The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
196
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sequence length |
628
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structure length |
628
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Chain Sequence |
MSELAASLLSRVILPRPGEPLDVRKLYLEESTTNARRAHAPTRTSLQIGAESEVSFATYFNAFPASYWRRWTTCKSVVLRVQVTGAGRVDVYRTKATGARIFVEGHDFTGTEDQPAAVETEVVLQPFEDGGWVWFDITTDTAVTLHSGGWYATSPAPGTANIAVGIPTFNRPADCVNALRELTADPLVDQVIGAVIVPDQGERKVRDHPDFPAAAARLGSRLSIHDQPNLGGSGGYSRVMYEALKNTDCQQILFMDDDIRLEPDSILRVLAMHRFAKAPMLVGGQMLNLQEPSHLHIMGEVVDRSIFMWTAAPHAEYDHDFAEYPLNDNNSRSKLLHRRIDVDYNGWWTCMIPRQVAEELGQPLPLFIKWDDADYGLRAAEHGYPTVTLPGAAIWHMAWSDKDDAIDWQAYFHLRNRLVVAAMHWDGPKAQVIGLVRSHLKATLKHLACLEYSTVAIQNKAIDDFLAGPEHIFSILESALPQVHRIRKSYPDAVVLPAASELPPPLHKNKAMKPPVNPLVIGYRLARGIMHNLTAANPQHHRRPEFNVPTQDARWFLLCTVDGATVTTADGCGVVYRQRDRAKMFALLWQSLRRQRQLLKRFEEMRRIYRDALPTLSSKQKWETALLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Tetrameric Structure of the GlfT2 Galactofuranosyltransferase Reveals a Scaffold for the Assembly of Mycobacterial Arabinogalactan.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Mycobacterium tuberculosis
|
| molecule keywords |
UDP-galactofuranosyl transferase GlfT2
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| total genus |
196
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| structure length |
628
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| sequence length |
628
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.4.1.288: Galactofuranosylgalactofuranosylrhamnosyl-N-acetylglucosaminyl-diphospho- |
| pdb deposition date | 2012-06-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13641 | Glyco_tranf_2_3 | Glycosyltransferase like family 2 |
