The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
80
|
sequence length |
278
|
structure length |
277
|
Chain Sequence |
VYPQPKVLTPCRKDVLVVTPWLAPIVWEGTFNIDILNEQFRLQNTTIGLTVFAIKKYVAFLKLFLETAEKHFMVGHRVHYYVFTDQPAAVPRVTLGTGRQLSVLEVGAYKRWQDVSMRRMEMISACERRFLSEVDYLVCVDVDMEFRDHVGVEILTPLFGTLHPSFYGSSREAFTYERRPQSQAYIPKDEGDFYYMGAFFGGSVQEVQRLTRACHQAMMVDQANGIEAVWHDESHLNKYLLRHKPTKVLSPEYLWDQQLLGWPAVLRKLRFTAVPKN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
pH-induced conformational changes in human ABO(H) blood group glycosyltransferases confirm the importance of electrostatic interactions in the formation of the semi-closed state.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Histo-blood group ABO system transferase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
80
|
| structure length |
277
|
| sequence length |
278
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| ec nomenclature |
ec
2.4.1.37: Fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase. |
| pdb deposition date | 2012-06-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1G2V A; 1YP4 A; 3OKR A; 4NAK A; 3R3I A; 2P6W A; 3SX3 A; 5FU0 A; 3V0O A; 4HO2 A; 3DJ4 A; 2ZU9 A; 3SX7 A; 1INI A; 5C49 A; 4B4B A; 2RJ4 A; 3DUV A; 5L6S A; 2GGQ A; 2AES A; 3USR A; 1QG8 A; 4Y9X A; 1HV9 A; 3I0C A; 3V0N A; 1S4N A; 4G3P A; 3T7M A; 3D8V A; 5CMI A; 2RIY A; 2O1H A; 5AJO A; 3U2T A; 3IOH A; 4Y6N A; 4ARW A; 2Z86 A; 2RJ6 A; 2ZU7 A; 2OI5 A; 2VS3 A; 5IDS A; 2WE9 A; 4Y7T A; 3CKJ A; 3BCV A; 4FRM A; 3PKQ A; 1TW1 A; 4C2S A; 1HJJ A; 4EE3 A; 3V0L A; 4FRB A; 3GUE A; 1JVG A; 3CKO A; 1FWY A; 4J18 A; 1INJ A; 1I52 A; 3Q7U A; 4EEG A; 2AM4 A; 3BRK X; 5J49 A; 1FO8 A; 5FYE A; 3Q80 A; 5I1F A; 1G9R A; 2NXV A; 1H4C A; 4P02 A; 5C4D A; 1WT3 A; 1HM9 A; 1NMM B; 2Y4L A; 1VGU A; 1EYR A; 3V0Q A; 2AE7 A; 2RJ1 A; 3JTJ A; 4HO8 A; 2GGO A; 1JVD A; 3CGX A; 3IOI A; 4UEG A; 2XME A; 2WEE A; 1FXJ A; 3RMV A; 5C38 A; 4M2B A; 3T7O A; 1H7E A; 4FRD A; 5C1H A; 4YS8 A; 1EZI A; 5DDV A; 3SXC A; 1OQM B; 2VSI A; 2WVL A; 3OGZ A; 1R7Y A; 1FG5 N; 2UX8 A; 1W57 A; 2AM3 A; 3U0Y A; 