The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
71
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sequence length |
288
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structure length |
255
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Chain Sequence |
TIKPLRKAVFPVAGLGTRFLPATKAMPKEMLPVVDRPLIQYAVDEAVEAGIEQMIFVTGRGKSALEDHFDIAYELEATMAARGKSLDVLDGTRLKPGNIAYVRQQEPMGLGHAVWCARDIVGDEPFAVLLPDDFMFGQPGCLKQMVDAYNKVGGNLICAEIITPGTQDGVLTEVNLSVIGRYILQPEVMRILENQGLTDAMQRMIGDQPFHGVTFQGTRYDCGDKAGFIQANLAVALSRPDLEPAVRAFAVKALG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Complex of Sphingomonas Elodea Atcc 31461 Glucose-1-Phosphate Uridylyltransferase with Glucose-1-Phosphate Reveals a Novel Quaternary Structure, Unique Among Nucleoside Diphosphate-Sugar Pyrophosphorylase Members.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Sphingomonas elodea
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| total genus |
71
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| structure length |
255
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| sequence length |
288
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.9: UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2007-03-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00483 | NTP_transferase | Nucleotidyl transferase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NMM B; 3TZT A; 3OH2 A; 4FRH A; 2Y7A A; 2RJ4 A; 1VGZ A; 4K6R A; 3V0L A; 1S4N A; 4HO3 A; 3I0H A; 2BO4 A; 2JCK A; 1SS9 A; 4Y7U A; 3JUJ A; 4FRE A; 2Z86 A; 2JCJ A; 4Y63 A; 2V0J A; 1H5S A; 1H5S D; 3CKQ A; 1JVD A; 2BO8 A; 3I0K A; 1XHB A; 1WSZ A; 1OMZ A; 5EIY A; 5IDS A; 3SX7 A; 2E8B A; 1ZJ2 A; 1LZ0 A; 4HG6 A; 3LW6 A; 3CKV A; 1INJ A; 2RJ8 A; 3SXG A; 2V0H A; 1FXO A; 2VSH A; 1QWJ A; 1VGU A; 1ZIZ A; 3OGZ A; 4B3U A; 1ZI3 A; 5I1F A; 3PNN A; 1HJJ A; 3CKJ A; 1R7U A; 2FYC B; 1O7O A; 4G3S A; 3O3P A; 3Q7U A; 2AGD A; 2D7I A; 1ZCV A; 1FZW A; 2Y6P A; 4G87 A; 1ZI4 A; 3I0D A; 2X5Z A; 1W55 A; 3F1Y A; 2RJ6 A; 1QGS A; 3OH1 A; 5CMJ A; 4ECM A; 1LZ7 A; 3OKR A; 2V0K A; 1H5R A; 4UEG A; 4ASJ A; 2YCM A; 4P02 A; 3I0L A; 3ZLL A; 3OH4 A; 3V0M