The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
165
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sequence length |
458
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structure length |
458
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Chain Sequence |
SNFAIILAAGKGTRMKSDLPKVLHKVAGISMLEHVFRSVGAIQPEKTVTVVGHKAELVEEVLAGQTEFVTQSEQLGTGHAVMMTEPILEGLSGHTLVIAGDTPLITGESLKNLIDFHINHKNVATILTAETDNPFGYGRIVRNDNAEVLRIVEQKDATDFEKQIKEINTGTYVFDNERLFEALKNINTNNAQGEYYITDVIGIFRETGEKVGAYTLKDFDESLGVNDRVALATAESVMRRRINHKHMVNGVSFVNPEATYIDIDVEIAPEVQIEANVILKGQTKIGAETVLTNGTYVVDSTIGAGAVITNSMIEESSVADGVTVGPYAHIRPNSSLGAQVHIGNFVEVKGSSIGENTKAGHLTYIGNCEVGSNVNFGAGTITVNYDGKNKYKTVIGDNVFVGSNSTIIAPVELGDNSLVGAGSTITKDVPADAIAIGRGRQINKDEYATRLPHHPKNQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE URIDYLTRANSFERASE
|
| publication title |
Crystal structure of Streptococcus pneumoniae N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase bound to acetyl-coenzyme A reveals a novel active site architecture.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Streptococcus pneumoniae
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
165
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| structure length |
458
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| sequence length |
458
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.3.1.157: Glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase. |
| pdb deposition date | 2000-12-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00132 | Hexapep | Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) |
| A | PF00483 | NTP_transferase | Nucleotidyl transferase |
| A | PF14602 | Hexapep_2 | Hexapeptide repeat of succinyl-transferase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 3 Solenoid | UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 | Hexapeptide repeat proteins | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3V0N A; 2YQS A; 3Q1X A; 4GBP A; 5J49 A; 3R5C A; 3U2X A; 4EA8 A; 1WVC A; 1Z90 A; 5DDV A; 4KQL A; 1TZF A; 4Y64 A; 1MR7 A; 4Y6U A; 5C1L A; 4AC3 A; 3Q7U A; 3SXA A; 2RJ8 A; 1G9R A; 1R81 A; 4EE3 A; 4AYL A; 2APC A; 3N9W A; 4DDZ A; 1VZT A; 4FRB A; 1WT0 A; 3OH4 A; 5CQM X; 3P47 A; 2Z86 A; 4KC1 A; 4LW6 A; 5FYE A; 1ON6 