The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
198
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sequence length |
540
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structure length |
540
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Chain Sequence |
LITREQLMKIASIPLKRKEPEYNLILDALENFNRDIEGTSVKEIYSKLSKLNELVDNYQTKYPSSGRNLALENFRDSLYSELRELIKNSRTSTIASKNLSFIWIGGPISDQSLEYYNMWKMFNKDYNIRLFYDKNSLLVNTLKTAIIQESSKVIIEQNQSNILDGTYGHNKFYSDRMKLIYRYKRELKMLYENMKQNNSVDDIIINFLSNYFKYDIGKLNNQKENNNNKMIAIGATDINTENILTNKLKSYYYQELIQTNNLAAASDILRIAILKKYGGVYCDLDFLPGVNLSLFNDISKPNGMDSNYWEAAIFEAIANEKKLMNNYPYKYMEQVPSEIKERILSFVRNHDINDLILPLGDIKISQLEILLSRLKAATGKKTFSNAFIISNNDSLTLNNLISQLENRYEILNSIIQEKFKICETYDSYINSVSELVLETTPKNLSMDGSSFYQQIIGYLSSGFKPEVNSTVFFSGPNIYSSATCDTYHFIKNTFDMLSSQNQEIFEASNNLYFSKTHDEFKSSWLLRSNIAEKEFQKLIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Conformational Changes and Reaction of Clostridial Glycosylating Toxins.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Toxin
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source organism |
Clostridium novyi
|
molecule keywords |
ALPHA-TOXIN
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total genus |
198
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structure length |
540
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sequence length |
540
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2007-12-18 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF12918 | TcdB_N | TcdB toxin N-terminal helical domain |
A | PF12919 | TcdA_TcdB | TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Enzyme I; Chain A, domain 2 | Enzyme I; Chain A, domain 2 | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | ProC C-terminal domain-like fold | ProC C-terminal domain-like fold | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VK9 A; 3SS1 A; 2VL8 A; 3SRZ A; 4MIX A; 4DMW A; 2VKD A; 2VKH A; 4DMV A; 4ERR A; 2BVL A; 2BVM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3R3I A; 4L9I A; 4L5G A; 5FYM A; 5FP3 A; 3RKG A; 3N2G E; 5CMF X; 4JV5 T; 4O2A E; 2XWM A; 3GTL A; 3ZC0 A; 3CQC B; 2XQA A; 2W0W A; 3H37 A; 4TV9 E; 5KXJ A; 2IC6 A; 2KLQ A; 3K8E A; 4GYR A; 2FJD A; 4ZOL E; 3CGX A; 2KWI B; 1JNR A; 