A; 3BRK X; 1Z90 A; 2XME A; 5C4F A; 4EE3 A; 1G93 A; 1OQM B; 4EVW A; 4B2X A; 3I0I X; 4R7P A; 1NHE B; 1NKH B; 1FOA A; 1ON8 A; 1JYL A; 4Y6N A; 5FYE A; 1JV3 A; 5L6V A; 2YQJ A; 2Y4J A; 1OMX A; 4ZDQ A; 3GUE A; 4Y62 A; 4ASY A; 2DPW A; 2Y4K A; 4CJC A; 4HO6 A; 1MP4 A; 4Y9X A; 4L41 C; 1V83 A; 4HO8 A; 1FRW A; 3SX8 A; 4CJ8 A; 4JD0 A; 5EJ1 A; 4CVH A; 4NAK A; 1IIN A; 4KQL A; 4NAL A; 2XMH A; 3ZGG A; 1LL3 A; 3FOQ A; 3I0G A; 1G1L A; 1H4C A; 1VM8 A; 1ZCY A; 1VZT A; 1YP4 A; 3Q80 A; 5FTS A; 5C49 A; 1G9R A; 2Q4J A; 3Q4S A; 1ZDG A; 3V91 A; 1W57 A; 2AEC A; 1H7E A; 3T7N A; 1LZJ A; 1WT2 A; 2YC3 A; 1TVY A; 1FWY A; 3D8V A; 1GQC A; 5CQN X; 3IOJ A; 4D11 C; 1IIM A; 3SPT A; 2WGZ A; 5C36 A; 2VXM A; 4KPX A; 4KNR A; 4KPZ A; 5JQQ A; 3U0Y A; 1KWS A; 2ICX A; 1ZJP A; 4HCQ A; 4IRQ A; 1LZI A; 2XWN A; 4D0Z A; 5HS2 A; 1H4E A; 5CMH A; 2AM4 A; 2GGQ A; 5DDV A; 5J49 A; 3DUV A; 5C8R A; 4C2S A; 3JUK A; 2Y4L A; 4HO5 A; 4HO4 A; 2WVM A; 1JVG A; 4FCE A; 4B5B A; 2Y4M A; 1TW5 A; 1H5S B; 1MP3 A; 5FU0 A; 4FRO A; 4B4B A; 2OI6 A; 4J18 A; 1K4V A; 3USQ A; 2WEE A; 1GWW A; 1ZCT A; 4LW6 A; 1G2V A; 2X65 A; 1JV1 A; 1FR9 A; 3I0E A; 1E5K A; 2D7R A; 1VH3 A; 5C3A A; 4Y64 A; 1H7Q A; 4M2A A; 1NQI B; 4HOC A; 1R81 A; 1YP3 A; 1HV9 A; 4B42 A; 2CU2 A; 2O1G A; 3V8Y A; 1VPA A; 1ZJ1 A; 4FRQ A; 5AJP A; 4DEC A; 4DDZ A; 4EEG A; 2P73 A; 4AAW A; 1O0R A; 1W77 A; 1GA8 A; 4GBP A; 1G95 A; 1ZJ0 A; 4P00 A; 5CQM X; 4FRP A; 5C1H A; 4KC2 A; 1NWG B; 5L6S A; 4Y7F A; 2JCL A; 1S4O A; 3I0J A; 3PKP A; 4AYJ A; 4CJB A; 2X60 A; 3I0C A; 1LVW A; 3ZGF A; 2FYD B; 5C3B A; 3SXB A; 3T7M A; 1H5S C; 2O1F A; 3V0N A; 2AM3 A; 3HL3 A; 4KT7 A; 3U2V A; 1PZY B; 1H5T B; 2I7B A; 2ZU8 A; 3USR A; 3FWW A; 1G3L A; 5C38 A; 4M2B A; 3IOI A; 2RIT A; 4HO0 A; 1WT1 A; 2P6W A; 1VGT A; 1WT3 A; 4FQW A; 1VGW A; 2RJ5 A; 4YS8 A; 4BQH A; 3R2W A; 3U2W A; 1MP5 A; 1HM8 A; 4B2W A; 4G3Q A; 2VXL A; 5AJN A; 3OH0 A; 3K8D A; 2OI7 A; 2WAW A; 5CQO A; 1GX4 A; 2FYB A; 3U2T A; 5CMI A; 3F1C A; 3D5N A; 1V84 A; 5CQP A; 5DDT A; 3RMV A; 5C4C A; 4LW3 A; 1ZHJ A; 1QG8 A; 4FCU A; 2W0V A; 2I5E A; 3ZF8 A; 4JIS A; 4XWI A; 1H7H A; 3I0F A; 1H7L A; 2PA4 A; 3EE5 A; 1H4D A; 1VZX A; 1O23 B; 1S4P A; 1R80 A; 1G8O A; 3DJ4 A; 3R3I