| A | PF17994 | Glft2_N | Galactofuranosyltransferase 2 N-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4FIY A; 4FIX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2I7B A; 5DDT A; 5C1G A; 4HO5 A; 2P72 A; 3R3I A; 3CU0 A; 2D7I A; 2X65 A; 3OH4 A; 3POL A; 4EVW A; 5CMF X; 1V83 A; 1NHE B; 3SXE A; 3ZF8 A; 5FU8 A; 1H5S C; 5FTV A; 3Q80 A; 1H5S A; 2PGY A; 2RJ8 A; 4KC4 A; 1FR9 A; 2J0A A; 5FV9 A; 2VS4 A; 1GWV A; 1ON8 A; 1H5S D; 4IRQ A; 1G97 A; 4LW6 A; 2YC3 A; 1LZ7 A; 5C1H A; 5J49 A; 5L6S A; 1G95 A; 4B4M A; 3K8E A; 4NAN A; 5EIY A; 1EYR A; 4FRL A; 3IOH A; 4B4G A; 2VFZ A; 5CMJ A; 1VGZ A; 5FYE A; 1VH3 A; 2OEG A; 5AJO A; 2XWL A; 5C1L A; 4NAK A; 5EJZ A; 4D0Z A; 3ZGF A; 1R80 A; 4FCE A; 4FRQ A; 1GA8 A; 3I0J A; 5C49 A; 2RIZ A; 1MP3 A; 2VD4 A; 1QG8 A; 3Q4S A; 4FRA A; 4O6M A; 1LZ0 A; 4FRH A; 2X5Z A; 4YS8 A; 2JCJ A; 1G3L A; 1H5R A; 1FG5 N; 1FRW A; 1W77 A; 1Z90 A; 1W57 A; 4KT7 A; 3F1Y A; 1HV9 A; 1ZHJ A; 2OI7 A; 3SXC A; 3D98 A; 4D0T A; 4KPZ A; 1QWJ A; 3OH3 A; 4Y7V A; 1QGQ A; 2JCL A; 5C4F A; 1ZCY A; 3IOI A; 1R7T A; 4P00 A; 3RSB A; 4KRV A; 3D5N A; 1FGX A; 3OH0 A; 4DEC A; 1VGT A; 3HL3 A; 2P6W A; 2O1F A; 5CMH A; 3I0F A; 3U2X A; 3EE5 A; 1H3M A; 2AH9 A; 2RJ4 A; 3CGX A; 1JVG A; 3ZLL A; 5C4D A; 2PGV A; 4HOC A; 3SX3 A; 2ICX A; 2BO6 A; 1H7L A; 4MIX A; 1ZI3 A; 4HCQ A; 1V84 A; 1LL0 A; 1OMZ A; 2WVL A; 2WE9 A; 1O7Q A; 4EEG A; 4K6R A; 2Z87 A; 4B2W A; 1ZJO A; 1GQC A; 3OH1 A; 2FY7 A; 4HO3 A; 5D91 A; 5CQN X; 1ZJP A; 2YQJ A; 3V90 A; 4AYL A; 5IFY A; 5FUH A; 2XWN A; 4NAI A; 1VPA A; 4Y63 A; 1S4P A; 1NMM B; 4KXO A; 4M28 A; 4FIX A; 4Y9X A; 1H4E A; 2YES A; 4DDZ A; 1HM0 A; 1INJ A; 1ZI5 A; 1MC3 A; 4FRM A; 4G3Q A; 2WGZ A; 3PKQ A; 3CKQ A; 2O1H A; 3I0H A; 3DUV A; 2FYA A; 4O6N A; 1LL2 A; 2I5K A; 1ZI4 A; 2E3D A; 3OAM A; 1QGS A; 1VH1 A; 1R82 A; 4P02 A; 2D7R A; 1O23 B; 1H7Q A; 5HS2 A; 3T7N A; 4B2X A; 4M2A A; 4DE7 A; 1TW1 A; 5C36 A; 3BCV A; 1NQI B; 1JVD A; 4MND A; 5D92 A; 5IDS A; 2Y4M A; 3I0I X; 2OI6 A; 2VS5 A; 3E26 A; 1ZJ1 A; 2I5E A; 4MYB A; 3V0O A; 4BQH A; 2V0I A; 3PKP A; 1R7U A; 3R2W A; 3QVB A; 4D11 C; 3F1C A; 5EJ1 A; 4D11 A; 1FR8 A; 4FQW A; 4FRE A; 1VGU A; 2RJ7 A; 4CJB A; 4CJ8 A; 2OEF A; 3SXG A; 2VSH A; 2RJ6 A; 1H7H A; 4Y7T A; 1S4O A; 4EE5 A; 2VSI A; 1FO9 A; 2DPW A; 2Z86 A; 1NKH B; 1FO8 A; 2AES A; 5CQP A; 3U0X A; 3JUK A; 