The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
95
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sequence length |
293
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structure length |
293
|
Chain Sequence |
ARKGIILAGGSGTRLYPITHAVSKQLLPVYDKPMIYYPLSTLMIAGIRDVLIISTPQDTPRFESMLGDGSQWGMNIQYATQPSPDGLAQAFVIGRDFVGNEPSALILGDNIFYGHDLAKQLERASAKDTGATVFAYHVQDPERYGVVEFDREFRAISIEEKPAKPRSSYAVTGLYFYDRQVCDIAADIKPSARGELEITDVNSRYLAAGQLDVELMGRGYAWLDTGTHDSLIEAGTFIATLQKRQGLMVACPEEIAYRRNWIDAEQVLKLAQPLAKNAYGQYLRNLLTHQVAW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase from Burkholderia vietnamiensis in complex with 2'-Deoxyuridine-5'-monophosphate and 2'-Deoxy-Thymidine-B-L-Rhamnose
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Burkholderia vietnamiensis (strain g4 / lmg 22486)
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| molecule keywords |
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
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| total genus |
95
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| structure length |
293
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| sequence length |
293
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.24: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase. |
| pdb deposition date | 2016-02-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00483 | NTP_transferase | Nucleotidyl transferase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1H4D A; 1QWJ A; 5J49 A; 2V0I A; 1MP4 A; 3V0P A; 5C4E A; 3USQ A; 1FO8 A; 1WSZ A; 4KC2 A; 4FRB A; 4R7P A; 1H5T B; 2FYD B; 3JUJ A; 3U2T A; 2X60 A; 4HO6 A; 4EE4 A; 5AJN A; 2XWM A; 1HM8 A; 1PZY B; 3POL A; 2VSH A; 3IOJ A; 1H5T A; 2RIX A; 2XWL A; 2JCL A; 4NAL A; 1IIN A; 3R3I A; 4KNR A; 2BO7 A; 1S4P A; 4MND A; 1H7Q A; 2D7R A; 2RJ1 A; 1TW5 A; 2D0J A; 2JCJ A; 3E25 A; 2O1H A; 1ZJ0 A; 1VGW A; 4AYL A; 5CMF X; 2QKX A; 4CVH A; 1GQC A; 3GUE A; 4FCU A; 1MC3 A; 1ZHJ A; 1FWY A; 1ZJP A; 1S4N A; 3CGX A; 3U2W A; 3V8Y A; 5CQO A; 1HM0 A; 4ASJ A; 3BRK X; 1HV9 A; 1ZI3 A; 3U0Y A; 1ZJO A; 1H5S B; 4NAN A; 5C4F A; 1ZDF A; 1G8O A; 1VGT A; 5FU8 A; 1ZIZ A; 2ICY A; 3SPT A; 1H5R