4FCE A; 4Y7F A; 1ZI3 A; 4B42 A; 1H5R B; 4M4K A; 1TZF A; 4G3S A; 1GWW A; 4Y63 A; 3ZLL A; 1ZDG A; 3SPT A; 1KWS A; 1TVY A; 2VD4 A; 4KT7 A; 1FOA A; 2FYC B; 2E8B A; 2XWM A; 1MC3 A; 4IRP A; 2ICX A; 4EVW A; 4Y62 A; 5IDT A; 1H7G A; 1JV3 A; 3OAM A; 2VFZ A; 2AH9 A; 3N9W A; 1IIN A; 2YQH A; 4B3U A; 1VZX A; 5C1L A; 1VGW A; 2V0H A; 4D48 A; 2XWL A; 4B2W A; 4HG6 A; 2JCL A; 1G0R A; 1LL3 A; 2Y4M A; 4EE4 A; 2VS4 A; 1WT0 A; 3SX5 A; 4CJB A; 3I0J A; 5CQP A; 1NF5 B; 3JUK A; 2YQJ A; 1R81 A; 1VGT A; 4IRQ A; 1R7T A; 4D0T A; 3I0F A; 2WGZ A; 3K8E A; 1HM8 A; 4JIS A; 2W0V A; 4HO6 A; 3I0H A; 1LL0 A; 3OH2 A; 3KIA A; 1H5S C; 4Y64 A; 3R2W A; 1ZI5 A; 2I7B A; 1GWV A; 5IFY A; 1ZCU A; 5L6V A; 4LW6 A; 4FQW A; 3DK5 A; 2WVM A; 2QKX A; 1H5R A; 1ZJP A; 3I0L A; 4AAW A; 3E25 A; 1H5S B; 5CMH A; 1VPA A; 5EJZ A; 2ICY A; 2RJ5 A; 1LZI A; 5C8R A; 2X60 A; 4XWI A; 3SXA A; 3HL3 A; 3RMW A; 1MP3 A; 4HO0 A; 2OI7 A; 1VM8 A; 1H7H A; 4Y7G A; 4BQH A; 3D5N A; 4KC4 A; 4KRV A; 1WT2 A; 3OH1 A; 2P73 A; 2BO6 A; 2Q4J A; 1ZI4 A; 2OI6 A; 4D11 C; 5HS2 A; 1ZI1 A; 3NGW A; 1JV1 A; 1LZ0 A; 4FRA A; 4AC3 A; 3U0X A; 2FFV A; 5C4E A; 2JCO A; 4B5B A; 2ZU8 A; 2JCK A; 4MYB A; 3ZGG A; 1XHB A; 3V90 A; 1SS9 A; 5EIY A; 1FGX A; 2AEC A; 4E1K A; 2WAW A; 1ZCY A; 2VSH A; 2O1G A; 2OEF A; 2I5K A; 2FY7 A; 2AM5 A; 5C1G A; 4DDZ A; 3SXB A; 5CMJ A; 2VXL A; 1H7Q A; 1LL2 A; 4DE7 A; 2YC5 A; 3U2X A; 1QGQ A; 1W55 A; 1H7F A; 1OMZ A; 2Y4J A; 3I0D A; 2V0K A; 2PGV A; 4FRO A; 4B4M A; 4Y7U A; 1R7U A; 5C47 A; 2D7I A; 1ZCV A; 1LZJ A; 4M2A A; 4Y7V A; 1PZY B; 1G23 A; 1G95 A; 2Z87 A; 4DEC A; 2A8W A; 2RIT A; 4ASJ A; 4AYJ A; 1H5T B; 1V83 A; 4CJC A; 2DPW A; 1H4D A; 1E5K A; 2A8U A; 1ZJ1 A; 3PNN A; 1JYL A; 2Y4K A; 4G3Q A; 4JD0 A; 2BO8 A; 3K8D A; 1H5S A; 4KPZ A; 5CQM X; 1XZ6 A; 4HO4 A; 1ON8 A; 3CKV A; 1S4P A; 3I0E A; 4NAN A; 1IIM A; 3SXG A; 5C48 A; 3V8Y A; 1VZU A; 2YQS A; 2Y7A A; 2V0J A; 5CMF X; 4KQL A; 2P72 A; 1W77 A; 5C4F A; 2FYB A; 2PGY A; 2Y6P A; 2QH5 A; 3OC9 A; 4L41 C; 3V8Z A; 3IOJ A; 1S4O A; 2XWN A; 1WVC A; 1R82 A; 1ZDF A; 2VS5 A; 1OMX A; 4B4G A; 3U2W A; 5DDT A; 3D98 A; 1R7V A; 2V0I A; 1GQC A; 