2RIZ A; 4Y62 A; 4WBO A; 3GTK A; 2XQ5 A; 3L39 A; 4KHP T; 4U31 A; 2DWK A; 4DBR A; 4EE4 A; 1VOM A; 2LHR A; 2XHE B; 2UUA T; 2K5B B; 3GTM A; 2BVM A; 1TZF A; 1KNR A; 3HKC E; 3GT0 A; 1R7Y A; 4JBW F; 1HG5 A; 2QH5 A; 1YNN D; 4EV6 A; 2JCO A; 3U0Y A; 5F5W A; 2D9D A; 5FL0 A; 1H7E A; 5JRC A; 2W2U A; 2VFZ A; 5A1L A; 2P9B A; 3CKN A; 3D8V A; 5LNK A; 2PFV A; 4HGA A; 4DDZ A; 5EJ1 A; 2M67 A; 1OED C; 4BAB A; 2W66 A; 3KDS E; 2JRK A; 2XQY A; 3CKV A; 2C5I T; 3RIU A; 5C3A A; 2UX8 A; 1HM8 A; 2NXV A; 1Y2M A; 1M62 A; 3UUX B; 2VSI A; 5EK4 A; 3I0O A; 2LE8 A; 4P1N A; 4FRM A; 3CKQ A; 4U72 A; 5KDM C; 5CMH A; 4CJC A; 3RQU A; 3USQ A; 3LW6 A; 3U2V A; 3Q4S A; 2BDE A; 4YY3 T; 3DTO A; 3PUZ F; 4BQH A; 3V0M A; 3ZT6 A; 4CJ8 A; 2D5U A; 3MXZ A; 4OFZ A; 3CX7 B; 4B3S T; 4IDO A; 2W63 A; 4X64 T; 1D1A A; 4PK5 A; 5FUH A; 2V6X A; 5BR8 T; 4B3T T; 2ACZ A; 4HOC A; 2QA7 A; 1ZJ0 A; 4X62 T; 4DUZ T; 2VS5 A; 3QUJ A; 4ADZ A; 4XBF B; 4H9S E; 1MIW A; 5LJN A; 2WZH A; 4KC2 A; 2H7V C; 1HX8 A; 2E5V A; 4UEM A; 4YLH A; 4D11 C; 3UFG A; 5HCM A; 3ZST A; 2KXP B; 3H3M A; 4UVB B; 4FRB A; 2JPF A; 5FKY A; 1JV1 A; 2N1G A; 2EZA A; 4A98 A; 2E8B A; 3HI2 A; 2AGD A; 3RKO A; 2BG9 B; 2BO4 A; 1H7G A; 2NP9 A; 2XJ7 A; 1OWA A; 2CWO A; 4NXN T; 3SXC A; 4JD0 A; 2ACX A; 2CXF A; 4YTP A; 1VPA A; 3N9P A; 2X5S A; 3RIA A; 2WDR A; 4HFV A; 3UU6 A; 3B5M A; 4U7Y A; 4KUM B; 1ZJO A; 2LEH A; 2WU5 A; 5LJM A; 3V91 A; 3PUW F; 1LL3 A; 1I52 A; 4OYJ A; 5C3J A; 3FBZ A; 3T7O A; 2G0U A; 2CHO A; 5JR9 A; 4HO9 A; 4X5T A; 4ZS2 A; 1ZI4 A; 1VGU A; 2VS4 A; 3V0N A; 1E2A A; 3AE7 A; 3CKO A; 3O1J A; 2I7B A; 1TWC A; 2VKD A; 3N9Q A; 2FFU A; 2CM0 A; 3OAM A; 3OJA A; 1LVW A; 2HN2 A; 1ZCY A; 2YEV C; 5JDN A; 2Y6P A; 3KVA A; 5ABG A; 2B63 A; 5M4Y A; 2NOX A; 1LZI A; 1TWG A; 2K3O A; 2IIU A; 2LSG A; 5LBQ B; 2YK0 A; 1XNQ T; 3AEF A; 5LBM A; 4AYL A; 2FUP A; 1G0R A; 2RIX A; 2Z6E A; 3Q9D A; 4DVD A; 2BBH A; 3RYF E; 4ZZC A; 4X1I E; 3C4Z A; 3NRX A; 1WT1 A; 4MAL A; 3AVR A; 2WVL A; 2J1D G; 1FXJ A; 2X0Q A; 3OVU A; 3SXD A; 3I0H A; 3GTG A; 4FCU A; 4JI6 T; 5C48 A; 1R9T A; 2WBL A; 4Y7U A; 4D0T A; 3ZGG A; 5AQQ B; 3KVB A; 4JI3 T; 4X1Y E; 3UTK A; 2FJB A; 5HWX A; 1ON8 A; 4BJM A; 2P72 A; 1YKH B; 3LR6 A; 2E9X C; 5ABF B; 3NBX X; 1SE7 A; 1H4E A; 5HCJ A; 4IST A; 1O7O A; 1MMA A; 2K48 A; 4DV1 T; 4HCQ A; 2OI7 A; 2E9X D; 5CGM A; 