The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
149
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sequence length |
461
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structure length |
453
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Chain Sequence |
GTSSAFTQIDNFSHFYDRGDHLVNGKPSFTVDQVADQLTRSGASWHDNDGVINLTYTFLTAPPVGYASRGLGTFSQFSALQKEQAKLSLESWADVAKVTFTEGPAARGDDGHMTFANFSASNGGAAFAYLPNSSRKGESWYLINKDYQVNKTPGEGNYGRQTLTHEIGHTLGLSHPGDNPTYRDAVYAEDTRAYSVMSYWSEKNTGQVFTKTGEGAYASAPLLDDIAAVQKLYGANLETRADDTVYGFNSTADRDFYSATSSTDKLIFSVWDGGGNDTLDFSGFSQNQKINLTAGSFSDVGGMTGNVSIAQGVTIENAIGGSGNDLLIGNDAANVLKGGAGNDIIYGGGGADVLWGGTGSDTFVFGAVSDSTPKAADIIKDFQSGFDKIDLTAITKLGGLNFVDAFTGHAGDAIVSYHQASNAGSLQVDFSGQGVADFLVTTVGQVATYDIVA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Probing the role of divalent metal ions in a bacterial psychrophilic metalloprotease: binding studies of an enzyme in the crystalline state by x-ray crystallography.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
serralysin
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| total genus |
149
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| structure length |
453
|
| sequence length |
461
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| ec nomenclature |
ec
3.4.24.40: Serralysin. |
| pdb deposition date | 2003-02-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00353 | HemolysinCabind | RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) |
| A | PF08548 | Peptidase_M10_C | Peptidase M10 serralysin C terminal |
| A | PF13583 | Reprolysin_4 | Metallo-peptidase family M12B Reprolysin-like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 2 Solenoid | Alkaline Protease, subunit P, domain 1 | Serralysin-like metalloprotease, C-terminal | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OY2 A; 4WK7 A; 3VI1 A; 1I73 A; 1GO7 P; 3ULT A; 1ATL A; 3KWV C; 1ND1 A; 2V4B A; 2X3B A; 2YO0 A; 2XS4 A; 1IAC A; 1KAP P; 1IAA A; 3TVC A; 2ERP A; 1R1J A; 1USN A; 3I7I A; 1S4B P; 3LK8 A; 3LQB A; 3Q2G A; 1J7N A; 2PJT A; 3KEK A; 3KHI A; 1GKD A; 4FVL A; 1KUI A; 4WKE A; 5JMY A; 1Q3A A; 3F17 A; 3P24 A; 4IUW A; 3LUN A; 3OHO A; 1IAD A; 2E3X A; 1SLM A; 3WV2 A; 1JK3 A; 1OS2 A; 3F15 A; 4QKZ A; 