The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
164
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structure length |
164
|
Chain Sequence |
ANVFPRTLKWSKMNLTYRIVNYTPDMTHSEVEKAFKKAFKVWSDVTPLNFTRLHDGIADIMISFGIKEHGDFYPFDGPSGLLAHAFPPGPNYGGDAHFDDDETWTSSSKGYNLFLVAAHEFGHSLGLDHSKDPGALMFPIYTYTGKSHFMLPDDDVQGIQSLYG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
MMP-13 in complex with selective tetrazole core inhibitor
rcsb |
| molecule keywords |
Collagenase 3
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
46
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| structure length |
164
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| sequence length |
164
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00413 | Peptidase_M10 | Matrixin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DW2 A; 1Y93 A; 2O36 A; 1EUB A; 1GKD A; 2OZR A; 3CKI A; 2OW9 A; 2JT6 A; 1OMJ A; 1ZTQ A; 1OM7 A; 1AKL A; 2OXZ A; 4CTH A; 2OXW A; 2W0D A; 3TS4 A; 1BSW A; 3F16 A; 2X3A A; 3I7G A; 1J7N A; 1GO7 P; 1MMQ A; 2W14 A; 1C8T A; 1UTZ A; 3ZVS A; 1IAC A; 1QUA A; 1JH1 A; 1Y0V A; 3DPF A; 4H82 A; 1ND1 A; 2A8H A; 1QJI A; 3MA2 A; 2OW2 A; 1SMP A; 1GXD A; 1CQR A; 1I76 A; 3EDG A; 1RMZ A; 1K7Q A; 3LE9 A; 3WV2 A; 3AYU A; 4IJO A; 2WO9 A; 1I1I P; 2USN A; 2XS4 A; 3B8Z A; 3EDI A; 3F17 A; 1QIC A; 3N2U A; 1MMB A; 2CLT A; 4XM8 A; 3TT4 A; 3L0V A; 3LJT A; 4L19 A; 1FM1 A; 1O0T A; 1HFS A; 3G42 A; 1HOV A; 5I2Z A; 1UTT A; 2QPJ A; 3F15 A; 3NX7 A; 1D8M A; 3LGP A; 4ON1 A; 2POJ A; 1ZXC A; 4I35 A; 4ILW D; 3F19 A; 4H49 A; 1G49 A; 3ZUK A; 2YB9 A; 2OXU A; 4XM6 A; 4I03 A; 1KAP P; 3LIR A; 3AIG A; 2JT5 A; 4PKQ A; 1JK3 A; 1HFC A; 3VI1 A; 1BKC E; 1Q3A A; 1OS9 A; 1YQY A; 4JIJ A; 1G05 A; 5BOT A; 3HY9 A; 3EHX A; 1OM8 A; 4J4M A; 2KRJ A; 1EAK A; 4G9L A; 1BUV M; 3KME A; 3LQ0 A; 3KMC A; 1XUD A; 4GF1 A; 1OM6 A; 4A3W A; 1CGE A; 4IUW A; 2W13 A; 1KUH A; 3Q2H A; 4DV8 A; 2SRT A; 1JAN A; 2ERP A; 3LUM A; 1UMT A; 4HX3 A; 5D3C A; 1D7X A; 3K7L A; 1QIB A; 3OHO A; 4AYK A; 2DW0 A; 5D1T A; 1JJ9 