A; 1YP2 A; 5C1G A; 5C3D A; 3NGW A; 3JTJ A; 2AE7 A; 1G97 A; 3U0X A; 1TW1 A; 4E1K A; 2ZU9 A; 1VZU A; 2X5S A; 5C48 A; 4Y7G A; 1G0R A; 2P72 A; 3N9W A; 4FRB A; 4G3P A; 1O7Q A; 1NF5 B; 4M4K A; 1H3M A; 2QH5 A; 2W0W A; 2ICY A; 2XWL A; 3SXE A; 1HM0 A; 3SX3 A; 1WT0 A; 2YQH A; 5CMG X; 2FY7 A; 5C1L A; 1I52 A; 4EE5 A; 2RJ9 A; 4HO9 A; 1R7V A; 2FFV A; 3IOH A; 3POL A; 2WE9 A; 2PGY A; 4B4G A; 1ZDF A; 3V0Q A; 5IDT A; 3PKQ A; 2FFU A; 5BXC A; 4EEM A; 3SXC A; 4NAN A; 3DK5 A; 2RJ0 A; 1ZJO A; 3E26 A; 4M28 A; 1H7F A; 2YQS A; 4Y7T A; 1FO8 A; 3ZLK A; 1GWV A; 4KNX A; 3V0P A; 3K8E A; 2PGV A; 5C4B A; 1FR8 A; 2ZU7 A; 5CQL X; 1VH1 A; 5FV9 A; 2JCO A; 1ZI5 A; 3SXA A; 1V82 A; 2E3D A; 2RIY A; 5FU8 A; 2YC5 A; 3OC9 A; 3E25 A; 2UX8 A; 1H5R B; 3TQD A; 2QKX A; 1R7T A; 1INI A; 1FGG A; 2I5K A; 3QVB A; 1H7T A; 1JYK A; 5C4E A; 2A8W A; 1YRO B; 1LL0 A; 2VS4 A; 3D98 A; 1FO9 A; 3RSB A; 1ZI1 A; 3RMW A; 2APC A; 3CKN A; 4Y7V A; 2VS5 A; 2Z87 A; 5IFY A; 2YES A; 2D0J A; 2MZB A; 4D11 A; 1VIC A; 3V0O A; 2BO6 A; 3CGX A; 5FUH A; 2RIZ A; 1GQ9 A; 1EZI A; 4KRV A; 5C47 A; 4B4M A; 2AES A; 2RJ7 A; 1QGQ A; 2VD4 A; 1GX0 A; 4MND A; 4EEO A; 3KIA A; 4EE4 A; 1G23 A; 2OEF A; 2AM5 A; 1FXJ A; 4FRA A; 4KXO A; 1TZF A; 3V90 A; 1MC3 A; 4DE7 A; 2PX7 A; 3BCV A; 4FRM A; 2RJ1 A; 4KC1 A; 1H5T A; 1WVC A; 1ON6 A; 1H7G A; 2VS3 A; 2WVL A; 4D0T A; 4BMA A; 2FYA A; 4AC3 A; 3CKO A; 4NAI A; 3OAM A; 2OI5 A; 2WVK A; 2YQC A; 3OH3 A; 1R82 A; 1XZ6 A; 4HO2 A; 2NXV A; 2A8U A; 1ZCU A; 3V8Z A; 4FRL A; 2XWM A; 3SX5 A; 1PZT A; 2VFZ A; 4MYB A; 1ZJ3 A; 1EYR A; 4ARW A; 1FG5 N; 2BO7 A; 2QGI A; 2OEG A; 3CU0 A; 4AYL A; 4FRD A; 1R7X A; 4KC4 A; 1HJL A; 4EEA A; 4Y6U A; 2O1H A; 1LL2 A; 1HM9 A; 5FTV A; 3SXD A; 4IRP A; 5AJO A; 1FGX A; 5EJZ A; 1R7Y A; 2V0I A; 5C4D A; 2AH9 A; 4D48 A; 3T7O A; 3U2X A; 2GGO A; 2VSI A; 5CMF X; 3U2U A; 2RIX A; 3ST8 A; 2V0L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NMM B; 3TZT A; 3OH2 A; 4FRH A; 2Y7A A; 2RJ4 A; 1VGZ A; 4K6R A; 3V0L A; 1S4N A; 4HO3 A; 4FIY A; 3I0H A; 2BO4 A; 2JCK A; 1SS9 A; 4Y7U A; 3JUJ A; 4FRE A; 2Z86 A; 2JCJ A; 4Y63 A; 2V0J A; 1H5S A; 1H5S D; 3CKQ A; 1JVD A; 2BO8 A; 3I0K A; 1XHB A; 1WSZ A; 1OMZ A; 5EIY A; 5IDS A; 