B; 2VS4 A; 4EE3 A; 4GBP A; 3D8V A; 5C4C A; 3SXG A; 3OH4 A; 1NWG B; 2QH5 A; 1H5R A; 1ZCV A; 1FR8 A; 1H4E A; 1H7F A; 1FG5 N; 2AM4 A; 3I0K A; 3ZLK A; 1FZW A; 4P02 A; 3SXA A; 4FCE A; 5EJ1 A; 1KWS A; 4KRV A; 3SXC A; 5C48 A; 1QG8 A; 3CU0 A; 2OI5 A; 2P6W A; 2RIY A; 1H7L A; 2RJ6 A; 3I0D A; 4CJB A; 2RJ5 A; 2FYC B; 4DDZ A; 4KC1 A; 4D0T A; 1G93 A; 4Y62 A; 3RMV A; 1ZCY A; 3I0I X; 1MP5 A; 5FYE A; 4Y6N A; 2GGQ A; 1O7O A; 4BMA A; 1ZCT A; 1VZU A; 3OH1 A; 4AAW A; 5AJO A; 1H5S D; 2Y4M A; 5CMG X; 4Y7G A; 2FY7 A; 1WVC A; 4FRA A; 2YQS A; 4B2W A; 3JUK A; 2AGD A; 3DUV A; 3SX5 A; 5AJP A; 4AYJ A; 2WVL A; 4NAK A; 1XHB A; 1OMX A; 1VZX A; 4KPX A; 2Y6P A; 5C47 A; 4G3S A; 2GGO A; 4B3U A; 5C3D A; 2D7I A; 1G9R A; 4CJC A; 3RSB A; 3OAM A; 5EIY A; 4MYB A; 3V90 A; 4Y7F A; 4D48 A; 2ZU8 A; 3I0L A; 3D5N A; 3U2X A; 4ARW A; 1MP3 A; 1TW1 A; 3OGZ A; 2YES A; 2O1F A; 2BO6 A; 3OH0 A; 4IRP A; 1HJJ A; 4M2B A; 5C3B A; 2P72 A; 1WT1 A; 1GA8 A; 1LL0 A; 4FRQ A; 1W55 A; 2Q4J A; 5CQM X; 3V91 A; 3BCV A; 3I0C A; 4HO8 A; 1NHE B; 1QGQ A; 1GWV A; 1V84 A; 2A8W A; 2OI6 A; 1R7T A; 1YRO B; 1JYK A; 1H7T A; 2PX7 A; 1ZI5 A; 2V0H A; 3R2W A; 2RIZ A; 2Y4K A; 2I5E A; 5C38 A; 4G3P A; 1OMZ A; 2RJ4 A; 2JCK A; 3I0E A; 2RJ9 A; 3HL3 A; 3SX7 A; 3ZGF A; 1IIM A; 3USR A; 2V0J A; 1G0R A; 2APC A; 5EJZ A; 5C4D A; 4K6R A; 3NGW A; 3SX8 A; 5C1L A; 4LW6 A; 2VS3 A; 1O0R A; 3KIA A; 4FRM A; 5FV9 A; 2PGY A; 1GX4 A; 4HG6 A; 2FYA A; 1LZ7 A; 2Y7A A; 1H4C A; 3I0H A; 2NXV A; 4KPZ A; 4CJ8 A; 4Y9X A; 1G23 A; 5BXC A; 4EE5 A; 1ZI1 A; 1VZT A; 1H5S C; 3IOI A; 3V0N A; 4KNX A; 1H5S A; 5C8R A; 1WT2 A; 4B2X A; 2AES A; 2WEE A; 1ZDG A; 2FFU A; 3CKV A; 1JVD A; 2WGZ A; 3V0O A; 3OH3 A; 1FXO A; 1YP2 A; 4HO9 A; 2OI7 A; 3K8E A; 4HO4 A; 5FU0 A; 2A8U A; 3DJ4 A; 4NAI A; 1S4O A; 1R81 A; 3PNN A; 2WAW A; 2I7B A; 1FGG A; 4Y6U A; 4G87 A; 1TVY A; 3SXE A; 1PZT A; 5C1G A; 2AEC A; 1ON8 A; 4B4M A; 1NF5 B; 2VXL A; 4ECM A; 5L6S A; 1EYR A; 4KXO A; 1JYL A; 3SX3 A; 4LW3 A; 3CKO A; 1NKH B; 4KC4 A; 5C1H A; 4KT7 A; 3V0L A; 2VS5 A; 1YP4 A; 2Z86 A; 4HO0 A; 4M28 A; 1EZI A; 1R80 A; 4B4G A; 1LL2 A; 2YQC A; 1NMM B; 2PGV A; 4JD0 A; 5FTS A; 1JV3 A; 3ZLL A; 4FRE A; 5I1F A; 1ZCU A; 1INJ A; 2VD4 A; 4Y7U A; 3CKN A; 4FRP A; 