A; 1GE6 A; 1AYK A; 4FU4 A; 1K7G A; 2PJT A; 1AST A; 1B3D A; 4H30 A; 4G0D A; 4IN9 A; 3OHL A; 5I43 A; 3K7N A; 5D7W A; 1D8F A; 4FXY P; 4ZR5 A; 1XUR A; 3F18 A; 1YCM A; 1A85 A; 2MLR A; 5B5P A; 1BUD A; 3WV3 A; 3LJG A; 3I7I A; 1H71 P; 1KUK A; 3USN A; 1RM8 A; 2AYK A; 2V4B A; 3HB2 P; 1BQQ M; 3RTS A; 4PKR A; 456C A; 1USN A; 3KEK A; 1G9K A; 3U1R A; 1CAQ A; 1QJJ A; 2ERQ A; 5BOY A; 2X7M A; 4GR0 A; 1ATL A; 2J0T A; 3ELM A; 3N2V A; 1IAE A; 4GWM A; 2Y6D A; 1HV5 A; 1SU3 A; 5I4O A; 3AYK A; 1R54 A; 3LKA A; 1I73 A; 1XFW A; 1O0Q A; 5L79 A; 2JIH A; 3HBU P; 5LAB A; 1G12 A; 2N8R A; 4H1Q A; 1JIZ A; 3HDA P; 1MMR A; 3LUN A; 1QIA A; 3TSK A; 1MMP A; 3DL1 A; 2O3E A; 2I47 A; 2E3X A; 1C3I A; 4H3X A; 4XCT A; 1CK7 A; 4GR3 A; 1JIW P; 4GR8 A; 5I3M A; 3O64 A; 5I12 A; 1K7I A; 3HBV P; 1Z3J A; 2K9C A; 1R1I A; 5JMY A; 1AF0 A; 1CGL A; 1GE5 A; 1ROS A; 3G5C A; 4QKZ A; 2YIG A; 1KUI A; 1HTD A; 4DPE A; 2J83 A; 4XBH A; 4HMA A; 1XFV A; 4AUO A; 1FLS A; 2D1N A; 5BPA A; 3DWB A; 2JNP A; 3B2Z A; 1BM6 A; 1XFX A; 3EWJ A; 5D1S A; 3WV1 A; 4PKW A; 1XFZ A; 1BQO A; 1SLN A; 1MNC A; 1BKC A; 5CZM A; 3VTG A; 1GE7 A; 4H76 A; 3B92 A; 1Y8J A; 4WKE A; 4PKS A; 2D1O A; 4PKT A; 1SLM A; 1IAA A; 2DDY A; 1DMT A; 3LIK A; 3SHI A; 4GWN A; 3KEJ A; 2X3B A; 3KRY A; 1CIZ A; 2W15 A; 3RTT A; 1PWU A; 3HY7 A; 3EDH A; 2Z2D A; 2Y6C A; 3E8R A; 4FVL A; 4PKU A; 1HY7 A; 1CGF A; 3LJZ A; 3L0T A; 1ZS0 A; 1PWV A; 3P24 A; 4L6T A; 1R1H A; 1IAG A; 2FV5 A; 1KBC A; 3LQB A; 4H84 A; 3UVC A; 3V96 B; 1UMS A; 5CUH A; 2OVX A; 4GQL A; 3KWV C; 4WF6 A; 5H8X A; 3HDB A; 2WOA A; 3Q2G A; 2OI0 A; 1JAQ A; 4A7B A; 1FBL A; 5D1U A; 3LEA A; 2MZH A; 1SAT A; 2HU6 A; 3F1A A; 4JA1 A; 2K2G A; 1OS2 A; 5B5O A; 1ZP5 A; 2OY2 A; 1PWP A; 1GKC A; 1L6J A; 2DW1 A; 1JAO A; 1BZS A; 1EB6 A; 2XS3 A; 1B8Y A; 1WNI A; 1YOU A; 4GUY A; 5D2B A; 4JP4 A; 1CXV A; 1ZVX A; 3ZXH A; 830C A; 3O2X A; 1OO9 A; 2RJP A; 2MZI A; 4H2E A; 2X3C A; 2MLS A; 2MZE A; 4JPA A; 4WZV A; 3LK8 A; 1PWQ A; 1YP1 A; 4DF9 A; 2DDF A; 1ZXV A; 4PKV A; 3P1V A; 1XFY A; 1D5J A; 1PWW A; 1S4B P; 3EDZ A; 1GO8 P; 