3ONL C; 3ONX A; 3PUX F; 4FCE A; 1MNE A; 3UU4 A; 4IRP A; 2APC A; 1XNR T; 1FXO A; 4B6X A; 1SHZ C; 3N5L A; 4HWC A; 3RF1 A; 4NUV A; 2UXC T; 5CFB A; 4BJN A; 2O1H A; 2LTH A; 2W61 A; 4H63 H; 4ASJ A; 4JI7 T; 2WEE A; 3CQX C; 2A6E D; 4DMW A; 3QB5 K; 5L3D B; 5AQJ B; 3R6N A; 1D0Y A; 3RQW A; 4HWD A; 2PA4 A; 5IHY A; 2WU2 A; 5HEU A; 2VK9 A; 5LOV E; 1AJ3 A; 3HL6 A; 3VR8 A; 2F4V T; 2EZC A; 2LM2 A; 2OLT A; 3ZPO A; 5AQI B; 2ZM2 A; 3KV4 A; 2JCL A; 4HWI B; 3AB3 B; 2XAJ B; 1IIN A; 2MX8 A; 5C36 A; 1YRO B; 3E08 A; 2X5Z A; 3EHZ A; 1H4D A; 5J49 A; 5JDM A; 4ILA A; 2RJ8 A; 4KQL A; 4CI1 B; 4H9N C; 2D0J A; 2A9U A; 1GA8 A; 3TLW A; 4HWF A; 1JV3 A; 2WDQ A; 4MYB A; 5AQG B; 2YQJ A; 1R7T A; 1JYL A; 3VKG A; 2J0B A; 3RPU A; 1ZJ1 A; 5JDQ A; 4P02 A; 2L3L A; 2V7K A; 2LPI A; 5AQP B; 5FU0 A; 1T6P A; 4UV9 B; 3Q2M A; 5FTV A; 4AYJ A; 1YNJ D; 1S4N A; 2GR9 A; 4NUU A; 4IRE A; 5C4D A; 1ZHJ A; 1VH1 A; 4CQ5 A; 4E7S A; 3ONJ A; 3A5X A; 4KQW A; 4EZH A; 1ZHC A; 1TW1 A; 2CCQ A; 4IL4 A; 3LK3 B; 4YPO A; 3AE6 A; 4QWN B; 4FRA A; 2KIN B; 2W00 A; 2M6I A; 3K8D A; 1HQM D; 4C91 A; 2BG9 A; 3GN5 B; 1H5S C; 3B57 A; 1HTJ F; 1WCR A; 4B3M T; 4AXP A; 1N36 T; 3I0C A; 5C4C A; 4FRP A; 3I0K A; 3JAF A; 1H5S D; 2I5E A; 3WAK A; 1SUM B; 1HG2 A; 1H5T A; 3EUH A; 3Q7U A; 2CXD A; 4IE7 A; 4TNV A; 5IYZ E; 1KEY A; 2YDR A; 2VUM A; 4K0U A; 2Y4K A; 4Z91 A; 2BG9 E; 4M2B A; 2RJ4 A; 2A3D A; 1ZCV A; 4YSZ A; 3RLF F; 3AXJ B; 1XMO T; 5J0Z A; 3MJX A; 4IDN A; 4CEI A; 2AH9 A; 3SXA A; 5HXR A; 2XTL A; 4P0A A; 4BA9 A; 4ZEY A; 2CXL A; 2D0T A; 4GKJ T; 5C4E A; 5LXT E; 4FBS A; 3K3O A; 4EED A; 4AKI A; 4KC1 A; 1GQC A; 1G95 A; 3RRC A; 3PUQ A; 2ZU9 A; 1B7T A; 1LL0 A; 4Y64 A; 2JQQ A; 2BO7 A; 2XWN A; 4Y6U A; 4EYY R; 3SX8 A; 2NW9 A; 2YC5 A; 2D7I A; 2AM3 A; 4FRO A; 4WYV A; 1IJ5 A; 1L0V A; 1YW0 A; 1EYR A; 2BKN A; 4ZXL A; 2K3W A; 4ZHQ E; 3ETU A; 4ILB A; 3U2T A; 3DJ4 A; 2V0J A; 3AE5 A; 3OYZ A; 3JUK A; 4EAH A; 3V0P A; 3QC9 A; 5AQF B; 2MYS A; 1NMM B; 2AG8 A; 2WY2 A; 4DR6 T; 2O1G A; 3ZGF A; 2ES0 A; 1OMX A; 2DCF A; 1FG5 N; 2Y0N A; 2JCJ A; 1FEW A; 2PTF A; 2V7L A; 4KBM B; 1GQ9 A; 1SS9 A; 3DUV A; 4FIY A; 2HN1 A; 4HFH A; 4TWH A; 3ZMV B; 2KZ7 B; 5CJ5 A; 4EEM A; 5ABF A; 2N9D A; 2QVA A; 2XPK A; 2YII A; 3T7N A; 5F8P A; 5LA6 E; 2NTY A; 1ZDG A; 2A6H D; 1O3X A; 3HR0 A; 4DV5 T; 1LZ0 A; 3AEC A; 1MC3 A; 5EJZ A; 2NWB A; 4C2S A; 3FZH B; 3ZCI A; 3Q5X A; 5JQQ A; 2D7R A; 1H7F A; 3CKD A; 2JQK A; 2OA5 A; 5HAX A; 4FRL A; 4BMA A; 3AE4 A; 4IDP A; 3X1D A; 4B4B A; 1PZT A; 4KRV A; 4CZZ B; 2RP4 A; 4ZI3 C; 3PU8 A; 4QX7 B; 3CU0 A; 3NKZ A; 1IW7 D; 3K8P C; 2YQS A; 4V2Q A; 4F8H A; 1H4C A; 4C90 A; 1KF6 A; 1HJJ A; 3V0L A; 3FKI A; 3UU8 A; 4G2A A; 2WWV A; 2ZM0 A; 2M6B A; 2F5J A; 1GWV A; 4IE4 A; 3I0F A; 2YKS A; 2EZB A; 2FYB A; 4N78 D; 2X68 A; 2Y4J A; 3ZKR A; 4JEU B; 4LMJ A; 3TQD A; 3TKL B; 5LHH B; 4O8S A; 1T6J A; 2BBJ A; 3NZ4 A; 1HR0 T; 2ICY A; 3RMV A; 3P7I A; 5C3B A; 2JA7 A; 3OKQ A; 3IOJ A; 2J4G A; 1FOA A; 3EDU A; 3V0O A; 4KMC A; 3WI3 A; 2CLY C; 3MAC A; 3NGW A; 1KNP A; 1IIM A; 2LKM B; 4FIX A; 2BO8 A; 2P73 A; 2XY8 B; 4B2X A; 4M1P A; 2X66 A; 2V7J A; 3AA7 B; 5HXS A; 5C1G A; 4DEC A; 1G2V A; 2ICX A; 4CXY A; 3V5S A; 4E7Z A; 5IWA T; 2MBG A; 5BSG A; 3OTO T; 3PUA A; 3E22 E; 5LGT B; 5L3B B; 4YXD A; 4DV6 T; 3GN5 A; 2FYC B; 3VRA A; 3PKQ A; 4HO5 A; 3LSV A; 4B2W A; 5L3E B; 2QGI A; 2XQ6 A; 4GIW A; 3QK6 A; 5AQV B; 5CQM X; 1S35 A; 3ZYL A; 2HHH T; 5HWY A; 4HWH A; 3RIU C; 3AEE A; 1VH3 A; 1KNZ A; 3NRY A; 4NPP A; 1ZDF A; 5C1L A; 5ABE A; 4HKA A; 1W27 A; 3QVB A; 4A97 A; 3UFE A; 3CX6 B; 3BQL A; 5L6S A; 5C2T A; 4L41 C; 2V1D B; 2VVN A; 5C4B A; 3UUN A; 2HPL A; 3AXJ A; 1NWM X; 4I4T E; 4IGU A; 1YP4 A; 2K9A A; 5C8R A; 1V84 A; 1BR2 A; 3DP7 A; 4Q25 A; 2BE5 D; 2X0H A; 1BR0 A; 3V5U A; 4DO0 A; 4WNK A; 3ZJ2 A; 1H7H A; 2DI4 A; 3I0L A; 1UCU A; 4IE5 A; 3AE1 A; 3ZYM A; 4IT4 A; 5L47 A; 2Y4M A; 4JLE A; 1TWA A; 4C5R A; 3QOF A; 1WYC A; 5AQM B; 4Z8X A; 5CQL X; 4CVH A; 5FMN A; 3AED A; 1NF5 B; 5LYJ E; 5IDS A; 1HCI A; 3W15 B; 4X1K E; 3AA6 B; 2LSI A; 4DV2 T; 4YJ3 E; 1HJL A; 2AHR A; 5FV9 A; 2WSS V; 3T1Y T; 3P4S A; 3RX6 A; 3OBV E; 3VRB A; 2FIP A; 4I55 E; 3C4W A; 1R81 A; 4H63 V; 2MAW A; 2XAQ B; 2WCA A; 1WLX A; 5I1F A; 2PGV A; 2JMK A; 4Y6N A; 3BRK X; 4K6R A; 2FY7 A; 3Q5W A; 1K4V A; 4FRH A; 2PJQ A; 3CQZ A; 4DR3 T; 2UUC T; 2LLY A; 1V9D A; 2A69 D; 2Z87 A; 1MMD A; 4LMK A; 4HO8 A; 1R7V A; 2GRA A; 3PU3 A; 3F57 A; 4EXT A; 2CBJ A; 1G3L A; 5LCY A; 5IFY A; 4ZS3 A; 3N9O A; 1H7T A; 2AXD S; 1ZCT A; 4U2Y A; 2WP9 A; 5JR9 C; 1FMV A; 4F6R C; 4JI8 T; 2YDS A; 2V7M A; 2YU2 A; 3EE5 A; 1ZCU A; 4CI3 B; 3AEB A; 3I0I X; 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