The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
142
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sequence length |
533
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structure length |
466
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Chain Sequence |
IQFLRTDDEVVLQCTATIHKEQQKLCLAAEGFGNRLCFLESTSNSKNVPPDLSICTFVLEQSLSVHRTLLYGHAILLRHSYSGMYLCCLSTSKLAFDVGLQEDTTGEACWWTIHPASKQRSEGEKVRVGDDLILVSVSSERYLHLSYGNSSWHVDAAFQQTLWSVAPISSGSEAAQGYLIGGDVLRLLHGHMDECLTVPSGEHGEEQRRTVHYEGGAVSVHARSLWRLETLRVAWSGSHIRWGQPFRLRHVTTGKYLSLMKNLLLMDKEKADVKSTAFAFRSSKEGMGTSEIKYGDSICYIQHVDTGLWLTYQAVDQRKAIMHHEGHMDDGLNLSRSQHEESRTARVIRSTVFLFNRFIRGLDALSKIDLPIESVSLSLQDLIGYFHPPDEHLEHEDKQNRLRALKNRQNLFQEEGMINLVLECIDRLHVYSSAAHFADVAGREAGESWKSILNSLYELLAALIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a ryanodine receptor domain
rcsb |
| molecule tags |
Metal transport
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
Ryanodine receptor 2
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| total genus |
142
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| structure length |
466
|
| sequence length |
533
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02815 | MIR | MIR domain |
| A | PF08709 | Ins145_P3_rec | Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Leucine-rich Repeat Variant | Leucine-rich Repeat Variant | ||
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | ||
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X3A A; 3RTI B; 3OJ2 A; 2FDB M; 1G9D A; 1RG8 A; 4IZX A; 4KEI A; 2HZ9 A; 3HAL A; 3WMV A; 3VEQ A; 3I2X A; 4I4Q A; 3A23 A; 3WIN A; 3ZXD A; 4ZKT B; 1W3F A; 5FZY A; 3BB2 A; 5JMC A; 4JKQ A; 1S0G A; 1RY7 A; 1MD6 A; 3SNV A; 4EEE B; 4GOY A; 3OJV A; 1HWN B; 2ET2 A; 1HWO B; 4DEN A; 3IAG C; 4I6I A; 3BAG A; 4QKR A; 1K5V A; 4Q9P A; 4ZFU B; 1NUN A; 1FGA A; 1I1B A; 4LO8 B; 4OWK A; 3AZV A; 2ESU A; 2IHO A; 4XKI A; 3C9Z A; 1S0C A; 3VWC A; 4X37 A; 5D63 A; 4X39 A; 3S8K A; 4JRA A; 2WRY A; 1S0B A; 1IIL A; 1SR4 A; 2X2T A; 3Q7W A; 3O4B A; 1JLY A; 2BEB A; 4DEP A; 3AJ5 A; 1IOB A; 2KKI A; 1BFF A; 2NTD A; 1G82 A; 1WD4 A; 3N7K A; 3FJE A; 1JLX A; 5EC5 A; 4ZOT A; 3ZC9 A; 2MLL B; 