4Y6U A; 4G87 A; 4M28 A; 5C36 A; 2D0J A; 2BO7 A; 1LZ7 A; 4FRH A; 2YQC A; 4CVH A; 5AJP A; 1MP5 A; 3OH4 A; 1O0R A; 4HCQ A; 5C3B A; 2YCM A; 3T7N A; 2MZB A; 2RJ9 A; 4HOC A; 1O7O A; 4CJ8 A; 3I0G A; 1WSZ A; 2RIZ A; 2W0W A; 3TZT A; 1K4V A; 1GX4 A; 5FUH A; 5AJN A; 1ZHJ A; 2FYD B; 3JUJ A; 4HO5 A; 1VGZ A; 1GQ9 A; 2QGI A; 3F1Y A; 4FRE A; 3CU0 A; 1H7T A; 1H5T A; 3ST8 A; 4B2X A; 4HO3 A; 3POL A; 3Q4S A; 1V82 A; 3V91 A; 1V84 A; 2RJ8 A; 1ZIZ A; 4FCU A; 4FRP A; 3U2U A; 5JQQ A; 1G1L A; 4EEA A; 2I5E A; 1YP3 A; 3V0P A; 2V0L A; 1FO9 A; 1QGS A; 1NQI B; 2JCJ A; 5FTS A; 1Z90 A; 5CMG X; 1H4E A; 1MP4 A; 1ZCT A; 4KC2 A; 4GBP A; 1R7X A; 4ZDQ A; 1FR8 A; 1TW5 A; 2CU2 A; 4MND A; 3OH0 A; 1VH1 A; 2FFU A; 5FV9 A; 1H7L A; 1NHE B; 1G8O A; 4NAI A; 1R80 A; 2VXM A; 3ZLK A; 3QVB A; 4EE5 A; 3CKN A; 1YP2 A; 4KXO A; 1FR9 A; 1GX0 A; 5C3A A; 2RIX A; 1YRO B; 2X65 A; 1FGG A; 1H3M A; 2E3D A; 2X5Z A; 4EEO A; 4P00 A; 1FRW A; 3RSB A; 2RJ0 A; 2BO4 A; 2OEG A; 3CKQ A; 1JYK A; 2PA4 A; 3ZGF A; 3FWW A; 2YES A; 4ASY A; 2O1F A; 3EE5 A; 3O3P A; 4D0Z A; 1HM0 A; 4KC1 A; 3USQ A; 3ZF8 A; 4HO9 A; 3OH3 A; 4LW3 A; 1QWJ A; 4KNR A; 1VIC A; 1VZT A; 4BMA A; 3FOQ A; 5EJ1 A; 4AYL A; 4FRL A; 1GA8 A; 4FRQ A; 3SXE A; 4K6R A; 1O23 B; 1G97 A; 3V0M A; 2PX7 A; 3U2V A; 2D7R A; 1ZJ3 A; 3E26 A; 2WVK A; 1ZJO A; 1NKH B; 5CQO A; 4EEM A; 5C4B A; 1O7Q A; 1ZJ0 A; 1ZJ2 A; 1PZT A; 4KNX A; 1VH3 A; 4ECM A; 1H5S D; 4NAL A; 3I0K A; 4KPX A; 1G93 A; 1FZW A; 2APC A; 3F1C A; 3SXD A; 2X5S A; 1HJL A; 3I0I X; 5C3D A; 3TQD A; 1LVW A; 4R7P A; 5CQN X; 2AGD A; 3LW6 A; 1FXO A; 5FTV A; 1NWG B; 1ON6 A; 1WT1 A; 5FU8 A; 2RJ7 A; 5BXC A; 5C4C A; 2XMH A; 5CQL X; 4D11 A; 3SX8 A; 1G3L A; 2YC3 A; 3PKP A; 2FYA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G2V A; 1YP4 A; 3OKR A; 4NAK A; 3R3I A; 2P6W A; 3SX3 A; 5D91 A; 5FU0 A; 3V0O A; 4HO2 A; 3DJ4 A; 2ZU9 A; 3SX7 A; 1INI A; 5C49 A; 4B4B A; 2RJ4 A; 3DUV A; 5L6S A; 2GGQ A; 2AES A; 3USR A; 1QG8 A; 4Y9X A; 1HV9 A; 3I0C A; 3V0N A; 1S4N A; 4G3P A; 3T7M A; 3D8V A; 5CMI A; 2RIY A; 2O1H A; 5AJO A; 3U2T A; 3IOH A; 4Y6N A; 4ARW A; 2Z86 A; 2RJ6 A; 2ZU7 A; 2OI5 