A; 3C8V A; 4N69 A; 4D11 C; 3U0X A; 1YRO B; 3V4E A; 3BFP A; 2ZU7 A; 4NAK A; 4HCQ A; 4IRP A; 3E25 A; 4FRD A; 3D5N A; 1GX4 A; 2YQH A; 3CKV A; 3GVD A; 3U2W A; 3F1X A; 1QG8 A; 2XME A; 3GUE A; 5DG3 A; 5CQL X; 3ZLL A; 5U2K A; 4EE4 A; 3R5D A; 3TIO A; 1G23 A; 1OQM B; 4B42 A; 2W0V A; 5DEP A; 4M2B A; 3EH0 A; 2QGI A; 1TW5 A; 3V8Z A; 3E26 A; 1H3M A; 4FQW A; 3GOS A; 4FRH A; 4HZC A; 1YP2 A; 4LW3 A; 4DEC A; 2CU2 A; 1R7X A; 1HM8 A; 2YC5 A; 3V90 A; 4R37 A; 1H5S A; 2FYC B; 2WGZ A; 1H5T A; 4B4G A; 4FCU A; 4FRL A; 3R0S A; 4E75 A; 5CMI A; 1KRV A; 3JUK A; 3MC4 A; 2QIA A; 1ZIZ A; 2Y6P A; 4JD0 A; 4Y7F A; 1QRG A; 3OKR A; 2XAT A; 2QKX A; 1O23 B; 3MQH A; 4ECM A; 3BSY A; 5AJP A; 1VZU A; 3KWD A; 5C36 A; 2VSH A; 4EAB A; 2D7R A; 4B4M A; 2V0J A; 2AM4 A; 4ASJ A; 2YQJ A; 1YP3 A; 1WSZ A; 2JF2 A; 3V0M A; 4E79 A; 3F1C A; 3OU9 A; 2VXL A; 1JV3 A; 4B5B A; 1VGZ A; 1VH1 A; 1KGQ A; 1KGT A; 1SSM A; 4Y62 A; 2P72 A; 4UEG A; 4KXO A; 1R7U A; 1SSQ A; 4D48 A; 1JYL A; 2JCO A; 3FSX A; 1JVG A; 3PNN A; 2RIT A; 1J2Z A; 2AQ9 A; 3T7O A; 3VBP A; 4Y7U A; 3T57 A; 2D7I A; 3OH1 A; 2V0I A; 2AES A; 3SX7 A; 2WLD A; 3FSB A; 2AH9 A; 2JCK A; 3K8D A; 2VFZ A; 4NAL A; 5C38 A; 4JIS A; 5C1H A; 3EE5 A; 1KK6 A; 2GGQ A; 1VH3 A; 2VS3 A; 2Y4L A; 3SXE A; 3SRT A; 5CQN X; 1FO8 A; 1MP5 A; 1VIC A; 5EJ1 A; 3USR A; 5EIY A; 2WAW A; 2YQC A; 3U2U A; 4HUR A; 1ZI3 A; 1ZCV A; 3BSW A; 5ADX U; 1R7V A; 2Y7A A; 1GWV A; 4ISX A; 2AGD A; 2FYD B; 2V0L A; 3SPT A; 2VS5 A; 4CVH A; 3F1Y A; 5ADX V; 5E3Q A; 3VBK A; 4Y7G A; 2AEC A; 1KK4 A; 3I0C A; 3SX8 A; 5C4E A; 5JQQ A; 1QGS A; 3BSS A; 1IIN A; 4EVW A; 3V0Q A; 2WLF A; 3IGJ A; 4HO2 A; 2P2O A; 3R2W A; 5FTS A; 1H4D A; 1QWJ A; 4HO0 A; 4KC4 A; 5C48 A; 4EQY A; 1H7H A; 1FGG A; 3JQY A; 2Z87 A; 1LZI A; 1H5R A; 4M99 A; 4EAA A; 2WVL A; 1FRW A; 2XWM A; 4K6R A; 2FYB A; 5CMG X; 3K8E A; 1G2V A; 4G3Q A; 4HOC A; 3TK8 A; 2RJ1 A; 3OAM A; 1V3W A; 3RMV A; 1R7T A; 1V82 A; 1QRM A; 2IC7 A; 4M2A A; 2PX7 A; 5C4D A; 1W55 A; 1H7L A; 4H7O A; 1NF5 B; 4HO3 A; 2OI5 A; 2BO6 A; 3KWC A; 5FTV A; 4IHF A; 4N6B A; 1SS9 A; 1GX0 A; 1KK5 A; 1VPA A; 3CGX A; 1QGQ A; 2RJ5 A; 1TDT A; 1JYK A; 5FV9 A; 1LL0 A; 1QRE A; 4EGG A; 1SST A; 1ZCU A; 3Q4S A; 4MYO A; 1LXA A; 3VBJ A; 3LW6 A; 3I0F A; 5C3B A; 2PA4 A; 2YCM A; 1HM0 A; 1PZY B; 2V0K A; 2X5Z A; 4P00 A; 4CJ8 A; 1GQC A; 3USQ A; 2P73 A; 3SXC A; 2WLG