1CGE A; 5L79 A; 1B3D A; 3HDB A; 2HU6 A; 1XFZ A; 3LJG A; 1HV5 A; 1IAB A; 3EDI A; 3KMC A; 4PKQ A; 2W13 A; 1ZXC A; 5I12 A; 3G42 A; 1QJJ A; 3WV3 A; 5BPA A; 4HX3 A; 2W14 A; 1ROS A; 3GBO A; 1OM8 A; 2MZH A; 3LUM A; 2OVZ A; 1K7Q A; 1CXV A; 1HTD A; 1JAO A; 4XBH A; 1QIA A; 5I2Z A; 4H1Q A; 1GO8 P; 1CGF A; 3F19 A; 4IN9 A; 5D1T A; 4WKI A; 4EFS A; 1CK7 A; 2W12 A; 1C7K A; 1ZXV A; 3LIR A; 5I4O A; 2YO1 A; 3LJT A; 2MLR A; 3LA9 A; 2YIG A; 3LQ0 A; 2QPJ A; 1CIZ A; 456C A; 2Z2D A; 1YOU A; 2OW2 A; 1JJ9 A; 3DWB A; 4H76 A; 1JH1 A; 2K2G A; 1D8F A; 3USN A; 2DDF A; 5I0L A; 4H30 A; 4A3W A; 3DPF A; 1DMT A; 3KEC A; 1ZVX A; 2JSD A; 2MZE A; 1OM7 A; 1KUH A; 3EDH A; 4AXQ A; 4PKT A; 2OW9 A; 3HBV P; 2E2D A; 2FV5 A; 1PWW A; 3KRY A; 4WF6 A; 2JT5 A; 3SHI A; 5LAB A; 2POJ A; 2FV9 A; 1PWU A; 3F18 A; 1BKC I; 4JQG A; 1XFX A; 4XM8 A; 1RM8 A; 1Y8J A; 4L6T A; 2RJQ A; 2OY4 A; 3LKA A; 3B8Z A; 4GF1 A; 3WP8 A; 4H2E A; 4DPE A; 3RTS A; 1AF0 A; 1FBL A; 3DNG A; 2OW0 A; 3NX7 A; 3TS4 A; 1MMQ A; 2I47 A; 5D2B A; 3HB2 P; 2WOA A; 1MMP A; 1BZS A; 2SRT A; 1MMR A; 3VTG A; 5D1U A; 3LEA A; 3K7L A; 5D1S A; 2ERO A; 3TT4 A; 2AGM A; 2QUA A; 2AYK A; 2DW2 A; 5D3C A; 3S6L A; 1Y93 A; 1GKC A; 3HDA P; 4I35 A; 3LIL A; 1D7X A; 1SMP A; 1QIC A; 1K7I A; 1KUF A; 2OVX A; 1MMB A; 2ML2 A; 1BM6 A; 2ZVD A; 1P9H A; 1G4K A; 4GR8 A; 1XFW A; 2QUB A; 4L19 A; 1A86 A; 1G12 A; 4GR3 A; 4ON1 A; 3RTT A; 1IAE A; 3N2U A; 1BKC A; 1SRP A; 1BKC E; 3HY9 A; 4H82 A; 1R54 A; 1XFU A; 1XUD A; 1JKY A; 2DW0 A; 3EDG A; 1JIW P; 1L6J A; 3V96 B; 1HFS A; 3O64 A; 1AKL A; 1G49 A; 4GR0 A; 3OHL A; 4AYK A; 1BIW A; 5H8X A; 1O0T A; 2K9C A; 1SAT A; 1HY7 A; 1Y0V A; 3B92 A; 5I3M A; 2AIG P; 3ELM A; 2ZJ6 A; 2N8R A; 4G0D A; 1XFY A; 1K7G A; 1ZS0 A; 3EHX A; 3K7N A; 3LAA A; 1GXD A; 4AIG A; 1C8T A; 2Z8Z A; 2OXZ A; 1CQR A; 3EDZ A; 3CKI A; 2KRJ A; 4DD8 A; 3BA0 A; 5B5O A; 2DDY A; 3F16 A; 4FXY P; 4AUO A; 3DL1 A; 3UVC A; 4JA1 A; 4JIJ A; 2RJP A; 3LIK A; 1KBC A; 3B2Z A; 3KME A; 1MNC A; 3O2X A; 1HOV A; 4PKW A; 4H84 A; 4ZR5 A; 1PWQ A; 1G9K A; 5CVW A; 1JIZ A; 1B8Y A; 3LE9 A; 4GWN A; 3G5C A; 4XM6 A; 4J4M A; 830C A; 3LMC A; 1UEA A; 3AYU A; 3A6Z A; 2YB9 A; 1ZTQ A; 3LGP A; 1R1I A; 4G9L A; 1EUB A; 2CLT A; 4A7B A; 5D7W A; 4Q1L A; 2MZI A; 1D5J A; 3L0T A; 5L7F A; 1OS9 A; 2J0T A; 1OMJ A; 1XFV A; 3U1R A; 1AYK A; 2X7M