A; 2VS3 A; 5IDS A; 2WE9 A; 4Y7T A; 3CKJ A; 3BCV A; 4FRM A; 3PKQ A; 1TW1 A; 4C2S A; 1HJJ A; 4EE3 A; 3V0L A; 4FRB A; 3GUE A; 1JVG A; 3CKO A; 1FWY A; 4J18 A; 1INJ A; 1I52 A; 3Q7U A; 4EEG A; 2AM4 A; 3BRK X; 5J49 A; 1FO8 A; 5FYE A; 3Q80 A; 5I1F A; 1G9R A; 2NXV A; 1H4C A; 4P02 A; 5C4D A; 1WT3 A; 1HM9 A; 1NMM B; 2Y4L A; 1VGU A; 1EYR A; 3V0Q A; 2AE7 A; 4FIY A; 2RJ1 A; 3JTJ A; 4HO8 A; 2GGO A; 1JVD A; 3CGX A; 3IOI A; 4UEG A; 2XME A; 2WEE A; 1FXJ A; 3RMV A; 5C38 A; 4M2B A; 3T7O A; 1H7E A; 4FRD A; 5C1H A; 4YS8 A; 1EZI A; 5DDV A; 3SXC A; 1OQM B; 2VSI A; 2WVL A; 3OGZ A; 1R7Y A; 1FG5 N; 2UX8 A; 2J0A A; 4FIX A; 1W57 A; 2AM3 A; 3U0Y A; 4FCE A; 4Y7F A; 5D92 A; 1ZI3 A; 4B42 A; 1H5R B; 4M4K A; 1TZF A; 4G3S A; 1GWW A; 4Y63 A; 3ZLL A; 1ZDG A; 3SPT A; 1KWS A; 1TVY A; 2VD4 A; 4KT7 A; 1FOA A; 2FYC B; 2E8B A; 2XWM A; 1MC3 A; 4IRP A; 2ICX A; 2VK9 A; 4EVW A; 4Y62 A; 5IDT A; 1H7G A; 1JV3 A; 3OAM A; 2VFZ A; 2AH9 A; 3N9W A; 1IIN A; 2YQH A; 4B3U A; 1VZX A; 5C1L A; 1VGW A; 2V0H A; 4D48 A; 2XWL A; 4B2W A; 4HG6 A; 2JCL A; 1G0R A; 1LL3 A; 2Y4M A; 4EE4 A; 2VS4 A; 1WT0 A; 3SX5 A; 4CJB A; 3I0J A; 5CQP A; 1NF5 B; 3JUK A; 2YQJ A; 1R81 A; 1VGT A; 4IRQ A; 1R7T A; 4D0T A; 3I0F A; 2WGZ A; 4MIX A; 3K8E A; 1HM8 A; 4JIS A; 2W0V A; 4HO6 A; 3I0H A; 1LL0 A; 3OH2 A; 3KIA A; 4O6M A; 1H5S C; 4Y64 A; 3R2W A; 1ZI5 A; 2I7B A; 1GWV A; 5IFY A; 1ZCU A; 5L6V A; 4LW6 A; 4FQW A; 3DK5 A; 2WVM A; 2QKX A; 1H5R A; 1ZJP A; 3I0L A; 4AAW A; 3E25 A; 1H5S B; 5CMH A; 1VPA A; 5EJZ A; 2ICY A; 2RJ5 A; 1LZI A; 5C8R A; 2X60 A; 4XWI A; 3SXA A; 3HL3 A; 3RMW A; 1MP3 A; 4HO0 A; 2OI7 A; 1VM8 A; 1H7H A; 4Y7G A; 4BQH A; 3D5N A; 4KC4 A; 4KRV A; 1WT2 A; 3OH1 A; 2P73 A; 2BO6 A; 2Q4J A; 1ZI4 A; 2OI6 A; 4D11 C; 5HS2 A; 1ZI1 A; 3NGW A; 1JV1 A; 1LZ0 A; 4FRA A; 4AC3 A; 3U0X A; 2J0B A; 2FFV A; 5C4E A; 2JCO A; 4B5B A; 2ZU8 A; 2JCK A; 4MYB A; 3ZGG A; 1XHB A; 3V90 A; 1SS9 A; 5EIY A; 1FGX A; 2AEC A; 4E1K A; 2WAW A; 1ZCY A; 2VSH A; 2O1G A; 2OEF A; 2I5K A; 2FY7 A; 2AM5 A; 5C1G A; 4DDZ A; 3SXB A; 5CMJ A; 2VXL A; 1H7Q A; 1LL2 A; 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