2OY4 A; 1SRP A; 3HYG A; 3KEC A; 1R1J A; 4EFS A; 2OW0 A; 4XM7 A; 3DSL A; 4L63 A; 1KUF A; 2JSD A; 1JAP A; 1BIW A; 1G4K A; 2L0R A; 1C7K A; 2ERO A; 2WO8 A; 1IAB A; 1DTH A; 4Q1L A; 2E2D A; 3LIL A; 4JQG A; 1KUG A; 1IAD A; 966C A; 4WK7 A; 1XUC A; 5CXA A; 5L7F A; 1BKC I; 3DNG A; 2FV9 A; 2W12 A; 4R3V A; 3EHY A; 5I0L A; 4AXQ A; 3DPE A; 2AIG P; 2RJQ A; 2TCL A; 2OVZ A; 1UEA A; 3GBO A; 3TVC A; 2OW1 A; 2CKI A; 3LMC A; 1A86 A; 3KHI A; 3BA0 A; 1JKY A; 4FXQ A; 4AIG A; 4WKI A; 1XFU A; 4DD8 A; 1R55 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DTE A; 2DW2 A; 1Y93 A; 2O36 A; 1EUB A; 1GKD A; 2OZR A; 3CKI A; 2OW9 A; 2JT6 A; 1OMJ A; 1ZTQ A; 1OM7 A; 1AKL A; 2OXZ A; 4CTH A; 2OXW A; 2W0D A; 3TS4 A; 1BSW A; 3F16 A; 2X3A A; 3I7G A; 1J7N A; 1GO7 P; 1MMQ A; 2W14 A; 1C8T A; 1UTZ A; 3ZVS A; 1IAC A; 1QUA A; 1JH1 A; 1Y0V A; 3DPF A; 4H82 A; 3DTI A; 1ND1 A; 2A8H A; 1QJI A; 3MA2 A; 2OW2 A; 1SMP A; 1GXD A; 1CQR A; 1I76 A; 3EDG A; 1RMZ A; 1K7Q A; 3LE9 A; 3WV2 A; 3AYU A; 4IJO A; 2WO9 A; 1I1I P; 2USN A; 2XS4 A; 3B8Z A; 3EDI A; 3F17 A; 1QIC A; 3N2U A; 1MMB A; 2CLT A; 4XM8 A; 3TT4 A; 3L0V A; 3LJT A; 4L19 A; 1FM1 A; 1O0T A; 1HFS A; 3G42 A; 1HOV A; 5I2Z A; 1UTT A; 2QPJ A; 3F15 A; 3NX7 A; 1D8M A; 3LGP A; 4ON1 A; 2POJ A; 1ZXC A; 4I35 A; 4ILW D; 3F19 A; 4H49 A; 1G49 A; 3ZUK A; 2YB9 A; 2OXU A; 4XM6 A; 4I03 A; 1KAP P; 3LIR A; 3AIG A; 2JT5 A; 4PKQ A; 1JK3 A; 1HFC A; 3VI1 A; 1BKC E; 1Q3A A; 1OS9 A; 1YQY A; 4JIJ A; 1G05 A; 5BOT A; 3HY9 A; 3EHX A; 1OM8 A; 4J4M A; 2KRJ A; 1EAK A; 4G9L A; 1BUV M; 4L7A A; 3KME A; 3LQ0 A; 3KMC A; 1XUD A; 4GF1 A; 1OM6 A; 4A3W A; 1CGE A; 4IUW A; 2W13 A; 1KUH A; 3Q2H A; 4DV8 A; 2SRT A; 1JAN A; 2ERP A; 3LUM A; 1UMT A; 4HX3 A; 5D3C A; 1D7X A; 3K7L A; 1QIB A; 3OHO A; 4AYK A; 1XM5 A; 2DW0 A; 5D1T A; 1JJ9 A; 1GE6 A; 1AYK A; 4FU4 A; 1K7G A; 2PJT A; 1AST A; 1B3D A; 4H30 A; 4G0D A; 4IN9 A; 3OHL A; 5I43 A; 3K7N A; 5D7W A; 1D8F A; 4FXY P; 4ZR5 A; 1XUR A; 3F18 A; 1YCM A; 1A85 A; 2MLR A; 5B5P A; 1BUD A; 3WV3 A; 3LJG A; 3I7I A; 1H71 P; 1KUK A; 3USN A; 1RM8 A; 2AYK