2X5S A; 2YQH A; 4BMA A; 2RJ5 A; 4HO4 A; 5C3B A; 2A8U A; 3USR A; 2RJ1 A; 4KPX A; 4D48 A; 3N9W A; 1R81 A; 4GBP A; 3E25 A; 1HJJ A; 1MP5 A; 1YP4 A; 4KC1 A; 2JCK A; 2XME A; 3U2V A; 1LZJ A; 3PNN A; 4B42 A; 3USQ A; 1VZX A; 1ZJ3 A; 5BXC A; 5AJN A; 2YQS A; 4KNR A; 4CJC A; 4LW3 A; 5C38 A; 5C3A A; 3T7M A; 5CQL X; 1YP3 A; 3I0C A; 1PZY B; 1TVY A; 4HO9 A; 5CMI A; 3IOJ A; 1G2V A; 1H4D A; 4Y7F A; 2AM5 A; 4EEM A; 2YQC A; 2QGI A; 3U2U A; 2D0J A; 1H5S B; 2Y4J A; 1INI A; 5C4C A; 2QKX A; 4Y7U A; 4B4B A; 1WSZ A; 2FFU A; 2FYC B; 2FYB A; 1ZI1 A; 1WT0 A; 2AM4 A; 1JV3 A; 2V0L A; 1H7T A; 1YP2 A; 1LVW A; 2PX7 A; 1FZW A; 1LL3 A; 3T7O A; 1VGW A; 4AAW A; 3JTJ A; 3O3P A; 3FWW A; 3RMV A; 4Y6N A; 5CQM X; 3BRK X; 1OQM B; 4E1K A; 2GGO A; 4EE3 A; 3TZT A; 1K4V A; 1G9R A; 2ZU7 A; 4G3P A; 4G3S A; 3SXD A; 5C48 A; 1XZ6 A; 1G0R A; 2AM3 A; 2Y6P A; 2ZU8 A; 4AYJ A; 2WVK A; 1ZCT A; 1G1L A; 2AGD A; 3I0K A; 1VIC A; 2RJ9 A; 1GX4 A; 4R7P A; 1H5R B; 1JYL A; 2RIT A; 2J0B A; 2Y4L A; 4FRO A; 2OI5 A; 4EE4 A; 2P73 A; 2WEE A; 1TZF A; 3OGZ A; 1IIM A; 1O7O A; 3OH2 A; 1ZCU A; 3SPT A; 2Q4J A; 4EEO A; 1ON6 A; 4FIY A; 1FOA A; 5C3D A; 1LZI A; 1WT1 A; 1SS9 A; 2C0N A; 2NXV A; 2RIY A; 2W0V A; 1H5T A; 1MP4 A; 3DJ4 A; 2BO8 A; 5AJP A; 4B5B A; 5IDT A; 1H4C A; 1W55 A; 1G23 A; 1ZDF A; 3I0G A; 3V0L A; 2BO7 A; 4HO8 A; 2Y4K A; 2ICY A; 1R7X A; 2VXM A; 1GX0 A; 2QH5 A; 3I0L A; 4FRP A; 3TQD A; 2V0K A; 5L6V A; 1H7G A; 2GGQ A; 4JD0 A; 2X60 A; 2MZB A; 2E8B A; 3SX8 A; 1NWG B; 3SX7 A; 1HM8 A; 3CKO A; 3FOQ A; 2JCO A; 3V0P A; 2V0J A; 4FRD A; 3ZLK A; 1NF5 B; 5C4E A; 1IIN A; 3D8V A; 4Q7C A; 2ZU9 A; 2CU2 A; 2XWM A; 4FCU A; 1OMX A; 4ARW A; 1R7Y A; 1FWY A; 1G93 A; 2RIX A; 4Y64 A; 3I0D A; 2WAW A; 4KQL A; 3RMW A; 5FU0 A; 4HG6 A; 2BO4 A; 1WVC A; 2YC5 A; 3CKJ A; 2VK9 A; 1E5K A; 4JIS A; 3JUJ A; 4ZDQ A; 5FTS A; 2O1G A; 1ZJ2 A; 5CQO A; 3U2W A; 3OC9 A; 2Y7A A; 2AEC A; 1VZT A; 4G87 A; 3K8D A; 3NGW A; 1GWW A; 4HO2 A; 4Y62 A; 2V0H A; 1JV1 A; 4ASY A; 4L41 C; 4HO0 A; 1TW5 A; 1ZCV A; 3DK5 A; 4Y7G A; 4CVH A; 1H5T B; 1ZIZ A; 2APC A; 1VM8 A; 4UEG A; 1KWS