; 1UTT A; 3Q2G A; 1CIZ A; 1L6J A; 1OS9 A; 1GKD A; 3EHX A; 4JP4 A; 1KUG A; 3EDI A; 4FU4 A; 3DL1 A; 3TS4 A; 1SRP A; 3F15 A; 1QIB A; 3K7L A; 1J7N A; 3N2U A; 1GKC A; 1ATL A; 3RTS A; 3LE9 A; 5H8X A; 5BPA A; 4H76 A; 1OM8 A; 2OVX A; 4H2E A; 2AYK A; 1Y93 A; 2A8H A; 1AF0 A; 1AKL A; 3GBO A; 4R3V A; 4ILW D; 1ZXV A; 3LJT A; 5I43 A; 3EHY A; 1ZS0 A; 2WO8 A; 2YIG A; 3HDA P; 4AUO A; 1B8Y A; 1XUR A; 3DPE A; 3LMC A; 5I4O A; 1G9K A; 3LIR A; 3HBV P; 3ZXH A; 1JIZ A; 2V4B A; 3DSL A; 2DW1 A; 2OW9 A; 2DW0 A; 1FLS A; 4JA1 A; 3TT4 A; 2X3A A; 4H49 A; 1K7Q A; 1XUD A; 1DTH A; 1JJ9 A; 1XFZ A; 3B8Z A; 4WZV A; 4XCT A; 2AIG P; 3F18 A; 3LUM A; 1G12 A; 1D8F A; 3OHO A; 2JNP A; 1JH1 A; 1BKC I; 1HOV A; 4A7B A; 3KEJ A; 2L0R A; 3V96 B; 1JKY A; 3HY7 A; 3LJG A; 1MNC A; 3K7N A; 2TCL A; 3B2Z A; 5I12 A; 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