3UD7 A; 3BRD A; 3BA5 A; 2D7R A; 4OEE A; 1S0L A; 1Q03 A; 3NBN A; 3FJC A; 3PG0 A; 1PUU B; 4J23 B; 3ILA A; 2ZQN A; 4I37 A; 4D0T A; 1HWM B; 1JY0 A; 2D20 A; 1EVT A; 4A7Y A; 2RG9 B; 1ILR 1; 3AH4 A; 3A22 A; 1L2H A; 1DJS B; 5BP5 A; 1W3A A; 5FZU A; 3AKH A; 3RMY A; 3FJJ A; 3FFZ A; 4XFT A; 3AJ6 A; 4KC3 A; 3FJ9 A; 3BAD A; 3OGG A; 3Q7Y A; 5BXS A; 4J2Y A; 3V79 C; 3H6R A; 1OQL B; 3AKF A; 4I1B A; 1TWM A; 2MC2 A; 5FNX A; 1ITB A; 5BP5 C; 1IRP A; 2IWT B; 3O4O A; 3P6J A; 4P6A A; 1WBC A; 1JT7 A; 2FO1 A; 3CA4 A; 1XG6 A; 1W3G A; 3NBE A; 1VCL A; 4OEF A; 9ILB A; 3UD8 A; 21BI A; 1FMZ A; 2HWA A; 3FJH A; 1AVX B; 3WO2 A; 2FFV A; 3VT1 A; 3AKI A; 4LO3 A; 7I1B A; 5F90 A; 1R8N A; 1M2T B; 1BFC A; 1XZZ A; 1QXM A; 3NBD A; 3V0B B; 4LO1 C; 2Y9W C; 1MC9 A; 1JT3 A; 2D7I A; 3KMV A; 3R4U A; 3V0A B; 3K1X A; 2Y9G A; 1DQG A; 1TWE A; 3BAO A; 2DRZ A; 4KEK A; 3EF2 A; 2UUS A; 3WO4 A; 2VLC A; 1DZC A; 1BLA A; 3UDA A; 4I0Y A; 1G9C A; 3QYD A; 5I1B A; 3RMX A; 2AFG A; 1BA7 A; 4II0 A; 2LIE A; 4GP3 A; 1DFQ A; 3BX1 C; 1JT4 A; 5D62 A; 5D61 A; 4I4S A; 2P23 A; 3BRF A; 2P39 A; 4KBB A; 3O4C A; 4QBV A; 1AVA C; 4F83 A; 3MPP G; 1FWU A; 2KI6 B; 4LO0 C; 3H6Q A; 5FZZ A; 5DSS B; 2Z48 A; 3UJ0 A; 1JQZ A; 2D22 A; 3HMY A; 3VSZ A; 2M49 A; 2KH2 A; 4OW4 A; 2F8X C; 5DUY A; 1YBI A; 4IY9 A; 4GOV A; 4ZBV B; 4PC4 A; 3FUQ A; 4G6J A; 1DQO A; 5EG6 C; 2ZR1 B; 4A7K A; 1Z4S A; 2VSE A; 4IY8 A; 3POK A; 1WD3 A; 3QR5 A; 1Q04 A; 1FQ9 A; 4R6U B; 1BFB A; 3JRR A; 3P6I A; 3VT0 A; 1S0D A; 1XYF A; 4HR6 C; 4F34 A; 3HOM A; 2RST A; 3T8S A; 3VSF A; 3BAH A; 3CA3 A; 1G9A A; 1DZD A; 3CU1 B; 1ABR B; 4Q91 A; 1Q1U A; 1G9B A; 4Z8S B; 1JT5 A; 2Q3N B; 1PZZ A; 1NZK A; 2QYI B; 1FMM S; 2WBC A; 1BAS A; 4EFR A; 2NVH A; 2VXT I; 2ZQO A; 4TLP A; 4G1R A; 4OUJ A; 3E8L C; 1BLD A; 2D43 A; 3BTA A; 1FN0 A; 1ISV A; 5F8S A; 3N7J A; 1PUM B; 1N4K A; 4EB2 B; 2F2F A; 3A07 A; 4GAI A; 3BA7 A; 2NM1 A; 3A21 A; 3HSM A; 1HCD A; 1HCE A; 3V0B A; 1ISX A; 2MIB A; 8I1B A; 2K4A B; 3V0A A; 4H04 A; 1YYN A; 1ISZ A; 3CRH A; 3CQA A; 2F2F C; 4XFU A; 4LO2 A; 2HWM A; 2KLL A; 3BRG C; 2AQZ A; 4LO1 A; 4J2X A; 3CRI A; 3FJK A; 3I2A A; 1IT0 A; 2Q9X A; 2R9K B; 3LLP A; 5BVP I; 5JLV A; 3HN1 A; 1SZ6 B; 1BFG A; 3WMU A; 4USO A; 3H6S E; 4GP0 