A; 1WT2 A; 3V8Y A; 3V0M A; 1PZT A; 1VZU A; 4Y6U A; 4KC2 A; 1EZI A; 1G8O A; 4HO6 A; 3GUE A; 2FFV A; 2WVM A; 4AC3 A; 4ASJ A; 5JQQ A; 3CKN A; 3V91 A; 1I52 A; 3OKR A; 1H7E A; 2A8W A; 4M2B A; 1ZDG A; 3KIA A; 5DDV A; 4M4K A; 4EEA A; 3CKV A; 3LW6 A; 3V0N A; 4C2S A; 4KNX A; 1S4N A; 5C8R A; 2RJ0 A; 3V8Z A; 4J18 A; 2XMH A; 1HJL A; 1YRO B; 4XWI A; 1V82 A; 4IRP A; 3SXA A; 4NAL A; 3U0Y A; 3ST8 A; 1WT3 A; 3I0E A; 5C4B A; 1ZJ0 A; 3Q7U A; 2FYD B; 2W0W A; 1XHB A; 4ECM A; 2PA4 A; 1H7F A; 1R7V A; 3SX5 A; 5I1F A; 2VXL A; 1HM9 A; 2YCM A; 4B3U A; 3SXB A; 1O0R A; 2AE7 A; 1FXO A; 5CMG X; 1FGG A; 1GQ9 A; 3U2T A; 3V0Q A; 1JYK A; 1FXJ A; 3ZGG A; 4FRB A; 2UX8 A; 2VS3 A; 5C47 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2I7B A; 5DDT A; 5C1G A; 4HO5 A; 2P72 A; 3R3I A; 3CU0 A; 2D7I A; 2X65 A; 3OH4 A; 3POL A; 4EVW A; 5CMF X; 1V83 A; 1NHE B; 3SXE A; 3ZF8 A; 5FU8 A; 1H5S C; 5FTV A; 3Q80 A; 1H5S A; 2PGY A; 2RJ8 A; 4KC4 A; 1FR9 A; 2J0A A; 5FV9 A; 2VS4 A; 1GWV A; 1ON8 A; 1H5S D; 4IRQ A; 1G97 A; 4LW6 A; 2YC3 A; 1LZ7 A; 5C1H A; 5J49 A; 5L6S A; 1G95 A; 4B4M A; 3K8E A; 4NAN A; 5EIY A; 1EYR A; 4FRL A; 3IOH A; 4B4G A; 2VFZ A; 5CMJ A; 1VGZ A; 5FYE A; 1VH3 A; 2OEG A; 5AJO A; 2XWL A; 5C1L A; 4NAK A; 5EJZ A; 4D0Z A; 3ZGF A; 1R80 A; 4FCE A; 4FRQ A; 1GA8 A; 3I0J A; 5C49 A; 2RIZ A; 1MP3 A; 2VD4 A; 1QG8 A; 3Q4S A; 4FRA A; 4O6M A; 1LZ0 A; 4FRH A; 2X5Z A; 4YS8 A; 2JCJ A; 1G3L A; 1H5R A; 1FG5 N; 1FRW A; 1W77 A; 1Z90 A; 1W57 A; 4KT7 A; 3F1Y A; 1HV9 A; 1ZHJ A; 2OI7 A; 3SXC A; 3D98 A; 4D0T A; 4KPZ A; 1QWJ A; 3OH3 A; 4Y7V A; 1QGQ A; 2JCL A; 5C4F A; 1ZCY A; 3IOI A; 1R7T A; 4P00 A; 3RSB A; 4KRV A; 3D5N A; 1FGX A; 3OH0 A; 4DEC A; 1VGT A; 3HL3 A; 2P6W A; 2O1F A; 5CMH A; 3I0F A; 3U2X A; 3EE5 A; 1H3M A; 2AH9 A; 2RJ4 A; 3CGX A; 1JVG A; 3ZLL A; 5C4D A; 2PGV A; 4HOC A; 3SX3 A; 2ICX A; 2BO6 A; 1H7L A; 4MIX A; 1ZI3 A; 4HCQ A; 1V84 A; 1LL0 A; 1OMZ A; 2WVL A; 2WE9 A; 1O7Q A; 4EEG A; 4K6R A; 2Z87 A; 4B2W A; 1ZJO A; 1GQC A; 3OH1 A; 2FY7 A; 4HO3 A; 5D91 A; 5CQN X; 1ZJP A; 2YQJ A; 3V90 A; 4AYL A; 5IFY A; 5FUH A; 2XWN