1LZ0 A; 2JCO A; 2V0K A; 4DE7 A; 2X5Z A; 4FRO A; 2E3D A; 1LZI A; 5IDS A; 1R82 A; 1VH3 A; 3U0X A; 3CKJ A; 2WVM A; 1R7V A; 4BQH A; 4ASY A; 2RIT A; 1XZ6 A; 2Y4J A; 2BO4 A; 4XWI A; 2BO8 A; 4B42 A; 4AC3 A; 2FFV A; 4UEG A; 1ZJ2 A; 4HOC A; 5FUH A; 5C49 A; 4M4K A; 1FGX A; 2MZB A; 3DK5 A; 1SS9 A; 1VIC A; 1G2V A; 5IFY A; 2Z87 A; 5DDV A; 4EEM A; 3Q80 A; 1I52 A; 1LZJ A; 2O1G A; 3OC9 A; 3T7M A; 1VM8 A; 1WT3 A; 2OEG A; 1NQI B; 2W0V A; 2DPW A; 5CMJ A; 1E5K A; 2ZU7 A; 1HM9 A; 2AE7 A; 1YP3 A; 4P00 A; 4JIS A; 1W57 A; 4FQW A; 1QGS A; 3TQD A; 1VGU A; 3CKQ A; 4Y63 A; 4YS8 A; 3U2U A; 4B5B A; 4B4B A; 3FWW A; 4FRL A; 3EE5 A; 1R7U A; 2YC5 A; 1LL3 A; 1OQM B; 1Z90 A; 1FOA A; 2QGI A; 1ZJ1 A; 1R7X A; 3T7N A; 1G1L A; 2YQH A; 5CQP A; 3ZGG A; 3OKR A; 1FXJ A; 4EEA A; 1H3M A; 3E26 A; 1ZI4 A; 3IOH A; 1JV1 A; 4J18 A; 4FRD A; 3RMW A; 2P73 A; 2RJ8 A; 2XMH A; 3I0J A; 3Q7U A; 4HCQ A; 3JTJ A; 3V0M A; 5C36 A; 1FR9 A; 4E1K A; 1HJL A; 4HO2 A; 1H7G A; 1V83 A; 2ZU9 A; 4FRH A; 5CQN X; 2YCM A; 4EEG A; 3T7O A; 2OEF A; 1FO9 A; 2YC3 A; 2RJ7 A; 2VXM A; 2ICX A; 5CMI A; 2E8B A; 3PKQ A; 5C3A A; 3SXB A; 5IDT A; 5DDT A; 1WT0 A; 1TZF A; 2FYB A; 3D98 A; 2AM5 A; 2UX8 A; 1LVW A; 1H7E A; 3U2V A; 4EVW A; 1VPA A; 1INI A; 1GWW A; 3QVB A; 2Y4L A; 5L6V A; 4IRQ A; 2AH9 A; 2XME A; 5CQL X; 4DEC A; 3O3P A; 3N9W A; 1GQ9 A; 5FTV A; 2AM3 A; 2V0L A; 2YQJ A; 2X5S A; 1K4V A; 2VSI A; 1V82 A; 1R7Y A; 3FOQ A; 1G3L A; 4M2A A; 4Y7V A; 3K8D A; 5C4B A; 4C2S A; 1G95 A; 3V0Q A; 1FRW A; 2WE9 A; 1JVG A; 3TZT A; 4HO5 A; 3I0F A; 2W0W A; 2VFZ A; 1G97 A; 3F1C A; 4EEO A; 5HS2 A; 5CMH A; 3LW6 A; 1H7H A; 2XWN A; 4D0Z A; 3F1Y A; 4D11 C; 3ZF8 A; 4KQL A; 4L41 C; 3SXD A; 2I5K A; 2X65 A; 4D11 A; 3PKP A; 1O7Q A; 4ZDQ A; 1GX0 A; 2CU2 A; 1ON6 A; 4Y64 A; 1VH1 A; 3V8Z A; 1VGZ A; 2RJ0 A; 3ST8 A; 3Q4S A; 3I0G A; 1W77 A; 2PA4 A; 1ZJ3 A; 3OH2 A; 2WVK A; 5JQQ A; 4HO3 A; 4Y7T A; 4G3Q A; 1O23 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1H4D A; 1QWJ A; 2J0B A; 5J49 A; 2V0I A; 1MP4 A; 3V0P A; 5C4E A; 3USQ A; 2VK9 A; 1FO8 A; 1WSZ A; 4KC2 A; 4FRB A; 4R7P A; 1H5T B; 2FYD B; 3JUJ A; 3U2T A; 2X60 A; 4HO6 A; 4EE4 A; 5AJN A; 2XWM A; 1HM8 A; 1PZY B; 3POL A; 2VSH A; 3IOJ A; 1H5T A; 2RIX A; 