A; 4KEJ A; 4LO2 C; 2E4M A; 4D8H A; 4QAL A; 4Q9G A; 1FV3 A; 1DLL A; 1II4 A; 2VXR A; 3NBC A; 3BAU A; 4QBC A; 3BAQ A; 1M16 A; 3IIR A; 4G9M A; 1TTU A; 4USP A; 1I1E A; 1AXM A; 4Z9W B; 1YTO A; 3CA5 A; 4EFQ A; 1GGP B; 1RZO B; 1HWP B; 2E4M C; 3CA0 A; 4LO0 A; 3OBT A; 4ZLB B; 4ZFY B; 1Z2V A; 1FV2 A; 4DCK C; 3BA4 A; 4OWL A; 2AAI B; 2XOA A; 3H6R B; 4IZE A; 4OWJ A; 3UD9 A; 4I4R A; 3IM7 A; 1QQK A; 2Y9F A; 1HKN A; 3BAV A; 2QN4 A; 4X38 A; 4QC4 A; 2NP0 A; 1V6V A; 1AF9 A; 3P53 A; 1QQL A; 1ISY A; 3PUB A; 2D1Z A; 1CE7 B; 3O5W B; 4QD2 B; 4QO3 A; 3FJA A; 3LTQ A; 31BI A; 3O4A A; 4I4O A; 2GZB A; 2K8R A; 4OEG A; 1ONK B; 4FGF A; 4FVV A; 1ISW A; 3N7M A; 4ZA3 B; 3W9T A; 4ZFW B; 2K43 A; 1J0S A; 2DS0 A; 1TP0 A; 4I96 A; 3PME A; 4IHZ A; 3AH2 A; 4I1E A; 4I4Y A; 4ZGR B; 3IM6 A; 6I1B A; 4P0J A; 1E0O A; 4I4V A; 1KNM A; 3N0K A; 4J2S A; 4IYB A; 2FFU A; 1RML A; 4EKX B; 1P63 A; 3AH1 A; 2FGF A; 5HPZ A; 3PHZ A; 3JUT A; 3FJ8 A; 4QKS A; 5BXR A; 5G00 A; 4I4P A; 3O44 A; 2DRY A; 5EHA A; 4D0Z A; 5BQU A; 1V6X A; 1XHB A; 1F31 A; 3R4S A; 2NYY A; 1IJT A; 5FNW A; 3WIN C; 4GAF A; 2I1B A; 2BFH A; 2L5X A; 3FJB A; 1FWV A; 4I4U A; 4J2K A; 3RSJ A; 4END A; 3ZX7 A; 4G6M A; 4G9N A; 4HJJ A; 4I8M A; 5BQU C; 3FGM A; 1D0H A; 2X2S A; 4WBC A; 3F1R A; 3ZC8 A; 1CVS A; 2D24 A; 4JPZ A; 4LO7 C; 1TOO A; 3RTJ B; 3HBW A; 2LIQ A; 2NZ9 A; 1SR4 C; 4ISQ A; 3OGF A; 1EPW A; 4A7Z A; 4I3N A; 2DRE A; 3CA1 A; 3FJD A; 2GO2 A; 2BEA A; 1V6U A; 3CAH A; 3S8J A; 1UPS A; 2Y9X E; 3AZW A; 2VSA A; 4LO7 B; 3FJI A; 5GAQ A; 1TFM B; 4CJM A; 3OBR A; 3ZXG A; 1HIB A; 5BXP A; 4IQP A; 5DZU A; 2AXM A; 4I2S A; 3VUO A; 1EV2 A; 3NJ5 A; 1A8D A; 1TIE A; 4P0K A; 1T9F A; 1YF8 B; 3FJF A; 1DFC A; 2D44 A; 2RQ9 A; 1IHK A; 2HW9 A; 2VUA A; 2KI4 A; 2VU9 A; 4H9W A; 1AVW B; 2YUG A; 1BAR A; 1Z0H A; 3TC2 A; 1WBA A; 1EYL A; 3IM5 A; 1YXW A; 4AN7 B; 1PWA A; 2D23 A; 5B2H A; 5F8W A; 2ERM A; 4AN6 A; 4JKX B; 4EFP A; 4L4H A; 3CA6 A; 1S0E A; 1PC8 B; 4JQ0 A; 4YOL A; 1T4Q A; 4HA2 A; 3AKG A; 3CRG A; 5F8Y A; 5BXT A; 2J3P A; 5DVH A; 3Q7X A; 3FUO A; 1DIW A; 41BI A; 1JTC A; 1R8O A; 1V6W A; 3D7W B; 3MAL A; 3O4D A; 4XFS A; 2Z49 A; 4I4X A; 4P0L A; 3WO3 A; 3B9U A; 4JAW A; 3OJM A; 1K5U A; 3WA1 A; 4I7I A; 1S0F A; 1IRA