A; 4NAI A; 1VPA A; 4Y63 A; 1S4P A; 1NMM B; 4KXO A; 4M28 A; 4FIX A; 4Y9X A; 1H4E A; 2YES A; 4DDZ A; 1HM0 A; 1INJ A; 1ZI5 A; 1MC3 A; 4FRM A; 4G3Q A; 2WGZ A; 3PKQ A; 3CKQ A; 2O1H A; 3I0H A; 3DUV A; 2FYA A; 4O6N A; 1LL2 A; 2I5K A; 1ZI4 A; 2E3D A; 3OAM A; 1QGS A; 1VH1 A; 1R82 A; 4P02 A; 2D7R A; 1O23 B; 1H7Q A; 5HS2 A; 3T7N A; 4B2X A; 4M2A A; 4DE7 A; 1TW1 A; 5C36 A; 3BCV A; 1NQI B; 1JVD A; 4MND A; 5D92 A; 5IDS A; 2Y4M A; 3I0I X; 2OI6 A; 2VS5 A; 3E26 A; 1ZJ1 A; 2I5E A; 4MYB A; 3V0O A; 4BQH A; 2V0I A; 3PKP A; 1R7U A; 3R2W A; 3QVB A; 4D11 C; 3F1C A; 5EJ1 A; 4D11 A; 1FR8 A; 4FQW A; 4FRE A; 1VGU A; 2RJ7 A; 4CJB A; 4CJ8 A; 2OEF A; 3SXG A; 2VSH A; 2RJ6 A; 1H7H A; 4Y7T A; 1S4O A; 4EE5 A; 2VSI A; 1FO9 A; 2DPW A; 2Z86 A; 1NKH B; 1FO8 A; 2AES A; 5CQP A; 3U0X A; 3JUK A; 2X5S A; 2YQH A; 4BMA A; 2RJ5 A; 4HO4 A; 5C3B A; 2A8U A; 3USR A; 2RJ1 A; 4KPX A; 4D48 A; 3N9W A; 1R81 A; 4GBP A; 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2C0N A; 2NXV A; 2RIY A; 2W0V A; 1H5T A; 1MP4 A; 3DJ4 A; 2BO8 A; 5AJP A; 4B5B A; 5IDT A; 1H4C A; 1W55 A; 1G23 A; 1ZDF A; 3I0G A; 3V0L A; 2BO7 A; 4HO8 A; 2Y4K A; 2ICY A; 1R7X A; 2VXM A; 1GX0 A; 2QH5 A; 3I0L A; 4FRP A; 3TQD A; 2V0K A; 5L6V A; 1H7G A; 2GGQ A; 4JD0 A; 2X60 A; 2MZB A; 2E8B A; 3SX8 A; 1NWG B; 3SX7 A; 1HM8 A; 3CKO A; 3FOQ A; 2JCO A; 3V0P A; 2V0J A; 4FRD A; 3ZLK A; 1NF5 B; 5C4E A; 1IIN A; 3D8V A; 4Q7C A; 2ZU9 A; 2CU2 A; 2XWM A; 4FCU A; 1OMX A; 4ARW A; 1R7Y A; 1FWY A; 1G93 A; 2RIX A; 4Y64 A; 3I0D A; 2WAW A; 4KQL A; 3RMW A; 5FU0 A; 4HG6 A; 2BO4 A; 1WVC A; 2YC5 A; 3CKJ A; 2VK9 A; 1E5K A; 4JIS A; 3JUJ A; 4ZDQ A; 5FTS A; 2O1G A; 1ZJ2 A; 5CQO A; 3U2W A; 3OC9 A; 2Y7A A; 2AEC A; 1VZT A; 4G87 A; 3K8D A; 3NGW A; 1GWW A; 4HO2 A; 4Y62 A; 2V0H A; 1JV1 A; 4ASY A; 4L41 C; 4HO0 A; 1TW5 A; 1ZCV A; 3DK5 A; 4Y7G A; 4CVH A; 1H5T B; 1ZIZ A; 2APC A; 1VM8 A; 4UEG A; 1KWS A; 1WT2 A; 3V8Y A; 3V0M A; 1PZT A; 1VZU A; 4Y6U A; 4KC2 A; 1EZI A; 1G8O A; 4HO6 A; 3GUE A; 2FFV A; 2WVM A; 4AC3 A; 4ASJ A; 5JQQ A; 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