A; 4ILW D; 1SU3 A; 3NTN A; 2Z8X A; 2Y6C A; 2O36 A; 2JT6 A; 4DF9 A; 1DTH A; 5CZM A; 4IJO A; 5BOT A; 4CTH A; 1OO9 A; 1R55 A; 4H49 A; 2D1N A; 2OXU A; 3AYK A; 4PKU A; 1H71 P; 1UTZ A; 3P1V A; 2J83 A; 2X3C A; 966C A; 2WO8 A; 4JP4 A; 4PKR A; 3AIG A; 1UTT A; 1AST A; 1JAN A; 1PWV A; 5I43 A; 1PWP A; 4XM7 A; 5BOY A; 1YCM A; 1Z3J A; 3EHY A; 4FU4 A; 1XUC A; 3ZVS A; 1GE6 A; 1BSW A; 5CXA A; 1A85 A; 4H3X A; 2L0R A; 1BUV M; 1HFC A; 4GWM A; 2D1O A; 4I03 A; 1KUK A; 3L0V A; 4JPA A; 1IAG A; 2TCL A; 1EAK A; 1SLN A; 2OXW A; 2WO9 A; 5CXL A; 2Y6D A; 2ERQ A; 3MA2 A; 1QJI A; 1YP1 A; 3A70 A; 2CKI A; 2XS3 A; 3HY7 A; 1BQO A; 1BQQ M; 5B5P A; 2OI0 A; 4L63 A; 2ZJ7 A; 2USN A; 1OM6 A; 4PKS A; 4R3V A; 3KEJ A; 1I1I P; 1EB6 A; 1FM1 A; 2JIH A; 1GE7 A; 1CGL A; 2XQH A; 2W0D A; 4FXQ A; 1UMT A; 3EWJ A; 4XCT A; 3TSK A; 3I7G A; 3Q2H A; 1R1H A; 1QIB A; 4GUY A; 3HBU P; 3DSL A; 1RMZ A; 3ZXH A; 1UMS A; 3N2V A; 4WZV A; 1YQY A; 1WNI A; 3DPE A; 3F1A A; 3HYG A; 2O3E A; 2X3A A; 1O0Q A; 1G05 A; 2OW1 A; 2JNP A; 2A8H A; 1FLS A; 2DW1 A; 4PKV A; 1KUG A; 1BUD A; 3E8R A; 1JAP A; 2MLS A; 1ZP5 A; 2W15 A; 3ZUK A; 1C3I A; 4DV8 A; 4GQL A; 3WV1 A; 1I76 A; 1QUA A; 5CUH A; 1GE5 A; 1D8M A; 2OZR A; 1CAQ A; 1XUR A; 1JAQ A; 4HMA A; 3LJZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OY2 A; 4WK7 A; 3VI1 A; 1I73 A; 1GO7 P; 3ULT A; 1ATL A; 3KWV C; 1ND1 A; 2V4B A; 2X3B A; 2YO0 A; 2XS4 A; 1IAC A; 1KAP P; 1IAA A; 3TVC A; 2ERP A; 1R1J A; 1USN A; 3I7I A; 1S4B P; 3LK8 A; 3LQB A; 3Q2G A; 1J7N A; 2PJT A; 3KEK A; 3KHI A; 1GKD A; 4FVL A; 1KUI A; 4WKE A; 5JMY A; 1Q3A A; 3F17 A; 3P24 A; 4IUW A; 3LUN A; 3OHO A; 1IAD A; 2E3X A; 1SLM A; 3WV2 A; 1JK3 A; 1OS2 A; 3F15 A; 4QKZ A; 1CGE A; 5L79 A; 1B3D A; 3HDB A; 2HU6 A; 1XFZ A; 3LJG A; 1HV5 A; 1IAB A; 3EDI A; 3KMC A; 4PKQ A; 2W13 A; 1ZXC A; 5I12 A; 3G42 A; 1QJJ A; 3WV3 A; 5BPA A; 4HX3 A; 2W14 A; 1ROS A; 3GBO A; 1OM8 A; 2MZH A; 3LUM A; 2OVZ A; 1K7Q A; 1CXV A; 1HTD A; 1JAO A; 4XBH A; 1QIA A; 5I2Z A; 4H1Q A; 1GO8 P; 1CGF A; 3F19 A; 4IN9 A; 5D1T A; 4WKI A; 4EFS A; 1CK7 A; 2W12 A; 1C7K A; 1ZXV A; 3LIR A; 5I4O A; 2YO1 A; 3LJT A; 2MLR A; 3LA9 A; 2YIG A; 3LQ0 A; 2QPJ A; 1CIZ A; 456C A; 2Z2D A; 1YOU A; 2OW2 A; 1JJ9 A; 3DWB A; 4H76 A; 1JH1 A; 2K2G A; 1D8F A; 3USN A; 2DDF A; 5I0L A; 4H30 A; 3DTE A; 4A3W A; 3DPF A; 