A; 2V4B A; 3HB2 P; 1BQQ M; 3RTS A; 4PKR A; 456C A; 1USN A; 3KEK A; 1G9K A; 3U1R A; 1CAQ A; 1QJJ A; 2ERQ A; 5BOY A; 2X7M A; 4GR0 A; 1ATL A; 2J0T A; 3ELM A; 3N2V A; 1IAE A; 4GWM A; 2Y6D A; 1HV5 A; 1SU3 A; 5I4O A; 3AYK A; 1R54 A; 3LKA A; 1I73 A; 1XFW A; 1O0Q A; 5L79 A; 2JIH A; 3HBU P; 5LAB A; 3DTK A; 1G12 A; 2N8R A; 4H1Q A; 1JIZ A; 3HDA P; 1MMR A; 3LUN A; 1QIA A; 3TSK A; 1MMP A; 3DL1 A; 2O3E A; 2I47 A; 2E3X A; 1C3I A; 4H3X A; 4XCT A; 1CK7 A; 4GR3 A; 1JIW P; 4GR8 A; 5I3M A; 3O64 A; 5I12 A; 1K7I A; 3HBV P; 1Z3J A; 2K9C A; 1R1I A; 5JMY A; 1AF0 A; 1CGL A; 1GE5 A; 1ROS A; 3G5C A; 4QKZ A; 2YIG A; 1KUI A; 1HTD A; 4DPE A; 2J83 A; 2YUF A; 4XBH A; 4HMA A; 1XFV A; 4AUO A; 1FLS A; 2D1N A; 5BPA A; 3DWB A; 2JNP A; 3B2Z A; 1BM6 A; 1XFX A; 3EWJ A; 5D1S A; 3WV1 A; 4PKW A; 1XFZ A; 1BQO A; 1SLN A; 1MNC A; 1BKC A; 5CZM A; 3VTG A; 1GE7 A; 4H76 A; 3B92 A; 1Y8J A; 4WKE A; 4PKS A; 2D1O A; 4PKT A; 1SLM A; 1IAA A; 2DDY A; 1DMT A; 3LIK A; 3SHI A; 4GWN A; 3KEJ A; 2X3B A; 3KRY A; 1CIZ A; 2W15 A; 3RTT A; 1PWU A; 3HY7 A; 3EDH A; 2Z2D A; 2Y6C A; 3E8R A; 4FVL A; 4PKU A; 1HY7 A; 1CGF A; 3LJZ A; 3L0T A; 1ZS0 A; 1PWV A; 3P24 A; 4L6T A; 1R1H A; 1IAG A; 2FV5 A; 1KBC A; 3LQB A; 4H84 A; 3UVC A; 3V96 B; 1UMS A; 5CUH A; 2OVX A; 4GQL A; 3KWV C; 4WF6 A; 5H8X A; 3HDB A; 2WOA A; 3Q2G A; 2OI0 A; 1JAQ A; 4A7B A; 1FBL A; 5D1U A; 3LEA A; 2MZH A; 1SAT A; 2HU6 A; 3F1A A; 4JA1 A; 2K2G A; 1OS2 A; 5B5O A; 1ZP5 A; 2OY2 A; 1PWP A; 1GKC A; 1L6J A; 2DW1 A; 1JAO A; 1BZS A; 1EB6 A; 2XS3 A; 1B8Y A; 1WNI A; 1YOU A; 4GUY A; 5D2B A; 4JP4 A; 1CXV A; 1ZVX A; 3ZXH A; 830C A; 3O2X A; 1OO9 A; 2RJP A; 2MZI A; 4H2E A; 2X3C A; 2MLS A; 2MZE A; 4JPA A; 4WZV A; 3LK8 A; 1PWQ A; 1YP1 A; 4DF9 A; 2DDF A; 1ZXV A; 4PKV A; 1OZ9 A; 3P1V A; 1XFY A; 1D5J A; 1PWW A; 1S4B P; 3EDZ A; 1GO8 P; 2OY4 A; 1SRP A; 3HYG A; 3KEC A; 1R1J A; 4EFS A; 2OW0 A; 4XM7 A; 3DSL A; 4L63 A; 1KUF A; 2JSD A; 1JAP A; 1BIW A; 1G4K A; 2L0R A; 1C7K A; 2ERO A; 1TVI A; 2WO8 A; 1IAB A; 1DTH A; 4Q1L A; 2E2D A; 3LIL A; 4JQG A; 1KUG A; 1IAD A; 966C A; 