2XWL A; 2JCL A; 4NAL A; 1IIN A; 3R3I A; 4KNR A; 2BO7 A; 1S4P A; 4MND A; 1H7Q A; 2D7R A; 2RJ1 A; 1TW5 A; 2D0J A; 2JCJ A; 3E25 A; 2O1H A; 4Q7C A; 1ZJ0 A; 1VGW A; 4AYL A; 5CMF X; 2QKX A; 4CVH A; 1GQC A; 3GUE A; 4FCU A; 1MC3 A; 1ZHJ A; 1FWY A; 1ZJP A; 1S4N A; 3CGX A; 3U2W A; 3V8Y A; 5CQO A; 1HM0 A; 4ASJ A; 3BRK X; 1HV9 A; 1ZI3 A; 3U0Y A; 1ZJO A; 1H5S B; 4NAN A; 5C4F A; 1ZDF A; 1G8O A; 1VGT A; 5FU8 A; 1ZIZ A; 2ICY A; 3SPT A; 1H5R B; 2VS4 A; 4EE3 A; 4GBP A; 3D8V A; 5C4C A; 3SXG A; 3OH4 A; 1NWG B; 2QH5 A; 1H5R A; 1ZCV A; 1FR8 A; 1H4E A; 1H7F A; 1FG5 N; 2AM4 A; 3I0K A; 3ZLK A; 1FZW A; 4P02 A; 3SXA A; 4FCE A; 5EJ1 A; 1KWS A; 4KRV A; 3SXC A; 5C48 A; 1QG8 A; 3CU0 A; 2OI5 A; 2P6W A; 2RIY A; 1H7L A; 2RJ6 A; 3I0D A; 4CJB A; 2RJ5 A; 2FYC B; 4DDZ A; 4KC1 A; 4D0T A; 1G93 A; 4Y62 A; 3RMV A; 1ZCY A; 3I0I X; 1MP5 A; 5FYE A; 4Y6N A; 2GGQ A; 1O7O A; 4BMA A; 1ZCT A; 1VZU A; 3OH1 A; 4AAW A; 5AJO A; 1H5S D; 2Y4M A; 5CMG X; 4Y7G A; 2FY7 A; 1WVC A; 4FRA A; 2YQS A; 4B2W A; 3JUK A; 2AGD A; 3DUV A; 3SX5 A; 5AJP A; 4AYJ A; 2WVL A; 4NAK A; 1XHB A; 1OMX A; 1VZX A; 4KPX A; 2Y6P A; 5C47 A; 4G3S A; 2GGO A; 4B3U A; 5C3D A; 2D7I A; 1G9R A; 4CJC A; 3RSB A; 3OAM A; 5EIY A; 4MYB A; 3V90 A; 4Y7F A; 4D48 A; 2ZU8 A; 3I0L A; 3D5N A; 3U2X A; 4ARW A; 1MP3 A; 1TW1 A; 3OGZ A; 2YES A; 2O1F A; 2BO6 A; 3OH0 A; 4IRP A; 1HJJ A; 4M2B A; 5C3B A; 2P72 A; 1WT1 A; 1GA8 A; 1LL0 A; 4FRQ A; 1W55 A; 2Q4J A; 5CQM X; 3V91 A; 4O6M A; 3BCV A; 4FIX A; 3I0C A; 4HO8 A; 1NHE B; 1QGQ A; 1GWV A; 1V84 A; 2A8W A; 2OI6 A; 1R7T A; 1YRO B; 1JYK A; 1H7T A; 2PX7 A; 1ZI5 A; 2V0H A; 3R2W A; 2RIZ A; 2Y4K A; 2I5E A; 5C38 A; 4G3P A; 1OMZ A; 2RJ4 A; 2JCK A; 3I0E A; 2RJ9 A; 3HL3 A; 3SX7 A; 3ZGF A; 1IIM A; 3USR A; 2V0J A; 1G0R A; 2APC A; 5EJZ A; 5C4D A; 4K6R A; 3NGW A; 3SX8 A; 5C1L A; 4LW6 A; 2VS3 A; 1O0R A; 3KIA A; 4FRM A; 5FV9 A; 2PGY A; 1GX4 A; 4HG6 A; 2FYA A; 1LZ7 A; 2Y7A A; 1H4C A; 3I0H A; 2NXV A; 4KPZ A; 4CJ8 A; 4Y9X A; 1G23 A; 5BXC A; 4EE5 A; 1ZI1 A; 1VZT A; 1H5S C; 3IOI A; 2J0A A; 3V0N A; 4KNX A; 1H5S A; 5C8R A; 1WT2 A; 4B2X A; 2AES A; 2WEE A; 1ZDG A; 2FFU A; 3CKV A; 1JVD A; 2WGZ A; 3V0O A; 3OH3 A; 1FXO A; 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