3SX7 A; 2E8B A; 1ZJ2 A; 1LZ0 A; 4HG6 A; 3LW6 A; 3CKV A; 1INJ A; 2RJ8 A; 3SXG A; 2V0H A; 1FXO A; 2VSH A; 1QWJ A; 1VGU A; 1ZIZ A; 3OGZ A; 4B3U A; 1ZI3 A; 5I1F A; 3PNN A; 1HJJ A; 3CKJ A; 1R7U A; 2FYC B; 1O7O A; 4G3S A; 3O3P A; 3Q7U A; 2AGD A; 2D7I A; 1ZCV A; 1FZW A; 2Y6P A; 4G87 A; 1ZI4 A; 3I0D A; 2X5Z A; 1W55 A; 3F1Y A; 2RJ6 A; 1QGS A; 3OH1 A; 5CMJ A; 4ECM A; 1LZ7 A; 3OKR A; 2V0K A; 1H5R A; 4UEG A; 4ASJ A; 2YCM A; 4P02 A; 3I0L A; 3ZLL A; 3OH4 A; 3V0M A; 3BRK X; 1Z90 A; 2XME A; 5C4F A; 4EE3 A; 1G93 A; 1OQM B; 4EVW A; 4B2X A; 3I0I X; 4R7P A; 1NHE B; 1NKH B; 1FOA A; 1ON8 A; 1JYL A; 4Y6N A; 5FYE A; 1JV3 A; 5L6V A; 2YQJ A; 2Y4J A; 1OMX A; 4ZDQ A; 3GUE A; 4Y62 A; 4ASY A; 2DPW A; 2Y4K A; 4CJC A; 4HO6 A; 1MP4 A; 4Y9X A; 4L41 C; 1V83 A; 4HO8 A; 1FRW A; 3SX8 A; 4CJ8 A; 4JD0 A; 5EJ1 A; 4CVH A; 4NAK A; 1IIN A; 4KQL A; 4NAL A; 2XMH A; 3ZGG A; 1LL3 A; 3FOQ A; 2VK9 A; 3I0G A; 1G1L A; 1H4C A; 1VM8 A; 1ZCY A; 1VZT A; 1YP4 A; 3Q80 A; 5FTS A; 5C49 A; 1G9R A; 2Q4J A; 3Q4S A; 1ZDG A; 3V91 A; 5D91 A; 1W57 A; 2AEC A; 1H7E A; 4Q7C A; 3T7N A; 1LZJ A; 1WT2 A; 2YC3 A; 1TVY A; 1FWY A; 3D8V A; 1GQC A; 5CQN X; 3IOJ A; 4D11 C; 1IIM A; 3SPT A; 2WGZ A; 4O6N A; 5C36 A; 2VXM A; 4KPX A; 4KNR A; 4KPZ A; 4O6M A; 5JQQ A; 3U0Y A; 1KWS A; 2ICX A; 1ZJP A; 4HCQ A; 4IRQ A; 1LZI A; 2XWN A; 4D0Z A; 5HS2 A; 1H4E A; 5CMH A; 2AM4 A; 2GGQ A; 5DDV A; 5J49 A; 3DUV A; 5C8R A; 4C2S A; 3JUK A; 2Y4L A; 4HO5 A; 4HO4 A; 2WVM A; 1JVG A; 4FCE A; 4B5B A; 2Y4M A; 1TW5 A; 1H5S B; 1MP3 A; 5FU0 A; 4FRO A; 4B4B A; 2OI6 A; 4J18 A; 1K4V A; 3USQ A; 2WEE A; 1GWW A; 1ZCT A; 4LW6 A; 1G2V A; 2J0B A; 2J0A A; 2X65 A; 1JV1 A; 1FR9 A; 3I0E A; 1E5K A; 2D7R A; 1VH3 A; 5C3A A; 4Y64 A; 1H7Q A; 4M2A A; 1NQI B; 4HOC A; 1R81 A; 1YP3 A; 1HV9 A; 4B42 A; 2CU2 A; 2O1G A; 3V8Y A; 1VPA A; 1ZJ1 A; 4FRQ A; 5AJP A; 4DEC A; 4DDZ A; 4EEG A; 2P73 A; 4AAW A; 1O0R A; 1W77 A; 1GA8 A; 4GBP A; 1G95 A; 1ZJ0 A; 4MIX A; 4P00 A; 5CQM X; 4FRP A; 5C1H A; 4KC2 A; 1NWG B; 5L6S A; 4Y7F A; 2JCL A; 1S4O A; 3I0J A; 3PKP A; 4AYJ A; 4CJB A; 2X60 A; 3I0C A; 1LVW A; 3ZGF A; 2FYD B; 5C3B A; 3SXB A; 3T7M A; 1H5S C; 2O1F A; 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