A; 1JVD A; 4M9C A; 3TZT A; 2Y4M A; 2FYA A; 4EEG A; 2ZU8 A; 3I0J A; 4FRP A; 1QQ0 A; 4N27 A; 4KNX A; 3VBI A; 2BO4 A; 1PZT A; 2VD4 A; 2D0J A; 3IOJ A; 1W77 A; 4HO9 A; 4KNR A; 1H7F A; 2RJ0 A; 3P1B A; 5IDT A; 2XMH A; 1THJ A; 5L6V A; 3ZF8 A; 1K4V A; 3OTM A; 1LL3 A; 3D98 A; 4FRE A; 2GGO A; 2IU9 A; 1LZ7 A; 1ZJ3 A; 4E6T A; 3I3A A; 2O1H A; 1R82 A; 1MRL A; 5C47 A; 1NWG B; 3FTT A; 2FY7 A; 3POL A; 1MP3 A; 4FCE A; 5IDS A; 1H7T A; 1G93 A; 1G3L A; 3SX5 A; 1OMX A; 4EA9 A; 2W0W A; 2NPO A; 1ZJO A; 1KQA A; 3TIS A; 1ZJP A; 5I1F A; 3R8Y A; 4M98 A; 5AFU U; 4G87 A; 3OC9 A; 2ZU9 A; 3IXC A; 5AFU V; 2X60 A; 4AA7 A; 4MZU A; 1ZCY A; 2ICY A; 3EEV A; 3VNP A; 3DJ4 A; 3VBL A; 5CMJ A; 4C2S A; 1ZI5 A; 1FWY A; 2I7B A; 1G8O A; 4M4K A; 3NZ2 A; 4FRO A; 2WEE A; 1QRF A; 2FKO A; 4ZDQ A; 3I0I X; 3U2T A; 1FR8 A; 4EEM A; 1FZW A; 5FU8 A; 3R5A A; 4IHG A; 3R1W A; 1KRU A; 1EZI A; 2Y4J A; 2XWL A; 3ST8 A; 4Y7T A; 3ZGF A; 5C4F A; 1ZJ0 A; 1O7O A; 4D0Z A; 3FWW A; 3KWE A; 1GQ9 A; 1ZI1 A; 2YES A; 1IIM A; 2RJ4 A; 3TQD A; 5BXC A; 4D11 A; 2RIJ A; 1H5S C; 1MR9 A; 2RJ7 A; 4FRQ A; 4Y7V A; 3NGW A; 2ICX A; 5C8R A; 4HO8 A; 3BXY A; 5FU0 A; 1LZ0 A; 4MYB A; 2VS4 A; 3JUJ A; 3QVB A; 5C4C A; 2O1F A; 4YS8 A; 4E1K A; 2X5S A; 1HJL A; 3T7N A; 2TDT A; 3R3R A; 3U0Y A; 2VHE A; 4J09 A; 4Y63 A; 2RJ6 A; 4ARW A; 4BQH A; 4E6U A; 2AE7 A; 1XAT A; 5F42 A; 1S4P A; 3I0D A; 3IOH A; 3JTJ A; 2RJ9 A; 2YC3 A; 1FGX A; 3VBN A; 4EEA A; 2PGV A; 1I52 A; 1LVW A; 1WT3 A; 1ZHJ A; 4FRA A; 3VBM A; 4HG6 A; 4L41 C; 1H5S B; 1OCX A; 1H5T B; 3IOI A; 3Q80 A; 3SXG A; 2FFU A; 1G1L A; 2I5E A; 3V91 A; 1GA8 A; 1H7Q A; 4HO5 A; 2WLC A; 3MQG A; 1HV9 A; 2WE9 A; 4R36 A; 1ON8 A; 2DPW A; 3OW5 A; 3OTZ A; 3CKJ A; 1YP4 A; 4IRQ A; 4HO4 A; 2RIY A; 3BRK X; 4EEO A; 1ZDG A; 2O1G A; 4NAN A; 3I0L A; 1NHE B; 2E8B A; 3V0O A; 1LZJ A; 4HO6 A; 3SXB A; 1INI A; 1S80 A; 2P6W A; 2XWN A; 3V8Y A; 1ZDF A; 5C1G A; 1TVY A; 2AM5 A; 5CQO A; 1H4C A; 2VXM A; 3CJ8 A; 5L6S A; 1ZJ1 A; 4AYJ A; 2AM3 A; 1KWS A; 4HZD A; 5C49 A; 1GWW A; 2V0H A; 3I3X A; 1HJJ A; 2NXV A; 3U2V A; 2E3D A; 3PKQ A; 2Y4K A; 3TWD A; 3ECT A; 1FXO A; 3OUP A; 1FG5 N; 3SX3 A; 4KPZ A; 1H7E A; 3D8V A; 2BO8 A; 1NKH B; 4N6A A; 3HJJ A; 1HM9 A; 4NAI A; 1NMM B; 1MC3 A; 1TW1 A; 4HUS A; 2IUA A; 2VSI A; 4J18 A; 5IFY A; 1W57 A; 1H7G A; 2JCJ A; 1KHR A; 1EYR A; 4KT7 A; 4AAW A; 1WT1 A; 