1DMT A; 3KEC A; 1ZVX A; 2JSD A; 2MZE A; 1OM7 A; 1KUH A; 3EDH A; 4AXQ A; 4PKT A; 2OW9 A; 3HBV P; 2E2D A; 2FV5 A; 1PWW A; 3KRY A; 4WF6 A; 2JT5 A; 3SHI A; 5LAB A; 2POJ A; 2FV9 A; 1PWU A; 3F18 A; 1BKC I; 4JQG A; 1XFX A; 4XM8 A; 1RM8 A; 1Y8J A; 4L6T A; 2RJQ A; 3DTI A; 2OY4 A; 3LKA A; 3B8Z A; 4GF1 A; 3WP8 A; 4H2E A; 4DPE A; 4DT5 A; 3RTS A; 1AF0 A; 1FBL A; 3DNG A; 2OW0 A; 3NX7 A; 3TS4 A; 1MMQ A; 2I47 A; 5D2B A; 3HB2 P; 2WOA A; 1MMP A; 1BZS A; 2SRT A; 1MMR A; 3VTG A; 5D1U A; 3LEA A; 3K7L A; 5D1S A; 2ERO A; 3TT4 A; 2AGM A; 2QUA A; 2AYK A; 2DW2 A; 5D3C A; 3S6L A; 1Y93 A; 1GKC A; 3HDA P; 4I35 A; 3LIL A; 1D7X A; 1SMP A; 1QIC A; 1K7I A; 1KUF A; 2OVX A; 1MMB A; 2ML2 A; 1BM6 A; 2ZVD A; 1P9H A; 1G4K A; 4GR8 A; 1XFW A; 2QUB A; 4L19 A; 1A86 A; 1G12 A; 4GR3 A; 4ON1 A; 3RTT A; 1IAE A; 3N2U A; 1BKC A; 1SRP A; 1BKC E; 3HY9 A; 4H82 A; 1R54 A; 1XFU A; 1XUD A; 1JKY A; 2DW0 A; 3EDG A; 1JIW P; 1L6J A; 3V96 B; 1HFS A; 3O64 A; 1AKL A; 1G49 A; 4GR0 A; 3OHL A; 4AYK A; 1BIW A; 5H8X A; 1O0T A; 2K9C A; 1SAT A; 1HY7 A; 1Y0V A; 3B92 A; 5I3M A; 2AIG P; 3ELM A; 2ZJ6 A; 2N8R A; 4G0D A; 1XFY A; 1OZ9 A; 1K7G A; 1ZS0 A; 3EHX A; 3K7N A; 3LAA A; 1GXD A; 4AIG A; 1C8T A; 2Z8Z A; 2OXZ A; 1CQR A; 3EDZ A; 3CKI A; 2KRJ A; 4DD8 A; 3BA0 A; 5B5O A; 2DDY A; 3F16 A; 4FXY P; 4AUO A; 3DL1 A; 3UVC A; 4JA1 A; 4JIJ A; 2RJP A; 3LIK A; 1KBC A; 3B2Z A; 3KME A; 1MNC A; 3O2X A; 1HOV A; 4PKW A; 4H84 A; 4ZR5 A; 1PWQ A; 1G9K A; 5CVW A; 1JIZ A; 1B8Y A; 3LE9 A; 4GWN A; 3G5C A; 4XM6 A; 4J4M A; 830C A; 3LMC A; 1UEA A; 3AYU A; 3A6Z A; 2YB9 A; 1ZTQ A; 3LGP A; 1R1I A; 4G9L A; 1EUB A; 2CLT A; 4A7B A; 5D7W A; 4Q1L A; 2MZI A; 1D5J A; 3L0T A; 5L7F A; 1OS9 A; 2J0T A; 1OMJ A; 1XFV A; 3U1R A; 1AYK A; 2X7M A; 4ILW D; 1SU3 A; 3NTN A; 2Z8X A; 2Y6C A; 2O36 A; 2JT6 A; 4DF9 A; 1DTH A; 5CZM A; 4IJO A; 5BOT A; 4CTH A; 1OO9 A; 1R55 A; 4H49 A; 2D1N A; 3DTK A; 2OXU A; 3AYK A; 4PKU A; 1H71 P; 1UTZ A; 3P1V A; 2J83 A; 2X3C A; 966C A; 2WO8 A; 4JP4 A; 4PKR A; 3AIG A; 1UTT A; 1AST A; 1JAN A; 1PWV A; 5I43 A; 1PWP A; 4XM7 A; 5BOY A; 1YCM A; 1Z3J A; 3EHY A; 4FU4 A; 1XUC A; 3ZVS A; 1GE6 A; 1BSW A; 1XAX A; 5CXA A; 1A85 A; 4H3X A; 2L0R A; 1BUV M; 1HFC A; 4GWM A; 2D1O A; 4I03 A; 1KUK A; 3L0V A; 4JPA A; 1IAG A; 2TCL A; 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