X; 5BOW A; 4QD2 C; 3O3Q A; 4LO3 C; 3UJ4 A; 3N7L A; 4ION A; 3F62 B; 4ISR A; 1AFC A; 3O49 A; 4JP0 A; 3VT2 A; 4L4I A; 1AVU A; 3I29 B; 5E24 E; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FFB C; 5CLE A; 4X3A A; 4YGX A; 3K4E A; 3RTI B; 5BYM A; 3OJ2 A; 2FDB M; 5CL8 A; 1G9D A; 3WPT A; 1RG8 A; 2YNR A; 4IZX A; 2XA7 A; 4RV1 A; 2HZ9 A; 4KEI A; 3K61 A; 3HAL A; 3WMV A; 3VEQ A; 3I2X A; 1LSH A; 4I4Q A; 3A23 A; 3WIN A; 3ZXD A; 4ZKT B; 1F59 A; 4DB8 A; 1W3F A; 5FZY A; 3BB2 A; 5JMC A; 2BNX A; 4JKQ A; 1S0G A; 1QZ7 A; 3VLD A; 1RY7 A; 4CRV B; 3WOY A; 1MD6 A; 3SNV A; 4EEE B; 4GOY A; 3OJV A; 1HWN B; 3A6P A; 2ET2 A; 1HWO B; 4DEN A; 3IAG C; 2NS2 A; 5J3V A; 4I6I A; 3BAG A; 4QKR A; 1K5V A; 4Q9P A; 4ZFU B; 2GL7 A; 1NUN A; 1FGA A; 3T7U A; 1I1B A; 4LO8 B; 4UQI A; 4OWK A; 3Q0O A; 2Z5O A; 3AZV A; 2ESU A; 1XQS A; 2IHO A; 4XKI A; 5KL8 A; 2YNS A; 4JLQ A; 3C9Z A; 1S0C A; 3VWC A; 1BK5 A; 4X37 A; 5D63 A; 3OUW A; 3AU3 A; 4X39 A; 3S8K A; 4JRA A; 3DAD A; 1S0B A; 4PVZ A; 2C1M A; 1IIL A; 1SR4 A; 2WRY A; 4DZS A; 2X2T A; 4H3K A; 3O4B A; 3Q7W A; 1IAL A; 4QMH A; 3GB8 A; 1JLY A; 3PSP A; 3ZIQ A; 2BEB A; 5EKG A; 4DEP A; 1M8Z A; 1IOB A; 3AJ5 A; 3IBV A; 4D4E A; 3O2S A; 2KKI A; 3ZIO A; 5CL6 A; 4P6Z B; 1BFF A; 1JPP A; 1G82 A; 3QGB A; 5K9S A; 1WD4 A; 2NTD A; 3N7K A; 5AEI A; 2IE3 A; 3FJE A; 1JDH A; 1JLX A; 4I5N A; 5EC5 A; 4ZOT A; 3ZC9 A; 2MLL B; 3UD7 A; 3BRD A; 3BA5 A; 2D7R A; 4OEE A; 5BZ5 A; 1Q03 A; 4MZ6 E; 1S0L A; 3NBN A; 4YJE A; 3FJC A; 3PG0 A; 1PUU B; 4J23 B; 3ILA A; 2ZQN A; 3L3F X; 4I37 A; 4D0T A; 1HWM B; 1JY0 A; 2D20 A; 2BCT A; 3Q0L A; 1EVT A; 4K6J A; 1OYZ A; 5CL4 A; 4A7Y A; 2RG9 B; 5BZV A; 1ILR 1; 3AH4 A; 4DVG B; 3A22 A; 1L2H A; 3K49 A; 1M1E A; 1DJS B; 5BP5 A; 1W3A A; 4MZ5 E; 5FZU A; 3AKH A; 3RMY A; 3FJJ A; 3FFZ A; 4XFT A; 3AJ6 A; 4KC3 A; 3FJ9 A; 3BAD A; 3OGG A; 4B8O A; 3Q7Y A; 4FQ3 A; 5BXS A; 2OT8 A; 5CLA A; 4J2Y A; 3V79 C; 4G3A A; 2NYM B; 4A3T A; 3H6R A; 1OQL B; 3QHE A; 3AKF A; 4LAC A; 3DW8 A; 4YI0 C; 2Z5K A; 4I1B A; 1TWM A; 5CLB A; 2MC2 A; 5FNX A; 3Q0S A; 4I5L A; 1ITB A; 5BP5 C; 1IRP A; 2IWT B; 5HUW C; 4FDD A; 4E4V A; 5KL1 A; 3O4O A; 3P6J A; 4P6A A; 1WBC A; 1JT7 A; 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