1XHD A; 4M28 A; 2WLE A; 4FRM A; 1WT2 A; 3RMW A; 4KRV A; 1VGT A; 1VGU A; 1S4N A; 1V84 A; 3OH2 A; 3V0P A; 4B2W A; 5C3D A; 3OH3 A; 1ZJ2 A; 3PMO A; 5E3R A; 4CJC A; 4ASY A; 4IHH A; 3FS8 A; 1NQI B; 3RSB A; 4KC2 A; 4B2X A; 1S4O A; 5CMF X; 1H5R B; 3EG4 A; 5E3P A; 2X65 A; 1E5K A; 2OEG A; 2UX8 A; 3R5B A; 5HS2 A; 1FXJ A; 1G0R A; 1FO9 A; 3DUV A; 3TV0 A; 5AJN A; 2WVM A; 1MP4 A; 3I0E A; 2I5K A; 1FR9 A; 1V83 A; 3FSC A; 2Q4J A; 5DEM A; 1H5S D; 5FUH A; 2JCL A; 5EJZ A; 1VM8 A; 3PKP A; 3FSY A; 2QH5 A; 2OEF A; 2WVK A; 3CKO A; 4D0T A; 3HSQ A; 1G95 A; 1H4E A; 2OI6 A; 3OH0 A; 3I0G A; 3CKN A; 4P02 A; 1ZCT A; 4B3U A; 4G3S A; 1VGW A; 2RIZ A; 1R7Y A; 1INJ A; 1ZI4 A; 1VZX A; 5CMH A; 3CKQ A; 2A8W A; 1KRR A; 3KIA A; 1XZ6 A; 1T3D A; 4MFG A; 3HL3 A; 2A8U A; 5C3A A; 3ZGG A; 4EE5 A; 3DHO A; 1R80 A; 2RIX A; 1LL2 A; 2IU8 A; 4R7P A; 1OMZ A; 1V67 A; 3BCV A; 3FOQ A; 3O3P A; 2BO7 A; 3CU0 A; 3OGZ A; 4EA7 A; 3V0L A; 2OI7 A; 1FOA A; 5AJO A; 2FFV A; 4DE7 A; 3I0K A; 1O0R A; 3TDT A; 4BMA A; 1QRL A; 2QIV X; 1XHB A; 5CQP A; 3T7M A; 2JF3 A; 4Y6N A; 4Y9X A; 4XWI A; 4KPX A; 3DK5 A; 3SXD A; 1O7Q A; 2MZB A; 3I0H A; 2PGY A; 3R3I A; 1JV1 A; 4B4B A; 5DDT A; 4G3P A; 5C4B A; 4CJB A; 4MND A; 1G97 A; 4DCL A; 3ZLK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3V0N A; 2YQS A; 3Q1X A; 4GBP A; 5J49 A; 3R5C A; 4FIY A; 3U2X A; 4EA8 A; 1WVC A; 1Z90 A; 5DDV A; 4KQL A; 1TZF A; 4Y64 A; 1MR7 A; 4Y6U A; 5C1L A; 4AC3 A; 3Q7U A; 3SXA A; 2RJ8 A; 1G9R A; 1R81 A; 4EE3 A; 4AYL A; 2APC A; 3N9W A; 4DDZ A; 1VZT A; 4FRB A; 3OH4 A; 1WT0 A; 5CQM X; 3P47 A; 2Z86 A; 4KC1 A; 4LW6 A; 5FYE A; 1ON6 A; 3C8V A; 4N69 A; 4D11 C; 3U0X A; 1YRO B; 3V4E A; 3BFP A; 2ZU7 A; 4NAK A; 4HCQ A; 4IRP A; 3E25 A; 4FRD A; 3D5N A; 1GX4 A; 2YQH A; 3CKV A; 3GVD A; 3U2W A; 3F1X A; 1QG8 A; 2XME A; 3GUE A; 5DG3 A; 5CQL X; 3ZLL A; 5U2K A; 4EE4 A; 3R5D A; 3TIO A; 1G23 A; 1OQM B; 4B42 A; 2W0V A; 5DEP A; 4M2B A; 3EH0 A; 2QGI A; 1TW5 A; 3V8Z A; 3E26 A; 1H3M A; 4FQW A; 3GOS A; 4FRH A; 4HZC A; 1YP2 A; 4LW3 A; 4DEC A; 2CU2 A; 1R7X A; 1HM8 A; 2YC5 A; 3V90 A; 4R37 A; 1H5S A; 2FYC B; 2WGZ A; 1H5T A; 4B4G A; 4FCU A; 4FRL A; 3R0S A; 4E75 A; 5CMI A; 1KRV A; 3JUK A; 3MC4 A; 2QIA A; 1ZIZ A; 2Y6P A; 4JD0 A; 4Y7F A; 1QRG A; 3OKR A; 2XAT A; 2QKX A; 1O23 B; 3MQH A; 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