4WK7 A; 1XUC A; 5CXA A; 5L7F A; 1BKC I; 3DNG A; 2FV9 A; 2W12 A; 4R3V A; 3EHY A; 5I0L A; 4AXQ A; 1XAX A; 3DPE A; 2AIG P; 2RJQ A; 2TCL A; 2OVZ A; 1UEA A; 3GBO A; 3TVC A; 2OW1 A; 2CKI A; 3LMC A; 1A86 A; 3KHI A; 3BA0 A; 1JKY A; 4FXQ A; 4AIG A; 4WKI A; 1XFU A; 4DD8 A; 1R55 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3DTE A; 2DW2 A; 1Y93 A; 2O36 A; 1EUB A; 1GKD A; 2OZR A; 3CKI A; 2OW9 A; 2JT6 A; 1OMJ A; 1ZTQ A; 1OM7 A; 1AKL A; 2OXZ A; 4CTH A; 2OXW A; 2W0D A; 3TS4 A; 1BSW A; 3F16 A; 2X3A A; 3I7G A; 1J7N A; 1GO7 P; 1MMQ A; 2W14 A; 1C8T A; 1UTZ A; 3ZVS A; 1IAC A; 1QUA A; 1JH1 A; 1Y0V A; 3DPF A; 4H82 A; 3DTI A; 1ND1 A; 2A8H A; 1QJI A; 3MA2 A; 2OW2 A; 1SMP A; 1GXD A; 1CQR A; 1I76 A; 3EDG A; 1RMZ A; 1K7Q A; 3LE9 A; 3WV2 A; 3AYU A; 4IJO A; 2WO9 A; 1I1I P; 2USN A; 2XS4 A; 3B8Z A; 3EDI A; 3F17 A; 1QIC A; 3N2U A; 1MMB A; 2CLT A; 4XM8 A; 3TT4 A; 3L0V A; 3LJT A; 4L19 A; 1FM1 A; 1O0T A; 1HFS A; 3G42 A; 1HOV A; 5I2Z A; 1UTT A; 2QPJ A; 3F15 A; 3NX7 A; 1D8M A; 3LGP A; 4ON1 A; 2POJ A; 1ZXC A; 4I35 A; 4ILW D; 3F19 A; 4H49 A; 1G49 A; 3ZUK A; 2YB9 A; 2OXU A; 4XM6 A; 4I03 A; 1KAP P; 3LIR A; 3AIG A; 2JT5 A; 4PKQ A; 1JK3 A; 1HFC A; 3VI1 A; 1BKC E; 1Q3A A; 1OS9 A; 1YQY A; 4JIJ A; 1G05 A; 5BOT A; 3HY9 A; 3EHX A; 1OM8 A; 4J4M A; 2KRJ A; 1EAK A; 4G9L A; 1BUV M; 4L7A A; 3KME A; 3LQ0 A; 3KMC A; 1XUD A; 4GF1 A; 1OM6 A; 4A3W A; 1CGE A; 4IUW A; 2W13 A; 1KUH A; 3Q2H A; 4DV8 A; 2SRT A; 1JAN A; 2ERP A; 3LUM A; 1UMT A; 4HX3 A; 5D3C A; 1D7X A; 3K7L A; 1QIB A; 3OHO A; 4AYK A; 2DW0 A; 5D1T A; 1JJ9 A; 1GE6 A; 1AYK A; 4FU4 A; 1K7G A; 2PJT A; 1AST A; 1B3D A; 4H30 A; 4G0D A; 4IN9 A; 3OHL A; 5I43 A; 3K7N A; 5D7W A; 1D8F A; 4FXY P; 4ZR5 A; 1XUR A; 3F18 A; 1YCM A; 1A85 A; 2MLR A; 5B5P A; 1BUD A; 3WV3 A; 3LJG A; 3I7I A; 1H71 P; 1KUK A; 3USN A; 1RM8 A; 2AYK A; 2V4B A; 3HB2 P; 1BQQ M; 3RTS A; 4PKR A; 456C A; 1USN A; 3KEK A; 1G9K A; 3U1R A; 1CAQ A; 1QJJ A; 2ERQ A; 5BOY A; 2X7M A; 4GR0 A; 1ATL A; 2J0T A; 3ELM A; 3N2V A; 1IAE A; 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